sp|Q5WA72|PDI15_ORYSJ ----> Protein disulfide isomerase-like 1-5

Intron 1 GTCTGTGCAT ... TCACCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.48	10	5	6
A2	17.65	7	2	1
A3	9.68	14	1	2
A4	19.05	17	7	1
A5	11.11	4	0	1
A6	18.03	25	5	6
A7	18.18	45	4	16
A8	21.48	53	16	13
A9	32.31	22	12	9
A10	26.32	21	2	13

>TRINITY_DN33838_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

TTCGGAAGGGCCGGGAAGGGGGAAGGGTTCAAATTGAGAACACTGGTCTTCGACTTGTCGACATTTTTTGAAAGTCAAAAGCAAAACAGATTAAGGAAACAGCAATGGCCGGCGGCCCGGCCTGAAAGATCGGGATCCCACACCCACGACTTCATGATATATATACCATGACTTCATTCATCAACAGTCACATCCAACAG
CAACATTAAGCTATCCATTTTCACCTTTCAGTTGCACAGTTGAGAAATTCACTCTGCCAAAACTCAAATTTTGCAAATTGAAGTCTCGAAGATGGAGATCTCATACAGAAAACGAGTTCTCTATAACAATCTCAATATCGGAAGCTTAATCACAGTTTCGCTGCTTCTGCTGCTTTTAATTAATAGAACTGCAGCTACCA
AACAGGAGATCGACGACGACGACGATTTAGAGGATCTGGAAGAACTCGAAGAAATTGACAACAATGATGGGAAAATCTCAGGGGCCGAGGCAGTGAGCAGAGCTCAGAGAATAGTTGCAGATCTCACAAACGAGAATGCAGAGAGAATTTTGAGCTCCCATGAATATGTACTATTGTTAGGTTATGCGTCCTGGTGTGCA
AGGAGCTCTGAGTTGATGCCAGAGTTTGCATTTGCAGCAACAGCGCTGAATGATATGGGTAATCCTATTTTGCTTGCCAAAATGGACGGGGATAGACACACTAAAGCTGCTTCCAAGTATGGTATCAAGGGCTATCCCACCGTGCTGTTTTTCGTTAATGGCACTTCCCATGTCTACACAGGAGGCCTTGGCAGAGATGA
AATTGTGATTTGGGCACGAAAAAAGACTGGAGTACCTACCATGAGGCTTTCTTCTTTATCTGAAGCTGAACAATTTTTGCAGAGAAATCAAACTTCCGCAATTGGCTTGTTCAAAACATTTGAGGGGATTGCTTATGAAGAATTTGTTAAAGCAGCGATCGAAGACAACGATGTTCAGTTTGTCGAAGTCAACAAGGTAG
AAGTGGCTACATTTCTCAGTCCGGAGATAAATCACCTACCTTATTCACTTGGTCTTATAAAGAGTGAACCAGAAAAAAATGTATTATTTGAGGGTGAATTTATAAAGGAAACAATACTTCAGTTTATCGAGATCAATAAATATCCTTTAGTTACCAGATTAACTGAACAGAATTCTGCCAAAGTGTATTCGAGCCCGATC
AAACTCCAGGTTTTCCTCTTTGCAGGGCCTCATGAATATGAGAGCATTCTTTCAGTCTTCCAAGATGCAGCGAAAAAATTTAAGGCTAAGATGATGTTTGTTCTCGTTGATTCCACTGATGAGAACCTTGCAAAACCTATGCTGACTTTATTTGGTCTCGAAGCATTGAAGCCTATAGTTACAGCTTTTGACAACACAAT
AGGCTCAAAGTACCTCTTAGAGTCAGATATATCGGCAAACAGTTTGGAGAATTTTTGCTCAAAGCTAGTGGCAGGGAATCTCTTACCCTACTACAAGTCAGAGCCCATACCAATTGAAATCAAGGGAGATGTTAGAGTTGTTGTTGGAAAGAATTTTGATGATATTGTTCTTAACAGTTCTCAAGATGTTCTACTAGAGC
TTTATGCACCTTGGTGTGTAAACTGTAAATCCATGAGCAAGTTAACAGAGAAAGTAGCAAAGCATTTCAAAGGCATAACATCACTTGTTATTGCAAGGATTGATGTCTCTGCAAATGAGCATCCAAACCTCCAGGTTGATAACTATCCTAGTCTCTTGTTTTATCGTGCCAATGACAAAATGAATCCTATTAAAGCTTCA
ACAATGTCAAGCTTGAAAGATTTGATACAATTTGTCAAAGACAATGCCGTGGTACCACCTACAGGAGTGAAAAAAATTGAGGAAGGCCAAGCAAATGCTAATGTAAAAGTAGATTCCGAAAGAAAAGAGGAATTGTGAAAATAGTTGTCTCCATTGATATTTTTATTGCTGAGTAAGCTATGTAGCTTCATACAATGACC
CTTGTAATTTCTAAGTATGGTGTTCATGGTTTTTCACCCTGGCTTGAAAAGCTCAAATTTTTTATTTTAAATCTTGATAACAATTGCTATGTAAAGTTGTAAACTAGGAAATTTTAGGAACTATTGTAATATAAGGTGCAGGCCGCAGCTAATGTAATGAGGTCTAGGCCCTATTACCAAGGATCATATCCTCCCAACAA
AGTGGATATCAAAATTAGTCCAAACTCGTTTATCAAAATAAAATTTCCATTTCAAGTAACACAGAGGATGGATTTGAGGCATGAGATTGATTTCTAACAAGGGCTGCATTTGCCAGAGATTAGTATTTGGTACGTTGAATTTTGATAAGTTTGAAAGCATGCCTATGGACAATGCATTCATAAATTGTTGTTTTAGTTTG
CAGAGATATGTCTTCATCCATTTGATGATCTTGATTTTCCATTGGCAATAAATTACG

