NA ----> NA


Intron 1 GTGCGTGTTC ... ATTTTTTCAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCAGATGAAAGACTATACATTCTGCCTTTCGGTTTTACATCAGTATAACTGGAGCAGTGGTCGGTTAATTTGACCTTTATTGTGTGTTTGAATGCTATTATTGCTGCTCCTTCGAGAGAGCCTTCTGACTTAGAGCCTTGAAAACAAACACAAGAATATATCAATACGTTTTTAAGACTGTTGGGTCACATTTGCATAT
GATAATTTTGGCTAAGTAAAATATTTTCCATTGCTAAGTAGGGTAAGCAGTTCATCTATGATTGGTATTATGTCTAGTTATTTCCTTAATAATCAATAGATATGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAG
CATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGA
GCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTT
GGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAATGATCGT
CGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCG
TGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACT
CCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAA
ATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATT
GGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGAT
AATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGA
TATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGGTATTTATTTCTGCATTAAGTTTGTTGAGATTTTAGCTAATTTGTCTTTGATAAATTGATAATAGCTAGACTTTACCATGGATAT
CCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCAATAGCTAGACTTTACCATGGATATCCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCTATTTGCAATCTTTTGGTATAATTCTTTCTTATTAGTTGGTATTCTGTGTAGCATTTATCTTATTTCCAAGTTTGGAGTCTTGACTGGTCTTGCATCTG
CATTGATTTATGTTATGAAAATGGTGATTTGAGTTTGAGATTTCAAGTTCCATGCCACTTGTTCATTGGAACCAAAGCAGATTACACTGCAGATTGCATAATGATATTTTCTTCAAACTTCTGTGTTGGTTGAGATGAAAAGATTTAGTTAGCTAATGCATGAGATTTGTTGTAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTGTGAGTTTCTCTTTTACATGATCCTAAGATATGCAAAATTTGGCTTTATTATGATTGAGTAAAGTTTGGTTAGTATTTTTCTTAAATAATGGGGAGGATCTTCCTGTTAAGCTGCAGGCTTACAGTTATTGATTTATCAGGTCTTGCATTCTAATTCATACC
AGATTGCATGTAAAAATTGATAGAGTTGTGTTTTGGTGTTGCAGACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCTAGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCA
AACTTTTGACCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAgtgcgtgttctctgttttatgcttgaagattaatcttgttaaacatttagggggagcaaaaagtccacctccgtataactgttttgtctggttggggtattgatgctcttata
taagtgaatatgtttgtttattgtttgatgtgattttttcagTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGTGAGCTTTCCATGCTATTTAGTAGTGCCATTAGGGTAAATATGCATTGTAGTAGTACAGACTCTAGGTGACACTC
GGCCTTTGAAGATAGTTTCATATTATTTCTATGGTTTAGATGTTTTCATGTATCAGGATAAGAAATTATGTAATTCATTGAAAGTTGTAATGTCTAAGAGAGTAGTTATTAGCTGGTGTCTTCTAGTTGCAAGACACTAAGGAGGCATCAAATTGTACATTTATACTATACAAGGTTTGCTGAACCTCAAGGATGAAGTT
TGAACTTTGGCGAATTTCAAAAAACTTTGGATAATTCATGAAGGTTTGGCTCTAATTCCGTAACCCACGATGCCTCCACTTGCTGTTGGCAACTGTGACTCCATCTCATTGCTAGGTTTATAAGCATCGAAGCAGATCCGGACTAGATTTAGGATAGCTAAGATTATGAACCTGATGGATTCGAGTCTGTAAAGTACTGG
GTTTCTGTCATTGAAGAGCGAGAGGGAAAAAATGCACAGTTTGTACATGGCTCTGTGATAATGTGTTTCTTAATATGGTGAAGTCCTAAGAAATGTGACAACTCACAAGTGTTCAACATTTTCAACATTTTCATAGATGTTTGTATTTACATATGAGCATCCAAGTATCCACAATCTTTAATTTACATATTTGACCTGGA
ATTTGGTTACCTAACCCGGCAGTGACTGCTGTGACTCCACATCTCAGTGCTGCTATGGACCTGAAGGTGACTCCATCTTCAGACTCCACACCTGCTGGCAATGGGCCACGGCGATTTGCTGCTGTTTGCAAGTCAGTGACTTGCTACAGGCCACAGTAGCTGGTTTATAAATTATGGTTACATACATGTAATTTATTAAA
TTAATAAGAATTTTATATTAAGTTTATGACTTTATCTCTCACCCTCCCACCTTCCAC



Intron 2 GTGATATATA ... TGTTCTGTAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGCAACGCTAATGCCTTTTTGGAGACGTCCTCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTGTAAACATGTGAGAAAGAAGTCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTCTGATCTATTGCAGCAGTGGGGCAAGCCTGGCCATCTCAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGATTGTTTTGGAGTGGCCCAGAATTTGTAACC
GTCTGATGTATTTTAATTTTGAAAAGAAGAGAAGATTTCTTTTTCCAAAAGAAAAATATCTTTTTATTCATCGTGAGAGAATATACATGTATCTGTCCCTTGGACTGTACTTTTTACCAAAACTGAAAGTTCTACCGTAACCGCTAGTCTAATTTTTAGAAGGGGTGAAAATCCATTCCATCCACTGCCTGTCCATCGAC
AAATTCTGAAAAACAAAAGATACCAGTTGGCAACGCTAATGCCTCTTTGGAGAGGTAATCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTTTAAACATGTAAGAAAGAAGCCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTTTGATCTCTTGCAGTAGTGGGGCAAGCGTGTTGCCAACTGAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGAT
TGTTTTGGAGTTGCCCAGAATTTGTAACTGTCTGATGTTTTTTAATTTTGCAATGAAGAGAAGAGACCAAAGGGGTAGAAGTTCTGCTTTAGGATGAGTGCCTGGGCCTGCTGCAAAGTGCAAGTGAAAAAAATGGGAAGGGCTGAGAAACAGGACTGCTGGGTGCCTTTGACTGGTGCCGTCAAAGTAACCTAACAGAA
TTTCATACTCCAGAGAAGGCAGAATGGGTATGCGTTGCTTGGGCTGCTTAGGCTCTGATCTGTATTCCTTTGCCCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTCCGATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTATCCCTGGGAGATGAAATGAGCCCACACTGAAGAAGAT
CCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCAGGGTATGCGCTGCTTGGGTGGCTTAGGCTCCGATCTGTATTCCTTTGCTCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTTCTGTGTGTGTGTATGTGTGTATTTTATCCCCAGGAATT
GAAATTAGCCCACACTGACGAAGATCCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCCAGCTGACAATGAAGAAAAAACACTTTAGTTCGCCCTTCAAACCCTTGAAACAAACTCCCATAATTAAGGCAAATTGCAGCTCAAACTTGAGTGGTTAAATGAGGTGTTAGA
TTTTTATTTATATGTTATCTTTTTAATTTTAAGCCTTAGTTCTTTTTTATTTCTTATATTTTTTGAGCATTTTAAAGACACTGCTGCGATTTCCTGATACATATCCCAGTTGTATCCTAGTCATATCTGATCCATCTGTAGGTTGTATCCATACTGGATACAGATTTGTATGTATCTGAAGGGAGGGGAGGGCATATCTG
GGAAACTCAGAATATTCCAGTGAATTATTTACCAATATATATATAAATATATATATGCTTATAAAATGATATGATTTGTTGGTTACAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGA
TAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAAC
CAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAA
GTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGA
GAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACA
TTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTT
TGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATT
GCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACT
AATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCA
TGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAAT
CTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i20 from sample A1 / Example unspliced isoform:
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTAGTGTTGATTCTTTAAGAGGCAGATGATTTCTGAAATTTCCTGACATGTATATCATCACTTTGTAAATCATACAGTCAGCAGTATCTTATGATAAACCTTTTCACTGTTCAGTTCTGATTTTTGTTGGTTCCCATTCAATTCTTAAATCAAGTCTTACATTGTAAAGTTCCCCTAATTAAACGT
TTGTTGGTGGCTTTTATTTTTTTGTATTTGCAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCAT
TCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGgtgatatatatgactgacctcttggttgtatattggctttctccatgtgccaattgatattttattcatgtcttgcaaatatatgttctgtagGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGG
GAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAA
AGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACA
GGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAA
GAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATC
TTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT



Intron 3 GTAATTTTGA ... TTTTCAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A166.6416.73310.7
A282.476.22910.9
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A972.8643.8117.145.1
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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform
TGGCAACGCTAATGCCTTTTTGGAGACGTCCTCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTGTAAACATGTGAGAAAGAAGTCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTCTGATCTATTGCAGCAGTGGGGCAAGCCTGGCCATCTCAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGATTGTTTTGGAGTGGCCCAGAATTTGTAACC
GTCTGATGTATTTTAATTTTGAAAAGAAGAGAAGATTTCTTTTTCCAAAAGAAAAATATCTTTTTATTCATCGTGAGAGAATATACATGTATCTGTCCCTTGGACTGTACTTTTTACCAAAACTGAAAGTTCTACCGTAACCGCTAGTCTAATTTTTAGAAGGGGTGAAAATCCATTCCATCCACTGCCTGTCCATCGAC
AAATTCTGAAAAACAAAAGATACCAGTTGGCAACGCTAATGCCTCTTTGGAGAGGTAATCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTTTAAACATGTAAGAAAGAAGCCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTTTGATCTCTTGCAGTAGTGGGGCAAGCGTGTTGCCAACTGAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGAT
TGTTTTGGAGTTGCCCAGAATTTGTAACTGTCTGATGTTTTTTAATTTTGCAATGAAGAGAAGAGACCAAAGGGGTAGAAGTTCTGCTTTAGGATGAGTGCCTGGGCCTGCTGCAAAGTGCAAGTGAAAAAAATGGGAAGGGCTGAGAAACAGGACTGCTGGGTGCCTTTGACTGGTGCCGTCAAAGTAACCTAACAGAA
TTTCATACTCCAGAGAAGGCAGAATGGGTATGCGTTGCTTGGGCTGCTTAGGCTCTGATCTGTATTCCTTTGCCCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTCCGATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTATCCCTGGGAGATGAAATGAGCCCACACTGAAGAAGAT
CCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCAGGGTATGCGCTGCTTGGGTGGCTTAGGCTCCGATCTGTATTCCTTTGCTCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTTCTGTGTGTGTGTATGTGTGTATTTTATCCCCAGGAATT
GAAATTAGCCCACACTGACGAAGATCCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCCAGCTGACAATGAAGAAAAAACACTTTAGTTCGCCCTTCAAACCCTTGAAACAAACTCCCATAATTAAGGCAAATTGCAGCTCAAACTTGAGTGGTTAAATGAGGTGTTAGA
TTTTTATTTATATGTTATCTTTTTAATTTTAAGCCTTAGTTCTTTTTTATTTCTTATATTTTTTGAGCATTTTAAAGACACTGCTGCGATTTCCTGATACATATCCCAGTTGTATCCTAGTCATATCTGATCCATCTGTAGGTTGTATCCATACTGGATACAGATTTGTATGTATCTGAAGGGAGGGGAGGGCATATCTG
GGAAACTCAGAATATTCCAGTGAATTATTTACCAATATATATATAAATATATATATGCTTATAAAATGATATGATTTGTTGGTTACAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGA
TAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAAC
CAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAA
GTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGA
GAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACA
TTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTT
TGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATT
GCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACT
AATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCA
TGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAAT
CTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGGTATTTATTTCTGCATTAAGTTTGTTGAGATTTTAGCTAATTTGTCTTTGATAAATTGATAATAGCTAGACTTTACCATGGATAT
CCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCAATAGCTAGACTTTACCATGGATATCCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCTATTTGCAATCTTTTGGTATAATTCTTTCTTATTAGTTGGTATTCTGTGTAGCATTTATCTTATTTCCAAGTTTGGAGTCTTGACTGGTCTTGCATCTG
CATTGATTTATGTTATGAAAATGGTGATTTGAGTTTGAGATTTCAAGTTCCATGCCACTTGTTCATTGGAACCAAAGCAGATTACACTGCAGATTGCATAATGATATTTTCTTCAAACTTCTGTGTTGGTTGAGATGAAAAGATTTAGTTAGCTAATGCATGAGATTTGTTGTAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTGTGAGTTTCTCTTTTACATGATCCTAAGATATGCAAAATTTGGCTTTATTATGATTGAGTAAAGTTTGGTTAGTATTTTTCTTAAATAATGGGGAGGATCTTCCTGTTAAGCTGCAGGCTTACAGTTATTGATTTATCAGGTCTTGCATTCTAATTCATACC
AGATTGCATGTAAAAATTGATAGAGTTGTGTTTTGGTGTTGCAGACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCTAGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCA
AACTTTTGACCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAAGATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATA
TAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGG
ACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGC
AGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATgtaattttgaacttaaagttta
gaaagtacttgtagctgcaaacttatcttctcattgatcaatgcgttaaatgttttatcaatgagagacagatatgcggaaccaaaaggtttcattatgttgcaaatgttacgtgttggtgttgaatatgaacatattgtcctagttttactgtcacgattaactatttatccaaaatttagagagagggaaaggttcat
ttggcatgactaaatgaccagtcttagacagtcatgttttgacacaattggatctgatggctgcaagtgcactttttttgggatcgctatggattcttctgacgtggatctgattgaattcatctcactgaaattttcattggattttaatgtgacagcattagctttcaaatttcaatatcttgtttacgctccaagct
tttggtcaataaaattatcaagcaatggcatgcactgtataggattgataatgtgctctggattttcaacagTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGC
CAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTT



Intron 4 GTAGGGATAG ... TTGGTAGCAG

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>TRINITY_DN43857_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoform
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTA
CTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCAT
GACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTC
AATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGA
TATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAG
GATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTT
TCACTCATTTAGAGTATACATAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTT
ACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGG
CAAGATATAACATTCAAATGATT


>TRINITY_DN43857_c0_g1_i10 from sample A6 / Example unspliced isoform:
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTA
CTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCAT
GACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTC
AATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATG
CATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCC
CTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGgtagggatagatagatatctttgtttccgtgtgtacaacacaggattagacccggcaaattttttttcta
atatttatttgtatcacgattatactaattcctttcaagtttttatttttacttttgttgggtttggttgttggtagcagGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACC
TTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATT
TTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATT



Intron 5 GTAGATGACA ... ATATCTGCAG

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>TRINITY_DN114677_c1_g1_i6 from sample A2 / Example spliced isoform
GAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATT
CTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAA
GAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGA
GAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTC
CAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGT
GTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGA
CAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCA
GTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAG
AAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATT
TGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTT
TTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCC
AATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCA
TTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTG
CTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCG


>TRINITY_DN114677_c1_g1_i18 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATT
CTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAA
GAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGgtagatgacattttttttaatgtaggtattttatttta
gtagtaactggatgatacagatgatcctaagtaggggttagaggtgattgatgttgtttcctgattgtgaatatctgcagTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGGTAAGTAGAAGCATGTGTATTTGTGTAAAACAGGGAGGGTATAAGATATTGAAGGT
GTATTTGGCAGTAGCTTTTACCAGAACCATGTGCATTACGCCAAAAAGGCTTATTATAACTTTAAGGTGTTTTGAAGAACATTTTGATCTTATTCTATCTTGTCATGAAATAAAATTGACAAGAAAAAATTCTCTTTATATGATGAGTATAGTTTCAAATTTCAACTGCTGCTGGCTAAATTTATTTGAGATCCACATTC
ACATCAGCAGCCAATATATTGATTGCAGATTTGTTTGTGAGCTTGCTTGTTTTAGACTAATCAATATTATCTTTTATATAGATATTTTAAGAGTAGGGCCTCCTCCTTTTGTGTCATGGCTCCCCAGTTATATGTATATTTATATGTATAGACTCATAGAGGTCAATATAGGCATTATTGTGTGCGTGGGCTTATGATCG
AAATTTGTGGATGTACATGAGTTATATGGAAGACCTTCTCTTAATGTATACAGAGTTATTGTGTAACCCAAGTTATATGTACATGTATATGTATAGAGGTCAATATAGGCAATACTGTATGTGTGGGCTTATGATTGAAATTTGTGGTTGTACTTGAGT



Intron 6 GTGAGTTTCT ... GGTGTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGT
TTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTT
CATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAA
GCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATG
TGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACA
TGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGG
CTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCA
CCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCA
CATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGGTATTTATTTCTGCATTAAGTTTGTTGAGATTTTAGCTAATTTGTCTTTGATAAATTGATAATAGCTAGACTTTACCATGGATAT
CCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCAATAGCTAGACTTTACCATGGATATCCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCTATTTGCAATCTTTTGGTATAATTCTTTCTTATTAGTTGGTATTCTGTGTAGCATTTATCTTATTTCCAAGTTTGGAGTCTTGACTGGTCTTGCATCTG
CATTGATTTATGTTATGAAAATGGTGATTTGAGTTTGAGATTTCAAGTTCCATGCCACTTGTTCATTGGAACCAAAGCAGATTACACTGCAGATTGCATAATGATATTTTCTTCAAACTTCTGTGTTGGTTGAGATGAAAAGATTTAGTTAGCTAATGCATGAGATTTGTTGTAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTgtgagtttctcttttacatgatcctaagatatgcaaaatttggctttattatgattgagtaaagtttggttagtatttttcttaaataatggggaggatcttcctgttaagctgcaggcttacagttattgatttatcaggtcttgcattctaattcatacc
agattgcatgtaaaaattgatagagttgtgttttggtgttgcagACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCTAGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCA
AACTTTTGACCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAAGATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATA
TAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGG
ACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGC
AGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTA
GAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCAT
TTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCT
TTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGC
CAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTT



Intron 7 GTATCCTTCT ... TAATCAATAG

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>TRINITY_DN117394_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTA
CTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCAT
GACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTC
AATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGA
TATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAG
GATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTT
TCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTA
TATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTT
ATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTT
ATTCTTCATGCACTGTACTTTCTTGCATTTGGTTTAGTGTGATATGAAAATGGATAACACTGTTCTTGTAT


>TRINITY_DN117394_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAgtatccttctatt
acgataacaaaattttatggtgttttggattgtttgtcaatatattactgtgttctccttcattattagagaatgcatctttgataatgcctccaaaaaaacattcagattataatttgttaatgaattgcataggacaacatgcttaaatgtctttcatgttaaagaatgtacttgattcaattgcaaggtttgatata
ctctgcatgtgtattttgggttatcaagtggaaacttctcacacatggatatggatccttaactaaaagaccaaattgggatcttcagcagggtatgcactaccattagttttggcatcattatgatagcttgcacaatagattttctgcaaggtaggaacacagagcagggattggaactcggaatctcttacatatgg
atatggatccttaaccaaatgtccaaactagggtcttcagcaaggcactgctttcattggttttgtcatcactttgatagcttgcatattagacttgctactggcatggcaataccaaggggggaatggagtttgaaaaccctttgcatcatgatatgggcccttaaccaaaagatcaaaccagggacttggacaagtct
ctcaccatcattgcagtgatctttgataaggttacccactatcactagatttgtcatcattctaatagttcccattacaaacttgctatgtcatgcaaattttgatggggaaatggaacttgaaagttgaaacctcttgcacttggatatggattaccaatgtacataactatgaatgaatgtcactgtaactatgaatg
aatgctgattagttttgaattgaaatgtacataactatgaatgaatgtcactgtaactataaaataataagagcctttcaatgctagaatttgctctgtttttgttatgattgtgaaatatgatctctctttgtactcgtagaaatttgaatgatatgcaaagttttttgtatgatgattattgatggtaaatgtttttc
actagtcttgtatatgcattgaaaacaccccaaaaagttacttatcacaaaacctgagaatttctatgtcccattctttgcatgagctgtgtttgtttctggaacattgtgcctgttcaggttcaccatcagtttcaaattgtcattcattgtccttggactttcttgtcataataataatgatgatgatgataagctaa
aagacaacttattttcttgactagtcaatggatatacctattctcttagaaggcccatttataatcttatctctttcaatcatttatcaacaatacaattattatacgtgatgaatttcaactcattttctttcttctgttggatattccataaatgaactattgtccattacacttgcccacttttagcttgtgcttct
gtggtaagcaattcagatgaaagactatacattctgcctttcggttttacatcagtataactggagcagtggtcggttaatttgacctttattgtgtgtttgaatgctattattgctgctccttcgagagagccttctgacttagagccttgaaaacaaacacaagaatatatcaatacgtttttaagactgttgggtca
catttgcatatgataattttggctaagtaaaatatttttccattgctaagtagggtaagcagttcatctatgattggtattatgtctagttatttccttaataatcaatagATATGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGA
AAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGGTAAGTAGAAGCATGTGTATTTGTGTAAAACAGGGAGGGTATAAGATATTGAAGGT
GTATTTGGCAGTAGCTTTTACCAGAACCATGTGCATTACGCCAAAAAGGCTTATTATAACTTTAAGGTGTTTTGAAGAACATTTTGATCTTATTCTATCTTGTCATGAAATAAAATTGACAAGAAAAAATTCTCTTTATATGATGAGTATAGTTTCAAATTTCAACTGCTGCTGGCTAAATTTATTTGAGATCCACATTC
ACATCAGCAGCCAATATATTGATTGCAGATTTGTTTGTGAGCTTGCTTGTTTTAGACTAATCAATATTATCTTTTATATAGATATTTTAAGAGTAGGGCCTCCTCCTTTTGTGTCATGGCTCCCCAGTTATATGTATATTTATATGTATAGACTCATAGAGGTCAATATAGGCATTATTGTGTGCGTGGGCTTATGATCG
AAATTTGTGGATGTACATGAGTTATATGGAAGACCTTCTCTTAATGTATACAGAGTTATTGTGTAACCCAAGTTATATGTACATGTATATGTATAGAGGTCAATATAGGCAATACTGTATGTGTGGGCA



Intron 8 GTGATATATA ... TCTACTACAG

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>TRINITY_DN40716_c0_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoform
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATC
ACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTA
TTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGT
ATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACA
TGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTC
GTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCACTG
TACTTTCTTG


