sp|P49293|PSY_CUCME ----> Phytoene synthase, chloroplastic
Intron 1 GTAAGAAATT ... TCTCTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.84 | 6 | 6 | 1 |
| A2 | 20 | 14 | 2 | 5 |
| A3 | 27.29 | 10.9 | 6.1 | 2 |
| A4 | 10 | 9 | 2 | 0 |
| A5 | 33.33 | 1 | 1 | 0 |
| A6 | 21.95 | 16 | 7 | 2 |
| A7 | 19.27 | 44 | 12 | 9 |
| A8 | 13.25 | 36 | 5 | 6 |
| A9 | 10.01 | 56.4 | 9.6 | 3 |
| A10 | 20.66 | 48 | 18 | 7 |
>TRINITY_DN108637_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGCTTTTAAAGATGGAGTACCTAGTATTTAGTAGCCTTGCTTCGCAGGAATCGAACCAGCGATATTTACAATGCCAGCCGCATTGGTATGGGCATTTAATGCCTCTAGCCTGTGGGGACTGGAGTTCAAAGAAAATCGGAGGGACTTCAGAGTTCAGAGGTCTTTTGGGGTCTCTTTCATGTGTTCGCATGCAAATGCTG
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GAGATTGCTTCTCCTTCTACCATTGAGTTGTTGAATGAGGCCTATGCGCGCTGTGGTGAAATTTGTGCTGAATATGCCAAGACCTTTTATTTGGGAACATTGTTGATGACCCCGGACCGAAGGAAGGCTATTTGGGCAATATATGTATGGTGCAGGAGAACTGATGAACTTGTGGATGGTCCTAATGCCTCTCACATAAC
ACCTCTAGCTCTTGAACGATGGGAGCAAAGGCTAGAGGATCTCTTTTATGGGTGTTCATATGATATGCTAGATGCAGCTTTATCAGACACAGTTTCAAAATATCCCGTTGATATTCAACCCTTTCGAGATATGATCGAGGGAATGCGAATGGATCTAAGAAAATCACGTTACAAAAATTTCAATGAGCTCTATCTTTACT
GCTATTATGTTGCTGGGACAGTAGGCTTGATGAGTGTTCCTGTAATGGGAATAGCTCCAGAGTCAAAAGCAACAACAGAAAGTGTTTATAATTCTGCTTTAGCTTTGGGAATTGCAAATCAACTAACCAATATATTGAGAGATGTTGGAGAAGATGCTCGCCGGGGAAGGATTTATCTACCTCAAGATGAACTTGCACAG
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TGATTACGACAACTTTACCAAACGAGCATTCGTTGGGAAAGTGAAGAAGTTTCTTTCGTTGCCCATTGCTTACACACAAGCTTTTATGCAACCTGTAGTTACTTCCAAGCTTGCTCGACCCTCATGAGTCTATGAAGTAGAAATCCTTGAGTAGAAATCGGTTGACTGCAATATACATTCCACCTATAACTAAGATGCAA
ATTCTCAGCCTGTTCTTGGACATGCAGTTCATGGAAGGAACCGATTCTCTTCATCATTGAACTTATACAAATTGACGCCATCGAAGTCCTGCTGTCAATGGTTGGAAAGACAATGGCCTCTCTATCAGCTTCTTCTGTATGGCATTCTCCAATTGCTTAATGGGCTGTAGCCTGTAAGCCTTATAATTCATTTTAAAATT
ATTTAGGTCTGTCAATTGTAGAAATGATGAAACATACATGCTCAGTAGTTTAAATACTAAATAGGTTGCTACTACAGTCATCTCATGATTCCCTTGACAAGTTGCTGTTTTAGAAGAAACGATGAAATGCTTCAATCTAATCACTGACTAGGGGTTAGTTCCTGTATCATACAAAGGGCTTAGGTTCTTATCATTTATTG
