sp|O49436|PP327_ARATH ----> Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090


Intron 1 GTAGGAGATA ... CTTATTGCAG

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A822.52431411
A931.87311316
A1020.9932143



>TRINITY_DN36603_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform
CGACTTCTCTCTCATTTGCTAAACCTCAGTCATTTTTAAAAGGCCAAAACCCCGCAAAGTCATATGCATAAACACAAAATGTTTGCTCCATCCACTGTATAACTCACCGCATGACCTTCCAAACATTCATGCATATCCTGCCCTGCACTATGGCTTCAAGCGGGAGCAGGAGTTGAAAACCCAATGGTATCATTAGCCCT
GACTACGGCCATGGCGATTTTCATACGAAGGAAAAGAAGACGACGAACTTCCTCGCTTCCGCTCTGCAAGTGTACTACATCAATGCTTTCGTGTCCCATCTCTGCAAAATTATTTTATTCGCATTATTCAGCTGCTAGAGACGATTCTAGGTCTTCAAGAGACGAACCCCCAGAAAAGAAGGCATCAACGGGGTTTAAGG
CAGAGGAAGCAGATGACGAGATACCTCTCGCAAGAGAAATTTTCGAGACAGTTCCAGAAACGGGCGCTTACAAGCAAGGGGACGCCACTTACCATGCTATCATTCAAAGACTCGCATATTCAGGTCAGTTTTCTGCAATGCATAGGGTTTTGAATCGAATGAAGAAAGAGGGCCGCGTATTCCCTGAAAAACTGTTTATT
TTCATTATGAAAGCCTATGGAACTGCCCATATGCCCGAAGAAGCTCTTGGCATTTTTAATGCGATGCTTGATTACTATGATTGCAAACCCACGTTCAGGTCTTTAAATTGTGTGCTAAATGTCCTGGTCAATGAGAAGCTCTTTCATAAGGCCCTCGAGTTGTATTCACATAAGAAAGCAACTGGAATTAGGCCAAATTT
TCTTACCTTTAACATTCTTATCAAGGCACTCTGCAGGAGCAATCGTGTAGATACTGCTTATCAGTTGTTTAGAGAAATGCCTGAGTGGCGATGCAATCCCGATGTTTTTACATATACCACTATGATGAACGGTCTTTGCACGGAGAATAGGATTGATGAGGCGATTTTGCTGTTGGATGAAATGGAGGTTGATGGCTGCT
TGCCGAATGTTGTAACATTTAATACTTTAATTCATGGTCTCTGTAGAAAGGGTGACATAGTCCGGGCTTTGAAGCTAGTAGACAGTATGGTGCTTAAAGGATGTTCGCCGAATGAGGTAACTTACAATACTCTGATTGATGGCCTGTGTAAACAGGGAAAAGTGAATAAAGCTATAAAGGTCTTCCATAAAATGTTGGAA
AATAAGGGTGTTCCGAATGCGATCACATATAGCACGCTGATAAACGGTCTCTGCAAGCGTGGCAAGGTCGATGATGCAGCAAGAATATTGTCTGGAATGTTGGAGAGAGGTTGCAGTCCGAATGTATTTACATATTCCACTTTAATGCATGGACTGTGCAAGGAAGGCAAGGTGCAAGAAGCGATTAAGCTGTGGCATGA
AATGAGAGATAAGAGCTGTGAACCGAATGTGGTTGCCTATAGCACTCTGATTGATGGTCTTTGTAAGGATGGGGATATTGAGAAAGCAAAAGAACAGCTTAAGGAAATGTCCGATAAAGGATTTGTCCCAAATGTTGTCACATACAGCTCCTTGATAGATGGCCTTTGCAAGACTGGCCATGTACATGAGGCAACAATTG
TGTGGCACGAGATGATAGATAAGGGATGTGTTCCAAATGCAGTCAGCTACAGTATATTGATCCACGGACTTTGTGAGGATGGGGATATAGAAAAGGCCACTAAAGTATGGCAGCATATGCTAGACACAGGTTGCATTCCAGATGTTGTGACATACAGTGCATTGATCAGTGGCCTCTGCAAGGTGGGCAGGTTGGATGAA
GCAGCTAAGATGCTTGACGAAATGTTGTACAAAGGTTGCCAACCTGATGTTGTCACCTATAACACATTAATCAATGGTTTTTGCAAACAAGGCAACATATATCGTGCCATGGACCTCCTAGATGAGATGTTGCACCTTAATTGTGATCCAGATGTTGTTACCTGCAATATTCTTATGAGTGGGTTATGCAAGAGTGGGAA