>TRINITY_DN40716_c0_g2_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTAGTGTTGATTCTTTAAGAGGCAGATGATTTCTGAAATTTCCTGACATGTATATCATCACTTTGTAAATCATACAGTCAGCAGTATCTTATGATAAACCTTTTCACTGTTCAGTTCTGATTTTTGTTGGTTCCCATTCAATTCTTAAATCAAGTCTTACATTGTAAAGTTCCCCTAAT
TAAACGTTTGTTGGTGGCTTTTATTTTTTTGTATTTGCAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACA
ATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTAT
CCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAA
ATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGgtgatatatatgactgacctc
ttggttgtatattggctttctccatgtgccaattgatattttattcatgtcttgcaaatatatgttctgtaggtgagatattgccttttatctactacagGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGG
GAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTG
GGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGT
TGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTC
ATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATT
CAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCACTGTACTTTCTTG



Intron 9 GTAACAGTTC ... TTTTGACCAG

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>TRINITY_DN43175_c1_g2_i21 from sample A7 / Example spliced isoform
GCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAATGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGA
AAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGG
CAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCG
AGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAG
TTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGAT
TTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATG
TCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTT
GAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCA
ATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGG


>TRINITY_DN43175_c1_g2_i16 from sample A7 / Example unspliced isoform:
TACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAA
TGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTAAAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTT
TGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGCTTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTC
TGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGgtaacagttct
aggttcctgcatcccttcagtccaatattgggggtataccgtataactttaaaggatgtggtatttgggatattttaaggacttcaaacttttgaccagACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAA
GATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATATAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGT
TGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATC
GTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGA
AATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGT
GTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGAT
TGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGG
GATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATG
TAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTT
CCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACA
CTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACA
TTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCAC



Intron 10 GTAACAGTTC ... TTACCAGCAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoform
TTCAGATGAAAGACTATACATTCTGCCTTTCGGTTTTACATCAGTATAACTGGAGCAGTGGTCGGTTAATTTGACCTTTATTGTGTGTTTGAATGCTATTATTGCTGCTCCTTCGAGAGAGCCTTCTGACTTAGAGCCTTGAAAACAAACACAAGAATATATCAATACGTTTTTAAGACTGTTGGGTCACATTTGCATAT
GATAATTTTGGCTAAGTAAAATATTTTCCATTGCTAAGTAGGGTAAGCAGTTCATCTATGATTGGTATTATGTCTAGTTATTTCCTTAATAATCAATAGATATGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAG
CATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGA
GCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTT
GGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAATGATCGT
CGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCG
TGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACT
CCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAA
ATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATT
GGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGAT
AATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGA
TATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i21 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGGTATTTATTTCTGCATTAAGTTTGTTGAGATTTTAGCTAATTTGTCTTTGATAAATTGATAATAGCTAGACTTTACCATGGATAT
CCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCAATAGCTAGACTTTACCATGGATATCCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCTATTTGCAATCTTTTGGTATAATTCTTTCTTATTAGTTGGTATTCTGTGTAGCATTTATCTTATTTCCAAGTTTGGAGTCTTGACTGGTCTTGCATCTG
CATTGATTTATGTTATGAAAATGGTGATTTGAGTTTGAGATTTCAAGTTCCATGCCACTTGTTCATTGGAACCAAAGCAGATTACACTGCAGATTGCATAATGATATTTTCTTCAAACTTCTGTGTTGGTTGAGATGAAAAGATTTAGTTAGCTAATGCATGAGATTTGTTGTAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTGTGAGTTTCTCTTTTACATGATCCTAAGATATGCAAAATTTGGCTTTATTATGATTGAGTAAAGTTTGGTTAGTATTTTTCTTAAATAATGGGGAGGATCTTCCTGTTAAGCTGCAGGCTTACAGTTATTGATTTATCAGGTCTTGCATTCTAATTCATACC
AGATTGCATGTAAAAATTGATAGAGTTGTGTTTTGGTGTTGCAGACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGgtaacagttctaggttcctgcatcccttcagtccaatattgggggtataccgtataactttaaaggatgtggtatttgggatattttaaggacttca
aacttttgaccagacgtattatccctccttgttaccagcagGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAAGATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATA
TAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGG
ACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGC
AGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTA
GAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCAT
TTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCT
TTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGC
CAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTT



Intron 11 GTATCCTTCT ... TAATCAATAG

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>TRINITY_DN117394_c1_g1_i5 from sample A3 / Example spliced isoform
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTA
CTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCAT
GACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTC
AATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGA
TATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAG
GATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTT
TCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTA
TATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTT
ATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTT
ATTCTTCATGCACTGTACTTTCTTGCATTTGGTTTAGTGTGATATGAAAATGGATAACACTGTTCTTGTAT


>TRINITY_DN117394_c1_g1_i19 from sample A3 / Example unspliced isoform:
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAgtatccttctatt
acgataacaaaattttatggtgttttggattgtttgtcaatatattactgtgttctccttcattattagagaatgcatctttgataatgcctccaaaaaaacattcagattataatttgttaatgaattgcataggacaacatgcttaaatgtctttcatgttaaagaatgtacttgattcaattgcaaggtttgatata
ctctgcatgtgtattttgggttatcaagtggaaacttctcacacatggatatggatccttaactaaaagaccaaattgggatcttcagcagggtatgcactaccattagttttggcatcattatgatagcttgcacaatagattttctgcaaggtaggaacacagagcagggattggaactcggaatctcttacatatgg
atatggatccttaaccaaatgtccaaactagggtcttcagcaaggcactgctttcattggttttgtcatcactttgatagcttgcatattagacttgctactggcatggcaataccaaggggggaatggagtttgaaaaccctttgcatcatgatatgggcccttaaccaaaagatcaaaccagggacttggacaagtct
ctcaccatcattgcagtgatctttgataaggttacccactatcactagatttgtcatcattctaatagttcccattacaaacttgctatgtcatgcaaattttgatggggaaatggaacttgaaagttgaaacctcttgcacttggatatggattaccaacaaaaagatgaaactagggttttgaaatcagctagagcct
ttcaacgctgattagttttgaattgaaatgtacataactatgaatgaatgtcactgtaactataaaataataagagcctttcaatgctagaatttgctctgtttttgttatgattgtgaaatatgatctctctttgtactcgtagaaatttgaatgatatgcaaagttttttgtatgatgattattgatggtaaatgttt
ttcactagtcttgtatatgcattgaaaacaccccaaaaagttacttatcacaaaacctgagaatttctatgtcccattctttgcatgagctgtgtttgtttctggaacattgtgcctgttcaggttcaccatcagtttcaaattgtcattcattgtccttggactttcttgtcataataataatgatgatgatgataagc
taaaagacaacttattttcttgactagtcaatggatatacctattctcttagaaggcccatttataatcttatctctttcaatcatttatcaacaatacaattattatacgtgatgaatttcaactcattttctttcttctgttggatattccataaatgaactattgtccattacacttgcccacttttagcttgtgct
tctgtggtaagcaattcagatgaaagactatacattctgcctttcggttttacatcagtataactggagcagtggtcggttaatttgacctttattgtgtgtttgaatgctattattgctgctccttcgagagagccttctgacttagagccttgaaaacaaacacaagaatatatcaatacgtttttaagactgttggg
tcacatttgcatatgataattttggctaagtaaaatatttttccattgctaagtagggtaagcagttcatctatgattggtattatgtctagttatttccttaataatcaatagATATGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATA
GGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGGTAAGTAGAAGCATGTGTATTTGTGTAAAACAGGGAGGGTATAAGATATTGAA
GGTGTATTTGGCAGTAGCTTTTACCAGAACCATGTGCATTACGCCAAAAAGGCTTATTATAACTTTAAGGTGTTTTGAAGAACATTTTGATCTTATTCTATCTTGTCATGAAATAAAATTGACAAGAAAAAATTCTCTTTATATGATGAGTATAGTTTCAAATTTCAACTGCTGCTGGCTAAATTTATTTGAGATCCACA
TTCACATCAGCAGCCAATATATTGATTGCAGATTTGTTTGTGAGCTTGCTTGTTTTAGACTAATCAATATTATCTTTTATATAGATATTTTAAGAGTAGGGCCTCCTCCTTTTGTGTCATGGCTCCCCAGTTATATGTATATTTATATGTATAGACTCATAGAGGTCAATATAGGCATTATTGTGTGCGTGGGCTTATGA
TCGAAATTTGTGGATGTACATGAGTTATATGGAAGACCTTCTCTTAATGTATACAGAGTTATTGTGTAACCCAAGTTATATGTACATGTATATGTATAGAGGTCAATATAGGCAATACTGTATGTGTGGGCA



