NA ----> NA
Intron 1 GTTCCAGTCA ... TGGATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 78.38 | 4 | 13 | 16 |
| A2 | 70.91 | 8 | 16 | 23 |
| A3 | 51.52 | 16 | 17 | 17 |
| A4 | 67.09 | 13 | 29 | 24 |
| A5 | 90 | 1 | 13 | 5 |
| A6 | 56.03 | 31 | 23 | 56 |
| A7 | 54.49 | 38 | 39 | 52 |
| A8 | 59.3 | 35 | 33 | 69 |
| A9 | 53.96 | 32 | 20 | 55 |
| A10 | 69.23 | 18 | 33 | 48 |
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformAAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATGGCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCAT
AACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAATGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATA
TGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACTTTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTC
TTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAG
GATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTTTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAA
GGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCATTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGATAG
AAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGT
GCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTGGTGATTTTAAAGA
ACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTTATGTCCGTTTCGG
GACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCCGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATATAATTTTACTTTCCTCTCCA
CAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCAAATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTCAGGCCAGAAGTTTGAACAA
TTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATGTCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATTATTGGTATCCTCTTATCAG
GATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAGTCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAGGCAAATTGCCAAAGGCAAA
TGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGCAGAAAGTTGGTCCATTATTT
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATGGCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCAT
AACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAATGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATA
TGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACTTTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTC
TTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAG
GATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTTTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAA
GGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCATTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGATAG
AAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGT
GCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGgttccagtcatttatgttgaacagcatatgattcagtgccagaaatcttgtgttgttaaagatgttgcctctttgggccttaatagacccttggacaaaacgaaagctaccat
tatgccaaatgcagcaataaataatttgcctccaaagacagccaatcatgttctggtgagaagagcactgagggtggtagtctttgtacatggatttcagGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTG
GTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTT
ATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCCGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATATAATTTT
ACTTTCCTCTCCACAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCAAATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTCAGGCCA
GAAGTTTGAACAATTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATGTCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATTATTGGT
ATCCTCTTATCAGGATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAGTCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAGGCAAAT
TGCCAAAGGCAAATGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGCAGAAAGTTGGTCCATTATTT
Intron 2 GTATTGTGTG ... TTTTGGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.31 | 51 | 14 | 17 |
| A2 | 19.38 | 52 | 9 | 16 |
| A3 | 14.41 | 50.5 | 6 | 11 |
| A4 | 15.66 | 35 | 5 | 8 |
| A5 | 12.2 | 18 | 1 | 4 |
| A6 | 11.86 | 26 | 1 | 6 |
| A7 | 20 | 76 | 20 | 18 |
| A8 | 23.08 | 35 | 12 | 9 |
| A9 | 18.7 | 50 | 10 | 13 |
| A10 | 17.62 | 69 | 20 | 9.5 |
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATGGCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCAT
AACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAATGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATA
TGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACTTTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTC
TTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAG
GATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTTTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAA
GGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCATTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGATAG
AAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGT
GCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGTTCCAGTCATTTATGTTGAACAGCATATGATTCAGTGCCAGAAATCTTGTGTTGTTAAAGATGTTGCCTCTTTGGGCCTTAATAGACCCTTGGACAAAACGAAAGCTACCAT
TATGCCAAATGCAGCAATAAATAATTTGCCTCCAAAGACAGCCAATCATGTTCTGGTGAGAAGAGCACTGAGGGTGGTAGTCTTTGTACATGGATTTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTG
GTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTT
ATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCCGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATATAATTTT
ACTTTCCTCTCCACAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCAAATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTCAGGCCA
GAAGTTTGAACAATTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATGTCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATTATTGGT
ATCCTCTTATCAGGATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAGTCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAGGCAAAT
TGCCAAAGGCAAATGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGCAGAAAGTTGGTCCATTATTT
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATGGCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCAT
AACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAATGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATA
TGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACTTTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTC
TTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAG
GATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTTTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAA
GGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGgtattgtgtgtctagcttctttcatctgtgttcttatataaggtatgtggttaataattgggattggagcttattgctgaatcagtgattattgatattcatttggtgtcattttaggtcggtttagttaattatacaaaattttatt
cttagtaaattttaaattgaagattcatttgtgtccttgcattatttttgggcagCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCATTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGA
TAGAAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCC
TGTGCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGG
Intron 3 GTATGGTTTC ... ATCATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.89 | 39 | 7 | 10 |
| A2 | 24.53 | 20 | 1 | 12 |
| A3 | 23.81 | 24 | 3 | 12 |
| A4 | 21.74 | 27 | 8 | 7 |
| A5 | 25.58 | 16 | 0 | 11 |
| A6 | 21.14 | 69 | 18 | 19 |
| A7 | 18.45 | 95 | 16 | 27 |
| A8 | 16.3 | 113 | 19 | 25 |
| A9 | 19.48 | 62 | 17 | 13 |
| A10 | 17.81 | 60 | 8 | 18 |
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATGGCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCAT
AACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAATGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATA
TGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACTTTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTC
TTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAG
GATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTTTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAA
GGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCATTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGATAG
AAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGT
GCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGTTCCAGTCATTTATGTTGAACAGCATATGATTCAGTGCCAGAAATCTTGTGTTGTTAAAGATGTTGCCTCTTTGGGCCTTAATAGACCCTTGGACAAAACGAAAGCTACCAT
TATGCCAAATGCAGCAATAAATAATTTGCCTCCAAAGACAGCCAATCATGTTCTGGTGAGAAGAGCACTGAGGGTGGTAGTCTTTGTACATGGATTTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTG
GTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTT
ATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCCGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATATAATTTT
ACTTTCCTCTCCACAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCAAATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTCAGGCCA
GAAGTTTGAACAATTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATGTCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATTATTGGT
ATCCTCTTATCAGGATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAGTCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAGGCAAAT
TGCCAAAGGCAAATGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGCAGAAAGTTGGTCCATTATTT
>TRINITY_DN128098_c2_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:GTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTGGTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTC
AGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGgtatggtttcatacatggtatattttctgtgttttttctttatggttgggaaatgattggcctcattcaaattaaataagagttgattttatgatgtatcatttcagATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCAC
ACCTTTATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCCGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATAT
AATTTTACTTTCCTCTCCACAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCAAATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTC
AGGCCAGAAGTTTGAACAATTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATGTCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATT
ATTGGTATCCTCTTATCAGGATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAGTCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAG
GCAAATTGCCAAAGGCAAATGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGCAGAAAGTTGGTCCATTATTT
Intron 4 GTGCTGACAA ... TAACCTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.62 | 58 | 16 | 3.4 |
| A2 | 22.92 | 37 | 11 | 3.8 |
| A3 | 14.29 | 36 | 6 | 5.4 |
| A4 | 32.56 | 29 | 14 | 3.8 |
| A5 | 8.7 | 21 | 2 | 4.5 |
| A6 | 21.88 | 25 | 7 | 3.5 |
| A7 | 21.33 | 59 | 16 | 5.6 |
| A8 | 19.23 | 63 | 15 | 4.9 |
| A9 | 12.22 | 79 | 11 | 3.4 |
| A10 | 20.34 | 47 | 12 | 3.4 |
>TRINITY_DN113606_c2_g4_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTCGTGTCCCTCCCAAGGCTCTTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCCACAATGAGTAGCCAGGCAGTGAGCTATGTGG
AATCAGGAGTTGATGCCAAGGATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTCTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACCTACGCCAGAAACCGATGATCTCAGG
AATAATGAACTGCTTAGAAAGGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCACTGGGAAACCAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATT
TCATAGGGAACATAGGATAGAAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAG
CATTAGCTGCAGCTTCCTGTGCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGTTCCAGTCATTTATGTTGAACAGCATATGATTCAGTGCCAGAAATCTTGTGTTGTTAAAGATGTTGCCTCTTTGGGCCTTAATAGACCCTTG
GACAAAACGAAAGCTACCATTATGCCAAATGCAGCAATAAATAATTTGCCTCCAAAGACAGCCAATCATGTTCTGGTGAGAAGAGCACTGAGGGTGGTAGTCTTTGTACATGGATTTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGAT
CAATGAAGATAAAACAACTGGTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATC
TGAAAAACCTGCACACCTTTATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCTGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAG
>TRINITY_DN113606_c2_g4_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:ATTCATTTGGTGTCATTTTAGGTCGGTTTAGTTAATTATACAAAATTTTATTCTTAGTAAATTTTAAATTGAAGATTCATTTGTGTCCTTGCATTATTTTTGGGCAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCACTGGGAAAC
CAACTATCATATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGgtgctgacaatttaaagtaaagaatgtcgtgaatatttttggaacgtgaattgtcaagaatttaacaagttatcgtctagataaatgaatttgtggttttgttttaagttcagttttccgggttcatgtataaaagttaattaataagagtacaacatt
tatcatttatgtcctttgggataaaaaatttagttcgaaatttgaataaaatatatagatgtttatgcatcagctatttttcataatccattaggacatgatctgctacacagagctgctttagaggagattatgtctgacttgcattctgtcttatttttttaacctgaagGGAACATAGGATAGAAATATTTGAATAT
TTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTTACAAGGAACTCAAATGAAGATCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGTGCTGATCTACATCG
GAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGTTCCAGTCATTTATGTTGAACAGCATATGATTCAGTGCCAGAAATCTTGTGTTGTTAAAGATGTTGCCTCTTTGGGCCTTAATAGACCCTTGGACAAAACGAAAGCTACCATTATGCCAAATGCAG
CAATAAATAATTTGCCTCCAAAGACAGCCAATCATGTTCTGGTGAGAAGAGCACTGAGGGTGGTAGTCTTTGTACATGGATTTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGTCCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTGGTGATTTTAAAGAA
CTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAATTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTTATGTCCGTTTCGGG
ACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCTGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAGACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAG
