sp|Q852L0|HD16N_ORYSJ ----> Casein kinase 1-like protein HD16

Intron 1 GTAAAACAAA ... GATGTGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.78	95	40	26
A2	15.58	84	19	12
A3	20.62	102	26	27
A4	24.44	68	29	15
A5	16.5	43	11	6
A6	15.94	58	13	9
A7	17.8	127	30	25
A8	17.92	71	27	4
A9	15.12	87	8	23
A10	17.65	91	22	17

>TRINITY_DN108310_c0_g1_i13 from sample A4 / Example spliced isoform

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTTA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGC
ATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGA
CATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGT
GTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAG
GATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGT
TATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTC
CATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACA
CCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATAATCCATATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGA
GTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATCTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGAGCTGAAGCATGTGTTTTTGGACAGCAGAAGAT
GGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTGGGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTTTGCTTTGTT
TCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGTCCTCAAGGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGAATGCACCAAGGCAATTAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCAGCAAAATGGGGTGCCTAA
ATGAAAAAATAGAACCATATGGGAATGGCTAGGAACATGTTTACTGAAGCAACCAACACCTCTGTTTACCTAATTAATCCAAGTAAAGCAGTTCAAGGGAAGACATCTGAAGAAGTGTCGTCGAAGAGAAAATCTTCATTTGAACACCTTATAATTTTTGTTTGTCCTGCTTATAATAGTGATACAAAAGAACCAGATAA
AAGGAAAGAAGTACTTATTTGTTGGGTTCATTGATTTTTCCAAGGCCTATAGACTTCCTGATTCCAACACAAACATTATTGTTGTAAGTGGTAATGTTGACAGCAGGATACAGTCTGGAATATAGCTGGGTACATACACAACAGGATAGCCTGGGTTATAGCTGCGTACATGCATAACGGGATTCGGTCTTGAGCAGGTG
CAGACGACCGGGTGGCTATGGTACAGGATTCTGGTACAAGACACAGTTACATATCTCATGTACAGGTCACAGGTACAGGACATAGGTGCAGAATGCAGGCAGAGAAGTACAAGATGTACAGGGTACAATATTCTCTCATCTTTGCAGGATTAACAAAACCTGGTAAAATCACTCAATCTTCAGTAGCACTTCATTACAAA
GGCTGTGCAAAAAGGAATAGATTCCAGCCTCTCTGATATCTTCACTGGACCACTGGGAAGGGATATTTTTGGTGTATTGGTTATTGTGGTGACCATCAAGGGAGGTCTTACAGTGTTGGGAATTAAAGCAATGGTCACATTATGTAAATAATGTACTTAATACATTAGTGTGTTTGTGTCAAAGAGAGAACATGGATTGA
AAGGTTATTGGTCAAGTAAAGGGTAACAGGAATTTGAAGTTCAATAAAAAACTTAGCTAT

>TRINITY_DN108310_c0_g1_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAATTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATG
AAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTAT
GATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGgtaaaacaaaaccattccatactgaattgaatgccaagtacttaatcttgctagcttatatttacaaggcttctaatttcattaatgtgcgttccttagctaactagtaatatctaaatagttaaattctataaattaaatttcactcattttatttacaattcctgtggaaat
attttggtagatatctactctatgatcaatggtgggtcctgtggtttgaataagtgcttttgtggttctaaaaggttgttaatagtacttgaacttttaatacagaatgttccaatgattgataattgattgtaccataatgcatatacattcactcttacctatttgatgtgccagATATCATTATAATGTTGTGGACT
CTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTT
AGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATC
AGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTA

Intron 2 GTATGTTGAG ... AATTTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.39	41.3	20	6
A2	39.39	31.2	20	3
A3	25.78	55	19	0
A4	31.55	29.3	13	1
A5	41.49	18.7	13	1
A6	23.28	33.3	10	0
A7	29.37	46.3	19	0
A8	31.21	27.5	12	0
A9	33.65	26.2	13	0
A10	21.57	56	15	0

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTCA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGTAAGAAATAATTATTCTTTTATTG
CTTTAATGTGTTTACCATGGTCTTGGACAAGGCATATGGCATGTTTTAAGTAATTTTTACTCTAATTGTGGATTGCCAATGGATATGTGAGACAGGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTT
CTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGT
CATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTA
AAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTAT
GAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAAC
ACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTG
GTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAG
TTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATAATCCATATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTAT
GTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGGTATCTCCTTGTCAAAATGCAACAACAAAAGCATTGTGCTGAAAAATGGCACAAAAGTTGGCTAGTATCTAGTTGTGTAGAATGTTGGAGAAATTT
CATAAATGCTGTTTGGAGAAAGTTTACTTTGTAATTCTTTAGAAGCTTATTCTATTTATATTGCTGAATTAGATGGTACTTCAGCTTGTGCCATATCCCAACATCGAATCAAAATCTAGGCCCTGTACTGTACAATTGAATAAGCTAGTTGATAAGTCTGTCATTGGGCATTGAAGCTGTATATACATGAACATGTTATA
AACATGCTTACTTTTGCTGATATTCATTAACATGTTATTATTTTGCTTGTCTATTTGCCATTGTTGAAGACATGCAAGATGTTTTTACTTGTTTTTGGCTTTAAAAATAATATACAAAGGTTGAATGTACAATAATTGTTGTTATATTTGATGTTCTGCCATTATGCTATGCAGATATTGTTTCTTAGTGCATATTCACG
TGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTCACGTGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTGTCATTGATGATATGCAGAGGTGGTTTGATGGGTGCTTCGGATTCTAAAAGGCTGAACTTTCATAGACAGAAATCTATATATAGGAAGTGAAGATACAACAGGCAATGAAGTTTCTCATGCTCTAATAACCAAC
TAGGGTTTTGGGGAACAAGCTCTAGAAAATATATTGTCTAGTGGTTCTTATGTGTATTTGTATTCTTGTAGCAGTAGAGTTCCAACAGGGTTTGATTTAGATAACTTGCGAGAAAGTCATCAAGGTAATTTTTACATGTATTAGTTACCGTGGACAACTAGTTTAGTGCACTTTTATTACGAGTCAAATTTATGTTCTGA
TGCTCTTTGTTTGTCATCAAGGTTAAAGGATCTCGGTTTCTTGGATAGCTTTGTGCACAAACATCAAATAGGCTCCTTTAGTGATTTGCACAGTTGTCCATATTTGTTGCAATGACCCTTTGTTCCAAAAATTGGTTATATTTCACAAAAATCCCTTCAGCTTTCCATTTTGTTTTCCCTTGCAAACAATGTCCCATTTA
ATGCACAAGGCTTGTAGTGCGCCACACCATCTTTAGTGACATGAACTTGTGCCATGCATTATGACATTAATGTTAGGCTATCTTGTGTCACTTTTGTACAGGTGACATATCTGTAAGAGGTTGACTGCAACCTGGGAAAGCCATTTTGGGATTTTGGTATTTGATGTGAGCTACTTACAGAAAAGGTCTTGAAAGGCCTG
CCATGGTTCTATTGTCAAAGTGTTAGGTTATTAAAGTAATGGTTATTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGC

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTCA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGgtatgttgagcattaattgtggtagtactgcaacaattccattgcgtggtccatgaactttgtatgttcatgctacatcat
ttttttctggacatgctttaaagtaaagccatttagctgtgataatggtggcattgtattcttgtttattattaattattatgcacagtaatattttatccaaattttacagGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGTAAGAAATAATTATTCTTTTATTGCTTTAAT
GTGTTTACCATGGTCTTGGACAAGGCATATGGCATGTTTTAAGTAATTTTTACTCTAATTGTGGATTGCCAATGGATATGTGAGACAGGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTG
GGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGGTAAGTTTTATTTTATTTACTTTAAAGTCTTACACCTAAAGAATTGTATTAGATAGGTTCACATTGCTGTCTTGGTATTCGCTTATTATTCATACCCCATTTGGATTGCAAGATTTCAATTTTCAAAATGACATTAAATTGTGTC
AAATGTCTGTCATTTAAATTTCTATCAATCTATTTTAAA

Intron 3 GTAAAGGTTT ... TTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	31.91	64	9.2	30
A2	18.31	58	10.8	13
A3	22.97	55	14.2	16.4
A4	31.51	43	16.8	19.8
A5	21.05	15	2	4
A6	23.85	99	10.4	31
A7	17.39	76	10.8	16
A8	12.75	89	10	13
A9	20.79	80	9.2	21
A10	13.33	52	3.2	8

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i11 from sample A3 / Example spliced isoform

TTGGAATAATGCTGGTCAAGTGTAAGAAATAATTATTCTTTTATTGCTTTAATGTGTTTACCATGGTCTTGGACAAGGCATATGGCATGTTTTAAGTAATTTTTACTCTAATTGTGGATTGCCAATGGATATGTGAGACAGGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGC
TGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGT
CCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTC
TTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGT
GCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGT
TTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGG
GATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCA
AAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCA
AATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAG

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i14 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACGAGAGAGACGCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGA
AATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAG
ACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCATATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAA
ATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAA
GTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGA
TGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGA
CCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCAC
CGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATT
GATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCT
CTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGA
GCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCT
ATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAGTTTTCCCAGCACTCATgtaaaggtttgatttatactatcaaattctattcagcaaagtcttgtaggctattataactgctggaaactaatctgctccttttttttcag


GAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGA
GATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAG

Intron 4 GTACTGATCT ... TCATATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.18	58	22	13
A2	23.71	37	11	12
A3	19.05	51	16	8
A4	14.56	44	9	6
A5	24.44	17	5	6
A6	6.67	21	1	2
A7	7.22	45	3	4
A8	13.51	16	2	3
A9	13.92	34	2	9
A10	14.81	46	4	12

>TRINITY_DN107500_c0_g2_i12 from sample A5 / Example spliced isoform

CCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCA
TTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAAT
TAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGT
CAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATAT
TCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAA
AACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGC
AGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTC
AAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTC
GACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGT
GGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGC
TGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGTTTGATTTATAC
TATCAAATTCTATTCCGCAAAGTCTTGTAGGCTATTATAACTGCTGGAAACTAATCTGCTC

>TRINITY_DN107500_c0_g2_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCA
TTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAAT
TAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGT
CAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGgtactgatctccatgtggcaactagaaacttgtaaacacatagactgcatgggtgatatagcatacttgtgaattttgaaggagtgcttgttttcagctagaatggtatcttaaaatgatgtcttgtttcatatcta
gGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGA
TGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTG

Intron 5 GTATGCTTTA ... TCCATTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.41	72.2	1	0
A2	5.66	50.2	3	0
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A10	0	55	0	0

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

ACGAGAGAGACGCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGA
AATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAG
ACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCATATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAA
ATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAA
GTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGA
TGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGA
CCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCAC
CGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATT
GATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCT
CTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGA
GCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCT
ATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTG
TTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAG

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTGGAATAATGCTGGTCAAGTGTAAGAAATAATTATTCTTTTATTGCTTTAATGTGTTTACCATGGTCTTGGACAAGGCATATGGCATGTTTTAAGTAATTTTTACTCTAATTGTGGATTGCCAATGGATATGTGAGACAGGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGC
TGCACATTAAAGGgtatgctttaaggtagcttttgtggcttattgcaataatttttcattaaataaaaactaacagttgttgtatttttccattttagATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAA

Intron 6 GTAAAATCAC ... TCTGTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	6	10	5
A2	76	6	19	6
A3	59.09	9	13	4
A4	66.67	6	12	2
A5	88.89	1	8	2
A6	42.86	4	3	3
A7	66.67	24	48	6
A8	61.74	44	71	14
A9	53.19	22	25	9
A10	74.07	7	20	7

