sp|O80507|CSK2E_ARATH ----> Putative casein kinase II subunit beta-4

Intron 1 GTATGATCTT ... TTTATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.99	81	4	10
A2	13	87	10	13
A3	12.1	109	5	15
A4	17.7	93	8	20
A5	20.83	38	5	10
A6	15.25	517	10	93
A7	12.98	449	18	67
A8	14.56	317	3	54
A9	13.8	406	8	65
A10	12.98	409	11	61

>TRINITY_DN101630_c0_g1_i3 from sample A5 / Example spliced isoform

TGTTCAACCATTCAATTTACAGTACGCAGAAAACAAACGAACGAAGAACAAGGGTTGAGAGGGCTTTTGCAAAGAGAAATATGATGAAGAATAAGGGGTCCATGCGAGGTGGAGGAGGAACATCAGGAGGATCAGGGGCAAGGTATGGGATAAATAGCGGCGATTTTAGTACCAAACCTCTGAAATCTTCGGTGACTCTG
GAGCGATCCCCGACATATGCTTCAAAAAAACGTTCAGAGAATGCCTCTACGTCTGCTCCGAAGGGCAAGGACCCCAAGCTCTCTCTTCCTCCTCCCACAGAAGAAATTTCAGACACGGAGAGTGAAGAGACGGATCTTAGTGGTTCTGAGGGAGATGACACATCTTGGATTTCCTGGTTTTGTGGATTAAAAGGAAATGA
GTTCTTCTGTGAAATTGATGAAGATTATATACATGATGAATTTAATTTATGTGGGCTTAGTGGGCAAGTGCCATACTATGACTATGCTCTTGATATGATTCTTGACAATGATGCTTTGAGTGGGGATATAGATAGTGAAGAGCAGAATGAAATGGTAGAGTCTGCAGCAGAATTATTGTATGGGCTTATTCATCTTCGCT
ATATCTTGACAAGTAAAGGGCTAAATGCAATGCTTGAAAAATATAAGAGAGTTGATTTTGGAAGATGCCCAAGAGTTTGTTGTGGAGGGCAACCGTGCCTTCCTGCAAGTCAGTCAGACATTCCTCGACAAGGCACGGTGAAGATCTATTGTCCGAAATGTGAAGATCTGTATTACCCAAGGTCAAAATATCAGATCAGT
ATCCTCATAAGCTCGACAGTTTTGATTTTTGAATGTTCATTTATTTTGGCATTATTATATAGTAAAACAACACA

>TRINITY_DN101630_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

AAAATTCCTTGCTTTGCATTTTCTGAGCAAATATTTCCACTTGGCAGTTCTGGATGTATTGCTTTCAGAATGTTGGGCTTGCTTGTTTGCTGTGCAGTTTCTCCTTATTTTCATTATAACATACTGCTGAGTATACACGGGATTTAGTTATCAGCTTATCAGCTTATATTTTTTCAGGGGATATAGATAGTGAAGAGCAG
AATGAAATGGTAGAGTCTGCAGCAGAATTATTGTATGGGCTTATTCATCTTCGCTATATCTTGACAAGTAAAGGGCTAAATGCAATGgtatgatcttagtcatataagatattagtcaactttattttatatttgcctatcttggtaagttaggtaatatttcactgcccaataaattggtaaacacctaggcatcttaa
tggcctttaacacttgttatttaatattaatcatggaagaatcgtctggtgtttattacagCTTGAAAAATATAAGAGAGTTGATTTTGGAAGATGCCCAAGAGTTTGTTGTGGAGGGCAACCGTGCCTTCCTGCAAGTCAGTCAGACATTCCTCGACAAGGCACGGTGAAGATCTATTGTCCGAAATGTGAAGATCTGT
ATTACCCAAGGTCAAAATATCAGATCAGTATCCTCATAAGCTCGACAGTTTTGATTTTTGAATGTTCATTTATTTTGGCATTATTATATAGTAAAACAACACA