Intron 12 GTTAGGTTGA ... TTGGTAGCAG

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>TRINITY_DN43175_c1_g2_i16 from sample A7 / Example spliced isoform
TACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAA
TGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTAAAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTT
TGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGCTTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTC
TGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCT
AGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCAAACTTTTGACCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAA
GATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATATAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGT
TGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATC
GTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGA
AATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGT
GTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGAT
TGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGG
GATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATG
TAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTT
CCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACA
CTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACA
TTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCAC


>TRINITY_DN43175_c1_g2_i15 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATT
CTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAA
GAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGA
GAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTC
CAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGT
GTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGA
CAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCA
GTCGCAGGAGGTAGTGTTGATTCTTTAAGAGGCAGATGATTTCTGAAATTTCCTGACATGTATATCATCACTTTGTAAATCATACAGTCAGCAGTATCTTATGATAAACCTTTTCACTGTTCAGTTCTGATTTTTGTTGGTTCCCATTCAATTCTTAAATCAAGTCTTACATTGTAAAGTTCCCCTAATTAAACGTTTGT
TGGTGGCTTTTATTTTTTTGTATTTGCAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATTCAA
GAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGT
GAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCC
ATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGgttaggttgatggcttgcttttttcactcatttagagtatacataggtagggatagatagatatctttgtttccgtgtgtacaacacaggat
tagacccggcaaattttttttctaatatttatttgtatcacgattatactaattcctttcaagtttttatttttacttttgttgggtttggttgttggtagcagGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGT
GGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGG
ATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCAC



Intron 13 GTAACAGTTC ... ATTTTTTCAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGT
TTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTT
CATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAA
GCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATG
TGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACA
TGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGG
CTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCA
CCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCA
CATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGGTATTTATTTCTGCATTAAGTTTGTTGAGATTTTAGCTAATTTGTCTTTGATAAATTGATAATAGCTAGACTTTACCATGGATAT
CCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCAATAGCTAGACTTTACCATGGATATCCTCCTAGCCATTTCTCAGTATGCTTCATCCACGTGTCTATTTGCAATCTTTTGGTATAATTCTTTCTTATTAGTTGGTATTCTGTGTAGCATTTATCTTATTTCCAAGTTTGGAGTCTTGACTGGTCTTGCATCTG
CATTGATTTATGTTATGAAAATGGTGATTTGAGTTTGAGATTTCAAGTTCCATGCCACTTGTTCATTGGAACCAAAGCAGATTACACTGCAGATTGCATAATGATATTTTCTTCAAACTTCTGTGTTGGTTGAGATGAAAAGATTTAGTTAGCTAATGCATGAGATTTGTTGTAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTGTGAGTTTCTCTTTTACATGATCCTAAGATATGCAAAATTTGGCTTTATTATGATTGAGTAAAGTTTGGTTAGTATTTTTCTTAAATAATGGGGAGGATCTTCCTGTTAAGCTGCAGGCTTACAGTTATTGATTTATCAGGTCTTGCATTCTAATTCATACC
AGATTGCATGTAAAAATTGATAGAGTTGTGTTTTGGTGTTGCAGACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGgtaacagttctaggttcctgcatcccttcagtccaatattgggggtataccgtataactttaaaggatgtggtatttgggatattttaaggacttca
aacttttgaccagacgtattatccctccttgttaccagcaggctttgggcccggtttttcgacgaaaaacttttgcagcttcagaaagtgcgtgttctctgttttatgcttgaagattaatcttgttaaacatttagggggagcaaaaagtccacctccgtataactgttttgtctggttggggtattgatgctcttata
taagtgaatatgtttgtttattgtttgatgtgattttttcagTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGTGAGCTTTCCATGCTATTTAGTAGTGCCATTAGGGTAAATATGCATTGTAGTAGTACAGACTCTAGGTGACACTC
GGCCTTTGAAGATAGTTTCATATTATTTCTATGGTTTAGATGTTTTCATGTATCAGGATAAGAAATTATGTAATTCATTGAAAGTTGTAATGTCTAAGAGAGTAGTTATTAGCTGGTGTCTTCTAGTTGCAAGACACTAAGGAGGCATCAAATTGTACATTTATACTATACAAGGTTTGCTGAACCTCAAGGATGAAGTT
TGAACTTTGGCGAATTTCAAAAAACTTTGGATAATTCATGAAGGTTTGGCTCTAATTCCGTAACCCACGATGCCTCCACTTGCTGTTGGCAACTGTGACTCCATCTCATTGCTAGGTTTATAAGCATCGAAGCAGATCCGGACTAGATTTAGGATAGCTAAGATTATGAACCTGATGGATTCGAGTCTGTAAAGTACTGG
GTTTCTGTCATTGAAGAGCGAGAGGGAAAAAATGCACAGTTTGTACATGGCTCTGTGATAATGTGTTTCTTAATATGGTGAAGTCCTAAGAAATGTGACAACTCACAAGTGTTCAACATTTTCAACATTTTCATAGATGTTTGTATTTACATATGAGCATCCAAGTATCCACAATCTTTAATTTACATATTTGACCTGGA
ATTTGGTTACCTAACCCGGCAGTGACTGCTGTGACTCCACATCTCAGTGCTGCTATGGACCTGAAGGTGACTCCATCTTCAGACTCCACACCTGCTGGCAATGGGCCACGGCGATTTGCTGCTGTTTGCAAGTCAGTGACTTGCTACAGGCCACAGTAGCTGGTTTATAAATTATGGTTACATACATGTAATTTATTAAA
TTAATAAGAATTTTATATTAAGTTTATGACTTTATCTCTCACCCTCCCACCTTCCAC



