sp|Q650T9|RH7_ORYSJ ----> DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 7


Intron 1 GTAAGTCATC ... ATGTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A117.89782311
A29.837889
A320.57833310
A413.9165165
A528.5725137
A611.1647.8120
A76.9294.295
A810.5368151
A92.525821
A105.887272



>TRINITY_DN120052_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCA
CTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGC
TGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGAT
ATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCGTGAGTGTCACCTGCTGAGCATGTTTAGAGATCTGTTTCATTTTTGCTCGGACTGAATTACTACAACTAGTGAAAACTAATTTATTGAAGACTGACGAATTTGATTGGG
AGCATTGCAGATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGTACTTTCTGGTTATGTTGGTTTATTACTTCTAGGGATGGTCAAAATCAGAATGCC
TCAAAAATTCATGGAAAGTTAATAAGATATCTCTGTTC


>TRINITY_DN120052_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAgtaagtcatcttaacagcattaactattataatttg
ttgtccttaattttgaggttactttagtgtcttggactgatggtggtattaggtagaatcaacactttttagtgtacatcttagcttatccaaattgttatcttgatattttctttggggaacaaattctgatggttagctcactgcctttatttgatgtgatcgaaactaacctaatgtctgaaacacaatcatgcact
gttgcagcctaagaatatgtggcacttgtgctcaaatcatggctcgtgtattcttattgatacctgtcacaagtcgtagttcttttcttctccttcgtgcaggataactgatgtgactatggtcattaagcacttttgaccttccttttcccatatgaaaggctgcagtgggaacatcttgctttttctataaactgtac
agtaaagaattattcctcctcagtaaatgatctttggacagactaaattagtatattccaaaagaatgttatataaaagataagttgtcattacttacatgattatgaaacttaatagatgtggttcaaatgcttatccctccccagtaaaggatctttggacaaactaaataagtatattccaaaagaatgctatataa
aagataagttgtcagtgttttactaacatgattatgaaacttaatagatgtggttcaaatgctattaaaaagcacagttccagactatgcagattaaattttagtatgttagaaaataatttcgcctgcaaattcatattgtgcatagattgactctaaatacccaaaggagttcattcataagatatcagaaacacgaa
gataattttttcacctgcaaagtcataatttgcatagattggctctaaagggagatcatatataagatattaggcacataatatgttatggtggttggggcagattctttttaacaaaacttcaaaactctagactgcagaaacataggttgtattgtggcattgcttgaaatgaaaattgaaacaacggggtgataaac
aaaacttcatccgttcttattttgttcaaagctgtgaagagtatttaaataaatttcaaaggtcgtgcatggaattctttaaggttattggaatttggatagagtttcaaaaaattaccagagataagcaaatatcttgtaattgctttgaaacaccaaggcttatttcttgatctgcctttgtcaatggtggcatcgtt
tgaaagaaaaatagaaacagccccccaaaactgttgaattggttaaatatggggtagacatatttatctatcaaattgtatcttttccagagtagacacataccttcctaaaaatgtcataacattaacttctctatcttgtaaacaggctgactatcttatgttgaagtgatgctggcaacattgtccaaccaaataac
atttctaatctactctcattgtgatctagttttttacggtccagggatatgatcattcaaaattgggaatagaaattgtgctttaaccttagtagtcatgttattatttttccagggtatttcattttgtagagtgcaagggacaacattaaagttttattgcgggagttgattatgtttcataactggtcaacagacct
cgataggtgtctgatgctatcagaaattttgtgaataaaaaaatttaattttctcatagacttgcaaacgttgttggtatttaaattgtcatggttgctacaattgtcactatttcagaatgtctataggagcatgttctccaaaatctgtaggtcgttcttagccctcttccctcttatgaggttcagattttgaaaga
tgggcatggtttagaagattgtccattatgttgttcgtaattttaaagggatgttaaagccatagcttctctctttgctatgtattttattttttccaccttggggtttgattccagatgcttttaatgcaagaaatgtatacataatgttgatggatgcagtggtcatatattgcatagaaggttaatttctggagtat
taggatgcaaatctttttgataatctaaagtgcttgatgagtcaatagggattcctgcttcttattctagcaacaatgggtgtccagtttttaattcaactcatgttttcagGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTC
AGCTTATAATTCAGGTTGGCATCTTGATACATGGAGGATAAGTAATTCAATTATATTATAATTTCTTCCAGCCAATATGGTATTATTTTCCTGATGGATTTTATTTTATAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGTCTGGTCTATAGCTTGACTGGACTTTT
CTTTTGTAAAGTGTCGCTGAAAATATGTATTTGTCTAGTGACTAACTAATGACTGAAAACATTACAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGG
AGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTC
TTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTA
ATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAG
TCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTAC
TGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGA
CGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAAT
TATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGT
TCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGGTGGGTGGGTGCATGGAGTTTTAGGGCACACACCAAGAAAGGTCTCTGAAGAAATTGTCTTTATGGAATATAAATATATATGGTTTGACCATTTCT
TGCTTAGAAATACCGTGGTGGCCAAAGATCCCGTGACAAGTTTTATACGATGATTGTCGGTCTCTTTGATACCAGCTCTTGACGGCCTGCTGTATAGTAGTAATATCGAAACTTGAGATGGCTTATTATGAATTCTCTCTTTGAGAGGGACCGTTACCTCAGGATTAAATAATATCTTAGTACGTAGGAAACTAGAATTT
TAGCACCACAGTATTATTGTTAATTGAAGTACACAACTAGTTATTCCAAGGGCAAGTAGGTGGACAAGGCTACATTTCAAGAATACAGGAAATATTTTTGTTATATTTTGTTTCATTTAAATAATCTTGTTATACAGAAACCTATTTCTGATTAGAAAAAAACAG