>TRINITY_DN45045_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGAT
GAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTA
TGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATA
AGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCT
GGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGA
AACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCG
AAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGAGCTGAAGCATGTGTTTTTGGAAAGCAGAAGATGGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTG
GGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTTTGCTTTGTTTCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGCCCTCAA
GGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGAATGCACCAAGGCAATTAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCAGCAAAATGGGGTGCCTAAATGAAAAAATAGAACCATATGGGAATGGCTAGGAACATGTTTACT
GAAGCAACCAACACCTCTGTTTACTGAATTAATCCTAGTAAAGCAGTTCAAGGGAAGACATCTGAAGAAGTGTCGTCGAAGAGAAAATCTTCATTTGAACACCTTATAATTTTTGTTTGTCCTGCTTATAATAGTGATACAAAAGAACCAGATAAAAGGAAAGAAGTACTTATTTGTTGGGTTCATTGATTTTTCCAAGG
CCTATAGACTTCCTGATTCCAACACAAACATTATTGTTGTAAGTGGTAATGTTGACAGCAGGATACGGTCTGGAATATAGCTGGGTACATACACAACAGGATAGCCTGGGTTATAGCTGCGTACATGCATAACGGGATTCGGTCTTGAGCAGGTGCAGACGACCGGGTGGCTATGGTACAGGATTCTGGTACAAGACACA
GTTACATATCTCATGTACAGGTCACAGGTACAGGACATAGGTGCAGAATGCAGGCAGAGAAGTACAAGATGTACAGGGTACAATATTCTCTCATCTTTGCAGGATTAACAAAACCTGATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGT
TGGACATCAACATGAAATTGGATGGGTGTTTCAGATCAAAAAGAGAGATGAACTTGTTCCCGTAGAAGTATATATAGGAAATGATGATCAAGCAGACAGATTCTTTTCAAGCTCTATTTCAGGCCTTGTGGAGCAAGCTGAAACAAATATATTACCTGGTTGTTCTCATTTGTATTTGCTTCTCAATATCTTGATAGACC
TCAGCTGCAAAATGCAGCTCGATGCAGGAATTTTGCAGTAAAATTGAAGGTAGCGTTATAACCTACATTGCTGATTTGGATAACTTGCTCCATGGTCATTGCTCACGACTAAATTGATCATTGCCAAGTATCCTGTCAGCTGTGTTCGAGTGAAGGTAGTGGACTCTCCTGAGATACTTTCTTATGGTGTAGTCTATTGA
AAACAATTCAATTTTGAAGGGATTATCTGCATACTTGTGTGTTTTATTTGATAATATGTGAGGTCTCCGAATATCTTAAAGGGAAACAAGTTTTGACAGTTCTTGCTGCTGTCCGTTACTGGCTTTAGCTTAGTTTCATTCTAAATTTGAAATTATGATACTTTTAATTTTCTGTTGATTTTTTATATTTGATATATTCT
GTTTACAGTTCATTGGATTGGCCAAAATTTGATATTCATTCCACAATTCTTGTACCCTCTGTGAAGAGGGTTGGTTGTACCGAATGTTTGATCACAATTGTATGGTGTTTAGAACAGGGACCATGGGTGCAGGCATGGAGACCCACAAAATACCATCTACAAGAGAAGTTGGTGCATTATAGTAACATTTTGTTTGCCT

>TRINITY_DN45045_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGAT
GAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTA
TGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATA
AGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCT
GGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGA
AACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCG
AAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGAGCTGAAGCATGTGTTTTTGGAAAGCAGAAGATGGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTG
GGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTTTGCTTTGTTTCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGCCCTCAA
GGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGAATGCACCAAGGCAATTAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCAGCAAAATGGGGTGCCTAAATGAAAAAATAGAACCATATGGGAATGGCTAGGAACATGTTTACT
GAAGCAACCAACACCTCTGTTTACTGAATTAATCCTAGTAAAGCAGTTCAAGGGAAGACATCTGAAGAAGTGTCGTCGAAGAGAAAATCTTCATTTGAACACCTTATAATTTTTGTTTGTCCTGCTTATAATAGTGATACAAAAGAACCAGATAAAAGGAAAGAAGTACTTATTTGTTGGGTTCATTGATTTTTCCAAGG
CCTATAGACTTCCTGATTCCAACACAAACATTATTGTTGTAAGTGGTAATGTTGACAGCAGGATACGGTCTGGAATATAGCTGGGTACATACACAACAGGATAGCCTGGGTTATAGCTGCGTACGTGCATAACGGGATTCAGTCTTGAGCAGGTGCAGACGACTGGGTGGCTATGGTACAGGATTCTGGTACAAGACACA
GTTACATATCTCATGTACAGGTCACAGGTACAGGACATAGGTGCAGAATGCAGGCAGAGAAGTACAAGATGTACAGGGTACAATATTCTCTCATCTTTGCAGGATTAACAAAACCTGgtaaaatcactcaatcttcagtagcacttcattacaaaggctgtgcaaaaaggaatagattccagcctctctgatatcttcac
tggaccactgggaagggatatttttggtgtattggttattgtggtgaccatcaagggaggtcttacagtgttgggaattaaagcaatggtcacattatgtaaataatgtacttaatacattagtgtgtttgtgtcaaagagagaacatggattgaaaggttattggtcaagtaaagggtaacaggaatttgaagttcaat
aaaaaacttagctatatattcatgtacttccctatccaatttgcttttgcatgatcctcttgataaaattgctactcttttcgtctcatttcatgatcctttgtgatgtgattggaattcgcttttgtgatgttggactcgcaattcaatagtaaatacttgcgaattgtccttttatttaccttccccttcccttgcca
tggagaagtatgctagctatctaattccaccttgagatacacattggcttctacttgtttggacggagagtattgtagtaggtttatttattttgtttatttttgttttcttttactttagtattttttgcaattcaattttttatttatttattttccttccgtagttttatagtggagggtttaggctgcctctttgg
aataagcattcccttttctgaattcaccttcttctccctatttggaagggcatcctaaaaattttagctgtattttgtgtgatctcttaatactttagtttcaaactttcacccctttgggcgggcatcataaaaaatgttgctgcattttgtgtgatctcttaatagtttagtttcacttctttggccaccattgacac
atcccatttgcaaatttagatttagttcttcgcctttgccttttctctcgagaattggctgttccttcatcgatctcctactttttggtcaagcctttggccaacttgccattcctcttcctcttttgggggcatcataaaaaatgtagctgcattttgtgtgatctattattagtttggtttcgccctttggccaccat
agacatattcccttcgcaaatttagatctaggtcttctcctatgccttttcccttgagaatatgctctcccttcatcaatctcccacctgttggtcaagggtttggccaaattgccatttctccattgttgaacggtgaacccattacaaattggctcttggattgctacttggtgatctcactccatttggcatttgtt
caacgcaccacctttttcttttgttaccttacgttatgacttgacatcctagacctttttggacttcttggtaatctcccgtctcatttggtgttgtggattctctctccggtcctttctcacttcattacttaatgtcctttcatatttttccttttggcatcatttacttttctttccgattgccattaccatgttga
tctggcaccttaacaatttacatttgcctatttattgcttgttggccaccacccacttatttgctgcttcacaatggtgggtttagcatcatacccatccaccttcataatgcttacatcaacccattcaccccttagaccctagtgattggtgtgcactctgcatctcttattgaggactacactcaagtccttcctac
agataactctgtgtgtgagtgaaaatgaaaattgaggagcctatgggtgtaggggcattataggggcaatgtgcatccaggcaggcatgtaatgctaacggattgaattatgcagtcacataaattgaaagacgaaattgtacatttcctgtctccgcacagacatccatcacctactctgttacatggggaaatgcccc
gtccattccctatattcttgttggcaagcaatgtccctaaacggtgacaggcatgtctccaagtaccaagtatgtttattggtgtatctaatatggttaatgtttccatttgagctggtgatgatcagggattgaacctaattcggcttattaggtgtcaattttatcaccatggctcgggagttctgcatcggtgtatg
ccctagatgcactaggtatgtctggccatcccctataccattcaatatttattgaatgtctggccatcccctttacttgtcgctgtctgttagaagttggtcgtcctatattaaatttcattttcattagtttttcctcttgatatctttcttagatgttatagcaaaatgattgggttgaaagttggtgcaagagttac
ctagtacctaagttgagtgttgcagatcttctagttcactactaggctgtttgtcaaatactgatatttgatgttatctgcatactgatgtgtattgtttgaggattttaggaatttcatgatatctcactggccaatgcttgcagtggattatggaatctctatttatgatgtgcacggctgtgagcctgttcttagtg
gaaactatcgtgtgattttactgctgttatttataacattgtgcactcatgcaagcatatttcttgttaaaatagaattatacaatgtcattcattgtgctgaaagtgggtgcattagttatctggtacctagctaaattgaatgctgcagagtacttatggggctctttgtcaagtacatgataaaatgtgagttttta
gtgcttcattagctatttttatttatattgctgaatcagctggaacttgatctgtgcaagATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGTTGGACATCAACATG

Intron 7 GTAAAATCAC ... TCTGTGCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.5	6	10	7
A2	76	6	19	6.5
A3	59.09	9	13	6.5
A4	66.67	6	12	2.5
A5	88.89	1	8	3
A6	42.86	4	3	5
A7	66.67	24	48	10.5
A8	61.74	44	71	21
A9	53.19	22	25	14.5
A10	74.07	7	20	7

>TRINITY_DN45045_c0_g1_i8 from sample A9 / Example spliced isoform

GAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGAT
GAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTA
TGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATA
AGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCT
GGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGA
AACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCG
AAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGAGCTGAAGCATGTGTTTTTGGAAAGCAGAAGATGGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTG
GGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTTTGCTTTGTTTCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGCCCTCAA
GGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGAATGCACCAAGGCAATTAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCAGCAAAATGGGGTGCCTAAATGAAAAAATAGAACCATATGGGAATGGCTAGGAACATGTTTACT
GAAGCAACCAACACCTCTGTTTACTGAATTAATCCTAGTAAAGCAGTTCAAGGGAAGACATCTGAAGAAGTGTCGTCGAAGAGAAAATCTTCATTTGAACACCTTATAATTTTTGTTTGTCCTGCTTATAATAGTGATACAAAAGAACCAGATAAAAGGAAAGAAGTACTTATTTGTTGGGTTCATTGATTTTTCCAAGG
CCTATAGACTTCCTGATTCCAACACAAACATTATTGTTGTAAGTGGTAATGTTGACAGCAGGATACGGTCTGGAATATAGCTGGGTACATACACAACAGGATAGCCTGGGTTATAGCTGCGTACATGCATAACGGGATTCGGTCTTGAGCAGGTGCAGACGACCGGGTGGCTATGGTACAGGATTCTGGTACAAGACACA
GTTACATATCTCATGTACAGGTCACAGGTACAGGACATAGGTGCAGAATGCAGGCAGAGAAGTACAAGATGTACAGGGTACAATATTCTCTCATCTTTGCAGGATTAACAAAACCTGATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGT
TGGACATCAACATGAAATTGGATGGGTGTTTCAGATCAAAAAGAGAGATGAACTTGTTCCCGTAGAAGTATATATAGGAAATGATGATCAAGCAGACAGATTCTTTTCAAGCTCTATTTCAGGCCTTGTGGAGCAAGCTGAAACAAATATATTACCTGGTTGTTCTCATTTGTATTTGCTTCTCAATATCTTGATAGACC
TCAGCTGCAAAATGCAGCTCGATGCAGGAATTTTGCAGTAAAATTGAAGGTAGCGTTATAACCTACATTGCTGATTTGGATAACTTGCTCCATGGTCATTGCTCACGACTAAATTGATCATTGCCAAGTATCCTGTCAGCTGTGTTCGAGTGAAGGTAGTGGACTCTCCTGAGATACTTTCTTATGGTGTAGTCTATTGA
AAACAATTCAATTTTGAAGGGATTATCTGCATACTTGTGTGTTTTATTTGATAATATGTGAGGTCTCCGAATATCTTAAAGGGAAACAAGTTTTGACAGTTCTTGCTGCTGTCCGTTACTGGCTTTAGCTTAGTTTCATTCTAAATTTGAAATTATGATACTTTTAATTTTCTGTTGATTTTTTATATTTGATATATTCT
GTTTACAGTTCATTGGATTGGCCAAAATTTGATATTCATTCCACAATTCTTGTACCCTCTGTGAAGAGGGTTGGTTGTACCGAATGTTTGATCACAATTGTATGGTGTTTAGAACAGGGACCATGGGTGCAGGCATGGAGACCCACAAAATACCATCTACAAGAGAAGTTGGTGCATTATAGTAACATTTTGTTTGCCT