>TRINITY_DN33838_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTCGGAAGGGCCGGGAAGGGGGAAGGGTTCAAATTGAGAACACTGGTCTTCGACTTGTCGACATTTTTTGAAAGTCAAAAGCAAAACAGATTAAGGAAACAGCAATGGCCGGCGGCCCGGCCTGAAAGATCGGGATCCCACACCCACGACTTCATGATATATATACCATGACTTCATTCATCAACAGTCACATCCAACAG
CAACATTAAGCTATCCATTTTCACCTTTCAGTTGCACAGTTGAGAAATTCACTCTGCCAAAACTCAAATTTTGCAAATTGAAGTCTCGAAGATGGAGATCTCATACAGAAAACGAGTTCTCTATAACAATCTCAATATCGGAAGCTTAATCACAGTTTCGCTGCTTCTGCTGCTTTTAATTAATAGAACTGCAGCTACCA
AACAGGAGATCGACGACGACGACGATTTAGAGGATCTGGAAGAACTCGAAGAAATTGACAACAATGATGGGAAAATCTCAGGGGCCGAGGCAGTGAGCAGAGCTCAGAGAATAGTTGCAGATCTCACAAACGAGAATGCAGAGAGAATTTTGAGCTCCCATGAATATGTACTATTGTTAGGTTATGCGTCCTGGTGTGCA
AGGAGCTCTGAGTTGATGCCAGAGTTTGCATTTGCAGCAACAGCGCTGAATGATATGGGTAATCCTATTTTGCTTGCCAAAATGGACGGGGATAGACACACTAAAGCTGCTTCCAAGTATGGTATCAAGGGCTATCCCACCGTGCTGTTTTTCGTTAATGGCACTTCCCATGTCTACACAGGAGGCCTTGGCAGAGATGA
AATTGTGATTTGGGCACGAAAAAAGACTGGAGTACCTACCATGAGGCTTTCTTCTTTATCTGAAGCTGAACAATTTTTGCAGAGAAATCAAACTTCCGCAATTGGCTTGTTCAAAACATTTGAGGGGATTGCTTATGAAGAATTTGTTAAAGCAGCGATCGAAGACAACGATGTTCAGTTTGTCGAAGTCAACAAGGTAG
AAGTGGCTACATTTCTCAGTCCGGAGATAAATCACCTACCTTATTCACTTGGTCTTATAAAGAGTGAACCAGAAAAAAATGTATTATTTGAGGGTGAATTTATAAAGGAAACAATACTTCAGTTTATCGAGATCAATAAATATCCTTTAGTTACCAGATTAACTGAACAGAATTCTGCCAAAGTGTATTCGAGCCCGATC
AAACTCCAGGTTTTCCTCTTTGCAGGGCCTCATGAATATGAGAGCATTCTTTCAGTCTTCCAAGATGCAGCGAAAAAATTTAAGGCTAAGATGATGTTTGTTCTCGTTGATTCCACTGATGAGAACCTTGCAAAACCTATGCTGACTTTATTTGGTCTCGAAGCATTGAAGCCTATAGTTACAGCTTTTGACAACACAAT
AGGCTCAAAGTACCTCTTAGAGTCAGATATATCGGCAAACAGTTTGGAGAATTTTTGCTCAAAGCTAGTGGCAGGGAATCTCTTACCCTACTACAAGTCAGAGCCCATACCAATTGAAATCAAGGGAGATGTTAGAGTTGTTGTTGGAAAGAATTTTGATGATATTGTTCTTAACAGTTCTCAAGATGTTCTACTAGAGC
TTTATGCACCTTGGTGTGTAAACTGTAAATCCATGAGCAAGTTAACAGAGAAAGTAGCAAAGCATTTCAAAGGCATAACATCACTTGTTATTGCAAGGATTGATGTCTCTGCAAATGAGCATCCAAACCTCCAGgtctgtgcatcttctcagctaatgctatagagactatttgttcttgatatatttgattcacttgag
tcctaccttcacctgcagGTTGATAACTATCCTAGTCTCTTGTTTTATCGTGCCAATGACAAAATGAATCCTATTAAAGCTTCAACAATGTCAAGCTTGAAAGATTTGATACAATTTGTCAAAGACAATGCCGTGGTACCACCTACAGGAGTGAAAAAAATTGAGGAAGGCCAAGCAAATGCTAATGTAAAAGTAGATTC
CGAAAGAAAAGAGGAATTGTGAAAATAGTTGTCTCCATTGATATTTTTATTGCTGAGTAAGCTATGTAGCTTCATACAATGACCCTTGTAATTTCTAAGTATGGTGTTCATGGTTTTTCACCCTGGCTTGAAAAGCTCAAATTTTTTATTTTAAATCTTGATAACAATTGCTATGTAAAGTTGTAAACTAGGAAATTTTA
GGAACTATTGTAATATAAGGTGCAGGCCGCAGCTAATGTAATGAGGTCTAGGCCCTATTACCAAGGATCATATCCTCCCAACAAAGTGGATATCAAAATTAGTCCAAACTCGTTTATCAAAATAAAATTTCCATTTCAAGTAACACAGAGGATGGATTTGAGGCATGAGATTGATTTCTAACAAGGGCTGCATTTGCCAG
AGATTAGTATTTGGTACGTTGAATTTTGATAAGTTTGAAAGCATGCCTATGGACAATGCATTCATAAATTGTTGTTTTAGTTTGCAGAGATATGTCTTCATCCATTTGATGATCTTGATTTTCCATTGGCAATAAATTACG

