RetrogeneDB ID:

retro_ecab_103

Retrocopy
location
Organism:Horse (Equus caballus)
Coordinates:16:74292708..74293056(-)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:ENSECAG00000001591
Aliases:None
Status:KNOWN_PROTEIN_CODING
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:None
Ensembl ID:ENSECAG00000016960
Aliases:None
Description:None


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_ecab_103
ATGAAGCTCTTCACCTACAACCTGCTGAGCCTGCGTGTGGGGGTGGGGCCCCATGGTTTTCCCCTGCACCTCCAGGCCAC
CAAGGTCCGTATCAACCCTGAGGACTTCAACCCCAACTCTGTGGCACATATGATCCCCAAGGTGGAATGGGTGGCATTTC
TGGAGGTGACCAATACTTTGCATCTGATCAAGCTTCCCAAAGGACCAATACACGGGCATGAGCATGATGAGAAATTTCCG
AGGAAGATGCACATACTGCAGGAGACAGATGTGTTGGAGGGAATCCTGCAACGTCCAGCATATGGACATCTGCTCCCCAT
CAGCCGCAGGATCCCCAGCATGCTGATG

ORF - retro_ecab_103 Open Reading Frame is conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 62.71 %
Parental protein coverage: 94.4 %
Number of stop codons detected: 0
Number of frameshifts detected: 0


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalMKLLTHNLLSSHVRGVGPRGFPLRLQATEVRVSPVEFNPDFVARMIPKVEWAALLEAADTLHLAEVPREP
MKL.T.NLLS..V.GVGP.GFPL.LQAT.VR..P..FNP..VA.MIPKVEW.A.LE...TLHL...P..P
RetrocopyMKLFTYNLLSLRV-GVGPHGFPLHLQATKVRINPEDFNPNSVAHMIPKVEWVAFLEVTNTLHLIKLPKGP
ParentalIQGYERDEEFLRKMHHVLLEVDVLEGTLQCPESGRVFPISRGIPNMLL
I.G.E.DE.F.RKM.H.L.E.DVLEG.LQ.P..G...PISR.IP.ML.
RetrocopyIHGHEHDEKFPRKM-HILQETDVLEGILQRPAYGHLLPISRRIPSMLM

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
SRP021940_articular_cartilage 0 .00 RPM 64 .46 RPM
SRP021940_cerebellum 0 .00 RPM 50 .48 RPM
SRP021940_embryo 0 .00 RPM 50 .10 RPM
SRP021940_placental_villous 0 .00 RPM 40 .65 RPM
SRP021940_synovial_membrane 0 .00 RPM 44 .31 RPM
SRP021940_testis 0 .00 RPM 73 .53 RPM
Equus caballus was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_ecab_103 retrocopy.
Equus caballus was not studied using FANTOM5 data.
retro_ecab_103 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_ecab_103 has 2 orthologous retrocopies within eutheria group .

Species RetrogeneDB ID
Homo sapiens retro_hsap_2847
Sus scrofa retro_sscr_376

Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG000000086461 retrocopy
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG00000016960 1 retrocopy
retro_ecab_103 ,
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies



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