NA ----> NA
Intron 1 GTCAGTTACG ... CATGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.32 | 76.9 | 74 | 28.9 |
| A2 | 39.93 | 66.5 | 67 | 21.1 |
| A3 | 38.31 | 86.7 | 63.8 | 43.1 |
| A4 | 32.02 | 61.6 | 40 | 18 |
| A5 | 37.33 | 41.5 | 30 | 19 |
| A6 | 46.59 | 5.8 | 10 | 0 |
| A7 | 41.53 | 18.8 | 15 | 11 |
| A8 | 61.6 | 2.2 | 6 | 1 |
| A9 | 50.31 | 17.3 | 30 | 5 |
| A10 | 40.97 | 28.5 | 26 | 13.3 |
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i17 from sample A2 / Example spliced isoformGGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAA
AGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTT
TCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGG
ACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTC
CTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGG
GGTGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTC
AGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGCGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGT
TTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGC
TTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGT
GCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAAC
TTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCA
GAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATAT
AACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACA
ATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAA
TTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTTTTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATCTAGTCTGGAGATGGGTCTAGATTATTATCATTAAGAATTTGCTGGTTTATTATTTGTATTTGTTACTGAAACATCAATTTTGATAATGGCAAAAATGCTTC
TCCCAGAAAATAACATCTCTAATTAGGCCTCTTTTGTTAACTGGATGTAGTTAGTGGAAATTATATTTCTATATTTCTGAACAATTTGACTTGAGATTCTATTGGTTGGTTTTGTATGGCACTTAATCTGCACCTCCAGGTGAGAAAAACTTTCAACTCACTGGTTGCAGCTTTGGGGTCAAGCCTCGAGTCGGG
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGgtcagttacggtagtttggttcctctgggaatttcaccaattgacacctgagctgaaaggcttcatgaaaacatcaaaaacattttgtcccggggttggacaaggttgaatgctcttttaagattttaattcctgta
atccatttcattgttgatgcctttgatgtggtatacagtatctacttgatatggagcacacatgaggaatgttcttatctctttcaaacatgtatcagGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGT
GTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGA
CCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACA
AACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTC
ATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTC
Intron 2 GTAAACAGCA ... CTGAACCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.71 | 75 | 9 | 0 |
| A2 | 10.29 | 61 | 7 | 1 |
| A3 | 22.03 | 88.5 | 25 | 2 |
| A4 | 15.94 | 58 | 11 | 0 |
| A5 | 21.43 | 22 | 6 | 0 |
| A6 | 12.55 | 55.8 | 8 | 0 |
| A7 | 19.88 | 137 | 34 | 0 |
| A8 | 15.56 | 76 | 14 | 0 |
| A9 | 18.85 | 99 | 23 | 0 |
| A10 | 14.29 | 90 | 15 | 0 |
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i15 from sample A3 / Example spliced isoformTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTT
CCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCC
GTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGACAAGGTTGAATGCTCTTTTAAGATTTTAATTCCTGTAATCCATTTCATTGTTGATGCCTTTGATG
TGGTATACAGTATCTACTTGATATGGAGCACACATGAGGAATGTTCTTATCTCTTTCAAACATGTATCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATT
GTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAA
GAAATTTTCTGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCA
TTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGG
TCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGCGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAA
CCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTG
GTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATAC
CCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGG
AGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACA
CTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTC
CAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGG
CTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATG
GAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCC
AGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGGCACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGC
TGCACTTTGTCTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTCCTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTCCGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCC
TATTGGTGCTTCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCACGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAATCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGGTTCGTGAAATTAACCGGGCAGAGGAATCCCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTCCA
AATAATTTTGGTGAACCTTGGCACCTGCCTCACTCACCACCTGATCAAATTACGCAGCTTGTGTATGAAGATGCTTTCAACAGATTTGTTGATGAGATCAACTCTTTGGCAGCATATCAATGGTGGGAAGGATCCGTATATAGTATTCTTTCAGTTCTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAGCAATGGCGTCGGAG
GAAAAAGGTTCAACGCCTTCGTAAATTTGTTCGATCTGAGTATG
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTT
CCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCC
GTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACC
TAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAG
CGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAAC
GTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGG
CATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGCGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCA
TAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAG
CAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGC
AAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGT
GGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTC
TATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGG
CCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTG
GGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACT
ACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGC
GAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGGCACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGCTGCACTTTGTCTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTC
CTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTCCGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCCTATTGGTGCTTCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCA
CGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAATCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGgtaaacagcatgtcatttttatattatttgtcgagtttaattttccaagtaggttagggattgcttgatgattattacgccaatattatacactcgagtgg
tttataatattgattattgctgatcataagttataactgctgaacccagGTTCGTGAAATTAACCGGGCA
Intron 3 GTATTGAAAA ... CCGATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 63.07 | 53.2 | 88.8 | 81.5 |
| A2 | 67.31 | 23.2 | 47 | 45.9 |
| A3 | 83.07 | 19.9 | 97 | 53.5 |
| A4 | 76.1 | 23.2 | 73 | 56.7 |
| A5 | 71.58 | 20.6 | 51 | 30.5 |
| A6 | 56.28 | 3.9 | 5 | 8.6 |
| A7 | 46.26 | 27 | 23 | 46.1 |
| A8 | 62.62 | 8.5 | 14 | 14.3 |
| A9 | 65.86 | 7.8 | 15 | 20.1 |
| A10 | 64.7 | 27.1 | 49 | 36.3 |
>TRINITY_DN136568_c3_g1_i8 from sample A1 / Example spliced isoformGTATCTACTTGATATGGAGCACACATGAGGAATGTTCTTATCTCTTTCAAACATGTATCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAG
TTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTC
TGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCAC
CTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTT
GGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGC
GGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTC
TCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGT
>TRINITY_DN136568_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGAT
AAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGT
GAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGG
GAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGgtattgaaaattcacttagtattttttcatccggaaataagtctctctcttgtgaaggagatttgaaaggcattggttcattagatacta
cttgccagcttaatacaaacctgcactttgagaaggacctgttcattttcggacaaggtgatctagagatcttatcaaacgtcagtgtaatctgtccgattgcagGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTA
AGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACC
TTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAA
TTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAAT
AGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGAT
GGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAG
GTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTAGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTAT
CCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTT
AAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGC
ATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGACTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTT
GGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAATTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTT
TTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATGTAGTCTGGAGATGGGTCTAGATTATTATCATTAAGAATTTGCTGGTTTATTATTTGTATTTGTTACTGAAACATCAATTTTGATAATGGCAAAAATGCTTCTCCCAGAAAATAACATCTCTAATTAGGCCTCTTTTGTTAAC
TGGATGTAGTTAGTGGAAATTATATTTCTATATTTCTGAACAATTTGACTTGAGATTCTATTGGTTGGTTTTGTATGGCACTTAATCTGCACCTCCAGGTGAGAAAAACTTTCAACTCACTGGTTGCAGCTTTGGGGTCAAGCCTCGAGTCGGGTGAACTGTCACTTGACACACTCGACTCCTTCATTTAGGCCAACTCC
TAAACAAAGCCAAGGGGGGTGGTCCCTAAAAAAAGAT
Intron 4 GTGACAGACA ... GTGTTGGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.09 | 102.9 | 11.3 | 33.7 |
| A2 | 20.22 | 64 | 26.2 | 17.1 |
| A3 | 24.25 | 107 | 18.1 | 35.3 |
| A4 | 25.01 | 95 | 8.4 | 33 |
| A5 | 14.85 | 49 | 9.3 | 8.6 |
| A6 | 15.96 | 33 | 3.8 | 6.6 |
| A7 | 20.82 | 74 | 2.4 | 19.8 |
| A8 | 20.45 | 22 | 0.5 | 6.2 |
| A9 | 21.06 | 65 | 2.4 | 18.4 |
| A10 | 24.88 | 83.9 | 6.8 | 28.4 |
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGACAAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATG
CATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTG
GGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAAT
AAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGG
TCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATG
AGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGT
GGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGCGCGGGAAG
AATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGT
CAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGA
ATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGG
ACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTC
GTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATAT
TTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTT
GGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTA
CTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGGCACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGCTGCACTTTGT
CTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTCCTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTCCGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCCTATTGGTGCT
TCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCACGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAATCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGGTTCGTGAAATTAACCGGGCAGAGGAATCCCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTCCAAATAATTTTG
GTGAACCTTGGCACCTGCCTCACTCACCACCTGATCAAATTACGCAGCTTGTGTATGAAGATGCTTTCAACAGATTTGTTGATGAGATCAACTCTTTGGCAGCATATCAATGGTGGGAAGGATCCGTATATAGTATTCTTTCAGTTCTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAGCAATGGCGTCGGAGGAAAAAGGTT
CAGCGCCTTCGTAAATTTGTTCGATCTGAGTATGATCATGCATGCCTGCGTTCCTGCCGATCACGGGCTCTATATGAAGGGCTTAAGGTAGCAGCAAGTCCAGATTTGATAGTGGCATATGTTGATTTTTTCCTGGGGGGTGACGAGAAGCGGTCAGACCTACCTCCTCGGCTGCAACAAAGATTTCCAATGTGCATCAT
ATTTGGAGGGGATGGAAGCTACATGGCTCCTTACTACATTCACAGTGATAATCTACTGACAAATCTTCTAGGTCAGGCCATACCAGCTACCGTATGGTACCGATTTGTTGCTGGATTAAATGCTCATTTGCGCACAGTGAGGCAAGGTTGTATTCGCAGCACATTACTACCAGTAATTGAATGGCTTGGCACTCATGCAA
ACCCTTGCCTCAGGTTGCAAGGTATAAGGGTTGATCTGGGCTGGTTTCAGGCGACATTATCTGGATACTACCAGCTTGGCCTTTTGATAAATGCAGCAGATGAAGTGTCTCTACCTGCATTGCTTCCAGACATATCCGGCACTGTCACCATTGGTCAATTCAGGGAAAATAATTTGAAGGCTAGCCACAACTCTATACAA
TGGCAAGGCAGTCAACAGCAGACAGCTCGCAGCTTGTCGAGGAGGAGGATAGGTGGAGGGATTATCAATGCATTTACTTTGCGGTCTCTTGAGTATAGAAAGGACCTTTTCTTCCCTCTTTCTCTTATTTTGCACAATACACGTCCAGCTGGCTATCAGGATCTTGTGGGGTTAATAACCTCAGTTTTGCTTTTAGGAGA
TTTTAGTTTAATGCTTCTTACATTGCTCCAGTTCTACTCGATTTCTCTGGGAGCATTTTTTGCAGTCCTCCTCATTCTTCCTCTCGCTTTGTTATCACCATTTCCTGCTGGTATCAATGCTCTATTCAGTCATGGACACCGGAGATCAGCAGGTCTTGCTCGTGTTTATGCATTGTGGAATGTAACGTCTCTTGTTAATG
TTGTGGTAGCTTTGATCTGTGCATTTTTGCATTACAGACTTCAGTCTTCCTCTTATGGTGGGATGCAAAGTTTTCATTCACCAAATACGATCTCCAGCACAGGAGATCACCAAATAAAAACTGCTCTGCCATTTTCTGTGGAGGAGGGAGGATGGTGGATTTTCCCAACAGCGCTTTTACTTTGTAAATGTGTACAAGCT
CGCATGGTAGATTGGCACATTGCCAATTTGGAAATTCAAGACTACACCTTGTATAGTAGCGATCCAGCAGAGTTCTGGGAGTCATGATTTTCTTACATATTTGATATATTTGGGGTCTGCAATTTCATTAACAGTGGCAGGTGCTCATTTCTTCAGAAGGATTGATACTTCAAGGCATGATTTGTTTTGGTCATCGTGGA
ATTTGTGAATTTTGTTCTCTAATGTGTGTATTCTCTGTCATATTATTTTAGTGAGTAGTCAGGGAATTTTCTGTGCAAATATAAGAGTCAGGATGTGTAAAAGCACTAGAAGGAATCAGGATCAAGCAACAAACAGCTCATTTGATTTTCTTAGTCCCTTCGTTGTAGATATTTTTTTGGAATTCGACTTTGTTTTTGCC
ATTGGTGGCAAAAGGACCCAAAATGTAAATAACATTTTGATTAATGAAGTAATTCATTGGGGCTGAGAATTATGCTAAAA
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i16 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGCTGCTTAAAATTGCTTTTTTAAAGCTTGTTTTATTTGTTGTACAGATTGATTCTCTAATCCTGTATAAAATTATTGATTTTCAATTGCATGCTCAGGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGgt
gacagacattccattatgaattgcatcaagtaaatactatatggagttacaatgagggaagagcttcaggcttgatattctttgtatattgctagcttgtgataataatttatcattgtggtttgcattaaaatctgcaattatattcaggtgcaacatgtttttggctgtaatattcttatcattatacttgaattttc
tattgacaagtgctggtgtctgcttatggtcttccgtgaatgtcaatataatttcgcacttttcaggatataaatcaagttatgggctttgcgattctgtgttttcatctgtatcttttatgccaggcacatcttcatattatttagagtaatcttatgtgttggcagATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGG
CCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTG
GGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACT
ACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGC
GAATATAAATGGCACAATTTACACAAGG
Intron 5 GTATGTAGTT ... TGCGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.19 | 93 | 0 | 25 |
| A2 | 29.7 | 71 | 2 | 30 |
| A3 | 18.18 | 135 | 5 | 30 |
| A4 | 15.91 | 74 | 1 | 14 |
| A5 | 25 | 45 | 0 | 15 |
| A6 | 25 | 33 | 0 | 11 |
| A7 | 18.18 | 63 | 0 | 14 |
| A8 | 28.57 | 15 | 0 | 6 |
| A9 | 19.72 | 57 | 0 | 14 |
| A10 | 18.06 | 59 | 0 | 13 |
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTT
CCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCC
GTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACC
TAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAG
CGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAAC
GTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGG
CATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGCGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCA
TAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAG
CAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGC
AAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGT
GGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTC
TATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGG
CCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTG
GGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACT
ACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGC
GAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAATTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTTTTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATGTAGTCTGGAGATG
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAGCAACCTCATGGTGCTTCGGgtatgtagttctctttttgatttctcttaccaaaattctatctcctgcttgttgatattggttgttgtatcattctaacttgaatttgtattgcgttgtagGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGA
CACTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACAC
TCCAG
Intron 6 GTAAGAGCTT ... TTGTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.02 | 108 | 40 | 21 |
| A2 | 27.54 | 50 | 19 | 19 |
| A3 | 27.27 | 88 | 50 | 16 |
| A4 | 24.9 | 98 | 42 | 23 |
| A5 | 26.98 | 23 | 9 | 8 |
| A6 | 18.52 | 22 | 9 | 1 |
| A7 | 21.01 | 47 | 18 | 7 |
| A8 | 20 | 24 | 10 | 2 |
| A9 | 25 | 51 | 23 | 11 |
| A10 | 20.33 | 49 | 16 | 9 |
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoformTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTT
CCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCC
GTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACC
TAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAG
CGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAAC
GTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGG
CATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGCGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCA
TAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAG
CAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGC
AAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGT
GGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTC
TATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGG
CCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTG
GGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACT
ACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGC
GAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAATTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTTTTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATGTAGTCTGGAGATG
>TRINITY_DN120639_c0_g2_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTT
CCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCC
CGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGACAAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATG
GATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTC
TCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTG
AAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCAC
TATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGCGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCT
ATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATT
ATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCA
GAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACT
ACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCA
GTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACTATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGA
TACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGgtaagagct
tattcaaatttattgttataatggcattgaaattataaggttcaactattccttttttatgaaatatcgattttatgacgtgttctatgctccttttgataataaaagagtttggggtctactatattgtataatgcattattattgatgtgatttggatacctatgttgaactgactttatatgataataattgtatac
agGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTG
CAGGTGGTGGTATAATTG
Intron 7 GTGAGACTTG ... ATGCATCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 73.14 | 33.3 | 92.1 | 89.3 |
| A2 | 68.42 | 27.7 | 42.8 | 77 |
| A3 | 73.26 | 36 | 95.4 | 102 |
| A4 | 66.87 | 37.9 | 64.8 | 88 |
| A5 | 62.83 | 27.1 | 49.6 | 42 |
| A6 | 64.74 | 1.9 | 3.7 | 3 |
| A7 | 78.24 | 10.3 | 36 | 38 |
| A8 | 54.4 | 3 | 3.7 | 3 |
| A9 | 84.96 | 3.6 | 20.2 | 19 |
| A10 | 80.09 | 10.6 | 37.9 | 47 |
>TRINITY_DN136568_c3_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoformGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGAT
AAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGTG
TGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCAC
TTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAAT
ATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTG
TACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGG
GAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGC
TGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGG
ACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTG
GCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTA
GATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGT
AGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTG
GGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGACTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTT
CTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGA
TAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCTAGTGGAGGT
>TRINITY_DN136568_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:GAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGAT
AAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGgt
gagacttattggattgtgtcagagattttgcagtttcaaggcattgtgacaaagttgaactagtgtgctaaacatcaacctaaatttgctcttctttatcctcatgaattgtgatgcatccagTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGG
GAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGATGGTTACTCCCGTGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTA
CTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTA
AGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACC
TTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAA
TTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAAT
AGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGAT
GGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAG
GTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTAGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTAT
CCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTT
AAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGC
ATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGACTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTT
GGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAATTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTT
TTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATGTAGTCTGGAGATGGGTCTAGATTATTATCATTAAGAATTTGCTGGTTTATTATTTGTATTTGTTACTGAAACATCAATTTTGATAATGGCAAAAATGCTTCTCCCAGAAAATAACATCTCTAATTAGGCCTCTTTTGTTAAC
TGGATGTAGTTAGTGGAAATTATATTTCTATATTTCTGAACAATTTGACTTGAGATTCTATTGGTTGGTTTTGTATGGCACTTAATCTGCACCTCCAGGTGAGAAAAACTTTCAACTCACTGGTTGCAGCTTTGGGGTCAAGCCTCGAGTCGGGTGAACTGTCACTTGACACACTCGACTCCTTCATTTAGGCCAACTCC
TAAACAAAGCCAAGGGGGGTGGTCCCTAAAAAAAGAT
Intron 8 GTCAGTTACG ... GTTGGACAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 46.76 | 75.4 | 72 | 59.2 |
| A2 | 46.57 | 65.6 | 67 | 47 |
| A3 | 42.89 | 85.3 | 65.6 | 61.5 |
| A4 | 37.08 | 61.2 | 43 | 29.1 |
| A5 | 41.16 | 40.8 | 30 | 26.6 |
| A6 | 58.61 | 5.7 | 9 | 7 |
| A7 | 47.04 | 18.3 | 15 | 16.6 |
| A8 | 74.5 | 2.3 | 6 | 7 |
| A9 | 61.66 | 17.1 | 33 | 21.9 |
| A10 | 41.71 | 28 | 25 | 14.8 |
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i17 from sample A2 / Example spliced isoformGGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAA
AGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTT
TCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGG
ACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTC
CTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGG
GGTGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTC
AGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGCGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGT
TTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGC
TTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGT
GCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAAC
TTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCA
GAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATAT
AACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACA
ATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGTTGTATTTTCAATCATTTTAGACTCTAGAGTATATTTGGCCTTATCATGAA
TTTGTCTCTGGATTTTTGGACATATAATGGATATGCATGTTTTTAGTTTTGGGATACAAAGAATAACATATTTGAAATTTGGTAAATGGAGTAGTGATCTAGTCTGGAGATGGGTCTAGATTATTATCATTAAGAATTTGCTGGTTTATTATTTGTATTTGTTACTGAAACATCAATTTTGATAATGGCAAAAATGCTTC
TCCCAGAAAATAACATCTCTAATTAGGCCTCTTTTGTTAACTGGATGTAGTTAGTGGAAATTATATTTCTATATTTCTGAACAATTTGACTTGAGATTCTATTGGTTGGTTTTGTATGGCACTTAATCTGCACCTCCAGGTGAGAAAAACTTTCAACTCACTGGTTGCAGCTTTGGGGTCAAGCCTCGAGTCGGG
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGgtcagttacggtagtttggttcctctgggaatttcaccaattgacacctgagctgaaaggcttcatgaaaacatcaaaaacattttgtcccggggttggacaagGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATG
CATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTG
GGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAAT
AAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGG
TCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATG
AGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGT
GGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGCGCGGGAAG
AATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGT
CAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGA
ATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGG
ACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTC
GTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATAT
TTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTT
GGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTA
CTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGGCACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGCTGCACTTTGT
CTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTCCTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTCCGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCCTATTGGTGCT
TCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCACGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAATCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGGTTCGTGAAATTAACCGGGCAGAGGAATCCCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTCCAAATAATTTTG
GTGAACCTTGGCACCTGCCTCACTCACCACCTGATCAAATTACGCAGCTTGTGTATGAAGATGCTTTCAACAGATTTGTTGATGAGATCAACTCTTTGGCAGCATATCAATGGTGGGAAGGATCCGTATATAGTATTCTTTCAGTTCTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAGCAATGGCGTCGGAGGAAAAAGGTT
