sp|Q9M1P7|BOR2_ARATH ----> Probable boron transporter 2

Intron 1 GTAAGCCGCA ... TTCCAATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.75	9	9	5
A2	33.33	19	12	7
A3	44	14	8	14
A4	33.06	15	7.8	7
A5	37.31	21	11	14
A6	-1	0	0	0
A7	19.95	16	3	5
A8	0	3	0	0
A9	50	2	0	4
A10	25.93	10	1	6

>TRINITY_DN128351_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGAATTTCACAAGACCGCCCGTTTTAGCGAAACGGCTAGACATAAACCCCTCCGCTAAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCG
GAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAAT
CTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCT
TTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATA
TAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCC
TACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTA
AGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAAT
TCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGAC
TTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAA
CATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTC
TTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGC
ATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATC
CATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGTGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTT
CTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAAC
TTATCAACAAATGCAGACCCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGT
TGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTT
GAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCCAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATA
TGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTT
TCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAAC
TTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCT
TGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTG

>TRINITY_DN128351_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGGAATTTCACAAGACCGCCCGTTTTAGCGAAACGGCTAGACATAAACCCCTCCGCTAAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCG
GAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATgtaagccgcagttttcattctactttgtgaacctttgttctagcggggtgccgtattggagtgatatgtgggaaggcgaacaataaatgttggaagatagtgaaaaaaatggatttaaaacaaatttgacggcgtaggaactgttcaatgcaggacacttttctatcgat
tttggaagttaaatagaaaaaggatgacgcctcggcatatttaggagtgaataaatcttatgcgtttttctgccttgcttacgtttattacttctcttccaatcagGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTT
CAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCA
TATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAA
TAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTA
AATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGC
ATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCC
TGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCAT
TCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTT
GCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGA
CAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAAT
TTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTT
GTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCA
CAGTGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAA
GATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACCCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAA
TCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTG
GGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCCAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCC
TGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGA
AGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACAC
ATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATAC
AAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTG

Intron 2 GTAAGCTAGT ... TCTTGGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.24	24	14.4	5
A2	28.16	14	8.9	5.5
A3	30.43	32	13.4	14
A4	25.25	37	12	12.5
A5	35.71	9	7.1	5
A6	21.95	32	11	9
A7	17.12	77.4	34.6	16
A8	19.28	67	23	16
A9	25.93	60	23.4	21
A10	24.36	37	13.4	12

>TRINITY_DN106074_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

AAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGA
AAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCG
TTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATT
CTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAA
GTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCA
AGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATC
GGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTA
AGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATCAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAA
CAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTT
GTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAG
AACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCA
TGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCC
ATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTG
TTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAA
GAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCC
TACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGC
TGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGG
CTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTC
ATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGG
ATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGC

>TRINITY_DN106074_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTAAGCCGCAGTTTTCATTCTACTTTGT
GAACCTTTGTTCTAGCGGGGTGCCGTATTGGAGTGATATGTGGGAAGGCGAACAATAAATGTTGGAAGATAGTGAAAAAAATGGATTTAAAACAAATTTGACGGCGTAGGAACTGTTCAATGCAGGACACTTTTCTATCGATTTTGGAAGTTAAATAGAAAAAGGATGACGCCTCGGCATATTTAGGAGTGAATAAATCT
TATGCGTTTTTCTGCCTTGCTTACGTTTATTACTTCTCTTCCAATCAGGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCC
TTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGC
CGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTG
TTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTA
TACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTC
GAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGA
ATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAA
TCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATCAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAA
TCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGG
ACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTT
CGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGC
GCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCT
TTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATA
TGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTgtaagctagtgatgcttttggatgtttactgcttaagctttttcttgatccaaacctttcctttggtttttttcatccaattttggaggtgtttgggctcttggacagGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCA
CCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGG
GGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGT
TACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAG
TGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACT
GCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCA
CTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGC

Intron 3 GTATGGACAT ... TTCATCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.63	19	8	8.5
A2	14.29	18	3	7.6
A3	35	26	14	2
A4	11.76	15	2	5.7
A5	10	9	1	2.9
A6	22.73	17	5	7.5
A7	22.58	48	14	8.5
A8	25.53	35	12	13.1
A9	20.31	51	13	7.5
A10	19.05	34	8	8.5

>TRINITY_DN118365_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GCTAAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACT
CGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTT
TCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTC
ATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGT
TAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGC
TCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTCAAATTATCAGGTTTGGAGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAACCCTGCCA
TCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAGTAGTGGAGATCCATAATTTATCCTTTTAATCTGACAT
TAAGCCGTGTATATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACA
AACAAGACTGGATTAGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCT
TTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGG
AGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGT
CATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTG
CCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGTGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGG
TGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACCCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGA
AAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATT
CCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTT
GCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATG
GGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTT
TCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAA
GGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTATGAGCTTGAAATGA
TTCGTTCTGTTCCACACTATGCAGTCCCATATATACCAGTGCCATGAATCTACAGACCAGCGATATCATCAAATAATCCAATCAATTCAGTTACTAGAGTAATTAAGCAAGAATTCTGGCCTCCAAAGTTCCCTCCAACACCTGCAAACAACTGAAATAGGCCATAACTATGTCAATTAAGAAAAATGTAAATCCCCGAT
AGATTTATGCAATGCCAATGGTCATTTTCATTAAGATTTGGCATGGTTTTTGGTTATCATCCG

