sp|Q9FF66|UBC22_ARATH ----> Ubiquitin-conjugating enzyme E2 22

Intron 1 GTAATTGTTG ... TGGACTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.76	96.7	4	7
A2	10.2	88	0	10
A3	10.71	75	3	9
A4	4.05	71	2	3
A5	10.34	26	0	3
A6	2.22	132	0	3
A7	3.9	320	0	13
A8	1.84	320	4	6
A9	2.84	377.3	2	11
A10	4.24	339	0	15

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

AAATTTTGGTTGCTAATGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATC
GCTTTTCCTAAAGGATTTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTTTGTTATGTTGGTAATGGGATAGACAGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCAT
GTTGTTGATGTGCTTATGAAATTATATCTGAGTATCCACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGGTAGGTTTCCTTTGATGGGTGTTTGTTGGTTGTACTTGAAACACGGTTTCATATAATATGCACGCCATTTGTTTGATAGAATACCCTCGCGGAATGTTTA
TTCATATAATGTGATGATAGCAGGGTATGCCAAATGCAGAAGAATACAGGATGCGTTCAAAATGTTTAACAAAATGCCTGAACAAGATGTGGTGTCATGGACTACTATTATTGCAAGATACGCCAAATGAGAGTCTAAATAGGCTAATTAGAGTTTAATCAGGTGGCCAAATGAGATTCTAATCAAGCCAATTAGAGGCT
AAAAACGAGAACCTCCCACCCAGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGACAAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGCATGATCTATATATGCATT
TGTTGATGCTTTTTCCTATAGCTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATTTATGTCAATACTCTGAAGAGGGGTTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGA
CACGTTCTTCTTGACCTTTTCCTTCCTTCAGTAGTTTCCTTGGCAGTCCCTTTGGCACTGATGTCTCGAACCAGTGAATTTCAAGACAGAAAACAAGAGGTAAAAGATGCAATGCCATCAGAGCAGATGGTACCAACGGGAAAACTTGTTTTTTCAATTGGTATTGAGACCCTGCTCTTTGAACCCGCCTTTAGGTAGTA
ATGGGATTGCCTCCATATCTGGGCATGCTTTTAGGCCTTGGAGTTTTGTGGGTCCTGAAAAGATGCAATTCACAATGGAGACTCCGAGAGTGAGAAGTTAAAAGTACCACAAGCTCTCTCTCGAATTGATACCCAAAGTACCCTCTTTTTCCTTGGAATTCTTCTTTTAGTTGGAAGGTAAGCATGCAGACTTGTTGAAT
TGCACAGTGGAAGAATAATATCATTTAACCCAATTCATGAGTATAATAATGAACACGTGCCTGAAGTTGCTACTGCAATGAGGGATCTGCACCTTTATTAGAGGAGTGGGGTGATTGAATGAGTGAAAATGGGATGGATGAGTAGGTTTTAGTACTTGTCCATATGCTCTATCACTAAAGTTAGAATAGTATGCAAGAGG
ATGGCCTGCATTAATAATAGGCAGTCAACCTATTAGGCTCCTCATAGAGTAAATTGCGAATGTAAATAAGGAATCCTATTATCTATAGGTTCCATGAACATAGATGCACATCTAATTGTTCGTGAAGGAATTATGATCACCTTTGGTTTCATGATATAATTGAATACTTCTCTCTTTATAGGAGGGTTGGTTTATTTACT
G