GCTAGAAAATGCTGGACAGATTTTTGAGGAATTAGTCATCCGTCTTGCCAAGAAAGGAAGAATGCATGGTGCATTGACTGTTTTGGAAGTAATGTTAAAGAAGGGCTTTCCTCCTGATACTTATACTTGGATAATTGCAGTAAAAGGTGCATGCAAAATTAGAAAGGTGCATCAGACAATTGATGATTGTTGGACAAGGA
TCCGTGGCTGATCTAAAGGAGGTTCAGTTCAAGTGTTAACCCAAAGATGTATGCCACCAAATGAAATTAGCTTGGAGTCGAGCACAATGCTCAGGTTGTGCTTATGCACTTGGCAAATGGTAGCAACAAGACGATCATTTCTGCTGACATACAGTGTTTGAGGGCTACAAATTGCTTTGGGACTAAATTGCATTTCAAAA
CAACTATTTAGTCTGGGACACTGAAGCTGTTATATAATGCTATCTGGGAGTATGGTTGGTCTGTCCTTTCTTGATAATCCTTCCATGTTTAGTGCTGTCATGCCAAACACAATATCTTTGGAGTCGTCATAAAATGGAATGCCATATCACTGCCTGATCGGATCAGGAAATTCAATGTCCATAGTTATGAAACTGATTCA
AATCTTTCAGCTGGATCGAGATGCCACCGTATAAGTGATTTAATCTCCTCGTGGAGTTGCAAGCAAGTCATTAAAATGAAATGTAATATCTTAAGGCTGTTTGTTTTCTGAATGCCGTTGAACACTGGTTGGATTATTACCAAGCAGTCCTTGCACAGTCCAAGCTTTTCACAGGTTTCAAGCAGTTGCGGTTCCTAGCC
AGGCAGAGGTGGATGATTTAGACTGAACATTGCAATGCTGTTGTAAACAGCATCGCCTACCATTACTGTTTTTTGTTATAATGCTCACATGGCTAGTAATACAAATATAAAACTAGCTCTAGATCAACATCCCAGCAAGTTGGTAATCTGCACTGGGAAGATATTATGTTTGTTGAAGTTAGCTGGTAGCTAGCGGAAAA
TGATATCATATGCTTATTTTGATCAAACAACCCTTTGATTTTGTTGCAAATATTTTTATTAATAAAATGCCTGTAATTATAAAAAATGCTGATGCTATCCTGCAATGTGGGAAAAATGCGAAAATTCTTGTTTCATGGACAACAGGGGACTTCAATACATGTCAGATGGGCATTCCTGATTTGGTTCATTATAAAATTGT
TCCTACTATGCCCAATTTATCTCCATGATGGTAGCTTCTTTCTTTCTTACATGATAATTCTGCATAGACTAAAAATTAGTTTCCAGAACTATGCTTGTG


>TRINITY_DN36603_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CGACTTCTCTCTCATTTGCTAAACCTCAGTCATTTTTAAAAGGCCAAAACCCCGCAAAGTCATATGCATAAACACAAAATGTTTGCTCCATCCACTGTATAACTCACCGCATGACCTTCCAAACATTCATGCATATCCTGCCCTGCACTATGGCTTCAAGCGGGAGCAGGAGTTGAAAACCCAATGGTATCATTAGCCCT
GACTACGGCCATGGCGATTTTCATACGAAGGAAAAGAAGACGACGAACTTCCTCGCTTCCGCTCTGCAAGTGTACTACATCAATGCTTTCGTGTCCCATCTCTGCAAAATTATTTTATTCGCATTATTCAGCTGCTAGAGACGATTCTAGGTCTTCAAGAGACGAACCCCCAGAAAAGAAGGCATCAACGGGGTTTAAGG
CAGAGGAAGCAGATGACGAGATACCTCTCGCAAGAGAAATTTTCGAGACAGTTCCAGAAACGGGCGCTTACAAGCAAGGGGACGCCACTTACCATGCTATCATTCAAAGACTCGCATATTCAGGTCAGTTTTCTGCAATGCATAGGGTTTTGAATCGAATGAAGAAAGAGGGCCGCGTATTCCCTGAAAAACTGTTTATT
TTCATTATGAAAGCCTATGGAACTGCCCATATGCCCGAAGAAGCTCTTGGCATTTTTAATGCGATGCTTGATTACTATGATTGCAAACCCACGTTCAGGTCTTTAAATTGTGTGCTAAATGTCCTGGTCAATGAGAAGCTCTTTCATAAGGCCCTCGAGTTGTATTCACATAAGAAAGCAACTGGAATTAGGCCAAATTT
TCTTACCTTTAACATTCTTATCAAGGCACTCTGCAGGAGCAATCGTGTAGATACTGCTTATCAGTTGTTTAGAGAAATGCCTGAGTGGCGATGCAATCCCGATGTTTTTACATATACCACTATGATGAACGGTCTTTGCACGGAGAATAGGATTGATGAGGCGATTTTGCTGTTGGATGAAATGGAGGTTGATGGCTGCT