>TRINITY_DN118365_c0_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAG
TTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTC
CTTTACTATTTTGACCACAGTGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACA
GCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACCCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAG
ATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTG
CCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAgtatggacattgtcatatcatacacgaaaactctctttcattttcaaaatcttgtgcaacttttgcttgcgaaaattcagaaaatgttaattctagattgcaatttgtagggttgatcatatttctatgttgtatttt
catcacagAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTT
CAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAA
TATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAA
AGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGA
TGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTATGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTCCACACTATGCAGTCCCATATATACCAGTGCCATGAATCTACAGACCAGCGATATCATCAAATAATCCAATCAATTCAGTTACTAGAGTAATTA
AGCAAGAATTCTGGCCTCCAAAGTTCCCTCCAACACCTGCAAACAACTGAAATAGGCCATAACTATGTCAATTAAGAAAAATGTAAATCCCCGATAGATTTATGCAATGCCAATGGTCATTTTCATTAAGATTTGGCATGGTTTTTGGTTATCATCCG

Intron 4 GTAAGTGCTT ... TGTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.67	20	0	4
A2	11.76	15	0	2
A3	11.76	15	0	2
A4	13.33	13	2	2
A5	10	9	0	1
A6	8.16	45	0	4
A7	11.86	52	0	7
A8	22.47	69	0	20
A9	12.5	91	0	13
A10	7.58	61	0	5

>TRINITY_DN106074_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

AAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGA
AAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCG
TTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATT
CTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAA
GTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCA
AGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATC
GGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTA
AGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATCAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAA
CAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTT
GTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAG
AACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCA
TGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCC
ATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTG
TTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAA
GAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCC
TACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGC
TGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGG
CTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTC
ATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGG
ATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGC

>TRINITY_DN106074_c0_g1_i15 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAGCAGTAAGGgtaagtgcttgtcacgaccaagtttgatacatgattgctaaattaaactaaaagctactaatacatttgttgtctttcagGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTT
ATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCT
CGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAG
GTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGC

Intron 5 GTATCACTGA ... CTTGTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.45	6	4.6	4.3
A2	28.63	17	6.9	6
A3	2.76	25	0.9	8.6
A4	33.83	12	6.1	6.1
A5	27.14	3	1.1	0
A6	1.71	22	0.4	4.3
A7	10.81	43	5.3	20.7
A8	20.61	19	5	5.1
A9	29.91	34.1	14.6	14.9
A10	20.04	13	3.3	3.3

>TRINITY_DN116957_c0_g1_i13 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTAAGCCGCAGTTTTCATTCTACTTTGTGAACCTTTGTTCTAGCGGGGTGCCGTATTGGAGTGATATGTGGG
AAGGCGAACAATAAATGTTGGAAGATAGTGAAAAAAATGGATTTAAAACAAATTTGACGGCGTAGGAACTGTTCAATGCAGGACACTTTTCTATCGATTTTGGAAGTTAAATAGAAAAAGGATGACGCCTCGGCATATTTAGGAGTGAATAAATCTTATGCGTTTTTCTGCCTTGCTTACGTTTATTACTTCTCTTCCAA
TCAGGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCC
CCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTT
GCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTA
AAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGG
GTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAAC
TAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGTTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGA
GATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGA
ATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTAGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGTATTTCCTTCCACATGACCTTGCACACATTTCGAGAGTTGGAAACTTCATTGTGGAATTGAGGATGAATAGTCTGGCATCTTCTACTGAGCTAATTACTGTGTCTAGCTCCTTTGTTTAATTATTGCAAAAT
TGTTCAGCATGTGAAACAAAATTATTTGAATGTTTTTCTCTGTTGTAAAAATAACTGTGATCATAAATTTGTGTACTAGATGTAGTACTCCGTTAGGCATGTGTATAGGACATGAGGTATGCTAATGCACTTTGTGTCTCTTATCATACCTGTGTCCCAAAGTCATCATATAATTCTTAAAATCCTTGTCTGATCATTAA
TGCCTGCAAAAGAAAATTAGTTCTTATCCAATCTCACAAATTGATCCAATATGATGGTGCTTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCAT
TATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAA
TTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTT
ACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTG
GACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTG
GTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTT
TACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGT
TGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTA
GTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAAC
ATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCA
GCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACAT
CCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAAT
AAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAATCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAATTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATCCATCCACGCTAACCCAGAATAAATAATGGA

>TRINITY_DN116957_c0_g1_i17 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TATACAATGGTTATTTATATTCTACCTGTCAAATTACTAGGAGCATCGGTAAGATTTGCCAAAATAAGGGGTTATGGAATGTCATATATTGTGTGGCAGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGgtatc
actgaattgcagctcaggttttctgttttgtagatgtaagcatgactacgactttgctattagataaattactgacctatacttgttacagTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTC
CATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCT
GGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAAC
CATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGC
CATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGC
TCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGAC
ATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAA
CCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAATCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAATTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATCCATCCACGCTAACCCAGAATAAATAATGGA

Intron 6 GTACTTAGTA ... ACACTGACAG

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A6	27.27	20	9	6
A7	33.33	40	20	20
A8	29.87	27	12	11
A9	23.4	36	8	14
A10	37.35	26	22	9

>TRINITY_DN46742_c2_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

GCCGCAGTTTTCATTCTACTTTGTGAACCTTTGTTCTAGCGGGGTGCCGTATTGGAGTGATATGTGGGAAGGCGAACAATAAATGTTGGAAGATAGTGAAAAAAATGGATTTAAAACAAATTTGACGGCGTAGGAACTGTTCAATGCAGGACACTTTTCTATCGATTTTGGAAGTTAAATAGAAAAAGGATGACGCCTCG
GCATATTTAGGAGTGAATAAATCTTATGCGTTTTTCTGCCTTGCTTACGTTTATTACTTCTCTTCCAATCAGGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTT
TGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAAT
GCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCT
AATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGA
CAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCA
CATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAACCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGC
TCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAG
CACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATCAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAAC
AACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCT
TGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGA
ACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCC
AAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAA
TTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACA
AAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATC
TACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGC
CGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCCAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTT
TTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAA
GAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGT
GAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTT
TGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAATCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAA
TTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATCCATCCACGCCAACCCAGAATAAATAATGGAAGTATGAG