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAATGTCCCTTTTCCTTTCATCTCAATACTTAAAGTTATAGAGTTCATATTAGTCTGCAATTTACAAAATGTAAAACCCCAACACCCTGAACAACTGCTTTTAAATGTGGTGCAACTGCATATTGCATGTAGGTTGTTCTTTCATGAGATTCTCATAATTAGTTAATATGCTTGCTGTCAAGCATATATTTTTGTGATGC
TTTGCATTTTGAAGTAAATCTTCATAGGTATATATGTATTTTATGTGTGACAGGCTAAAAACGAGAACCTCCCACCCAGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAC
AAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGGTGCATAACAAAAAAAAATCCAGAACAATGCAACATATTTTGGATGTTCCATGCTTCAGAAAGAGATCATTTGTTCATATCACATTTACTGAAGGATTTGAATTCATTATTATTTACATAGTTATTACTATATTTTTGCAGCATGATCTATATATGCATTTGT
TGATGCTTTTTCCTATAGCTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGgtaattgttgatccttataatgatgctttatccaacttttctatattacattctcttaaatgtatattttctttagatgttttgttacctgaagacattctttt
tttattttattcttactacttgtctaaattgtcaagtatacaaagaggatgcatgacttgtgaaaactaagaaataaacttgtgtattggactgcagGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATTTATGTCAATACTCTGAAGAGGGGTTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGACA
CGTTCTTCTTGACCTTTTCCTTCCTTCAGTAGTTTCCTTGGCAGTCCCTTTGGCACTGATGTCTCGAACCAGTGAATTTCAAGACAGAAAACAAGAGGTAAAAGATGCAATGCCATCAGAGCAGATGGTACCAACGGGAAAACTTGTTTTTTCAATTGGTATTGAGACCCTGCTCTTTGAACCCGCCTTTAGGTAGTAAT
GGGATTGCCTCCATATCTGGGCATGCTTTTAGGCCTTGGAGTTTTGTGGGTCCTGAAAAGATGCAATTCACAATGGAGACTCCGAGAGTGAGAAGTTAAAAGTACCACAAGCTCTCTCTCGAATTGATACCCAAAGTACCCTCTTTTTCCTTGGAATTCTTCTTTTAGTTGGAAGGTAAGCATGCAGACTTGTTGAATTG
CACAGTGGAAGAATAATATCATTTAACCCAATTCATGAGTATAATAATGAACACGTGCCTGAAGTTGCTACTGCAATGAGGGATCTGCACCTTTATTAGAGGAGTGGGGTGATTGAATGAGTGAAAATGGGATGGATGAGTAGGTTTTAGTACTTGTCCATATGCTCTATCACTAAAGTTAGAATAGTATGCAAGAGGAT
GGCCTGCATTAATAATAGGCAGTCAACCTATTAGGCTCCTCATAGAGTAAATTGCGAATGTAAATAAGGAATCCTATTATCTATAGGTTCCATGAACATAGATGCACATCTAATTGTTCGTGAAGGAATTATGATCACCTTTGGTTTCATGATATAATTGAATACTTCTCTCTTTATAGGAGGGTTGGTTTATTTACTG

Intron 2 GTGCATAACA ... ATTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.85	3	0	7
A2	85.71	1	7	5
A3	61.82	2	2	4.5
A4	100	0	0	4
A5	69.23	2	4	5
A6	10	9	0	2
A7	57.14	3	2	6
A8	55.56	6	5	10
A9	60	3	3	6
A10	50	2	3	1

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i11 from sample A8 / Example spliced isoform

AAATTTTGGTTGCTAATGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATC
GCTTTTCCTAAAGGATTTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTTTGTTATGTTGGTAATGGGATAGACAGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCAT
GTTGTTGATGTGCTTATGAAATTATATCTGAGTATCCACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGGTAGGTTTCCTTTGATGGGTGTTTGTTGGTTGTACTTGAAACACGGTTTCATATAATATGCACGCCATTTGTTTGATAGAATACCCTCGCGGAATGTTTA
TTCATATAATGTGATGATAGCAGGGTATGCCAAATGCAGAAGAATACAGGATGCGTTCAAAATGTTTAACAAAATGCCTGAACAAGATGTGGTGTCATGGACTACTATTATTGCAAGATACGCCAAATGAGAGTCTAAATAGGCTAATTAGAGTTTAATCAGGTGGCCAAATGAGATTCTAATCAAGCCAATTAGAGGCT
AAAAACGAGAACCTCCCACCCAGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGACAAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGCATGATCTATATATGCATT
TGTTGATGCTTTTTCCTATAGCTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATTTATGTCAATACTCTGAAGAGGGGTTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGA
CACGTTCTTCTTGACCTTTTCCTTCCTTCAGTAGTTTCCTTGGCAGTCCCTTTGGCACTGATGTCTCGAACCAGTGAATTTCAAGACAGAAAACAAGAGGTAAAAGATGCAATGCCATCAGAGCAGATGGTACCAACGGGAAAACTTGTTTTTTCAATTGGTATTGAGACCCTGCTCTTTGAACCCGCCTTTAGGTAGTA
ATGGGATTGCCTCCATATCTGGGCATGCTTTTAGGCCTTGGAGTTTTGTGGGTCCTGAAAAGATGCAATTCACAATGGAGACTCCGAGAGTGAGAAGTTAAAAGTACCACAAGCTCTCTCTCGAATTGATACCCAAAGTACCCTCTTTTTCCTTGGAATTCTTCTTTTAGTTGGAAGGTAAGCATGCAGACTTGTTGAAT
TGCACAGTGGAAGAATAATATCATTTAACCCAATTCATGAGTATAATAATGAACACGTGCCTGAAGTTGCTACTGCAATGAGGGATCTGCACCTTTATTAGAGGAGTGGGGTGATTGAATGAGTGAAAATGGGATGGATGAGTAGGTTTTAGTACTTGTCCATATGCTCTATCACTAAAGTTAGAATAGTATGCAAGAGG
ATGGCCTGCATTAATAATAGGCAGTCAACCTATTAGGCTCCTCATAGAGTAAATTGCGAATGTAAATAAGGAATCCTATTATCTATAGGTTCCATGAACATAGATGCACATCTAATTGTTCGTGAAGGAATTATGATCACCTTTGGTTTCATGATATAATTGAATACTTCTCTCTTTATAGGAGGGTTGGTTTATTTACT
G

