sp|Q05046|CH62_CUCMA ----> Chaperonin CPN60-2, mitochondrial
Intron 1 GTAAAGAATT ... GTTGGATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20 | 148 | 16 | 37 |
| A2 | 18.47 | 181 | 3 | 41 |
| A3 | 17.58 | 136 | 3 | 29 |
| A4 | 19.43 | 141 | 13 | 34 |
| A5 | 24.72 | 67 | 0 | 22 |
| A6 | 20.38 | 504 | 17 | 129 |
| A7 | 20.37 | 825 | 28 | 211 |
| A8 | 21.56 | 775 | 32 | 213 |
| A9 | 22.58 | 761 | 37 | 222 |
| A10 | 20.51 | 628 | 20 | 162 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGGTCGGTATCGAAAACTTTACACCGACGTGTTTTTTCTGATGTTATGTGAATGCTAGGATTAATTTTGTTGGGTAGCAGGGTTTAGGGTTTAAGTTTTGCTAACTTTACAAATCTCATAGGGAGTCCGTAAATAATAGAACAAAAACTTGCTATTCT
TGTCTGCTATTCCGATGCTTTAGTATGATATTTCCTATACATGGCATTTGATGAATGCATTGGGTAATGTTTGTGTAAGGAAATGATTGATATAGAGTTAAACAGAATATGTGAGGATATTTGTGGATTTGAATAACGAGCTAAACTTGCAAGCTCAGGCTCTCATGTCAGTGTTCATATTATATTGAAAGCATTAAGCT
CAGGGAGGCTTAATAGACCCGTGGTTTCATGATCCTATTCAGGTTCCGTTGCAAATGTTGTTGTCCTCTATTACATAATGCTCGCTGCCCAGCTGTCGATTTTTATGTTTTCAGAAGTTGGGGTACATAGTGTTTTGGTTGGGACATATCATATCGTTGCCATTTATATTGCCTTCAATGTCTGTCCGTAAGTAGTAGTA
CTGCTTTTGTGTTGCAGAGACAATAACAAAGCGTGATAATTATGCTTTTAGCTCTGGCGTTTTGATCTCATGTTCCTTCTCCATTAATACTGGATTGTACCATTATACACATTATTATCATCCTTCTTTTTCCCACCCATGTACATTCCCTTAATGCTGATGCTATTGCAGATATCATTTCCTTTGTGCCCAATGAGTCA
GAAATAGAATCGGCAACTGACTATGATTTCACTCCAACTTTATTCCTGAAATGCGCATTTACCATGTTGTTCAGTTGCATGTCATAAGAAGGGCTGATCAGTTTGTTTGCTTTCACTGACATTTGGATTTCCAAATCTCTTTGGGTCATCATGGTAATCCCAACCGGGCAAGCTCCTAAATTAGCCTTGAACATCATAGT
TTGAATTTGTGCTCGGAGATCAGCAAAGATATCGTAGTTTGAATATTGAAGCAAGATGTAAGTTGTACTGGTGCATTGCATCGATCGTGTCTTGATTAAGCGGGTTTTTTAAGTTTTGGGTCGGTTTGAAGGAGTTGAGGCAATTGTAGGTTGTTGTGATTAGGTTTTGCCACCTTGAGGTAATACTGCCAGCCTGTCAC
TTGAAGGCTGTTTTGACAAGTTTTTGATACCTTGGTGCAGCACTGGTAATCTGTCACTTGCAGGCCGTATAGAGCTGTATGATAGATCATAAGGTTTCATAGGATGCCATCTTAGATGGTTGCCTTGTATTATGGTTGTTTTGGGGGATAAATGTGTGGCAGGGTAGAAAAGTTCATTTGCCAAGTTTAAATTTTCCGTC
TTTATGTTATTGTTACCTTTAAGATATTTCTTCTTCGTAGGCATCGATTTCTTGTTCAAAGATTATTGGTGGAATCTTTGTTGCTATTATTGTGGAAGTTGTTTTGAATTTAATATCAAACTCCTAACTTAATGTCTGACCTGAGAGGAACATTTGATTTCCAGGACTTCATAGTTAAAGTAGGTTAAGAATATTGTAGT
ATCGTAATATATTGCTAGCTTACTTACATAGTTGTTCTTGTTTATTGTTCTATGCAGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGA
CAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACT
CGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGC
CAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATT
TGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACT
GGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGA
GAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTC
AAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGAT
CCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAG
GGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCC
AGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTAC
CCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTTTTAGACCTGCATGTTTTTAATTTATTTACTATGATGAATAAATTTTTTACAAGTACTATCTA
AAATGGGGTTGCATGATATGCTGGGAGCAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATA
TTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAG
GAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTTAGTGTGAAATGACTGAAATCCAATCTGTTTGATTACTGT
CAGTATCTCTTGCCTTGTGACATGTTGATCATAATATCTTATGATAAAGTGTTGGAGTTTTGTTTGAGTTGTGTTCTTTTCGATAATGGCGGTGAGACTGCAGCCTACAGATTTATTCAATAGCACAAGCACCCAAAATTTTGTTTTGTTTGGGTGAAGCAAGAATGCCTACCATTTACTTTACTGATATTCTTTTTTAT
CTGAAGGTTTATTGGTTTTGATGGTCATAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGGTGTGCATTGGCATGAGTTTCATATGTCATTGTTTAAAGATGCTATTAAAGTCCCTTTTCGTGCTTGTATATATCAAATGCAAATGACGAAA
TCTTATGCTCGGCCTTGATTAACTGACAAGCTATATTGCTAATAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGGTTTTGCAGTTTTCTCAATTTCTTTCATTCTGCTATTTAATTGCTTGCATCTGTATATA
ATAAACATGCATTTAGTGCTACTTGTTCAATGTCTTAACTTTTGTCTTCTCTTTTGCAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTAAACTGCTGCTTACAGTGTTTTATTTTATTTTGGGGACG
TGATCACTTAAGAGTAAGCTCCCTTGTCTCTTTTGTTTATGTCAAGTGGCATGGCTTAAAGCATATGTTTCTGCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGGTGGAAATCCATAATGTGTT
TTTGTGTATTATTGTAATATGTCTGTATGTTGCCTCCTTTGTCCATAAATCTGATTCGGGATATTTTATGATTGTTACAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGgtaaagaattcatt
tcacatgtactttgttgaggcagtttatgatggaatttgtcattatgttaatgaggggttgtggcatttcaattaaaggcattgtgtttgaatttagaagttttcttttcatctgttagacttcaatgaaatgttaattgttctactgttggatcagGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGATCCCCT
GAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTA
AAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCCAGCTT
TTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTACCCCAT
AAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
Intron 2 GTAAGAATCA ... ATTTTTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.89 | 116 | 9.3 | 5 |
| A2 | 8.41 | 92 | 9.3 | 8 |