>TRINITY_DN46742_c2_g1_i6 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCCGCAGTTTTCATTCTACTTTGTGAACCTTTGTTCTAGCGGGGTGCCGTATTGGAGTGATATGTGGGAAGGCGAACAATAAATGTTGGAAGATAGTGAAAAAAATGGATTTAAAACAAATTTGACGGCGTAGGAACTGTTCAATGCAGGACACTTTTCTATCGATTTTGGAAGTTAAATAGAAAAAGGATGACGCCTCG
GCATATTTAGGAGTGAATAAATCTTATGCGTTTTTCTGCCTTGCTTACGTTTATTACTTCTCTTCCAATCAGGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTT
TGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAAT
GCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTTGCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCT
AATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGA
CAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGGGTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCA
CATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAACCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGGTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGC
TCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAG
CACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATCAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAAC
AACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCT
TGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGA
ACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGgtacttagtacttacagtaggaaaatgcatatctaggaacaatcctctgccatatatacaaattttaattaagcttttctgttt
tttcctttggggtgctctaccttatgatgactctggatttttcttttcctaaaacttaaatttgatgccaaatttaaaattaactgcaagatagataccattggaggtttctaatagccaggttatcaggattcatctctgaaagatgattttttctcttcatctcaaaaaggaaagtcatgatatataaaatacatttg
gaacagaaatgactccaacagcttgccttctttagcagggacagtgttcctcatgagaaattcgccccctgtataagtctcctttactgttagtcctactcaaactcgtaatattcttgtccatgccctttggtctaaagtttaaaccaccaccaaaaggtttgttggtatgatggattctatttgtttcttgcttatag
catgcttgaatatatcatattttatctgtttgtttctaatagcatctttgaatatatatatatatatatatacacacacactgacagGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTT
TTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCA
TTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAA
GCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGT
CTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCA
TGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCCAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGG
ATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAG
GCCAGACACCCTTTCAACTCATGCGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCC
AAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTT
TTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAATCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAATTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATC
CATCCACGCCAACCCAGAATAAATAATGGAAGTATGAG

Intron 7 GTATTTCCTT ... GGTGCTTCAG

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A8	48.5	6.4	8	4
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>TRINITY_DN116957_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

ATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTAAGCCGCAGTTTTCATTCTACTTTGTGAACCTTTGTTCTAGCGGGGTGCCGTATTGGAGTGATATGTGGG
AAGGCGAACAATAAATGTTGGAAGATAGTGAAAAAAATGGATTTAAAACAAATTTGACGGCGTAGGAACTGTTCAATGCAGGACACTTTTCTATCGATTTTGGAAGTTAAATAGAAAAAGGATGACGCCTCGGCATATTTAGGAGTGAATAAATCTTATGCGTTTTTCTGCCTTGCTTACGTTTATTACTTCTCTTCCAA
TCAGGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCC
CCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGCCGTTTTATCGCGTTATCTGTCATATTTGGGGAGAAAATCATCGTGCTCAAGCAAATGCGGAGTCCTCTTTTTATCAGAGCCGTCGTTTTGCTGAAGCTTTGCATGCGAGCTTTAAAGAGCAGTT
GCGTTTAGTATGAACGGAATGGTGTATTCATTCTCTTTACCGTAAATGCTGCAGTTCTCAAAATGAGGAATGCATCGGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTA
AAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAACGCTTTATAAAATTATGGATTTAAATATATCCATTCCATTTTCTGCAAGTCCGTAGACAATACAATGTTTTTAAAGGATTATACTCGTTAACATTCTCCTACTATTTCCGGGCTCCAGTTATGGG
GTTCAAGTAGTGAGACAATTCTTTCCAGCTCAAGCTGGGACTCTAGTTAGTAATTTTATATTTTTTATTAAGTCTTTGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAAC
TAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGTTTTTTTTAGATTAAGCATTCGATATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGA
GATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCACAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGA
ATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTGGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGC
ATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTC
AATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTAT
TTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAAC
TGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTG
TGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGG
TTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGT
GTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGC
TAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATA
ACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGT
CAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTAC
ATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGA
ATAAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAATCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAATTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATCCATCCACGCTAACCCAGAATAAATAATGGA

>TRINITY_DN116957_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACTCGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCA
GAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAGTTAAGCTTTTTCGTTTTTTTGATTGGGAACGCAACATGTAATCCAAGTGTTTCTTGC
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GGCCAGTATTTTGTCCCTAAAATAGCTTTAATTGGAGCCACTGTGAGGTTTCCTCTAATGCTTAGCAATTCACCGTACTGTTAGCATCTGCGTAGATATAGTACAGTCAGCATGTAAACTCTTAAAGCTGGAAATCCCGAGTCTCTGTGTCGTTAAGTATGTAGTTCGAAACTCTCGGCTCATGCTAATTCCTTATCAAC
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TGGCTCCAATGGGCTGTATTGCATTTTTTTGTTTCAAATTATCAGGTTTGGTGGCACATACAAGTATTTTTGCCTCGTTCGAGGCTTTTTTGATGCTAAGCATCCGGAGATAGATTTCACAAACTAAATAAATCATGGCAAGTTAGCCCTGCCATCGGAAATGCTCGACTTCTATAGTTTTTTTTAGATTAAGCATTCGA
TATATTGGGAATAATTTAGCCCTGTTATCCGAATGCTCGACTCCATAGTTTTTTGCTCTGTTTCTTTTTCTTTGCTTTGAATTAACCATCGTGGAAATTCAGATCTGTTACAATGAATAGTGGAGATCCATAATATATCCTTTTAATCTGACATTAAGCCGTGTAAATGTGAACGGTCCACTTCGTATACCTTTTATGCA
CAGTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTAGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGgtatttcct
tccacatgaccttgcacacatttcgagagttggaaacttcattgtggaattgaggatgaatagtctggcatcttctactgagctaattactgtgtctagctcctttgtttaattattgcaaaattgttcagcatgtgaaacaaaattatttgaatgtttttctctgttgtaaaaataactgtgatcataaatttgtgtac
tagatgtagtactccgttaggcatgtgtataggacatgaggtatgctaatgcactttgtgtctcttatcatacctgtgtcccaaagtcatcatataattcttaaaatccttgtctgatcattaatgcctgcaaaagaaaattagttcttatccaatctcacaaattgatccaatatgatggtgcttcagGATCCTTGCTC
CCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCTTTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTC
ATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGGAGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTAT
CCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGTCATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATG
GAGTTCCTTTGATGGTACTTGCTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTGCCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCT
GTCCTTTACTATTTTGACCACAGCGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGGTGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAA
ACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACTCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGAAAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATC
TAGATGCGCCAGTTGATGAATTAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATTCCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGT
TTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTTGCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTT
CCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATGGGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTT
TTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTTTCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGA
ATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAAGGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTT
TTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTCTGAGCTTGAAATGATTCGTTCTGTTACAAACTATGCAGTCTCATATATACTAGTGCCATAAA
TCTACAGACCAGCGGTATCATAAAATGATTCAATCAATTCAGTTACTGGTGTAATTAAGCAAGAATTCTAGCCTACAAAGATCCATCCACGCTAACCCAGAATAAATAATGGA