GTTCATGGCATCTATTTTGTCATCACAGGCAGACATGCCTTTGAAATTGAAAATCACATATTTAATATTGAATGAACTTCTTTCTTCAGAGGACAATGTTTGTGCAAAGCAAAATATTTCATCCTGTGGGGAAGCAGCCTGGTG
>TRINITY_DN108637_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATATGTAGGAAAATTATTGCCTAGTTTATTTGCATACCACTGATTAATCTAGTGTAAAAACGTAAACAAAATCCAGCCTCCTAATTGTTCAGCTTATTTACTTCTGGGACAGGAAATGCTTTCTAGACCATTGGGTACATTCTAAGGGAAGTACTTCTGTATGGAGTGGAGCAATTGTGCCAAAATTAATGAAACACAG
GAAAATGGAATGAGCTAACCCTATCCGTGGTTGTGGATATTATACTTGTAGATTTGAAGACTTCTCTTAGCAATTTTCTTGAATATTCAAAGTTTTTGTTTTACACTTCATATGATGTCCATGTATATTTGGGAAGGACAAATAAACTGTCCACATTCTAATCTGAAGGGTTATGTGTGGTATAGTATGGTGCAGGAGAA
CTGATGAACTTGTGGATGGTCCTAATGCCTCTCACATAACACCTCTAGCTCTTGAACGATGGGAGCAAAGGCTAGAGGATCTCTTTTATGGGTGTTCATATGATATGCTAGATGCAGCTTTATCAGACACAGTTTCAAAATATCCCGTTGATATTCAAgtaagaaattctacctggctaacctactatttagttatacaa
gtggtctgttatattgctcaggagtcaggatcataacacccatgaaaatgtatgggtaaacgtataggtttgtatccaaaagtcagcagactaatcatagggagttaaaaaatgaaattcctaggacttgatgtttcaaacctctctatttcttgtgactctgttaatgtctctttcagCCCTTTCGAGATATGATCGAG
GGAATGCGAATGGATCTAAGAAAATCACGTTACAAAAATTTCAATGAGCTCTATCTTTACTGCTATTATGTTGCTGGGACAGTAGGCTTGATGAGTGTTCCTGTAATGGGAATAGCTCCAGAGTCAAAAGCAACAACAGAAAGTGTTTATAATTCTGCTTTAGCTTTGGGAATTGCAAATCAACTAACCAATATATTGAG
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GATGGCCGGTATGGGCTTCATTGATCCTTTATCGCCAGATATTAGATGCAATTGAAGCAAATGATTACGACAACTTTACCAAACGAGCATTCGTTGGGAAAGTGAAGAAGTTTCTTTCGTTGCCCATTGCTTACACACAAGCTTTTATGCAACCTGTAGTTACTTCCAAGCTTGCTCGACCCTCATGAGTCTATGAAGTA
GAAATCCTTGAGTAGAAATCGGTTGACTGCAATATACATTCCACCTATAACTAAGATGCAAATTCTCAGCCTGTTCTTGGACATGCAGTTCATGGAAGGAACCGATTCTCTTCATCATTGAACTTATACAAATTGACGCCATCGAAGTCCTGCTGTCAATGGTTGGAAAGACAATGGCCTCTCTATCAGCTTCTTCTGTA
TGGCATTCTCCAATTGCTTAATGGGCTGTAGCCTGTAAGCCTTATAATTCATTTTAAAATTATTTAGGTCTGTCAATTGTAGAAATGATGAAACATACATGCTCAGTAGTTTAAATACTAAATAGGTTGCTACTACAGTCATCTCATGATTCCCTTGACAAGTTGCTGTTTTAGAAGAAACGATGAAATGCTTCAATCTA
