sp|Q0JLS6|RHD3_ORYSJ ----> Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3
Intron 1 GTAAGCTCAA ... AGTCTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.67 | 205 | 38 | 95 |
| A2 | 27.49 | 306 | 29 | 116 |
| A3 | 25.98 | 416 | 43 | 146 |
| A4 | 25.55 | 236 | 31 | 81 |
| A5 | 19.72 | 232 | 21 | 57 |
| A6 | 24.44 | 136 | 6 | 44 |
| A7 | 24.41 | 353 | 28 | 114 |
| A8 | 31.88 | 94 | 12 | 44 |
| A9 | 28.38 | 270 | 21 | 107 |
| A10 | 23.04 | 431 | 26 | 129 |
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGAC
TTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGA
GAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTATTCTTTAGCATAGTTGTAGGAAAATACGGCAAACAAGCCACTACTGAAAA
CAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAGACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACG
GCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGATTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCA
CAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATCTGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCG
TAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAA
GGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACAC
TTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGT
TTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTACGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTA
CTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAG
TAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTC
AATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCGCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGA
CAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAA
GGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTC
ATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACA
CTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGC
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:AACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGgtaagctcaaacattatccaacccggttgtattgatcgatttatatttccataagatcttcagtaatcagacattaatccccgatttgggtttcattttgaaaggttgatt
tgtgtgttgattacggtggatcttcagagtctgaaagGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCAC
ACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGT
TGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACAT
Intron 2 GTAAGCTCAA ... ATTTTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.26 | 66 | 38 | 14 |
| A2 | 28.28 | 52 | 29 | 12 |
| A3 | 23.94 | 81 | 43 | 8 |
| A4 | 25.64 | 58 | 31 | 9 |
| A5 | 25 | 33 | 21 | 1 |
| A6 | 20 | 24 | 6 | 6 |
| A7 | 24.84 | 59 | 28 | 11 |
| A8 | 23.08 | 20 | 12 | 0 |
| A9 | 29.2 | 40 | 21 | 12 |
| A10 | 24.55 | 63 | 26 | 15 |
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i10 from sample A4 / Example spliced isoformAACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGTTGATTTGTGTGTTGATTACGGTGGATCTTCAGAGTCTGAAAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGG
TCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTG
ATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACAT
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:AACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGgtaagctcaaacattatccaacccggttgtattgatcgatttatatttccataagatcttcagtaatcagacattaatccccgatttgggtttcattttgaaagGTTGATT
TGTGTGTTGATTACGGTGGATCTTCAGAGTCTGAAAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCAC
ACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGT
TGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACAT
Intron 3 GTAGAATTAC ... GGTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.83 | 453 | 198 | 70 |
| A2 | 20.28 | 265.4 | 97 | 38 |
| A3 | 21.4 | 371 | 137 | 65 |
| A4 | 21.89 | 339 | 141 | 49 |
| A5 | 21.19 | 186 | 72 | 28 |
| A6 | 21.41 | 330.4 | 127 | 53 |
| A7 | 21.52 | 614.4 | 239 | 98 |
| A8 | 20.35 | 366 | 135 | 52 |
| A9 | 20.07 | 466 | 158 | 76 |
| A10 | 19.25 | 493 | 175 | 60 |
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGAAGCTTGCAACCCAACCCAACCCAACCTAATGAATGAAGTTCCGAGCGATGTGTCTTTGCAAACTGAGGAAAGTTACTTCCTCATACTAAAAGCACTAGCATTTGGAATGCTACCTAACAGGCTATATCCCTCGAGTCATGGCTTATAAAAGCTAATGGAAGCAGTAAACAGGAAGTGATTGGAAAGGATATAGTTGAA