Intron 8 GTTAAGCTTT ... TTATGCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	76	6	19	19
A2	76.27	7	33	12
A3	72.97	5	11	16
A4	83.33	3	11	19
A5	89.47	2	23	11
A6	60	2	0	6
A7	100	0	2	10
A8	85.71	1	3	9
A9	73.33	2	8	3
A10	66.67	5	6	14

>TRINITY_DN118365_c0_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform

GCTAAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACT
CGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCATTTACCTTCTC
CTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACAAACAAGACTGGATTAGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGTATTTCCTTCCACATGACCTTG
CACACATTTCGAGAGTTGGAAACTTCATTGTGGAATTGAGGATGAATAGTCTGGCATCTTCTACTGAGCTAATTACTGTGTCTAGCTCCTTTGTTTAATTATTGCAAAATTGTTCAGCATGTGAAACAAAATTATTTGAATGTTTTTCTCTGTTGTAAAAATAACTGTGATCATAAATTTGTGTACTAGATGTAGTACTC
CGTTAGGCATGTGTATAGGACATGAGGTATGCTAATGCACTGTGTCTCTTATCATACCTGTGTCCCAAAGTCATCATAGAATTCTTAAAATCCTTGTCTGATCATTAATGCGTGCAAAAGAAAATTAGTTCTTAT