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TGGTG
Intron 2 GTAAGTACAA ... TGTGTATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.32 | 7 | 5 | 0 |
| A2 | 14.29 | 6 | 1 | 1 |
| A3 | 17.24 | 12 | 2 | 3 |
| A4 | 25 | 3 | 1 | 1 |
| A5 | 14.29 | 3 | 0 | 1 |
| A6 | 22.39 | 26 | 9 | 6 |
| A7 | 20.97 | 49 | 22 | 4 |
| A8 | 20.93 | 51 | 13 | 14 |
| A9 | 25.89 | 73 | 23 | 28 |
| A10 | 24.09 | 52 | 23 | 10 |
>TRINITY_DN40425_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoformGTCAAAATTTCCGTCCCATCTAATGTGTCACCCATGAAGGACTTGTCTTTGTTCGGCTAAGGTATTTGTGGTTATTACAACACCATTGCCGTGCATATATCCTCGGCTTTTAAAGATGGAGTACCTAGTATTTAGTAGCCTTGCTTCGCAGGAATCGAACCAGCGATATTTACAATGCCAGCCGCATTGGTATGGGCATT
TAATGCCTCTAGCCTGTGGGGACTGGAGTTCAAAGAAAATCGGAGGGACTTCAGAGTTCAGAGGTCTTTTGGGGTCTCTTTCATGTGTTCGCATGCAAATGCTGCTAAGCAAATTCTGAAGTGCAGAGGTGCTCTCGGCATGTCAGATGCAATGCCCACGTCTATGGGGGGGCTTGTGATGAATCCCCTGGGAAAACCCA
TGTTGTCTTCTGAGCAGAAGGTGTACGATGTTGTGTTGAAGCAGGCCGCCTTGGTGAATGATGTTAAGCAACGAAAGGGGATTGATGTGTTGGATGTGAAGCCTGAGATTGCTTCTCCTTCTACCATTGAGTTGTTGAATGAGGCCTATGCGCGCTGTGGTGAAATTTGTGCTGAATATGCCAAGACCTTTTATTTGGTA
TGGTGCAGGAGAACTGATGAACTTGTGGATGGTCCTAATGCCTCTCACATAACACCTCTAGCTCTTGAACGATGGGAGCAAAGGCTAGAGGATCTCTTTTATGGGTGTTCATATGATATGCTAGATGCAGCTTTATCAGACACAGTTTCAAAATATCCCGTTGATATTCAACCCTTTCGAGATATGATCGAGGGAATGCG
AATGGATCTAAGAAAATCACGTTACAAAAATTTCAATGAGCTCTATCTTTACTGCTATTATGTTGCTGGGACAGTAGGCTTGATGAGTGTTCCTGTAATGGGAATAGCTCCAGAGTCAAAAGCAACAACAGAAAGTGTTTATAATTCTGCTTTAGCTTTGGGAATTGCAAATCAACTAACCAATATATTGAGAGATGTTG
GAGAAGATGCTCGCCGGGGAAGGATTTATCTACCTCAAGATGAACTTGCACAGTTTGGACTATCAGATGAAGATATATTTGCTGGAAAGGTGACTGACAGATGGAGAGCTTTTATGAAGGACCAGATAAAAAGGGCAAGGATTTTTTTTGATGAAGCAGAGAAAGGTGTCACTGAGCTGGATAAAGCCAGTAGATGGCCG
GTATGGGCTTCATTGATCCTTTATCGCCAGATATTAGATGCAATTGAAGCAAATGATTACGACAACTTTACCAAACGAGCATTCGTTGGGAAAGTGAAGAAGTTTCTTTCGTTGCCCATTGCTTACACACAAGCTTTTATGCAACCTGTAGTTACTTCCAAGCTTGCTCGACCCTCATGAGTCTATGAAGTAGAAATCCT
