sp|Q9ZR40|U2A2B_NICPL ----> Splicing factor U2af large subunit B

Intron 1 GTATGTTTCA ... AATGTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	23.29	252	79	74
A2	23.34	271	67	98
A3	21.75	295	91	73
A4	22.38	215	62	62
A5	24.66	84	36	19
A6	21.52	673	219	150
A7	21.27	968	291	232
A8	22.35	861.5	235	261
A9	20.84	898.5	257	216
A10	20.61	732	213	167

>TRINITY_DN41440_c1_g4_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

AGGAGGAAATACTGCTGGGCCAGGTGATGCTGTTGTTAATGTCTATATTAATCATGAAAAGAAGTTTGCATTTGTGGAGATGCGCACGGTTGAAGAGGCCAGCAATGCAATGGCTCTTGATGGTATCATGTTTGAGGGGGTTTCTGTGAGAGTAAGGAGACCAAGTGATTACAATCCGTCATTGGCAGCAGCACTTGGCC
CAAGCCAGCCCAGTCCCCACCTTAATTTAGCTGCTGTTGGTCTCACACCAGGTGCTGTTGGAGGAGCCGAGGGACCTGATCGAATATTTGTTGGTGGCTTACCATATTACTTCACAGAAGCACAGATAAGAGAACTGCTTGAATCCTTTGGGCCTCTTCGTGGATTTGATCTTGTTAAAGATAGAGATACAGGTAATTCG
AAGGGCTATGGCTTTTGCGTTTATCAGGATCCAGCTGTGACAGATATTGCATGTGCTGCCCTTAATGGGCTTAAAATGGGGGATAAGACTTTGACTGTACGTCGAGCTACTGCCAGTGGTCAGCCAAAACCAGACCAGGAGAATGTCTTAGCACAAGCCCAACAACATATAGCATTACAGAAGCTTGCACTGCAAGTTGG
ATCTGGTGTAACTGGTTTGTTTACTAGTGTTCTTGGCCCAACAGAAACAGCTACAAAAGTTGTTTCCTTGACACAGGTTGTGTCACCAGATGAGCTGAGAGATGATGAAGAGTACGAAGAAATACTAGAAGACATGAGAGAAGAATGTGGAAAATATGGATCAATAGTAAATCTTGTTATTCCACGTCCTGATCCAAGTG
GAGAATTACGTCCTGGGGTTGGAAAGGTGTTTGTGGAATTTTCAGATACTGATAGTTCAGGCAAGGCAAAAGCTGCACTGCATGGAAGGAAGTTCGGTGGAAATACTGTTGTTGCAGTATATTACCCGGAAGACAAATTCTCTTTGGGTGAATATGATTGAAGAGAAGGAAACACTCATATTTGTTGGATATTAATTAAT
TTAACAGCACATTTTCGGCCTGTTACCCTTCTTTCTGTATATTATGGATTTGCTTAATGATGATGAGATGATTAAGAGCAGTTTTGTATATTAACGCTTTCATGTTTGACAGAATATTTTATGCTTCACTTATTGCATGCAATATTTTATCTTGTAGTATCCTGTATAAGACAAAAATTAGGTTTTTTGGATACATACCG
ATGGTTTGGATTATTTCATATCCAATAATCATTCTTCTCAAATTTGTGGAAGCTATGTTCTTTTTCAGGAAATGAAAGTCGTCGAT

>TRINITY_DN41440_c1_g4_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGGAGGAAATACTGCTGGGCCAGGTGATGCTGTTGTTAATGTCTATATTAATCATGAAAAGAAGTTTGCATTTGTGGAGATGCGCACGGTTGAAGAGGCCAGCAATGCAATGGCTCTTGATGGTATCATGTTTGAGGGGGTTTCTGTGAGAGTAAGGAGACCAAGTGATTACAATCCGTCATTGGCAGCAGCACTTGGCC
CAAGCCAGCCCAGTCCCCACCTTAATTTAGCTGCTGTTGGTCTCACACCAGGTGCTGTTGGAGGAGCCGAGGGACCTGATCGAATATTTGTTGGTGGCTTACCATATTACTTCACAGAAGCACAGATAAGAGAACTGCTTGAATCCTTTGGGCCTCTTCGTGGATTTGATCTTGTTAAAGATAGAGATACAGGTAATTCG
AAGGGCTATGGCTTTTGCGTTTATCAGgtatgtttcatctgtgtgctgatattttgtacatgaataactagtctgttttagaattctattttaatgatccccaaggcatcgttttaacttcctgttatgttcaagatgcaagctaattgcatttgtcaatgttatagGATCCAGCTGTGACAGATATTGCATGTGCTGCC
CTTAATGGGCTTAAAATGGGGGATAAGACTTTGACTGTACGTCGAGCTACTGCCAGTGGTCAGCCAAAACCAGACCAGGAGAATGTCTTAGCACAAGCCCAACAACATATAGCATTACAGAAGCTTGCACTGCAAGTTGGATCTGGTGTAACTGGTTTGTTTACTAGTGTTCTTGGCCCAACAGAAACAGCTACAAAAGT
TGTTTCCTTGACACAGGTTGTGTCACCAGATGAGCTGAGAGATGATGAAGAGTACGAAGAAATACTAGAAGACATGAGAGAAGAATGTGGAAAATATGGATCAATAGTAAATCTTGTTATTCCACGTCCTGATCCAAGTGGAGAATTACGTCCTGGGGTTGGAAAGGTGTTTGTGGAATTTTCAGATACTGATAGTTCAG
GCAAGGCAAAAGCTGCACTGCATGGAAGGAAGTTCGGTGGAAATACTGTTGTTGCAGTATATTACCCGGAAGACAAATTCTCTTTGGGTGAATATGATTGAAGAGAAGGAAACACTCATATTTGTTGGATATTAATTAATTTAACAGCACATTTTCGGCCTGTTACCCTTCTTTCTGTATATTATGGATTTGCTTAATGA
TGATGAGATGATTAAGAGCAGTTTTGTATATTAACGCTTTCATGTTTGACAGAATATTTTATGCTTCACTTATTGCATGCAATATTTTATCTTGTAGTATCCTGTATAAGACAAAAATTAGGTTTTTTGGATACATACCGATGGTTTGGATTATTTCATATCCAATAATCATTCTTCTCAAATTTGTGGAAGCTATGTTC
TTTTTCAGGAAATGAAAGTCGTCGAT