>TRINITY_DN118365_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCTAAAACTCTGCAGTTTTCAGTAATAAGTTCTCAGTGGCTTGCATTATTTACAGTAGTAACAGATTTGTTAATGGTGTTTTACAGCTAAGAAGAGTTTTCACGGTGAAAACTAGCGCACTCGAAAAAGCGCCGTTTCGGAGTCGGAAACCGCCATGGAGACTGCTGCTGCAAATGTGTTCTGACAGACGATTTGGAACT
CGAAAGAAGACCGGCAGACAGCTATACATTTTATTATTTATAAATCAGAATCTCCAGCTCTGCAAATTTCAATCTATATATAAATTCGTCAACAGAGCTTCTTTGCTCACTCGTGGCTGTGAATTCCTTGAGAACTGCCAGAAATCTTTTCGATCTGCGCATAGCTTTTCCCCCGGGTAAACCTTACCAgttaagctttt
tcgtttttttgattgggaacgcaacatgtaatccaagtgtttcttgccgttttatcgcgttatctgtcatatttggggagaaaatcatcgtgctcaagcaaatgcggagtcctctttttatcagagccgtcgttttgctgaagctttgcatgcgagctttaaagagcagttgcgtttagtatgaacggaatggtgtattc
attctctttaccgtaaatgctgcagttctcaaaatgaggaatgcatcggccagtattttgtccctaaaatagctttaattggagccactgtgaggtttcctctaatgcttagcaattcaccgtactgttagcatctgcgtagatatagtacagtcagcatgtaaactcttaaagctggaaatcccgagtctctgtgtcgt
taagtatgtagttcgaaactctcggctcatgctaattccttatcaacgctttataaaattatggatttaaatatatccattccattttctgcaagtccgtagacaatacaatgtttttaaaggattatactcgttaacattctcctactatttccgggctccagttatggggttcaagtagtgagacaattctttccagc
tcaagctgggactctagttagtaattttatattttttattaagtctttggctccaatgggctgtattgcatttttttgttcaaattatcaggtttggaggcacatacaagtatttttgcctcgttcgaggcttttttgatgctaagcatccggagatagatttcacaaactaaataaatcatggcaagttaaccctgcca
tcggaaatgctcgacttctataggtttttttagattaagcattcgatatattgggaataatttagccctgttatccgaatgctcgactccatagttttttgctctgtttctttttctttgctttgaattaaccatcgtggaaattcagatctgttacaatgagtagtggagatccataatttatccttttaatctgacat
taagccgtgtatatgtgaacggtccacttcgtataccttttatgcacagTTTACCTTCTCCTCCCCATTCCACAATTTTGTTTCCAAAGGGAGATTATATAGCACTTCTGTGCAAGTTTCCACCAATCTATTCATGGAGGAGACTTTTGTGCCATTCCGAGGAATTAAGAATGATCTGAAGGGAAGGTTGCTGTGTTACA
AACAAGACTGGATTAGTGGTTTCAATGCAGGATTCAGGATCCTTGCTCCCACAACGTACATATTCTTTGCTTCTGCTATTCCAGTGATTTCATTTGGAGAACAACTGGACAGAAGCACAAATGGAATCTTGACCGCAGTTCAAACATTATCATCTACCGCAATATGTGGCATTATCCATTCTATTTTTGGAGGTCAGCCT
TTGTTAATTCTTGGGGTGGCTGAACCGACAGTGCTTATGTATACATTCATGTACAACTTTGCCAAAGACAGAGCGGATTTAGGCCCAAAGTTGTTCCTGGCTTGGACAGGCTGGGTATGTGTGTGGACTGCACTCTTGTTGGTCTTGCTGGCCATTCTGGGTGCATGCTCAATTATCAACAGGTTTACCAGGGTAGCTGG
AGAACTTTTTGGGATGCTCATTGCTATGTTGTTCGTGCAGCAGGCTATCCGGGGTGTTGTGGATGAATTTCGTGTTCCAAAGATGGACAATCCAAAGCTTGAACAGTTTACCAATTCTTGGCGCTTCGGAAATGGAATGTTTGCATTGGTTCTATCGTTTGGGCTTCTATTTACTGGACTGAAGAGTCGGAAGGCAAGGT
CATGGCTTTATGGGGCAGGTTGGCTACGAGGTCTCATTGCGGATTATGGAGTTCCTTTGATGGTACTTGTTTGGACTGGAGTATCATATATACCAACAGGCCAAGTTCCAGATGGAATTCCCAGGCGCCTTTTTAGCCCAAATCCATGGTCACCTGGTGCTTATGACAACTGGACAGTAATGAAGGAAATGTTGGATGTG
CCATTGCTATACATTATCGGTGCATTTATTCCAGCCACAATGATTGCTGTCCTTTACTATTTTGACCACAGTGTGGCATCTCAACTTGCTCAGCAAAAAGAATTCAACTTGAGAAAGCCATCTTCTTTCCATTATGATCTTCTTCTTTTGGGTTTCTTGGTTATCATGTGTGGTCTTATTGGTATACCTCCTTCAAATGG
TGTTATTCCTCAATCTCCAATGCACACAAAAAGCTTAGCTACTTTGAAACAGCAGTTGGCCCGTGAAAGATTGGTGAAGACAGCTAAGAAAAATATTAAACAAAACTCGAGCTTAGGGCAGTTATATGGAAGCATGCAAGAAACTTATCAACAAATGCAGACCCCATTGGTTTACCAGACACCTCCAGCCCTTGCACTGA
AAGAACTTGATCACAGCACCCTTCAATTGGCTGCATCTACAGGGAATCTAGATGCCCCAGTTGATGAATCAATTTTTGATCCAGAGAAGGATATTGATTATCTACTTCCTGTTGAGGTCAAAGAACAGCGTCTTAGTAATTTGTTGCAAGCCATGATGGTTTCTGGCTGTGTTGCAGCTATGCCCCTCCTTAAAATGATT
CCTACATCAGTGCTTTGGGGTTACTTTGCATTCATGGCCATTGAAAGTTTGCCTGGCAATCAATTCTGGGAAAGGATACTACTAATACTTACCGCTCCAAGCCGTAGATATAAAGTTCTTCTGCAGTCTCATGCTTCATTTGTTGAGACAGTACCTTTCAAAACCATCGCTAGTTTTACAGTTTTCCAGACATGCTATTT
GCTGGTCTGTTTTGGGGTTACATGGATTCCGATTGCTGGTGTTCTTTTCCCTTTGCTTATAATGCTCCTGGTCCCTGCAAGACAATATGTTCTTCCCAAGTTTTTCAAAGGGGCACACCTTCAAGAATTGGATGCAGCAGAATATGAAGAGACTGCAGCATTGCCATATAACATAGCAGTAAGGGAAGCTGAAGTTCATG
GGCTTGGAAGAGGGACAGTGGCTGGAAAGGCAGATGATGGTGAGATTTTTGATGAGGTAATTACTCGAAGCCGGGGTGAGGTTAAACATGCTTATAGTCCAAGAATATCTAGTTCAAGTGAGGCAGGTGAGGCCAGACACCCTTTCAACTCATGGGTTACTGGCTCAAGTCAGCATACACAGTCTGGAGAAGCCAAACTT
TCATCAAGTCCATGGACTGCTGAAACCAGACAAGCATTCAGCCCGCGAATCACTGAACTAAGACACACATATAGCCCCAAAAATAATAGTCCTCGAACTGGTGAAAGACACCTGCAGAAAACGTTCAGTCCAAGGGTGTCCAACTTTGGGGAGGGGGCAAGGACATCTACATCCAGTGACTGTCCAGCTGATCAGTGAAA
GGATGGGGTGGGATTTCACTATGTAGAGCTGTTCACATTTGCATGGTTTTGATTATTGCACAGGATACAAAATCTGCACATGTTTCAAATTAGGTAGTAGTTTGATGTTTTATTGTAAATCCTTTGATCTTTTATTCCCTCCCTTGTGTTTCTCTGTTTGCTAACCCAGAATAAATAATGGAAGTATGAGCTTGAAATGA
TTCGTTCTGTTCCACACTATGCAGTCCCATATATACCAGTGCCATGAATCTACAGACCAGCGATATCATCAAATAATCCAATCAATTCAGTTACTAGAGTAATTAAGCAAGAATTCTGGCCTCCAAAGTTCCCTCCAACACCTGCAAACAACTGAAATAGGCCATAACTATGTCAATTAAGAAAAATGTAAATCCCCGAT
AGATTTATGCAATGCCAATGGTCATTTTCATTAAGATTTGGCATGGTTTTTGGTTATCATCCG

Intron 9 GTCATTGCAA ... TATGTACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	22.22	14	1	4
A2	18.75	13	0	3
A3	23.08	10	1	3
A4	37.5	10	0	6
A5	28.57	5	0	2
A6	33.33	22	1	11
A7	20.78	61	0	16
A8	22.5	62	0	18
A9	17.74	51	0	11
A10	22.03	46	0	13

