sp|Q84K25|COG8_ARATH ----> Conserved oligomeric Golgi complex subunit 8
Intron 1 GTTCGAAATT ... TTTTTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.5 | 70 | 14 | 6 |
| A2 | 16.44 | 61 | 17 | 7 |
| A3 | 14.75 | 78 | 17 | 10 |
| A4 | 14.45 | 74 | 15 | 10 |
| A5 | 17.33 | 31 | 6 | 7 |
| A6 | 9.09 | 35 | 6 | 1 |
| A7 | 15.79 | 80 | 15 | 15 |
| A8 | 13.85 | 28 | 5 | 4 |
| A9 | 15.64 | 89 | 21 | 12 |
| A10 | 16.13 | 78 | 19 | 11 |
>TRINITY_DN105622_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoformAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGA
AACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCT
CAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGA
TATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTT
AGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATA
TGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTG
TATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGGTAAGATTTTTGTTCTGTTTCATTGTTATGTATCACGCCGATTCTCTTTCAGAGGTACTTTAGGAGCTAACCGGAAAATGCTTTGGGAATCTTTATGTTGGTATACCTATTACCCACTACCTCTTTATGAACTGACCATGTTAACCTTATTGATTTATGATGTTCTAC
TCTTGTATTTATGTAAGATTTTGTTCTTTTCCTAAATGTTATGGTTCATTCTTTTGTAGACACTGCTGATCATTAGTCTGGCATTGATGTTTTGGTGCTTTGTTTTGCTATCCTACATCAAATTTTGTTGATATTGACTAATATATTTATACATTACTTTTATGGTTGTTTTATTCTGTATACATTGCTGTATGTATTAT
GTTGGCCTA
>TRINITY_DN105622_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGA
AACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGgttcgaaattttgc
ttatatgtttagtttcagtgttatggctatctatacattcattgtaggttgatgtggttatttttctagggttttagtcaagattaaattttttttttacagGAACCGGAGCTGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGC
ATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGATATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGG
ACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATT
GGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGA
CACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTC
CTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATA
CTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGC
TTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGC
AGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGAC
AAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATT
CTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGA
CAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACC
TATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACA
TTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATTAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAA
AATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAG
Intron 2 GTGAGTATTC ... GCTGCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 61.29 | 36 | 88 | 26 |
| A2 | 69.74 | 23 | 76 | 30 |
| A3 | 60.76 | 31 | 68 | 28 |
| A4 | 58.79 | 34 | 65 | 32 |
| A5 | 69.86 | 11 | 40 | 11 |
| A6 | 60.93 | 84 | 175 | 87 |
| A7 | 59.54 | 106 | 209 | 103 |
| A8 | 56.35 | 122 | 191 | 124 |
| A9 | 59.36 | 115 | 216 | 120 |
| A10 | 69.75 | 49 | 157 | 69 |
>TRINITY_DN105622_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoformAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGA
AACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCT
CAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGA
TATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTT
AGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATA
TGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTG
TATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGA
TTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTT
GGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTC
TTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAA
TTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGT
TCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAA
GTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGT
GTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATTAAATGTT
CACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAG
>TRINITY_DN105622_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:AATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGA
AACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGTTCGAAATTTTGC
TTATATGTTTAGTTTCAGTGTTATGGCTATCTATACATTCATTGTAGGTTGATGTGGTTATTTTTCTAGGGTTTTAGTCAAGATTAAATTTTTTTTTTACAGGAACCGGAGCTGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGC
ATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGATATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGG
ACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATT
GGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGA
CACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTC
CTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATA
CTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGC
TTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGC
AGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGgtgagtattcaacagtgcttttaagacaatgatggacaatcatgagac
aaattttggtagatatgtttcttcaatcttgaaaatcatcaatcatacattttgtcttgtacttgctttctcaaggctatattttacatttctacccttgattctatcaattaaagggctataccttggcttggaaaggagtaaaatagttatctttcttcagaggctatctgattgatgcctgtgctgctccagGTATT
CTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGA
CAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACC
TATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACA
TTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATTAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAA
AATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAG
Intron 3 GTAAGATTTT ... CACAATTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.21 | 75 | 39 | 10 |
| A2 | 41.56 | 45 | 32 | 1 |
| A3 | 41.3 | 54 | 38 | 0 |
| A4 | 42.27 | 56 | 41 | 4 |
| A5 | 34.38 | 21 | 11 | 3 |
| A6 | 29.32 | 94 | 39 | 2 |
| A7 | 34.86 | 114 | 61 | 1 |
| A8 | 28.03 | 95 | 37 | 0 |
| A9 | 28.66 | 112 | 45 | 0 |
| A10 | 33.33 | 82 | 41 | 1 |
>TRINITY_DN37052_c0_g1_i7 from sample A6 / Example spliced isoformTGCAAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTG
TCGAAACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGC
TGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAG
CAGATATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGA
AGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACG
TATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAA
GGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGAGTTGTGGGTGATGTTATTGCAGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACAT
CGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACA
AGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATA
ATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTG
GAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACAT
TTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACT
GGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGT
TTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGA
CCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATC
AAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATG
>TRINITY_DN37052_c0_g1_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:TGCAAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTG
TCGAAACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGC
TGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAG
CAGATATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGA
AGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACG
TATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAA
GGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGgtaagatttttgttctgtttcattgttatgtatcacgccgattctctttcagaggtactttaggagctaaccggaaaatgctttgggaatctttatgttggtatacctattacccactacctctttatgaactgaccatgttaaccttattgatttatgatgtt
ctactcttgtatttatgtaagattttgttcttttcctaaatgttatggttcattcttttgtagacactgctgatcattagtctggcattgatgttttggtgctttgttttgctatcctacatcaaattttgttgatattgactaatatatttatacattacttttatggttgttttattctgtatacattgctgtatgta
ttatgttggcctaacaaaacaaaaaaaactgcaacataacaaaatttatattttttcttacttgtaagctgttgcttatacactgaattgattgacacaattcagAGTTGTGGGTGATGTTATTGCAGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCA
GTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGC
TGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCT
GTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCAT
GCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTT
CTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGA
ACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTT
TAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGC
TTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATC
CATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGA
ACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATG
Intron 4 GTGAGTATTC ... TCATGATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 54.02 | 83 | 88 | 107 |