Intron 2 GTAAGTCATC ... ATGTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.84662310
A214.044987
A333.6765336
A425.447165
A548.1514135
A624.4937120
A712.56393
A822.7351150
A94.554221
A1013.464572



>TRINITY_DN126585_c5_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoform
GTGCTTAGCTCTCGAGAATATGGCTTGTCCCTTGATAAGTGAGGGGAATGTACAGAGTGGCAAGAAGGATCGTCTTTCAAGGCTTGTCTTGGATGTTATGTCGTATATGTCATCATGCCTCTCATTAGTAATACTTCATAATCATCAAAATATTGATAAATATATTAATAAACATAATGTCGATAACAACTATTAAAAAG
AAGAAGACCTAAAAATAAAGACAATAAAAATGATCATAATCAAATTCAACAACCTCTCTAAAGTTGCAATCATATATCTCAGAACTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGC
CACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAA
GAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCT
CTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCT
GTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGA
TCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATA
CAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTA
GTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC


>TRINITY_DN126585_c5_g2_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGAT
AAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATC
ACAACGTGAAgtaagtcatcttaacagcattaaccattataatttgttgtccttaattttgaggttactttagtgtcttggactgatggtggtattaggtagaatcaacactttttagtgtacatcttagcttatccaaattgttatcttgatattttctttggggaacaaattctgatggttagctcactgcctttatt
tgatgtgatcgaaactaacctaatgtctgaaacacaatcatgcactgttgcagcctaagaatatgtggcacttgtgctcaaatcatggctcgtgtattcttattgatacctgtcacaagtcgtagttcttttcttctccttcgtgcaggataactgatgtgactatggtcattaagcacttttgaccttccttttcccat
atgaaaggctgcagtgggaacatcttgctttttctataaactgtacagtaaagaattattcctcctcagtaaatgatctttggacagactaaattagtatattccaaaagaatgttatataaaagataagttgtcattacttacatgattatgaaacttaataggtgtggttcaaatgcttatccctccccagtaaagga
tctttggacaaagtaaataagtatattccaaaagaatgctatataaaagataagttgtcagtgttttactaacatgattatgaaacttaatagatgtggttcaaatgctattaaaaagcacagttccagactatgcagattaaattttagtatgttagaaaataatttcgcctgcaaattcatattgtgcatagattgac
tctaaatacccaaaggagttcattcataagatatcagaaacacgaagataattttttcacctgcaaagtcataatttgcatagattggctctaaagggagatcatatataagatattaggcacataatatgttatggtggttggggcagattctttttaacaaaacttcaaaactctagactgcagaaacataggttgta
ttgtggcattgcttgaaatgaaaattgaaacaacagggggtgataaacaaaattgcatccgttcttattttgttcaaagctgtgaagagtatttaaataaatttcaaaggtcgtgcatggaattctttaaggttattggaatttggatagagtttcaaaaaattaccagagataagcaaatatcttgtaattgctttgaa
acaccaaggcttatttcttgatctgcctttgtcaatggtggcatcgtttgaaagaaaaatagaaacagccccccaaaactgttgaattggttaaatatggggtagacatatttatctatcaaattgtatcttttccagagtagacacataccttcctaaaaatgtcataacattaacttctctatcttgtaaacaggctg
actatcttatgttgaagtgatgctggcaacattgtccaaccaaataacatttctaatctactctcattgtgatctagttttttacggtccagggatatgatcattcaaaattgggaatataaattgtgctttaaccttagcagtcatgttattatttttccagggtatttcattttgtagagtgcaagggacaacattaa
agttttattgcgggagttgattatgtttcataactggtcaacagacctcgataggtgtctgatgctatcagcaattttgtgaataaaaaaatttaggtttctcatagacttgcaaacgttgttggtattaaattgtcatggttgctacaattgtcactatttcagaatgtctataggagcatgttctccaaaatctgtag
gtcgttcttagccctcatccctcttatgaggttcagattttgaaagatgggcatggtttagaagattgtccattatgttgttcgtaattagatgggcatggtttagaagattgtcccttatgtttttcgtaattttaaagggatgttaaagccatagcttctctctttgctatgtattttattttttcccaccttggggt
ttgattccagatgcttttaatgcaagaaatgtatacataatgttgaaggttaatttctggagtattaggatgcaaatctttttgataatctaaagtgcttgatgagtcaatagggattcctgcttcttattctagcaacaatgggtgtccagtttttaattcaactcatgttttcagGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTC
GGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC



Intron 3 GTTGGCATCT ... TATTTTATAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A121.6140.23.511.3
A213.1880.64.913.7
A311.8553.61.88.5
A415.5257.62.811.8
A516.0752.43.411.7
A612.1361.6011
A77.33112.80.910.6
A89.7167.60.58.7
A910.95480.97.1
A1011.88101.6015.9



>TRINITY_DN120747_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGA
TATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAAC
GTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATC
TTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTA
TGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGG
GCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCC
TGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTT
TTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGC
AGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCA
GGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCC
AAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTT
CAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTG
TTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCT
CTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATT
TTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATG
GATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG


>TRINITY_DN120747_c0_g2_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GCTGACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAACATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATAGAAATTGTGCTTTAACCTTAGTAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACA
TTAAAGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCTCGATAGGTGTCTGATGCTATCAGCAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAGGTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCT
GTAGGTCGTTCTTAGCCCTCATCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCACCTTGGGGTTTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATG
TTGAAGGTTAATTTCTGGAGTATTAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCATATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACG
GGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGgttggcatcttgatacatggaggataagtaattcaattatattataatttcttccagccaatatggtattattttcctgatggattttattttatagTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAAC
ACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGA
GCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCA



Intron 4 GTGAGTGTCA ... AGCATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A127.6773.21028
A220.2970.87.618
A316.44564.611
A423.535211.616
A526.6127.61.210
A625.74121.2842
A723.77157.416.649
A819.06165.69.239
A921.18104.61228
A1028.9113310.454



>TRINITY_DN120747_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGA
TATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAAC
GTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATC
TTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTA
TGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGG
GCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCC
TGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTT
TTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGC
AGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCA
GGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCC
AAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTT
CAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTG
TTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCT
CTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATT
TTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATG
GATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG


>TRINITY_DN120747_c0_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GGAAGGACTATGCATACCCCATCgtgagtgtcacctgctgagcatgtttagagatctgtttcatttttgctcggactgaattactacaactagtgaaaactaatttattgaagactgatgaatttgattggagcattgcagATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGG
GCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGG



Intron 5 GTAACTTTTT ... TGTAATGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.72441310
A226.8834187
A322.2228106
A421.09581318
A526.671171
A626.6733168
A723.0835174
A820.8319100
A926.5829156
A1027.27522019



>TRINITY_DN126585_c5_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGAT
AAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATC
ACAACGTGAAGTAAGTCATCTTAACAGCATTAACCATTATAATTTGTTGTCCTTAATTTTGAGGTTACTTTAGTGTCTTGGACTGATGGTGGTATTAGGTAGAATCAACACTTTTTAGTGTACATCTTAGCTTATCCAAATTGTTATCTTGATATTTTCTTTGGGGAACAAATTCTGATGGTTAGCTCACTGCCTTTATT
TGATGTGATCGAAACTAACCTAATGTCTGAAACACAATCATGCACTGTTGCAGCCTAAGAATATGTGGCACTTGTGCTCAAATCATGGCTCGTGTATTCTTATTGATACCTGTCACAAGTCGTAGTTCTTTTCTTCTCCTTCGTGCAGGATAACTGATGTGACTATGGTCATTAAGCACTTTTGACCTTCCTTTTCCCAT
ATGAAAGGCTGCAGTGGGAACATCTTGCTTTTTCTATAAACTGTACAGTAAAGAATTATTCCTCCTCAGTAAATGATCTTTGGACAGACTAAATTAGTATATTCCAAAAGAATGTTATATAAAAGATAAGTTGTCATTACTTACATGATTATGAAACTTAATAGGTGTGGTTCAAATGCTTATCCCTCCCCAGTAAAGGA
TCTTTGGACAAAGTAAATAAGTATATTCCAAAAGAATGCTATATAAAAGATAAGTTGTCAGTGTTTTACTAACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTATTAAAAAGCACAGTTCCAGACTATGCAGATTAAATTTTAGTATGTTAGAAAATAATTTCGCCTGCAAATTCATATTGTGCATAGATTGAC
TCTAAATACCCAAAGGAGTTCATTCATAAGATATCAGAAACACGAAGATAATTTTTTCACCTGCAAAGTCATAATTTGCATAGATTGGCTCTAAAGGGAGATCATATATAAGATATTAGGCACATAATATGTTATGGTGGTTGGGGCAGATTCTTTTTAACAAAACTTCAAAACTCTAGACTGCAGAAACATAGGTTGTA
TTGTGGCATTGCTTGAAATGAAAATTGAAACAACAGGGGGTGATAAACAAAATTGCATCCGTTCTTATTTTGTTCAAAGCTGTGAAGAGTATTTAAATAAATTTCAAAGGTCGTGCATGGAATTCTTTAAGGTTATTGGAATTTGGATAGAGTTTCAAAAAATTACCAGAGATAAGCAAATATCTTGTAATTGCTTTGAA
ACACCAAGGCTTATTTCTTGATCTGCCTTTGTCAATGGTGGCATCGTTTGAAAGAAAAATAGAAACAGCCCCCCAAAACTGTTGAATTGGTTAAATATGGGGTAGACATATTTATCTATCAAATTGTATCTTTTCCAGAGTAGACACATACCTTCCTAAAAATGTCATAACATTAACTTCTCTATCTTGTAAACAGGCTG
ACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAACATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATATAAATTGTGCTTTAACCTTAGCAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACATTAA
AGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCTCGATAGGTGTCTGATGCTATCAGCAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAGGTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCTGTAG
GTCGTTCTTAGCCCTCATCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCCTTATGTTTTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCCACCTTGGGGT
TTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATGTTGAAGGTTAATTTCTGGAGTATTAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCTTATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTC
GGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC


>TRINITY_DN126585_c5_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATAGTCACTTGCTCTTCCAAAGGCTAAGAAATAAGATGTGTGAAATCATTTTCACTTAGTATTGCCTGTATCATCCTCCAATGGCAATAAAATATGCAATTTAAAGAGCAAATTGTGAGCTCCACTCATTTACCACTAAAACATAAGCCAAAATATGCAATTCATGTAGTGGGGGCCTGGTTGGTTGGTAAGGCGAGGGT
TTTGTTATCCCCCCACCAAGTTTGAAATTCCCCTTAAGGTCTGTTTCCCTGTCATGGGCATCTTACCTGCATAAGCAGGTTGTTTTATGGGGTTTGGTGCCAGCTGCAAGTCTTTGGTGAATTTGGCATATTAGATACCCCCAATTGTGACATCATAGCCAAATGGTAGCTTACTGGAGTTGGGAGTTGCGAGATGTATC
TTGCTTCGGTGCAATATTTAATTTTGGAAGGTGCTGCTTGCACATGTTGACTGGAATCACTATGAAAAAAATTTAAAATCTACAAATACGATCATGATCTCCAGTGGTATTTTGTGCAAGGAGCCAAGATTTTATGGATGCCCAGCAATTTCCCACTTTTTGCATTGACTATACGAGGGACAAAACAGGGAATGATAAAT
TTGTATTGGGAGAAACATAGAAAGAGTCTTGGCATTCATACTATGATGCTTTGTTGCTAATCATTTCAAAGTCTAGAGTTGTTCAGACTAAAACATTTAGTTCAGAATGTGCTCATCTGGTTTGAGCTTTGATCGATTGCTTTAAACCAAATGGTCTTTATATTTTATCTAAGTTTTTCAGCCAGGCATCAATCAATTAC
ACTCTTAAATGATAAATCGTTTCTCTGAACTTTAAGTCTAGATCTTATAATTTAAGACAATATCATATTTACTGATCTATGAATTTGTTCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTA
GTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGgtaactttttaaaagcccctgagcttggtctttcatctgtaatctgacttgatatcgaaattgtccaaaatatgtgcttttgtaatttctttatactaataacttcaggaattccatatacgaaatgttttgtaatgcagGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCT
GTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGA
TCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATA
CAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGT



Intron 6 GTGATTAAAT ... CTCTACACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A112.774164
A219.442977.5
A311.6338515.5
A425.9340149.5
A527.2732129
A627.1243166
A720.8357159
A89.763742.5
A921.212673
A1024.18692213.5



>TRINITY_DN120052_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCA
CTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGC
TGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGAT
ATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCGTGAGTGTCACCTGCTGAGCATGTTTAGAGATCTGTTTCATTTTTGCTCGGACTGAATTACTACAACTAGTGAAAACTAATTTATTGAAGACTGACGAATTTGATTGGG
AGCATTGCAGATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGTACTTTCTGGTTATGTTGGTTTATTACTTCTAGGGATGGTCAAAATCAGAATGCC
TCAAAAATTCATGGAAAGTTAATAAGATATCTCTGTTC


>TRINITY_DN120052_c0_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGgtgattaaatatgttttgtgtgttcttgtatatcccttttttatgtttctgttcatagtaaatctaagcttgatgacttctctaca
cagGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGTAGGATTATAATTTTTGGTTGAAGTTAATGATTATGATTATCTGTGCAATAAATGTAAGGCTTACTATCATGTTGTGTATGGGT
ACAAGATCTATTTTTCTTTTTTCTTTTTCTTGCATTTACACAAGTCTCTTGTTTTGTCAAAACCACACTCAAAGTGCATAACTACTTTGTCTTTGTAGTTTTCTATTTCTACATTAAAGGGTGTCACTTATACTTATTGCAATCTCATTATGTTTTTAAATTTTATGTCATTGGTTTAAGTTACTTGATCCTTTTAAATT
TGATGCGAAATCCAAATCCTATCCTTTTGCATTGTTGGATTCTTATAAGATTTAGCTAGGATCATTTTCTTGATGAAAGCATGCAATTGAGACAATGATGAATCTTGCACTAAAATACTGTAGAACATAACAATAAATGTAGAAAGAAGAATCTGTTAGAACAAGGTCCAAACAAAAAATGTGTTTAGATGAATTTTATT
TTATATTCTGTATTTTTTGGTCAAGCTATATTATAATTTATAATTATATTATCAAAGTTAAAGTTAATTCATTTAACATAAAACTGTTGCATTATCATTCTGGGTTTTCACCCAGTAATAGAGTATAATAGAATTACTATTATTTACTATTTCCATTCGAAAATCAGATTTGCAATAACTGGAGGTGCAAGCAAAGTATG
GACCCAGTCCATGTTAGTGTATGGCTTCCCCAAAATCAAAGTAAATATAGCTA



Intron 7 GTAAGTCATC ... ATGTTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A125.84662310
A214.044987
A333.6765336
A425.447165
A548.1514135
A624.4937120
A712.56393
A822.7351150
A94.554221
A1013.464572



>TRINITY_DN126585_c5_g2_i10 from sample A1 / Example spliced isoform
GTGCTTAGCTCTCGAGAATATGGCTTGTCCCTTGATAAGTGAGGGGAATGTACAGAGTGGCAAGAAGGATCGTCTTTCAAGGCTTGTCTTGGATGTTATGTCGTATATGTCATCATGCCTCTCATTAGTAATACTTCATAATCATCAAAATATTGATAAATATATTAATAAACATAATGTCGATAACAACTATTAAAAAG
AAGAAGACCTAAAAATAAAGACAATAAAAATGATCATAATCAAATTCAACAACCTCTCTAAAGTTGCAATCATATATCTCAGAACTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGC
CACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAA
GAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCT
CTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCT
GTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGA
TCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATA
CAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTA
GTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC


>TRINITY_DN126585_c5_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGAT
AAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATC
ACAACGTGAAgtaagtcatcttaacagcattaaccattataatttgttgtccttaattttgaggttactttagtgtcttggactgatggtggtattaggtagaatcaacactttttagtgtacatcttagcttatccaaattgttatcttgatattttctttggggaacaaattctgatggttagctcactgcctttatt
tgatgtgatcgaaactaacctaatgtctgaaacacaatcatgcactgttgcagcctaagaatatgtggcacttgtgctcaaatcatggctcgtgtattcttattgatacctgtcacaagtcgtagttcttttcttctccttcgtgcaggataactgatgtgactatggtcattaagcacttttgaccttccttttcccat
atgaaaggctgcagtgggaacatcttgctttttctataaactgtacagtaaagaattattcctcctcagtaaatgatctttggacagactaaattagtatattccaaaagaatgttatataaaagataagttgtcattacttacatgattatgaaacttaataggtgtggttcaaatgcttatccctccccagtaaagga
tctttggacaaagtaaataagtatattccaaaagaatgctatataaaagataagttgtcagtgttttactaacatgattatgaaacttaatagatgtggttcaaatgctattaaaaagcacagttccagactatgcagattaaattttagtatgttagaaaataatttcgcctgcaaattcatattgtgcatagattgac
tctaaatacccaaaggagttcattcataagatatcagaaacacgaagataattttttcacctgcaaagtcataatttgcatagattggctctaaagggagatcatatataagatattaggcacataatatgttatggtggttggggcagattctttttaacaaaacttcaaaactctagactgcagaaacataggttgta
ttgtggcattgcttgaaatgaaaattgaaacaacagggggtgataaacaaaattgcatccgttcttattttgttcaaagctgtgaagagtatttaaataaatttcaaaggtcgtgcatggaattctttaaggttattggaatttggatagagtttcaaaaaattaccagagataagcaaatatcttgtaattgctttgaa
acaccaaggcttatttcttgatctgcctttgtcaatggtggcatcgtttgaaagaaaaatagaaacagccccccaaaactgttgaattggttaaatatggggtagacatatttatctatcaaattgtatcttttccagagtagacacataccttcctaaaaatgtcataacattaacttctctatcttgtaaacaggctg
actatcttatgttgaagtgatgctggcaacattgtccaaccaaataacatttctaatctactctcattgtgatctagttttttacggtccagggatatgatcattcaaaattgggaatataaattgtgctttaaccttagcagtcatgttattatttttccagggtatttcattttgtagagtgcaagggacaacattaa
agttttattgcgggagttgattatgtttcataactggtcaacagacctcgataggtgtctgatgctatcagaaattttgtgaataaaaaaatttaattttctcatagacttgcaaacgttgttggtatttaaattgtcatggttgctacaattgtcactatttcagaatgtctataggagcatgttctccaaaatctgta
ggtcgttcttagccctcatccctcttatgaggttcagattttgaaagatgggcatggtttagaagattgtccattatgttgttcgtaattttaaagggatgttaaagccatagcttctctctttgctatgtattttattttttccaccttggggtttgattccagatgcttttaatgcaagaaatgtatacataatgttg
aaggttaatttctggagtattaggatgcaaatctttttgataatctaaagtgcttgatgagtcaatagggattcctgcttcttattctagcaacaatgggtgtccagtttttaattcaactcatgttttcagGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGG
TTTGGAC



Intron 8 GTACTTTCTG ... CCATTCACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A133.565.52739
A224.55632021
A321.86841532
A425.13731435
A524.532049
A622.611663265
A720.282304374
A821.542044072
A920.31592556
A10181803346



>TRINITY_DN120747_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGA
TATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAAC
GTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATC
TTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTA
TGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGG
GCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCC
TGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTT
TTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGC
AGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCA
GGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCC
AAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTT
CAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTG
TTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCT
CTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATT
TTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATG
GATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG


>TRINITY_DN120747_c0_g2_i9 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GCTGACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAACATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATAGAAATTGTGCTTTAACCTTAGTAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACA
TTAAAGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCTCGATAGGTGTCTGATGCTATCAGCAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAGGTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCT
GTAGGTCGTTCTTAGCCCTCATCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCACCTTGGGGTTTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATG
TTGAAGGTTAATTTCTGGAGTATTAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCATATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACG
GGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTC
CTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTG
TCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGgtac
tttctggttatgttggtttatcactgctagggatgatcaaaatcagaatggctcaaaacattcatggaaagttaataagatatctctgttccgttgctattgatgttatgggctccgtccatcacttgttatcccaattattatatggtggtagatattaaggggtccatccatcatagtctcaattctgatacggtggt
atgacttattaagggaggatggtatatgctgcttactaatcacttctgccacgtcctgtgattaattttaattttatgctatattatctatcatgaaaataaaactaatctattttgtaccattcacagGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAAT
GATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTC
AGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTATCTGGGCAGATGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTAGGGCAAGGTATATGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCAT
CCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGT
GGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAA
CATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAAT
GTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG



Intron 9 GTGAGTGTCA ... AGCATTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A127.457415.728
A220.88721219
A316.18579.311
A423.535212.716
A526.3228210
A625.4512314.742
A723.716122.350
A819.3216715.340
A920.5910820.328
A1028.4213615.354