>TRINITY_DN45045_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

GAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGAT
GAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTA
TGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATA
AGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCT
GGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGA
AACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCG
AAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGAGCTGAAGCATGTGTTTTTGGAAAGCAGAAGATGGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTG
GGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTTTGCTTTGTTTCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGCCCTCAA
GGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGAATGCACCAAGGCAATTAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCAGCAAAATGGGGTGCCTAAATGAAAAAATAGAACCATATGGGAATGGCTAGGAACATGTTTACT
GAAGCAACCAACACCTCTGTTTACTGAATTAATCCTAGTAAAGCAGTTCAAGGGAAGACATCTGAAGAAGTGTCGTCGAAGAGAAAATCTTCATTTGAACACCTTATAATTTTTGTTTGTCCTGCTTATAATAGTGATACAAAAGAACCAGATAAAAGGAAAGAAGTACTTATTTGTTGGGTTCATTGATTTTTCCAAGG
CCTATAGACTTCCTGATTCCAACACAAACATTATTGTTGTAAGTGGTAATGTTGACAGCAGGATACGGTCTGGAATATAGCTGGGTACATACACAACAGGATAGCCTGGGTTATAGCTGCGTACGTGCATAACGGGATTCAGTCTTGAGCAGGTGCAGACGACTGGGTGGCTATGGTACAGGATTCTGGTACAAGACACA
GTTACATATCTCATGTACAGGTCACAGGTACAGGACATAGGTGCAGAATGCAGGCAGAGAAGTACAAGATGTACAGGGTACAATATTCTCTCATCTTTGCAGGATTAACAAAACCTGgtaaaatcactcaatcttcagtagcacttcattacaaaggctgtgcaaaaaggaatagattccagcctctctgatatcttcac
tggaccactgggaagggatatttttggtgtattggttattgtggtgaccatcaagggaggtcttacagtgttgggaattaaagcaatggtcacattatgtaaataatgtacttaatacattagtgtgtttgtgtcaaagagagaacatggattgaaaggttattggtcaagtaaagggtaacaggaatttgaagttcaat
tgtaaaaaacttagctatatattcatgtacttccctatccaatttgcttttgcatgatcctcttgataaaattgctactcttttcgtctcatttcatgatcctttgtgatgtgattggaattcgcttttgtgatgttggactcgcaattcaatagtaaatacttgcgaattgtccttttatttaccttccccttcccttg
ccatggagaagtatgctagctatctaattccaccttgagatacacattggcttctacttgtttggacggagagtattgtagtaggtttatttattttgtttatttttgttttcttttactttagtattttttgcaattcaattttttatttatttattttccttccgtagttttatagtggagggtttaggctgcctctt
tggaataagcattcccttttctgaattcaccttcttctccctatttggaagggcatcctaaaaattttagctgtattttgtgtgatctcttaatactttagtttcaaactttcacccctttgggcgggcatcataaaaaatgttgctgcattttgtgtgatctcttaatagtttagtttcacttctttggccaccattga
cacatcccatttgcaaatttagatttagttcttcgcctttgccttttctctcgagaattggctgttccttcatcgatctcctactttttggtcaagcctttggccaacttgccattcctcttcctcttttgggggcatcataaaaaatgtagctgcattttgtgtgatctattattagtttggtttcgccctttggccac
catagacatattcccttcgcaaatttagatctaggtcttctcctatgccttttcccttgagaatatgctctcccttcatcaatctcccacctgttggtcaagggtttggccaaattgccatttctccattgttgaacggtgaacccattacaaattggctcttggattgctacttggtgatctcactccatttggcattt
gttcaacgcaccacctttttcttttgttaccttacgttatgacttgacatcctagacctttttggacttcttggtaatctcccgtctcatttggtgttgtggattctctctccggtcctttctcacttcattacttaatgtcctttcatatttttccttttggcatcatttacttttctttccgattgccattaccatgt
tgatctggcaccttaacaatttacatttgcctatttattgcttgttggccaccacccacttatttgctgcttcacaatggtgggtttagcatcatacccatccaccttcataatgcttacatcaacccattcaccccttagaccctagtgattggtgtgcactctgcatctcttattgaggactacactcaagtccttcc
tacagataactctgtgtgtgagtgaaaatgaaaattgaggagcctatgggtgtaggggcattataggggcaatgtgcatccaggcaggcatgtaatgctaacggattgaattatgcagtcacataaattgaaagacgaaattgtacatttcctgtctccgcacagacatccatcacctactctgttacatggggaaatgc
cccgtccattccctatattcttgttggcaagcaatgtccctaaacggtgacaggcatgtctccaagtaccaagtatgtttattggtgtatctaatatggttaatgtttccatttgagctggtgatgatcagggattgaacctaattcggcttattaggtgtcaattttatcaccatggctcgggagttctgcatcggtgt
atgccctagatgcactaggtatgtctggccatcccctataccattcaatatttattgaatgtctggccatcccctttacttgtcgctgtctgttagaagttggtcgtcctatattaaatttcattttcattagtttttcctcttgatatctttcttagatgttatagcaaaatgattgggttgaaagttggtgcaagagt
tacctagtacctaagttgagtgttgcagatcttctagttcactactaggctgtttgtcaaatactgatatttgatgttatctgcatactgatgtgtattgtttgaggattttaggaatttcatgatatctcactggccaatgcttgcagtggattatggaatctctatttatgatgtgcacggctgtgagcctgttctta
gtggaaactatcgtgtgattttactgctgttatttataacattgtgcactcatgcaagcatatttcttgttaaaatagaattatacaatgtcattcattgtgctgaaagtgggtgcattagttatctggtacctagctaaattgaatgctgcagagtacttatggggctctttgtcaagtacatgataaaatgtgagttt
ttagtgcttcattagctatttttatttatattgctgaatcagctggaacttgatctgtgcaagATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGTTGGACATCAACATGTATGTATGTTTCCTTTTCCTGTCATTTGTTGACATGTTTC
TGCTCTATATGTCTACTTGTTATCAATTTTAGGATATGCAGAATATTTTGATTTATGTAGGGCTTCAAAAATCTTTGCAAGAAATGGAGATATGAGAAATTTCCATTATTTTCTTTATTTCTCTAATAAGTAAAGAGATATTGTCTTAACACTAATTGATGACAAACATTTTTGTCACCATGGACTTGCAGGAAATTGGA
TGGGTGTTTCAGATCAAAAAGAGAGATGAACTTGTTCCCGTAGAAGTATATATAGGAAATGATGATCAAGCAGACAGATTCTTTTCAAGCTCTATTTCAGGCCTTGTGGAGCAAGCTGAAACAAATATATTACCTGGTTGTTCTCATTTGTATTTGCTTCTCAATATCTTGATAGACCTCAGCTGCAAAATGCAGCTCGA
TGCAGGAATTTTGCAGTAAAATTGAAGGTAGCGTTATAACCTACATTGCTGATTTGGATAACTTGCTCCATGGTCATTGCTCACGACTAAATTGATCATTGCCAAGTATCCTGTCAGCTGTGTTCGAGTGAAGGTAGTGGACTCTCCTGAGATACTTTCTTATGGTGTAGTCTATTGAAAACAATTCAATTTTGAAGGGA
TTATCTGCATACTTGTGTGTTTTATTTGATAATATGTGAGGTCTCCGAATATCTTAAAGGGAAACAAGTTTTGACAGTTCTTGCTGCTGTCCGTTACTGGCTTTAGCTTAGTTTCATTCTAAATTTGAAATTATGATACTTTTAATTTTCTGTTGATTTTTTATATTTGATATATTCTGTTTACAGTTCATTGGATTGGC
CAAAATTTGATATTCATTCCACAATTCTTGTACCCTCTGTGAAGAGGGTTGGTTGTACCGAATGTTTGATCACAATTGTATGGTGTTTAGAACAGGGACCATGGGTGCAGGCATGGAGACCCACAAAATACCATCTACAAGAGAAGTTGGTGCATTATAGTAACATTTTGTTTGCCT

Intron 8 GTAAGAAATA ... TGTGAGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.65	64.5	3.2	23.1
A2	36.46	49.6	7.7	29.9
A3	20.1	62.9	8.8	16.2
A4	27.28	35.5	0.2	14.2
A5	35.41	23.8	0.5	13.5
A6	16.04	31.3	2.5	5.9
A7	23.06	76.2	2.3	24.8
A8	18.42	29.6	0.4	7.1
A9	20.12	40.8	0.5	11
A10	15.73	65.6	3.8	12.6