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAATGTCCCTTTTCCTTTCATCTCAATACTTAAAGTTATAGAGTTCATATTAGTCTGCAATTTACAAAATGTAAAACCCCAACACCCTGAACAACTGCTTTTAAATGTGGTGCAACTGCATATTGCATGTAGGTTGTTCTTTCATGAGATTCTCATAATTAGTTAATATGCTTGCTGTCAAGCATATATTTTTGTGATGC
TTTGCATTTTGAAGTAAATCTTCATAGGTATATATGTATTTTATGTGTGACAGGCTAAAAACGAGAACCTCCCACCCAGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAC
AAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGgtgcataacaaaaaaaaatccagaacaatgcaacatattttggatgttccatgcttcagaaagagatcatttgttcatatcacatttactgaaggatttgaattcattattatttacatagttattactatatttttgcagCATGATCTATATATGCATTTGT
TGATGCTTTTTCCTATAGCTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGGTAATTGTTGATCCTTATAATGATGCTTTATCCAACTTTTCTATATTACATTCTCTTAAATGTATATTTTCTTTAGATGTTTTGTTACCTGAAGACATTCTTTT
TTTATTTTATTCTTACTACTTGTCTAAATTGTCAAGTATACAAAGAGGATGCATGACTTGTGAAAACTAAGAAATAAACTTGTGTATTGGACTGCAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATTTATGTCAATACTCTGAAGAGGGGTTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGACA
CGTTCTTCTTGACCTTTTCCTTCCTTCAGTAGTTTCCTTGGCAGTCCCTTTGGCACTGATGTCTCGAACCAGTGAATTTCAAGACAGAAAACAAGAGGTAAAAGATGCAATGCCATCAGAGCAGATGGTACCAACGGGAAAACTTGTTTTTTCAATTGGTATTGAGACCCTGCTCTTTGAACCCGCCTTTAGGTAGTAAT
GGGATTGCCTCCATATCTGGGCATGCTTTTAGGCCTTGGAGTTTTGTGGGTCCTGAAAAGATGCAATTCACAATGGAGACTCCGAGAGTGAGAAGTTAAAAGTACCACAAGCTCTCTCTCGAATTGATACCCAAAGTACCCTCTTTTTCCTTGGAATTCTTCTTTTAGTTGGAAGGTAAGCATGCAGACTTGTTGAATTG
CACAGTGGAAGAATAATATCATTTAACCCAATTCATGAGTATAATAATGAACACGTGCCTGAAGTTGCTACTGCAATGAGGGATCTGCACCTTTATTAGAGGAGTGGGGTGATTGAATGAGTGAAAATGGGATGGATGAGTAGGTTTTAGTACTTGTCCATATGCTCTATCACTAAAGTTAGAATAGTATGCAAGAGGAT
GGCCTGCATTAATAATAGGCAGTCAACCTATTAGGCTCCTCATAGAGTAAATTGCGAATGTAAATAAGGAATCCTATTATCTATAGGTTCCATGAACATAGATGCACATCTAATTGTTCGTGAAGGAATTATGATCACCTTTGGTTTCATGATATAATTGAATACTTCTCTCTTTATAGGAGGGTTGGTTTATTTACTG

Intron 3 GTATGTTAAT ... TCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.37	223.8	18.2	36.9
A2	10.35	200.3	23.6	26.4
A3	7.81	206.1	21.2	16.2
A4	14.07	184.7	33	31.8
A5	14.43	79.6	20.1	8.4
A6	9.41	389.9	48.1	39
A7	8.66	1014.7	109.9	100.6
A8	9.27	961.8	87.2	127.8
A9	9.1	1162.9	136.7	118.4
A10	8.9	958.4	116.7	91.2