TGCCGAATGTTGTAACATTTAATACTTTAATTCATGGTCTCTGTAGAAAGGGTGACATAGTCCGGGCTTTGAAGCTAGTAGACAGTATGGTGCTTAAAGGATGTTCGCCGAATGAGGTAACTTACAATACTCTGATTGATGGCCTGTGTAAACAGGGAAAAGTGAATAAAGCTATAAAGGTCTTCCATAAAATGTTGGAA
AATAAGGGTGTTCCGAATGCGATCACATATAGCACGCTGATAAACGGTCTCTGCAAGCGTGGCAAGGTCGATGATGCAGCAAGAATATTGTCTGGAATGTTGGAGAGAGGTTGCAGTCCGAATGTATTTACATATTCCACTTTAATGCATGGACTGTGCAAGGAAGGCAAGGTGCAAGAAGCGATTAAGCTGTGGCATGA
AATGAGAGATAAGAGCTGTGAACCGAATGTGGTTGCCTATAGCACTCTGATTGATGGTCTTTGTAAGGATGGGGATATTGAGAAAGCAAAAGAACAGCTTAAGGAAATGTCCGATAAAGGATTTGTCCCAAATGTTGTCACATACAGCTCCTTGATAGATGGCCTTTGCAAGACTGGCCATGTACATGAGGCAACAATTG
TGTGGCACGAGATGATAGATAAGGGATGTGTTCCAAATGCAGTCAGCTACAGTATATTGATCCACGGACTTTGTGAGGATGGGGATATAGAAAAGGCCACTAAAGTATGGCAGCATATGCTAGACACAGGTTGCATTCCAGATGTTGTGACATACAGTGCATTGATCAGTGGCCTCTGCAAGGTGGGCAGGTTGGATGAA
GCAGCTAAGATGCTTGACGAAATGTTGTACAAAGGTTGCCAACCTGATGTTGTCACCTATAACACATTAATCAATGGTTTTTGCAAACAAGGCAACATATATCGTGCCATGGACCTCCTAGATGAGATGTTGCACCTTAATTGTGATCCAGATGTTGTTACCTGCAATATTCTTATGAGTGGGTTATGCAAGAGTGGGAA
GCTAGAAAATGCTGGACAGATTTTTGAGGAATTAGTCATCCGTCTTGCCAAGAAAGGAAGAATGCATGGTGCATTGACTGTTTTGGAAGTAATGTTAAAGAAGGGCTTTCCTCCTGATACTTATACTTGGATAATTGCAGTAAAAGGTGCATGCAAAATTAGAAAGGTGCATCAGACAATTGATGATTGTTGGACAAGGA
TCCGTGGCTGATCTAAAGGAGGTTCAGTTCAAGTGTTAACCCAAAGATGTATGCCACCAAATGAAATTAGCTTGGAGTCGAGCACAATGCTCAGGTTGTGCTTATGCACTTGGCAAATGGTAGCAACAAGACGATCATTTCTGCTGACATACAGTGTTTGAGGGCTACAAATTGCTTTGGGACTAAATTGCATTTCAAAA
CAACTATTTAGTCTGGGACACTGAAGCTGTTATATAATGCTATCTGGGAGTATGGTTGGTCTGTCCTTTCTTGATAATCCTTCCATGTTTAGTGCTGTCATGCCAAACACAATATCTTTGGAGTCGTCATAAAATGGAATGCCATATCACTGCCTGATCGGATCAGGAAATTCAATGTCCATAGgtaggagataccaaac
taagtttgtgcataatactattcaaattaggggaaaacgagctgctaatgaagttcttattgcag
TTATGAAACTGATTCAAATCTTTCAGCTGGATCGAGATGCCACCGTATAAGTGATTTAATCTCCTCGTGGAGTTGCAAGCAAGTCATTAAAATGAAATGTAATATCTTAAGGCTGTTTGTTTTCTGAATGCCGTT
GAACACTGGTTGGATTATTACCAAGCAGTCCTTGCACAGTCCAAGCTTTTCACAGGTTTCAAGCAGTTGCGGTTCCTAGCCAGGCAGAGGTGGATGATTTAGACTGAACATTGCAATGCTGTTGTAAACAGCATCGCCTACCATTACTGTTTTTTGTTATAATGCTCACATGGCTAGTAATACAAATATAAAACTAGCTC
TAGATCAACATCCCAGCAAGTTGGTAATCTGCACTGGGAAGATATTATGTTTGTTGAAGTTAGCTGGTAGCTAGCGGAAAATGATATCATATGCTTATTTTGATCAAACAACCCTTTGATTTTGTTGCAAATATTTTTATTAATAAAATGCCTGTAATTATAAAAAATGCTGATGCTATCCTGCAATGTGGGAAAAATGC
