NA ----> NA

Intron 1 GTAATGCATT ... TAATGTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.8	98	37	21
A2	20.99	38.5	10	6
A3	20.74	75	19	12
A4	24.1	57	17	7
A5	29.59	26.5	11	2
A6	9.81	106	11	2
A7	9.34	503.5	50	1
A8	8.56	444	40	0
A9	14.02	248.5	39	0
A10	8.83	302	28	0

>TRINITY_DN118076_c0_g1_i11 from sample A1 / Example spliced isoform

GTTGAGCCGAATAGAGTTTGGGAGTTTAATGAATGTCTTTGAGTTTATATTTTCTTTCTTTTGTCTTAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTT
TGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGGATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGCCATAAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATGCCCGTGAACTTCAAGATCACAGGTGT
GCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGGTATGTTTTGAGAATAAATTTGGGCCATGAATACTT

>TRINITY_DN118076_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GTTGAGCCGAATAGAGTTTGGGAGTTTAATGAATGTCTTTGAGTTTATATTTTCTTTCTTTTGTCTTAAGATTGAAGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTT
TGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGGATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGCCATAAGgtaatgcattgcattgtttttaattttatggtgatgtgttccatttcagtaatatgaaaatgtatttatataatatattattttagaagaaat
cttctattggttaatgttttttggtttactttataatgtatagGCAAAGCGAGTACAAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATTCAAAGACAATTTTAGAGGTTTGAGTTATTTTTGTGACTTGTGAATCTATAGATACCCGTGAACTTCAAGATCACAGGTAAGTGTGAAAAT
AAATCCGCATTTATTAAGTTTCAAGTGGATTGTTAATTGTTGAGATGAATGTAGTTTATATTGTCTATCCTGGAATTCTTATTGTATATTTATCTTATGGGTTTGGTCTAATTTCATCTAATTTCATCTATGGGTTTGGTCTTTAATAATCTTCAGTGATGGCTGGCTAGCGCTGGCTTGAGCAATGAAAGGTTAAGGTT
AGATTTTACATTTTAGATTTGTTTTTGGGTTTTTAAGATTTTAGGTTGGAATTTACATTCTGAATTTATGTGGATTATTTTTTTTATTGAATAATTGAATAATTTCAGATTTATTATTTTCAGATTTAATAATTTCAGATTTAATACTTATGATAAGTTGTTGCATTTATGTTTTATATTTTTCAATTTTATTATAATAT
ATTTCTGTGTTTATAGTTATAACAATGGGATATTAAGATTTTAGGTTTGGATATACAATCTGGAATTATCATGTCATTTATTTGGGGTATATAATATTTAATAAGAATGTCAGAATTAAAATTTACAATAAATTTTTGTTTTCTGTTAATTTAGTTTTTATTTTCTGTTAATTTATTTTTTAGTTTTTAGGTTTAATAAT
ACTTAGTACTAATTTTTATTTTCTATTATTTTATATCATCTTATTTCAATTATATTGTAATCCATAGTAGATTTAGATTTTGGCATATGAACAGGGCTTCCAGTTATTTTCTGTTATAGAGGTAATGAAGAGGGATTCATTCTTTTCATTTTCTAGGTTTATTTCAAGACTCATTCTTCTCATTTTTCTTGGTTTATTTC
CTTTTAATTTATTTTTATTATTTCTGGGTAACAAAGAAAGAGAAAGGTCAAAGACAATTTTAGAGGTTTGAGTTATTTTGTGACTTGTGAATCTATAGATGTGTTTGAGTTG

Intron 2 GTAAGTGTGA ... TAATCTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	41	12
A2	96.55	1	28	1
A3	83.33	6	30	6
A4	96.55	1	28	4
A5	93.33	1	14	10
A6	94.23	3	49	5
A7	91.48	15	161	2
A8	87.98	22	161	0
A9	89.25	10	83	2
A10	90.91	11	110	0

>TRINITY_DN113993_c5_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

AGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTTTGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGG
ATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTACCATAAGGCAAAGCGAGTAC
AAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATGCCCGTGAACTTCAAGATCACAGTGATGGCTGGCTAGCGCTGGCTTGAGCAATGAAAGGTTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATG
AAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAG