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

GGTCTTTGTGTTCACGTCATTAAATGTTGGGGTTACTTGGACGTTGGTTCGATTAATTGCAAATGAATCGTTGTTTGAGATCCGGTTAATTGACGGGCCAGTATTTACAGGATAATAATGCACAGCGGATTGAATGGTCTTTAATGGCGATTGAATTTTCTTTTGACGTCCACGGAATGCGTTAGAAGATTTCACTCTGT
CGCCACTGGACTTCTTTTCCGGTGATTTTTACTGTCAGTGTCGAAGGTGCAGAACCAATAATAGCGGAAGTTAAAACAGATCCGACGAGTCTCGACCGCTGAATCTTGTTCTGCAGCTCTCGAGGGTTTCAGATATTACCATCCATAGAAGATCAAGTGTGACTGGCAGATCAACTGCTGGAAAGGGATTTTGTATGTGA
ATGCTGACACGGTCCTTGTTAATTTTTTATCATCATACTGGTACAGACAGCTGAAGCCAGAGACGACCTGAAAACAAGCACTTTAGCTGTGTTGAAAAGACAACCACAAAGGTGTAGGCAACCAATTTGGGGATTTTCAGAAATTTCGGAAAGCAGTATATGTGCTGTAATAAAATATTCTGCCTCTAAGCTCATGGCTG
AAAACGAGAACCTACCACCCAGGGTGATAAAAGAAATTGCAAGGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATAAAAGTGGTGCTGAATGATGGCAACTTTTCAACTATATTTGCAGACATTGAAGGACCAGCTGGTACTCCATATGAATGTGGCGTTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTT
CCAAACTCTCCTCCAAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATCTGTGTCAATACTCTGAAGAAGGATTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGACATGTTCTTCTTGTCATAAGATGCCTACTTGTAGAACCATTCCCGGAGTCTGCTTTGAATGAACAGGCAGGGAAGATGCT
CATGGAAGACTATGAAGCATATGCAAAGCATGCCAGGCTCTATACAAGCATTCATGCAATGAAGCCCAAATTGAAAAGTAAAATGGCTATTTCAGAATCTACTGCTTTAAATGAAGGCCCAAAAAATACCCTTGTTACATCTCCTACCCCACTTGTACCATGCACAACAAATAAAGAAAATAATATTCAAGATCCAAGCA
TAAATGTTGCTTCAACAGAAGCTGAGGGAGTTGGTGCATCAACAGTTCATAAGAAGAAGGATCTGGCTTTTGCCAAAGTACATGTTGATAAGAAGAAGCTCGATGCAAGGAAGAAAAGTCTTAAAAGATTGTAGAATTTTAGGCCTTTTTATCAGTCATTGAGTCTTTTTAACTGGTCATGTTACAAAGGTGAGCTAATT
TATTCTGTGAAAATTGCATTGATCCTTTGAGGCCAGATTGGGAAATGATGTATTTAGGTGGAAAGGCTTGGTCTCAGAATCTTTGGGAGCCAAAAATTTGGTACCTGAGATCATAGTTAATGAAAACTGCTGCAAGTTTGTCTGTTGGTATCTATAATTATTATTTTTGGAGCCCTCTTTTCAATAATTTTGGCTTTTGG
CTTTAGTAGTGAGATTTCGTTATTTTGGGTATTCGTGAGATTTTGGCTTTTGGGTATTTTTGGATTTAGTTATTTTGGATGTAATTTTCAATGAATGGTATGCAGTTTTTGAAAACAATAGTTTTGTTGGTTTAAAATGTTAATCTGAACACCCAGGCATGAGGCATGATGGCATCCCATAATGAAAGCATTGAATCAGG
ATGAAATGCTGGGTTTGTTTGGCAATATTGAAATTTACTCTGGACATTCATGTGGGAATGTTGGAAAGGGCCTGGTCTCTGAATCTTTGGGTACCTAACATCATAGTAATTGATGACTGCTACGAGTAGTCTGAAGGGGTCCATCCATGATCAATATTTTTTGTATTTTGGCTTCTTTCTC