GAAAATTCTTGTTTCATGGACAACAGGGGACTTCAATACATGTCAGATGGGCATTCCTGATTTGGTTCATTATAAAATTGTTCCTACTATGCCCAATTTATCTCCATGATGGTAGCTTCTTTCTTTCTTACATGATAATTCTGCATAGACTAAAAATTAGTTTCCAGAACTATGCTTGTG




Intron 2 GTAAGTTTCT ... TACCCCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A159.3839357
A260.9816025
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A455.5624130
A558.3310014
A66014221
A755.7723029
A862.59015
A956.8219425
A1059.6221131



>TRINITY_DN44296_c0_g1_i10 from sample A7 / Example spliced isoform
GTGAATACTATTGGCATTGATACTCTTGGAATCACGCTCGCAGGGGCAATGCAATAAGCCAAGGAAGACGATTCCATGGAAGACTGGTCTGGCGATGCGGTCAGATCCACAGAGACCGAAAATAGCAGAAAATGGACCGAAGACTGGAGAGAATTTGAAAGCATTTTCGATACAGGCGTCAAAATGCTTAACGGAGAAGA
AGACGATGGAAATAATGTAGCTTTGCCAAGAAAGCGCAGAGTTGTAACTAGTAGCAGCGGGAATAGTAATCATAATCATGAGTCGGAGGGGTTTCAAGAACAGCTTAAGGGGTTCTTGAAATCTACCGGGGAACTGCTTGAGAAATTAGCTCAAGGTTGCCGAGATGTGGTGAAACAGAGCCTTGGCGGCGAGGATTCAG
TGCTGGTGAGAAGATGTGGTAGAATGTGGGCCAAAGTTAGCCCGCACATAGAGCTAGTCAACCAATTCTTGCCCGAGGATCGAAGTCCTGCTCATGTCTGGAGCGTCCTGCTCTTTGTATTCTTTTTGACTGTCGCAGTACTAAGAACAGGTACAAAGCCGCATGCACCAGCTTATAAGGAGGTCTACTCACTTTCTATC
ACTGCTGATCGTATTCAACTTCCAGATGGAAGGTACATTGCATATAGGGAAGAAGGGGTTTCAGCAAGCCTGGCTAGACATTCGATCTTAGTCATTCATTCCTTTGTTTCATCTCGTCTAGCAGGCGTTCCTGGCATCAAACAAAAACTGCTTGAAGAATTTGGAGTTCGGCTCGTAACATATGATCTGCCTGGATTTGG
CGAAAGTGATCCCCATCCCCATCGAAATTTTACATCATCTGCCCTTGACATGATACATTTAGCTGACACACTTGGATTAGGCGAGAAGTTTTGGGTGTTTGGTTATTCTGGAGGAGGAATACATGCCTGGGCTGCTATAAGATATATACCAGAGAGACTGGCGGGTGCTGCATTATTTGCTCCTATGGGGAATCCTTATG
ACCCAGATATGACCAAGGATGAAGTTCGTAAAATTTGGGAGAAGTGGACATTAAGGAGGAAGCTGGGTTTCATTCTTGCTAAACGGGCTTCTTCTTTTCTTCCTTCCTTATATAAAAGATGTTTTGGGAAATCAATAGATCATCCAATTAAATCTCTATCATTCACACTTGGAAAGAAGGATGGAGCTTTGGTGGAGCAG
GATTTCTTCGTTGATTTTCTGCAGGAGGACATGCAAGAGTCAATACGACAAGGTAGTTTAGCACCATTTGTCCAGGAAACCGTTATGCAAGTTAACAAATGGGGATTCAGCCTCGCAGATTTACAAGTACGGAAGAAGCTGATGAAGGGTTTTACCTCGTGGATTCATTCCCTTTTTAATGAAGTGCACGAAGAGTGGGA
GGGCTTCCTTGGACCAATACATATTTGGCAGGGCATGGATGACCGTGTCGTACCCTATCCCTTCAATGATTATGCAAAACGTATGGTTCCAGGGGCCACTCTTCATAAGTTGATCGGCGAAGGTCACTTTTCGTATTTCTGCTTTTGCGATCAATGCCATAGGGAAATATTTGTTACCCTCTTTGGAATGCCAAAAGGTA
CAATCAACGAAACCATTGTTACAGAGCCAGTAGAAAATGGATCATTGCAAGGAGATGATTAAATACGTCTTGCAAAATACTTTGTAAACTTGAAGCATTGTTGTAGGGTTATAACTGTAGGTTCCTACTGGTTTTTTACTAAGAGGACTGTACAGCACAATGACCAAGTCTGGTAACAGAAGCTGTAGCTTTGTTGAATA