TGAGTAGAAATCGGTTGACTGCAATATACATTCCACATGCAGTTCATGGAAGGAACCGATTCTCTTCATCATTGAACTTATACAAATTGACGCCATCGAAGTCCTGCTGTCAATGGTTGGAAAGACAATGGCCTCTCTATCAGCTTCTTCTGTATGGCATTCTCCAATTGCTTAATGGGCTGTAGCCTGTAAGCCTTATA
ATTCATTTTAAAATTATTTAGGTCTGTCAATTGTAGAAATGATGAAACATACATGCTCAGTAGTTTAAATACTAAATAGGTTGCTACTACAGTCATCTCATGATTCCCTTGACAAGTTGCTGTTTTAGAAGAAACGATGAAATGCTTCAATCTAATCACTGACTAGGGGTTAGTTCCTGTATCATACAAAGGGCTTAGGT
TCTTATCATTTATTGGTTCATGGCATCTATTTTGTCATCACAGGCAGACATGCCTTTGAAATTGAAAATCACATATTTAATATTGAATGAACTTCTTTCTTCAGAGGACAATGTTTGTGCAAAGCAAAATATTTCATCCTGTGGGGAAGCAGCCTGGTCCTTATAAGGCTGTGCTTTAAGTCTTTACAGCTTCTTTGGCT
CGAATAATTTTGGATGGAGGGGAATCCCTGTTGTCATAATTGGTTCAAATTCATGTGATCGCGATGATGGGTAATAATATTTACCCAAAATTTGGGAAGCTTAGTGAATCTCAGCGAAAATCCAAAAACACACAAGGACAACGAGTAAGGGCGATGTGGAATTCTTTCAAATGAAAATCCTTGATCCAGCAGTTTTTGGT
TAACATACAAGATAGTAGGTTGTTGTGAACCTTCTCTACTCTAGTAAAGTTTGTTGTGGGTCTTGTCTACAATTATTAAGAACCTCAATGAAAAGCAATCACAAATATAAAACTAAAGGCTAAGGCCCTCCCAATGTATTGCCTTCAGGCTTGAGTAAAGGAGCAGGGCACCCAATGGTCATCACTTGTATTTAATAAGC
AAATTCAGCA
>TRINITY_DN40425_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:GTCAAAATTTCCGTCCCATCTAATGTGTCACCCATGAAGGACTTGTCTTTGTTCGGCTAAGGTATTTGTGGTTATTACAACACCATTGCCGTGCATATATCCTCGGCTTTTAAAGATGGAGTACCTAGTATTTAGTAGCCTTGCTTCGCAGGAATCGAACCAGCGATATTTACAATGCCAGCCGCATTGGTATGGGCATT
TAATGCCTCTAGCCTGTGGGGACTGGAGTTCAAAGAAAATCGGAGGGACTTCAGAGTTCAGAGGTCTTTTGGGGTCTCTTTCATGTGTTCGCATGCAAATGCTGCTAAGCAAATTCTGAAGTGCAGAGGTGCTCTCGGCATGTCAGATGCAATGCCCACGTCTATGGGGGGGCTTGTGATGAATCCCCTGGGAAAACCCA
TGTTGTCTTCTGAGCAGAAGGTGTACGATGTTGTGTTGAAGCAGGCCGCCTTGGTGAATGATGTTAAGCAACGAAAGGGGATTGATGTGTTGGATGTGAAGCCTGAGATTGCTTCTCCTTCTACCATTGAGTTGTTGAATGAGGCCTATGCGCGCTGTGGTGAAATTTGTGCTGAATATGCCAAGACCTTTTATTTGGGA
ACATTGTTGATGACCCCGGACCGAAGGAAGGCTATTTGGGCAATATATGTATGGTGCAGGAGAACTGATGAACTTGTGGATGGTCCTAATGCCTCTCACATAACACCTCTAGCTCTTGAACGATGGGAGCAAAGGCTAGAGGATCTCTTTTATGGGTGTTCATATGATATGCTAGATGCAGCTTTATCAGACACAGTTTC