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTCA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGC
ATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGA
CATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGT
GTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAG
GATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGT
TATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTC
CATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACA
CCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAGTTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATAATCCATATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGA
GTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTTATCCAGAGCTGAAGCATGTGTT
TTTGGAAAGCAGAAGATGGATAGCTTTGAAAAATCTAAATTTAGAGCAGCACAAGTCACTTGGGTTAGTTCATAGTGACATTTGTGGTCCTATGGAAGCGAAATCACAGCTATCTACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAAGAAGACTGAAATCACAGCTATCCACATCATCACTTTCAGTAATGATTTTGCAAA
GAAGACTTTGCTTTGTTTCATGAAGATCAATTCTGCAGCACTTCATAAATTTAAGTCCTCAAGGCAAAGTTGAGAAGGCAAGTGACAAAAAGGTGAAGAGTTATGAGAGGGAAAACAGTTGAATATGTTTCAAGAGATTTTTAAAAGTTATGGAAGCACCAAGCCCCCCCAAAAAAGCTGACTGTTCCATTTATGCCTCA
GCAAAATGGGGTGCCTAAATGAAAAAATAGAACCATATGGTAATGATGGCTAGGAACATGTTTACTGAAGCAACCAACACCTCTGTTTACTGGTAACTGAATTAATCCAAGTATAGCAGTGTTGGAATTGTAGCATTTTTTTAAAAATTTGAAAAATTGTGGCATTTTTTTTGTTTATAAATTTTATTTAAAATGCATTT
TAAAAATAAAAAATTCTGTTTATAAATTATTAAACGATACTGCACAGTGCATACTACATAGC

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTCA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTgtaagaaataattattcttttattg
ctttaatgtgtttaccatggtcttggacaaggcatatggcatgttttaagtaatttttactctaattgtggattgccaatggatatgtgagacagGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTT
CTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGT
CATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTA
AAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTAT
GAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAAC
ACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTG
GTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAG
TTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATAATCCATATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTAT
GTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGGTATCTCCTTGTCAAAATGCAACAACAAAAGCATTGTGCTGAAAAATGGCACAAAAGTTGGCTAGTATCTAGTTGTGTAGAATGTTGGAGAAATTT
CATAAATGCTGTTTGGAGAAAGTTTACTTTGTAATTCTTTAGAAGCTTATTCTATTTATATTGCTGAATTAGATGGTACTTCAGCTTGTGCCATATCCCAACATCGAATCAAAATCTAGGCCCTGTACTGTACAATTGAATAAGCTAGTTGATAAGTCTGTCATTGGGCATTGAAGCTGTATATACATGAACATGTTATA
AACATGCTTACTTTTGCTGATATTCATTAACATGTTATTATTTTGCTTGTCTATTTGCCATTGTTGAAGACATGCAAGATGTTTTTACTTGTTTTTGGCTTTAAAAATAATATACAAAGGTTGAATGTACAATAATTGTTGTTATATTTGATGTTCTGCCATTATGCTATGCAGATATTGTTTCTTAGTGCATATTCACG
TGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTCACGTGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTGTCATTGATGATATGCAGAGGTGGTTTGATGGGTGCTTCGGATTCTAAAAGGCTGAACTTTCATAGACAGAAATCTATATATAGGAAGTGAAGATACAACAGGCAATGAAGTTTCTCATGCTCTAATAACCAAC
TAGGGTTTTGGGGAACAAGCTCTAGAAAATATATTGTCTAGTGGTTCTTATGTGTATTTGTATTCTTGTAGCAGTAGAGTTCCAACAGGGTTTGATTTAGATAACTTGCGAGAAAGTCATCAAGGTAATTTTTACATGTATTAGTTACCGTGGACAACTAGTTTAGTGCACTTTTATTACGAGTCAAATTTATGTTCTGA
TGCTCTTTGTTTGTCATCAAGGTTAAAGGATCTCGGTTTCTTGGATAGCTTTGTGCACAAACATCAAATAGGCTCCTTTAGTGATTTGCACAGTTGTCCATATTTGTTGCAATGACCCTTTGTTCCAAAAATTGGTTATATTTCACAAAAATCCCTTCAGCTTTCCATTTTGTTTTCCCTTGCAAACAATGTCCCATTTA
ATGCACAAGGCTTGTAGTGCGCCACACCATCTTTAGTGACATGAACTTGTGCCATGCATTATGACATTAATGTTAGGCTATCTTGTGTCACTTTTGTACAGGTGACATATCTGTAAGAGGTTGACTGCAACCTGGGAAAGCCATTTTGGGATTTTGGTATTTGATGTGAGCTACTTACAGAAAAGGTCTTGAAAGGCCTG
CCATGGTTCTATTGTCAAAGTGTTAGGTTATTAAAGTAATGGTTATTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGC

Intron 9 GTAATTCAAG ... TCTTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.5	33	7	7
A2	22.73	34	10	10
A3	19.23	21	7	3
A4	18.99	32	8	7
A5	18.52	22	8	2
A6	16.98	22	6	3
A7	12.64	38	9	2
A8	16.46	33	8	5
A9	11.86	52	7	7
A10	15.89	45	8	9

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoform

GCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGAAATACGGTTCC
TCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAGACATTGCTTCA
GCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCCTATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAAATGGAGGGAAA
GAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCACAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAAGTTTGAGCACC
GCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGTAAGAAATAATTATTCTTTTATTG
CTTTAATGTGTTTACCATGGTCTTGGACAAGGCATATGGCATGTTTTAAGTAATTTTTACTCTAATTGTGGATTGCCAATGGATATGTGAGACAGGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTT
CTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGT
CATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTA
AAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTAT
GAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAAC
ACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTG
GTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAG
TTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATAATCCATATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTAT
GTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTCATCCAGGTATCTCCTTGTCAAAATGCAACAACAAAAGCATTGTGCTGAAAAATGGCACAAAAGTTGGCTAGTATCTAGTTGTGTAGAATGTTGGAGAAATTT
CATAAATGCTGTTTGGAGAAAGTTTACTTTGTAATTCTTTAGAAGCTTATTCTATTTATATTGCTGAATTAGATGGTACTTCAGCTTGTGCCATATCCCAACATCGAATCAAAATCTAGGCCCTGTACTGTACAATTGAATAAGCTAGTTGATAAGTCTGTCATTGGGCATTGAAGCTGTATATACATGAACATGTTATA
AACATGCTTACTTTTGCTGATATTCATTAACATGTTATTATTTTGCTTGTCTATTTGCCATTGTTGAAGACATGCAAGATGTTTTTACTTGTTTTTGGCTTTAAAAATAATATACAAAGGTTGAATGTACAATAATTGTTGTTATATTTGATGTTCTGCCATTATGCTATGCAGATATTGTTTCTTAGTGCATATTCACG
TGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTCACGTGTTTGCTCAACTGTTCACAAACTAGTTTTTGTCATTGATGATATGCAGAGGTGGTTTGATGGGTGCTTCGGATTCTAAAAGGCTGAACTTTCATAGACAGAAATCTATATATAGGAAGTGAAGATACAACAGGCAATGAAGTTTCTCATGCTCTAATAACCAAC
TAGGGTTTTGGGGAACAAGCTCTAGAAAATATATTGTCTAGTGGTTCTTATGTGTATTTGTATTCTTGTAGCAGTAGAGTTCCAACAGGGTTTGATTTAGATAACTTGCGAGAAAGTCATCAAGGTAATTTTTACATGTATTAGTTACCGTGGACAACTAGTTTAGTGCACTTTTATTACGAGTCAAATTTATGTTCTGA
TGCTCTTTGTTTGTCATCAAGGTTAAAGGATCTCGGTTTCTTGGATAGCTTTGTGCACAAACATCAAATAGGCTCCTTTAGTGATTTGCACAGTTGTCCATATTTGTTGCAATGACCCTTTGTTCCAAAAATTGGTTATATTTCACAAAAATCCCTTCAGCTTTCCATTTTGTTTTCCCTTGCAAACAATGTCCCATTTA
ATGCACAAGGCTTGTAGTGCGCCACACCATCTTTAGTGACATGAACTTGTGCCATGCATTATGACATTAATGTTAGGCTATCTTGTGTCACTTTTGTACAGGTGACATATCTGTAAGAGGTTGACTGCAACCTGGGAAAGCCATTTTGGGATTTTGGTATTTGATGTGAGCTACTTACAGAAAAGGTCTTGAAAGGCCTG
CCATGGTTCTATTGTCAAAGTGTTAGGTTATTAAAGTAATGGTTATTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGCTCTACAGCCCAGAATGGGGGAGATGTTTGCAGTTTGCACCGAGGGTAGCGAGGTGC