ATCATACATGTAAATTTGTGTGATGAGAGCATTACTTATCGGGACCATAGCTTCAGAATATCATATGCGTTGTGCATATCCTATTGTTTATATTGCAAGGGCTGACAGTGCAAATGAATGAAGCTGAGAAATTGTAAAGCTCTTCCAGAATCGGAGGATAGAAAGGAAGAATTGCTTGCAGAGAAATTATGTTTCCAGAT
TTGTCTCTCTCATAAAGCAGCTGCTTTTACCTGCTGTGGCACATGCAAAACTCTGTATTTATATTTTGAGTTTGATCAATAAAGTTTTCACTTATGAATAGGACAAGGCAAGGCATCATTTGCAAGTGCACATTCAGCATCATATTTTTTATTTTCATAGTGATTATAATTGTGAAGTAAATAATTATTAAAATGTTGTA
CAGTATGATCAGAGAGCTTCATCTCTTTCAACAATTTGAGCAGATTGTTGCAGTACTTGTATATTTTGCTGGTAACAATGCAGAAATGTGCTTCTCTAGTAAGAATGATACCGGGTACAATGCCTTAGTGCTAATTTTGAGCTTAATGCTAAATACTTTTGTTTCCAGC


>TRINITY_DN44296_c0_g1_i1 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GTGAATACTATTGGCATTGATACTCTTGGAATCACGCTCgtaagtttctcgttctcgctatatatactctcggccaccaacaagaatcctttttcctttcctcgctgatgtattgctttggctaccccacagGCAGGGGCAATGCAATAAGCCAAGGAAGACGATTCCATGGAAGACTGGTCTGGCGATGCGGTCAGATC
CACAGAGACCGAAAATAGCAGAAAATGGACCGAAGACTGGAGAGAATTTGAAAGCATTTTCGATACAGGCGTCAAAATGCTTAACGGAGAAGAAGACGATGGAAATAATGTAGCTTTGCCAAGAAAGCGCAGAGTTGTAACTAGTAGCAGCGGGAATAGTAATCATAATCATGAGTCGGAGGGGTTTCAAGAACAGCTTA
AGGGGTTCTTGAAATCTACCGGGGAACTGCTTGAGAAATTAGCTCAAGGTTGCCGAGATGTGGTGAAACAGAGCCTTGGCGGCGAGGATTCAGTGCTGGTGAGAAGATGTGGTAGAATGTGGGCCAAAGTTAGCCCGCACATAGAGCTAGTCAACCAATTCTTGCCCGAGGATCGAAGTCCTGCTCATGTCTGGAGCGTC
CTGCTCTTTGTATTCTTTTTGACTGTCGCAGTACTAAGAACAGGTACAAAGCCGCATGCACCAGCTTATAAGGAGGTCTACTCACTTTCTATCACTGCTGATCGTATTCAACTTCCAGATGGAAGGTACATTGCATATAGGGAAGAAGGGGTTTCAGCAAGCCTGGCTAGACATTCGATCTTAGTCATTCATTCCTTTGT
TTCATCTCGTCTAGCAGGCGTTCCTGGCATCAAACAAAAACTGCTTGAAGAATTTGGAGTTCGGCTCGTAACATATGATCTGCCTGGATTTGGCGAAAGTGATCCCCATCCCCATCGAAATTTTACATCATCTGCCCTTGACATGATACATTTAGCTGACACACTTGGATTAGGCGAGAAGTTTTGGGTGTTTGGTTATT
CTGGAGGAGGAATACATGCCTGGGCTGCTATAAGATATATACCAGAGAGACTGGCGGGTGCTGCATTATTTGCTCCTATGGGGAATCCTTATGACCCAGATATGACCAAGGATGAAGTTCGTAAAATTTGGGAGAAGTGGACATTAAGGAGGAAGCTGGGTTTCATTCTTGCTAAACGGGCTTCTTCTTTTCTTCCTTCC
TTATATAAAAGATGTTTTGGGAAATCAATAGATCATCCAATTAAATCTCTATCATTCACACTTGGAAAGAAGGATGGAGCTTTGGTGGAGCAGGATTTCTTCGTTGATTTTCTGCAGGAGGACATGCAAGAGTCAATACGACAAGGTAGTTTAGCACCATTTGTCCAGGAAACCGTTATGCAAGTTAACAAATGGGGATT
CAGCCTCGCAGATTTACAAGTACGGAAGAAGCTGATGAAGGGTTTTACCTCGTGGATTCATTCCCTTTTTAATGAAGTGCACGAAGAGTGGGAGGGCTTCCTTGGACCAATACATATTTGGCAGGGCATGGATGACCGTGTCGTACCCTATCCCTTCAATGATTATGCAAAACGTATGGTTCCAGGGGCCACTCTTCATA
AGTTGATCGGCGAAGGTCACTTTTCGTATTTCTGCTTTTGCGATCAATGCCATAGGGAAATATTTGTTACCCTCTTTGGAATGCCAAAAGGTACAATCAACGAAACCATTGTTACAGAGCCAGTAGAAAATGGATCATTGCAAGGAGATGATTAAATACGTCTTGCAAAATACTTTGTAAACTTGAAGCATTGTTGTAGG