>TRINITY_DN44040_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ACCATATCTATCTACTTTATAAGAGGTACCAAAGCGATCCGAGTCATTGAAGCTATTTATTCATTCTTAATCTCTCAAGCTATCGAAGTGGCCTCTGTGCTTCCCATAATAGCCAAGGGATTCTTCCTATCTATTCAGGAATTTATCATCATTTCTTATTATTATTCAGTGAATAATGACGAAGCAAGCCGAACAGTTGA
AGGAACTTGGCAATGCCTGCTTCAGAAAAAAACGTTTTACAGCAGCAATTGATGCTTATACGGAGGCAATAACCCTATTCCCAAATAATGCAGTTTTTTGGACAAATCGAGCACTTTGTCATAGGAAACGCAATGATTGGACGCGGGTTGAGGCTGATTGTAGGAAAGCTTTGGAGCTTGACAAAGACTCTGCAAAGGCT
CTCTATCTACTTGGATTAGCGATGGTTGAAAGCAAGCAACTGAGTGAAGGAATTAAATACCTTGAAAAGGCTATGGAGAGAAGTAAAACTGGAAAACTTGAGGAGTATATTGCCTTTACATGGGATGTACTGGCCAAAGCAAAATATGAAGAATGGGAACATGGTGCTGCCCTTCGGCAAAATAAACAAGAAGAACTGAG
GACAATTTGTGAAAGAGCTTTAAAAGTAGAATATGAGGAGGCTGTTAAACGTCTGGAATCTGCAACTGGAAAATCCAGAAATAATGTAATTGTTATAGATGATGAAAGGACACATGACTTCTCAGCTCGAAGAGCTCAAGCACAGGACTATCAGCAAAGGTCTAGAACTCGTAAAAGAGCAGAATATTTGAGTTTAAATG
ACATATACAAGGATAGATGTTCTGCACTCTCTGAAGTATTTGACAAGGCTGCTGAACGCAACAGACCGGCAGAGATTCCAGATTATTTGACATGCAAGATAACAATGGAAATCTTGAAGGATCCTGTAATAACTCCAAGTGGCATAACATATGAAAAGTCAGCTGTTTTGGAGCATCTTCAGAAGGTGGGAAAATTTGAT
CCAGTGACACGACAAGTGCTAACAGCTGATCAACTTATACCGAACTTTGCCATCAAAGAGGCTGCAAATGCTTATCTCAAAGAGAATGGTTGGGCATACAAGCATCAATAAGAATCCAATATGGCAATAAAAAGTTCCATATTCAGTACAATGCCTGCATTCTTGGAAAAGGCGAAGTCCAGCGTGTCACATTTTCTTTT
GGAGTATTGGCATGAAATGTGCAGACCCAACAACCGCCTTTTATCAAGTTATTGCTTATTTGGTGGTGTTGCTGTTAGAGTTCGCAGGGTAAATGACAAAAGATTCATTAAAAGAGGTCACAATATCTTCAGAGTTAAGTTTCCAAGGTCTACACAATCTGTACAATGAATGACAAATTGAGAAATATCATGGACAGTTG
GATCTCAAATCAGTATCTATCTGTCTAAACCCACAGTGCAGGGATTGCCTTCTCAGGACAAGGCTGCAACTTGATAGGCATCAGTAGTACAATTATAATCTGTTTACTTTTTTATTTGTTATTTGCTAAATGGCCATTATCATGAAGATGCCGAGTTTTATAATCATCCTTGTAACAATTGATGTAACTTCAATATTTAC
AGTTCTCGTATTGCATCATTTCTCTTGTATTCAGATTTACTGACGAAAGATTTAGATGTGTCCACATCTTTTATTGTACTGTATAGCCTGATATGGAATAATGATTCCTACACAAAGCACAGCTTATTTATGGGTTGCACTAGCAAAAATATAACGATGAATGCATACTTGGAATGAGGGCTTGGATCAGACAACAGACA
AGAATAATTTTTACATTTAGGGATACACAAAAGCCACTTGCAATCAAGTGAGATGATATAAAAATGGTTGAGGTCCAAGACGGCCTAACATTTTCATGAGCTTGGAAGTGATTTATACAAAGATAAAATTTAAATTGGTGAATTGCATGAGAGCTAGTGAGAATGCAATGTAGAATTAATGGGATTTTATCATCCACGCC
CTTTTCAAGTGGTGTTAGTGAGAATGCAATGCAGAATTAATGGGATTTTATTATCCACCCCCTTTTCAAGTGGTTTTAGTGATGATGCAATACAGAATTAATGGGATTTTATCATCTAATCCCCTTTTCGAGTAGTTTTGTTTGATCTTTTTTGGCA