Intron 2 GTATGCATAT ... TCTGTTCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	8.69	262.3	25.1	8
A2	6.07	186.7	13.3	1
A3	6.53	204.3	15.6	3
A4	6.54	143.7	12.4	0
A5	4.35	55.9	3	0
A6	3.3	951.4	36.1	4
A7	3.33	952.4	36.6	5
A8	3.42	1482.7	57.1	4
A9	4.54	1047.1	54	8
A10	4.53	667	36.7	1

>TRINITY_DN123850_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

ATTACATAGTTCGTGCTACTAAATGCACATGTTATAGATACTCTCATGTGACTAAGATTTGCATTGATGCTTAGTAACCCTCGTCATTATGATTGAACCAGTTAGATATTCTTGTTATTATTTTCCAGGTTGTGTCACCAGATGAGCTGAGAGATGATGAAGAGTACGAAGAAATACTAGAAGACATGAGAGAAGAATGT
GGAAAATATGGATCAATAGTAAATCTTGTTATTCCACGTCCTGATCCAAGTGGAGAATTACGTCCCGGGGTTGGAAAGGTGTTTGTGGAATTTTCAGATACTGATAGTTCAGGCAAGGCAAAAGCTGCACTGCATGGAAGGAAGTTCGGTGGAAATACTGTTGTTGCAGTATATTACCCGGAAGACAAATTCTCTTTGGG
TGAATATGATTGAAGAGAAGGAAACACTCATATTTGTTGGATATTAATTAATTTAACAGCACATTTTCGGCCTGTTACCCTTCTTTCTGTATATTATGGATTTGCTTAATGATGATGAGATGATTAAGAGCAGTTTTGTATATTAACGCTTTCATGTTTGACAGAATATTTTATGCTTCACTTATTGCATGCAATATTTT
ATCTTGTAGTATCCTGC

>TRINITY_DN123850_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATTACATAGTTCGTGCTACTAAATGCACATGTTATAGATACTCTCATGTGACTAAGATTTGCATTGATGCTTAGTAACCCTCGTCATTATGATTGAACCAGTTAGATATTCTTGTTATTATTTTCCAGGTTGTGTCACCAGATGAGCTGAGAGATGATGAAGAGTACGAAGAAATACTAGAAGACATGAGAGAAGAATGT
GGAAAATATGgtatgcatatgttaatgtcatgtctgaaactatataagttataatttgagaagaaaatactgaatcctattgttatctgttccagGATCAATAGTAAATCTTGTTATTCCACGTCCTGATCCAAGTGGAGAATTACGTCCTGGGGTTGGAAAGGTTAGTGTGTACATTATGTTTTCGTATATAGCATCTA
TTTCCTTGAATTTTGTACATTCTTAAATGTAACAACCACAGGATTAATACGATATATCACTAGACACAATCTTTTGCTTTATCCATTTAGTTTGCCTTGTTCTTTTGCAGGTGTTTGTGGAATTTTCAGATACTGATAGTTCAGGCAAGGCAAAAGCTGCACTGCATGGAAGGAAGTTCGGTGGAAATACTGTTGTTGCA
GTATATTACCCGGAAGACAAATTCTCTTTGGGTGAATATGATTGAAGAGAAGGAAACACTCATATTTGTTGGATATTAATTAATTTAACAGCACATTTTCGGCCTGTTACCCTTCTTTCTGTATATTATGGATTTGCTTAATGATGATGAGATGATTAAGAGCAGTTTTGTATATTAACGCTTTCATGTTTGACAGAATA
TTTTATGCTTCACTTATTGCATGCAATATTTTATCTTGTAGTATCCTGC