| A3 | 4.23 | 99 | 5.1 | 5 |
| A4 | 8.04 | 82 | 7.9 | 7 |
| A5 | 4.58 | 49 | 2.6 | 5 |
| A6 | 3.7 | 107.1 | 5.2 | 0 |
| A7 | 5.72 | 315 | 22.7 | 8 |
| A8 | 3.05 | 196 | 7.4 | 2 |
| A9 | 3.6 | 274 | 12.8 | 2 |
| A10 | 3.29 | 232 | 9.6 | 2 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACTAGATATATTGGTGGAATTTATAACCTATAGCTAGGGCAAATGTAATATCTGGGTTTGTTGGATATGTGGTTTTGTGCAGGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGTGAGTATAAAAG
TTCAAAGTGAATGTTCAACACTAATCCCTTATTTCCATCCAATGTTCATATTTGATACCGGATAATATATCTGGGCAGTGTTTTGCAGGCGATATGTACCTAGTTTCATTTCCTATTTTTTGCAATGTCTTTTGTAGCTTTTGCATGGACTCTTCGAGCTCCTACTATGAATATGCATTCTATTTATTCGTCGTAAGGCA
TACATAGTGCATCCTTGGCTCATTTACTCTAATAAGTGGCCTCATTGGTCACATGGATGCAACTCACTCAGGGTCATACTTGTTGCAGGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAgtaagaatcagcagttgtatttgta
ctatgttaaatgtgccaataaaagtgttcaatctgaacaatacattctaattttattaagtttttatcactgcttgccctggaaggatgttaacttgacttagttgtttaaaactttattttttcagAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAA
TTCGTGCAGGAGTCAAGGTATGCAATAAATCTTGCTTTATACTTCCCTAGAATTTCCCAAAATTTTATGCAAGATATTGTCACTGGATAGGATTAAAGTCTTTGGCGATTTTCTGTGTGAAGCTCAGATCATAGATTTATTTGTCTTATTGCTTTGTGCTAAATAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAA
ACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAA
Intron 3 GTTAGTGTGA ... ATGGTCATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.83 | 169 | 50 | 28.2 |
| A2 | 23.48 | 176 | 54 | 29.2 |
| A3 | 24.73 | 137 | 45 | 21.8 |
| A4 | 23.65 | 113 | 35 | 21.1 |
| A5 | 29.33 | 53 | 22 | 11.3 |
| A6 | 25.41 | 244 | 83.1 | 37.3 |
| A7 | 23.15 | 644 | 194 | 97.2 |
| A8 | 21.72 | 451 | 125.1 | 76.4 |
| A9 | 24.87 | 450 | 149 | 70.5 |
| A10 | 23.03 | 462 | 138.3 | 70.8 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTATATTTTCCTTGGACCTTATTGCAAACCTAAACCAAAGCGAACCACGCTGCAAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTG
TTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTGCACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGC
AATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAA
ATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGC
ACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATT
AGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTG
GAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGgttagtgtgaaatgactgaaatccaatctgtttgattactgtcagtatctcttgccttgtgacatgttgatcataata
tcttatgataaagtgttggagttttgtttgagttgtgttcttttcgataatggcggtgagactgcagcctacagatttattcaatagcacaagcacccaaaattttgttttgtttgggtgaagcaagaatgcctaccatttactttactgatattcttttttatctgaaggtttattggttttgatggtcatagGTAACT
GTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGGTGTGCATTGGCATGAGTTTCATATGTCATTGTTTAAAGATGCTATTAAAGTCCCTTTTCGTGCTTGTATATATCAAATGCAAATGACGAAATCTTATGCCCGGC
Intron 4 GTAATTTTCT ... TTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.42 | 128 | 8.4 | 37 |
| A2 | 31.25 | 121 | 5.7 | 55 |
| A3 | 24.31 | 109 | 8.2 | 35 |
| A4 | 28.89 | 128 | 7.5 | 52 |
| A5 | 37.08 | 56 | 4.5 | 33 |
| A6 | 23.29 | 56 | 1.8 | 17 |
| A7 | 26.02 | 199 | 8.7 | 70 |
| A8 | 22.02 | 131 | 8.1 | 37 |
| A9 | 23.58 | 188 | 9.6 | 58 |
| A10 | 23.86 | 150 | 5.1 | 47 |
>TRINITY_DN109529_c0_g1_i17 from sample A3 / Example spliced isoformTCCAAGTTTGCACGATTATTTTTTATATTTTCCTTGGACCTTATTGCAAACCTAAACCAAAGCGAACCACGCTGCAAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACA
TGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTTTCTGCACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTG
GTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAG
CAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGA
GGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAA
AGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCA
ATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTAT
AGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGGTTTTGCAGTTTTCTCAATTTCTTTCATTCTGCTATTTAATTGCTTGCATCTGTATATA
>TRINITY_DN109529_c0_g1_i16 from sample A3 / Example unspliced isoform:ACAAATGATGCTGCAGGAGATGgtaattttctatttaggggcctatgggctttgtagtcaagatcctgtcggatttaaatttattatttgggagataaataaattgatgtcttatcatgtagatacttggaactgcattttgtgatgagcacagtctcatgtatttcatggaaatcttataatttggctttgatatgata
attaatactgcaccgattactgatttatgtttttgaggctagaggtgctgtgaattagattgtacttattgacaataaaattgttttgtgcagGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCA
ATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGG
Intron 5 GTATGGCCTA ... TTATATCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.05 | 119 | 0 | 28 |
| A2 | 24.02 | 136 | 1 | 43 |
| A3 | 13.87 | 205 | 0 | 33 |
| A4 | 22.65 | 140 | 0 | 41 |
| A5 | 8.97 | 71 | 0 | 7 |
| A6 | 21.26 | 100 | 0 | 27 |
| A7 | 19.03 | 268 | 0 | 63 |
| A8 | 20.11 | 151 | 0 | 38 |
| A9 | 12.35 | 220 | 0 | 31 |
| A10 | 14.1 | 262 | 0 | 43 |