>TRINITY_DN120052_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTAAGTCATCTTAACAGCATTAACTATTATAATTTG
TTGTCCTTAATTTTGAGGTTACTTTAGTGTCTTGGACTGATGGTGGTATTAGGTAGAATCAACACTTTTTAGTGTACATCTTAGCTTATCCAAATTGTTATCTTGATATTTTCTTTGGGGAACAAATTCTGATGGTTAGCTCACTGCCTTTATTTGATGTGATCGAAACTAACCTAATGTCTGAAACACAATCATGCACT
GTTGCAGCCTAAGAATATGTGGCACTTGTGCTCAAATCATGGCTCGTGTATTCTTATTGATACCTGTCACAAGTCGTAGTTCTTTTCTTCTCCTTCGTGCAGGATAACTGATGTGACTATGGTCATTAAGCACTTTTGACCTTCCTTTTCCCATATGAAAGGCTGCAGTGGGAACATCTTGCTTTTTCTATAAACTGTAC
AGTAAAGAATTATTCCTCCTCAGTAAATGATCTTTGGACAGACTAAATTAGTATATTCCAAAAGAATGTTATATAAAAGATAAGTTGTCATTACTTACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTTATCCCTCCCCAGTAAAGGATCTTTGGACAAACTAAATAAGTATATTCCAAAAGAATGCTATATAA
AAGATAAGTTGTCAGTGTTTTACTAACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTATTAAAAAGCACAGTTCCAGACTATGCAGATTAAATTTTAGTATGTTAGAAAATAATTTCGCCTGCAAATTCATATTGTGCATAGATTGACTCTAAATACCCAAAGGAGTTCATTCATAAGATATCAGAAACACGAA
GATAATTTTTTCACCTGCAAAGTCATAATTTGCATAGATTGGCTCTAAAGGGAGATCATATATAAGATATTAGGCACATAATATGTTATGGTGGTTGGGGCAGATTCTTTTTAACAAAACTTCAAAACTCTAGACTGCAGAAACATAGGTTGTATTGTGGCATTGCTTGAAATGAAAATTGAAACAACGGGGTGATAAAC
AAAACTTCATCCGTTCTTATTTTGTTCAAAGCTGTGAAGAGTATTTAAATAAATTTCAAAGGTCGTGCATGGAATTCTTTAAGGTTATTGGAATTTGGATAGAGTTTCAAAAAATTACCAGAGATAAGCAAATATCTTGTAATTGCTTTGAAACACCAAGGCTTATTTCTTGATCTGCCTTTGTCAATGGTGGCATCGTT
TGAAAGAAAAATAGAAACAGCCCCCCAAAACTGTTGAATTGGTTAAATATGGGGTAGACATATTTATCTATCAAATTGTATCTTTTCCAGAGTAGACACATACCTTCCTAAAAATGTCATAACATTAACTTCTCTATCTTGTAAACAGGCTGACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAAC
ATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATAGAAATTGTGCTTTAACCTTAGTAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACATTAAAGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCT
CGATAGGTGTCTGATGCTATCAGAAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAATTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCTGTAGGTCGTTCTTAGCCCTCTTCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGA
TGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCACCTTGGGGTTTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATGTTGATGGATGCAGTGGTCATATATTGCATAGAAGGTTAATTTCTGGAGTAT
TAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCTTATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTC
AGCTTATAATTCAGGTTGGCATCTTGATACATGGAGGATAAGTAATTCAATTATATTATAATTTCTTCCAGCCAATATGGTATTATTTTCCTGATGGATTTTATTTTATAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGTCTGGTCTATAGCTTGACTGGACTTTT
CTTTTGTAAAGTGTCGCTGAAAATATGTATTTGTCTAGTGACTAACTAATGACTGAAAACATTACAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGG
AGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTC
TTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTA
ATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAG
TCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTAC
TGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGA
CGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAAT
TATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGT
TCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGGTGGGTGGGTGCATGGAGTTTTAGGGCACACACCAAGAAAGGTCTCTGAAGAAATTGTCTTTATGGAATATAAATATATATGGTTTGACCATTTCT
TGCTTAGAAATACCGTGGTGGCCAAAGATCCCGTGACAAGTTTTATACGATGATTGTCGGTCTCTTTGATACCAGCTCTTGACGGCCTGCTGTATAGTAGTAATATCGAAACTTGAGATGGCTTATTATGAATTCTCTCTTTGAGAGGGACCGTTACCTCAGGATTAAATAATATCTTAGTACGTAGGAAACTAGAATTT
TAGCACCACAGTATTATTGTTAATTGAAGTACACAACTAGTTATTCCAAGGGCAAGTAGGTGGACAAGGCTACATTTCAAGAATACAGGAAATATTTTTGTTATATTTTGTTTCATTTAAATAATCTTGTTATACAGAAACCTATTTCTGATTAGAAAAAAACAG


>TRINITY_DN120052_c0_g1_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCA
CTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGC
TGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGAT
ATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCgtgagtgtcacctgctgagcatgtttagagatctgtttcatttttgctcggactgaattactacaactagtgaaaactaatttattgaagactgacgaatttgattggg
agcattgcagATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGTACTTTCTGGTTATGTTGGTTTATTACTTCTAGGGATGGTCAAAATCAGAATGCC
TCAAAAATTCATGGAAAGTTAATAAGATATCTCTGTTC