Intron 5 GTATGTGAAG ... AATTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.86 | 33 | 6 | 10.5 |
| A2 | 21.01 | 37 | 13 | 6.7 |
| A3 | 34.19 | 16 | 9 | 7.7 |
| A4 | 21.57 | 30 | 13 | 3.5 |
| A5 | 17.46 | 8 | 1 | 2.5 |
| A6 | 26.46 | 25 | 14 | 4 |
| A7 | 24.69 | 46 | 21 | 9.3 |
| A8 | 24.92 | 12 | 6 | 2 |
| A9 | 12.72 | 40 | 10 | 1.7 |
| A10 | 18.78 | 47 | 14 | 7.8 |
>TRINITY_DN119080_c0_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoformGTAGACTCATTTTGAATTATGCCGCTTGCTGAATCATATCCGAATAAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATG
GCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCATAACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAA
TGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATATGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACT
TTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTCTTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATG
AGTAGCCAGGCAATGAGCTATGTGGAATCAGGAGTTGATGCCAAGGATATTGCCCTGTGGAAAGCACTGTGTGCTTCACGAGATATTCTTATCAATGAGATACAGAGCATTGGTAGGGGAAACAATCGAAGAATTGATGGTCTGGAAAATATAGAAGAAATAACAATAAAATCTATTGCAAGAAAACTTGGTAAGAGACC
TACGCCAGAAACCGATGATCTCAGGAATAATGAACTGCTTAGAAAGGAGAAGTCAGGTTCAGAAGAATCAACACATGTTTCAACAGAAGGCTCTGAGCAAGATACTGGATCATTTGATGGCGATGAAGAGGGCTATTGGCAAATGTTATCTAAGGCAGATATGGCAGAAGCATTTAAGGCACTGGGAAACCAACTATCAT
ATATTTGGAGCTCATTTTTAAAATTTCATAGGGAACATAGGATAGAAATATTTGAATATTTGCGTTGTCTGTGGGCTGAAGACCGAAGTACTGAGTGGTCAATGTGGTTAGTACACTCAATGGAGCTTCAGCACAATGAGACATCTAATGAAGATTCTGAGGGTGGTTCCCACTACATCCATTTTGCTAAGGAATCACTT
ACAAGGAACTCAAATGAAGATTCTGTCTTATGTTCTATTTTTTTTCCCAGCCAGCATTAGCTGCAGCTTCCTGTGCTGATCTACATCGGAAGAGCATTGAGCAAATGAAGATAAACAGCCGTTCACTTCAAGATTTGCAAATATTTGGTAGTCTATCTCAGGTTCCAGTCATTTATGTTGAACAGCATATGATTCAGTGC
CAGAAATCTTGTGTTGTTAAAGATGTTGCCTCTTTGGGCCTTAATAGACCCTTGGACAAAACGAAAGCTACCATTATGCCAAATGCAGCAATAAATAATTTGCCTCCAAAGACAGCCAATCATGTTCTGGTGAGAAGAGCACTGAGGGTGGTAGTCTTTGTACATGGATTTCAGGGTCATCATCTAGATTTACGGCTAGT
CCGGAACCAATGGCTCTTGATTGACCCAGGTGCAGAATGTCTTATGTCAAGGATCAATGAAGATAAAACAACTGGTGATTTTAAAGAACTAGGGCAAAGATTGGCAGAAGAAGTTTCATCCTTTTTAAATATTAAATTTAGTTCAGCGTCAGGAAATTCTGCTTATGGTAGTTTCAGGCTTAGCTTTGTTGGGCATTCAA
TTGGAAACATCATTATTAGATCCGCCTTAACAGATGCTGCAATGAAGCCCTATCTGAAAAACCTGCACACCTTTATGTCCGTTTCGGGACCTCATTTAGGATATTTGTACAGTTCAAATACTCTGTTCAGCTCTGGTCTATGGCTTTTAAAAAAACTCAAAGGATCTCCTTGTATGCACCAACTAACATTTACTGATGAG
ACAAATATTCAGAGTTGCTACCTTTTCAAGCTAAGCCAGGAGAAAACATTCGAGTATTTTCAAAATATAATTTTACTTTCCTCTCCACAGGATCGCTATGTCCCCTATCATTCGGCACGGATTAAGTTGTGCCATGCGGCGGCACAGGACTACAAGAAAGGACCAGCTTATAGGGCCATGCTAAAAAATTGTCTGAATCA
AATTGTCATGGCTGCTACAACTGATCGTCTATTTCTACGTTGTGATGTGAACTTTGATACCTCTTCTCAGGCCAGAAGTTTGAACAATTTTATTGGCCGAACTGCCCATATTGAATTTCTGGAAACCTGTACATATGCAAGATTTTTAATGTGGTCTTTTCCTAAGATCTTTTCCTGATTGAAGTTGGATGGTGTTAATG
TCCACAAACTACCAAATTAGGTCAATGGGACTCAAAAGTACATCGAGTGACTGACAATTGAGAAAATTATTGGTATCCTCTTATCAGGATTCGAGCAACCATCTACAAAGCTAACTGATAAAAGGTATTAGTGGTATCTTCTATGACCAAATAATTTTATTTGTAGTATGTAATCAGGATTGGATAACTTGTATTTTCAG
TCTTCATGTGGCTGTGACTTAGAGGATTCTAAAATTTATTTCCCAAATTCATTTGGGTTCAAGGAAAGGCAAATTGCCAAAGGCAAATGCCAGATTGTATATCTACCTCCTGTGTATCATATGCAACTTAAGGGAACTGTGTAAGGCATGTTTACTTATGGC
>TRINITY_DN119080_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:GTAGACTCATTTTGAATTATGCCGCTTGCTGAATCATATCCGAATAAAATTCTTATGATAACTAATTCATTTATGACGGCTAGATTATTTCAACAATACAATCATTTAATGCGCAGGTTCGTCTCGCATATATAAGATCCTCCAATGAGGAGTTTTATAATTATGTAAATGTAGCAGAACAGAGCAGGGTACAAACAATG
GCGGACGCTGTGCAGGAGATTGCCATATACATTCACAGATTTCATAACCTTGACCTCTTCCAACAAGGATGGTATCAAATAAAAGTAAATGCAAGATGGGAGGATTCTGAAAATACTGCTTTTGGCACACCTGCTCGTGTGGTGCAATATGATGTGCCAGATTCAGGTTCAGAAGACATTGCAACAGTCTGGCAGATCAA
TGACGAAGATCATAGTTTTTGCACTCGTCCTTTTCGAATCAAATATGCACGGGAGGATGTTTACTTGTCAGTGATGGTTGCCTTCAATTTAGATGTAATAGTACCGGAGAGGCTTTTGACATCTGGAGTCATATTAAAGTTTGAACTGTTATATGCCTCATTCCATGGAGCTTTTTTGGCGGGTCAGAATCCTCTTAACT
TTTCTCCTGCTTCCGTTCATGAAGTTCGTGTCCCTCCCAAGGCTCTTCTGGGTTTGCACTCCTACTGTCCCCTTCACTTCGATGCATTACATATGGTGTTGGTTGATTTAAGTGTACATATTGTTCTTTACAAAGCTCTCATGGTTTCGTCTTTAAGgtatgtgaagaaaatattcaattcgttggctcagaatatagtt
aattaggacacttcctgttgatatttaaataattttcaatgagcttacatatattttcaagcattttggctatgatattatcattttaagaatcctacagtcgtccatgaatatttgcatatgattttcacatgatgaactgcaattttacagTGATGATCGATCAGAGCACAGTCTGGGGGGCTTTGCTACAATGAGTA
GCCAGGTATGTATCCCATAAATTCTATTTCCTTTGATGAATTTTTACTTGGGCTCAAATATTTAGTCTGTTCTTCAAATTCG