>TRINITY_DN113993_c5_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTTTGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGG
ATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGCCATAAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATGCCCGTGAACTTCAAGATCACAGgtaagtgtgaaaataaatccgcatttattaagtttcaagtggattgttaattgttgagatgaatgtagtttatattgtc
tatcctggaattcttattgtatatttatcttatgggtttggtctaatttcatctaatttcatctatgggtttggtctttaataatcttcagTGATGGCTGGCTAGCGCTGGCTTGAGCAATGAAAGGTTAAGGTTAGATTTTACATTTTAGATTTGTTTTTGGGTTTTTAAGATTTTAGGTTGGGATTTACATTTTGGAT
TTGTCATTTATGTTACTTAAGTTTTTTTTCAATTTTATTATTATATATTTTTGAGTTTATAATTTTAACAATAAGGTATTAAGATTTTAGGTTTGGATATACATTTTGGAATTGTCATGTCATTTATTTGGGGA

Intron 3 GCATGTTTTG ... TGTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.21	28	3	11
A2	23.89	28.7	6	9
A3	22.16	45.7	0	13
A4	52.04	24	1	26
A5	37.5	10	0	6
A6	2.34	83.3	0	2
A7	5.41	192.3	0	11
A8	4.35	176	1	8
A9	2.81	138.3	2	4
A10	2.26	172.7	6	4

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i9 from sample A7 / Example spliced isoform

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCATTTAGTTACGAGTCACGCGAAGAGGAAGTGC
GGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCCGAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTTGTCTTGTTGAAGTGCA
TATCAAATGGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTAAGATTATTAAGTATAGATGAAATGGAGGATTTTTGACAAAAAGTGTCACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTAGGAGATTTCAATCTCATTTTTTGAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTA
ACAGAAGACTCGTACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCT

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:

ATATCAAAAGAGGATTATTAAGgcatgttttggaactttattttttatttgtttcctggtttatttctctgaacttaattggaatggttaatctctgagtctattgatgtagaaagtagattatatatatatatatattgaaaaagtaccactgcaatgactttgtggtgttgtgttatgtagGTGTGCATGAAAACATG
GTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGGTATGTTTTGAGAATAAATTTGGGCCATGAATACTTTTAGATGATATTTCATGACATGAGTCACATTAGTTTGTCTTTTAAAATATAGATATTGTTTTCACATCATCACCATGCTAGATGTATGATATCA

Intron 4 GTAGTTGTTG ... TGGCATGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78	11	39	10
A2	52.94	8	9	2
A3	66	17	33	4
A4	86.21	4	25	0
A5	90.91	1	10	4
A6	69.57	21	48	23
A7	74.06	69	197	57
A8	76.44	49	159	49
A9	74.26	35	101	30
A10	76.4	38	123	37

>TRINITY_DN104843_c4_g3_i14 from sample A5 / Example spliced isoform

GGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGGTATGTTTTGAGAATAAATTTGGGCCATGAATACTTTTAGATGATATTTCATGACATGAGTCACT
AATGTTTCTGTTTTATTAGTTTGTCTTTTAAAATATAGATATTGTTTTGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGTCACATCATCACCATGCTAGATGTCTGATATCAATATTATAAGAAATAATTTACTAACTTTTATTGTGGATA
ATTTAGTTGTTATTTATTTTTTATGATATTTTAAATAAATTTTAGTTTTATTTTGTTATTTATTATCTTCAAAAACAATATTAATTTATTGATTAATATTTTTTGTGTTTTCAGTATAGATGAAATGGAGGATGTTAGACAAAAAGTGTTACATAAAATAAAAGAAAGATGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAA
TTTATGAGATTTCAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACAGAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTTTGGGAAGTGTATTCTTATGGTTTGATTTAGTTTGGGTT

>TRINITY_DN104843_c4_g3_i13 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTTTGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGG
ATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGCCATAAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATGCCCGTGAACTTCAAGATCACAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGgtagttgttgtcttgttgaagtgcatatcaaatgaagattattaaggt
tggcatgaagGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATG

Intron 5 GTAATGCATT ... TATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.42	26	8	6
A2	47.88	16.5	14	15
A3	18.23	32	7	7
A4	10.98	34	2	6
A5	25.11	10.5	3	4
A6	2.39	43.5	1	1
A7	4.28	157	8	6
A8	3.71	182.3	7	7
A9	1.27	117.5	2	1
A10	3.63	134.8	6	4

>TRINITY_DN43801_c1_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCATTTAGTTACGAGTCACGCGAAGAG
GAAGTGCGGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCCGAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGAC
TATATACGTTGTGAATTTCAGGGCCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTCAGGTTTCAATGAATGTTTGAACAAATTTTAATGAATGCTGGGATATTTAGGCTCCATTAGATATTC
GTGGGTCCTCCTTTGATAGGTACCTTGCAGTAGGTGGCAAAAACGAGTTGGGTTATTTAGCTGTTTATGTACTTCTGGATATTTGAGCAGATCTGTACTTTCATGTACTTCTGGATCTCTGAGCAGATATGTACTTGGTTGGGACAAGATGTTTTGTACAATTTGTCATATAAAGACTATTTATTGACACCTATTGGCAC
AGTTAGTTAATGGGCAATTTTTGGACATAATTTAAATATTTTCTGCACTTAATATGAAATGTGTGTGTTTAATTTATGGGTTTATTTGTGTCAATATATGGTGGTTGTGTGGGACCAGTACTATGACA

