sp|Q8GW31|DCP2_ARATH ----> mRNA-decapping enzyme subunit 2

Intron 1 GTCCGTCAGT ... TTTCTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	96.48	1	26	29
A2	87.94	4	35	23.5
A3	86.9	7	56	37
A4	82.17	9	48	35
A5	75.65	7	29	14.5
A6	83.14	17	98	70
A7	88.55	18	159	120
A8	85.75	11	65	68
A9	79.33	32	155	91
A10	83.09	22	139	77.5

>TRINITY_DN93840_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

TTTAAATATCTCATTTTCTGCTGGCTGGCGCTGTAAATAGTGTTGCCGACGCATTCAGGGTTTATTTACGGCTTGTTTCCACTGCCATTTCAACGAAATATTTTTTCCTCGGAAGAAATGTCAGGGCTTCATCGAGCAAGCGCACTGGTTTTATGAGGACAATGCAATGGAGCAAAATCCATCTCTGAAGTCTCTAAGTC
TAAGGGAATTCACATCTTTAA

>TRINITY_DN93840_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TTTAAATATCTCATTTTCTGCTGGCTGGCGCTGTAAATAGTGTTGCCGACGCATTCAGGGTTTATTTACGGCTTGTTTCCACTGCCATTTCAACGAAATATTTTTTCCTCGGAAGAAATGTCAGGGCTTCATCGgtccgtcagtgtaccttctcgaaacgctctcccccctaaggaacttctggacgatttgtgcagtcg
atttgttttgaattgtcctaaagaagatctgcagtcctttgaaaggattttgtttcttatagAGCAAGCGCACTGGTTTTATGAGGACAATGCAATGGAGCAAAATCCATCTCTGAAGTCTCTAAGTCTAAGGGAATTCACATCTTTAAGTATCCTTTGAGTGCATGAAAGCGATGTGATTTTCTTAATTGTACCAG

Intron 2 GTATGCATTG ... ATGCCACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.15	14	12	5
A2	44.44	10	8	2
A3	51.43	17	18	5
A4	50	6	6	0
A5	41.67	7	5	3
A6	36.26	58	33	8
A7	43.75	63	49	6
A8	40.28	86	58	13
A9	40	81	54	9
A10	42.42	57	42	6

>TRINITY_DN105297_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TATCATTCCTTAATTTGCAAGAGAGTGAATCTTTTAAAATAATGGTAGATTTTGTAATTTCTACATGTTTCTAACGCAGGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGA
TAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAGGGCCTAGTGTTTGTGTTTGGAAGGCTAAAACCAGTTCTACAGGGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGAC
TTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTCAGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGGTAACAATTTAACACTTTGTTTCCTTATTGGGTTCAAGCATGCAGTCTTAGCTTGTAAATGTTTTCTGATATCATGTACAGAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAA
TCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAATGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTCTAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTC
TTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGGATAAA

>TRINITY_DN105297_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACAAACTAAAAAGGAGATTAGTATTTTGTAATTTCTACATGTTTCTAACGCAGGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAAC
AATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAGgtatgcattgagttttacaagttgttttctgtatttctaattaaatgttatcctagcctgtttgtcccatctgcttatgggttcgttgtacagattttcttgcttcatgtagaggtggatgtatatatcttgtgatgtctttcttttcaaaggttcgaagaggataaggtgaca
taatgattgcttttatgccactagGGCCTAGTGTTTGTGTTTGGAAGGCTAAAACCAGTTCTACAGGGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTC
AGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGGTAACAATTTAACACTTTGTTTCCTTATTGGGTTCAAGCATGCAGTCTTAGCTTGTAAATGTTTTCTGATATCATGTACAGAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAA
TGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTCTAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGG
ATAAA

Intron 3 GTAAGGATCG ... ATTGAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	57	0	0
A2	2.66	75	0	2
A3	2.74	72	0	2
A4	0	55.7	0	0
A5	0	13.7	0	0
A6	0.55	184.3	0	1
A7	1.09	282.3	0	3
A8	0	344	0	0
A9	0.7	287.7	1	2
A10	0.44	229.3	0	1