GTTATAACTGTAGGTTCCTACTGGTTTTTTACTAAGAGGACTGTACAGCACAATGACCAAGTCTGGTAACAGAAGCTGTAGCTTTGTTGAATAATCATACATGTAAATTTGTGTGATGAGAGCATTACTTATCGGGACCATAGCTTCAGAATATCATATGCGTTGTGCATATCCTATTGTTTATATTGCAAGGGCTGACA
GTGCAAATGAATGAAGCTGAGAAATTGTAAAGCTCTTCCAGAATCGGAGGATAGAAAGGAAGAATTGCTTGCAGAGAAATTATGTTTCCAGATTTGTCTCTCTCATAAAGCAGCTGCTTTTACCTGCTGTGGCACATGCAAAACTCTGTATTTATATTTTGAGTTTGATCAATAAAGTTTTCACTTATGAATAGGACAAG
GCAAGGCATCATTTGCAAGTGCACATTCAGCATCATATTTTTTATTTTCATAGTGATTATAATTGTGAAGTAAATAATTATTAAAATGTTGTACAGTATGATCAGAGAGCTTCATCTCTTTCAACAATTTGAGCAGATTGTTGCAGTACTTGTATATTTTGCTGGTAACAATGCAGAAATGTGCTTCTCTAGTAAGAATG
ATACCGGGTACAATGCCTTAGTGCTAATTTTGAGCTTAATGCTAAATACTTTTGTTTCCAGC




Intron 3 GTCAGTTTTC ... TCTTATCAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A166.67357
A270.2171518
A382.3531117
A435.291193
A560475
A640671
A753.859714
A888.891610
A947.6211128
A1044.33272419



>TRINITY_DN96188_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
TTTTAAAAGGCCAAAACCCCGCAAAGTCATATGCATAAACACAAAATGTTTGCTCCATCCACTGTATAACTCACCGCATGACCTTCCAAACATTCATGCATATCCTGCCCTGCACTATGGCTTCAAGCGGGAGCAGGAGTTGAAAACCCAATGGTATCATTAGCCCTGACTACGGCCATGGCGATTTTCATACGAAGGAA
AAGAAGACGACGAACTTCCTCGCTTCCGCTCTGCAAGTGTACTACATCAATGCTTTCGTGTCCCATCTCTGCAAAATTATTTTATTCGCATTATTCAGCTGCTAGAGACGATTCTAGGTCTTCAAGAGACGAACCCCCAGAAAAGAAGGCATCAACGGGGTTTAAGGCAGAGGAAGCAGATGACGAGATACCTCTCGCAA
GAGAAATTTTCGAGACAGTTCCAGAAACGGGCGCTTACAAGCAAGGGGACGCCACTTACCATGCTATCATTCAAAGACTCGCATATTCAGGCACTCTGCAGGAGCAATCGTGTAGATACTGCTTATCAGTTGTTTAGAGAAATGCCTGAGTGGCGATGCAATCCCGATGTTTTTACATATACCACTATGATGAACGGTCT
TTGCACGGAGAATAGGATTGATGAGGCGATTTTGCTGTTGGATGAAATGGAGGTTGATGGCTGCTTGCCGAATGTTGTAACATTTAATACTTTAATTCATGGTCTCTGTAGAAAGGGTGACATAGTCCGGGCTTTGAAGCTAGTAGACAGTATGGTGCTTAAAGGATGTTCGCCGAATGAGGTAACTTACAATACTCTGA
TTGATGGCCTGTGTAAACAGGGAAAAGTGAATAAAGCTATAAAGGTCTTCCATAAAATGTTGGAAAATAAGGGTGTTCCGAATGCGATCACATATAGCACGCTGATAAACGGTCTCTGCAAGCGTGGCAAGGTCGATGATGCAGCAAGAATATTGTCTGGAATGTTGGAGAGAGGTTGCAGTCCGAATGTATTTACATAT
TCCACTTTAATGCATGGACTGTGCAAGGAAGGCAAGGTGCAAGAAGCGATTAAGCTGTGGCATGAAATGAGAGATAAGAGCTGTGAACCGAATGTGGTTGCCTATAGCACTCTGATTGATGGTCTTTGTAAGGATGGGGATATTGAGAAAGCAAAAGAACAGCTTAAGGAAATGTCCGATAAAGGATTTGTCCCAAATGT