>TRINITY_DN43801_c1_g1_i17 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TATGGTAATATGGAAATGTATTTATACAATATATTATGTTAGAAGAACTCTTCTGTTGGCTTAAGTTTTTTGTTTTACTTTATATTGCAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGCCCCATAAGgtaatgcattgc
attgcattgtttttaattttatggtaatatggaaatgtatttatacaatatattatgttagaagaactcttctgttggcttaagttttttgttttactttatattgcagAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGT
CCCTGAATTTCAG

Intron 6 GTATGTTTTG ... GTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55	24.3	32	27
A2	68.18	8.7	11	26
A3	53.33	13	17	12
A4	48.48	10.7	12	8
A5	75.5	3.3	8	11
A6	38.08	35	21	22
A7	26.18	150.3	39	66
A8	27.95	197	43	109
A9	23.51	99.3	19	39
A10	29.3	91.7	34	39

>TRINITY_DN43109_c1_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TGAATCTATATATGTGACTTGTGAATCTATAGATGTGTTTGAGTTGGGTTATTTTTCACTTTATTTGTTATTTGTTTCTTGGGTTTATTTATCTGTACTTAATTGGAATTGGAATGGTTAATCTCGAGTCTATTTAGGTAGAAAGTAAATTATGTATGTATTATATATATGTGTTGAAAAAGTACCACGTGTGTTGTGTT
ATGAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGCATGTTTTGGAACTTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTCTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTGAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATATCTATATATGT
TGAAAAAGTACCATTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGGAGGTAGTTGTATTATAGATTGAAAAATTAGTAGTGCAATGACTTTGTGGTGTTGCGTTATGCAGACATATCAAATGAAAGATTATTAAGTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACA
TTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACAGAAGACTCGTACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTATGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTT

>TRINITY_DN43109_c1_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAATCTATATATGTGACTTGTGAATCTATAGATGTGTTTGAGTTGGGTTATTTTTCACTTTATTTGTTATTTGTTTCTTGGGTTTATTTATCTGTACTTAATTGGAATTGGAATGGTTAATCTCGAGTCTATTTAGGTAGAAAGTAAATTATGTATGTATTATATATATGTGTTGAAAAAGTACCACGTGTGTTGTGTT
ATGAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGCATGTTTTGGAACTTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTCTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTGAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATATCTATATATGT
TGAAAAAGTACCATTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGCAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGGAGGTAGTTGTATTATAGATTGAAAAATTAGTAGTGCAATGACTTTGTGGTGTTGCGTTATGCAGACATATCAAATGAAAGATTATTAAGgtatgttttgagaataaatttgggccatgaatactta
catgattagctaatgttgatgtgttatattagtttgtcttttaaaatatagatattgtttgcacatcatcaccatgttagatgtttgatgtcaatattataagaaataatttacaaaattttattatgggtaaattagttattatttatttttattatattttaaataaattttagttttattttgttatttattgtctt
aaaaaacaatattaatttattgattaatattttttgtgttttcagTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACAGAAGACTCGTACATA
AATAAAATGATACAATTTTTTTATGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTT

Intron 7 GTAAGTTTCG ... GATTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.17	22	21	27
A2	65.22	8	20	10
A3	45.83	13	13	9
A4	61.7	9	18	11
A5	57.89	4	5	6
A6	38.46	32	9	31
A7	32.88	149	28	118
A8	34.15	189	36	160
A9	26.42	117	18	66
A10	26.65	117	26	59

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

AGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTC
AGCGTTGTGAATTTCAGGGTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTTATG
AGAGAAGGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGCTATCTTTGGGAAGTGTATTCTTATGGTTTGATTTAGTTTGGGT