| A2 | 57.71 | 59 | 76 | 85 |
| A3 | 54.07 | 62 | 68 | 78 |
| A4 | 53.23 | 58 | 65 | 67 |
| A5 | 59.42 | 28 | 40 | 42 |
| A6 | 52.1 | 251 | 175 | 371 |
| A7 | 51.55 | 235 | 209 | 291 |
| A8 | 50.96 | 290.1 | 191.1 | 412 |
| A9 | 54.3 | 226.1 | 216.4 | 321 |
| A10 | 56.21 | 141 | 157 | 205 |
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGAA
ACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCTC
AAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGAT
ATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTA
GACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATAT
GAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGT
ATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGAT
TAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTG
GTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCT
TGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTA
ACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGC
TTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATC
CATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGA
ACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTCATAGATTTAGAAGTTCATATTTTATGGTGCCGT
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCT
GGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTG
AGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTG
AATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGA
GAAGTCATGTATGgtgagtattcaacagtgcttttaagacaatgatggacaatcatgagacaaattttggtagatatgtttcttcaatcttgaaaatcatcaatcatacattttgtcttgtacttgctttctcaaggctatattttacatttctacccttgattctatcaattaaagggctataccttggcttggaaagg
agtaaaatagttatctttcttcagaggctatctgattgatgcctgtgctgctccaggtattctggttcaatcatgttatgaaccaaaatgcacttgagaattgtcttatcacatcccagctttctttggataactttttccatgttgactgggttctggtttgctatttggctataactacagtgctctaggaagaagat
tacaacaaacttctatttgttcccgacaaaaatatcatatattacaatatggatgtatggacagcagaataaataggtttttaggaaggttgaagtctcaatgagaatgccgatgtgtagcttagctggttcaatcactgatgcaattgttttctctttttcatgatcagCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGC
ATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCAT
TCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTG
CAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTCATAGATTTAGAA
GTTCATATTTTATGGTGCCGT
Intron 5 GTAAGATTTT ... GTTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.41 | 97 | 30.9 | 31.1 |
| A2 | 9.45 | 50 | 26 | 5.4 |
| A3 | 8.43 | 65 | 30.8 | 6.2 |
| A4 | 8.87 | 62 | 32.2 | 6.1 |
| A5 | 8.55 | 24 | 8.5 | 2.3 |
| A6 | 8.61 | 106 | 30 | 10.2 |
| A7 | 7.25 | 125 | 47.4 | 10 |
| A8 | 10.01 | 107 | 28.5 | 12.3 |
| A9 | 7.09 | 128 | 34.6 | 10 |
| A10 | 8.39 | 98 | 31.5 | 9.2 |
>TRINITY_DN94801_c0_g1_i3 from sample A4 / Example spliced isoformGTGAAGTCCTTGCAAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACG
CAGTGATCTGTCGAAACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAG
GAACCGGAGCTGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTT
TTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAG
TTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGC
TATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTG
CTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCA
ATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAG
CTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATG
GAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATT
TTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCAC
ATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCG
ATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGG
ATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATC
CAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCA
>TRINITY_DN94801_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:GTGAAGTCCTTGCAAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACG
CAGTGATCTGTCGAAACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAG
GAACCGGAGCTGCTCAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGA
CTCAGCTCAGCAGATATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCAT
TGGCAGAAGAAGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGAC
CAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAA
AACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGgtaagatttttgttctgtttcattgttatgtatcacgccgattctctttcagaggtactttaggagctaaccggaaaatgctttgggaatctttatgttggtatacctattacccactacctctttatgaactgaccatgttaaccttattgat