AAAATATCCCGTTGATATTCAACCCTTTCGAGATATGATCGAGGGAATGCGAATGGATCTAAGAAAATCACGTTACAAAAATTTCAATGAGCTCTATCTTTACTGCTATTATGTTGCTGGGACAGTAGGCTTGATGAGTGTTCCTGTAATGGGAATAGCTCCAGAGTCAAAAGCAACAACAGAAAGTGTTTATAATTCTG
CTTTAGCTTTGGGAATTGCAAATCAACTAACCAATATATTGAGAGATGTTGGAGAAGAgtaagtacaaagtacccgatgtattctttatatggtttgtttacttttttccaaaatgtcggagacaaactggaatatgaaaatctagttaggaaaaaaatctggaatcggagtgattttcagatattgtgtacaatttgtt
gtttgtccaactttctataatatagaatatgttttcctgtgtatcagTGCTCGCCGGGGAAGGATTTATCTACCTCAAGATGAACTTGCACAGTTTGGACTATCAGATGAAGATATATTTGCTGGAAAGGTGACTGACAGATGGAGAGCTTTTATGAAGGACCAGATAAAAAGGGCAAGGATTTTTTTTGATGAAGCAGA
GAAAGGTGTCACTGAGCTGGATAAAGCCAGTAGATGGCCGGTATGGGCTTCATTGATCCTTTATCGCCAGATATTAGATGCAATTGAAGCAAATGATTACGACAACTTTACCAAACGAGCATTCGTTGGGAAAGTGAAGAAGTTTCTTTCGTTGCCCATTGCTTACACACAAGCTTTTATGCAACCTGTAGTTACTTCCA
AGCTTGCTCGACCCTCATGAGTCTATGAAGTAGAAATCCTTGAGTAGAAATCGGTTGACTGCAATATACATTCCACATGCAGTTCATGGAAGGAACCGATTCTCTTCATCATTGAACTTATACAAATTGACGCCATCGAAGTCCTGCTGTCAATGGTTGGAAAGACAATGGCCTCTCTATCAGCTTCTTCTGTATGGCAT
TCTCCAATTGCTTAATGGGCTGTAGCCTGTAAGCCTTATAATTCATTTTAAAATTATTTAGGTCTGTCAATTGTAGAAATGATGAAACATACATGCTCAGTAGTTTAAATACTAAATAGGTTGCTACTACAGTCATCTCATGATTCCCTTGACAAGTTGCTGTTTTAGAAGAAACGATGAAATGCTTCAATCTAATCACT
GACTAGGGGTTAGTTCCTGTATCATACAAAGGGCTTAGGTTCTTATCATTTATTGGTTCATGGCATCTATTTTGTCATCACAGGCAGACATGCCTTTGAAATTGAAAATCACATATTTAATATTGAATGAACTTCTTTCTTCAGAGGACAATGTTTGTGCAAAGCAAAATATTTCATCCTGTGGGGAAGCAGCCTGGTCC
TTATAAGGCTGTGCTTTAAGTCTTTACAGCTTCTTTGGCTCGAATAATTTTGGATGGAGGGGAATCCCTGTTGTCATAATTGGTTCAAATTCATGTGATCGCGATGATGGGTAATAATATTTACCCAAAATTTGGGAAGCTTAGTGAATCTCAGCGAAAATCCAAAAACACACAAGGACAACGAGTAAGGGCGATGTGGA
ATTCTTTCAAATGAAAATCCTTGATCCAGCAGTTTTTGGTTAACATACAAGATAGTAGGTTGTTGTGAACCTTCTCTACTCTAGTAAAGTTTGTTGTGGGTCTTGTCTACAATTATTAAGAACCTCAATGAAAAGCAATCACAAATATAAAACTAAAGGCTAAGGCCCTCCCAATGTATTGCCTTCAGGCTTGAGTAAAG
GAGCAGGGCACCCAATGGTCATCACTTGTATTTAATAAGCAAATTCAGCA