Intron 2 GTAAGTAGCA ... ATATTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.27	8	2	3
A2	33.33	10	0	5
A3	0	7	0	0
A4	0	5	0	0
A5	0	2	0	0
A6	14.29	30	0	5
A7	22.41	45	0	13
A8	27.42	45	0	17
A9	23.08	30	2	9
A10	0	16	0	0

>TRINITY_DN114575_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGTTCAAATTGAGAACACTGGTCTTCGACTTGTCGACATTTTTTGAAAGTCAAAAGCAAAACAGATTAAGGAAACAGCAATGGCCGGCGGCCCGGCCTGAAAGATCGGGATCCCACACCCACGACTTCATGATATATATACCATGACTTCATTCATCAACAGTCACATCCAACAGCAACATTAAGCTATCCATTTTCAC
CTTTCAGTTGCACAGTTGAGAAATTCACTCTGCCAAAACTCAAATTTTGCAAATTGAAGTCTCGAAGATGGAGATCTCATACAGAAAACGAGTTCTCTATAACAATCTCAATATCGGAAGCTTAATCACAGTTTCGCTGCTTCTGCTGCTTTTAATTAATAGAACTGCAGCTACCAAACAGGAGATCGACGACGACGACG
ATTTAGAGGATCTGGAAGAACTCGAAGAAATTGACAACAATGATGGGAAAATCTCAGGGGCCGAGGCAGTGAGCAGAGCTCAGAGAATAGTTGCAGATCTCACAAACGAGAATGCAGAGAGAATTTTGAGCTCCCATGAATATGTACTATTGTTAGGTTATGCGTCCTGGTGTGCAAGGAGCTCTGAGTTGATGCCAGAG
TTTGCATTTGCAGCAACAGCGCTGAATGATATGGGTAATCCTATTTTGCTTGCCAAAATGGACGGGGATAGACACACTAAAGCTGCTTCCAAGTATGGTATCAAGGGCTATCCCACCGTGCTGTTTTTCGTTAATGGCACTTCCCATGTCTACACAGGAGGCCTTGGCAGAGATGAAATTGTGATTTGGGCACGAAAAAA
GACTGGAGTACCTACCATGAGGCTTTCTTCTTTATCTGAAGCTGAACAATTTTTGCAGAGAAATCAAACTTCCGCAATTGGCTTGTTCAAAACATTTGAGGGGATTGCTTATGAAGAATTTGTTAAAGCAGCGATCGAAGACAACGATGTTCAGTTTGTCGAAGTCAACAAGGTAGAAGTGGCTACATTTCTCAGTCCGG
AGATAAATCACCTACCTTATTCACTTGGTCTTATAAAGAGTGAACCAGAAAAAAATGTATTATTTGAGGGTGAATTTATAAAGGAAACAATACTTCAGTTTATCGAGATCAATAAATATCCTTTAGTTACCAGATTAACTGAACAGAATTCTGCCAAAGTGTATTCGAGCCCGATCAAACTCCAGGTTTTCCTCTTTGCA
GGGCCTCATGAATATGAGAGCATTCTTTCAGTCTTCCAAGATGCAGCGAAAAAATTTAAGGCTAAGATGATGTTTGTTCTCGTTGATTCCACTGATGAGAACCTTGCAAAACCTATGCTGACTTTATTTGGTCTCGAAGCATTGAAGCCTATAGTTACAGCTTTTGACAACACAATAGGCTCAAAGTACCTCTTAGAGTC
