sp|Q9XHS0|RS12_HORVU ----> Small ribosomal subunit protein eS12

Intron 1 GTAAAATATT ... AAATAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.44	197	15.7	26.3
A2	6.13	222	15.3	14.7
A3	7.34	194	10.3	16
A4	5.99	162	6	10.7
A5	8.71	153	9	15.3
A6	6.69	2470	118.7	183.7
A7	6.07	1159	58	77.3
A8	5.31	1305	52	75.3
A9	5.96	1480	79	96.3
A10	4.3	928	54.3	42.7

>TRINITY_DN115594_c2_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTACAAGAAAGAATTAGAAGCCTAAGACAAAAAAATAACTCAACATGGAAAATTGTAACATGGTTATTGTATAATGTATAAACCCTAACCCTAACAAGAAAAACCCTAATACCTACAATATATAGCTACTCTTTAGCCCTAATATCTTCTTTTATGTGATCGGCTCCTTGATTCTCCATCTTCTGGTGTAACATTTAGC
GAGCACTCCAGGGCTCAGGCGCGCGTTTGTGGTTGTGTTTTTCTATCCCGGCGAATCCATGGCGGACGGGGGAGATGCTGATGTCATCGGAGAAAAACCTGCTGCGGCGTTGGGAGAACCTATGGACATCTTGACTGCTTTGCAGCTTGTATTAAAGAAATCATTGGCCCATGATGGTCTTGCTAGAGGTCTTCACGAAG
GTGCCAAAGCCATTGAGAAACACGCAGCTCAGTTGTGTGTGCTTGCAGAGGATTGCAACCAACCTGATTACACAAAATTAGTCCAAGCTCTGTGTGCTGAGCACAATGTGAACTTGATTTCTGTTCCGAGTGCAAAGAAGCTGGGTGAATGGGCAGGACTTTGCAAGATTGACTCAGAGGGTAAAGCTCGGAAGGTGGTT
GGGTGCTCTTGTGTTGTTGTGAAGGACTACGGCGAAGAAACTGAGGGCTTGAATGTTATTCAAGAATATGTAAAGACACATTAAGCTGTTGTGAGGTCTCAGTTTTGTGGGTGCTTAAGTTCTGGGTCATCTGAATTTTGGTCTCTTAATTTAAAAGTTGTGGGCTGGAAGATTTAAGGGTCTCTTATTCCAGTCTTTGA
ATTACAAATGGAGTATGATAATTTTGAACTCATTATGGGTATGGAAAAATCAGTTTTGCGGTCTGCGTCATGTAGACCTATTTTGGTAGAGAATCCAACCTTATCTGGAAGGGACTTATTTTATAAACCTACAGTAATGTCCGAAATGAGTTTGTGCTCTACTGGTTAATTCTATATTCAAGCTAAAGTTTATTATTTTA
CCTTGCATACATATATATTATTTGCAGTTTGAATAGATGGATGTGATATATATATATATATATACATT

>TRINITY_DN115594_c2_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGTACAAGTTCTTTTTAAATCCACTGTTATTATGGATCTATGCTAGTTGTAGAGGTACACGAGTGTTCACAACTTTCTGATAGCTTCTATTAAAATGACATTGGTGTAAAGTTACTTCAGGATAAATTTGGTATATGCTCATATTTTACAGAAGACCTACCTTGAAAACACTGGTTTCAAACTATGGATTATATTCTAAT
GAAGATTGGCATGGGAATCTTAACCTTTCATTCAGTGAAACATCTTCTCAGGTGCGACACAAACAATTATTAATGTTGCAGACTTTGCGCTGGATAGCATTTTACTGAGCAAATGCAGTCCTTGTTCTTGTCTTATTGTTAAGGCAGTTGCAATATGTGATTATATTTATCTGGTATTTACAGGGAAGATGTTGATGTCA
TCGGAGAAAAACCTGCTGCGGCGTTGGGAGAACCTATGGACATCTTGACTGCTTTGCAGCTTGTATTAAAGAAATCATTGGCCCATGATGGTCTTGCTAGAGGTCTTCACGAAGGTGCCAAAGCCATTGAGAAACACGCAGCTCAGTTGTGTGTGCTTGCAGAGGATTGCAACCAACCTGATTACACAAAATTAGTCCAA
GCTCTGTGTGCTGAGCACAATGTGAACTTGATTTCTGTTCCGAGTGCAAAGAAGCTGGGTGAATGGGCAGGACTTTGCAAGATTGACTCAGAGGGTAAAGCTCGGAAGGTGGTTGGGTGCTCTTGTGTTGTTGTGAAGgtaaaatattgttttgattaaattatagtcactatttgaaagaagtcatgtatttatttgtt
tttgatctcttctattgtcttatgattaaataaacagGACTACGGCGAAGAAACTGAGGGCTTGAATGTTATTCAAGAATATGT