TGTCACATACAGCTCCTTGATAGATGGCCTTTGCAAGACTGGCCATGTACATGAGGCAACAATTGTGTGGCACGAGATGATAGATAAGGGATGTGTTCCAAATGCAGTCAGCTACAGTATATTGATCCACGGACTTTGTGAGGATGGGGATATAGAAAAGGCCACTAAAGTATGGCAGCATATGCTAGACACAGGTTGCA
TTCCAGATGTTGTGACATACAGTGCATTGATCAGTGGCCTCTGCAAGGTGGGCAGGTTGGATGAAGCAGCTAAGATGCTTGACGAAATGTTGTACAAAGGTTGCCAACCTGATGTTGTCACCTATAACACATTAATCAATGGTTTTTGCAAACAAGGCAACATATATCGTGCCATGGACCTCCTAGATGAGATGTTGCAC
CTTAATTGTGATCCAGATGTTGTTACCTGCAATATTCTTATGAGTGGGTTATGCAAGAGTGGGAAGCTAGAAAATGCTGGACAGATTTTTGAGGAATTAGTCATCCGTCTTGCCAAGAAAGGAAGAATGCATGGTGCATTGACTGTTTTGGAAGTAATGTTAAAGAAGGGCTTTCCTCCTGATACTTATACTTGGATAAT
TGCAGTAAAAGGTGCATGCAAAATTAGAAAGGTGCATCAGACAATTGATGATTGTTGGACAAGGATCCGTGGCTGATCTAAAGGAGGTTCAGTTCAAGTGTTAACCCAAAGGTAAAGATGCCTTAAATGAAATGAAAGAATGGTATGCAATCAGTCTGGATACTGAATGCCTATGCTTTCCATGTTGTTTGACTTGAACC
ATGGCAATGTCTCTCTTCAGATTAAATAGAAGCGTACACAATTCAATATTAGTGATTTATTAAAGAACTACAGTGGTTGGTGCTTTAAATCTGCTTCTATTTTAAGGTTGATTGTTTGGATGCT


>TRINITY_DN96188_c0_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TTTTAAAAGGCCAAAACCCCGCAAAGTCATATGCATAAACACAAAATGTTTGCTCCATCCACTGTATAACTCACCGCATGACCTTCCAAACATTCATGCATATCCTGCCCTGCACTATGGCTTCAAGCGGGAGCAGGAGTTGAAAACCCAATGGTATCATTAGCCCTGACTACGGCCATGGCGATTTTCATACGAAGGAA
AAGAAGACGACGAACTTCCTCGCTTCCGCTCTGCAAGTGTACTACATCAATGCTTTCGTGTCCCATCTCTGCAAAATTATTTTATTCGCATTATTCAGCTGCTAGAGACGATTCTAGGTCTTCAAGAGACGAACCCCCAGAAAAGAAGGCATCAACGGGGTTTAAGGCAGAGGAAGCAGATGACGAGATACCTCTCGCAA
GAGAAATTTTCGAGACAGTTCCAGAAACGGGCGCTTACAAGCAAGGGGACGCCACTTACCATGCTATCATTCAAAGACTCGCATATTCAGgtcagttttctgcaatgcatagggttttgaatcgaatgaagaaagagggccgcgtattccctgaaaaactgtttattttcattatgaaagcctatggaactgcccatatg
cccgaagaagctcttggcatttttaatgcgatgcttgattactatgattgcaaacccacgttcaggtctttaaattgtgtgctaaatgtcctggtcaatgagaagctctttcataaggccctcgagttgtattcacataagaaagcaactggaattaggccaaattttcttacctttaacattcttatcaag
GCACTCTG
CAGGAGCAATCGTGTAGATACTGCTTATCAGTTGTTTAGAGAAATGCCTGAGTGGCGATGCAATCCCGATGTTTTTACATATACCACTATGATGAACGGTCTTTGCACGGAGAATAGGATTGATGAGGCGATTTTGCTGTTGGATGAAATGGAGGTTGATGGCTGCTTGCCGAATGTTGTAACATTTAATACTTTAATTC
ATGGTCTCTGTAGAAAGGGTGACATAGTCCGGGCTTTGAAGCTAGTAGACAGTATGGTGCTTAAAGGATGTTCGCCGAATGAGGTAACTTACAATACTCTGATTGATGGCCTGTGTAAACAGGGAAAAGTGAATAAAGCTATAAAGGTCTTCCATAAAATGTTGGAAAATAAGGGTGTTCCGAATGCGATCACATATAGC
ACGCTGATAAACGGTCTCTGCAAGCGTGGCAAGGTCGATGATGCAGCAAGAATATTGTCTGGAATGTTGGAGAGAGGTTGCAGTCCGAATGTATTTACATATTCCACTTTAATGCATGGACTGTGCAAGGAAGGCAAGGTGCAAGAAGCGATTAAGCTGTGGCATGAAATGAGAGATAAGAGCTGTGAACCGAATGTGGT
