NA ----> NA

Intron 1 GTAGGTATTA ... TCTTGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.22	8	2	15
A2	63.16	7	0	12
A3	56.41	17	1	22
A4	51.85	13	0	14
A5	55	9	0	11
A6	58.78	209	19	298
A7	57.59	148	10	201
A8	63.29	58	3	100
A9	59.32	131	7	191
A10	57.4	118	5	159

>TRINITY_DN35159_c0_g1_i2 from sample A7 / Example spliced isoform

TCCACGTAAACGGTCACATAAATGATCCCCATTCACGGCCACATTAGCACAACTCGATAGTACCACATATTAGGGATGGAGCATGGGATTTCCACCACCTCGGTAATGGTCCGCCCGGTCTCAATTCTATGCGCACCCTGTACTCGATAACTCGTCGTAGTTTGGCTCCTTTGTGCTTGATGCACAGTGGTTTACCTATT
CACTTGTGTTTCATTGTGGTTCGCCTACATTCCACTATTGTCTGGTGTTGTTCGTAGCCATTCGCTTGTTCATCGTTGCTTTTGGTTCGAAGGAGCCCTGTTACGTCGTGTTAAGAGTTCGAAGTCCAACTCCCTGGTGGCCATTTCTCATTCGTCCACCCTTCCATTTCTGTCCCATTTCGTGGATGTTCTCTGGTTCG
TCTGATGTCTCGATTCCGACCCATTTCGTGGGCGTTATTTGGTTATTTGCGCGGTATGTTTTCAGTGCAGTTCCATCAAGATTTGCATGCTAGTTTTTGCTGCAATTTCACGATGGTTTCGGATGACCCTGCTCGTGTATCTTGGTTGGGAAGGTCACACTGCTTCGGGGCTGTTGGAGCGGACAACATCCTGCAACTGG
CGGTCGGTCGCTCCATGGATTTTAGTTAGGTAGGGTTCTCATCCTGTCGGCTTATAGTGTTTATCAACACTCCAAACCTCCTTATGGAATTTATGACTGTGCTTGGTGTTTCATATCATGGTTTTGTTTGCCATCTATAATGGTTGAGGGTTTAACTACATATTTATGGGTACTGTAGGTCGTTCTGTATTTGAGACTTT
GTTTATAGTTATTTTAACTGGGATGTTTTCTAGGTTATTGCCGATTGTCCTGAGATGAATCAATTTGCATAGATGTAATTGGGTCTTTGGCTAATTATGCGATAAATATCTCATATGCTGCATGCTATATTTGGGTTTTGTAATTTGTATTCTATGATGAATTTTTACACAAGGTTAGGGTTTCGAAGGGTTTCATATAT
GAATTTGTGTGTGGGTACTGTCAATCGGATTTGCATTGCAAAAAAACACATGGTTATTTTTGTTTGTTGTCATATGCCATCATTGTGTTTGATGACAAATATTTAATTTGGCATGGAGATGCATTTGGTATTGAGGAATGTGCTTTGTATGGTGTTTTTAGCTATAAGAATGATGATATTGTTGTTGTTTGCTGAGACTT
GAAAGCCACAGACTTTGAAG

>TRINITY_DN35159_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

TCCACGTAAACGGTCACATAAATGATCCCCATTCACGGCCACATTAGCACAACTCGATAGTACCACATATTAGgtaggtattacgctttattgtgctttaattcaccttgatcttcgtgccagtatttccattctctctacccttctcctaaccccagtgcattcttgtttagGGATGGAGCATGGGATTTCCACCACCT
CGGTAATGGTCCGCCCGGTCTCAATTCTATGCGCACCCTGTACTCGATAACTCGTCGTAGTTTGGCTCCTTTGTGCTTGATGCACAGTGGTTTACCTATTCACTTGTGTTTCATTGTGGTTCGCCTACATTCCACTATTGTCTGGTGTTGTTCGTAGCCATTCGCTTGTTCATCGTTGCTTTTGGTTCGAAGGAGCCCTG
TTACGTCGTGTTAAGAGTTCGAAGTCCAACTCCCTGGTGGCCATTTCTCATTCGTCCACCCTTCCATTTCTGTCCCATTTCGTGGATGTTCTCTGGTTCGTCTGATGTCTCGATTCCGACCCATTTCGTGGGCGTTATTTGGTTATTTGCGCGGTATGTTTTCAGTGCAGTTCCATCAAGATTTGCATGCTAGTTTTTGC
TGCAATTTCACGATGGTTTCGGATGACCCTGCTCGTGTATCTTGGTTGGGAAGGTCACACTGCTTCGGGGCTGTTGGAGCGGACAACATCCTGCAACTGGCGGTCGGTCGCTCCATGGATTTTAGTTAGGGTGGGTGTCATTTATTGCATTGGGAGGTTTGGATTGTTGAGAAAACATGGACCAGAAGCTGACCTCTAGG
CCATTTGCAACTTGTTAATGGATGATGGGATACAAGGGCTTGCTTGTTGTGGATTGCTGCTCCAAAGGCAATCCGTGAGGGCTGATATGATGGGCAATACGTACTTGTAGATTTAGCAAGATAGGATGTTTTGATGTTTTATTTGGTATTTATGTCAAGAATTGATTAGATATTAGTTGGACAAGATGTTTTGCAGTGTT
GGTATTAAAGTAACTTTTTGTTGGAGGGTGTTGGCCTAGTCAATTAATGAAGACTTTTTAGACTTAATTTAATGGTTGTTTATGCATTTAAAGAATACATTCTTGTGGTAAATGGTGTTTAAGTGTTCATGTATTGTGTCCC