>TRINITY_DN44040_c0_g1_i7 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GTTTTGGAGCATCTTCAGAAGgtcattgcaagtgttggagacttctttttcactaattcatgtaaatttgtttagagttctgaaattcattctatgtaccagGTGGGAAAATTTGATCCAGTGACACGACAAGTGCTAACAGCTGATCAACTTATACCGAACTTTGCCATCAAAGAGGCTGCAAATGCTTATCTCAAAGA
GAATGGTTGGGCATACAAGCATCAATAAGAATCCAATATGGCAATAAAAAGTTCCATATTCAGTACAATGCCTGCATTCTTGGAAAAGGCGAAGTCCAGCGTGTCACATTTTCTTTTGGAGTATTGGCATGAAATGTGCAGACCCAACAACCGCCTTTTATCAAGTTATTGCTTATTTGGTGGTGTTGCTGTTAGAGTTC
GCAGGGTAAATGACAAAAGATTCATTAAAAGAGGTCACAATATCTTCAGAGTTAAGTTTCCAAGGTCTACACAATCTGTACAATGAATGACAAATTGAGAAATATCATGGACAGTTGGATCTCAAATCAGTATCTATCTGTCTAAACCCACAGTGCAGGGATTGCCTTCTCAGGACAAGGCTGCAACTTGATAGGCATCA
GTAGTACAATTATAATCTGTTTACTTTTTTATTTGTTATTTGCTAAATGGCCATTATCATGAAGATGCCGAGTTTTATAATCATCCTTGTAACAATTGATGTAACTTCAATATTTACAGTTCTCGTATTGCATCATTTCTCTTGTATTCAGATTTACTGACGAAAGATTTAGATGTGTCCACATCTTTTATTGTACTGTA
TAGCCTGATATGGAATAATGATTCCTACACAAAGCACAGCTTATTTATGGGTTGCACTAGCAAAAATATAACGATGAATGCATACTTGGAATGAGGGCTTGGATCAGACAACAGACAAGAATAATTTTTACATTTAGGGATACACAAAAGCCACTTGCAATCAAGTGAGATGATATAAAAATGGTTGAGGTCCAAGACGG
CCTAACATTTTCATGAGCTTGGAAGTGATTTATACAAAGATAAAATTTAAATTGGTGAATTGCATGAGAGCTAGTGAGAATGCAATGTAGAATTAATGGGATTTTATCATCCACGCCCTTTTCAAGTGGTGTTAGTGAGAATGCAATGCAGAATTAATGGGATTTTATTATCCACCCCCTTTTCAAGTGGTTTTAGTGAT
GATGCAATACAGAATTAATGGGATTTTATCATCTAATCCCCTTTTCGAGTAGTTTTGTTTGATCTTTTTTGGCA

Intron 10 GTAAGATTCC ... CTTCTAAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.78	15	10	6
A2	47.06	9	8	8
A3	38.46	4	4	1
A4	36	8	5	4
A5	73.33	2	8	3
A6	37.7	19	15	8
A7	35.77	44	21	28
A8	48.15	49	58	33
A9	45.83	39	37	29
A10	43.64	31	24	24

>TRINITY_DN44040_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ACCATATCTATCTACTTTATAAGAGGTACCAAAGCGATCCGAGTCATTGAAGCTATTTATTCATTCTTAATCTCTCAAGCTATCGAAGTGGCCTCTGTGCTTCCCATAATAGCCAAGGGATTCTTCCTATCTATTCAGGAATTTATCATCATTTCTTATTATTATTCAGTGAATAATGACGAAGCAAGCCGAACAGTTGA
AGGAACTTGGCAATGCCTGCTTCAGAAAAAAACGTTTTACAGCAGCAATTGATGCTTATACGGAGGCAATAACCCTATTCCCAAATAATGCAGTTTTTTGGACAAATCGAGCACTTTGTCATAGGAAACGCAATGATTGGACGCGGGTTGAGGCTGATTGTAGGAAAGCTTTGGAGCTTGACAAAGACTCTGCAAAGGCT
CTCTATCTACTTGGATTAGCGATGGTTGAAAGCAAGCAACTGAGTGAAGGAATTAAATACCTTGAAAAGGCTATGGAGAGAAGTAAAACTGGAAAACTTGAGGAGTATATTGCCTTTACATGGGATGTACTGGCCAAAGCAAAATATGAAGAATGGGAACATGGTGCTGCCCTTCGGCAAAATAAACAAGAAGAACTGAG
GACAATTTGTGAAAGAGCTTTAAAAGTAGAATATGAGGAGGCTGTTAAACGTCTGGAATCTGCAACTGGAAAATCCAGAAATAATGTAATTGTTATAGATGATGAAAGGACACATGACTTCTCAGCTCGAAGAGCTCAAGCACAGGACTATCAGCAAAGGTCTAGAACTCGTAAAAGAGCAGAATATTTGAGTTTAAATG
ACATATACAAGGATAGATGTTCTGCACTCTCTGAAGTATTTGACAAGGCTGCTGAACGCAACAGACCGGCAGAGATTCCAGATTATTTGACATGCAAGATAACAATGGAAATCTTGAAGGATCCTGTAATAACTCCAAGTGGCATAACATATGAAAAGTCAGCTGTTTTGGAGCATCTTCAGAAGGTGGGAAAATTTGAT
CCAGTGACACGACAAGTGCTAACAGCTGATCAACTTATACCGAACTTTGCCATCAAAGAGGCTGCAAATGCTTATCTCAAAGAGAATGGTTGGGCATACAAGCATCAATAAGAATCCAATATGGCAATAAAAAGTTCCATATTCAGTACAATGCCTGCATTCTTGGAAAAGGCGAAGTCCAGCGTGTCACATTTTCTTTT
GGAGTATTGGCATGAAATGTGCAGACCCAACAACCGCCTTTTATCAAGTTATTGCTTATTTGGTGGTGTTGCTGTTAGAGTTCGCAGGGTAAATGACAAAAGATTCATTAAAAGAGGTCACAATATCTTCAGAGTTAAGTTTCCAAGGTCTACACAATCTGTACAATGAATGACAAATTGAGAAATATCATGGACAGTTG
GATCTCAAATCAGTATCTATCTGTCTAAACCCACAGTGCAGGGATTGCCTTCTCAGGACAAGGCTGCAACTTGATAGGCATCAGTAGTACAATTATAATCTGTTTACTTTTTTATTTGTTATTTGCTAAATGGCCATTATCATGAAGATGCCGAGTTTTATAATCATCCTTGTAACAATTGATGTAACTTCAATATTTAC
AGTTCTCGTATTGCATCATTTCTCTTGTATTCAGATTTACTGACGAAAGATTTAGATGTGTCCACATCTTTTATTGTACTGTATAGCCTGATATGGAATAATGATTCCTACACAAAGCACAGCTTATTTATGGGTTGCACTAGCAAAAATATAACGATGAATGCATACTTGGAATGAGGGCTTGGATCAGACAACAGACA
AGAATAATTTTTACATTTAGGGATACACAAAAGCCACTTGCAATCAAGTGAGATGATATAAAAATGGTTGAGGTCCAAGACGGCCTAACATTTTCATGAGCTTGGAAGTGATTTATACAAAGATAAAATTTAAATTGGTGAATTGCATGAGAGCTAGTGAGAATGCAATGTAGAATTAATGGGATTTTATCATCCACGCC
CTTTTCAAGTGGTGTTAGTGAGAATGCAATGCAGAATTAATGGGATTTTATTATCCACCCCCTTTTCAAGTGGTTTTAGTGATGATGCAATACAGAATTAATGGGATTTTATCATCTAATCCCCTTTTCGAGTAGTTTTGTTTGATCTTTTTTGGCA