>TRINITY_DN110237_c0_g2_i1 from sample A2 / Example spliced isoformCCAGATTAAAAAAAACCTTCACCTCATCATGGTTGAAACCTCCAAGTTTGCACGATTATTTTTTATATTTTCCTTGGACCTTATTGCAAACCTAAACCAAAGCGAACCACGCTGCAAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATT
ATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTGCACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTA
AGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTT
CAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGA
CACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGCATGAATTTCTATGATGGTGATAAATTTTTTATTCTGAATAGATTTTTGTATAACGAGATGCAGCTCTAGATGAGTTTTTTACTGTGTGACCCTATCTGCATGAGCGTTGACTTTTATAATTAGTCTTTTGTGTGGAAATATGATC
ACTAGTGTCAATTTTCTCTTTGAAGGGATTATCTTCTGGATGAATCTATATTTGTTATACAGGCATGTAATGAGAGAAGTGAGGTGCACACTCTATAGCTGGGTCGGGGCTGGGGGTGATCCATCAACTCCTGGAACATTGCATTGAATATGGACATTAGCATAGGCTCATAAAAACCTGGGTCTAATATGTACCTTGAC
TTTGTAAAATTCTAAACGTTGGTTTGATTATGC
>TRINITY_DN110237_c0_g2_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:AATGGGACCAAAGgtatggcctagtgaaaacttttagtttccttttcctagtgctgttaagatgtgtaaaggctatatttgaaagtgggttatttggttattcatgttctctctattggtttctgttatacgtttctctgttcttggtggtttcttgatgcaatcacttctttgcattggttggttggccatattcctga
ttttgttttttttatatcaagGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCAT
CCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAAT
TGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATT
TCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGT
ACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATG
ATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAA
AAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGAT
CATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGG
AGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCT
ACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTA
CCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAGTTGATTCAAAAATCTACATTTATATTTAAAGAAAGTCTG
Intron 6 GTATGGCCTA ... TTATATCAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.93 | 119 | 24 | 28 |
| A2 | 17.33 | 136 | 14 | 43 |
| A3 | 14.58 | 205 | 37 | 33 |
| A4 | 17.4 | 140 | 18 | 41 |
| A5 | 7.19 | 71 | 4 | 7 |
| A6 | 17.36 | 100 | 15 | 27 |
| A7 | 15.32 | 268 | 34 | 63 |
| A8 | 16.57 | 151 | 22 | 38 |
| A9 | 14.73 | 220 | 45 | 31 |
| A10 | 10.73 | 262 | 20 | 43 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGGTCGGTATCGAAAACTTTACACCGACGTGTTTTTTCTGATGTTATGTGAATGCTAGGATTAATTTTGTTGGGTAGCAGGGTTTAGGGTTTAAGTTTTGCTAACTTTACAAATCTCATAGGGAGTCCGTAAATAATAGAACAAAAACTTGCTATTCT
TGTCTGCTATTCCGATGCTTTAGTATGATATTTCCTATACATGGCATTTGATGAATGCATTGGGTAATGTTTGTGTAAGGAAATGATTGATATAGAGTTAAACAGAATATGTGAGGATATTTGTGGATTTGAATAACGAGCTAAACTTGCAAGCTCAGGCTCTCATGTCAGTGTTCATATTATATTGAAAGCATTAAGCT
CAGGGAGGCTTAATAGACCCGTGGTTTCATGATCCTATTCAGGTTCCGTTGCAAATGTTGTTGTCCTCTATTACATAATGCTCGCTGCCCAGCTGTCGATTTTTATGTTTTCAGAAGTTGGGGTACATAGTGTTTTGGTTGGGACATATCATATCGTTGCCATTTATATTGCCTTCAATGTCTGTCCGTAAGTAGTAGTA
CTGCTTTTGTGTTGCAGAGACAATAACAAAGCGTGATAATTATGCTTTTAGCTCTGGCGTTTTGATCTCATGTTCCTTCTCCATTAATACTGGATTGTACCATTATACACATTATTATCATCCTTCTTTTTCCCACCCATGTACATTCCCTTAATGCTGATGCTATTGCAGATATCATTTCCTTTGTGCCCAATGAGTCA
GAAATAGAATCGGCAACTGACTATGATTTCACTCCAACTTTATTCCTGAAATGCGCATTTACCATGTTGTTCAGTTGCATGTCATAAGAAGGGCTGATCAGTTTGTTTGCTTTCACTGACATTTGGATTTCCAAATCTCTTTGGGTCATCATGGTAATCCCAACCGGGCAAGCTCCTAAATTAGCCTTGAACATCATAGT
TTGAATTTGTGCTCGGAGATCAGCAAAGATATCGTAGTTTGAATATTGAAGCAAGATGTAAGTTGTACTGGTGCATTGCATCGATCGTGTCTTGATTAAGCGGGTTTTTTAAGTTTTGGGTCGGTTTGAAGGAGTTGAGGCAATTGTAGGTTGTTGTGATTAGGTTTTGCCACCTTGAGGTAATACTGCCAGCCTGTCAC
TTGAAGGCTGTTTTGACAAGTTTTTGATACCTTGGTGCAGCACTGGTAATCTGTCACTTGCAGGCCGTATAGAGCTGTATGATAGATCATAAGGTTTCATAGGATGCCATCTTAGATGGTTGCCTTGTATTATGGTTGTTTTGGGGGATAAATGTGTGGCAGGGTAGAAAAGTTCATTTGCCAAGTTTAAATTTTCCGTC
TTTATGTTATTGTTACCTTTAAGATATTTCTTCTTCGTAGGCATCGATTTCTTGTTCAAAGATTATTGGTGGAATCTTTGTTGCTATTATTGTGGAAGTTGTTTTGAATTTAATATCAAACTCCTAACTTAATGTCTGACCTGAGAGGAACATTTGATTTCCAGGACTTCATAGTTAAAGTAGGTTAAGAATATTGTAGT
ATCGTAATATATTGCTAGCTTACTTACATAGTTGTTCTTGTTTATTGTTCTATGCAGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGA
CAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACT
CGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGC
CAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATT
TGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACT
GGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGA
GAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTC
AAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGAT
CCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAG
GGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCC
AGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTAC
CCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GCTAGATATAATCCGGAAATCAGACAGGATGAGGGCATGATAATGCCAAAACATTCTACAGTGTTATTTACATGTGATAGTGCAATCCTCTGTCTAACCATTATTTGTTTTTTAATGGTTCAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAAT
GCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGgtatggcctagtgaaaacttttagtttccttttcctagtgctgttaagatgtgtaaaggctatatttgaaagtgggttatttggttattcatgttctctctattggtttctgttatacgtttctctgttcttggtggtttcttga
tgcaatcacttctttgcattggttggttggccatattcctgattttgtttttttatatcaagGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCT
ACAAATGATGCTGCAGGAGATGGTAATTTTCTATTTAGGGGCCTATGGGCTTTGTAGTCAAGATCCTGTCGGATTTAAATTTATTATTTGGGAGATAAATAAATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATA
ATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCA
ATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGCATGAATTTCTATGATGGTGATAAATTTTTTATTCTGAATAGATTTTTGTATAACGAGATGCAGCTCTAGATGAGTTTTTTACTGTGTGACCCTATCTGCATGAGCGTTGACTTTTATAATTAGTCTTTT
GTGTGGAAATATGATCACTAGTGTCAATTTTCTCTTTGAAGGGATTATCTTCTGGATGAATCTATATTTGTTATACAGGCATGTAATGAGAGAAGTGAGGTGCACACTCTATAGCTGGGTCGGGGCTGGGGGTGATCCATCAACTCCTGGAACATTGCATTGAATATGGACATTAGCATAGGCTCATAAAAACCTGGGTC
TAATATGTACCTTGACTTTGTAAAATTCTAAACGTTGGTTTGATTATGCACCTTGAGGTTGTGAAACTCAAAAATGCATATATTGAAAGTTGAAACTGACACAAATGGTTGGAACTTGAGCTATGTAACCTTGAGGCGCACATCAGACCTTGGTTTAAATGGTGTTCTGCTTGTTATATTTACCAGCATAGATCCATGCC
AACCCCAGACCTATTTCCTATTAAGCACTGAGAGGGATGAAAAACAAGTGCAAACCTCTTGACGCTTTAAAATTCAAGGTTAAGATGTATCCATGTTAGTTTATATATATATATATGTTATTGTAATTAATAAAAGATGGATTCTTTCACCCCATGCTGCAAGGGCAATTTTCTTTTCCA
Intron 7 GTGGAAATCC ... ATTGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.35 | 204.2 | 4.5 | 53.2 |
| A2 | 16.36 | 240.8 | 3 | 49 |
| A3 | 11.89 | 189.1 | 3.9 | 26.2 |
| A4 | 18.22 | 177.6 | 7.8 | 40.1 |
| A5 | 17.11 | 87.8 | 2.8 | 18.6 |
| A6 | 16.17 | 452.6 | 3 | 90.4 |
| A7 | 14.86 | 991.1 | 8.1 | 178.2 |
| A8 | 15.82 | 785.2 | 7.3 | 151.4 |
| A9 | 15.17 | 899.9 | 10.7 | 164.8 |
| A10 | 11.57 | 734 | 10.5 | 98 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i8 from sample A1 / Example unspliced isoform:AGATAATTCAGAATGCATTGAAGgtggaaatccataatgtgtttttgtgtattattgtaatatgtctgtatgttgcctcctttgtccataaatctgatttgggatattttatgattgttacagATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAA
TCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTG
GCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGA
CAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTG
GGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
Intron 8 GTATGCAATA ... TGCTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.78 | 155 | 12 | 7 |
| A2 | 2.75 | 106 | 5 | 1 |
| A3 | 2.78 | 140 | 4 | 4 |
| A4 | 4.67 | 102 | 5 | 5 |
| A5 | 6.8 | 48 | 2 | 5 |
| A6 | 1.49 | 165 | 0 | 5 |
| A7 | 1.7 | 463 | 7 | 9 |
| A8 | 1.36 | 253 | 2 | 5 |
| A9 | 0.44 | 342.7 | 2 | 1 |
| A10 | 0.53 | 377 | 1 | 3 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGGTCGGTATCGAAAACTTTACACCGACGTGTTTTTTCTGATGTTATGTGAATGCTAGGATTAATTTTGTTGGGTAGCAGGGTTTAGGGTTTAAGTTTTGCTAACTTTACAAATCTCATAGGGAGTCCGTAAATAATAGAACAAAAACTTGCTATTCT
TGTCTGCTATTCCGATGCTTTAGTATGATATTTCCTATACATGGCATTTGATGAATGCATTGGGTAATGTTTGTGTAAGGAAATGATTGATATAGAGTTAAACAGAATATGTGAGGATATTTGTGGATTTGAATAACGAGCTAAACTTGCAAGCTCAGGCTCTCATGTCAGTGTTCATATTATATTGAAAGCATTAAGCT
CAGGGAGGCTTAATAGACCCGTGGTTTCATGATCCTATTCAGGTTCCGTTGCAAATGTTGTTGTCCTCTATTACATAATGCTCGCTGCCCAGCTGTCGATTTTTATGTTTTCAGAAGTTGGGGTACATAGTGTTTTGGTTGGGACATATCATATCGTTGCCATTTATATTGCCTTCAATGTCTGTCCGTAAGTAGTAGTA
CTGCTTTTGTGTTGCAGAGACAATAACAAAGCGTGATAATTATGCTTTTAGCTCTGGCGTTTTGATCTCATGTTCCTTCTCCATTAATACTGGATTGTACCATTATACACATTATTATCATCCTTCTTTTTCCCACCCATGTACATTCCCTTAATGCTGATGCTATTGCAGATATCATTTCCTTTGTGCCCAATGAGTCA
GAAATAGAATCGGCAACTGACTATGATTTCACTCCAACTTTATTCCTGAAATGCGCATTTACCATGTTGTTCAGTTGCATGTCATAAGAAGGGCTGATCAGTTTGTTTGCTTTCACTGACATTTGGATTTCCAAATCTCTTTGGGTCATCATGGTAATCCCAACCGGGCAAGCTCCTAAATTAGCCTTGAACATCATAGT
TTGAATTTGTGCTCGGAGATCAGCAAAGATATCGTAGTTTGAATATTGAAGCAAGATGTAAGTTGTACTGGTGCATTGCATCGATCGTGTCTTGATTAAGCGGGTTTTTTAAGTTTTGGGTCGGTTTGAAGGAGTTGAGGCAATTGTAGGTTGTTGTGATTAGGTTTTGCCACCTTGAGGTAATACTGCCAGCCTGTCAC
TTGAAGGCTGTTTTGACAAGTTTTTGATACCTTGGTGCAGCACTGGTAATCTGTCACTTGCAGGCCGTATAGAGCTGTATGATAGATCATAAGGTTTCATAGGATGCCATCTTAGATGGTTGCCTTGTATTATGGTTGTTTTGGGGGATAAATGTGTGGCAGGGTAGAAAAGTTCATTTGCCAAGTTTAAATTTTCCGTC
TTTATGTTATTGTTACCTTTAAGATATTTCTTCTTCGTAGGCATCGATTTCTTGTTCAAAGATTATTGGTGGAATCTTTGTTGCTATTATTGTGGAAGTTGTTTTGAATTTAATATCAAACTCCTAACTTAATGTCTGACCTGAGAGGAACATTTGATTTCCAGGACTTCATAGTTAAAGTAGGTTAAGAATATTGTAGT
ATCGTAATATATTGCTAGCTTACTTACATAGTTGTTCTTGTTTATTGTTCTATGCAGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGA
CAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACT
CGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGC
CAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATT
TGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACT
GGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGA
GAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTC
AAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGAT
CCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAG
GGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCC
AGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTAC
CCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:AACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAA
GGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCG
CAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAA
AAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGT
CCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAGTAAGAATCAGCAGTTGTATTTGTACTATGTTAAATGTGCCAATAAAAGTGTTCAATCTGAACAATACATTCTAATTTTATTAAGTTTTTATCACTGCTTGCCCTGGAAGGATGTTAACTTGACTTAGTTGTTTAAAACTTTATTTTTTCAGAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGT
GTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGgtatgcaataaatattgctttatacttccctagaatttacaaaattttatgcaagatattgtcactggataggattaaagtctttggcgattttctgtgtgaagctcagatcatagatttatttgtcttattg
ctttgtgctaaatagGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAGTTAGTTCCTTGCACCCCTTTCTTAGATGTTTGTTTTCTTGCCACAATGTTTATTCTGTGCCATGCACATGGTAACAGTTAATTTTATTCGAATTTATGATAGC
AGTACTATAATTTTGCTTACTACCAAGGGAAATTTGATTCAATATTTTGTTAGTTTTTAGGTTTGGGAGGGGGAAGGGAAATTTCTGTTGTTTATATGCATATTCTAGA
Intron 9 GTTTTGCAGT ... TCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.96 | 308.9 | 22.3 | 65.3 |
| A2 | 12.81 | 301.9 | 22.5 | 49.4 |
| A3 | 13.26 | 340.5 | 24.3 | 57 |
| A4 | 16.08 | 204.7 | 18.1 | 42.7 |
| A5 | 18.1 | 132.1 | 6.1 | 33.4 |
| A6 | 14.43 | 563.1 | 29.7 | 106.3 |
| A7 | 13.99 | 1181.1 | 70.7 | 211.1 |
| A8 | 14.4 | 834.8 | 48.3 | 155.7 |
| A9 | 12.78 | 961.7 | 43.7 | 155.4 |
| A10 | 14.44 | 990.4 | 54.9 | 186.1 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTATATTTTCCTTGGACCTTATTGCAAACCTAAACCAAAGCGAACCACGCTGCAAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTG
TTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTGCACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGC
AATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAA
ATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGC
ACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATT
AGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTG
GAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAG
ATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGgttttgcagttttctcaatttctttcattctgctatttaattgcttgcatctgtatataataaacatgcatttagtgctacttgttcaatgtcttaacttttgt
cttctcttttgcagATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATA
ATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGC
AAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAA
GTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGAT
CAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGA
TCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
Intron 10 GTGTGCATTG ... TTGCTAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.07 | 171.4 | 5.4 | 4.2 |
| A2 | 0.62 | 191.8 | 1.2 | 12.8 |
| A3 | 1.71 | 184.8 | 3.2 | 4.4 |
| A4 | 5.99 | 113.6 | 7.2 | 9.2 |
| A5 | 3.24 | 52.2 | 1.8 | 1.6 |
| A6 | 0.56 | 284.4 | 1.6 | 3.4 |
| A7 | 0.56 | 685.6 | 3.8 | 4.2 |
| A8 | 1.01 | 467.4 | 4.8 | 6 |
| A9 | 1.11 | 518 | 5.8 | 4.2 |
| A10 | 0 | 502.8 | 0 | 8 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGGTCGGTATCGAAAACTTTACACCGACGTGTTTTTTCTGATGTTATGTGAATGCTAGGATTAATTTTGTTGGGTAGCAGGGTTTAGGGTTTAAGTTTTGCTAACTTTACAAATCTCATAGGGAGTCCGTAAATAATAGAACAAAAACTTGCTATTCT
TGTCTGCTATTCCGATGCTTTAGTATGATATTTCCTATACATGGCATTTGATGAATGCATTGGGTAATGTTTGTGTAAGGAAATGATTGATATAGAGTTAAACAGAATATGTGAGGATATTTGTGGATTTGAATAACGAGCTAAACTTGCAAGCTCAGGCTCTCATGTCAGTGTTCATATTATATTGAAAGCATTAAGCT
CAGGGAGGCTTAATAGACCCGTGGTTTCATGATCCTATTCAGGTTCCGTTGCAAATGTTGTTGTCCTCTATTACATAATGCTCGCTGCCCAGCTGTCGATTTTTATGTTTTCAGAAGTTGGGGTACATAGTGTTTTGGTTGGGACATATCATATCGTTGCCATTTATATTGCCTTCAATGTCTGTCCGTAAGTAGTAGTA
CTGCTTTTGTGTTGCAGAGACAATAACAAAGCGTGATAATTATGCTTTTAGCTCTGGCGTTTTGATCTCATGTTCCTTCTCCATTAATACTGGATTGTACCATTATACACATTATTATCATCCTTCTTTTTCCCACCCATGTACATTCCCTTAATGCTGATGCTATTGCAGATATCATTTCCTTTGTGCCCAATGAGTCA
GAAATAGAATCGGCAACTGACTATGATTTCACTCCAACTTTATTCCTGAAATGCGCATTTACCATGTTGTTCAGTTGCATGTCATAAGAAGGGCTGATCAGTTTGTTTGCTTTCACTGACATTTGGATTTCCAAATCTCTTTGGGTCATCATGGTAATCCCAACCGGGCAAGCTCCTAAATTAGCCTTGAACATCATAGT
TTGAATTTGTGCTCGGAGATCAGCAAAGATATCGTAGTTTGAATATTGAAGCAAGATGTAAGTTGTACTGGTGCATTGCATCGATCGTGTCTTGATTAAGCGGGTTTTTTAAGTTTTGGGTCGGTTTGAAGGAGTTGAGGCAATTGTAGGTTGTTGTGATTAGGTTTTGCCACCTTGAGGTAATACTGCCAGCCTGTCAC
TTGAAGGCTGTTTTGACAAGTTTTTGATACCTTGGTGCAGCACTGGTAATCTGTCACTTGCAGGCCGTATAGAGCTGTATGATAGATCATAAGGTTTCATAGGATGCCATCTTAGATGGTTGCCTTGTATTATGGTTGTTTTGGGGGATAAATGTGTGGCAGGGTAGAAAAGTTCATTTGCCAAGTTTAAATTTTCCGTC