Intron 2 GTTAGGTTTC ... CAATTTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.32	37	2	44
A2	54.57	21.7	0	26
A3	49.23	33	9.7	32
A4	52.94	16	2	18
A5	50	22	1	22
A6	53.25	65	1	74
A7	53.86	66.8	5	78
A8	53.4	36.7	3	42
A9	48.98	75	2	72
A10	56.93	59	4.7	78

>TRINITY_DN100874_c0_g2_i5 from sample A4 / Example spliced isoform

GGGGTGATGAATAAACCCTAGAATGGCGCAGCAGGTACGCAGAAAACAAACGAACGAAGAACAAGGGTTGAGAGGGCTTTTGCAAAGAGAAATATGATGAAGAATAAGGGGTCCATGCGAGGTGGAGGAGGAACATCAGGAGGATCAGGGGCAAGGTATGGGATAAATAGCGGCGATTTTAGTACCAAACCTCTGAAATC
TTCGGTGACTCTGGAGCGATCCCCGACATATGCTTCAAAAAAACGTTCAGAGAATGCCTCTACGTCTGCTCCGAAGGGCAAGGACCCCAAGCTCTCTCTTCCTCCTCCCACAGAAGAAATTTCAGACACGGAGAGTGAAGAGACGGACCTTAGTGGTTCCGAGGGAGATGACACATCTTGGATTTCCTGGTTTTGTGGAT
TAAAAGGAAATGAGTTCTTCTGTGAAATTGATGAAGATTATATACATGATGAATTTAATTTATGTGGGCTTAGTGGGCAAGTGCCATACTATGACTATGCTCTTGATATGATTCTTGACAATGATGCTTTGAGTGGGGATATAGATAGTGAAGAGCAGAATGAAATGGTAGAGTCTGCAGCAGAATTATTGTATGGGCTT
ATTCATCTTCGCTATATCTTGACAAGTAAAGGGCTAAATGCAATGCTTGAAAAATATAAGAGAGTTGATTTTGGAAGATGCCCAAGAGTTTGTTGTGGAGGGCAACCGTGCCTTCCTGCAAGTCAGTCAGACATTCCTCGACAAGGCACGGTGAAGATCTATTGTCCGAAATGTGAAGATCTGTATTACCCAAGGTCAAA
ATATCAGATCAATATTGATGGAGCTTATTTTGGAACTACATTTCCACATCTATTTCTGATGACCTATCCGACAGTGAAGCCACCCAAACCTCTTCAAACATATGTACCACGTGTATATGGCTTCAAACTGCACGAGAGCGCGAGGTAGCTGGTGTGCTTGGCTAGAGAAAGATTGATGCAAGTATAAATGCCTTTTGTGT
TGAAATTATTGGAATTCACTGCAGGCATTTGGAATTCTGATGGTTGGAATTTGAAACCAAGTTTGATGTCAAATGACATCAATTTATTCATTTTAAGAGTTCCCTTTTAAAGTCGTTAATTTCAAGGGGGTCCTTTTTTGAAGTCAGCTTAAAGGCTGATTGGCTCTTTATTTTTATCATGTGCCAATTCTTGTTTAAGT
TCTTAGCCAGCTTCTGCAAGCTCAATTCTACTCAACGTGCCAACATTCAGGTGCAGTTCCTTGCTCTTTTGTAACATAATGTTCTAATCAGTGTTAGTCGATGATATGGTTTTATAACACCTGAAATGATCCTTCAGGAATGGATACATTTGTTTCAGAGCTTCTGCTAAGACCTTCCTATCTGATCCTTCCAGTGTTTA
TATATTTCTTTGGCTGATGAACTTTGGCAGAGCACTCATTCGTATTAATAGGGTTGCAAAAGTTGTTTTCTGAATTGATTTTGGGTGGTTTTTTATATTAGAAAATGGAATACACTTTTCCATGAACATCATTGTGTAGCATAAGGATGGTGCCCCAATGAAAGGATTGAGTATGGAAAGGGGTTTCCAAGGGTATGCTA
AGTTCTGCAAACTAAACTCCTGTTTTTCTCCTCAAGCAGTCTATTTATGGTTTTGTTTCGCTTTTTCAAAATTAAAAAAAAATAAAAAA

