sp|Q8L866|CUAOZ_ARATH ----> Amine oxidase [copper-containing] zeta, peroxisomal
Intron 1 GTTGTATTAA ... TTGTTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.71 | 140 | 39 | 48 |
| A2 | 20.33 | 147 | 29 | 46 |
| A3 | 18.85 | 170 | 27 | 52 |
| A4 | 22 | 117 | 32 | 34 |
| A5 | 22.78 | 61 | 14 | 22 |
| A6 | 20.53 | 120 | 28 | 34 |
| A7 | 17.56 | 169 | 39 | 33 |
| A8 | 17.2 | 77 | 15 | 17 |
| A9 | 20.79 | 141 | 32 | 42 |
| A10 | 20.45 | 212 | 57 | 52 |
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i1 from sample A4 / Example spliced isoformCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAG
ATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCA
CTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAA
TGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATG
ATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTAT
TGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTG
AGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGTATTGTCTCTCTATTTATATTCTGTCCTTTTCAGTCCTTTGCTGACAAA
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i12 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAG
ATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCA
CTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAA
TGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATG
ATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGgttgtattaaatctcttactgga
atgcttttggccaatttagagatttgtctgtacatttgtggaatgcaaaattcagatcatcataaataggtctctttgagatattagatgtatctattgattactgtattgtttttagATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTT
TCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTT
ATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATT
CTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGC
CACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGG
GATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCT
GTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGT
ATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAA
TCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
Intron 2 GTATGAGTTC ... TTGCATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.22 | 112 | 12 | 52 |
| A2 | 20.27 | 116 | 29 | 30 |
| A3 | 18.72 | 89 | 11 | 30 |
| A4 | 21.05 | 90 | 21 | 27 |
| A5 | 20.27 | 59 | 11 | 19 |
| A6 | 18.18 | 1724 | 264 | 502 |
| A7 | 18.08 | 1167 | 195 | 320 |
| A8 | 19.4 | 1770 | 318 | 534 |
| A9 | 18.97 | 1085 | 208 | 300 |
| A10 | 17.53 | 694 | 122 | 173 |
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i7 from sample A9 / Example spliced isoformTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCG
CACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGG
CGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGT
CCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTG
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TCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGG
ATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCA
ATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGG
ACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGA
AAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACA
GGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCT
ATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATC
CATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCAGGGTCTGAAGCTAAGTTTCTTAGGCGAGCTGCCTTTTTACTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAG
TTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTG
TTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCAGTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAGTGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGAATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAG
CTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGGAATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTTAGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAAT
TCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTCATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGTCATGACTTTGTGCGACTGAACTTGTTAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCC
CGAAATTAATTTAG
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i8 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCG
CACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGG
CGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGT
CCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTG
CGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCT
TCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGG
ATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCA
ATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGG
ACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGA
AAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACA
GGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCT
ATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATC
CATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCAGGGTCTGAAGCTAAGTTTCTTAGGCGAGCTGCCTTTTTACTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAG
TTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTG
TTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCAGTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGgtatgagttctgtgtttttttcatttttccttgactctcttattccaagacactatttagtccaattcaaagcgttctctactctatttaattttttgcatggttttctat
agttttattttttctccactatactttcattatttgtgagaaatttccgttgtgtatgttccattattccattccagggtatttatatattttgcaaattttcaatgtaagtaaacgggaatgtttcattgtttttgcatgcagCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAGTGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGA
ATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAGCTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGGAATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTTAGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGT
TTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTCATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGTCATGACTTTGTGCGACTGAACTTGT
TAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCCCGAAATTAATTTAG
Intron 3 GTATTGTCTC ... TGTGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.08 | 157 | 33 | 56 |
| A2 | 21.77 | 106 | 36 | 23 |
| A3 | 18.99 | 145 | 29 | 39 |
| A4 | 17.1 | 143 | 20 | 39 |
| A5 | 17.42 | 64 | 17 | 10 |
| A6 | 19.19 | 139 | 21 | 45 |
| A7 | 15.73 | 217 | 28 | 53 |
| A8 | 21.7 | 83 | 14 | 32 |
| A9 | 17.14 | 174 | 27 | 45 |
| A10 | 16.17 | 184 | 22 | 49 |
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTATATCTAGATAGAATCTTTATTGTGTGCATTTATTACATCTTGGATTATGCAGTATGGAATTTATCTTTTCTATCTGCTTACATTTTCATGTTGGTTTTGTGACTAAACTTTTTCAAAGCAAACTTACGTGTATTTTTAATTGATAGTTGTTTGGTAAAGATGCTGCTAGTCTTCAGTATTTACTAAAATGATTTGAAA
TTGATTGCGACCCCCACAAAAAAGAAATTAGAGGAAGCCCATTAAATAGGTTTATATAGTCTGGGCACACTTTTCTTATCAGATTCCCACCTCTCAGCAAAATTGAGAATTCAGTTAAATATTTATATGTATTATGACTTTTGTGACTTGAAATTAGCCAAGATGAGTATCTGAAATCCATAAAGAACTGCTTATGTATT
CATTTGCATGTATTAATAGGGGACAAACTTTTCATAATATAATTTGGAATTGTCATCAGTAGTCTTTTGCATGCTGTGGTGCAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATG
CGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGT
CTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGG
TGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATT
CCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGT
TGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATG
CACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAG
GATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAA
TGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGG
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGA
GCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGAT
TTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGC
TAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTT
TCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTT
ATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGgtattgtctctctatttatattctgtccttttcagtcctttgctgacaaatgatgtttactctttaaatatagaattaagtttgttaatgtataatcttgactttgagtcataattattattatatgaatctgaatctgtagttatatatttaggtgtgacagaaatgtcacatct
atttctccatttcactatcaatggatcttgcactcattgtgttgtctggagttaatgaaatatgtgatcccaatattacactgttatttctaagatggtaactgagtcagacagttacgactccccaaccccactattcatgatgtttgtgaagtaagcatcaacagcaatttgggatgatggtcaattgtcttttatga
gttttgtgcttggagtaaatgctcacaaaatattgggacaaacaatgaacaaattggtgcatcttcacttccaccgttgccattgttgattcacattgacagagatgcatccatttcctgttatgaaacctattttggtagggaacccactgttttgagaccaaagctgttatgggctgaagaactgcagtaactgtggg
ctaatagcaggtttagtataataaaatcatagaaaatcatcagaagatatgccagattggtgaacataagtaaataatctattctgtaactgaaagttctatagcaacaacccagaattctgctatgatactttataactgaaatcagagaaacctagaactagaactacatctgaaacctggaaacttaacaaaaccaa
aatctgaaaccaacaaggcactaactacagtaatatcttcaatagatttatgagtactgacactaaacagatgaacaatagtaacagcagttaaatatactggagatttcggtctgaacttaatatagattttcaagaaaagaagtaaatcttggcaggaaaattttctagctgaacttcatataacctagaaaatacgt
acgttgaatataaactctcttgagaaggcatgggcccaaactcagttgcaagccaagagagtttgtgctgctccaggcccaaacagtctcttccagagtccagactatctgcagtaacatgctttaaaaggcccctactcaaatgcatacgagctatgtgagacttacaagttgaagttgacagaaaggtttttaattct
gacagctaattaaatatggttgtatgttaaattattgttaacttcaagtcagtccaaccacctttgaaagttttccactgggttgcttacctcttattttgtgtacatttgatgttgcggtttgtggacatctcatgggcagtttacttggtctcttgatcttggggatgacctctgaagcttgattataccttctctcc
tttctaattgataagatcagtcaaagcttgaagacacataggtgacaagattagtgaaagcttaaagacacaagggattgtgtgttagatgaagagtacatttccatattcaggagcaagaatctcctaaagatgtacaggaaactcttgagaagatattttccaaacctgacaaggatcaagttgttcatttgaaatcc
aattgattgctttgtttcaggatattattgctcagttgtttaacactaatataaaaattcacaagagtacaaatataataccaaattctttgacaagtatcaaaatttgaacaatgatcatgatattttgcatcaacgattagttgaaaaggacaagtccatcaaaaatttgtgcgacctcaataatcttttatacaaaa
tataagtggattaaaaaatggaggatgaagatgtaccgtcaatgtgcaaaaggagactgaatccatttttgatgctacttgttgtcctgcagactgcattgttggctactcatgagctatatcttctattgacttgggaagaatactaaatgtattggtttcaagtgctccatcaaatggtttatacaggcaattgactt
gagatgcatgcattgggcattgttacttccactgagtttgagatgagactaataagagcaattcttggatatattgagactaaattgttggatgtaagtcttcttgtttcatctacaatggatccccaataaccaaactatccatcacctactcctataatggatccacaagaaccaaatcctgcatcttctgatcaaca
gataccaaggacttcaccatccacatccaagccatattgacaccctaatcatagtgataagagacattattgctcttgagtcttcacctttgtattgccatccttattgtcacagttccttctacaaatcgatactaagtgtagttcccagaactttggatcggtacccactatcaggatcaattgtggttggattgatg
attcatcatggtgatgtttgagctttttcttgaagatatcctgttgacaacctttctaatgattgttcagctgttgtagcagtgtctttttgtcatctttttgatggcatcccttccttgttgcatggtggaagttgcttttatgatagccatcttttcacatgtggtatttggagcattttaacccatttgtgtgtgga
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ttgaagaggcttctgtgaacatttctttggagcccacgattctgaagatggactctccattccaactcttgtttacttggccttggagcattgttataccgaggaccatatttttgacctattctcaaatctttaacagaagcccaaattatcagattttgtatactacttgggatgaaggaagtagtcatgaagttggg
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ccaacagtttagggttttctgtgagattattgttcggaaatatatataatatatatattaacatatatttgggtgtgatgtaaagttcatgtccctttctctatttcattttataacaggttttgcagtttgcaccctttttatttgaatatactgtctaatggaatatttctgtgagctgtgtggaattaaaaaaatat
gtgatcctaatttacacctaattcgaatatagttcagaactaatctgtggccattactgtatttactttgatgcttaatttcaacatttgaggtatctttcttcatgacggattttgccttattattaacaggctgaaagttacgttatgatgcactttactattttgacatagtgtataatggttacattgattgaaat
atattatgcatgttgcattttaccttttaatgtttgtgaactgccagattctagttccaggttggcgtccttggactaggacggtatgcattgtttctaaactttctccttttgatacagtttgtttgcttttcatttatgtgtcctttgaccaattaaaatagagtacatttctaaatagtgaccactttgatattgat
ctattgttttgcctctaggctctgcgaatgaaggatatagtgggtgggatgctttattcattagattgtcaatatggatgtgcttccaaaagtattatctctcttttggagagcacaaaataatgatgttttggatgaaattccatattcattgaactatattggaattgctcagatatgtatcagcagggattattttg
cttaaatgaacatcctgttggatgtttcttttccaattccctcaaatttcagtgtagaggcctttggtgacattttaaattttgtttcttcagagcagtaatatgacacatgttttacccagtgcatataccatacaaagcttatgtgaccacaacaaattgcgggcaattgatttagctatgctttttgttaaatcaat
tctacatttaactttcttgtcatgtctcttcaatcgctacatggtggcctcagtgaatggcatgcgatggaaactgtgttggtaaattattcgtcctattttctcattggaaataatccagtggaaggatcttgaagtttcatgatgtgtttcatgacgtgtttacgaaaactagataagaaagagctcactatttgcaa