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i7 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GGTCTTTGTGTTCACGTCATTAAATGTTGGGGTTACTTGGACGTTGGTTCGATTAATTGCAAATGAATCGTTGTTTGAGATCCGGTTAATTGACGGGCCAGTATTTACAGGATAATAATGCACAGCGGATTGAATGGTCTTTAATGGCGATTGAATTTTCTTTTGACGTCCACGGAATGCGTTAGAAGATTTCACTCTGT
CGCCACTGGACTTCTTTTCCGGTGATTTTTACTGTCAGTGTCGAAGGTGCAGAACCAATAATAGCGGAAGTTAAAACAGATCCGACGAGTCTCGACCGCTGAATCTTGTTCTGCAGCTCTCGAGGGTTTCAGATATTACCATCCATAGAAGATCAAGTGTGACTGGCAGATCAACTGCTGGAAAGGGATTTTGTATGTGA
ATGCTGACACGGTCCTTGTTAATTTTTTATCATCATACTGGTACAGACAGCTGAAGCCAGAGACGACCTGAAAACAAGCACTTTAGCTGTGTTGAAAAGACAACCACAAAGGTGTAGGCAACCAATTTGGGGATTTTCAGAAATTTCGGAAAGCAGTATATGTGCTGTAATAAAATATTCTGCCTCTAAGCTCATGGCTG
AAAACGAGAACCTACCACCCAGGGTGATAAAAGAAATTGCAAGGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATAAAAGTGGTGCTGAATGATGGCAACTTTTCAACTATATTTGCAGACATTGAAGGACCAGCTGGTACTCCATATGAATGTGGCGTTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTT
CCAAACTCTCCTCCAAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATCTGTGTCAATACTCTGAAGAAGGATTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGACATGTTCTTCTTGTCATAAGATGCCTACTTGTAGAACCATTCCCGGAGTCTGCTTTGAATGAACAGGCAGGGAAGATGCT
CATGGAAGACTATGAAGCATATGCAAAGCATGCCAGgtatgttaatgatgcatccctctcttttttggtgctaatgtactcattctgagcttgaatatcattaggatcatactttacaatttttttaaaacacatgggtatgaaatatatttgcacaattcatctatatctggacataattgaataattccagatatttc
cctgagtaagatcaactaccctgaatatagtttctactcagtaatcagttgaacttatcattctctaagtaatttgacacattgtctaatgctgagtagtgcttctctattttctagggtttaccctcttggatcaccctttctcttatttcacttgtatcctatagcttgtagcttctaggagttgcttgtaccttgta
tgtcacttagcttataacttccaggaattgcttgtagcttgtctgtcacttacttggatttctagtcccattgaccttttttccttgttacgaattgtgcttaatatttgtgtgctttatctatttttaattttttgtatttggtgaaattacagtgtgagtgttcttaatgtgtccatattcacacacctgcacctgcc
tttgcacaagtgcctttagtaattgtcaatgtgaatcttgttatgtcagtcataaagtattatattggataccattttgtagtggatgtgcattgtgaactgtagaggcttgctgtggatctagtcaactcttctgacaagggtataaaaaatgcaaatgaacttttatgtctggcgaaaactttgttcccaagaggtaa
gatgtgcttatattacaaacattaatgctgaattgggtttcttttgcagGCTCTATACAAGCATTCATGCAATGAAGCCCAAATTGAAAAGTAAAATGGCTATTTCAGAATCTACTGCTTTAAATGAAGGCCCAAAAAATACCCTTGTTACATCTCCTACCCCACTTGTACCATGCACAACAAATAAAGAAAATAATATT
CAAGATCCAAGCATAAATGTTGCTTCAACAGAAGCTGAGGGAGTTGGTGCATCAACAGTTCATAAGAAGAAGGATCTGGCTTTTGCCAAAGTACATGTTGATAAGAAGAAGCTCGATGCAAGGAAGAAAAGTCTTAAAAGATTGTAGAATTTTAGGCCTTTTTATCAGTCATTGAGTCTTTTTAACTGGTCATGTTACAA
AGGTGAGCTAATTTATTCTGTGAAAATTGCATTGATCCTTTGAGGCCAGATTGGGAAATGATGTATTTAGGTGGAAAGGCTTGGTCTCAGAATCTTTGGGAGCCAAAAATTTGGTACCTGAGATCATAGTTAATGAAAACTGCTGCAAGTTTGTCTGTTGGTATCTATAATTATTATTTTTGGAGCCCTCTTTTCAATAA
TTTTGGCTTTTGGCTTTAGTAGTGAGATTTCGTTATTTTGGGTATTCGTGAGATTTTGGCTTTTGGGTATTTTTGGATTTAGTTATTTTGGATGTAATTTTCAATGAATGGTATGCAGTTTTTGAAAACAATAGTTTTGTTGGTTTAAAATGTTAATCTGAACACCCAGGCATGAGGCATGATGGCATCCCATAATGAAA
GCATTGAATCAGGATGAAATGCTGGGTTTGTTTGGCAATATTGAAATTTACTCTGGACATTCATGTGGGAATGTTGGAAAGGGCCTGGTCTCTGAATCTTTGGGTACCTAACATCATAGTAATTGATGACTGCTACGAGTAGTCTGAAGGGGTCCATCCATGATCAATATTTTTTGTATTTTGGCTTCTTTCTC

Intron 4 GTTATTTACT ... TTTGTATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	53.57	13	8	15
A2	52.94	24	4	27
A3	45.65	25	1	21
A4	50	22	4	22
A5	50	15	0	15
A6	47.66	67	10	61
A7	49.19	126	9	122
A8	46.6	110	4	96
A9	48.31	183	19	171
A10	47.69	136	4	124