Intron 14 GTATTTATTT ... TTTGCAGTAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGT
TTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTT
CATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAA
GCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATG
TGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACA
TGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGG
CTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCA
CCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCA
CATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGgtatttatttctgcattaagtttgttgagattttagctaatttgtctttgataaattgataatagctagactttaccatggatat
cctcctagccatttctcagtatgcttcatccacgtgtcaatagctagactttaccatggatatcctcctagccatttctcagtatgcttcatccacgtgtctatttgcaatcttttggtataattctttcttattagttggtattctgtgtagcatttatcttatttccaagtttggagtcttgactggtcttgcatctg
cattgatttatgttatgaaaatggtgatttgagtttgagatttcaagttccatgccacttgttcattggaaccaaagcagattacactgcagattgcataatgatattttcttcaaacttctgtgttggttgagatgaaaagatttagttagctaatgcatgagatttgttgtagCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAA
ATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTGTGAGTTTCTCTTTTACATGATCCTAAGATATGCAAAATTTGGCTTTATTATGATTGAGTAAAGTTTGGTTAGTATTTTTCTTAAATAATGGGGAGGATCTTCCTGTTAAGCTGCAGGCTTACAGTTATTGATTTATCAGGTCTTGCATTCTAATTCATACC
AGATTGCATGTAAAAATTGATAGAGTTGTGTTTTGGTGTTGCAGACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCTAGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCA
AACTTTTGACCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAAGATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATA
TAAGTGAATATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGTGAGCTTTCCATGCTATTTAGTAGTGCCATTAGGGTAAATATGCATTGTAGTAGTACAGACTCTAGGTGACACTC
GGCCTTTGAAGATAGTTTCATATTATTTCTATGGTTTAGATGTTTTCATGTATCAGGATAAGAAATTATGTAATTCATTGAAAGTTGTAATGTCTAAGAGAGTAGTTATTAGCTGGTGTCTTCTAGTTGCAAGACACTAAGGAGGCATCAAATTGTACATTTATACTATACAAGGTTTGCTGAACCTCAAGGATGAAGTT
TGAACTTTGGCGAATTTCAAAAAACTTTGGATAATTCATGAAGGTTTGGCTCTAATTCCGTAACCCACGATGCCTCCACTTGCTGTTGGCAACTGTGACTCCATCTCATTGCTAGGTTTATAAGCATCGAAGCAGATCCGGACTAGATTTAGGATAGCTAAGATTATGAACCTGATGGATTCGAGTCTGTAAAGTACTGG
GTTTCTGTCATTGAAGAGCGAGAGGGAAAAAATGCACAGTTTGTACATGGCTCTGTGATAATGTGTTTCTTAATATGGTGAAGTCCTAAGAAATGTGACAACTCACAAGTGTTCAACATTTTCAACATTTTCATAGATGTTTGTATTTACATATGAGCATCCAAGTATCCACAATCTTTAATTTACATATTTGACCTGGA
ATTTGGTTACCTAACCCGGCAGTGACTGCTGTGACTCCACATCTCAGTGCTGCTATGGACCTGAAGGTGACTCCATCTTCAGACTCCACACCTGCTGGCAATGGGCCACGGCGATTTGCTGCTGTTTGCAAGTCAGTGACTTGCTACAGGCCACAGTAGCTGGTTTATAAATTATGGTTACATACATGTAATTTATTAAA
TTAATAAGAATTTTATATTAAGTTTATGACTTTATCTCTCACCCTCCCACCTTCCAC



Intron 15 GTACGTCATC ... TTTTCAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i16 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
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TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGG
TGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGGAGATATTATCAACTATGACAAATTTGGATTGATGGCTGGAGGGTTGTGCTGACTGCATTCCAATCGTTTCTTCGATCTATTCCCTAACTCCTTGCAGATGGAATCTTAGCCAGAGAGCAAAACCTGAGTGCAGGAAACAGGAGTACCTTTGGTTCCGGAGACCACATTTGGAGATTTGATTTGAATCATTAGCTTCT
GAGATTCATGGTGTCTTGGGTTAACCCTGGCTGCGTTTCATGCTGTGGGCTCCATTCTTCTTTTTTAAATGATAAAAACATGTGTGCTAATGATAGCAGGGATTCAGTTGTTATAGCTTGATGCTGAAACTAAATTTATTTTATCTTCTGCATTTTTGTTCTTATCCCATGTTTTAAGTATCGTGAACAATAAATTATTG
TCTTTTTTTGTCAGTGTATTCTTTTCAGGATCTGGTTTCCATTCTTTATGGCATTTACCTATGTGATCAGGAAAATAAGACAGGAATTTCTGACAGATTTTATATGTAACCTGGTTTTATTTTTGGAAGAACGTAATTTGATATTTTGGCATCCTTTGGAGTCCTGACCCTTGTACTATCATATTTTGTATTTTGGCAGG
AAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGA
AGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGgtacgtc
atcagaacagaacattgtcgaggctatttctcatgccccagtcacaatctcatgtaattttgaacttaaagtttagaaagtacttgtagctgcaaacttatcttctcattgatcaatgcgttaaatgttttatcaatgagagacagatatgcggaaccaaaaggtttcattatgttgcaaatgttacgtgttggtgttga
atatgaacatattgtcctagttttactgtcacgattaactatttatccaaaatttagagagagggaaaggttcatttggcatgactaaatgaccagtcttagacagtcatgttttgacacaattggatctgatggctgcaagtgcactttttttgggatcgctatggattcttctgacgtggatctgattgaattcatct
cactgaaattttcattggattttaatgtgacagcattagctttcaaatttcaatatcttgtttacgctccaagcttttggtcaataaaattatcaagcaatggcatgcactgtataggattgataatgtgctctggattttcaacagTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATG
AAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGA



Intron 16 GTAGTGTTGA ... GTATTTGCAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGT
TTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTT
CATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAA
GCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATG
TGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACA
TGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGG
CTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCA
CCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCA
CATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
TGGCAACGCTAATGCCTTTTTGGAGACGTCCTCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTGTAAACATGTGAGAAAGAAGTCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTCTGATCTATTGCAGCAGTGGGGCAAGCCTGGCCATCTCAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGATTGTTTTGGAGTGGCCCAGAATTTGTAACC
GTCTGATGTATTTTAATTTTGAAAAGAAGAGAAGATTTCTTTTTCCAAAAGAAAAATATCTTTTTATTCATCGTGAGAGAATATACATGTATCTGTCCCTTGGACTGTACTTTTTACCAAAACTGAAAGTTCTACCGTAACCGCTAGTCTAATTTTTAGAAGGGGTGAAAATCCATTCCATCCACTGCCTGTCCATCGAC
AAATTCTGAAAAACAAAAGATACCAGTTGGCAACGCTAATGCCTCTTTGGAGAGGTAATCTGCAATCTGATTTAGTTCCCTTTAAACATGTAAGAAAGAAGCCCATTGAAAGGCTGCCAATGTGTTTTTGATCTCTTGCAGTAGTGGGGCAAGCGTGTTGCCAACTGAATTCTTGCTTTGTTGTTTGCCCAGTCTATGAT
TGTTTTGGAGTTGCCCAGAATTTGTAACTGTCTGATGTTTTTTAATTTTGCAATGAAGAGAAGAGACCAAAGGGGTAGAAGTTCTGCTTTAGGATGAGTGCCTGGGCCTGCTGCAAAGTGCAAGTGAAAAAAATGGGAAGGGCTGAGAAACAGGACTGCTGGGTGCCTTTGACTGGTGCCGTCAAAGTAACCTAACAGAA
TTTCATACTCCAGAGAAGGCAGAATGGGTATGCGTTGCTTGGGCTGCTTAGGCTCTGATCTGTATTCCTTTGCCCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTCCGATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTTATCCCTGGGAGATGAAATGAGCCCACACTGAAGAAGAT
CCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCAGGGTATGCGCTGCTTGGGTGGCTTAGGCTCCGATCTGTATTCCTTTGCTCAATTTAAAACCATAGCACCTGTGGCTTCTGTAGAAGGGGGAATGTCTTCTGTGTGTGTGTATGTGTGTATTTTATCCCCAGGAATT
GAAATTAGCCCACACTGACGAAGATCCTCGAAATCCAGCCCACAGTGGTAAAATCAGGAAATATTGAAGAAGATGATTCTTCAACTCCCAGCTGACAATGAAGAAAAAACACTTTAGTTCGCCCTTCAAACCCTTGAAACAAACTCCCATAATTAAGGCAAATTGCAGCTCAAACTTGAGTGGTTAAATGAGGTGTTAGA
TTTTTATTTATATGTTATCTTTTTAATTTTAAGCCTTAGTTCTTTTTTATTTCTTATATTTTTTGAGCATTTTAAAGACACTGCTGCGATTTCCTGATACATATCCCAGTTGTATCCTAGTCATATCTGATCCATCTGTAGGTTGTATCCATACTGGATACAGATTTGTATGTATCTGAAGGGAGGGGAGGGCATATCTG
GGAAACTCAGAATATTCCAGTGAATTATTTACCAATATATATATAAATATATATATGCTTATAAAATGATATGATTTGTTGGTTACAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGA
TAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAAC
CAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAA
GTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGA
GAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCAGGAGgtagtgttgattctttaagaggcagatgatttctgaaatttcctgacatgtatatcatcactttgtaaatcatacagtcagcagtatcttatgataaaccttttcactgttcagttctgatttttgtt
ggttcccattcaattcttaaatcaagtcttacattgtaaagttcccctaattaaacgtttgttggtggcttttatttttttgtatttgcagGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGT
ACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGT
GTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTTCATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATT
CATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCA
GCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATGTGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGT
ATTTTTT