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i10 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGGCAAAGCGACAAGACTATATAATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGCGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCA
TAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTCAGCGTTGTGAATTTCAGGGgtaagtttcgagtgaattgttaattgttgttgagatggatgtagtttatattgtctttcctggtattctaatctcatttgtgtgtttggtctttaataatctttagagtgttggctttggctgg
aaaggttgagttagattttacattttggatttgtttttgggtttttaagattttaggttggaatttacattctgaatttatgtggattattttttttattgaataattgaataatttcagatttattattttcagatttaataatttcagatttaatacttatgataagttgttgcatttatgttttatatttttcaatt
ttattataatatatttctgtgtttatagttataacaatgggatattaagattttaggtttggatatacaatctggaattatcatgtcatttatttggggtatataatatttaataagaatgtcagaattaaaatttacaataaatttttgttttctgttaatttagtttttattttctgttaatttatttttgagtttat
aggtttaataatatctaatattaatttttattttctattattttatatcatcttatttcaattatattgtaatccatagtagatttagattttggcatatgaacagggcttccagttattttctgttatagaggtaatgaagagggattcattcttttcattttctaggtttatttcaacttttaatttatttttattat
ttctgggtaacaaagaaagagaaaggtcaaagacaattttagaggtttgagttattttgtgacttgtgaatctatatatgtgacttgtgaatctatagatgtgtttgaatctataggtttatttcagcttttaatttatttttattatttctgggtaacaaagaaagagaaaagtcaaagacaattttagaggtttgagt
tattttgtgacttgtgaatctatagatgtgtttgagttgggttatttttcactttatttgttatttgtttcttgggtttatttatctgtacttaattggaattggaatggttaatctcgagtctatttaggtagaaagtaaattatgtatgtattatatatatgtgttgaaaaagtaccacgtgtgttgtgttatgaagg
tgtgcatgaaaacatggttatggcatggaggtagttgtattatagattgaaaaattagtagtgcaatgactttgtggtgttgcgttatgcagacatatcaaatgaaagattattaagTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATT
TATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACA

Intron 8 GCGAGTGCTC ... GAACATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.45	70	18	2
A2	28.79	47	19	1
A3	22.22	70	20	1
A4	31.71	56	26	3
A5	27.12	43	16	0
A6	57.58	14	19	9
A7	37.1	39	23	18
A8	60.61	13	20	10
A9	42.86	44	33	15
A10	31.51	50	23	4