>TRINITY_DN119085_c2_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGAGGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGATGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATATTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTAT
TTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGACCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTA
CCTTGGCAAGGTTACCAGgtaattcaagaatttcgtattttggtattcatgctttcaagataaggtcctcttttaggtacttgtaaggagtgtttctctctctctctttcttttgcagGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTT
TCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAA
GTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGGTAAAACAAAACCATTCCATACTGAATTGAA

Intron 10 GTTTGATTTA ... TTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.17	61.3	16	29.7
A2	25.64	58	27	13
A3	28.53	51	24	16.7
A4	38.7	43	33	21.3
A5	23.08	15	5	4
A6	23.15	97	28	30.4
A7	22.05	76	27	16
A8	16.79	86	22	12.7
A9	21.57	80	23	21
A10	13.54	52	8	8.3

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

ACGAGAGAGACGCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGA
AATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAG
ACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCATATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAA
ATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAA
GTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGA
TGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGA
CCAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCAC
CGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATT
GATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCT
CTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACCGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGA
GCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCT
ATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTG
TTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAG

>TRINITY_DN116362_c0_g1_i16 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACGAGAGAGACGCTCCCGACCTTGTACTTATTCCATCAAAGCCCCGGAGATCGTGAAAGACCTTCCCCTCAAGGTCACATGGTCCCTGAAATCGTTCAAGTGGGCGCAAACTCCAGTTCCTCACGGCCCGCGAGAATGAACGAGATATAAATTGATTTCCTTTTCATTTGTGATAGATTGGCATCGCTCTGAGATTTTGA
AATACGGTTCCTCAAGGTCACATTGACCTACAAATCATCCATTACCGGGCTACCTCGTGCCCTATAAAGATTGCAGAGGAGGTAAATTGGATTTGTTTATGCCGCCATTGAATTATTTTCATTGCATTGCATGGAATAAGCAAGCATGCCAGAGCTGCGGAGAGTAGTCCGTCGATTGAAACCAGTAGAGTGTTCGCGAG
ACATTGCTTTAGCCCCTGGTTCTGGAGAAGAACGGGGTCATATAAAGACAAAGGCTAAATTGAAAATTCGAGTGAAGCCTTGCTTAGATTTAAATATAGGAATAAACGGTGAAGAGGGTTTTAAATTAGGAGGAAATAAAGAAAAGGGTTTGAAATTGGGAGGAATTAAAGAAGAGGGTTTCGATCAGAACACTGGAAAA
ATGGAGGGAAAGAAGAAGCTATCAGGTGAGGATGAATCAGGCAGTGCTCCACTTCCCCAAAGGGTTCAGGTCAGTACTTCACCAGTTTACAAACTTGATAAAAAATTAGGTAATGGTGGATATGGTCAAGTTTATGTTGGGCGCAGATTATGTGGAAGCACAGATCGCTCAGGAGCAAATGCTTTGGAGGTTGCTTTAAA
GTTTGAGCACCGCAATAAAAGCTGTGTCAATGGTCCACCTTATGAGTGGGAAGTCTACAATATGCTTAGTGGAACTCATGGGTTGCCTCGAGTTCATTATAAGGGGCGACAGGGAGATTACTATATTCTGGTTATGGATATGTTGGGGCCTAGTCTTTGGGATGTTTGGAATAATGCTGGTCAAGTGATGTCGGCTCAGA
TGGTTGCGTGCATTGCAGTGGAGGCAATATCAATACTGGAAAAGCTGCACATTAAAGGATTTGTCCATGGAGATATTAAGCCAGAAAATTTCTTACTGGGACAGCCTGGTACCTCAGATGAGAAAAAACTATTTTTGGTGGATCTTGGTTTGGCTTCAAGATGGAAGGATGTATCGACTGGTAAGCACGTTGACTATGAC
CAGAGGCCGGACATATTCAGGGGAACTGTACGGTATGCAAGTGTCCATGCCCACCTAGGTAGAACAGGAAGTAGAAGAGATGACCTTGAGTCATTGGCATACACCTTGATATTCCTTCTTCGAGGCAGGCTACCTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACC
GGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCATCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTG
ATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCACCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTC
TGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGAAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCTCAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAG
CGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAGCTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTA
TTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAGTTTTCCCAGCACTCATGTAAAGgtttgatttatactatcaaattctattcagcaaagtcttgtaggctattataactgctggaaactaatctgctccttttttttcagG
AAAAATGGTCTAGGAATCTTTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAG
ATAGCTATCAACCTATTATTGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTTATCCAGGTATCTCCTTGTCAAAATGCAACAACAAAAGCATTGTGCTGAAAAATGGCACAAAAGTTGGCTAGTATCCTAGTTATGTAGAATGTTGGAGAAATTTCATAAATGCTGTTTGGAGAAAG
TTTACTTTGTAATTCTTTAGCAGCTTATTCTATTTATATTGCTGAATTAGATGGTACTTCAGCTGTGCCATATCCCAACATCGAATCAAAATCTAGGCCCTGTACTGTACAATTGAATAAGTTAGTTGACAAGTCTGTCATTGGGCATTGAAGCTGTATATACATGAACATGTTATAAACATGCTTACTTTTGCTGATAT
TCATTAACATGTTATTATTTTGCTTGTCTATTTGCC