AGATATATCGGCAAACAGTTTGGAGAATTTTTGCTCAAAGCTAGTGGCAGGGAATCTCTTACCCTACTACAAGTCAGAGCCCATACCAATTGAAATCAAGGGAGATGTTAGAGTTGTTGTTGGAAAGAATTTTGATGATATTGTTCTTAACAGTTCTCAAGATGTTCTACTAGAGCTTTATGCACCTTGGTGTGTAAACT
GTAAATCCATGAGCAAGTTAACAGAGAAAGTAGCAAAGCATTTCAAAGGCATAACATCACTTGTTATTGCAAGGATTGATGTCTCTGCAAATGAGCATCCAAACCTCCAGGTTGATAACTATCCTAGTCTCTTGTTTTATCGTGCCAATGACAAAATGAATCCTATTAAAGCTTCAACAATGTCAAGCTTGAAAGATTTG
ATACAATTTGTCAAAGACAATGCCGTGGTACCACCTACAGGAGTGAAAAAAATTGAGGAAGGCCAAGCAAATGCTAATGTAAAAGTAGATTCCGAAAGAAAAGAGGAATTGTGAAAATAGTTGTCTCCATTGATATTTTTATTGCTGAGTAAGCTATGTAGCTTCATACAATGACCCTTGTAATTTCTAAGTATGGTGTT
CATGGTTTTTCACCCTGGCTTGAAAAGCTCAAATTTTTTATTTTAAATCTTGATAACAATTGCTATGTAAAGTTGTAAACTAGGAAATTTTAGGAACTATTGTAATATAAGGTGCAGGCCGCAGCTAATGTAATGAGGTCTAGGCCCTATTACCAAGGATCATATCCTCCCAACAAAGTGGATATCAAAATTAGTCCAAA
CTCGTTTATCAAAATAAAATTTCCATTTCAAGTAACACAGAGGATGGATTTGAGGCATGAGATTGATTTCTAACAAGGGCTGCATTTGCCAGAGATTAGTATTTGGTACGTTGAATTTTGATAAGTTTGAAAGCATGCCTATGGACAATGCATTCATAAATT

>TRINITY_DN114575_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGCCAATGACAAAATGAATCCTgtaagtagcacttactatttctaaaattaccattccgatttccttctttctgtatctgacataagaatatttccagATTAAAGCTTCAACAATGTCAAGCTTGAAAGATTTGATACAATTTGTCAAAGACAATGCCGTGGTACCACCTACAGGAGTGAAAAAAATTGAGGAAGGCCAA
GCAAATGCTAATGTAAAAGTAGATTCCGAAAGAAAAGAGGAATTGTGAAAATAGTTGTCTCCATTGATATTTTTATTGCTGAGTAAGCTATGTAGCTTCATACAATGACCCTTGTAATTTCTAAGTATGGTGTTCATGGTTTTTCACCCTGGCTTGAAAAGCTCAAATTTTTTATTTTAAATCTTGATAACAATTGCTAT
GTAAAGTTGTAAACTAGGAAATTTTAGGAACTATTGTAATATAAGGTGCAGGCCGCAGCTAATGTAATGAGGTCTAGGCCCTATTACCAAGGATCATATCCTCCCAACAAAGTGGATATCAAAATTAGTCCAAACTCGTTTATCAAAATAAAATTTCCATTTCAAGTAACACAGAGGATGGATTTGAGGCATGAGATTGA
TTTCTAACAAGGGCTGCATTTGCCAGAGATTAGTATTTGGTACGTTGAATTTTGATAAGTTTGAAAGCATGCCTATGGACAATGCATTCATAAATT