tcatttagtggatacacaactgtcaatggtttagtagcaggtggatactagctccgttagcgtgtgatatttatcaattagtgttaacttccctcctctactagaaaatgtttcgtgttattgctaacagaataatctattgattgcatccttttctatatgaatataagcaggaattcatatcaactctgaagtgggct
tccgcacaccatagagattgagtgtaagctctcctatgatttgtatatttttcttcttattctctttatggttgcttcctttatcttgacactaacgagatttaggagcatttctgatgtggacttctttgttatattttctctacaattttcattttaatgttttgcctctttctgtactacttgttttattctcacat
gttttttgacacctctctgtcagtaagggttattgaatttggaatgtccttctatttctgtcttccaaatcccccttttaattgtataatttaactttgaaaagtacaacttcttaaccagggattaataatataaaatactactgggaggacattgtgataaatcgtggaagtctattatttttttcctaatgattttt
ttacctgctattatctatcttatattttttagcatctggaacttctatttaacctctcatgtgtgcattttgtttgaatctttataaatattacgtctccgttctgtcttgtgtttgatctgtccctaattttcttatttaatttgtataagaaatgtctctcagtcgctttttaacattcaagggcatattgcatatga
aggatttatggttgtagttaactagtgtttcacttcgaaaagagtcatatttttgaagtctcctgtctactgttgtggtacagGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGT
GTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCC
CCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCA
GAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACT
GGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGA
AATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTG
GATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGG
Intron 4 GTAAAATGTC ... GTATTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.33 | 12 | 6 | 6 |
| A2 | 8.11 | 17 | 1 | 2 |
| A3 | 29.41 | 18 | 12 | 3 |
| A4 | 7.46 | 31 | 3 | 2 |
| A5 | 23.08 | 5 | 0 | 3 |
| A6 | 1.64 | 30 | 1 | 0 |
| A7 | 13.95 | 37 | 11 | 1 |
| A8 | 9.09 | 25 | 3 | 2 |
| A9 | 4.88 | 39 | 4 | 0 |
| A10 | 2.44 | 40 | 1 | 1 |
>TRINITY_DN43800_c3_g1_i1 from sample A7 / Example spliced isoformGTACAAAATGCAATGGAGCATCCTGCTTGTGAATTTGTTGTCAAAGATTATCCCGCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTAGAAGAAGATGCTCCTTTACACCTAACAGTGGCTATCCAATTGAAAATGGATATGCTTTTCCA
TTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTA
CCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGG
ATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCT
AGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTT
CTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATCATATTCA
>TRINITY_DN43800_c3_g1_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:GTACAAAATGCAATGGAGCATCCTGCTTGTGAATTTGTTGTCAAAGATTATCCCGCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGACATGGCTCTGGTGATGGTTGACCCATGgtaaaatgtccaacttcttatcttctttgtttaatctattttttatgatacaaatttgaccatgattattaggagggatgt
agttgttgtcagttcaattcaaaaaacttatttcaaatggcataagtgtattttcagGTGTGTTGGTTATTATCTAGAAGAAGATGCTCCTTTACACCTAACAGTGGCTATCCAATTGAAAATGGATATGCTTTTCCATTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCA
AAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGA
TCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAA
TACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCA
TTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTG
TGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATCATATTCA
Intron 5 GTAAGCTCTC ... TGTGGTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.73 | 41 | 7 | 56 |
| A2 | 54.76 | 19 | 4 | 23 |
| A3 | 51.32 | 37 | 4 | 39 |
| A4 | 50.65 | 38 | 4 | 39 |
| A5 | 50 | 10 | 7 | 10 |
| A6 | 55.56 | 36 | 0 | 45 |
| A7 | 53 | 47 | 1 | 53 |
| A8 | 52.46 | 29 | 2 | 32 |
| A9 | 48.91 | 47 | 0 | 45 |
| A10 | 51.04 | 47 | 6 | 49 |
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTTGAAGATGTTCAGCCACCTATGATTCTAGTTCCAGGTTGGCGTCCTTGGACTAGGACGGAATTCATATCAACTCTGAAGTGGGCTTCCGCACACCATAGAGATTGAGTGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGG
ATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAG
CTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTA
TTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACT
TTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTT
TACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGA
GGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:TTTTGTGTTGTTGCTAACAGAATAATCCGTTGATTGCATCCTTTTCTATATGAATATAAGCAGGAATTCATATCAACTCTGAAGTGGGCTTCCGCACACCATAGAGATTGAGTgtaagctctcctatgatttgtatatttttcttcttattctctttatggttgcttcctttatcttgacactaacgagatttaggagca
tttctgatgtggacttctttgttatattttttctacaattttcattttaatgttttgcctctttctgtactacttgttttattctcacatgttttttgacacctctctgtcagtaagggttattgaatttggaatgtccttctatttctgtcttccaaatcccccttttaattgtataatttaactttgaaaagtacaac
ttcttaaccagggattaataatataaaatactactgggaggacattgtgataaatcgtggaagtctattatttttttcctaatgatttttttacctgctattatctatcttatattttttagcatctggaacttctatttaacctctcatgtgtgcattttgtttgaatctttataaatattacgtctccgttctgtctt
gtgtttgatctgtccctaattttcttatttaatttgtataagaaaagtttttgagtagctttttagcattcaagggcatattgcatatgaaggatttatggttgtagttaactagtgtttcacttcgaaaagagtcatatttttgaagtctcctgtctactgttgtggtacagGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAA
TCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGT
TGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACC
ATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGAT
GGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAG
GCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCT
TTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
Intron 6 GTATCATGTT ... GTGATATTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.24 | 304 | 63 | 101 |
| A2 | 22.91 | 175 | 45 | 59 |
| A3 | 21.06 | 253 | 28 | 107 |
| A4 | 20.94 | 202 | 37 | 70 |
| A5 | 18.44 | 115 | 20 | 32 |
| A6 | 18.91 | 581 | 89 | 182 |
| A7 | 19.91 | 676 | 87 | 249 |
| A8 | 22.87 | 489 | 88 | 202 |
| A9 | 19.16 | 580 | 87 | 188 |
| A10 | 20.48 | 627 | 67 | 256 |
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTATATCTAGATAGAATCTTTATTGTGTGCATTTATTACATCTTGGATTATGCAGTATGGAATTTATCTTTTCTATCTGCTTACATTTTCATGTTGGTTTTGTGACTAAACTTTTTCAAAGCAAACTTACGTGTATTTTTAATTGATAGTTGTTTGGTAAAGATGCTGCTAGTCTTCAGTATTTACTAAAATGATTTGAAA
TTGATTGCGACCCCCACAAAAAAGAAATTAGAGGAAGCCCATTAAATAGGTTTATATAGTCTGGGCACACTTTTCTTATCAGATTCCCACCTCTCAGCAAAATTGAGAATTCAGTTAAATATTTATATGTATTATGACTTTTGTGACTTGAAATTAGCCAAGATGAGTATCTGAAATCCATAAAGAACTGCTTATGTATT