Intron 11 GTATGTATGT ... GGACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.37	7.8	8.4	5
A2	24.22	12.2	2.8	5
A3	32.68	13.6	1.2	12
A4	55.56	4	6	4
A5	47.35	6	6.8	4
A6	21.28	33	3.8	14
A7	23.47	34.6	7.2	14
A8	19.95	61.4	12.6	18
A9	24.18	46.4	8.6	21
A10	19.23	21	1	9

>TRINITY_DN41635_c1_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

CTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCA
TCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCA
CCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCT
CAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAG
CTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCT
TTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTAT
TGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGTTGGACATCAACATGAAATTGGATGGGTGTTTCAGATCAAAAAGAGAGATGAACTTGTTCCCGTAGAAGTATA
TATAGGAAATGATGATCAAGCAGACAGATTCTTTTCAAGCTCTATTTCAGGCCTTGTGGAGCAAGCTGAAACAAATATATTACCTGGTTGTTCTCATTTGTATTTGCTTCTCAATATCTTGATAGACCTCAGCTGCAAAATGCAGCTCGATGCAGGAATTTTGCAGTAAAATTGAAGGTAGCGTTATAACCTACATTGCT
GATTTGGATAACTTGCTCCATGGTCATTGCTCACGACTAAATTGATCATTGCCAAGTATCCTGTCAGCTGTGTTCGAGTGAAGGTAGTGGACTCTCCTGAGATACTTTCTTATGGTGTAGTCTATTGAAAACAATTCAATTTTGAAGGGATTATCTGCATACTTGTGTGTTTTATTTGATAATATGTGAGGTCTCCGAAT
ATCTTAAAGGGAAACAAGTTTTGACAGTTCTTGCTGCTGTCCGTTACTGGCTTTAGCTTAGTTTCATTCTAAATTTGAAATTATGATACTTTTAATTTTCTGTTGATTTTTTATATTTGAT

>TRINITY_DN41635_c1_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTTGGCAAGGTTACCAGGGTGACACCAAAGGGTTTCTCGTTTGTAAAAGTAAGATGGCAACTTCACCGGAAGCAATGTGTTGCCTCTGCCCACCTCCTTTCAAAAAATTTCTTGAAGCAGTTGTCAATATGAAATTTGATGAAGAACCAAATTATCTAAAGCTTATAACTCTTTTTGATGGCATTCTGGGGTCAAATCCA
TCAATGAGGCCAATCAACACAGATGGAGCTCAGAAGGTTGGGCAGAAGCGTGGAAGAATTGTTATTGATGTGGATGAGGATGAACAACCTACAAAGAAAGTTCGACTTGGTGCACCAGCAACACAGTGGATTTCTATTTATGATGCTCGTCGGCCTATGAAGCAGAGATATCATTATAATGTTGTGGACTCTCGACTGCA
CCAACATGTTGAAAAGGGAATTGAAGATGGTTTGCATATAAGTTGTGTTGCATCAATGGAAGACCTCTGGACTGTTGTTATGGATGCAGGATCAAGTTTCACTGCTCAGGTTTACAAACTGTCAAATGCATTCTTGCATAAGGAATGGATAATGGAACACTGGGAAAAAAATTATTATATCACTGCCTTTAGTGGTGCCT
CAAATGGAAGCTCTTTTGTTGTTATGTCTAAAGGAACACTCTACACTCAACAATCTTACAAAGTGAGCGATTCTTTTCCATTTAAATGGATTAGTAGGAAATGGAAAGAGGGATTTTATGTGACATCAATGGCGACTGCTGGAAATCAATGGGGTGTGGTTATGTCACGGAATGCAGGTTTTTCAAATCAGGCTGTTGAG
CTTGATTTTCTCTATCCAAGTGAAGGTATTCATAGACGCTGGGATAGTGGCTATCGAATAACTTCTATTGCAGCAACACCTGATCAAGCTGCATTCATCCTGAGCAAGCCAAAGAGGAAATTGTCAAGTGAGATACAGGAAACACTTCGAACAACTAATTTTCCCAGCACTCATGTAAAGGAAAAATGGTCTAGGAATCT
TTACATTGCTTTGGTTTGTTATGGCCGCACTATCTCATGATCCACATTTTTATTATCAAAAAGTTGTTTATGTACAGAGTCAGACCCATTGAGGGCTGACCGGTTAAAACAGATGCAAATGTTTTGATAGAGGCGATTCGAAAAGTTGGAGGAATTATGTATTCTCTATTTCTTATGTGAGATAGCTATCAACCTATTAT
TGGTGGAGATATCTTATATTGTGACGGCTGCCCCTTCTTTATAAGGTTGTGCACTTATCCAGATATCCATGTTGAGACGAAAAACCAGGTCCTGTACAGTTGAATCAGTTGTGACAAATATATTATTGCATGCCATTTGAATTGTTGGACATCAACATgtatgtatgtttccttttcctgtcatttgttgacatgtttct
gctctatatgtctacttgttatcaattttaggatatgcagaatattttgatttatgtagggcttcaaaaatctttgcaagaaatggagatatgagaaatttccattattttctttatttctctaataagtaaagagatattgtcttaacactaattgatgacaaacatttttgtcaccatggacttgcagGAAATTGGAT
GGGTGTTTCAGATCAAAAAGAGAGATGAACTTGTTCCCGTAGAAGTATATATAGGAAATGATGATCAAGCAGACAGATTCTTTTCAAGCTCTATTTCAGGCCTTGTGGAGCAAGCTGAAACAAATATATTACCTGGTTGTTCTCATTTGTATTTGCTTCTCAATATCTTGATAGACCTCAGCTGCAAAATGCAGCTCGAT
GCAGGAATTTTGCAGTAAAATTGAAGGTAGCGTTATAACCTACATTGCTGATTTGGATAACTTGCTCCATGGTCATTGCTCACGACTAAATTGATCATTGCCAAGTATCCTGTCAGCTGTGTTCGAGTGAAGGTAGTGGACTCTCCTGAGATACTTTCTTATGGTGTAGTCTATTGAAAACAATTCAATTTTGAAGGGAT
TATCTGCATACTTGTGTGTTTTATTTGATAATATGTGAGGTCTCCGAATATCTTAAAGGGAAACAAGTTTTGACAGTTCTTGCTGCTGTCCGTTACTGGCTTTAGCTTAGTTTCATTCTAAATTTGAAATTATGATACTTTTAATTTTCTGTTGATTTTTTATATTTGAT