Intron 2 GTAGGGTTCT ... GGTACTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	23	2
A2	90	1	16	2
A3	80.95	4	24	10
A4	93.55	1	24	5
A5	71.43	4	9	11
A6	82.36	47	301	138
A7	85.24	20	166	65
A8	85.82	30	280	83
A9	84.16	27	198	89
A10	78.22	22	108	50

>TRINITY_DN34779_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

CGCTCCATGGATTTTAGTTAGGTCGTTCTGTATTTGAGACTTTGTTTATAGTTATTTTAACTGGGATGTTTTCTAGGTTATTGCCGATTGTCCTGAGATGAATCAATTTGCATAGATGTAATTGGGTCTTTGGCTAATTATGCGATAAATATCTCATATGCTGCATGCTATATTTGGGTTTTGTAATTTGTATTCTATGA
TGAATTTTTACACAAGGTTAGGGTTTCGAAGGGTTTCATATATGAATTTGTGTGTGGGTACTGTCAATCGGATTTGCATTGCAAAAAAACACATGGTTATTTTTGTTTGTTGTCATATGCCATCATTGTGTTTGATGACAAATATTTAATTTGGCATGGAGATGCATTTGGTATTGAGGAATGTGCTTTGTATGGTGTTT
TTAGCTATAAGAATGATGATATTGTTGTTGTTTGTTG

>TRINITY_DN34779_c0_g1_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCAGTAGTTGCGCACCCTCCCTTTGTCCACGTAAACGGTCACATAAATGATCCCCATTCACGGCCACATTAGCACAACTCGATAGTACCACATATTAGGTAGGTATTACGCTTTATTGTGCTTTAATTCACCTTGATCTTCGTGCCAGTATTTCCATTCTCTCTACCCTTCTCCTAACCCCAGTGCATTCTTGTTTAGGG
ATGGAGCATGGGATTTCCACCACCTCGGTAATGGTCCGCCCGGTCTCAATTCTATGCGCACCCTGTACTCGATAACTCGTCGTAGTTTGGCTCCTTTGTGCTTGATGCACAGTGGTTTACCTATTCACTTGTGTTTCATTGTGGTTCGCCTACATTCCACTATTGTCTGGTGTTGTTCGTAGCCATTCGCTTGTTCATCG
TTGCTTTTGGTTCGAAGGAGCCCTGTTACGTCGTGTTAAGAGTTCGAAGTCCAACTCCCTGGTGGCCATTTCTCATTCGTCCACCCTTCCATTTCTGTCCCATTTCGTGGATGTTCTCTGGTTCGTCTGATGTCTCGATTCCGACCCATTTCGTGGGCGTTATTTGGTTATTTGCGCGGTATGTTTTCAGTGCAGTTCCA
TCAAGATTTGCATGCTAGTTTTTGCTGCAATTTCACGATGGTTTCGGATGACCCTGCTCGTGTATCTTGGTTGGGAAGGTCACACTGCTTCGGGGCTGTTGGAGCGGACAACATCCTGCAACTGGCGGTCGGTCGCTCCATGGATTTTAGTTAGgtagggttctcatcctgtcggcttatagtgtttatcaacactccaa
acctccttatggaatttatgactgtgcttggtgtttcatatcatggttttgtttgccatctataatggttgagggtttaactacatatttatgggtactgtagGTCGTTCTGTATTTGAGACTTTGTTTATAGTTATTTTAACTGGGATGTTTTCTAGGTTATTGCCGATTGTCCTGAGATGAATCAATTTGCATAGATG
TAATTGGGTCTTTGGCTAATTATGCGATAAATATCTCATATGCTGCATGCTATATTTGGGTTTTGTAATTTGTATTCTATGATGAATTTTTACACAAGGTTAGGGTTTCGAAGGGTTTCATATATGAATTTGTGTGTGGGTACTGTCAATCGGATTTGCATTGCAAAAAAACACATGGTTATTTTTGTTTGTTGTCATAT
GCCATCATTGTGTTTGATGACAAATATTTAATTTGGCATGGAGATGCATTTGGTATTGAGGAATGTGCTTTGTATGGTGTTTTTAGCTATAAGAATGATGATATTGTTGTTGTTTGTTG