>TRINITY_DN33682_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTTTTTTTCTGGATTCTTCAAGATTGCTTTACTCTCTTAAACGTCAATGCCTATAAATACCATTCACACAAGGTTTCCTCGAATACAACTTTGCTCCTTTAAATATCTCATTTTCTGCTGGCTGGCGCTGTAAATAGTGTTGCCGACGCATTCAGGGTTTATTTACGGCTTGTTTCCACTGCCATTTCAACGAAATAT
TTTTTCCTCGGAAGAAATGTCAGGGCTTCATCGGTCCGTCAGTGTACCTTCTCGAAACGCTCTCCCCCCTAAGGAACTTCTGGACGATTTGTGCAGTCGATTTGTTTTGAATTGTCCTAAAGAAGATCTGCAGTCCTTTGAAAGGATTTTGTTTCTTATAGAGCAAGCGCACTGGTTTTATGAGGACAATGCAATGGAGC
AAAATCCATCTCTGAAGTCTCTAAGTCTAAGGGAATTCACATCTTTAATGTTTCAGAGTTGTGCAGCACTAAGACCTTATATTGCACATGTAGATGACATATATAAAGATTTCACTTCCTACAAGGTTCGTGTGCCAGTAACTGGTGCAATAATTTTGGACGAGTCATATGAGCGGTGCTTGCTTGTGAAAGGTTGGAAG
GCAGGGGCAAGTTGGAGTTTCCCCCGTGGAAAGAAAGCCAAAGATGAAGAAGACCACAAGTGTGCTATCAGAGAAGTATTTGAAGAGACAGGATTTGATGTATCGATGCTTTTGAGTGTTGATGACAACATAGAAGTTATTATTGGACAGCAAAGAGTGCGCCTGTACATCATTGGTGGAGTGAAAGAAGATACTGTTTT
TGCACCACAAACTAAAAAGGAGATTAGTGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAG
GGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTCAGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGGTAACAATTTAAC
ACTTTGTTTCCTTATTGGGTTCAAGCATGCAGTCTTAGCTTGTAAATGTTTTCTGATATCATGTACAGAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAATGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTC
TAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGGAC

>TRINITY_DN33682_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TTATGGTTGGACCATTTATGGGgtaaggatcggttctttcttccctttttacttcatttttatgaaggtgtctattgagagtcttaaaaggattttattactattagtataaatttgctaattctactgaagttaggaccaacagttttatccccgaggacctcacaaaggctataactgcagttctcaaaatccttcat
ctgcttttgttcactagaatttatttgtaggggactatatatgtgaatgcatatttgactgaacattgaagcagGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAGGTATGCATTGAGTTTTACAAGTTGTTTTCTGTATTTCTAATTAAATGTTATCCTAGCC
TGTTTGTCCCATCTGCTTATGGGTTCGTTGTACAGATTTTCTTGCTTCATGTAGAGGTGGATGTATATATCTTGTGATGTCTTTCTTTTCAAAGGTTCAAAGAGGATAAG

Intron 4 GTATGCATTG ... AGTTCTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.79	40	12	9
A2	16.07	47	8	10
A3	23.08	45	18	9
A4	17.14	29	6	6
A5	25.71	13	5	4
A6	17.44	168	33	38
A7	15.96	229	49	38
A8	19.71	277	58	78
A9	18.26	244	54	55
A10	18.61	188	42	44