>TRINITY_DN100874_c0_g2_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGGGTGATGAATAAACCCTAGAATGGCGCAGCAGGgttaggtttcaataccgtggcagtttaaaaaactaggaataccatgacttattcttattcttattattatatatatatctacagaaatataaaaggaagataatattatagagagaagtacgcttatttgttcaaccattcaatttacagTACGCAGAAAACAAA
CGAACGAAGAACAAGGGTTGAGAGGGCTTTTGCAAAGAGAAATATGATGAAGAATAAGGGGTCCATGCGAGGTGGAGGAGGAACATCAGGAGGATCAGGGGCAAGGTATGGGATAAATAGCGGCGATTTTAGTACCAAACCTCTGAAATCTTCGGTGACTCTGGAGCGATCCCCGACATATGCTTCAAAAAAACGTTCAG
AGAATGCCTCTACGTCTGCTCCGAAGGGCAAGGACCCCAAGCTCTCTCTTCCTCCTCCCACAGAAGAAATTTCAGACACGGAGAGTGAAGAGACGGACCTTAGTGGTTCCGAGGGAGATGACACATCTTGGATTTCCTGGTTTTGTGGATTAAAAGGAAATGAGTTCTTCTGTGAAATTGATGAAGATTATATACATGAT
GAATTTAATTTATGTGGGCTTAGTGGGCAAGTGCCATACTATGACTATGCTCTTGATATGATTCTTGACAATGATGCTTTGAGTGGGGATATAGATAGTGAAGAGCAGAATGAAATGGTAGAGTCTGCAGCAGAATTATTGTATGGGCTTATTCATCTTCGCTATATCTTGACAAGTAAAGGGCTAAATGCAATGCTTGA
AAAATATAAGAGAGTTGATTTTGGAAGATGCCCAAGAGTTTGTTGTGGAGGGCAACCGTGCCTTCCTGCAAGTCAGTCAGACATTCCTCGACAAGGCACGGTGAAGATCTATTGTCCGAAATGTGAAGATCTGTATTACCCAAGGTCAAAATATCAGATCAATATTGATGGAGCTTATTTTGGAACTACATTTCCACATC
TATTTCTGATGACCTATCCGACAGTGAAGCCACCCAAACCTCTTCAAACATATGTACCACGTGTATATGGCTTCAAACTGCACGAGAGCGCGAGGTAGCTGGTGTGCTTGGCTAGAGAAAGATTGATGCAAGTATAAATGCCTTTTGTGTTGAAATTATTGGAATTCACTGCAGGCATTTGGAATTCTGATGGTTGGAAT
TTGAAACCAAGTTTGATGTCAAATGACATCAATTTATTCATTTTAAGAGTTCCCTTTTAAAGTCGTTAATTTCAAGGGGGTCCTTTTTTGAAGTCAGCTTAAAGGCTGATTGGCTCTTTATTTTTATCATGTGCCAATTCTTGTTTAAGTTCTTAGCCAGCTTCTGCAAGCTCAATTCTACTCAACGTGCCAACATTCAG
GTGCAGTTCCTTGCTCTTTTGTAACATAATGTTCTAATCAGTGTTAGTCGATGATATGGTTTTATAACACCTGAAATGATCCTTCAGGAATGGATACATTTGTTTCAGAGCTTCTGCTAAGACCTTCCTATCTGATCCTTCCAGTGTTTATATATTTCTTTGGCTGATGAACTTTGGCAGAGCACTCATTCGTATTAATA
GGGTTGCAAAAGTTGTTTTCTGAATTGATTTTGGGTGGTTTTTTATATTAGAAAATGGAATACACTTTTCCATGAACATCATTGTGTAGCATAAGGATGGTGCCCCAATGAAAGGATTGAGTATGGAAAGGGGTTTCCAAGGGTATGCTAAGTTCTGCAAACTAAACTCCTGTTTTTCTCCTCAAGCAGTCTATTTATGG
TTTTGTTTCGCTTTTTCAAAATTAAAAAAAAATAAAAAA