Intron 2 GTAAGTATTT ... CTCTATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.88	258	15	23.3
A2	8.54	314.7	12.3	31.3
A3	8.2	259.3	13.7	24.3
A4	8.32	223.7	8.3	21.3
A5	8.68	172.7	9	17.7
A6	8.71	3155.3	120.7	320.7
A7	8.86	1559.7	55.3	163.3
A8	10.22	1659.7	55	207
A9	8.69	1888.3	67.7	192.7
A10	8.26	1242.3	35.7	118.7

>TRINITY_DN107725_c2_g2_i1 from sample A3 / Example spliced isoform

GAAAAACCCTAATACCTACAATATATAGCTACTCTTTAGCCCTAATATCTTCTTTTATGTGATCGGCTCCTTGATTCTCCATCTTCTGGTGTAACATTTAGCGAGCACTCCAGGGCTCAGGCGCGCGTTTGTGGTTGTGTTTTTCTATCCCGGCGAATCCATGGCGGACGGGGGAGATGCTGATGTCATCGGAGAAAAAC
CTGCTGCGGCGTTGGGAGAACCTATGGACATCTTGACTGCTTTGCAGCTTGTATTAAAGAAATCATTGGCCCATGATGGTCTTGCTAGAGGTCTTCACGAAGGTGCCAAAGCCATTGAGAAACACGCAGCTCAGTTGTGTGTGCTTGCAGAGGATTGCAACCAACCTGATTACACAAAATTAGTCCAAGCTCTGTGTGCT
GAGCACAATGTGAACTTGATTTCTGTTCCGAGTGCAAAGAAGCTGGGTGAATGGGCAGGACTTTGCAAGATTGACTCAGAGGGTAAAGCTCGGAAGGTGGTTGGGTGCTCTTGTGTTGTTGTGAAGGACTACGGCGAAGAAACTGAGGGCTTGAATGTTATTCAAGAATATGTAAAGACACATTAAGCTGTTGTGAGGTC
TCAGTTTTGTGGGTGCTTAAGTTCTGGGTCATCTGAATTTTGGTCTCTTAATTTAAAAGTTGTGGGCTGGAAGATTTAAGGGTCTCTTATTCCAGTCTTTGAATTACAAATGGAGTATGATAATTTTGAACTCATTATGGGTATGGAAAAATCAGTTTTGCGGTCTGCGTCATGTAGACCTATTTTGGTAGAGAATCCAA
CCTTATCTGGAAGGGACTTATTTTATAAACCTACAGTAATGTCCGAAATGAGTTTGTGCTCTACTGGTTAATTCTATATTCAAGCTAAAGTTTATTATTTTACCTTGCATACATATATATTATTTGCAGTTTGAATAGATGGATGTGATATATATATATATATATACATATATACATATATATGAGTTGCTCGTGTCATG

>TRINITY_DN107725_c2_g2_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GAAGCTGGGTGAATGGGCAGGAgtaagtatttttcaatattgtacttctgtgtgcttgacaggtattgttgtataacttattaactgctctatgcagCTTTGCAAGATTGACTCAGAGGGTAAAGCTCGGAAGGTGGTTGGGTGCTCTTGTGTTGTTGTGAAGGACTACGGCGAAGAAACTGAGGGCTTGAATGTTATTC
AAGAATATGTAAAGACACATTAAGCTGTTGTGAGGTCTCAGTTTTGTGGGTGCTTAAGTTCTGGGTCATCTGAATTTTGGTCTCTTAATTTAAAAGTTGTGGGCTGGAAGATTTAAGGGTCTCTTATTCCAGTCTTTGAATTACAAATGGAGTATGATAATTTTGAACTCATTATGGGTATGGAAAAATCAGTTTTGCGG
TCTGCGTCATGTAGACCTATTTTGGTAGAGAATCCAACCTTATCTGGAAGGGACTTATTTTATAAACCTACAGTAATGTCCGAAATGAGTTTGTGCTCTACTGGTTAATTCTATATTCAAGCTAAAGTTTATTATTTTACCTTGCATACATATATATTATTTGCAGTTTGAATAGATGGATGTGATATATATATATATAT
ATACATATATACATATATATGAGTTGCTCGTGTCATG