Intron 17 GTATTTATTT ... TTTGTTGTAG

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>TRINITY_DN128712_c1_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform
AGACGAAGAACTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATG
GATTCTCTGAGGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATA
TGAAGAATCAAAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAA
AGGAGAAGTTGAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTA
CCTCCAGATGCACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCT
TCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCA
GGGACAGAGATAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCC
CGCAGTCGCAGGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGT
TTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTATCCAAAATTTAGAGAGAGGGAAAGGTT
CATTTGGCATGACTAAATGACCAGTCTTAGACAGTCATGTTTTGACACAATTGGATCTGATGGCTGCAAGTGCACTTTTTTTGGGATCGCTATGGATTCTTCTGACGTGGATCTGATTGAATTCATCTCACTGAAATTTTCATTGGATTTTAATGTGACAGCATTAGCTTTCAAATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAA
GCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGTGATATATATGACTGACCTCTTGGTTGTATATTGGCTTTCTCCATG
TGCCAATTGATATTTTATTCATGTCTTGCAAATATATGTTCTGTAGGTGAGATATTGCCTTTTATCTACTACAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACA
TGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTATTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGG
CTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGTATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCA
CCAAGGCCTATATCCCCCAACGACATGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCA
CATAGGGTTTATGTTATATACAGTCGTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAAT


>TRINITY_DN128712_c1_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
CCACATATAGCAAAAGATAATGAGTTACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTGATACTGAAATATTTCTTCAGAAATTTTCAGCTTACAATTTCTGGTTTTCTCAAGATAATAAAAAGCATCATTTGTGGTAGCTGTAGACTTTCACTGTAGCTTCCACATATAGCAAAAGATAATGAGTT
ACTAGAATCAAGGAGACCTAAATACATACATTGCTGTCAGTCTGTAAATGTACATTTATCAAGGCTATCATCATTCTCTATGTTCATTCACTTAAGCTTGAATTAGTTCTATCTTTTAAGTCAGCTGCTCCATTGACATCAATAAGAAACAATCTGAATCTGAATCTGTTAAGGAACAACTTTAAAAAGGTAAGATTGTA
AAGAATACCTTGCATATTTTTGAATTAATTTGATGGCCATTGAAAGTTTGGAGGTGGGAGGTGTTCTTTTTTAAAGTTATTTTATTTCGTGACTTATACCCTCTTTTGTTCAGGATTGGCCACCTTCAAATCAGGGGTGTTTTACTTTTCTAATGCGTAAATTTACAATTCCAACTAAAATCCACCCCTTGCCTCTTTGC
TTCTGTTTGTTCCCAACTTTCTTGTTGAAAAGACATGAATTATCTCTCTGCAGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGgtatttatttctgcattaagtttgttgagattttagctaatttgtctttgataaattgataatagctagactttaccatggatat
cctcctagccatttctcagtatgcttcatccacgtgtcaatagctagactttaccatggatatcctcctagccatttctcagtatgcttcatccacgtgtctatttgcaatcttttggtataattctttcttattagttggtattctgtgtagcatttatcttatttccaagtttggagtcttgactggtcttgcatctg
cattgatttatgttatgaaaatggtgatttgagtttgagatttcaagttccatgccacttgttcattggaaccaaagcagattacactgcagattgcatgatattttcttcaaacttctgtgttggttgagatgaaaagatttagttagctaatgcatgagatttgttgtagCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATG
ATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGTGACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGGTAACAGTTCTAGGTTCCTGCATCCCTTCAGTCCAATATTGGGGGTATACCGTATAACTTTAAAGGATGTGGTATTTGGGATATTTTAAGGACTTCAAACTTTTGA
CCAGACGTATTATCCCTCCTTGTTACCAGCAGGCTTTGGGCCCGGTTTTTCGACGAAAAACTTTTGCAGCTTCAGAAAGTGCGTGTTCTCTGTTTTATGCTTGAAGATTAATCTTGTTAAACATTTAGGGGGAGCAAAAAGTCCACCTCCGTATAACTGTTTTGTCTGGTTGGGGTATTGATGCTCTTATATAAGTGAAT
ATGTTTGTTTATTGTTTGATGTGATTTTTTCAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGTGAGCTTTCCATGCTATTTAGTAGTGCCATTAGGGTAAATATGCATTGTAGTAGTACAGACTCTAGGTGACACTCGGCCTTTGA
AGATAGTTTCATATTATTTCTATGGTTTAGATGTTTTCATGTATCAGGATAAGAAATTATGTAATTCATTGAAAGTTGTAATGTCTAAGAGAGTAGTTATTAGCTGGTGTCTTCTAGTTGCAAGACACTAAGGAGGCATCAAATTGTACATTTATACTATACAAGGTTTGCTGAACCTCAAGGATGAAGTTTGAACTTTG
GCGAATTTCAAAAAACTTTGGATAATTCATGAAGGTTTGGCTCTAATTCCGTAACCCACGATGCCTCCACTTGCTGTTGGCAACTGTGACTCCATCTCATTGCTAGGTTTATAAGCATCGAAGCAGATCCGGACTAGATTTAGGATAGCTAAGATTATGAACCTGATGGATTCGAGTCTGTAAAGTACTGGGTTTCTGTC
ATTGAAGAGCGAGAGGGAAAAAATGCACAGTTTGTACATGGCTCTGTGATAATGTGTTTCTTAATATGGTGAAGTCCTAAGAAATGTGACAACTCACAAGTGTTCAACATTTTCAACATTTTCATAGATGTTTGTATTTACATATGAGCATCCAAGTATCCACAATCTTTAATTTACATATTTGACCTGGAATTTGGTTA
CCTAACCCGGCAGTGACTGCTGTGACTCCACATCTCAGTGCTGCTATGGACCTGAAGGTGACTCCATCTTCAGACTCCACACCTGCTGGCAATGGGCCACGGCGATTTGCTGCTGTTTGCAAGTCAGTGACTTGCTACAGGCCACAGTAGCTGGTTTATAAATTATGGTTACATACATGTAATTTATTAAATTAATAAGA
ATTTTATATTAAGTTTATGACTTTATCTCTCACCCTCCCACCTTCCAC