CAGCGCCTTCGTAAATTTGTTCGATCTGAGTATGATCATGCATGCCTGCGTTCCTGCCGATCACGGGCTCTATATGAAGGGCTTAAGGTAGCAGCAAGTCCAGATTTGATAGTGGCATATGTTGATTTTTTCCTGGGGGGTGACGAGAAGCGGTCAGACCTACCTCCTCGGCTGCAACAAAGATTTCCAATGTGCATCAT
ATTTGGAGGGGATGGAAGCTACATGGCTCCTTACTACATTCACAGTGATAATCTACTGACAAATCTTCTAGGTCAGGCCATACCAGCTACCGTATGGTACCGATTTGTTGCTGGATTAAATGCTCATTTGCGCACAGTGAGGCAAGGTTGTATTCGCAGCACATTACTACCAGTAATTGAATGGCTTGGCACTCATGCAA
ACCCTTGCCTCAGGTTGCAAGGTATAAGGGTTGATCTGGGCTGGTTTCAGGCGACATTATCTGGATACTACCAGCTTGGCCTTTTGATAAATGCAGCAGATGAAGTGTCTCTACCTGCATTGCTTCCAGACATATCCGGCACTGTCACCATTGGTCAATTCAGGGAAAATAATTTGAAGGCTAGCCACAACTCTATACAA
TGGCAAGGCAGTCAACAGCAGACAGCTCGCAGCTTGTCGAGGAGGAGGATAGGTGGAGGGATTATCAATGCATTTACTTTGCGGTCTCTTGAGTATAGAAAGGACCTTTTCTTCCCTCTTTCTCTTATTTTGCACAATACACGTCCAGCTGGCTATCAGGATCTTGTGGGGTTAATAACCTCAGTTTTGCTTTTAGGAGA
TTTTAGTTTAATGCTTCTTACATTGCTCCAGTTCTACTCGATTTCTCTGGGAGCATTTTTTGCAGTCCTCCTCATTCTTCCTCTCGCTTTGTTATCACCATTTCCTGCTGGTATCAATGCTCTATTCAGTCATGGACACCGGAGATCAGCAGGTCTTGCTCGTGTTTATGCATTGTGGAATGTAACGTCTCTTGTTAATG
TTGTGGTAGCTTTGATCTGTGCATTTTTGCATTACAGACTTCAGTCTTCCTCTTATGGTGGGATGCAAAGTTTTCATTCACCAAATACGATCTCCAGCACAGGAGATCACCAAATAAAAACTGCTCTGCCATTTTCTGTGGAGGAGGGAGGATGGTGGATTTTCCCAACAGCGCTTTTACTTTGTAAATGTGTACAAGCT
CGCATGGTAGATTGGCACATTGCCAATTTGGAAATTCAAGACTACACCTTGTATAGTAGCGATCCAGCAGAGTTCTGGGAGTCATGATTTTCTTACATATTTGATATATTTGGGGTCTGCAATTTCATTAACAGTGGCAGGTGCTCATTTCTTCAGAAGGATTGATACTTCAAGGCATGATTTGTTTTGGTCATCGTGGA
ATTTGTGAATTTTGTTCTCTAATGTGTGTATTCTCTGTCATATTATTTTAGTGAGTAGTCAGGGAATTTTCTGTGCAAATATAAGAGTCAGGATGTGTAAAAGCACTAGAAGGAATCAGGATCAAGCAACAAACAGCTCATTTGATTTTCTTAGTCCCTTCGTTGTAGATATTTTTTTGGAATTCGACTTTGTTTTTGCC
ATTGGTGGCAAAAGGACCCAAAATGTAAATAACATTTTGATTAATGAAGTAATTCATTGGGGCTGAGAATTATGCTAAAA
Intron 9 GTTGAATGCT ... CATGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.38 | 55.4 | 26 | 28.9 |
| A2 | 34.93 | 45.9 | 28 | 21.1 |
| A3 | 34.16 | 59.1 | 18 | 43.1 |
| A4 | 32.91 | 29.6 | 11 | 18 |
| A5 | 32.47 | 24.4 | 4 | 19 |
| A6 | 32.5 | 7.3 | 7 | 0 |
| A7 | 42.66 | 14.7 | 10 | 11 |
| A8 | 17.12 | 7.3 | 2 | 1 |
| A9 | 36.87 | 21.4 | 20 | 5 |
| A10 | 45.49 | 13.6 | 9 | 13.3 |
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoformGGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGACAAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATG
CATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTG
GGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAAT
AAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGG
TCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATG
AGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGT
GGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGCGCGGGAAG
AATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGT
CAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTCCGAGGACAACTCAGTTTATTGGATGAAGGAACTCTCAGCTTTGGGCTGGAAGACTACCCACTTTCAGAATTTGAATTGATGGCAGAAGAACTTTTGATGAGTGATTCGACAATAAAGGTATATGGAGCATTGAGA
ATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGG
ACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGTAGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTC
GTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGGAGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATAT
TTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAACTGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTT
GGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGTGGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTA
CTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGGCACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGCTGCACTTTGT
CTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTCCTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTCCGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCCTATTGGTGCT
TCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCACGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAATCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGGTTCGTGAAATTAACCGGGCAGAGGAATCCCAGAGTCATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTCCAAATAATTTTG
GTGAACCTTGGCACCTGCCTCACTCACCACCTGATCAAATTACGCAGCTTGTGTATGAAGATGCTTTCAACAGATTTGTTGATGAGATCAACTCTTTGGCAGCATATCAATGGTGGGAAGGATCCGTATATAGTATTCTTTCAGTTCTTGCATATCCATTTGCTTGGTCATGGCAGCAATGGCGTCGGAGGAAAAAGGTT
CAGCGCCTTCGTAAATTTGTTCGATCTGAGTATGATCATGCATGCCTGCGTTCCTGCCGATCACGGGCTCTATATGAAGGGCTTAAGGTAGCAGCAAGTCCAGATTTGATAGTGGCATATGTTGATTTTTTCCTGGGGGGTGACGAGAAGCGGTCAGACCTACCTCCTCGGCTGCAACAAAGATTTCCAATGTGCATCAT
ATTTGGAGGGGATGGAAGCTACATGGCTCCTTACTACATTCACAGTGATAATCTACTGACAAATCTTCTAGGTCAGGCCATACCAGCTACCGTATGGTACCGATTTGTTGCTGGATTAAATGCTCATTTGCGCACAGTGAGGCAAGGTTGTATTCGCAGCACATTACTACCAGTAATTGAATGGCTTGGCACTCATGCAA
ACCCTTGCCTCAGGTTGCAAGGTATAAGGGTTGATCTGGGCTGGTTTCAGGCGACATTATCTGGATACTACCAGCTTGGCCTTTTGATAAATGCAGCAGATGAAGTGTCTCTACCTGCATTGCTTCCAGACATATCCGGCACTGTCACCATTGGTCAATTCAGGGAAAATAATTTGAAGGCTAGCCACAACTCTATACAA
TGGCAAGGCAGTCAACAGCAGACAGCTCGCAGCTTGTCGAGGAGGAGGATAGGTGGAGGGATTATCAATGCATTTACTTTGCGGTCTCTTGAGTATAGAAAGGACCTTTTCTTCCCTCTTTCTCTTATTTTGCACAATACACGTCCAGCTGGCTATCAGGATCTTGTGGGGTTAATAACCTCAGTTTTGCTTTTAGGAGA
TTTTAGTTTAATGCTTCTTACATTGCTCCAGTTCTACTCGATTTCTCTGGGAGCATTTTTTGCAGTCCTCCTCATTCTTCCTCTCGCTTTGTTATCACCATTTCCTGCTGGTATCAATGCTCTATTCAGTCATGGACACCGGAGATCAGCAGGTCTTGCTCGTGTTTATGCATTGTGGAATGTAACGTCTCTTGTTAATG