>TRINITY_DN43801_c1_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

ACAGTCTTGCCTTTAAAACCAGAGAATTAAAAGTATTTATAAAGAAAGCGCAATGCGGTGACGCCGTCCGGAGGAGGCAAGTGTCCAGAGGCCGAGGTTCGATTTCCGAGCCCGAGTCTCGGAGGCAACACATGGAGATATTCGTACAAATTAAACTCAGTTTGCCTGCTGCTGGTACTAGCTCCACTCAAACACTGCAA
TTCCATGCTTCACCAAAACAATTTTTCTTCAGAATACTGAACAGAGATAATATATGCTATACGGGAATCTGTCCAAAAGTTCCTTCGAGATGCCGTTCGCAGGGTTCGAATTGCGGTCGGGCTTGTGAATTTTGTACTGTAAGGACAGCTCTATTGAGTGCAGAGGAAGAAGTAAAGAGGAGCAGCTGTGCGAGTAATAG
AAGGGGAATTAAAGAAAATGTTGTCGAATTTGCGGCTTCCGTCGGGCTCGAACCTGTTGTGACCTCCAGAGCAACAAGAAACTTGCGTCATATCCTCGCTCGCCTTTGAATTTCAATTCCCGAGTTGATATAAGCTCTTTCGTGAGACTTTTTGAGGTCGTTTTGCAAAACACACTCCATATTCCAATCTCACTGGAACG
TTGACATTTAACAAACACGAGGATATTCGTAATATAAAGTTGCAAGATGAATTAAAGAAGATGCTCGAAATAGGATGTGGCAAAGAAATTTTGTCTGGACACACTTCCACCAACTTGCCTGCACTGAACAATTCTTCTAACATTTCCAGCTTAATGAGTACTGTATCTTCATTAAGCAGTACAAGTGTGAATTTGAGCAT
TGTTCTTCCGTCAAATGAAACCAGTGCTTTGAATGGTGTTGGATGCACCGAGCAGGATGATTCAGCTGAGCATTTGAGATCTTCTCCATCTGTTGTTTCACCATCTCAGTTCTTTGAAACCCAATTATCAGGCACCCTTTTATCTCAAGGACTTAGCTCAGGTCCAGCATCTCCATCTAAGCACCTGGACCCAGAATCTC
CATCTAAACAGTCATGTTTTTTACAGTATGGTGGACCTTTACACTCAAACAGTTTTCCACATGCAAGACAAGGATTGGATATTAAAGAGACTTCTATTACAGGGGAACCTGAGGAGCTCACAAGTGAAGCTTCAGCTATTCATCAAAATTCATTATTAAAGGCCTCTGAATCTGACAAAAGTATTGTTGTTATTCAAGGT
TCTCCTATAACTTCTCTGGTGCAGCCATCAAGTTCTTGTTGTTTAGTTTCATCTACAGATCCTCAAAAGAGTGTTGTGGAAGTCAAACAGGGTGCTACACATAGTTCTCCCATAACTTTTCTGGTGCAGCCATCAAGCTCTTGTTATCTAGTTTCATCTACAGATCTTCAAAAAAATGTTGCAGAAGTCAGAGAGGGTGC
TACACATACAATAGCCTCTGATATGCATAAGTTAGAAGCTCAAGTTTGTGAGTTGTATGATGCAAGTACCAGGCAGCAACAGACATCACTACCTCATATTGTGGAGACACATATCCCTTGTGCTAATGAGGCAGGAATTGCGGCAAATGTTTCATCGGTATCTGAAATGGTTAAGTCAGAAAAAGAACCAGGGATACAGA
GTATCCTTTCTTCATCCTCAAGATCATCATGTCGAATTCTTTCTCCAGTGGATGAACTTAAAGAAAATGGGCTAGGTCTGAATTGCCAATTTACCCCTGGAAGCCACCACTTAACCAATGAAATGAATGGGGACCAGTGTTTGCAAGAGTCTCATGCAAGCTCATTGTCTTCCCATTTTGGAGAGTCTGCAATAACCAAT
CTGGCAAGCTTCTCAAAACTACTAAGTACCATAAAGAAATTAGCAAATCAGCAAAGGATGTCTATGGGAGTGGGAATGACATTTCCTTCTGTGTTTGAGTCATTTCGTTCATCAATTTACCAGATGGAAAAGTATGCCCAGTCCTTACCATCGACGTCAGATAGTCATATGTCTCTTGGGAAACTAAGCACAACAGAGAA
TTTAATGACCTCAAGGTGCCCTGAATCATATGGCCCACGTACAGTTAATATTCATCATCTAGCCCCAACAGAAGAGTTGACAATGCAAGGTCCTCGTTTTCAGCAGGGGATTTCTGAGAAGGTTGTGGCAAATAGGTTCCCAATGTCACCATCCTCATCCAAGGGTTTACCACTGCAAATAAACAATATTCCTCCCCAGG
AATTTGGAAGCAGTCCTTCCATAGCAGTGTGGGGTCAAGCACAAGAAACTTGTTCGATGCCTAAGATTTCTTCAAGTCTCCATTCAGTAGTTCATCCTTTTAATCAAGAGCAGGGAAAGTCAATGCATGTGATGCCGAAGCAGGATAATGAAGCTAACAACGCTGTTACCAGTGGCCCAAGCTTAAAGATAAAAACCAAC
CAGCAAGTTGTTTATTCTTATAATTGTCCAGGCCAAACCAAAGTTGTAGACACGAGTAGTCCAGCTCAATGGCAGACATTTTCAGTGGAAGATGCTAAAATCCTTTCTTTGTCTTCATGTCTTCAAGAAAGCAAAGGAAAAGGTGAAGAGGTTCCCAGTCGAGGGTTTATTGGGAGTATGCCAATTCAACTGCAGAAACA
AGATTATAACCACATTAATAATGAACCGTTAAGTTCTTTAGGAGTAAATGACAGAAGTCGAATTATCCCTCATTTACCAAAGGCTGTAGTGTCACAGTTGGGGACTGCTGTTAATGATAAGCTTTTGTCCTTGCAAGTTGCTGCAACATATCAGAGGATGGTTTCCTCGGGAATCTCTTCGGCTATAGCTTCTCAGCGAA
ATTTTCCCAGGAAAAATATCCATTGTTTGTTTCAAGGTGCAACATTAGTGCCAGTAAACAGTGGCAGTGTAACAGAAGTAGCTGTCAAAGAATCTGAACTGAAAGTATCTGAACAGATTTCAAAATTTGCATCATTTTCTTCCAATAAGAATGAGTGTATCCAACAAAATTCTCCATCTATGGAAAATGTTGGACCTCCA
GTGTCTGTTCTTCCTAAGAAGCGCAAAAGAGTTGTAATGCCACTTCTACCATGGCATATGAAAATTATGGATCCTGGAGGTGGAATTCCTACTATAAGGTTTCAGTCTCCTTTTTAAATTTTTTTACCAAGTACTTGGTTGTTTTGCGGCTTGCCTAATGGTTATTTTGCTTCGATACAGTTTTGCTTATTAAGTGTGCC
CTGGCTTTCTCATTGATTGGAAAAATAAAAC