CATTTGCATGTATTAATAGGGGACAAACTTTTCATAATATAATTTGGAATTGTCATCAGTAGTCTTTTGCATGCTGTGGTGCAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATG
CGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGT
CTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGG
TGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATT
CCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGT
TGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATG
CACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAG
GATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAA
TGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGG
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGA
GCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGAT
TTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGC
TAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTT
TCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTT
ATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATT
CTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGC
CACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGG
GATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGgtatcatgttatacccagtatcattatgtttgcctttatttgattgaactatgtagtgggtatttatgcatgtgtgcacacacatttagctgatgatgatgtttaccatccattca
gactaactttggtgtatcagacctataaacttaacttaactagtttgatttatcaaattgtttatatgattgaataacttgaatgaaagttctgatttttatgagttagtaagctgtagaattcagtctatattataaatgtttttaaaatgaggtctaaggccaggcagtccaagagagtgcttttataatgtatatat
atagccttttgtttatgtcatgtcaatagtagcattagagttcatttgtgtatttattttcacgaattctggaaggatctgaaaagtcagcattgttggtgatattagGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTT
GCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTC
TACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCT
GAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGG
Intron 7 GTATGAAAAA ... GTGTACTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 58.88 | 88 | 32 | 126 |
| A2 | 62.35 | 64 | 26 | 106 |
| A3 | 59.33 | 109 | 46 | 159 |
| A4 | 65.87 | 57 | 37 | 110 |
| A5 | 58.23 | 66 | 42 | 92 |
| A6 | 70.51 | 46 | 20 | 110 |
| A7 | 58.42 | 116 | 47 | 163 |
| A8 | 57.63 | 25 | 10 | 34 |
| A9 | 51.95 | 123 | 56 | 133 |
| A10 | 59.54 | 123 | 63 | 181 |
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i18 from sample A1 / Example spliced isoformATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAG
AGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGA
TCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAG
CAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAA
CGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGG
AATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGT
TTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAG
GGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGG
CTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTT
TCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTG
AACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCT
AGTGCCAGG
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGgtatgaaaaacaacacgattggattccattcccgcggctattttatcgttctgttctctgtcagtcttttcattcgtgtcttgcatgcacagcccgatctggaaaaaggcaaacgctgaacaaagaaaagagaaacgaagaaaaaacaaatcttgtcttgctgtttatgaaaaaagacctct
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GACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCT
AAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTA
Intron 8 GTATACTCTC ... TCATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 81.58 | 21 | 106 | 80 |
| A2 | 85.65 | 15 | 112 | 67 |
| A3 | 72.97 | 30 | 92 | 70 |
| A4 | 81.4 | 16 | 62 | 78 |
| A5 | 83.16 | 8 | 62 | 17 |
| A6 | 65.22 | 8 | 20 | 10 |
| A7 | 56.52 | 20 | 25 | 27 |
| A8 | 64.91 | 20 | 46 | 28 |
| A9 | 66.04 | 9 | 15 | 20 |
| A10 | 70 | 9 | 27 | 15 |
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTAGAGTGCTGAGGTAGAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTT
TTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTG
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTATTCCATCTTCTCTTCCTTTTGAAGTAGCATTCTTTTTTTATTGCACTGTGAATTTTGCTGCAAAGTTTGAAAGACTATTATTCCTATGAAAAAAATGTAGTTGTGTACAATGCATTTAGGTTTTGTAATGTTACTATTCTGTTCCTGGGTGTTATATTCCTATTTTTTCTCATTCTTTTGAAGTTGCAATTGGTTTT
CAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGgtatactctctttgcattgaattaagtatgactctattaatggacagtgtggtatttatttatggtattcagtattcacttcacacaaattacagtgcggtctcttcaataatatttaattgtctga
aaccttctgtaagagttttttgagtttgttttgacttgacaattaatcaatttggagaaattgtttaccaagaagttggacggtgaattgttttattcaactttatgaaatttcttaattcgtttaaattttaattgtaggctgtggaggtaaatgtcaaagttgaagaacccggatccaataatatttataataatgca
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tttaatatctcttttgctgcaattactgttgtagaaaattcactgatttactgtttttgtagtaatgccaataattactcaatttgttttcttggagtaagtgaagatgaattaattatgtattttctcacctcctataggaatgctataaatttttcttgatgctgagaattgttttgcggttgaaataattattcttt
gaacttatattttcatgtgaaaattatgattactgttgatgacctgtctcatgcaaactctctctgttgaagcttaattacgaacacttcctcaatgccatcttgttagctctatgattgaattttattttttagtctagtctttatgctttgtactgtgtggacagatgtgatattgacctctgttaacaaggaattag
gataatggaggactacattttacatttttttgaagagttggtcctatgcctctgtattttttttgaagttgggtcaggaatagagacatgcacgatgaaaacatccacaccattcattaaatatcatgcctattttgatgaggcttctacataaatgtatttctggtatttttttacagtaatagaatatatttttgttt
ggaatttatggatttaataatttaacatgtaacctttagaattattgattagatatattctacatgaaaccatcttgtcgtggatttctacaaatgtgttcttttcttaccataacaataatgcattttgcattgtatgagattgatattatataatgtgtaacctgtttgaagtgccagttgccgtgtccttgtcattt
atacttttatggctattacatttgtttcaaatgtaccacaaatttatttatagtgaatagagtggctaattgtttagtattatcatttacagGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTT
CCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTGTTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCA
GTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAGTGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGAATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAGCTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGG
AATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTTAGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTC
ATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGTCATGACTTTGTGCGACTGAACTTGTTAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCCCGAAATTAATTTAG
Intron 9 GTATGAAAAA ... GCATGCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.61 | 109 | 32 | 39.2 |
| A2 | 27.96 | 97 | 26 | 49.3 |
| A3 | 30.15 | 140 | 46 | 74.9 |
| A4 | 35.74 | 88 | 37 | 60.9 |
| A5 | 40.21 | 77 | 42 | 61.6 |
| A6 | 22.03 | 113 | 20 | 43.9 |
| A7 | 27.62 | 149 | 47 | 66.7 |
| A8 | 22.5 | 31 | 10 | 8 |
| A9 | 32.05 | 128 | 56 | 64.7 |
| A10 | 34.18 | 174 | 63 | 117.8 |
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i6 from sample A1 / Example spliced isoformATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGA
GCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGAT
TTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGC
TAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTT
TCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTT
ATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGTATTGTCTCTCTATTTATATTCTGTCCTTTTCAGTCCTTTGCTGACAAATGATGTTTACTCTTTAAATATAGAATTAAGTTTGTTAATGTATAATCTTGACTTTGAGTCATAATTATTATTATATGAATCTGAATCTGTAGTTATATATTTAGGTGTGACAGAAATGTCACATCT
ATTTCTCCATTTCACTATCAATGGATCTTGCACTCATTGTGTTGTCTGGAGTTAATGAAATATGTGATCCCAATATTACACTGTTATTTCTAAGATGGTAACTGAGTCAGACAGTTACGACTCCCCAACCCCACTATTCATGATGTTTGTGAAGTAAGCATCAACAGCAATTTGGGATGATGGTCAATTGTCTTTTATGA
GTTTTGTGCTTGGAGTAAATGCTCACAAAATATTGGGACAAACAATGAACAAATTGGTGCATCTTCACTTCCACCGTTGCCATTGTTGATTCACATTGACAGAGATGCATCCATTTCCTGTTATGAAACCTATTTTGGTAGGGAACCCACTGTTTTGAGACCAAAGCTGTTATGGGCTGAAGAACTGCAGTAACTGTGGG
CTAATAGCAGGTTTAGTATAATAAAATCATAGAAAATCATCAGAAGATATGCCAGATTGGTGAACATAAGTAAATAATCTATTCTGTAACTGAAAGTTCTATAGCAACAACCCAGAATTCTGCTATGATACTTTATAACTGAAATCAGAGAAACCTAGAACTAGAACTACATCTGAAACCTGGAAACTTAACAAAACCAA
AATCTGAAACCAACAAGGCACTAACTACAGTAATATCTTCAATAGATTTATGAGTACTGACACTAAACAGATGAACAATAGTAACAGCAGTTAAATATACTGGAGATTTCGGTCTGAACTTAATATAGATTTTCAAGAAAAGAAGTAAATCTTGGCAGGAAAATTTTCTAGCTGAACTTCATATAACCTAGAAAATACGT
ACGTTGAATATAAACTCTCTTGAGAAGGCATGGGCCCAAACTCAGTTGCAAGCCAAGAGAGTTTGTGCTGCTCCAGGCCCAAACAGTCTCTTCCAGAGTCCAGACTATCTGCAGTAACATGCTTTAAAAGGCCCCTACTCAAATGCATACGAGCTATGTGAGACTTACAAGTTGAAGTTGACAGAAAGGTTTTTAATTCT
GACAGCTAATTAAATATGGTTGTATGTTAAATTATTGTTAACTTCAAGTCAGTCCAACCACCTTTGAAAGTTTTCCACTGGGTTGCTTACCTCTTATTTTGTGTACATTTGATGTTGCGGTTTGTGGACATCTCATGGGCAGTTTACTTGGTCTCTTGATCTTGGGGATGACCTCTGAAGCTTGATTATACCTTCTCTCC
TTTCTAATTGATAAGATCAGTCAAAGCTTGAAGACACATAGGTGACAAGATTAGTGAAAGCTTAAAGACACAAGGGATTGTGTGTTAGATGAAGAGTACATTTCCATATTCAGGAGCAAGAATCTCCTAAAGATGTACAGGAAACTCTTGAGAAGATATTTTCCAAACCTGACAAGGATCAAGTTGTTCATTTGAAATCC
AATTGATTGCTTTGTTTCAGGATATTATTGCTCAGTTGTTTAACACTAATATAAAAATTCACAAGAGTACAAATATAATACCAAATTCTTTGACAAGTATCAAAATTTGAACAATGATCATGATATTTTGCATCAACGATTAGTTGAAAAGGACAAGTCCATCAAAAATTTGTGCGACCTCAATAATCTTTTATACAAAA
TATAAGTGGATTAAAAAATGGAGGATGAAGATGTACCGTCAATGTGCAAAAGGAGACTGAATCCATTTTTGATGCTACTTGTTGTCCTGCAGACTGCATTGTTGGCTACTCATGAGCTATATCTTCTATTGACTTGGGAAGAATACTAAATGTATTGGTTTCAAGTGCTCCATCAAATGGTTTATACAGGCAATTGACTT
GAGATGCATGCATTGGGCATTGTTACTTCCACTGAGTTTGAGATGAGACTAATAAGAGCAATTCTTGGATATATTGAGACTAAATTGTTGGATGTAAGTCTTCTTGTTTCATCTACAATGGATCCCCAATAACCAAACTATCCATCACCTACTCCTATAATGGATCCACAAGAACCAAATCCTGCATCTTCTGATCAACA
GATACCAAGGACTTCACCATCCACATCCAAGCCATATTGACACCCTAATCATAGTGATAAGAGACATTATTGCTCTTGAGTCTTCACCTTTGTATTGCCATCCTTATTGTCACAGTTCCTTCTACAAATCGATACTAAGTGTAGTTCCCAGAACTTTGGATCGGTACCCACTATCAGGATCAATTGTGGTTGGATTGATG
ATTCATCATGGTGATGTTTGAGCTTTTTCTTGAAGATATCCTGTTGACAACCTTTCTAATGATTGTTCAGCTGTTGTAGCAGTGTCTTTTTGTCATCTTTTTGATGGCATCCCTTCCTTGTTGCATGGTGGAAGTTGCTTTTATGATAGCCATCTTTTCACATGTGGTATTTGGAGCACTTCTTTAGCATTTGATCCCAA
TAGTGTGTGGTTAGGTCTCTTCGGTTGCCTGCTTGAAGTACTCTTGTTGATCCTCGACATCCTTGCCCTAATCAGTTTCAACTTCAACATGCTTTTGGCATTGTCATTGTCATTTCAAGACACTGCTCTTTGACAATATTGTGGGAATCAGATCCATGCTTTGATTGTTCATGCATATGCTTGATTAAATTTGTGTTTGC
TTTTCCATTTCAAAAATATTTAAGTGAATGTATTTTGGAGGTTACAATTCTAAAGTCGGACTCTTGTTTTTTCAATCCTGATCCAGTTCTCTCAACTTTTATAACAGTTTTATTATTCAGTAATTTAATAATAAGTATTTTATTATTAATTACTCTACACACC
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATCACGGTATCTGTTTCATGCATGTGAAAGCGGGATATTCCGTTCGTACTCCAAATTCCCATGGAATCTTCTCGATCTTGTTGGAAAAAGAAAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCA
GTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCC
CCATAGTGACATCCAAAGgtatgaaaaacaacacgattggattccattcccgcggctattttatcgttctgttctctgtcagtcttttcattcgtgtcttgcatgcacagCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCT
TGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGG
GACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCTTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCT
AAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTA
Intron 10 GTAAGCTGTC ... GTCTTCTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.33 | 152.6 | 2 | 32 |
| A2 | 24.19 | 94 | 1 | 30 |
| A3 | 16.85 | 153 | 2 | 31 |
| A4 | 10.32 | 113 | 0 | 13 |
| A5 | 20.82 | 72.3 | 0 | 19 |
| A6 | 20.52 | 158.9 | 0 | 41 |
| A7 | 16.88 | 236.4 | 0 | 48 |
| A8 | 15.17 | 111.9 | 0 | 20 |
| A9 | 17.6 | 187.3 | 0 | 40 |
| A10 | 15.53 | 228.5 | 0 | 42 |
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTATATCTAGATAGAATCTTTATTGTGTGCATTTATTACATCTTGGATTATGCAGTATGGAATTTATCTTTTCTATCTGCTTACATTTTCATGTTGGTTTTGTGACTAAACTTTTTCAAAGCAAACTTACGTGTATTTTTAATTGATAGTTGTTTGGTAAAGATGCTGCTAGTCTTCAGTATTTACTAAAATGATTTGAAA
TTGATTGCGACCCCCACAAAAAAGAAATTAGAGGAAGCCCATTAAATAGGTTTATATAGTCTGGGCACACTTTTCTTATCAGATTCCCACCTCTCAGCAAAATTGAGAATTCAGTTAAATATTTATATGTATTATGACTTTTGTGACTTGAAATTAGCCAAGATGAGTATCTGAAATCCATAAAGAACTGCTTATGTATT
CATTTGCATGTATTAATAGGGGACAAACTTTTCATAATATAATTTGGAATTGTCATCAGTAGTCTTTTGCATGCTGTGGTGCAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATG
CGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGT
CTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGG
TGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATT
CCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGT
TGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATG
CACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAG
GATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAA
TGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTGCTCGGCACTGGATTGTTCGGAACACAAGGACCGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACAGGCTACAAGCTAGTGCCAGG
>TRINITY_DN119417_c3_g1_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGGTGATGGTTGACCCATGgtaagctgtccaacttattatcttctttgtttaatatatttttatgatacaaattttaccatgattatcaggagggctgcagttgctgctagttcaatacaaaaaacttatttcaaatggcataagtgtcttctcagGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGAC
TAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTG
GATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGA
GATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACG
AGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAA
CATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGT
Intron 11 GTATGAAAAA ... GTGTACTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.69 | 88 | 32 | 120 |
| A2 | 61.21 | 64 | 26 | 101 |
| A3 | 59.18 | 109 | 46 | 158 |
| A4 | 65.66 | 57 | 37 | 109 |
| A5 | 57.42 | 66 | 42 | 89 |
| A6 | 70.32 | 46 | 20 | 109 |
| A7 | 58.12 | 116 | 47 | 161 |
| A8 | 57.63 | 25 | 10 | 34 |
| A9 | 51.57 | 123 | 56 | 131 |
| A10 | 58.72 | 123 | 63 | 175 |
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i2 from sample A4 / Example spliced isoformCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAG
ATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAG
GAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTG
CGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCA
TCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCG
GTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCT
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GGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAG
AAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATC
AACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i10 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAG
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GGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGC
GAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATT
AGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAG
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GAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCC
AGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCT
ACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAG
GATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATC
TAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACT
TCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
Intron 12 GTTGTTTTGG ... TCATGAGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19 | 226 | 53 | 1 |
| A2 | 19.67 | 196 | 48 | 3 |
| A3 | 18.61 | 188 | 43 | 0 |
| A4 | 21.11 | 157 | 42 | 3 |
| A5 | 20 | 100 | 25 | 0 |
| A6 | 18.32 | 312 | 70 | 2 |
| A7 | 17.47 | 411 | 87 | 0 |
| A8 | 18.12 | 235 | 52 | 0 |
| A9 | 18.89 | 292 | 68 | 0 |
| A10 | 18.81 | 362.5 | 84 | 0 |
>TRINITY_DN115592_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformAATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTT
GACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTT
ATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCG
GAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGT
TAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGG
TCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTT
TATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAA
AAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAG
TAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACT
CCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGA
CTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACG
AGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGT
GAACCAGTGAACCAGGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGG
>TRINITY_DN115592_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATATTTCTGCCGGCTGGTTCGGGAAATCGGTTTTCATTTACCAAACCCCGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTT
GACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAGATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTT
ATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCACTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCG
GAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAATGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGT
TAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATGATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGG
TCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTATTGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTT
TATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTGAGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAA
AAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAG
TAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGgttgttttggttttccttcatagt
agagtaaaaacatataggtatatacagtgataaaatttattatgagttccataatcaaatggtttgacattttatttccttggtcatgagcagTGGAATTTTCGGATAGGTTT
Intron 13 GTGGGATTCT ... TTAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.31 | 138 | 51 | 58 |
| A2 | 26.47 | 125 | 41 | 49 |
| A3 | 30.41 | 111 | 41 | 56 |
| A4 | 27.65 | 106 | 36 | 45 |
| A5 | 28.32 | 62 | 18 | 31 |
| A6 | 22.87 | 560 | 127 | 205 |
| A7 | 22.44 | 584 | 143 | 195 |
| A8 | 22.46 | 542 | 145 | 169 |
| A9 | 22.9 | 510 | 113 | 190 |
| A10 | 22.74 | 333 | 87 | 109 |
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTTGAAGATGTTCAGCCACCTATGATTCTAGTTCCAGGTTGGCGTCCTTGGACTAGGACGGAATTCATATCAACTCTGAAGTGGGCTTCCGCACACCATAGAGATTGAGTGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGG
ATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGTGTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAG
CTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCCCCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTA
TTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCAGAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACT
TTGATGCACATTTCACAAATTTCACTGGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTT
TACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGAAATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGGTTGTGGA
GGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
>TRINITY_DN101745_c2_g2_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGGTTTTATTGGAAAAAATTTCCATGAAATCAGTTTTCGGCCTGAGAAAGCGGTTCTCAGTTAGCAAACTCCAGATTTAGCGGAAAGCCGTTCTATGAAACCGGGTTTCGGTCTCTGAGAGTAAAGGCGTATGGGAGAAGGACAGAAAGTTGACGACTATTATAAATATTAGCCAGAGGCGCGCACGGTCCTATTTGAAG
ATCGGTCCGCGCAGGGTACTCGACGGAAACAACAAAATTTTGCTTGAGCAGAAGGACCCCCATAGTGACATCCAAAGCCCGATCTGGAAAAAGGCAAACGCTGAACAAAGAAAAGAGAAACGAAGAAAAAACAAATCTTGTCTTGCTGTTTATGAAAAAAGACCTCTTGTGTACTCAGATCTGGACCGGGCCCTTCGGCA
CTGGGTGGAAGAAAACGAGAGCCGAGTAAGATCAAAGAATCATCATTCTTGAAATTGGAGCTTTAAAATAAGATAAATACAGGGCGGATATTGCAGCGCAGGAGGCGGGGAGCTTAGAGGCTTGCTGTATGTCAGATTGTAAAACCAGCCGGAACACAAGAGAGAGGGACGGCTTCGGTGTATTTGCAAATCCATTGCAA
TGGCCTCAGCTTCGAAAGAAACGACGATATGCTGCAAGTCAGGCGCATCCTCCCCGGATTTGGCCGCTAAGGACTCCTCCTCGTCCTCCGCGCCTTCTTTGCGTCGCGAGGCGGCCTCCGCCGAGGTCCCCCTTGCCGCAGAGTGGGTCGTTAATAAAGATCTCCCTAAAGACAAGCGGAATAGAAGCAGTGAAGCGATG
ATTCCTTCTGTAGTTTTAAGTTCCATGGATGCAATAGCCGAAGCGTCCAAGGCTGCAGCTAAAGGTACAGTGATGCAAATGTTGCGAGCTAATCCAAGGCATCCATTAGATCCATTATCTGCAGCTGAAATTGCTGTTGCAGTGTCAACGGTCAGAGCAGCAGGGGCTACTCCTGAGATGCGGGATGGTATGCGATTTAT
TGAAGTGGTTCTTAAAGAGCCAGAAAAACACGTTGTTGCGTTAGCAGATGCATACTTTTTCCCTCCTTTCCAACCTTCACTGCTTCCAAAAACCAAAGGCGGTCCAGTGATTCCTCGTCAACTTCCTCCTAGGCAAGCTAGGATTATTGTTTATAATAAACGTTCAAATGCATCGAGCGTCTGGATTGTTGAACTCCTTG
AGGTACACGCTGCAGCTCGTGGTGGCCATCATAGAGGCAAAGTTATTTCGTCGAAAGTTATTGAAGATGTTCAGCCACCTATGGATGCAATGGAGTATGCTGATTGTGAATCTCTTGTCAAAGATTACCCTCCTTTCAAGGAGGCAATGAAAAAGAGGGGAATTGATGATATGGATCTGGTGATGGTTGACCCATGGTGT
GTTGGTTATTATCTGGAAGAGGATGCTCCTAGTCGAAGACTAGCTAGACCACTTATATTCTGCAGAACTGAAAGTGACTGTCCAATGGAAAATGGATATGCTCGCCCAGTTGAAGGCATACATGTTCTTGTTGATATGCAAAAAATGGAAGTAGTGGAGTTTGAAGATCAAAAGCTAATTCCCTTGCCACCTCCAGACCC
CCTCAGAAACTATACTGCAGGAGAAACACGCGGTGGAGTGGATCGGAGTGATGTCAAGCCACTGCAAATTATTCAACCAGAAGGACCTAGCTTTCGTGTTACTGGCTACCATGTAGAGTGGCAAAAGTGGAATTTTCGGATAGGTTTTACTCCGAGGGAGGGACTCGTGATCTATTCTGTTGCATATGATGATGGAAGCA
GAGGTCGTAGATCTGTGGCCCACCGTCTAAGTTTCGTGGAGATGGTTGTACCTTATGGGGATCCAAATGCTCCACATTATAGGAAAAATGCATTTGATGCTGGGGAGGATGGTCTGGGCAAAAATGCTCATTCTTTAAAGAAGGGGTGTGACTGTTTAGGCTATATCAAATACTTTGATGCACATTTCACAAATTTCACT
GGAGGGGTCGAAACTATTGAGAACTGTGTTTGCTTGCACGAGGAAGATCATGGAATTCTGTGGAAGCATCAAGATTGGAGGACAGGCTTAGCAGAAGTTAGAAGATCTAGGCGTTTAACAGTGTCATTCATATGCACTGTAGCAAATTACGAGTATGGTTTCTTTTGGCATTTTTACCAGGATGGTAAAATTGAAGCTGA
AATCAAGCTTACAGGGATACTCAGTTTAGGGGCTCTACAACATGGAGAGTCAAGGAAGTATGGTACGATGATTGCTCCTGGGCTATATGCACCTGTGCATCAACACTTCTTTGTTGCTCGAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACCAGTGAACCAGgtgggattctctctgtgcattgaattatgtacgg
ttctattaaaggacagtatgttatttatttatggtattcacttcatacaaattattgcagtctccttcaataatattttattgtctgaaacgagttttttgagtttgttttgacatgacaattactttgttacatttaatcaaatttcttaagaagtttgtttaccatgaaattggatggtgagttcctttattcaactt
tgtgaaatttcttaattcatttaaattttaattgtagGTTGTGGAGGTAAATGTGAAAGTTGAAGAACCTGGATCTGATAATATTCATAATAATGCATTTTATGCTGAAGAAGAATTGCTACGAAATGAATCGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
Intron 14 GTATACTCTC ... TTAATTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 55.44 | 86 | 106 | 108 |
| A2 | 52.23 | 91 | 112 | 87 |
| A3 | 48.55 | 89 | 92 | 76 |
| A4 | 49.45 | 69 | 62 | 73 |
| A5 | 54.76 | 38 | 62 | 30 |
| A6 | 17.36 | 269 | 20 | 93 |
| A7 | 17.97 | 258 | 25 | 88 |
| A8 | 22.28 | 225 | 46 | 83 |
| A9 | 19.93 | 241 | 15 | 105 |
| A10 | 20.91 | 157 | 27 | 56 |
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i12 from sample A9 / Example spliced isoformTTATTCCATCTTCTCTTCCTTTTGAAGTAGCATTCTTTTTTTATTGCACTGTGAATTTTGCTGCAAAGTTTGAAAGACTATTATTCCTATGAAAAAAATGTAGTTGTGTACAATGCATTTAGGTTTTGTAATGTTACTATTCTGTTCCTGGGTGTTATATTCCTATTTTTTCTCATTCTTTTGAAGTTGCAATTGGTTTT
CAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGGCTGTGGAGGTAAATGTCAAAGTTGAAGAACCCGGATCCAATAATATTTATAATAATGCATTTTATGCTGAGGAAAAATTGCTACGAAATGAATTGCAAGCTCAGCGTGACTGTAATCCATTGTCTG
CTTGGCACTGGATTGTATGCTCTCTGTCTCTCTGTAGAGGCTAATCTATTTTTCAGCAAGATGATTTTGCATTCGCAGAATATATTCTAGTAGAGTCTAAGCTCTTTTTCAGCAAGAGCATTTGTCATTTGTCTTTAATATCTCTTTTGCTGCAATTACTGTTGTAGAAAATTCACTGATTTACTGTTTTTGTAGTAATG
CCAATAATTACTCAATTTGTTTTCTTGGAGTAAGTGAAGATGAATTAATTATGTATTTTCTCACCTCCTATAGGAATGCTATAAATTTTTCTTGATGCTGAGAATTGTTTTGCGGTTGAAATAATTATTCTTTGAACTTATATTTTCATGTGAAAATTATGATTACTGTTGATGACCTGTCTCATGCAAACTCTCTCTGT
TGAAGCTTAATTACGAACACTTCCTCAATGCCATCTTGTTAGCTCTATGATTGAATTTTATTTTTTAGTCTAGTCTTTATGCTTTGTACTGTGTGGACAGATGTGATATTGACCTCTGTTAACAAGGAATTAGGATAATGGAGGACTACATTTTACATTTTTTTGAAGAGTTGGTCCTATGCCTCTGTATTTTTTTTGAA
GTTGGGTCAGGAATAGAGACATGCACGATGAAAACATCCACACCATTCATTAAATATCATGCCTATTTTGATGAGGCTTCTACATAAATGTATTTCTGGTATTTTTTTACAGTAATAGAATATATTTTTGTTTGGAATTTATGGATTTAATAATTTAACATGTAACCTTTAGAATTATTGATTAGATATATTCTACATGA
AACCATCTTGTCGTGGATTTCTACAAATGTGTTCTTTTCTTACCATAACAATAATGCATTTTGCATTGTATGAGATTGATATTATATAATGTGTAACCTGTTTGAAGTGCCAGTTGCCGTGTCCTTGTCATTTATACTTTTATGGCTATTACATTTGTTTCAAATGTACCACAAATTTATTTATAGTGAATAGAGTGGCT
AATTGTTTAGTATTATCATTTACAGGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATT
TCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTGTTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCAGTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAG
TGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGAATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAGCTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGGAATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTT
AGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTCATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGT
CATGACTTTGTGCGACTGAACTTGTTAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCCCGAAATTAATTTAG
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTATTCCATCTTCTCTTCCTTTTGAAGTAGCATTCTTTTTTTATTGCACTGTGAATTTTGCTGCAAAGTTTGAAAGACTATTATTCCTATGAAAAAAATGTAGTTGTGTACAATGCATTTAGGTTTTGTAATGTTACTATTCTGTTCCTGGGTGTTATATTCCTATTTTTTCTCATTCTTTTGAAGTTGCAATTGGTTTT