>TRINITY_DN45940_c2_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

ATTGAATTGGTGTTGGAGAGGCCAAAATGGATCTTCTAGTTCGAATATTTATGAGTATTTATGGACTATGATATATGTTCCATTGAATTTAGAGCATCATTTCTAGTTTGGAACACTTTTCGCTTCGTCAAAAAAGGTTTTCGTTTTCTTGAGATATGGCCAATTTACCATATCCATGATTTGGAGTTCTGTTTCGAAAT
TTTCTTCTGGTTGAGGAGGGCGCACTAGTGGTTGTCTAGATCTCTTACAGGTGGTTCTATTGGATTTATATAATTCCCATTTGGTATAGGACGCACTTGGAAGAGCATATATCCAAGTTGGGGTTGAAACCTGTTTGTGAAGGGTGCATCTATTAGAGAAGATCTTCCATTTGGAGCTGTGCTTCCCATCTTTCTCTTTG
TCATAAGACTTGTAGAACCCTTCCCGGAGTCTGCTTTGAATGAACAGGCAGGGAAGATGCTCATGGAAGACTATGAAGCATATGCAAAGCATGCCAGGCTCTATACAAGCATTCATGCAATGAAGCCCAAATTGAAAAGTAAAGTGGCTATTTCAGAATCTACTGCTTTAAATGAAGGCCCAAAAAATACCCTTGTTAC

>TRINITY_DN45940_c2_g1_i4 from sample A10 / Example unspliced isoform:

ATTGAATTGGTGTTGGAGAGGCCAAAATGGATCTTCTAGTTCGAATATTTATGAGTATTTATGGACTATGATATATGTTCCATTGAATTTAGAGCATCATTTCTAGTTTGGAACACTTTTCGCTTCGTCAAAAAAGGTTTTCGTTTTCTTGAGATATGGCCAATTTACCATATCCATGATTTGGAGTTCTGTTTCGAAAT
TTTCTTCTGGTTGAGGAGGGCGCACTAGTGGTTGTCTAGATCTCTTACAGGTGGTTCTATTGGATTTATATAATTCCCATTTGGTATAGGACGCACTTGGAAGAGCATATATCCAAGTTGGGGTTGAAACCTGTTTGTGAAGGGTGCATCTATTAGAGAAGATCTTCCATTTGGAGCTGTGCTTCCCATCTTTCTCTTTg
ttatttactagcatccatctcaacgctatttgtatcagGTCATAAGACTTGTAGAACCCTTCCCGGAGTCTGCTTTGAATGAACAGGCAGGGAAGATGCTCATGGAAGACTATGAAGCATATGCAAAGCATGCCAGGCTCTATACAAGCATTCATGCAATGAAGCCCAAATTGAAAAGTAAAGTGGCTATTTCAGAATCT
ACTGCTTTAAATGAAGGCCCAAAAAATACCCTTGTTACATCTCCTACCCCACTTGTACCATGCACAACAAATAAAGAAAATAATATTCAAGATCCAAGCATAAATGTTGCTTCAACAGAAGCTGAGGGAGTTGGTGCATCAACAGTTCATAAGAAGAAGGATCTGGCTTTTGCCAAAGTACATGTTGATAAGAAGAAGCT
CGATGCAAGGAAGAAAAGTCTTAAAAGATTGTAGAATTTTAGGCCTTTTTATCAGTCATTGAGTCTTTTTAACTGGTCATGTTACAAAGGTGAGCTAATTTATTCTGTGAAAATTGCATTGATCCTTTGAGGCCAGATTGGGAAATGATGTATTTAGGTGGAAAGGCTTGGTCTCAGAATCTTTGGGAGCCAAAAATTTG
GTACCTGAGATCATAGTTAATGAAAACTGCTGCAAGTTTGTCTGTTGGTATCTATAATTATTATTTTTGGAGCCCTCTTTTCAATAATTTTGGCTTTTGGCTTTAGTAGTGAGATTTCGTTATTTTGGGTATTCGTGAGATTTTGGCTTTTGGGTATTTTTGGATTTAGTTATTTTGGATGTAATTTTCAATGAATGGTA
TGCAGTTTTTGAAAACAATAGTTTTGTTGGTTTAAAATGTTAATCTGAACACCCAGGCATGAGGCATGATGGCATCCCATAATGAAAGCATTGAATCAGGATGAAATGCTGGGTTTGTTTGGCAATATTGAAATTTACTCTGGACATTCATGTGGGAATGTTGGAAAGGGCCTGGTCTCTGAATCTTTGGGTACCTAACA
TCATAGTAATTGATGACTGCTACGAGTAGTCTGAAG

Intron 5 GTAGGTTTCC ... GTGATGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	1	5
A2	87.5	1	10	4
A3	100	0	2	7
A4	100	0	3	5
A5	100	0	0	4
A6	80.65	9	35	40
A7	78.46	7	17	34
A8	77.78	4	13	15
A9	83.87	5	21	31
A10	87.18	5	35	33

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i20 from sample A8 / Example spliced isoform

AAATTTTGGTTGCTAATGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATC
GCTTTTCCTAAAGGATTTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTCTGCTGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCATGTTGTTGATGTGCTTATGAAA
TTATATCTGAGTATCCACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGCAGGGTATGCCAAATGCAG

>TRINITY_DN43676_c0_g1_i15 from sample A8 / Example unspliced isoform:

AAATTTTGGTTGCTAATGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATC
GCTTTTCCTAAAGGATTTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTCTGCTGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCATGTTGTTGATGTGCTTATGAAA
TTATATCTGAGTATCCACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGgtaggtttcctttgatgggtgtttgttggttgtacttgaaacacggtttcatataatatgcacgccatttgtttgatagaataccctcgcggaatgtttattcatataatgtgatgatagC
AGGGTATGCCAAATGCAGAAGAATACAGGATGCGTTCAAAATGTTTAACAAAATGCCTGAACAAGATGTGGTGTCATGGACTACTATTATTGCAAGATACGCCAAATGAGAGTCTAAATAGGCTAATTAGAGTTTAATCAGGTGGCCAAATGAGATTCTAATCAAGCCAATTAGAGGCTAAAAACGAGAACCTCCCACCC
AGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGACAAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGCATGATCTATATATGCATTTGTTGATGCTTTTTCCTATAG
CTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATTTATGTCAATACTCTGAAGAGGGGTTGGAATCCAACCCTTGGATTGCGACACGTTCTTCTTGACCTTTTC
CTTCCTTCAGTAGTTTCCTTGGCAGTCCCTTTGGCACTGATGTCTCGAACCAGTGAATTTCAAGACAGAAAACAAGAGGTAAAAGATGCAATGCCATCAGAGCAGATGGTACCAACGGGAAAACTTGTTTTTTCAATTGGTATTGAGACCCTGCTCTTTGAACCCGCCTTTAGGTAGTAATGGGATTGCCTCCATATCTG
GGCATGCTTTTAGGCCTTGGAGTTTTGTGGGTCCTGAAAAGATGCAATTCACAATGGAGACTCCGAGAGTGAGAAGTTAAAAGTACCACAAGCTCTCTCTCGAATTGATACCCAAAGTACCCTCTTTTTCCTTGGAATTCTTCTTTTAGTTGGAAGGTAAGCATGCAGACTTGTTGAATTGCACAGTGGAAGAATAATAT
CATTTAACCCAATTCATGAGTATAATAATGAACACGTGCCTGAAGTTGCTACTGCAATGAGGGATCTGCACCTTTATTAGAGGAGTGGGGTGATTGAATGAGTGAAAATGGGATGGATGAGTAGGTTTTAGTACTTGTCCATATGCTCTATCACTAAAGTTAGAATAGTATGCAAGAGGATGGCCTGCATTAATAATAGG
CAGTCAACCTATTAGGCTCCTCATAGAGTAAATTGCGAATGTAAATAAGGAATCCTATTATCTATAGGTTCCATGAACATAGATGCACATCTAATTGTTCGTGAAGGAATTATGATCACCTTTGGTTTCATGATATAATTGAATACTTCTCTCTTTATAGGAGGGTTGGTTTATTTACTG

Intron 6 GTAGGTTTCC ... ATGATAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
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A9	69.69	11.7	21	32
A10	78.33	9.7	35	34