>TRINITY_DN43801_c1_g1_i19 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACAGTCTTGCCTTTAAAACCAGAGAATTAAAAGTATTTATAAAGAAAGCGCAATGCGGTGACGCCGTCCGGAGGAGGCAAGTGTCCAGAGGCCGAGGTTCGATTTCCGAGCCCGAGTCTCGGAGGCAACACATGGAGATATTCGTACAAATTAAACTCAGTTTGCCTGCTGCTGGTACTAGCTCCACTCAAACACTGCAA
TTCCATGCTTCACCAAAACAATTTTTCTTCAGAATACTGAACAGAGATAATATATGCTATACGGGAATCTGTCCAAAAGTTCCTTCGAGATGCCGTTCGCAGGGTTCGAATTGCGGTCGGGCTTGTGAATTTTGTACTGTAAGGACAGCTCTATTGAGTGCAGAGGAAGAAGTAAAGAGGAGCAGCTGTGCGAGTAATAG
AAGGGGAATTAAAGAAAATGTTGTCGAATTTGCGGCTTCCGTCGGGCTCGAACCTGTTGTGACCTCCAGgcgagtgctctttttctgttatcggcaacttttagtattttggaaaatggtggagatatcttgagtgctttagccatggacgtgtaggatgctttcctgtatagttttctttgcagagattaaatagaaat
ttgcgttagtaacttgtgctttacatttcatgagcgaattatcgtaagccatttcctaaaactttttgcgttatggtttcgaacttttgagccgtgccttgaaaaagtagacactggccgtttgaacaggtgcttcgctgagtttgttttgaggcttagaattggtatatcatagggttggaagtatgttttagcctttg
tttccagcgtacttgagacgtgcttgcttagtcatctgttcatgaacatgcagAGCAACAAGAAACTTGCGTCATATCCTCGCTCGCCTTTGAATTTCAATTCCCGAGTTGATATAAGCTCTTTCGTGAGACTTGTAAGATTTTCATTTCTGTACTTTCATTCTCACTGAAATATTTAGCTAAGCAGAATTCACTGTTCA
GGAAAATGCCGAATGATCAATATATTACATTTAAT

Intron 9 GTATGTTTTG ... TGTTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.4	29	20	3
A2	6.12	23	3	0
A3	11.9	37	9	1
A4	20	20	10	0
A5	33.33	16	10	6
A6	7.75	131	15	7
A7	4.86	382	26	13
A8	3.78	331	17	9
A9	2.69	199	7	4
A10	4.22	261	17	6

>TRINITY_DN104843_c4_g3_i4 from sample A5 / Example spliced isoform

GGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGG
ATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATG

>TRINITY_DN104843_c4_g3_i7 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AGCATGGCCATGCTTTTATTTCTTTTTATCTGTTTGCGCTTTCTTTTGTTTTTTCATTTTAATTGTTTAAATTTTATTTTGGTTATGGTTTGTTTATTTGGATTTATTTCTTTATGTTTTGGGTTTGGTTCTTTATGTTCGAATTGTTTGAATTGTGCGGGTGAAATGAGAAGATGATGCCAGATCAGATGAGATGAGGG
ATTTAATGTATTGAGAGGTTGAAGGCCATAAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATTTAGGCAAAGCGAGTACAAGACTATATATGCTGTGAATTTCAGATGCCCGTGAACTTCAAGATCACAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGgt
atgttttgagaataaatttgggccatgaatacttttagatgatatttcatgacatgtgaaaaagtaccactgcaatgactttgtggtgttgtgttatgtagGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGC
ATG

Intron 10 GTAATGCATT ... TATATTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.22	22.4	19	15.1
A2	55.01	17.7	21.4	16.3
A3	33.76	26.5	13	12.5
A4	42.27	33.3	22.7	13.1
A5	29.09	10.1	4	5.1
A6	31.3	46.7	21.1	5.6
A7	24.12	152.8	48	21.5
A8	26.96	177.1	64.5	29.6
A9	23.2	116.9	35	18.2
A10	21.12	133.7	35	18.9