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aaccttctgtaagagttttttgagtttgttttgacttgacaattaatcaatttggagaaattgtttaccaagaagttggacggtgaattgttttattcaactttatgaaatttcttaattcgtttaaattttaattgtagGCTGTGGAGGTAAATGTCAAAGTTGAAGAACCCGGATCCAATAATATTTATAATAATGCA
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GAACTTATATTTTCATGTGAAAATTATGATTACTGTTGATGACCTGTCTCATGCAAACTCTCTCTGTTGAAGCTTAATTACGAACACTTCCTCAATGCCATCTTGTTAGCTCTATGATTGAATTTTATTTTTTAGTCTAGTCTTTATGCTTTGTACTGTGTGGACAGATGTGATATTGACCTCTGTTAACAAGGAATTAG
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GGAATTTATGGATTTAATAATTTAACATGTAACCTTTAGAATTATTGATTAGATATATTCTACATGAAACCATCTTGTCGTGGATTTCTACAAATGTGTTCTTTTCTTACCATAACAATAATGCATTTTGCATTGTATGAGATTGATATTATATAATGTGTAACCTGTTTGAAGTGCCAGTTGCCGTGTCCTTGTCATTT
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CCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTGTTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCA
GTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAGTGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGAATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAGCTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGG
AATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTTAGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTC
ATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGTCATGACTTTGTGCGACTGAACTTGTTAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCCCGAAATTAATTTAG
Intron 15 GCTGTGGAGG ... TCATTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 80.37 | 21 | 86 | 80 |
| A2 | 85.85 | 15 | 91 | 67 |
| A3 | 74.79 | 30 | 89 | 70 |
| A4 | 81.18 | 16 | 69 | 78 |
| A5 | 82.61 | 8 | 38 | 17 |
| A6 | 97.11 | 8 | 269 | 10 |
| A7 | 92.81 | 20 | 258 | 27 |
| A8 | 91.84 | 20 | 225 | 28 |
| A9 | 96.4 | 9 | 241 | 20 |
| A10 | 94.58 | 9 | 157 | 15 |
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTAGAGTGCTGAGGTAGAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTT
TTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTG
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i12 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTATTCCATCTTCTCTTCCTTTTGAAGTAGCATTCTTTTTTTATTGCACTGTGAATTTTGCTGCAAAGTTTGAAAGACTATTATTCCTATGAAAAAAATGTAGTTGTGTACAATGCATTTAGGTTTTGTAATGTTACTATTCTGTTCCTGGGTGTTATATTCCTATTTTTTCTCATTCTTTTGAAGTTGCAATTGGTTTT
CAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGgctgtggaggtaaatgtcaaagttgaagaacccggatccaataatatttataataatgcattttatgctgaggaaaaattgctacgaaatgaattgcaagctcagcgtgactgtaatccattgtctg
cttggcactggattgtatgctctctgtctctctgtagaggctaatctatttttcagcaagatgattttgcattcgcagaatatattctagtagagtctaagctctttttcagcaagagcatttgtcatttgtctttaatatctcttttgctgcaattactgttgtagaaaattcactgatttactgtttttgtagtaatg
ccaataattactcaatttgttttcttggagtaagtgaagatgaattaattatgtattttctcacctcctataggaatgctataaatttttcttgatgctgagaattgttttgcggttgaaataattattctttgaacttatattttcatgtgaaaattatgattactgttgatgacctgtctcatgcaaactctctctgt
tgaagcttaattacgaacacttcctcaatgccatcttgttagctctatgattgaattttattttttagtctagtctttatgctttgtactgtgtggacagatgtgatattgacctctgttaacaaggaattaggataatggaggactacattttacatttttttgaagagttggtcctatgcctctgtattttttttgaa
gttgggtcaggaatagagacatgcacgatgaaaacatccacaccattcattaaatatcatgcctattttgatgaggcttctacataaatgtatttctggtatttttttacagtaatagaatatatttttgtttggaatttatggatttaataatttaacatgtaacctttagaattattgattagatatattctacatga
aaccatcttgtcgtggatttctacaaatgtgttcttttcttaccataacaataatgcattttgcattgtatgagattgatattatataatgtgtaacctgtttgaagtgccagttgccgtgtccttgtcatttatacttttatggctattacatttgtttcaaatgtaccacaaatttatttatagtgaatagagtggct
aattgtttagtattatcatttacagGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATT
TCCTAATCAAAATCCACGTGTTGGAGAAGGATTGCATACCTGGGTGAAGCAAAATCGAAACCTTGAAGAGGCTGATATTGTTCTATGGTATGTTTTTGGTGTTACTCACGTTCCCCGCTTGGAGGATTGGCCAGTTATGCCTGTGGAACGAATTGGATTTATGCTTTCGCCTCATGGTTTCTTCAATTGTTCTCCAGCAG
TGGATGTGCCTCCAAATATTGCTGAATGTGAGAAGGAAAGTGCAGGGTCAAAGATTAATCAAACTGGAATTATATCCAAGCTATGAACATTTACTAGTGGCGTTGTTTCTGACCAAGATAGTAATTTGCAAGGAATGCATTTATCTTCTTTACCATTATAGTTTTCAGATTGATCTTCATTAGCTGGACAAATAGTATTT
AGTGCTTATTGTTATTATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTCTATTACAGTTTTGTAAATTCCTAGTTTGGTTGGCGTTTGTTACTGAAAATCAAGCTTGTTAATACAAGTTCATTCGAAATGTGCTATCATTTATTACTATTCTGTATATGTTACTATTTCTTAGTTTCTATGAGTTGT
CATGACTTTGTGCGACTGAACTTGTTAATTTAGTAAAATTTAAACGTAATCTACGTTTTAAGTCGTAAATATTTTTCTCCCGAAATTAATTTAG
Intron 16 ATACTCTCTT ... GCCTTTTTAC
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 65.67 | 23 | 61 | 27 |
| A2 | 74.5 | 19 | 73 | 38 |
| A3 | 58.33 | 30 | 47 | 37 |
| A4 | 62.79 | 16 | 40 | 14 |
| A5 | 71.93 | 8 | 31 | 10 |
| A6 | 80.11 | 18 | 4 | 141 |
| A7 | 76.88 | 23 | 21 | 132 |
| A8 | 80.62 | 22 | 31 | 152 |
| A9 | 80.95 | 14 | 9 | 110 |
| A10 | 83.58 | 11 | 11 | 101 |
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoformTAGAGTGCTGAGGTAGAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGGTTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTT
TTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATCCACGTGTTG
>TRINITY_DN40231_c3_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:TAGAGTGCTGAGGTAGAGCTTGAACTTATTTGTTGCTCAAATGGATATGGCTGTAGATTGCAAGCCCGGTGAACTAGTGAACCAGATGGTatactctctttgcattgaattaagtatgactctattaatggacagtgtggtatttatttatggtattcacttcacacaaattacagtgcggtctcctccaataatatttt
attgtctgaaaccttctgtaagagttttttgagtttgttttgacttgacaattaatcaatttggacaaattgtttaccatgaagttggacggtgaatggttttattaactttatgaaatttcttaattcatttaaattttaattgtaggctgtggaggtaaatgtcaaagttgaagaacccaaatccaataatattcata
ataatgcattttatgctgaagaagaattgctacgaaatgaatcgcaagctcagcgtgactgtaatccattgtctgctcggcactggattgttcggaacacaaggaccgtaaacagaacagggcagttaacaggctacaagctagtgccaggctcaaattgcttaccattggcagggtctgaagctaagtttcttaggcga
gctgcctttttacTTGAAACACAAGGACTGTAAACAGAACAGGGCAGTTAACTGGCTACAAGCTAGTTCCAGGCTCAAATTGCTTACCATTGGCACGGTCTGAAGCTAAGTTTGAGCTTCCTTTTTAAGGAATAACCTTTGGGTAACTCAATATAATAAAGACGAGCAATATCCAGGAGGTGAATTTCCTAATCAAAATC
CACGTGTTG