Intron 10 GTCTGGTCTA ... AACATTACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A134.2254528
A224.8382.2027
A326.9172.8526.7
A430.8967.2730
A518.2853.9312
A618.5574.9117
A719.62136.1033
A823.4288.6027
A927.2764.1124
A1019.31113.1427



>TRINITY_DN120052_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform
GGCAAAGAAGGTAATTTTTCTGAGAATTGTGGGTGTTGGTTTGTGTGGTTTGTTGCAATAGATTGCAGTGATTTTATTTTTTCGTTTTATCCTTTAGTTGCTCTTTATTTTTGATAATATTGTTATGCCAATGCAAACCCAAAATTCTTAAACTAGTTTGTAGATTTTGTTTATACTGATCTTTGTTATCTGGTTATATT
CATCAAACAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGA
ATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTG
GAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAG
TGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCC
CATC


>TRINITY_DN120052_c0_g1_i4 from sample A3 / Example unspliced isoform:
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTAAGTCATCTTAACAGCATTAACTATTATAATTTG
TTGTCCTTAATTTTGAGGTTACTTTAGTGTCTTGGACTGATGGTGGTATTAGGTAGAATCAACACTTTTTAGTGTACATCTTAGCTTATCCAAATTGTTATCTTGATATTTTCTTTGGGGAACAAATTCTGATGGTTAGCTCACTGCCTTTATTTGATGTGATCGAAACTAACCTAATGTCTGAAACACAATCATGCACT
GTTGCAGCCTAAGAATATGTGGCACTTGTGCTCAAATCATGGCTCGTGTATTCTTATTGATACCTGTCACAAGTCGTAGTTCTTTTCTTCTCCTTCGTGCAGGATAACTGATGTGACTATGGTCATTAAGCACTTTTGACCTTCCTTTTCCCATATGAAAGGCTGCAGTGGGAACATCTTGCTTTTTCTATAAACTGTAC
AGTAAAGAATTATTCCTCCTCAGTAAATGATCTTTGGACAGACTAAATTAGTATATTCCAAAAGAATGTTATATAAAAGATAAGTTGTCATTACTTACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTTATCCCTCCCCAGTAAAGGATCTTTGGACAAACTAAATAAGTATATTCCAAAAGAATGCTATATAA
AAGATAAGTTGTCAGTGTTTTACTAACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTATTAAAAAGCACAGTTCCAGACTATGCAGATTAAATTTTAGTATGTTAGAAAATAATTTCGCCTGCAAATTCATATTGTGCATAGATTGACTCTAAATACCCAAAGGAGTTCATTCATAAGATATCAGAAACACGAA
GATAATTTTTTCACCTGCAAAGTCATAATTTGCATAGATTGGCTCTAAAGGGAGATCATATATAAGATATTAGGCACATAATATGTTATGGTGGTTGGGGCAGATTCTTTTTAACAAAACTTCAAAACTCTAGACTGCAGAAACATAGGTTGTATTGTGGCATTGCTTGAAATGAAAATTGAAACAACGGGGTGATAAAC
AAAACTTCATCCGTTCTTATTTTGTTCAAAGCTGTGAAGAGTATTTAAATAAATTTCAAAGGTCGTGCATGGAATTCTTTAAGGTTATTGGAATTTGGATAGAGTTTCAAAAAATTACCAGAGATAAGCAAATATCTTGTAATTGCTTTGAAACACCAAGGCTTATTTCTTGATCTGCCTTTGTCAATGGTGGCATCGTT
TGAAAGAAAAATAGAAACAGCCCCCCAAAACTGTTGAATTGGTTAAATATGGGGTAGACATATTTATCTATCAAATTGTATCTTTTCCAGAGTAGACACATACCTTCCTAAAAATGTCATAACATTAACTTCTCTATCTTGTAAACAGGCTGACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAAC
ATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATAGAAATTGTGCTTTAACCTTAGTAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACATTAAAGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCT
CGATAGGTGTCTGATGCTATCAGAAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAATTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCTGTAGGTCGTTCTTAGCCCTCTTCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGA
TGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCACCTTGGGGTTTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATGTTGATGGATGCAGTGGTCATATATTGCATAGAAGGTTAATTTCTGGAGTAT
TAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCTTATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTC
AGCTTATAATTCAGGTTGGCATCTTGATACATGGAGGATAAGTAATTCAATTATATTATAATTTCTTCCAGCCAATATGGTATTATTTTCCTGATGGATTTTATTTTATAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGgtctggtctatagcttgactggactttt
cttttgtaaagtgtcgctgaaaatatgtatttgtctagtgactaactaatgactgaaaacattacagGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGG
AGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTC
TTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTA
ATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAG
TCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTAC
TGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGA
CGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAAT
TATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGT
TCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGGTGGGTGGGTGCATGGAGTTTTAGGGCACACACCAAGAAAGGTCTCTGAAGAAATTGTCTTTATGGAATATAAATATATATGGTTTGACCATTTCT
TGCTTAGAAATACCGTGGTGGCCAAAGATCCCGTGACAAGTTTTATACGATGATTGTCGGTCTCTTTGATACCAGCTCTTGACGGCCTGCTGTATAGTAGTAATATCGAAACTTGAGATGGCTTATTATGAATTCTCTCTTTGAGAGGGACCGTTACCTCAGGATTAAATAATATCTTAGTACGTAGGAAACTAGAATTT
TAGCACCACAGTATTATTGTTAATTGAAGTACACAACTAGTTATTCCAAGGGCAAGTAGGTGGACAAGGCTACATTTCAAGAATACAGGAAATATTTTTGTTATATTTTGTTTCATTTAAATAATCTTGTTATACAGAAACCTATTTCTGATTAGAAAAAAACAG