>TRINITY_DN105297_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

ATTCTTTTGGATATCAGTTTGTTGACTGTCTTGGACAATGAGATTGGTCTGAAGCCATCTAGTAAAATTGCTTGCACTTTTGTAGGGACCAAAACTGTGTCCAATAGGTTGCTATTATGGTATATGTTTTAGGATATTGTGCCAAAATTTGGTCTTGAAGATGATCAGACATGTGCATCTACTTTTTACTCTGGCTTTGT
ATTATATTTGCTCCATATACATGGGAATAAAGGATAAAACTAAAAAGCCAAATCAAAACCAATATTTTTCCATGAATGAGATCCTTACTGCTAGTTCCAGTTGTTCTACCACCATATGTACCCTGCATTGTTTTATTTTTTTACCATCATCTACAATATATTGTATTTTGAAGTGATCTAGTTCATCATTCTATGGAATA
TTTAGCAGATATTGTTTGAGAAATACTGGCATGCTAATTCATAACCTATTGTCTGCTTTGCAGTGCTTGCTTGTGAAAGGTTGGAAGGCAGGGGCAAGTTGGAGTTTCCCCCGTGGAAAGAAAGCCAAAGATGAAGAAGACCACAAGTGTGCTATCAGAGAAGTATTTGAAGAGACAGGATTTGATGTATCGATGCTTTT
GAGTGTTGATGACAACATAGAAGTTATTATTGGACAGCAAAGAGTGCGCCTGTACATCATTGGTGGAGTGAAAGAAGATACTGTTTTTGCACCACAAACTAAAAAGGAGATTAGTGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTA
TGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAGGGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCT
GGCAAAAGTTTCCGAAATTTCAGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGGTAACAATTTAACACTTTGTTTCCTTATTGGGTTCAAGCATGCAGTCTTAGCTTGTAAATGTTTTCTGATATCATGTACAGAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGC
TCTAGGATCATTTTCAAGCAATGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTCTAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAG
ATCATCATAATCGTGACTTGGATAAA

>TRINITY_DN105297_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CACAAACTAAAAAGGAGATTAGTATTTTGTAATTTCTACATGTTTCTAACGCAGGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAAC
AATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAGgtatgcattgagttttacaagttgttttctgtatttctaattaaatgttatcctagcctgtttgtcccatctgcttatgggttcgttgtacagattttcttgcttcatgtagaggtggatgtatatatcttgtgatgtctttcttttcaaaggttcgaagaggataaggtgaca
taatgattgcttttatgccactagggcctagtgtttgtgtttggaaggctaaaaccagttctacagGGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTC
AGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGGTAACAATTTAACACTTTGTTTCCTTATTGGGTTCAAGCATGCAGTCTTAGCTTGTAAATGTTTTCTGATATCATGTACAGAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAA
TGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTCTAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGG
ATAAA

Intron 5 GTAACAATTT ... TCATGTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.48	11	28	30
A2	50	25	34	16
A3	68.83	12	34	19
A4	77.27	5	22	12
A5	75	3	12	6
A6	62.13	96	140	175
A7	64.27	117	202	219
A8	62	206	307	365
A9	59.25	153	206	239
A10	66.53	64	133	121.5

>TRINITY_DN33682_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

GTTTTTTTTTCTGGATTCTTCAAGATTGCTTTACTCTCTTAAACGTCAATGCCTATAAATACCATTCACACAAGGTTTCCTCGAATACAACTTTGCTCCTTTAAATATCTCATTTTCTGCTGGCTGGCGCTGTAAATAGTGTTGCCGACGCATTCAGGGTTTATTTACGGCTTGTTTCCACTGCCATTTCAACGAAATAT
TTTTTCCTCGGAAGAAATGTCAGGGCTTCATCGGTCCGTCAGTGTACCTTCTCGAAACGCTCTCCCCCCTAAGGAACTTCTGGACGATTTGTGCAGTCGATTTGTTTTGAATTGTCCTAAAGAAGATCTGCAGTCCTTTGAAAGGATTTTGTTTCTTATAGAGCAAGCGCACTGGTTTTATGAGGACAATGCAATGGAGC
AAAATCCATCTCTGAAGTCTCTAAGTCTAAGGGAATTCACATCTTTAATGTTTCAGAGTTGTGCAGCACTAAGACCTTATATTGCACATGTAGATGACATATATAAAGATTTCACTTCCTACAAGGTTCGTGTGCCAGTAACTGGTGCAATAATTTTGGACGAGTCATATGAGCGGTGCTTGCTTGTGAAAGGTTGGAAG
GCAGGGGCAAGTTGGAGTTTCCCCCGTGGAAAGAAAGCCAAAGATGAAGAAGACCACAAGTGTGCTATCAGAGAAGTATTTGAAGAGACAGGATTTGATGTATCGATGCTTTTGAGTGTTGATGACAACATAGAAGTTATTATTGGACAGCAAAGAGTGCGCCTGTACATCATTGGTGGAGTGAAAGAAGATACTGTTTT
TGCACCACAAACTAAAAAGGAGATTAGTGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAG
GGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTCAGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGAGCGTTGGGGTGT
TGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAATGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTCTAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGAT
ATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGGAC

>TRINITY_DN33682_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTTTTTTTTCTGGATTCTTCAAGATTGCTTTACTCTCTTAAACGTCAATGCCTATAAATACCATTCACACAAGGTTTCCTCGAATACAACTTTGCTCCTTTAAATATCTCATTTTCTGCTGGCTGGCGCTGTAAATAGTGTTGCCGACGCATTCAGGGTTTATTTACGGCTTGTTTCCACTGCCATTTCAACGAAATAT
TTTTTCCTCGGAAGAAATGTCAGGGCTTCATCGGTCCGTCAGTGTACCTTCTCGAAACGCTCTCCCCCCTAAGGAACTTCTGGACGATTTGTGCAGTCGATTTGTTTTGAATTGTCCTAAAGAAGATCTGCAGTCCTTTGAAAGGATTTTGTTTCTTATAGAGCAAGCGCACTGGTTTTATGAGGACAATGCAATGGAGC
AAAATCCATCTCTGAAGTCTCTAAGTCTAAGGGAATTCACATCTTTAATGTTTCAGAGTTGTGCAGCACTAAGACCTTATATTGCACATGTAGATGACATATATAAAGATTTCACTTCCTACAAGGTTCGTGTGCCAGTAACTGGTGCAATAATTTTGGACGAGTCATATGAGCGGTGCTTGCTTGTGAAAGGTTGGAAG
GCAGGGGCAAGTTGGAGTTTCCCCCGTGGAAAGAAAGCCAAAGATGAAGAAGACCACAAGTGTGCTATCAGAGAAGTATTTGAAGAGACAGGATTTGATGTATCGATGCTTTTGAGTGTTGATGACAACATAGAAGTTATTATTGGACAGCAAAGAGTGCGCCTGTACATCATTGGTGGAGTGAAAGAAGATACTGTTTT
TGCACCACAAACTAAAAAGGAGATTAGTGAAATTGCTTGGCACCGAGTAGATGAGCTGCACCCTACAAACAATGAGGCAAATTCTCGTGGACCAAATGGAATGAAGTGTTTTATGGTTGGACCATTTATGGGGCCACTAAAGGAGTGGATAGCAGCGCATTGCCCTCCAGCAACAATAAAGAGCGATGGTTCACTAAAAG
GGAGTGGGCCAGCTCAAGGAATTGGTTCTCTGACCGATAATGCACATGTTTCTAATGTGCCTGTAATGGAGCCTTATCAAAGCACAGCTGGTGTTGTAAATGAAGACTTGGCTGGCAAAAGTTTCCGAAATTTCAGATTCGATTCATCGTTCATTTTGCGACTGCTCGACGAGATGATGATTTCTGGgtaacaatttaac
actttgtttccttattgggttcaagcatgcagtcttagcttgtaaatgttttctgatatcatgtacagAGCGTTGGGGTGTTGAATTATATGACTATTTGATGAAAATCCTGCTCTAGGATCATTTTCAAGCAATGGGAGATTATATTCTCTGGGCTGTAGCTTTGGTCTTTTATTATGAACAAACAGCGCTTAATCTTC
TAAGCTACTTGCAATTGATGATCATGTTAACAAATATGATTATTTCTCGGCAGGGATTAGAAATTATATTCGACACACGATATAATGTTGCAATTTTAACAGTTTTCTTAAAGATCATCATAATCGTGACTTGGAC