Intron 18 GTGAGATATT ... TCTACTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN40716_c0_g2_i4 from sample A8 / Example spliced isoform
CTTAAACTCAACCACGGTTTAAGCGTTACTGCCTCTGTGCCGGCGAAGATTAAAAGATCTCCCTCGATCATTTTAATTATCAATTATTCTTTGTTTGTAAGAATTGAGCCGAGACATACAGTCCAAACCCTAGAGCGGGGCGCGGTAATTGGGGTTTAGTATTCACCATTAATCCACAGGAGCAGCCATGGATTCTCTGA
GGAAGCAGTTGGACGTCCTAATGGGCACCAATCGCAATGGCGACGTCAAGGAAGTCAACCGCAAGTATTACGATCGAGATGTTTGTCGATTGTATTTGGTCGGACTCTGCCCTCATGACCTTTTTCAGTTGACTAAAATGGATTTAGGTGCTTGTACAAAAGTACACTCATTGCAGCTACGGAAAGAATATGAAGAATCA
AAAGCAAAAGGTAAAGACAACTATGACAGGGAGTTGGAGGATGTAATTGAGAAACTCATTATTGAGTGTGATAGGAAAATCACAAGAGCATTGAAACGCCTTGAAGAAGATGATGCTAAGGCTGCAATTGCAATTGCTGTCTCTGAAGTTACAAAGTCACCAGAAGTAGATGAATACTCCAAGCAAATAAAGGAGAAGTT
GAAAGAAGCAGATCTTCTAGAATTAGAAGCGAAATCTGACAATAAGATTCGGGTAATGGAGCAAGTTGAAGAGCTAAGAGGAAAACGAGCTGATAAACAGGCAATGCTGCTTTTAGAGGCTTTTAATAAGGATAGAGCTATGATGCCTCAACCACTTCAAAATCCTCCTCCACTGGCTCCTTTGCCATTACCTCCAGATG
CACGGACGCAGGAAATGATAATGGAGAAGCTCAAAACAGCTGAGGAGCTTGGAGAAATGGGAATGGTTGATGAAGCACAAAAAGCTTTGGAGGAAGCAGAGGCTCTGAAAAAGCTTGGTGGCAGGCAGGAACCAGCAAATGATTCGACAAAGTACACCTCTGTTGATGTTCGCATTACTGATCAGAAGCTTCGTGTATGT
GACATTTGTGGAGCTTTCTTGAGTGTTTATGACAGTGATCGTCGGCTGGCTGATCATTTTGGAGGGAAACTCCATTTGGGGTATATGCAAATTCGAGAGAAGCTGGTTGATCTGCAGGAAGAACGAAATAAAGTCCGAAAGCAGGATCGAGCTGAAGATGATGGAAGGTTGAGAGATCGGGCAACCAGCAGGGACAGAGA
TAGGGCAGTCAGTAAGGATCGAGATAGGGAGAGAGATGAGCGTGATCGTGGTCGAGACAGTGTTGGAAGCAGAGATCGGGAACGTGATAGGGGGAGAGAGAGGGATCGTGATCGCAGAAGCAGAGACAGAGAGAGGGGCAATGAGAAAGATCGTGATAGGGATATGGAAATTTCTAGGAGTTATGATTCCCGCAGTCGCA
GGAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACAATCTCATTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATC
ACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGGGAGTGAAGTGCATCCATAACTGAACATGCATGAGGATAAATGTAAGGTATTTTTTGAAGTATGTTCTGTAGTTGAGTTATTGCTTCTTATCTACCACGGGAGTGAAGTGCATCCATAAGTGAACATGCATTCGAGGATAAATGTAAAGTA
TTCTTTGAAGTGGTGCTCATGCCTTAATTTCAGGATTTCTAGTTGGATAAAGCCATTCGATGTTTAGCTGAGATGTCCCTGTCAATTCTCTTCCTTGTAAAATTGCAAAAATGGTTCTGATCAATGGCTCAACACGTTTGTTATTTGTGGGGATAATGACAGGTTAGGTTGATGGCTTGCTTTTTTCACTCATTTAGAGT
ATACATAGGTAGGGATAGATAGATATCTTTGTTTCCGTGTGTACAACACAGGATTAGACCCGGCAAATTTTTTTTCTAATATTTATTTGTATCACGATTATACTAATTCCTTTCAAGTTTTTATTTTTACTTTTGTTGGGTTTGGTTGTTGGTAGCAGGGGAGTTGCCATTCCCACCAAGGCCTATATCCCCCAACGACA
TGTTTGCTTGCTACCTGTGGGTGGGGTTGGTAGCCAGGGGAGTTGTGAAAGAGTGGTAGTGGTCGTTGTATGCACACCTTTAAACACACTTTAGTACAAGACCATGCTGTAAGTTATTGAGATTATATAGTTCTTACCTTTAGATTTTCATGCATGCACTGTGATGATGCATGCACATAGGGTTTATGTTATATACAGTC
GTGCGAGGCTGATTGTATATCCCTGGAGCAATTTAAATTACTTTTAAATCTTGGATGGATTCATGGGTAGAAATGATTTTTATGTACATTTAAAATTCGAAAATCTATATGAGGTTGGATATATGTGAAATGTGGCAAGATATAACATTCAAATGATTCCAGTATTATGTACTAAAATGTTTCTTATTCTTCATGCACTG
TACTTTCTTG


>TRINITY_DN40716_c0_g2_i5 from sample A8 / Example unspliced isoform:
TGATTCCCGCAGTCGCAGGAGGTAGTGTTGATTCTTTAAGAGGCAGATGATTTCTGAAATTTCCTGACATGTATATCATCACTTTGTAAATCATACAGTCAGCAGTATCTTATGATAAACCTTTTCACTGTTCAGTTCTGATTTTTGTTGGTTCCCATTCAATTCTTAAATCAAGTCTTACATTGTAAAGTTCCCCTAAT
TAAACGTTTGTTGGTGGCTTTTATTTTTTTGTATTTGCAGGTCACGTTCACGATCAAGAGAAAGATTAACTGAACACTCCAGAGACCGTGAGAGGGACAGGAGTGACCGCCACAGGCGGTATGATAGGCATGATCGATACTGAAATGGTACGTCATCAGAACAGAACATTGTCGAGGCTATTTCTCATGCCCCAGTCACA
ATCTCATGTAATTTTGAACTTAAAGTTTAGAAAGTACTTGTAGCTGCAAACTTATCTTCTCATTGATCAATGCGTTAAATGTTTTATCAATGAGAGACAGATATGCGGAACCAAAAGGTTTCATTATGTTGCAAATGTTACGTGTTGGTGTTGAATATGAACATATTGTCCTAGTTTTACTGTCACGATTAACTATTTAT
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ATTTCAATATCTTGTTTACGCTCCAAGCTTTTGGTCAATAAAATTATCAAGCAATGGCATGCACTGTATAGGATTGATAATGTGCTCTGGATTTTCAACAGTCAAGAAGCAACGCTATAAAAGGAACATCACATTACTGGTGGGATTCAGCATGAAGCTCAGATCAGGGAGATGTCTAGgtgagatattgccttttatct
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