GATGAATATCAGAAGGATTTTTAAATGAATTTATATTTTCAAGATTTTCACAAAACCTGTATGCCTTTTTTTGAATTCTTTTACTTGAATAAATTTTACAAGATTTTGCTGTAATATAATGCGACTATTTAAATTTGGAACAATGCAACTATTTGCAGTTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAAC
AACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATGTGAGTTCAAGATAATGCCCTTGGTTCTTTCCTGTATTTATGAAGTGCATAATTTTGGAAAACTTACATGTAGATTTTTTTAATTCTAAATTTCTTTATCCCAATTAACAGAGTGTTGTTGCTTCCATATGCTTTATAGAAATGCATCTTTGAATGTTTGTAT
GCTTCTGTACCTAAATTAACTCCAAATATTATATACTTTTGTAGCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAA
GGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACAC
TTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGT
TTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTATGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTA
CTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAG
TAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTC
AATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGA
CAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAA
GGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTC
ATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACA
CTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGCATATCAGTTAATATTTTAAAAATGGCACCAATGACCATGATCTCAGAACTGAGAAGAACAGAATGTT
TGATTTCCATAGGGCAGTTTAACATGCACCTATCCTTGC
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGC
TTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTT
TCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGA
AAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAG
ACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGA
TTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCACAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATC
TGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAG
CTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGATCAGGCTCTTAAGATGGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAAGGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGC
CGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGgtagaattaccatcctatcagtagcagtaacaactgatacattttagtatctagcacctaggtcataatcttaaaatagcgcataatcttaaaagacagtggcccttagcagaatttgtggctgctagtat
ttgcagagcggatagctttatatttattggctgtttattcatggttttgtagAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACACTTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAA
TTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGTTTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGAT
GCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTATGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTACTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGA
GGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAGTAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCC
TGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTCAATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAAT
AACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGACAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAAT
TATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAAGGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTC
ATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTCATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGC
TCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACACTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCT
TAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGCATATCAGTTAATATTTTAAAAATGGCACCAATGACCATGATCTCAGAACTGAGAAGAACAGAATGTTTGATTTCCATAGGGCAGTTTAACATGCACCTATCCTTGC
Intron 4 GTAAGTTATT ... TATGCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.37 | 363.3 | 0 | 66 |
| A2 | 17.09 | 262 | 0 | 54 |
| A3 | 14.68 | 308 | 1 | 53 |
| A4 | 16.25 | 268 | 1 | 52 |
| A5 | 10.08 | 107 | 0 | 12 |
| A6 | 15.82 | 1059.1 | 0 | 199 |
| A7 | 13.03 | 1167.7 | 0 | 175 |
| A8 | 15.66 | 1168.6 | 3 | 217 |
| A9 | 13.13 | 999 | 0 | 151 |
| A10 | 10.26 | 717 | 0 | 82 |
>TRINITY_DN113122_c4_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformCATCCATCATAGCTCAAAAAATGATCAATAACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGC
TTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGCGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGTTGATTTGTGTGTTGATTACGGTGGATCTTCAGAGTCTGAAAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATT
GATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGG
TATTTGGATGGCGAGGGCAGCTGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCAC
TACTGAAAACAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAGACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTG
GAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGATTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTT
GCCTGCTCACAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATCTGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTG
ATGAGAGCGTAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAA
TTTGATCAAGGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTC
ACGAGACACTTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGA
AGGAGAGGTTTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTACGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCA
TCTGCCCTACTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCA
GGAAGCTAGTAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTG
GCATTCTTCAATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATG
ACGCATAGACAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCA
ATAGCGGAAGGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTCGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAA
GTTATGTTCATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAAT
ATCTATACACTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATT
>TRINITY_DN113122_c4_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:CAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTgtaagttattgcttgcacttgtcaacggatacattttgcatatcatcaagttacatgtttaaaaggagataagaagaaatactgatattgtagtcatattttgattttactagttacatttgattccagtaatgtttatgatgtttcatcattgaatatgctgcagCTCTCTGGCAT
TCTTCAATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGC
ATAGACAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAG
CGGAAGGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTCGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTA
TGTTCATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCT
ATACACTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATT
Intron 5 GTTGATTTGT ... AGTCTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.16 | 205 | 64.6 | 121 |
| A2 | 22.7 | 306 | 50.8 | 129 |
| A3 | 23.52 | 417.4 | 80.8 | 176 |
| A4 | 25.2 | 236 | 56 | 103 |
| A5 | 17.82 | 232 | 33.6 | 67 |
| A6 | 22.73 | 136 | 24 | 56 |
| A7 | 21.63 | 353 | 58.9 | 136 |
| A8 | 27.69 | 94 | 20 | 52 |
| A9 | 22.44 | 270 | 40.3 | 116 |
| A10 | 20.04 | 431 | 63 | 153 |
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGC
TTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTT
TCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGA
AAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAG
ACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGA
TTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCACAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATC
TGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAG
CTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAAGGGTGTGCAGGTATGTTTGTTTGGAAGTTTGGTCCTGTACATTGTCATAGACTCTTAAGAGCTAGG
TCTATTTTCTTTATAACAAGCTCTTCTTTTATTTTCAGTAGAGACTTGACAGATTTCACAAAGGAGTCTTAATTTTGTTTATATTTCACTAGAGGAGCCTTAATAGCATTATTCAGTTCATATTTCACAAGTTATAACAATGGCAATCTCTTGGGTTTGGTGTATGATGACAACCCTTAGTTGCACTGTTGCCTTATTCT
TGTGCGTGATTTTGTATGTGGTAGATTCATTAAGACTAACTATTGTCCTTGTTAATCTGATTGCCATTTGAGAGTTTTTCATGATATACTATTAGTATTATGCAA
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGC
TTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGgttgatttgtgtgttgattacggtggatcttcagagtctgaaagGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTC
TTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGAT
CCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTTATGATGCG
TTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAGACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGA
AGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGATTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCACAAGGTTATGGTTGCGACTGTT
CGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATCTGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAACAACGAAGCGCCAGCA
TTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGATCAGGCTCTTAAGATGGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAAGGGTGTGCAGATGCAACTGTTC
AGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACACTTGGCCATCAATTAGGAAAATC
TTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGTTTTCGAATGTGTTTAGTCAAGA
TTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTATGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTACTAGACAATGGTGATGGATCTG
GTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAGTAGGCGCAGTTCTACATTTTTG
CCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTCAATTATCAACAAAATTTCTTCC
CACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGACAAGTGGGTAACGTTGACATGG
GAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAAGGAAATTTGAAACAGTTGCTAC
AAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTCATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGC
TTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACACTCTGTTCAATGATGGGTGTTA
TTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGCATATCAGTTAATATTTTAAAAATGGCACCAATGACCATGATCTCAGAACTGAGAAGAACAGAATGTTTGATTTCCATAGGGCAGTTTAA
CATGCACCTATCCTTGC
Intron 6 GTATTCTTTA ... TTGCTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0 | 125 | 0 | 0 |
| A2 | 2.59 | 113 | 4 | 2 |
| A3 | 0 | 138 | 0 | 0 |
| A4 | 4.09 | 129 | 8 | 3 |
| A5 | 0 | 79 | 0 | 0 |
| A6 | 0 | 83 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 163 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 63 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 123 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 181 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGAC
TTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGA
GAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTATTCTTTAGCATAGTTGTAGGAAAATACGGCAAACAAGCCACTACTGAAAA
CAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAGACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACG
GCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGATTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCA
CAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATCTGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCG
TAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAA
GGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACAC
TTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGT
TTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTACGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTA
CTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAG
TAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTC
AATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCGCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGA
CAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAA
GGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTC
ATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACA
CTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGC
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i9 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATCTAATTCCCAATTGTTGTCTCTTGATATTGATTGTGTTCCATTTTGAAACGATGGGAAAATGACAATTCATATTCCTACTTTTCTTTCTTGTAACAAGTTGTCTAAGTGAATCATTTTGCTTTTAGGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTATTCTT
TAGCATAGTTGTAGGAAAATACGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGgtattctttagcatagttgtaggaaaatactgtcaagaaatttgtggtcttattgccatttacttatggtttttctttgctgacagGTTATGATGCGTTTATTTAG
Intron 7 GTGAGTTCAA ... ACTTTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.41 | 302.5 | 4.5 | 46.9 |
| A2 | 13.42 | 206.5 | 1.9 | 32 |
| A3 | 13.37 | 311 | 0.6 | 48 |
| A4 | 16.12 | 255 | 1.3 | 49 |
| A5 | 17.56 | 135 | 0 | 28.8 |
| A6 | 12.54 | 217 | 0 | 31.1 |
| A7 | 15 | 374 | 0 | 66 |
| A8 | 11.73 | 223 | 0 | 29.6 |
| A9 | 12.04 | 339 | 0 | 46.4 |
| A10 | 9.01 | 323 | 0 | 32 |
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformCAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGC
TTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTT
TCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGA
AAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAG
ACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGA
TTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCACAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATC
TGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAG
CTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAAGGGTGTGCAGGTATGTTTGTTTGGAAGTTTGGTCCTGTACATTGTCATAGACTCTTAAGAGCTAGG
TCTATTTTCTTTATAACAAGCTCTTCTTTTATTTTCAGTAGAGACTTGACAGATTTCACAAAGGAGTCTTAATTTTGTTTATATTTCACTAGAGGAGCCTTAATAGCATTATTCAGTTCATATTTCACAAGTTATAACAATGGCAATCTCTTGGGTTTGGTGTATGATGACAACCCTTAGTTGCACTGTTGCCTTATTCT
TGTGCGTGATTTTGTATGTGGTAGATTCATTAAGACTAACTATTGTCCTTGTTAATCTGATTGCCATTTGAGAGTTTTTCATGATATACTATTAGTATTATGCAA
>TRINITY_DN127625_c1_g1_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAAGCTTGCAACCCAACCCAACCCAACCTAATGAATGAAGTTCCGAGCGATGTGTCTTTGCAAACTGAGGAAAGTTACTTCCTCATACTAAAAGCACTAGCATTTGGAATGCTACCTAACAGGCTATATCCCTCGAGTCATGGCTTATAAAAGCTAATGGAAGCAGTAAACAGGAAGTGATTGGAAAGGATATAGTTGAA
GATGAATATCAGAAGGATTTTTAAATGAATTTATATTTTCAAGATTTTCACAAAACCTGTATGCCTTTTTTTGAATTCTTTTACTTGAATAAATTTTACAAGATTTTGCTGTAATATAATGCGACTATTTAAATTTGGAACAATGCAACTATTTGCAGTTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCGTAAGAAC
AACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATgtgagttcaagataatgcccttggttctttcctgtatttatgaagtgcataattttggaaaacttacatgtagatttttttaattctaaatttctttatcccaattaacagagtgttgttgcttccatatgctttatagaaatgcatctttgaatgtttgtat
gcttctgtacctaaattaactccaaatattatatacttttgtagCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAA
GGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACAC
TTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGT
TTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTATGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTA
CTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAG
TAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTC
AATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCTCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGA
CAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAA
GGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTC
ATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACA
CTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGCATATCAGTTAATATTTTAAAAATGGCACCAATGACCATGATCTCAGAACTGAGAAGAACAGAATGTT
TGATTTCCATAGGGCAGTTTAACATGCACCTATCCTTGC
Intron 8 GTAGATGATT ... TTTTGTATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.35 | 321 | 0 | 127 |
| A2 | 21.96 | 231 | 0 | 65 |
| A3 | 24.21 | 288 | 0 | 92 |
| A4 | 27.87 | 295 | 1 | 114 |
| A5 | 23.08 | 150 | 0 | 45 |
| A6 | 22.33 | 167 | 0 | 48 |
| A7 | 23.73 | 344 | 0 | 107 |
| A8 | 24.26 | 128 | 0 | 41 |
| A9 | 23.82 | 291 | 0 | 91 |
| A10 | 23.14 | 402 | 0 | 121 |
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAACATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGA
GCTTTCTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGTGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGAC
TTTCATATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCGGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGA
GAAAGAGGAGAGGATGACACTGCATTTGAGAAACAGAGTTCATTATTTGCGTTGGCTGTTTCAGACATAGTGTTGATAAACATGTGGTGTCATGATATTGGTCGTGAGCAGGCGGCAAACAAGCCACTACTGAAAACAGTATTTCAGGTATTCTTTAGCATAGTTGTAGGAAAATACGGCAAACAAGCCACTACTGAAAA
CAGTATTTCAGGTTATGATGCGTTTATTTAGTCCTCGCAAGACAACATTGCTATTTGTTATTCGAGACAAGACTAAGACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTTCCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACG
GCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTAATGTTGTTGAGACAACGATTTTTCAACTCCATAGCACCCGGTGGACTTGCGGGTGACAGAAGGGCAGTTGTTCCTGCCTCAGGTTTTCCTTTCAGTACACAACAGATCTGGAAAGTTATCAGAGAAAATAAAGACCTTGACTTGCCTGCTCA
CAAGGTTATGGTTGCGACTGTTCGTTGTGAAGAGATTGCTAATGAAAATTTTGCTAAATTGGCATCTGATGAGGATTGGCTAGAACTAGAGGAAGCTGTACAATCTGGTCCAGTGATAGGGTTCGGGAAGAAAATAAGTTCCATTCTAGACAAATATTTTTCAGATTATGATGCAGAAGCAGTTTATTTTGATGAGAGCG
TAAGAACAACGAAGCGCCAGCATTTGGAGTCTAAGTCATTGGATCTTGTCTATCCTGCTTATCAAGCTATGCTGGGGCACCTCCGTGCTAGAGCTTTAAATATGTTTAAGGATCAGCTTGAACAGGCTCTTAAGATAGGAGAAGCATTTGCAGTGGCTGTTCGTGATTGTATGAAAATTTCTTTGGCAGAATTTGATCAA
GGGTGTGCAGATGCAACTGTTCAGCAAGCAACCTGGGACCCATCTAAAACTAGAGAAAAATTACGCCGTGATATTGACAACCATGCGACTTCGGTTCGTGCTATGAAGCTGTCAGAAATTTCAGCACAATTTGAGAAGCGCCTTAATGAAGCACTTTCTGAGCCAGTTGCATCTCTCCTTGATGCTGGCTCACGAGACAC