TTTATGTTATTGTTACCTTTAAGATATTTCTTCTTCGTAGGCATCGATTTCTTGTTCAAAGATTATTGGTGGAATCTTTGTTGCTATTATTGTGGAAGTTGTTTTGAATTTAATATCAAACTCCTAACTTAATGTCTGACCTGAGAGGAACATTTGATTTCCAGGACTTCATAGTTAAAGTAGGTTAAGAATATTGTAGT
ATCGTAATATATTGCTAGCTTACTTACATAGTTGTTCTTGTTTATTGTTCTATGCAGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGA
CAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACT
CGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGC
CAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATT
TGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACT
GGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGA
GAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTC
AAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGAT
CCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAG
GGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCC
AGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTAC
CCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTTTTAGACCTGCATGTTTTTAATTTATTTACTATGATGAATAAATTTTTTACAAGTACTATCTA
AAATGGGGTTGCATGATATGCTGGGAGCAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATA
TTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAG
GAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTTAGTGTGAAATGACTGAAATCCAATCTGTTTGATTACTGT
CAGTATCTCTTGCCTTGTGACATGTTGATCATAATATCTTATGATAAAGTGTTGGAGTTTTGTTTGAGTTGTGTTCTTTTCGATAATGGCGGTGAGACTGCAGCCTACAGATTTATTCAATAGCACAAGCACCCAAAATTTTGTTTTGTTTGGGTGAAGCAAGAATGCCTACCATTTACTTTACTGATATTCTTTTTTAT
CTGAAGGTTTATTGGTTTTGATGGTCATAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGgtgtgcattggcatgagtttcatatgtcattgtttaaagatgctattaaagtcccttttcgtgcttgtatatatcaaatgcaaatgacgaaa
tcttatgctcggccttgattaactgacaagctatattgctaatagATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGGTTTTGCAGTTTTCTCAATTTCTTTCATTCTGCTATTTAATTGCTTGCATCTGTATATA
ATAAACATGCATTTAGTGCTACTTGTTCAATGTCTTAACTTTTGTCTTCTCTTTTGCAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTAAACTGCTGCTTACAGTGTTTTATTTTATTTTGGGGACG
TGATCACTTAAGAGTAAGCTCCCTTGTCTCTTTTGTTTATGTCAAGTGGCATGGCTTAAAGCATATGTTTCTGCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGGTGGAAATCCATAATGTGTT
TTTGTGTATTATTGTAATATGTCTGTATGTTGCCTCCTTTGTCCATAAATCTGATTCGGGATATTTTATGATTGTTACAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTAAAGAATTCATT
TCACATGTACTTTGTTGAGGCAGTTTATGATGGAATTTGTCATTATGTTAATGAGGGGTTGTGGCATTTCAATTAAAGGCATTGTGTTTGAATTTAGAAGTTTTCTTTTCATCTGTTAGACTTCAATGAAATGTTAATTGTTCTACTGTTGGATCAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGATCCCCT
GAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTA
AAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCCAGCTT
TTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTACCCCAT
AAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
Intron 11 GTAAACTGCT ... GTTTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.12 | 268.2 | 37.4 | 52.9 |
| A2 | 17.29 | 347.2 | 43 | 74.3 |
| A3 | 13.47 | 267.4 | 41 | 42.3 |
| A4 | 18.74 | 227.5 | 26.9 | 53.7 |
| A5 | 15.83 | 122.2 | 16 | 23.3 |
| A6 | 14.2 | 613 | 60.6 | 103.9 |
| A7 | 16.05 | 1291 | 165.6 | 252.7 |
| A8 | 17.1 | 917 | 104.1 | 194.3 |
| A9 | 17.89 | 1054.7 | 128.6 | 235.7 |
| A10 | 17.65 | 1132 | 117.5 | 249.1 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:TAGAGGAGGGTATTGTGCCAGgtaaactgctgcttacagtgttttattttattttggggacgtgatcacttaagagtaagctcccttgtctcttttgtttatgtcaagtggcatggcttaaagcatatgtttctgcagGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTC
GACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGAT
CAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGG
TTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAG
GGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTA
CAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
Intron 12 GTGAGTATAA ... CTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.61 | 137 | 22.8 | 12.4 |
| A2 | 9.25 | 130 | 13.8 | 7.8 |
| A3 | 13.55 | 143 | 23 | 6.4 |
| A4 | 22.38 | 105 | 31 | 4.4 |
| A5 | 7.3 | 65 | 5.4 | 2 |
| A6 | 6.91 | 151 | 11.6 | 4.2 |
| A7 | 8.51 | 475 | 45.8 | 11.8 |
| A8 | 8.98 | 244 | 24.8 | 7.8 |
| A9 | 7.69 | 357 | 31 | 10.2 |
| A10 | 8.59 | 341 | 33.2 | 8.4 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i14 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACTAGATATATTGGTGGAATTTATAACCTATAGCTAGGGCAAATGTAATATCTGGGTTTGTTGGATATGTGGTTTTGTGCAGGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTgtgagtataaaag
ttcaaagtgaatgttcaacactaatcccttatttccatccaatgttcatatttgataccggataatatatctgggcagtgttttgcaggcgatatgtacctagtttcatttcctattttttgcaatgtcttttgtagcttttgcatggactcttcgagctcctactatgaatatgcattctatttattcgtcgtaaggca
tacatagtgcatccttggctcatttactctaataagtggcctcattggtcacatggatgcaactcactcagggtcatacttgttgcagGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAGTAAGAATCAGCAGTTGTATTTGTA
