RetrogeneDB ID:

retro_btau_410

Retrocopy
location
Organism:Cow (Bos taurus)
Coordinates:11:60296647..60296929(+)
Located in intron of:None
Retrocopy
information
Ensembl ID:None
Aliases:None
Status:NOVEL
Parental gene
information
Parental gene summary:
Parental gene symbol:TRMT112
Ensembl ID:ENSBTAG00000008646
Aliases:TRMT112, TRM112L, UPF0315
Description:tRNA methyltransferase 112 homolog [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q2KIA2]


Retrocopy-Parental alignment summary:






>retro_btau_410
GCCACTGAGGTCCATACCAACCCTGTGGAGTTCAACCCCAACTTCATAGCATGTATGATACTCAAAGTGGAGTGGGAAGT
GCTTCTGGAGGCTGCCAACAGCCTGCATCTGATCAAGGTGCCCAAAGAGACGATTCAGGGATATAAGCATGACAAGAAAT
TTCTGAGAAAGAGGCACCATATACTGCTGGAGGTGGATATGTTGGAGGGCATCCTGCAATGCCCAGAGTCAGGATGTCTA
TTCCCCATCAGCCATGGGATCCCCAACATGTTGGTTGCTGAG

ORF - retro_btau_410 Open Reading Frame is conserved.
Retrocopy - Parental Gene Alignment summary:
Percent Identity: 71.28 %
Parental protein coverage: 75.2 %
Number of stop codons detected: 0
Number of frameshifts detected 0


Retrocopy - Parental Gene Alignment:

ParentalATEVRINPVEFNPDFIVRMIPKVEWAALLEAADHLHLIQVPKEPIQGYEHNEEFLRKMHHVLLEVEVLEG
ATEV..NPVEFNP.FI..MI.KVEW..LLEAA..LHLI.VPKE.IQGY.H...FLRK.HH.LLEV..LEG
RetrocopyATEVHTNPVEFNPNFIACMILKVEWEVLLEAANSLHLIKVPKETIQGYKHDKKFLRKRHHILLEVDMLEG
ParentalTLQCPESGRVFPISRGIPNMLLSD
.LQCPESG..FPIS.GIPNML...
RetrocopyILQCPESGCLFPISHGIPNMLVAE

Legend:
*Stop codon
>Forward frameshift by one nucleotide
<Reverse frameshift by one nucleotide






(Hint: click retrocopy or parental gene accession number on the plot's legend, to show / hide expression level values)

Expression validation based on RNA-Seq data:
Library Retrocopy expression Parental gene expression
ERP005899_liver 0 .00 RPM 8 .94 RPM
ERP005899_muscle 0 .00 RPM 13 .20 RPM
SRP017611_brain 0 .00 RPM 12 .42 RPM
SRP017611_kidney 0 .00 RPM 13 .57 RPM
SRP017611_liver 0 .00 RPM 11 .02 RPM
SRP030211_testis 0 .00 RPM 32 .29 RPM
Bos taurus was not studied using ChIP-Seq data.
No EST(s) were mapped for retro_btau_410 retrocopy.
Bos taurus was not studied using FANTOM5 data.
retro_btau_410 was not experimentally validated.

Retrocopy orthology:
Retrocopy retro_btau_410 has 0 orthologous retrocopies within eutheria group .


Parental genes homology:
Parental genes homology involve 22 parental genes, and 518 retrocopies.

Species Parental gene accession Retrocopies number
Ailuropoda melanoleuca ENSAMEG000000179653 retrocopies
Bos taurus ENSBTAG00000008646 1 retrocopy
retro_btau_410 ,
Canis familiaris ENSCAFG000000144451 retrocopy
Callithrix jacchus ENSCJAG000000180261 retrocopy
Dasypus novemcinctus ENSDNOG000000046441 retrocopy
Equus caballus ENSECAG000000169601 retrocopy
Echinops telfairi ENSETEG000000002634 retrocopies
Felis catus ENSFCAG000000233924 retrocopies
Homo sapiens ENSG000001731134 retrocopies
Gorilla gorilla ENSGGOG000000013343 retrocopies
Microcebus murinus ENSMICG000000169871 retrocopy
Macaca mulatta ENSMMUG000000196472 retrocopies
Mustela putorius furoENSMPUG000000129112 retrocopies
Mus musculus ENSMUSG00000038812468 retrocopies
retro_mmus_2427, retro_mmus_2666, retro_mmus_2715, retro_mmus_3392, retro_mmus_3393, retro_mmus_3394, retro_mmus_3395, retro_mmus_3456, retro_mmus_3458, retro_mmus_3613, retro_mmus_3614, retro_mmus_3616, retro_mmus_3618, retro_mmus_3730, retro_mmus_3731, retro_mmus_3732, retro_mmus_3733, retro_mmus_3734, retro_mmus_3735, retro_mmus_3736, retro_mmus_3737, retro_mmus_3738, retro_mmus_3739, retro_mmus_3740, retro_mmus_3741, retro_mmus_3742, retro_mmus_3743, retro_mmus_3744, retro_mmus_3745, retro_mmus_3746, retro_mmus_3747, retro_mmus_3748, retro_mmus_3749, retro_mmus_3750, retro_mmus_3751, retro_mmus_3752, retro_mmus_3753, retro_mmus_3754, retro_mmus_3755, retro_mmus_3756, retro_mmus_3757, retro_mmus_3758, retro_mmus_3759, retro_mmus_3760, retro_mmus_3761, retro_mmus_3762, retro_mmus_3763, retro_mmus_3764, retro_mmus_3765, retro_mmus_3766, retro_mmus_3767, retro_mmus_3768, retro_mmus_3769, retro_mmus_3770, retro_mmus_3771, retro_mmus_3772, retro_mmus_3773, retro_mmus_3774, 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retro_mmus_4186, retro_mmus_4187, retro_mmus_4188, retro_mmus_4189,
Nomascus leucogenys ENSNLEG000000049914 retrocopies
Ochotona princeps ENSOPRG000000041302 retrocopies
Pongo abelii ENSPPYG000000259065 retrocopies
Pteropus vampyrus ENSPVAG000000171341 retrocopy
Rattus norvegicus ENSRNOG000000211324 retrocopies
Sus scrofa ENSSSCG000000130293 retrocopies
Ictidomys tridecemlineatus ENSSTOG000000198571 retrocopy
Tursiops truncatus ENSTTRG000000102992 retrocopies





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