TTGTGGTAGCTTTGATCTGTGCATTTTTGCATTACAGACTTCAGTCTTCCTCTTATGGTGGGATGCAAAGTTTTCATTCACCAAATACGATCTCCAGCACAGGAGATCACCAAATAAAAACTGCTCTGCCATTTTCTGTGGAGGAGGGAGGATGGTGGATTTTCCCAACAGCGCTTTTACTTTGTAAATGTGTACAAGCT
CGCATGGTAGATTGGCACATTGCCAATTTGGAAATTCAAGACTACACCTTGTATAGTAGCGATCCAGCAGAGTTCTGGGAGTCATGATTTTCTTACATATTTGATATATTTGGGGTCTGCAATTTCATTAACAGTGGCAGGTGCTCATTTCTTCAGAAGGATTGATACTTCAAGGCATGATTTGTTTTGGTCATCGTGGA
ATTTGTGAATTTTGTTCTCTAATGTGTGTATTCTCTGTCATATTATTTTAGTGAGTAGTCAGGGAATTTTCTGTGCAAATATAAGAGTCAGGATGTGTAAAAGCACTAGAAGGAATCAGGATCAAGCAACAAACAGCTCATTTGATTTTCTTAGTCCCTTCGTTGTAGATATTTTTTTGGAATTCGACTTTGTTTTTGCC
ATTGGTGGCAAAAGGACCCAAAATGTAAATAACATTTTGATTAATGAAGTAATTCATTGGGGCTGAGAATTATGCTAAAA
>TRINITY_DN121898_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:GGATAAAGAAAAAAAATTAATTAATTTAAAATAGAATAAAAAAAATAACTGAGAGAGTTAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAATAAATTAACTGAGAGAGTTAAAGTGATCTATCGAGGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTGATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTC
ATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAG
CTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGACAAGgttgaatgctcttttaagattttaattcctgta
atccatttcattgttgatgcctttgatgtggtatacagtatctacttgatatggagcacacatgaggaatgttcttatctctttcaaacatgtatcagGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGT
GTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGA
CCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAGATACTACTTGCCAGCTTAATACA
AACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTC
ATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTC
Intron 10 GTCCGAGGAC ... GACAATAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 75.71 | 30 | 88 | 99 |
| A2 | 74.09 | 25 | 66 | 77 |
| A3 | 72.48 | 30 | 72 | 86 |
| A4 | 70.43 | 38 | 81 | 100 |
| A5 | 92.94 | 3 | 40 | 39 |
| A6 | 94.12 | 1 | 9 | 23 |
| A7 | 67.19 | 21 | 46 | 40 |
| A8 | 66.67 | 7 | 12 | 16 |
| A9 | 65.43 | 28 | 41 | 65 |
| A10 | 78.08 | 16 | 66 | 48 |
>TRINITY_DN108977_c3_g2_i16 from sample A4 / Example spliced isoformAGCGCGACACGTCTCAGACTGTTTGACCGCGGTTAACTTAACCTAGAGAGAAGAGAGAACGACAAACCCTAGAGCACAGAAAGAAGGATAAAGAAAAAAAATAATGAATTTAAAATAGAATAAAAAACATAACTGAGAGAGTTAAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTG
ATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCATTCTTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTG
GCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTCAGTTACGGTAGTTTGGTTCCTCTGGGAATTTCACCAATTGACACCTGAGCTGAAAGGCTTCATGAAAACATCAAAAACATTTTGTCCCGGGGTTGGA
CAAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGAGACCTTCAACCTGGAGGAAGT
AGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAAATACTACTTGCCAGCTTAATACAAACCTGCACTTTGAGAAGG
ACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTCAAATTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGTTCATCTTTAAATACTACTGCT
TTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAGTAAGGGTGGGACAACTTCTAT
TGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTGCTTCTGGAGGTACTGGTTGGG
CTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACAGAAACAGTCCTGCTAGATTTT
CCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCAT
GGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAGGTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTT
>TRINITY_DN108977_c3_g2_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:AGCGCGACACGTCTCAGACTGTTTGACCGCGGTTAACTTAACCTAGAGAGAAGAGAGAACGACAAACCCTAGAGCACAGAAAGAAGGATAAAGAAAAAAAATAATGAATTTAAAATAGAATAAAAAACATAACTGAGAGAGTTAAAAGTGATATATCGATGCCATTAATTTAAAATAAATTAACTGAGGAAGATAAAGTG
ATGTATCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTG
GCTGTAGTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGCTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATT
GTGTCAGAGATTTTGCAGTTTCAAGGCATTGTGACAAAGTTGAACTAGTGTGCTAAACATCAACCTAAATTTGCTCTTCTTTATCCTCATGAATTGTGATGCATCCAGTGTGGCAGTATGGCCATCTTCATTGGGAAGTTTCACTGGGGGCTTCTCTTTCTCGGCCTGCTTGTTCTTACTTCAGGGAGCCATGCCAAGGA
GACCTTCAACCTGGAGGAAGTAGTTTCAAAGAAATTTTCTGCCCTAGAAGGTTACTCCCATGCAGCGAGTCCCAATGGAAAGAACAATGCACCTGGTATTGAAAATTCACTTAGTATTTTTTCATCCGGAAATAAGTCTCTCTCTTGTGAAGGAGATTTGAAAGGCATTGGTTCATTAAATACTACTTGCCAGCTTAATA
CAAACCTGCACTTTGAGAAGGACCTGTTCATTTTCGGACAAGGTGATCTAGAGATCTTATCAAACGTCAGTGTAATCTGTCCGATTGCAGGATGTCTGATCCATATCAATATTTCTGGTGATTTAAATTTGGGTCACTATGCTTCTATTGTAGCTGGCACTATAGTTGTAGATGCCAGAAATGTAAGTTTGGAGGATAGT
TCATCTTTAAATACTACTGCTTTGGGGGGGTCACCTCCTGCGCAGACTAGTGGAACCCCAAATGGCATCGATGGTGCTGGTGGAGGGCATGGGGGAAGGGGTGCTTCTTGTACTAAAGGTGAAGGTAAGAATGAGGGAGATAACTGGGGTGGAGATGCCTATGCCTGGTCTACTCTTTCTAAACCTTGGAGTTATGGAAG
TAAGGGTGGGACAACTTCTATTGAAAAAAACCTTGGGGGTGGTGGAGGAGGGCGCATCATGATCATAGCAAAGAGTATTTTAGATGTCAATGGAACTATAAGTGCAGAGGGAGGTCATGCAGGGATTGACGGTGGAGGAGGTTCAGGAGGCAGCATTATTATCCACTCACCAAAGCTGAAGGGAATTGGAAGTTTTAGTG
CTTCTGGAGGTACTGGTTGGGCTGGAGGTGGTGCGGGAAGAATTGCTATAGATTGTTACAGCAAGCAAAAGAGTGTGAAAATTATGGTGCATGGAGGCAATAGTATTGGCTGTCTGGCAAATGCAGGTGCTGCAGGGACTATGTTTGATTCAGTCCTTCAGAGTTTAACTGTTAGCAATGGCAATAGATCAACACTTACA