CTATGTTAAATGTGCCAATAAAAGTGTTCAATCTGAACAATACATTCTAATTTTATTAAGTTTTTATCACTGCTTGCCCTGGAAGGATGTTAACTTGACTTAGTTGTTTAAAACTTTATTTTTTCAGAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAA
TTCGTGCAGGAGTCAAGGTATGCAATAAATCTTGCTTTATACTTCCCTAGAATTTCCCAAAATTTTATGCAAGATATTGTCACTGGATAGGATTAAAGTCTTTGGCGATTTTCTGTGTGAAGCTCAGATCATAGATTTATTTGTCTTATTGCTTTGTGCTAAATAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAA
ACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAA
Intron 13 GTAAGTCAAA ... TTTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.44 | 141.5 | 0 | 10 |
| A2 | 2.51 | 118.8 | 2 | 4 |
| A3 | 8.18 | 124.8 | 12 | 10 |
| A4 | 9.95 | 111.8 | 8 | 16 |
| A5 | 7.03 | 40.3 | 0 | 6 |
| A6 | 2.62 | 94.8 | 4 | 1 |
| A7 | 2.77 | 303.8 | 9 | 8 |
| A8 | 3.55 | 193.3 | 10 | 4 |
| A9 | 0.92 | 275.5 | 4 | 1 |
| A10 | 1.94 | 230.5 | 5 | 4 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGGTCGGTATCGAAAACTTTACACCGACGTGTTTTTTCTGATGTTATGTGAATGCTAGGATTAATTTTGTTGGGTAGCAGGGTTTAGGGTTTAAGTTTTGCTAACTTTACAAATCTCATAGGGAGTCCGTAAATAATAGAACAAAAACTTGCTATTCT
TGTCTGCTATTCCGATGCTTTAGTATGATATTTCCTATACATGGCATTTGATGAATGCATTGGGTAATGTTTGTGTAAGGAAATGATTGATATAGAGTTAAACAGAATATGTGAGGATATTTGTGGATTTGAATAACGAGCTAAACTTGCAAGCTCAGGCTCTCATGTCAGTGTTCATATTATATTGAAAGCATTAAGCT
CAGGGAGGCTTAATAGACCCGTGGTTTCATGATCCTATTCAGGTTCCGTTGCAAATGTTGTTGTCCTCTATTACATAATGCTCGCTGCCCAGCTGTCGATTTTTATGTTTTCAGAAGTTGGGGTACATAGTGTTTTGGTTGGGACATATCATATCGTTGCCATTTATATTGCCTTCAATGTCTGTCCGTAAGTAGTAGTA
CTGCTTTTGTGTTGCAGAGACAATAACAAAGCGTGATAATTATGCTTTTAGCTCTGGCGTTTTGATCTCATGTTCCTTCTCCATTAATACTGGATTGTACCATTATACACATTATTATCATCCTTCTTTTTCCCACCCATGTACATTCCCTTAATGCTGATGCTATTGCAGATATCATTTCCTTTGTGCCCAATGAGTCA
GAAATAGAATCGGCAACTGACTATGATTTCACTCCAACTTTATTCCTGAAATGCGCATTTACCATGTTGTTCAGTTGCATGTCATAAGAAGGGCTGATCAGTTTGTTTGCTTTCACTGACATTTGGATTTCCAAATCTCTTTGGGTCATCATGGTAATCCCAACCGGGCAAGCTCCTAAATTAGCCTTGAACATCATAGT
TTGAATTTGTGCTCGGAGATCAGCAAAGATATCGTAGTTTGAATATTGAAGCAAGATGTAAGTTGTACTGGTGCATTGCATCGATCGTGTCTTGATTAAGCGGGTTTTTTAAGTTTTGGGTCGGTTTGAAGGAGTTGAGGCAATTGTAGGTTGTTGTGATTAGGTTTTGCCACCTTGAGGTAATACTGCCAGCCTGTCAC
TTGAAGGCTGTTTTGACAAGTTTTTGATACCTTGGTGCAGCACTGGTAATCTGTCACTTGCAGGCCGTATAGAGCTGTATGATAGATCATAAGGTTTCATAGGATGCCATCTTAGATGGTTGCCTTGTATTATGGTTGTTTTGGGGGATAAATGTGTGGCAGGGTAGAAAAGTTCATTTGCCAAGTTTAAATTTTCCGTC
TTTATGTTATTGTTACCTTTAAGATATTTCTTCTTCGTAGGCATCGATTTCTTGTTCAAAGATTATTGGTGGAATCTTTGTTGCTATTATTGTGGAAGTTGTTTTGAATTTAATATCAAACTCCTAACTTAATGTCTGACCTGAGAGGAACATTTGATTTCCAGGACTTCATAGTTAAAGTAGGTTAAGAATATTGTAGT
ATCGTAATATATTGCTAGCTTACTTACATAGTTGTTCTTGTTTATTGTTCTATGCAGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGA
CAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAAATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACT
CGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGC
CAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATT
TGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACT
GGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACAACAGATTATGATAAGGA
GAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAAGGAGCTAGAAAAACTTC
AAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGAAGGCAGGGATCATTGAT
CCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTGTCCTGTTCGGAGAGTAG
GGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCTAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCCTGTAGTTTCTACAACCC
AGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTTCTAGCATGTACCTTTAC
CCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATTCAGCTTCTGGAGATGGCAG
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:ATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTATATGTTCTGTATGAATGCCCTCTTTAGTGATAAGTCTTTTAGACCTGCATGTTTTTAATTTATTTACTATGATGAATAAATTTTTTACAAGTACTATCTA
AAATGGGGTTGCATGATATGCTGGGAGCAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAgtaagtcaaatgattgtacagactagatatattggtggaatttataacctatagctagggcaaatgtaatatct
gggtttgttggatatgtggttttgtgcagGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGTGAGTATAAAAGTTCAAAGTGAATGTTCAACACTAATCCCTTATTTCCATCCAATGTTCATATTT
GATACCGGATAATATATCTGGGCAGTGTTTTGCAGGCGATATGTACCTAGTTTCATTTCCTATTTTTTGCAATGTCTTTTGTAGCTTTTGCATGGACTCTTCGAGCTCCTACTATGAATATGCATTCTATTTATTCGTCGTAAGGCATACATAGTGCATCCTTGGCTCATTTACTCTAATAAGTGGCCTCATTGGTCACA
TGGATGCAACTCACTCAGGGTCG
Intron 14 GTATGCAATA ... TGCTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.59 | 152.4 | 12 | 6 |
| A2 | 2.38 | 103 | 5 | 0 |
| A3 | 2.51 | 136.5 | 4 | 3 |
| A4 | 3.89 | 99.4 | 5 | 3 |
| A5 | 2.1 | 46.8 | 2 | 0 |
| A6 | 0 | 159.3 | 0 | 0 |
| A7 | 1.32 | 452.4 | 7 | 5 |
| A8 | 0.4 | 246 | 2 | 0 |
| A9 | 0.3 | 333.5 | 2 | 0 |