ttatgatgttctactcttgtatttatgtaagattttgttcttttcctaaatgttatggttcattcttttgtagacactgctgatcattagtctggcattgatgttttggtgctttgttttgctatcctacatcaaattttgttgatattgactaatatatttatacattacttttatggttgttttattctgtatacatt
gctgtatgtattatgttggcctaacaaaacaaaaaaaactgcaacataacaaaatttatattttttcttacttgtaagctgttgcttatacactgaattgattgacacaattcagagttgtgggtgatgttattgcagTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTT
TGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATG
GTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTAC
TGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATT
AGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGT
AGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAAT
CATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATA
AATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAG
ATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAA
GATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCA
Intron 6 GTGAGGTTAA ... GAAACTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 112 | 0 | 28 |
| A2 | 20.2 | 79 | 0 | 20 |
| A3 | 10.42 | 77.4 | 2 | 9 |
| A4 | 22.58 | 96 | 0 | 28 |
| A5 | 25.93 | 20 | 0 | 7 |
| A6 | 14.02 | 141 | 0 | 23 |
| A7 | 24.71 | 198 | 2 | 65 |
| A8 | 18.48 | 225 | 2 | 51 |
| A9 | 20.88 | 216 | 0 | 57 |
| A10 | 17.22 | 173 | 0 | 36 |
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGGTATACATGCCACATTTTCTTGCAATGCAGTCCTTAATTTCCATCCAAATCATAGCTTTTAATGCTTCTTTTTGTGCATTCTTAAGTGTGCTTAATTGCTGGAGCTTTACCTGACATTTTGTATTTGGACCTTACTTTCTCATGCTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTC
CACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAG
ACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGG
AAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCG
AAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCA
TACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCT
TATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGA
ATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTA
TGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACAT
TTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTAT
GGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTCATAGATTTAGAAGTTCATATTTTATGGTGCCGT
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATGTGTCGAGCATTCATTGAGgtgaggttaattcaataatttgtgaacgtgattttacacattgtccaggctataaggccaatttcctttcatatttattccagtcaatgattgggccgcaaatttaatttttaggctgtattttggttttgtatgatatttggtgatcatatgtgaaactgcagGTTGCTTGTCCCTAC
TGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTC
TGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATG
Intron 7 ATATCAGAAG ... TTATGGACAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.34 | 41.1 | 119 | 53 |
| A2 | 74.22 | 22.2 | 74 | 49 |
| A3 | 67.94 | 32.3 | 68 | 67 |
| A4 | 69.09 | 25.4 | 68 | 40 |
| A5 | 75.91 | 7.4 | 18 | 27 |
| A6 | 72.04 | 12.4 | 35 | 28 |
| A7 | 70.75 | 41.4 | 97 | 100 |
| A8 | 66.15 | 15.8 | 30 | 29 |
| A9 | 70 | 37.5 | 106 | 60 |
| A10 | 79.67 | 24.2 | 101.1 | 84 |
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i9 from sample A1 / Example spliced isoformTTGACAAACATTTGGAGTCATTGGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTAGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCC
AGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACC
GGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTA
GATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGA
ACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTC
GAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGG
GATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAG
TGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTT
GGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTC
TAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATA
TGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGA
TTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTC
GTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTC
ATAGATTTAGAAGTTCATATTTTATGGTGCCGT
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGAA
ACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCTC
AAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGatatcagaagtgccaaatcttactagtggatgcagtgagtttatggactcagctcagcagat
attagagaagcgaaggctaaatcgtactcttctagcaaatcatagtacactacttgatttgcttgaaattcctcagcttatggacacGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTA
GACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATAT
GAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGT
ATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGAT
TAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTG
GTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCT
TGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTA
ACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGC
TTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATC
CATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGA
ACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTCATAGATTTAGAAGTTCATATTTTATGGTGCCGT
Intron 8 GTATACATGC ... TCATGCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.15 | 111.4 | 4 | 29 |
| A2 | 7.7 | 72.6 | 0 | 6 |
| A3 | 22.93 | 112 | 0 | 33 |
| A4 | 20.74 | 58.6 | 1 | 15 |
| A5 | 27.27 | 34.8 | 0 | 13 |
| A6 | 22.41 | 114.8 | 0 | 33 |
| A7 | 15.72 | 183 | 0 | 34 |
| A8 | 18.53 | 93 | 0 | 21 |
| A9 | 12.15 | 182.4 | 0 | 25 |
| A10 | 15.51 | 127.2 | 0 | 23 |
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i7 from sample A1 / Example spliced isoformATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGAA
ACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCTC
AAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGAT
ATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTA
GACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATAT
GAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGT
ATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGAGTTGTGGGTGATGTTATTGCAGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTG
GGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTT
TGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTG
>TRINITY_DN115102_c0_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGgtatacatgccacattttcttgcaatgcagtccttaatttccatccaaatcatagcttttaatgcttctttttgtgcattcttaagtgtgcttaattgctggagctttacctgacattttgtatttggaccttactttctcatgctcagCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTC
CACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAG
ACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGG
AAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAATGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCG
AAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGAAGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCA
TACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAGTAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCT
TATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTACAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGA
ATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCATAGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTA
TGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTCATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACAT
TTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCAAATTTAAGATGAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTAT
GGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAATGGAACTCAAAACGTTTCATTTCATAGATTTAGAAGTTCATATTTTATGGTGCCGT
Intron 9 GTTTTCAACA ... TGTATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.45 | 108 | 27 | 32 |
| A2 | 25.45 | 82 | 14 | 42 |
| A3 | 21.95 | 78.3 | 18 | 26 |
| A4 | 20 | 62 | 12 | 19 |
| A5 | 17.24 | 36 | 7 | 8 |
| A6 | 26 | 74 | 16 | 36 |
| A7 | 22.33 | 120 | 28 | 41 |
| A8 | 24.04 | 79 | 20 | 30 |
| A9 | 22.4 | 97 | 21 | 35 |
| A10 | 19.82 | 91 | 12 | 33 |
>TRINITY_DN108223_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoformATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGAA
ACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCTC
AAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGAT
ATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTA
GACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATAT
GAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGT
ATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGAT
TAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAGATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTG
GTGCTGTATAACAAATCACGAATGTTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTGAGGTTAATTCAATAATTTGTGAACGTGATTTTACACATTGTCCAGGCTATAAGGCCAATTTCCTTTCATATTTATTCC
>TRINITY_DN108223_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:ATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGAA
ACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCTC
AAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGAT
ATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTTA
GACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGgttttcaacatccctaaatcttttccagattatactgtaaagtttctgttgtctgtgattatttga
gaggtacagagtttacagtgaacagtgtgcattattctaaagctatttccattgtcttttacaattccttgttgcagttgcactaagaaacttcctatcttgtatgacagTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATATGAATTTTTAAAACGAATGGCAGAC
TGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTGTATCATTAGCAATTATTCTTGAGCA
ATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGATTAGCTAGCAAAGGAAATAATGAAG
ATAGTCAGGATGACATGGCTCCCCCTTACTCTTTGATGGAACATCCACCTCTGGCAATACTTGTGAATGGTGTGTTGGCTGCACTAAATGAATTACGCCATTGTGCTCCAATTAACTTGAAATCAGTGTTAGCATTGGAGCTTGTACAAGCTTTGCAGACTGTTTCGGACTATTTGGTGCTGTATAACAAATCACGAATG
TTGAGAGACAGCGAGTCTACTCTTTTCCTAGCTATGTGTCGAGCATTCATTGAGGTTGCTTGTCCCTACTGCATACGCTGTTTTAGTCGCTGTTATCCTGGTGGAGTTAGCTTAATAGAATTAAATAAAGCCATAGATGGGGTGTATAATCTTGTTGGAAGAACTGCAGCAGGTCTTGCTCGAAGGGATAGTGGAGTGAA
TGGATCTGTTGGCTCTGAAATTCTACCTTCAAATCATCCTAGCTTGAATTCAAGCAAGCAGGCTTCATTAGCCAACCATGCAGATATTGGAGCAATTCTTGTCGAAAATGGAGGACCAACTAACTCAGACAATGGGCCTAAAATTGTGGAATAGCAAATTTACAGGGATGAGCAATTTCAAAGAAGTGCAGGATGGGAGA
AGTCATGTATGGTGAGTATTCAACAGTGCTTTTAAGACAATGATGGACAATCATGAGACAAATTTTGGTAGATATGTTTCTTCAATCTTGAAAATCATCAATCATACATTTTGTCTTGTACTTGCTTTCTCAAGGCTATATTTTACATTTCTACCCTTGATTCTATCAATTAAAGGGCTATACCTTGGCTTGGAAAGGAG
TAAAATAGTTATCTTTCTTCAGAGGCTATCTGATTGATGCCTGTGCTGCTCCAGGTATTCTGGTTCAATCATGTTATGAACCAAAATGCACTTGAGAATTGTCTTATCACATCCCAGCTTTCTTTGGATAACTTTTTCCATGTTGACTGGGTTCTGGTTTGCTATTTGGCTATAACTACAGTGCTCTAGGAAGAAGATTA
CAACAAACTTCTATTTGTTCCCGACAAAAATATCATATATTACAATATGGATGTATGGACAGCAGAATAAATAGGTTTTTAGGAAGGTTGAAGTCTCAATGAGAATGCCGATGTGTAGCTTAGCTGGTTCAATCACTGATGCAATTGTTTTCTCTTTTTCATGATCAGCTACCAAGTTCAATTATATGTTGGGAATGCAT
AGCTTTTCATACAGAAAAGTATCACCATTGCAGGCATGCTAATTAAAAGGTTTCCAACCTATGTAATAGATTCGATAGCTTCATAAGGATGAGAGGTATATTTATGATGGATCCGTGGATAGACTCTAAAACTGTTACATAGTTTTGACCAACCTAATGGTTGAGCCTTTGAGGCCCTGCTGGAGATTTTCCAGGCATTC
ATGTAATACTGAGAATGTGTTGCAATGATCTACTAGTGCTTAGCAGCAATATAAGCACATTTTAGAGAAGATGTTTATCCATTCAAAATCCAAGGATGCAACATTTCATCCAAGGCAGTGAAGGGCATCAAAAATATTGTCCAAAATCAAACTTTATGGTTTTAAAATTTTGATATGTTAATGGTCGTTTTCTGAGTGCA
AATTTAAGATTAAATGTTCACCAACATCCAAAACTGAATCTGAAAAGAGAATCAAACAAAATTTAAAACTGCAGTGAGAACTCGCCCCTCAGATTTTTTACTATGGTGCTTTTGGAATGATTTGTGTTATTCTTTTGTATGATGAATATTATAGTAACAGTAAT
Intron 10 GTATTCTGGT ... TCATGATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.32 | 83 | 36 | 107 |
| A2 | 59.03 | 59 | 23 | 85 |
| A3 | 55.71 | 62 | 31 | 78 |
| A4 | 53.6 | 58 | 34 | 67 |
| A5 | 60 | 28 | 11 | 42 |
| A6 | 59.65 | 251 | 84 | 371 |
| A7 | 55.32 | 235 | 106 | 291 |
| A8 | 58.69 | 290 | 122 | 412 |
| A9 | 58.68 | 226 | 115 | 321 |
| A10 | 59.25 | 141 | 49 | 205 |
>TRINITY_DN105622_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoformAATCTGAAGCAGATACTTGTTAGCGGCACCAAGATAGGAAAGACCATCAATTCGAAGGAAGCCTGATCGAATTCCGGGAACTGGTCTCGCCGAATTGCTTCGAAAGAATCAAGTACCATCACCCATCTTTGCTTGCTTTGCTAGAAGCAGAAAATTTCTGAAACCATCAATGAATTATTTATAACGCAGTGATCTGTCGA
AACCCTATTTTTGGAAGGTCAACATTGAATAATTCTTCAAATTCAACATTTGTTTGCAAAATAATGGCGTCCTTGGTTTCAAATCCTCAACCATCCATGGCCCCTGGATTTATCCCCTTGGCAAATGTAGCACAACAGCCTTATGTATCGGAGCTCCTCTCATTTACTCTAGATCGACTGCATAAGGAACCGGAGCTGCT
CAAAGTAGATGCAGAGCGCTTGAGAAGGCAAATGCAAGAGGTGGCTGTTGGTAATTATAGAGCATTCATTACTGCAGCTGACGCATTGCAGTCAGTTAGGGAAGAAGTGAGCTCAATTGACAAACATTTGGAGTCATTGATATCAGAAGTGCCAAATCTTACTAGTGGATGCAGTGAGTTTATGGACTCAGCTCAGCAGA
TATTAGAGAAGCGAAGGCTAAATCGTACTCTTCTAGCAAATCATAGTACACTACTTGATTTGCTTGAAATTCCTCAGCTTATGGACACGTGTGTACGAAATGGAAATTATGATGAGGCTCTTGACTTGGAAGCTTTTGTCTTGAAGTTGGCAACCATGCATTCGAAATTGCCTGTCATTCAATCATTGGCAGAAGAAGTT
AGACAGACAACACAATCTATGCTATCACAGCTTCTTCAGAGACTTAGATCAAATATTCAGTTGCCAGAATGTCTTCGAGTGATTGGATACCTTCGTCGTTTAGGAGTATTTAATGAGCATGAAATGCGCTTACAGTTCTTGAAATGCAGAGAAGCATGGCTTGCAGCTATCATTGATGATTTGGACCAAGGGAACGTATA
TGAATTTTTAAAACGAATGGCAGACTGCCACAGAGTGCATCTTTTTGATGTTGTTACCCAATACCGGGCTATATTCGCTGATGACACATCTGGCAATGAAGAGAACTATGACGGCGGTCTTCTTTTCAGTTGGGCTATGCACAGGATAACTTCACATTTAAATACGCTTCAAACCATGCTACCCAAAACAACTGAAGGTG
TATCATTAGCAATTATTCTTGAGCAATGCATGTACTGTGCAATGAGCCTTGGCTGGGTTGGTTTAGATTTCCGAGGTCTGCTTCCTTCCCTTTTTGAAGCCTCAGTGCATAATTTATTTGTGCGCAATATGGCTGCTACAGTTGAAAATTTTCAGCTTGTGTTGGATTCACATCGTTGGGTTCCACTTCCCTCAGTTGGA
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