TGCCTATAGCACTCTGATTGATGGTCTTTGTAAGGATGGGGATATTGAGAAAGCAAAAGAACAGCTTAAGGAAATGTCCGATAAAGGATTTGTCCCAAATGTTGTCACATACAGCTCCTTGATAGATGGCCTTTGCAAGACTGGCCATGTACATGAGGCAACAATTGTGTGGCACGAGATGATAGATAAGGGATGTGTTC
CAAATGCAGTCAGCTACAGTATATTGATCCACGGACTTTGTGAGGATGGGGATATAGAAAAGGCCACTAAAGTATGGCAGCATATGCTAGACACAGGTTGCATTCCAGATGTTGTGACATACAGTGCATTGATCAGTGGCCTCTGCAAGGTGGGCAGGTTGGATGAAGCAGCTAAGATGCTTGACGAAATGTTGTACAAA
GGTTGCCAACCTGATGTTGTCACCTATAACACATTAATCAATGGTTTTTGCAAACAAGGCAACATATATCGTGCCATGGACCTCCTAGATGAGATGTTGCACCTTAATTGTGATCCAGATGTTGTTACCTGCAATATTCTTATGAGTGGGTTATGCAAGAGTGGGAAGCTAGAAAATGCTGGACAGATTTTTGAGGAATT
AGTCATCCGTCTTGCCAAGAAAGGAAGAATGCATGGTGCATTGACTGTTTTGGAAGTAATGTTAAAGAAGGGCTTTCCTCCTGATACTTATACTTGGATAATTGCAGTAAAAGGTGCATGCAAAATTAGAAAGGTGCATCAGACAATTGATGATTGTTGGACAAGGATCCGTGGCTGATCTAAAGGAGGTTCAGTTCAAG
TGTTAACCCAAAGATGTATGCCACCAAATGAAATTAGCTTGGAGTCGAGCACAATGCTCAGGTTGTGCTTATGCACTTGGCAAATGGTAGCAACAAGACGATCATTTCTGCTGACATACAGTGTTTGAGGGCTACAAATTGCTTTGGGACTAAATTGCATTTCAAAACAACTATTTAGTCTGGGACACTGAAGCTGTTAT
ATAATGCTATCTGGGAGTATGGTTGGTCTGTCCTTTCTTGATAATCCTTCCATGTTTAGTGCTGTCATGCCAAACACAATATCTTTGGAGTCGTCATAAAATGGAATGCCATATCACTGCCTGATCGGATCAGGAAATTCAATGTCCATAGTTATGAAACTGATTCAAATCTTTCAGCTGGATCGAGATGCCACCGTATA
AGTGATTTAATCTCCTCGTGGAGTTGCAAGCAAGTCATTAAAATGAAATGTAATATCTTAAGGCTGTTTGTTTTCTGAATGCCGTTGAACACTGGTTGGATTATTACCAAGCAGTCCTTGCACAGTCCAAGCTTTTCACAGGTTTCAAGCAGTTGCGGTTCCTAGCCAGGCAGAGGTGGATGATTTAGACTGAACATTGC
AATGCTGTTGTAAACAGCATCGCCTACCATTACTGTTTTTTGTTATAATGCTCACATGGCTAGTAATACAAATATAAAACTAGCTCTAGATCAACATCCCAGCAAGTTGGTAATCTGCACTGGGAAGATATTATGTTTGTTGAAGTTAGCTGGTAGCTAGCGGAAAATGATATCATATGCTTATTTTGATCAAACAACCC
TTTGATTTTGTTGCAAATATTTTTATTAATAAAATGCCT




Intron 4 GTCAGTTTTC ... CACTCTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A175257
A270.7361514
A37551119
A435.141294
A566.67375
A642.86672
A763.646714
A8753612
A953.859129
A1047.37252421



>TRINITY_DN44296_c0_g1_i11 from sample A7 / Example spliced isoform
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>TRINITY_DN44296_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:
CTTCTCTCTCATTTGCTAAACCTCAGTCATTTTTAAAAGGCCAAAACCCCGCAAAGTCATATGCATAAACACAAAATGTTTGCTCCATCCACTGTATAACTCACCGCATGACCTTCCAAACATTCATGCATATCCTGCCCTGCACTATGGCTTCAAGCGGGAGCAGGAGTTGAAAACCCAATGGTATCATTAGCCCTGAC
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