TTGGCCATCAATTAGGAAAATCTTTAAACGCGAAACTGATTCAGCAATAACAGATTTTTCATCTGCCATAAGTGGGTTTGAAATTGATGAGAAGACCGCTAATAAGATGGTTGAGGACTTGAAAGATAATGCAAGAAGCGTGGTTGAGAAAAAGGCCAGGGAAGAAGCTGGGCAAGTGTTGATCCGGATGAAGGAGAGGT
TTTCGAATGTGTTTAGTCAAGATTCTGATTCAATGCCGAGAGTTTGGACTGGGAAAGAAAACATCCGAGCTATTACAAAAGATGCTCGTTCCAAGTCTTTGAAGCTACTTGCTGTTATGGCTGCCTTACGTTTGGAAGAACAACCAGATAAAATAGAAGAAAAAACAGATAAAATTGAAACTGTGTTGTCATCTGCCCTA
CTAGACAATGGTGATGGATCTGGTGCCATCCAGGAGAGGAGCATCTCTGCTGTAGTGAGCCCACTTGCATCAAGCACTTGGGAGGAGGTTTCTCCTTCTGATACATTAATTACACCGGTACATTGTAGATCTATATGGAGGCAATTTAAAACAGAGACAGAGTACACAGTTGGGCAGGCTATTGCTACTCAGGAAGCTAG
TAGGCGCAGTTCTACATTTTTGCCACCACCATGGGCGATAGTTGCTTTGTTAATTCTTGGATTCAATGAGTTCATGTTGCTCCTGAGGAATCCATTATATCTTGGTGTGCTGTTTGTGCTTTTCCTGTTGGTAAAAGCCCTATGGGTACAGCTGGATGTTGCAAGTGTATTTCAGCATGGTGCTCTCTCTGGCATTCTTC
AATTATCAACAAAATTTCTTCCCACTATCATGGGCATTCTAAAGAGGCTTGCCGATGAGGGTCAGAAGGTTGGAGCATCAAATAACAATGCAAATGGCAGTGTTCAGCATGTGCCTTTGCAGGATCAGGAATCTGATTTTTCCTCGCAAGGCAGCTCATCTGTGAGTAACCTCACATACTCCAGTTCTATGACGCATAGA
CAAGTGGGTAACGTTGACATGGGAACGGCTTGATCATGTAGCTGATTGAATCCTGTCCCTTCATTGGAAACTTTTCTTAAAATTATATTTGACAACAGAAATCGTTGGAGTTATTTTGTCTCTTAAGATTCTATGTACACGAGTATTTTCTTTATGTACCATAGAGAGTATGGTATTCTTCAAATGAAGCAATAGCGGAA
GGAAATTTGAAACAGTTGCTACAAGGTTGATTGAAGGTCTCTAAATGATTTAAACACGGCTCTTGGTCTTATTTGCGAGATTCATTTTCTAGGTTTGCAGTGGTCCATTTCAGAAGCAAGATTTGTAAGTGGTGGTGTTTTCTTCAATTAGATGGTGGAATGATGCCTCTGGGTTCATGTGTATTTTGAAAGTTATGTTC
ATTCAAGGCTTCCAGGCTTTGCTTTTTCTGGTCGATTCAAATTGGAAATTCTAGTATATTTACTGGTATCAACTCTCAACTGCTCATGCATTTGGCTGTTTAATACTTTTCTGTTTATAACCACATAGTTCCATCTGAGAATATGTGGAACCCTTTTTCAATTATTCAGTGTTGATGCCGATTCTTTTAATATCTATACA
CTCTGTTCAATGATGGGTGTTATTCTCTGGTTATTTGCAATTTCTTGAGCAGTTCCAACTACAATAAAAGGCGTTATGGCCCTTAGAACGATGCATTGGGTTGTAGATCTGGCTGTTCATTGTTCAAACTTGC
>TRINITY_DN108779_c2_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTGTTATTCGAGACAAGACTAAGgtagatgattggtcctcaatgctaagttttttgcaagatcatggcttaaacagtttgcatggttcaagaagtttgggatcacttctaattctactcaatatggcttttgtatagACTCCTCTAGAAGTTTTGGAACCTGTTCTTCGAGAAGATATTCAGAAGATATGGGATTCTGTT
CCTAAGCCTCCCGCACATAAACAAACCCCACTTAGTGAGTTCTTCAATGTGGAGGTGACGGCTTTATCCAGTTACGAGGAGAAGGAAGATCAGTTCAAAGAACAGGTATTCTGCTACTTGTTGGCCTATAAAGTCTACTTTTATATGATAATTGTAATGCTAAAATCATAATTACACCCGATGTATGGTATGCGATTCAA
CCTATTTAAATTAATGTATCTCTGGTGAAGATGGGTTTGGTAACATTTTCAAAGTTGAATTGGGTTAGGAATCATGATGTCTGT
Intron 9 GTTGATTTGT ... TATGACTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.77 | 205 | 30 | 1 |
| A2 | 9.47 | 306 | 32 | 3 |
| A3 | 10.28 | 419 | 48 | 0 |
| A4 | 13.24 | 236 | 36 | 0 |
| A5 | 10.08 | 232 | 26 | 0 |
| A6 | 7.48 | 136 | 11 | 0 |
| A7 | 8.31 | 353 | 32 | 0 |
| A8 | 14.55 | 94 | 16 | 1 |
| A9 | 7.85 | 270 | 23 | 0 |
| A10 | 5.9 | 431 | 27 | 0 |
>TRINITY_DN117436_c0_g1_i5 from sample A2 / Example spliced isoformCATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGCTTT
CTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGCGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGGCATGGCCATGGAAGAATGTTGCTCTACTCAGCTTATTGATGGAGAAGGCAATTTTAATGAGGCTGGTCTTGAACATTGCATGAAGGCCATGAAATTGGCAGATCAGGGACTTTCA
TATGCTGTAGTTTCTATCATGGGCCCCCAAAGCAGCGGAAAGAGCACACTGATGAATAATCTTTTCCATACAAATTTCAGAGAGATGGATGCATTTAGGGGGAGGACTCAAACTACACAGGGTATTTGGATGGCGAGGGCAGCTGGTATTGATCCCTGTACACTAGTCATGGATCTGGAGGGTACTGATGGGAGAGAAAG
AGGAGAGGTGATGTTGTTTCTCCATTCCGAGAATTCATTTTATGCTTTGACATTAGTTGTGCCCTAAAGTTTTAATTTGTTTTTGTTCTGAGTCCTGACAGAATAACTGTTTGTACTCTGTAGTATAGTCAAGTAGGACTGGCTTAGGAACATTTTCAAACTTGCGTATAGAATATTGTCTATTAATGTGGGCTATACAA
CTTCTAAAGCATTGGGCCACAAGCCCTATTGTACATGCTTTTAAT
>TRINITY_DN117436_c0_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:CATCAACATTCATATAATAATGAATAAAGTAGCAGATGCTTTACTTGTGTAAATATACGACATTAAAGTTGAAGCGACCATTTGTATATCAGATGCCAGAAGAGAAGTTCACACAAACTCGGACGTTTACATCTTCATCTGTATCTTCATCTCTGTCGAGATCGGCTTTGTCTCATCGTCTCAGCTGGATCCTGAGCTTT
CTATAGAGCTATTGCTGCCCGATTTGGCGTGATTTTGCGGGTTGTGCTTGTTTTGATTTCCTAGGAAGGAGAACTAGTTATCAGgttgatttgtgtgttgattacggtggatcttcagagtctgaaagccatgcaaacacccttgccatgtataaacagacttcccctcagggtgcaattaccttctggtgtgaggaaag
caggatttccacaacttatatatagcgagtttcatctgttatgactgagGCATGGCCATGGAAG