>TRINITY_DN44040_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACCATATCTATCTACTTTATAAGAGGTACCAAAGCGATCCGAGTCATTGAAGCTATTTATTCATTCTTAATCTCTCAAGCTATCGAAGTGGCCTCTGTGCTTCCCATAATAGCCAAGGGATTCTTCCTATCTATTCAGGAATTTATCATCATTTCTTATTATTATTCAGTGAATAATGACGAAGCAAGCCGAACAGTTGA
AGGAACTTGGCAATGCCTGCTTCAGAAAAAAACGTTTTACAGCAGCAATTGATGCTTATACGGAGGCAATAACCCTATTCCCAAATAATGCAGTTTTTTGGACAAATCGAGCACTTTGTCATAGGAAACGCAATGATTGGACGCGGGTTGAGGCTGATTGTAGGAAAGCTTTGGAGCTTGACAAAGACTCTGCAAAGGCT
CTCTATCTACTTGGATTAGCGATGGTTGAAAGCAAGCAACTGAGTGAAGGAATTAAATACCTTGAAAAGGCTATGGAGAGAAGTAAAACTGGAAAACTTGAGGAGTATATTGCCTTTACATGGGATGTACTGGCCAAAGCAAAATATGAAGAATGGGAACATGGTGCTGCCCTTCGGCAAAATAAACAAGAAGAACTGAG
GACAATTTGTGAAAGAGCTTTAAAAGTAGAATATGAGGAGGCTGTTAAACGTCTGGAATCTGCAACTGGAAAATCCAGAAATAATGTAATTGTTATAGATGATGAAAGGACACATGACTTCTCAGCTCGAAGAGCTCAAGCACAGGACTATCAGCAAAGGTCTAGAACTCGTAAAAGAGCAGAATATTTGAGTTTAAATG
ACATATACAAGGATAGATGTTCTGCACTCTCTGAAGTATTTGACAAGGCTGCTGAACGCAACAGACCGGCAGAGATTCCAGATTATTTGACATGCAAGATAACAATGGAAATCTTGAAGGATCCTGTAATAACTCCAAGTGGCATAACATATGAAAAGTCAGCTGTTTTGGAGCATCTTCAGAAGGTGGGAAAATTTGAT
CCAGTGACACGACAAGTGCTAACAGCTGATCAACTTATACCGAACTTTGCCATCAAAGAGGCTGCAAATGCTTATCTCAAAGAGAATGGTTGGGCATACAAGCATCAATAAGAATCCAATATGGCAATAAAAAGTTCCATATTCAGTACAATGCCTGCATTCTTGGAAAAgtaagattccccctttcagtttcttggata
aatccaaagggtgatacaataatgcatgatatgcaaaggaaactgatcttagatggattatttttccctgtctattaacaaacaatctgaaaagatgaatgtatattctgttctgcaagttaaggatactttatattagtattatggaatgtagcatgctgtggagttcttttcccatttcttttggactaatgcctgag
ctgtctgatcatcctgtgcaatttggccttctaaaagGGCGAAGTCCAGCGTGTCACATTTTCTTTTGGAGTATTGGCATGAAATGTGCAGACCCAACAACCGCCTTTTATCAAGTTATTGCTTATTTGGTGGTGTTGCTGTTAGAGTTCGCAGGGTAAATGACAAAAGATTCATTAAAAGAGGTCACAATATCTTCAGA
GTTAAGTTTCCAAGGTCTACACAATCTGTACAATGAATGACAAATTGAGAAATATCATGGACAGTTGGATCTCAAATCAGTATCTATCTGTCTAAACCCACAGTGCAGGGATTGCCTTCTCAGGACAAGGCTGCAACTTGATAGGCATCAGTAGTACAATTATAATCTGTTTACTTTTTTATTTGTTATTTGCTAAATGG
CCATTATCATGAAGATGCCGAGTTTTATAATCATCCTTGTAACAATTGATGTAACTTCAATATTTACAGTTCTCGTATTGCATCATTTCTCTTGTATTCAGATTTACTGACGAAAGATTTAGATGTGTCCACATCTTTTATTGTACTGTATAGCCTGATATGGAATAATGATTCCTACACAAAGCACAGCTTATTTATGG
GTTGCACTAGCAAAAATATAACGATGAATGCATACTTGGAATGAGGGCTTGGATCAGACAACAGACAAGAATAATTTTTACATTTAGGGATACACAAAAGCCACTTGCAATCAAGTGAGATGATATAAAAATGGTTGAGGTCCAAGACGGCCTAACATTTTCATGAGCTTGGAAGTGATTTATACAAAGATAAAATTTAA
ATTGGTGAATTGCATGAGAGCTAGTGAGAATGCAATGTAGAATTAATGGGATTTTATCATCCACGCCCTTTTCAAGTGGTGTTAGTGAGAATGCAATGCAGAATTAATGGGATTTTATTATCCACCCCCTTTTCAAGTGGTTTTAGTGATGATGCAATACAGAATTAATGGGATTTTATCATCTAATCCCCTTTTCGAGT
AGTTTTGTTTGATCTTTTTTGGCA