>TRINITY_DN118076_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoform

AAAAATTGAAACATAATATATTATAAAATGTGCGGTATGGTGATTAAAAGTCTTATGATAATTTCATTTGTATATATATGTTTTTAATGTTCATCATTTCATTAATGTTTATTTAAAAGATTGCATGGATTTAAATTTGAGTTTAATTTTATTAACCATATTTTATTTATAAATATTGTATCGAATATCATAGAATAATT
ATGATTGGCATTGGACGCTTAAGGTCGGGCGGTGGATTTCAAATCTCAATAACTGGATTTCAAACCTTAATAACCAGATTTCAAACCTTTTATGTTGGACAACGTGTGACAACCTGTACAATCAGATTTATTAGTTAAAAAATGTTAGTCTTATTGTTTAGTTTGGCTCGAAACAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCAT
TTAGTTACGAGTCACGCGAAGAGGAAGTGCGGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCCGAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCC
GACAAGTCAAAGACAATTTTAGAGGTTTGAGTTAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAATTTTTGTGACTTGTGAATCTATAGATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATG
TCCCTGAATTTCAGGTAAGTTTCGAGTGAATTGTTAATTGTTGTTGAGATGGATGTAGTTTATATTGTCTTTCCTGGTATTCTAATCTCATTTGTGTGTTTGGTCTTTAATAATCTTTAGAGTGTTGGCTTTGGCTGGAAAGGTTGAGTTAGATTTTACATTTTGGATTTGTTTTTGGGTTTTTAAGATTTTAGGTTGGA
ATTTACATTCTGAATTTATGTGGATTATTTTTTTTATTGAATAATTGAATAATTTCAGATTTATTATTTTCAGATTTAATAATTTCAGATTTAATACTTATGATAAGTTGTTGCATTTATGTTTTATATTTTTCAATTTTATTATAATATATTTCTGTGTTTATAGTTATAACAATGGGATATTAAGATTTTAGGTTTGG
ATATACAATCTGGAATTATCATGTCATTTATTTGGGGTATATAATATTTAATAAGAATGTCAGAATTAAAATTTACAATAAATTTTTGTTTTCTGTTAATTTAGTTTTTATTTTCTGTTAATTTATTTTTTAGTTTTTAGGTTTAATAATACTTAGTACTAATTTTTATTTTCTATTATTTTATATCATCTTATTTCAAT
TATATTGTAATCCATAGTAGATTTAGATTTTGGCATATGAACAGGGCTTCCAGTTATTTTCTGTTATAGAGGTAATGAAGAGGGATTCATTCTTTTCATTTTCTAGGTTTATTTCAAGACTCATTCTTCTCATTTTTCTTGGTTTATTTCCTTTTAATTTATTTTTATTATTTCTGGGTAACAAAGAAAGAGAAAGGTCA
AAGACAATTTTAGAGGTTTGAGTTATTTTGTGACTTGTGAATCTATAGATGTGTTTGAGTTG

>TRINITY_DN118076_c0_g1_i13 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AAAAATTGAAACATAATATATTATAAAATGTGCGGTATGGTGATTAAAAGTCTTATGATAATTTCATTTGTATATATATGTTTTTAATGTTCATCATTTCATTAATGTTTATTTAAAAGATTGCATGGATTTAAATTTGAGTTTAATTTTATTAACCATATTTTATTTATAAATATTGTATCGAATATCATAGAATAATT
ATGATTGGCATTGGACGCTTAAGGTCGGGCGGTGGATTTCAAATCTCAATAACTGGATTTCAAACCTTAATAACCAGATTTCAAACCTTTTATGTTGGACAACGTGTGACAACCTGTACAATCAGATTTATTAGTTAAAAAATGTTAGTCTTATTGTTTAGTTTGGCTCGAAACAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCAT
TTAGTTACGAGTCACGCGAAGAGGAAGTGCGGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCCGAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGgtaatgcattgcattgtttataattttatggtaatatggaaat
gtatttttacaatatattattttagaagaactcttcttttggctaaggttttttggtttatttatattgcagAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTG
AATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTCAGACATATCAAATGAAAGATTATTAAGTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCA
TTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTTATGAGAGAAGGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAAGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATA
ATATTACCTTTTTATGTAACACAAGACTCATACATAAATAAAATGATACAATTTTTTTTATGAGAGAAAGGGCTAAGCCCTTTCTCAAATCTCTCAAGGATAGCCATGGCCAAA

Intron 11 GTATGTTTTG ... GTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.81	19	24	24
A2	73.33	6	8	25
A3	40.43	14	7	12
A4	48.39	8	7	8
A5	69.23	4	7	11
A6	31.37	35	14	18
A7	20.99	160	29	56
A8	24.39	203	34	97
A9	15.65	124	8	38
A10	22.46	107	27	35