| A10 | 0.13 | 365.8 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i11 from sample A1 / Example spliced isoformATTGATGTCTTATCATGTAGATACTTGGAACTGCATTTTGTGATGAGCACAGTCTCATGTATTTCATGGAAATCTTATAATTTGGCTTTGATATGATAATTAATACTGCACCGATTACTGATTTATGTTTTTGAGGCTAGAGGTGCTGTGAATTAGATTGTACTTATTGACAATAAAATTGTTTTGTGCAGGCACAACGT
GTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGCACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAA
ATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGA
AAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCTAAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTTTGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGG
ATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAAATGATTACGGAAGAGCTTGGCATGAAGCTTGAAAACGTTGAAGCTGATACGTTTGGCACAGCAAAGAAGGTAACTGTATCGAAGGATGACACTATTATTCTTGATGGCGGTGGTGATAAAAAGGCTATAGAAGAAAGATGTGAGCAGATTCGGGATGCCATTGAAGCTAGCACA
ACAGATTATGATAAGGAGAAGTATAAGGAGAGGTTGGCAAAGCTTTCGGGAGGAGTTGCAGTTCTCAAGATTGGTGGAGCCAGTGAGGCAGAGGTAGGGGAGAAGAAAGACAGAGTTACAGATGCCTTGAATGCCACTAAGGCAGCAGTAGAGGAGGGTATTGTGCCAGGTGGTGGTGTTGCTCTGCTATATGCGGCAAA
GGAGCTAGAAAAACTTCAAACCGCTAACTTCGACCAAAAGATCGGAGTGCAGATAATTCAGAATGCATTGAAGATGCCTGCATATACTATTGCTGCAAATGCTGGTGTGGAAGGTGCAGTGGTAGTTGGGAAGTTACTGGAGCAAGATAATCTTGACCTTGGCTACGATGCTGCCAAAGGTGAATATGTTGACATGGTGA
AGGCAGGGATCATTGATCCCCTGAAAGTGATCAGAACTGCATTGAGTGATGCTGCAAGTGTGTCTTCACTGTTAACCACAACAGAGTGTGTCGTTGCTGAGCTTCCCAAGGATGAGAAGGAAGGCCCAGGTATGGGCGGTGGTATGGGTGGCATGGACTACTGAAAAGCGTTTCTAGACCGGTGTGCCTTATACATGGTG
TCCTGTTCGGAGAGTAGGGTTAAAGTTAAGGTTATTTGGTATCCCCGTTCTGAAAGTAGGGTTAAACTTCAGGTTATTTAGTTTGATGGCATTTAGTTTGACCTTGTTACTGTCTAGACTCCAGAACATTACTTTTCCCCTTATTGGGGACAATTGATTATGTATTCAAGCCAACCTAAAAGTTGTTGATTGAAGTCCCC
TGTAGTTTCTACAACCCAGCTTTTTCTGCAGGGAAAAATGTAATCAAAGAGAGATCAGAGAATATTTTTTTGTTATTGATAGTTTATTGAAAGAGCTATTTTTAAAGGAAGTCTGATGTTTGGATAAAAAACTGTCGTGTCTAGTATTTGGGTTCAATCAATTGACAGGCGTTTCACGAATGCTAATGCATCTTACTGTT
CTAGCATGTACCTTTACCCCATAAAGGGTTACAGAACATTATCATCAAAGAGTGATCAGAGAATTTTTTGTTATCCA
>TRINITY_DN120284_c0_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTTATATTTTCCTTGGACCTTATTGCAAACCTAAACCAAAGCGAACCACGCTGCAAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTG
TTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTGCACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGC
AATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAAGGGTCGCAATGTTGTTATTGAACAAAGTTATGGTGCTCCAAAAGTAACAAAGGACGGTGTTACTGTAGCAAAAAGTATTGAGTTCAGTGACAAGTTAAAGAATGTTGGTGCAAGTCTTGTAAAGCAAGTTGCCAATGCTACAA
ATGATGCTGCAGGAGATGGCACAACGTGTGCTACCATCCTTACTCGCGCGATATTCGCAGAAGGCTGTAAGTCAGTTGCAGCTGGGATGAATGCAATGGACTTGAGACGAGGCATTACCATGGCAATCAATGCAGTCGTGACACATTTGAAAAGTAGAGCAAGGATGATAAGCACATCCGAGGAAATTGCACAGGTAGGC
ACCATCTCAGCAAATGGTGAAAGGGAAATTGGTGAATTGATCGCCAAAGCAATGGAAAAAGTTGGCAAAGAGGGAGTCATAACTATTGGAGATGGGAAGACATTGTACAATGAATTGGAGGTCGTGGAAGGAATGAAGTTAGATAGGGGTTATATATCCCCATATTTCATTACAAGTGAAAAGACACAAAAATGTGTGAG
TATAAAAGTTCAAAGTGAATGTTCAACACTAATCCCTTATTTCCATCCAATGTTCATATTTGATACCGGATAATATATCTGGGCAGTGTTTTGCAGGCGATATGTACCTAGTTTCATTTCCTATTTTTTGCAATGTCTTTTGTAGCTTTTGCATGGACTCTTCGAGCTCCTACTATGAATATGCATTCTATTTATTCGTC
GTAAGGCATACATAGTGCATCCTTGGCTCATTTACTCTAATAAGTGGCCTCATTGGTCACATGGATGCAACTCACTCAGGGTCATACTTGTTGCAGGAATTAGAGAATCCTCTGATCTTGATACATGAAAAGAAAATTTCAAATTTGAATGCAGTTGTCCGAGCGATGGAGCTGGCACTGAAAGTAAGAATCAGCAGTTG
TATTTGTACTATGTTAAATGTGCCAATAAAAGTGTTCAATCTGAACAATACATTCTAATTTTATTAAGTTTTTATCACTGCTTGCCCTGGAAGGATGTTAACTTGACTTAGTTGTTTAAAACTTTATTTTTTCAGAAGCAAAGAGCTCTTCTGATTGTGTCTGAGGATGTAGAGAGTGATGCACTAGCAACTTTAATTCT
AAATAAAATTCGTGCAGGAGTCAAGgtatgcaataaatcttgctttatacttccctagaatttcccaaaattttatgcaagatattgtcactggataggattaaagtctttggcgattttctgtgtgaagctcagatcatagatttatttgtcttattgctttgtgctaaatagGTGTGTGCAATCAAAGCTCCAGGCTT
TGGAGAAAACAGAAAATCTAATTTGCAGGATCTTGCTGTACTTACTGGTGGTCAA
Intron 15 GTCGGTATCG ... TTCTATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 12.54 | 122 | 20 | 15 |
| A2 | 11.11 | 104 | 17 | 9 |
| A3 | 11.25 | 146 | 28 | 9 |
| A4 | 12 | 110 | 21 | 9 |
| A5 | 15.44 | 63 | 11 | 12 |
| A6 | 8.15 | 62 | 6 | 5 |
| A7 | 6.43 | 160 | 13 | 9 |
| A8 | 5.75 | 82 | 4 | 6 |
| A9 | 7.38 | 138 | 4 | 18 |
| A10 | 9.04 | 151 | 15 | 15 |
>TRINITY_DN102554_c2_g3_i6 from sample A4 / Example spliced isoformAACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
CACAAAATGTACAGAGCAGCAGCTGCACTGGCTTCCAGAATTGGAAGCAGGAGTAGTAGCTACAGACAGAGTGCCAGTGGACTAAGTTGGAGGAGAAACTATGCCGCAAAAGATATCAGATTTGGTGTTGAAGCCAGAGCTGCAATGCTGCAAGGTGTGGAACAACTTGCAGATGCTGTAAAGGTGACAATGGGACCAAA
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>TRINITY_DN102554_c2_g3_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:AACAAAGCAATGCGATAGAAGTCAATGAAGCCTTATTAGCCCAATGCCCTAATGGAGACTTCTAGACTCTTGGTGTCTCTAATTATATTTCAATATATTTGAGCGTTTCATTGCGTGAGACACATGACAGTACCATAGCCGTGTTCAGTGCAAAGTGGTCTCTACAGCTCTCTTTCCAGACCCGACTTGAAGTTTCTCTG
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