GAAACAGTCCTGCTAGATTTTCCTACATACCCTCTCTGGTCAAACGTTTTTGTTGAAAGTCATGCAAAAGTTGTGGTCCCTTTATACTGGAGTAGAGTCCAGgtccgaggacaactcagtttattggatgaaggaactctcagctttgggctggaagactacccactttcagaatttgaattgatggcagaagaactttt
gatgagtgattcgacaataaagGTATATGGAGCATTGAGAATGTCTGTGAAAATGTTATTAATGTGGAATTCGAAATTGGAAATTGATGGTGGAGCAGATGCCATGGTTGGCACTTCTCTTTTGGAGGCGAGCAACCTCATGGTGCTTCGGGAAAGATCAGTTATAAGTTCCAATGCAAATTTAGGTGTTCATGGACAAG
GTCGACTCAAGCTATCAGGGATAGGAGACACCATTAAAGGACAACGACTTTTTTTATCGCTTTTCTATGATATTCACGTTGGATCAGGATCACTGCTACAAGCACCTTTGGATGAGGAATCAGAAAGTGATTTGGCCCCAAAACTTCAGTGTGAAAGTGATACTTGTCCTGAGGAGCTGATTTATCCTCCAGAAGATTGT
AGTGTGAATGCCTCGTTATCTTTCACACTCCAGATCTGTCGTGTAGAAGATATTATTGTAGATGGCCTTGTCAAAGGTAGTATTCTTCATGTTCACAGGGCAAGGACTGTAGTAGTAAATCCTGCGGGTTCAATAACTGCATCAGAATTAGGTTGCAAAGGAGGAGTGGGTAAAGGGCAGGTTTTAAGCAGTGGAGCTGG
AGGTGGGGGTGGTCATGGTGGAAAGGGTGGCTCTGGATATTTTAACAATCATCTGAGCAAGGGTGGGAAGGAATATGGTAATGTTGCTCTACCGTGTGAGTTAGGGAGTGGGAGTGGCAGTGGCAATTCTTCATCAGAAAATATAACTGCAGGTGGTGGTATAATTGTGATGGGTTCGAAGGAGCATCCTTTATGGAAAC
TGGACATCTCTGGATCTGTCAGTGCAGATGGAGAGAGCTTGGAACAATTGACAGAAAGTCAGACTACTGATTTGGTTGGTGGATCTGGTGGTGGTTCTGGGGGAACTCTTCTTTTGTTCTTGCAGACACTGACACTCGCTAACAATTCACTTCTTTCTACTGCTGGGGGACATGGTGGTCATGTTGGTGGTGGAGGTGGT
GGTGGTGGAAGGGTGCATTTTCACTGGTCCAGCATTCCTACTGGAGATGAGTATGTTCCAATTGCGAATATAAATGGCACAATTTACACAAGGGGAGGAAATGGAAGCGATAATGGACAAGCTGGAAGTGATGGTAGTATTTCTGGAAAAGAATGCCCAAGTGGACTTTTTGGTTTATTTTGTGTGGAATGCCCAGTTGG
CACATATAAAGATGTCGATGGGTCAGTTGCTGCACTTTGTCTTCCTTGCCCTCCAAAAGAACTTCCTTATCGTGCAGAACACATATATGTTCGTGGTGGTGTGACTCAATCTTCCTGCCCATATAAATGTATCTCAGAGAAATATCGAATGCCACATTGCTATACTCCACTTGAAGAACTTATATATACATTTGGAGGTC
CGTGGTTGTTTGGACTCCTCCTCTCTGGCCTATTGGTGCTTCTAGCTCTTGTTTTGAGTGTTGCACGAATGAAATTTGTTGGAAGCGATGACCATTCTGTTCCAACAACTCCCCATGAACCACAAATTCAGCATTCTTTCCCTTTTTTCCAGTCCATCGATGAGGTTCGTGAAATTAACCGGGCAGAGGAATCCCAGAGT
CATGTTCACAGGATGTATTTTATGGGTCCAAATAATTTTGGTGAACCTTGGCACCTGCCTCACTCACCACCTGATCAAATTACGCAGCTTGTGTATGAAGATGCTTTCAACAGATTTGTTGATGAGATCAACTCTTTGGCAGCATATCAATGGTGGGAAGGATCCGTATATAGTATTCTTTCAGTTCTTGCATATCCATT
TGCTTGGTCATGGCAGCAATGGCGTCGGAGGAAAAAGGTTCAGCGCCTTCGTAAATTTGTTCGATCTGAGTATGATCATGCATGCCTGCGTTCCTGCCGATCACGGGCTCTATATGAAGGGCTTAAGGTAGCAGCAAGTCCAGATTTGATAGTGGCATATGTTGATTTTTTCCTGGGGGGTGACGAGAAGCGGTCAGACC
TACCTCCTCGGCTGCAACAAAGATTTCCAATGTGCATCATATTTGGAGGGGATGGAAGCTACATGGCTCCTTACTACATTCACAGTGATAATCTACTGACAAATCTTCTAGGTCAGGCCATACCAGCTACCGTATGGTACCGATTTGTTGCTGGATTAAATGCTCATTTGCGCACAGTGAGGCAAGGTTGTATTCGCAGC
ACATTACTACCAGTAATTGAATGGCTTGGCACTCATGCAAACCCTTGCCTCAGGTTGCAAGGTATAAGGGTTGATCTGGGCTGGTTTCAGGCCACATTATCTGGATACTACCAGCTTGGCCTTTTGATAAATGCAGCAGATGAAGTGTCTCTACCTGCATTGCTTCCAGACATATCCGGCACTGTCACCATTGGTCAATT
CAGGGAAAATAATTTGAAGGCTAGCCACAACTCTATACAATGGCAAGGCAGTCAACAACAGACAGCTCGCAGCTTGTCGAGGAGGAGGATAGGTGGAGGGATTATCAATGCATTTACTTTGCGGTCTCTTGAGTATAGAAAGGACCTTTTCTTCCCTCTTTCTCTTATTTTGCACAATACACGTCCAGCTGGCTATCAGG
ATCTTGTGGGGTTAATAACCTCAGTTTTGCTTTTAGGAGATTTTAGTTTAATGCTTCTTACATTGCTCCAGTTCTACTCGATTTCTCTGGGAGCATTTTTTGCAGTCCTCCTCATTCTTCCTCTCGCTTTGTTATCACCATTTCCTGCTGGTATCAATGCTCTATTCAGTCATGGACACCGGAGATCAGCAGGTCTTGCT
CGTGTTTATGCATTGTGGAATGTAACGTCTCTTGTTAATGTTGTGGTAGCTTTGATCTGTGCATTTTTGCATTACAGACTTCAGTCTTCCTCTTATGGTGGGATGCAAAGTTTTCATTCACCAAATACGATCTCCAGCACAGGAGATCACCAAATAAAAACTGCTCTGCCATTTTCTGTGGAGGAGGGAGGATGGTGGAT
TTTCCCAACAGCGCTTTTACTTTGTAAATGTGTACAAGCTCGCATGGTAGATTGGCACATTGCCAATTTGGAAATTCAAGACTACACCTTGTATAGTAGCGATCCAGCAGAGTTCTGGGAGTCATGATTTTCTTACATATTTGATATATTTGGGGTCTGCAATTTCATTAACAGTGGCAGGTGCTCATTTCTTCAGAAGA
ATTGATACCTCAAGGCATGATTTGTTTTGGTCATCGTGGAATTTGTGAATTTTGTTCTCTAATGTGTGTATTCTCTGTCATATTATTTTAGTGAGTAGTCAGGGAATTTTCTGTGCAAATATAAGAGTCAGGATGTGTAAAAGCACTAGAAGGAATCAGGATCAAGCAACAAACAGCTCATTTGATTTTCTTAGTCCCTT
CGTTGTAGATATTTTTTTGGAATTCGACTTTGTTTTTGCCATTGGTGGCAAAAGGACCCAAAATGTAAATAACATTTTGATTAATGAAGTAATTCATTGGGGCTGAGAATTATGCTAGTTTTGCTTTCAGTTTCTGTATAACAAGTTTTATGTGAATTTTTTAAATTATGATCTCCTTCAGGAGAGGCCAATTTGCTATG
TTCCATAATGTTTTAAATTAGTTTATGAAGATATCAATGGGGGGATTAGAGATATAGCGG
Intron 11 GTGAGTATGA ... GCATGCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.35 | 100 | 0 | 24 |
| A2 | 15.6 | 92 | 0 | 17 |
| A3 | 10.85 | 115 | 0 | 14 |
| A4 | 14.46 | 71 | 0 | 12 |
| A5 | 17.02 | 39 | 0 | 8 |
| A6 | 13.51 | 32 | 0 | 5 |
| A7 | 15 | 51 | 0 | 9 |
| A8 | 19.23 | 21 | 0 | 5 |
| A9 | 15.94 | 58 | 0 | 11 |
| A10 | 16.46 | 66 | 0 | 13 |
>TRINITY_DN47730_c0_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoformCGACGCCATTAAAGTGGAAAGTTTCCATTTCATTTCGATCCTCGGCGCTTCGAGTTCTTCCCATCATCATCATCAACAGTCTTCACTTAATGTACAAAAAACCTCAACAAATTCAATCTTCAATTCCATTGTGGTCCTGCTTTTTGAATTGGTGTTCTTCGATATTGACAGCGTTCGATAAGGAGTTTTATGTGGCTGTA
GTAGATTACTGATATCTGTGTTTGGGTGAAGTTAACTACAATGCTGGTCAGCTAATCCCGTAAATGAGAAACTCACCAAGGAAGATATGGGCAGGTTGCTGTCTCAGAAATCTCTACAGAAACTATGCATGTAAGAATGACTCGAAATGGGATGGATTTAGAACAGAAGAGGCCATGGTGAGACTTATTGGATTGTGTCA
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>TRINITY_DN47730_c0_g2_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:ATGAGGAATCAGAAAGTGATTTgtgagtatgaactatattattgccttttaggcaagtatgttatatcatattaggtttgtggctgcttaaaattgcttttttaaagcttgttttatttgttgtacagattgattctctaatcctgtataaaattattgattttcaattgcatgctcagGGCCCCAAAACTTCAGTGTGA
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