>TRINITY_DN43844_c6_g3_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GATAATTTCATTTGTATATATATGTTTTTAATGTTCATCATTTCATTAATGTTTATTTAAAAGATTGCATGGATTTAAATTTGAGTTTAATTTTATTAACCATATTTTATTTATAAATATTGTATCGAATATCATAGAATAATTATGATTGGCATTGGACGCTTAAGGTCGGGCGGTGGATTTCAAATCTCAATAACTGG
ATTTCAAACCTTAATAACCAGATTTCAAACCTTTTATGTTGGACAACGTGTGACAACCTGTACAATCAGATTTATTAGTTAAAAAATGTTAGTCTTATTGTTTAGTTTGGCTCGAAACAGTAAAAGGAGCAAGTGCGAAGCCATTTAGTTACGAGTCACGCGAAGAGGAAGTGCGGATAATTTAGGGCCACGACCAAGCC
GAGCAAAGAACAGAAGTGCCGGAAAATTTACACAGATGAGATGAGGGATTCAAATGCATTTCTTAACATTCCAAATAATGGACATCATTGAAGACCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATGTGCTATGAATTTCAGGGGCCGACAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGA
GGCAAAGCGACAAGACTATATACGTTGTGAATTTCAGGGGCCCATAAGAGGCAAAGCGACAAGACTATATAGGCTGTGAATTTCAAATGTCCCTGAATTTCAGACATATCAAATGAAAGATTATTAAGTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAAAGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAA
TATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGT

>TRINITY_DN43844_c6_g3_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TGTGAATCTATAGATGTGTTTGAATCTATAGGTTTATTTCAGCTTTTAATTTATTTTTATTATTTCTGGGTAACAAAGAAAGAGAAAAGTCAAAGACAATTTTAGAGGTTTGAGTTATTTTGTGACTTGTGAATCTATAGATGTGTTTGAGTTGGGTTATTTTTCACTTTATTTGTTATTTGTTTCTTGGGTTTATTTAT
CTGTACTTAATTGGAATTGGAATGGTTAATCTCGAGTCTATTTAGGTAGAAAGTAAATTATGTATGTATTATATATATGTGTTGAAAAAGTACCACGTGTGTTGTGTTATGATCTATAGGTTTATTTCAGCTTTTAATTTATTTTTATTATTTCTGGGTAACAAAGAAAGAGAAAAGTCAAAGACAATTTTAGAGGTTTG
AGTTATTTTGTGACTTGTGAATCTATAAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGGAGGTAGTTGTATTATAGATTGAAAAATTAGTAGTGCAATGACTTTGTGGTGTTGCGTTATGCAGACATATCAAATGAAAGATTATTAAGgtatgttttgagaataaatttgggccatgaatacttaaggtagttgtattgt
tgaagtgcatatcaaaagaggattattaaggtgtgcatgaaaacatggttatggcatgaaggtagttgttgtcttgttgaagtgcatatcaaatgaagattattattagatgatatttcatgacatgagtcacagattagtttgtcttttaaaatatagatattgttttcacatcatcaccatgctagatgtatgatatc
aatattataagaaataattaactaacttttattgtggataatttagttgttatttatttttcattatattttaaataaattttagttttattttgttatttattgtcttaaaaaacaatattaatttattgattaatattttttgtgttttcagTAGATCAAGTGGAGGTTGTTGGACAAAGAGTGTCACATTAAAGGAA
AGATGGGAGAATTTTTGTTAAAGCAATATGTGGAATTTATGAGATTTGAATCTCATTTTTTAAACTGTAAATAATATTACCTTTTTATGT

Intron 12 GTGTGCATGA ... GATTATTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.31	31	34	0
A2	70.83	14	34	0
A3	67.19	21	43	0
A4	34.43	40	21	0
A5	58.67	15.5	22	0
A6	98.18	3	162	0
A7	97.01	14.5	471	0
A8	96.52	14	388	0
A9	97.9	5	233	0
A10	96.75	11	327	0

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

ATATCAAAAGAGGATTATTAAGGCATGTTTTGGAACTTTATTTTTTATTTGTTTCCTGGTTTATTTCTCTGAACTTAATTGGAATGGTTAATCTCTGAGTCTATTGATGTAGAAAGTAGATTATATATATATATATATTGAAAAAGTACCACTGCAATGACTTTGTGGTGTTGTGTTATGTAGGTGTGCATGAAAACATG
GTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGGTATGTTTTGAGAATAAATTTGGGCCATGAATACTTTTAGATGATATTTCATGACATGAGTCACATTAGTTTGTCTTTTAAAATATAGATATTGTTTTCACATCATCACCATGCTAGATGTATGATATCA

>TRINITY_DN48086_c1_g1_i16 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTATTGTTGAAGTGCATATCAAAAGAGGATTATTAAGGTGTGCATGAAAACATGGTTATGGCATGAAGGTAGTTGTTGTCTTGTTGAAGTGCATATCAAATGAAGATTATTAAGgtgtgcatgaaaacatggttatggcatgaaggtagttgtattgttgaagtgcat
atcaaaagaggattattaaggttgtcttgttgaagtgcatatcaaatggtgcatgaaaacatggttatggcatgaaggtagttgtaagattattaagGTATGTTTTGAGAATAAATTTGGGCCATGAATACTT