>TRINITY_DN41788_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoform

TGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATCGCTTTTCCTAAAGGAT
TTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTCTGCTGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCATGTTGTTGATGTGCTTATGAAATTATATCTGAGTATCC
ACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGGGTATGCCAAATGCAGAAGAATACAGGATGCGTTCAAAATGTTTAACAAAATGCCTGAACAAGATGTGGTGTCATGGACTACTATTATTGCAAGATACGCCAAATGAGAGTCTAAATAGGCTAATTAGAGTTTAATC
AGGTGGCCAAATGAGATTCTAATCAAGCCAATTAGAGGCTAAAAACGAGAACCTCCCACCCAGGGTGATAAAAGAATTTGTAGAGGAGCTGAAGAGTCTCGATGAATCACCTCCTGGAGGCATTAAAGTGGTGGTGAATGATGACAAATTTTCAACTACATTTGTAGACATTGAAGGATTAGCATGATCTATATATGCAT
TTGTTGATGCTTTTTCCTATAGCTGGCACTCCATATGAATGTGGTTCTTTTCGAATGAAACTAGTCTTAACCCCTGATTTTCCAAAATCTCCTCCGAAAGGGTATTTTGTGACAAAATTCTTCCACCCTAATATTGCAAATAATGGAGAGATCTGTGTCAATACTCTGAAGAAGGATTGGAATCCAACCCTTGGATTGCG
ACATGTTCTTCTTGTCATAAGATGCCTACTTGTAGAACCATTCCCGGAGTCTGCTTTGAATGAACAGGCAGGGAAGATGCTCATGGAAGACTATGAAGCATATGCAAAGCATGCCAGGCTCTATACAAGCATTCATGCAATGAAGCCCAAATTGAAAAGTAAAGTGGCTATTTCAGAATCTACTGCTTTAAATGAAGGCC
CAAAAAATACCCTTGTTACATCTCCTACCCCACTTGTACCATGCACAACAAATAAAGAAAATAATATTCAAGATCCAAGCATAAATGTTGCTTCAACAGAAGCTGAGGGAGTTGGTGCATCAACAGTTCATAAGAAGAAGGATCTGGCTTTTGCCAAAGTACATGTTGATAAGAAGAAGCTCGATGCAAGGAAGAAAAGT
CTTAAAAGATTGTAGAATTTTAGGCCTTTTTATCAGTCATTGAGTCTTTTTAACTGGTCATGTTACAAAGGTGAGCTAATTTATTCTGTGAAAATTGCATTGATCCTTTGAGGCCAGATTGGGAAATGATGTATTTAGGTGGAAAGGCTTGGTCTCAGAATCTTTGGGAGCCAAAAATTTGGTACCTGAGATCATAGTTA
ATGAAAACTGCTGCAAGTTTGTCTGTTGGTATCTATAATTATTATTTTTGGTGCCCTCTTTTCAGTAATTTTGGCTTTTGGCTTTAGTAGTGAGATTTCGTTATTTTGGGTATTCGTGAGATTTTGGCTTTTGGGTATTTTTGGATTTAGTTATTTTGGATGTAATTTTCAATGAATGGTATGCAGTTTTTGAAAACAAT
AGTTTTGTTGGTTTAAAATGTTAATCTGAACACCCAGGCATGAGGCATCCCATGATGAAAGCATTGAATCAGGATGAAATGCTGGGTTTGTTTGGCAATATTGAAATTTACTCTGGACATTCATGTGGGAATGTTGGAAAGGGCCTGGTCTCTGAATCTTTG

>TRINITY_DN41788_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGTATCCTCAAGTTTACCGCCATTGATAATGGAATATGAAATCGAGTGAGTGTCAGTGATTTTGTTCATTTTCCAGGAAGAGAAACTGTGCTCGCTCGGGTTCCAAATTTTGGTCCTATACTGGAAAATTCCACCTCACAGTCTATGGGGATTGACCTGCATCTCCTCTAGGATCAATTTCATCGCTTTTCCTAAAGGAT
TTTCACTGCCAAGTCTGTGTTGCATTCTGGCGAGGACGAACATTTTACGGATCTTGTTGCTGGACAAGTTTAGAATAACATTCAGTGAATTGTTCTGTTATTTTTTATTTATTATAGGGTCTGCTGTGTCTAATAGGTTCGTGACAAAGTAGCTGCCTACCATGTTGTTGATGTGCTTATGAAATTATATCTGAGTATCC
ACTGGCGTATGTGGTGGTCTACAATGGGCATGGGGTGGATGATGGATAGTTCCACGATCGCTGgtaggtttcctttgatgggtgtttgttggttgtacttgaaacacggtttcatataatatgcacgccatttgtttgatagaataccctcgcggaatgtttattcatataatgtgatgatagcagGGTATGCCAAATGC
AGAAGAATACAGGATGCGTTCAAAATGTTTAACAAAATGCCTGAACAAGATGTGGTGTCATGGACTACTATTATTGCAAGATACGCCAAATGAGAGTCTAAATAGGCTAATTAGAGTTTAATCAGGTGGCCAAATGAGATTCTAATCAAGCCAATTAGAGGTATGCAAACTTCTGAGTTGCAGAAATCATATACAAAGTT
GATGAGAAAAAGAATTATGCTGTTAACTCCAGTAGTGTGTAATTGTCTCTTTGATAGAACTGGTTGTATGATGTGATGCCTCTCTTTCCATACCATTGTCCAAACTTGATTTTGGTTCACAAAATCACTACATTAGTGTTCTTTTTAATTGAGTAAATGGTTTTTCATTCTAGAGTAGAGGCGAGGGTTTTAAACCCTCC
ATCAACAATATCTTATTTGGGTTTAACTCCACTCTATTTAGATTCCAGAATGAGTAGATCGTGAGGCCTCCAGTCTATAGAATATAACTGCAAGTGCGCCCAGTCTTGAAATGTAATTGTCATTGCGTTTAAGTCTATAAAATGAATTTGTGATGGATTTAAAGTGATGTTTTCAGCAACAGAGGATGATTTCCTATATA
CACATGTCCATATCAGTAGATTACATAAATGATTAC