Intron 11 GTAAGCATTG ... GATGTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A126.6755203
A228.777314
A323.7174236
A42578267
A5202460
A615.13101182
A718.77212491
A816.76154310
A920116290
A1015.54125230



>TRINITY_DN108539_c0_g1_i4 from sample A4 / Example spliced isoform
TTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGA
AGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCA
GAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCA
GGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGG
TCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAG
GCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAG
TGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTG
CTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATAT
ATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGC
AAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATACACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTATCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAA
CTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGT
GGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTATCTGGGCAGATGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATAT
TAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTAGGGCAAGGTATATGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTT
TCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTATTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATT
TGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAA
GAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCATGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAG


>TRINITY_DN108539_c0_g1_i13 from sample A4 / Example unspliced isoform:
TTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGA
AGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCA
GAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCA
GGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGG
TCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAG
GCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAG
TGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTG
CTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATAT
ATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGC
AAAGGCACTAGCAAAGATTGCAgtaagcattgtcattcgtattctggtttattttatttggcgtgtgtaaggttacctgttcttcttgtattcatggatttgacatagttgcatttttattgatatgatgatgttgaagGGATACACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTATCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAA
TTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCGTGAGTGTCACCTGCTGAGCATGTTTAGAGATCTGTTTCATTTTTGCTCGGACTGAATTACTACAACTAGTGAAAACTAATTTATTGAAGACTGACGAATTTGATTGGGAG



Intron 12 GTAAGCATTG ... GATCTTGAAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A128.1247018
A224.8667.5122
A322.7165.5019
A421.9771.5020
A515.482204
A622.8589026
A721.27187.5050
A826.85131047
A923.0699029
A1020.89111029



>TRINITY_DN120747_c0_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform
GGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGA
TATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAAC
GTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATC
TTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTA
TGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGG
GCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCC
TGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTT
TTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGC
AGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCA


GGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCC
AAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAATTGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTT
CAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTCAATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTTTCTGGGCAGGTGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTG
TTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTGGGGCAAGGTATACGAGTATATACAAATTACTGCGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCT
CTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACGGGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATT
TTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTATTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATG
GATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTCAGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG


>TRINITY_DN120747_c0_g2_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:
AAAGGCACTAGCAAAGATTGCAgtaagcattgtcattcgtattctggtttattttatttggcatgtgttacctgttcttcttgtattcatggatttgacatagttgcatttttattgatatgatgatcttgaagGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTT
AAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGGCAGCAAAATGCGGATGGGGTTGATATTGAATTAAT
TGAAAGTCTACCAGAGATGCAAGAAGCTCGCAATGATCAATCAAGAAGCTTCAGTAATGGCTATGGCAGAGGAGGAGGTCGGGGAGGATATTCCAATGGCAAGTCTTGGGGTGGTTCAAGAGGCGGTGGTGGTTCAAGAGGGGGTGGTCGTTCAAGAGGAGGCGGAGGTGGTTCAAGAGGAGGTCGAGGCTGGGGAAGTC
AATAGGGGAATTGATGATCATGATTTCAAAATTCAGTTTCAAGTTTCAACTTAAATAACATGTATTTTATCTGGGCAGATGCTTTATCTATGGCCTGAGCTGTCCAGCATATTAGAGAAGCCTTGCTTTATTTGTTTAGAGGTTCTGTATTTTTGAAGACAGTTGTTAGGGCAAGGTATATGAGTATATACAAATTACTG
CGGATGTCTTGATTCTTGTTAAGAAAATCATCATCCATTAGGTGATGCTTTAGTTTTGCACAATTTTCTATACGTGAAAGAAGATGGAGCCTTTGAATATGCTACATATTTTTCTGCTCAAAAGCTCCCAAGCTCTATGCTTGTTTTTGGGTCATCTTTTTTCCGACCCATAAAGAATTAGTTTTAAGGTCCTCAAGACG
GGCAGGAGCTTTAAAGGGGAAAGGGGGAAAGGGTGGCGCCTAACCCAAAGATATTCATTGCATGTCCTCGATGAGGTTTGAAGAATTTCACTCGGCAAAATTCAATGTAATTTGGATATTATCCTGTCATTATTTTCTTAGCTTAACAGACGATTCTAATAAATATTATAGTAAAGTTTTAAACTGCATAGGAAGAATTA
TTTTGATTATATTCGTACTGTTATAATCCAGAAACATTTTGGGGTTCTTTGCTCGATATTTTACTGGGATACATCTTAAATGATTAAAAAGGAACTTTGTAGGAGATTTGAAGAATCGCCATCCTTAGAAAATGGATCTTTCTGCAAGAATTGTACACAAGCTGCAATTTGTATCATGCTCCGAGGGATGCGTGGAGTTC
AGGGCATTACAACATGAAGCTCTCTTAAATGAATGTTACCTTGACTATGGAATATAAATATGGTTTGGAATATAATGTTGCAGTTGTATCATGATCTGAGGGTG



Intron 13 GTAGGATTAT ... CTTGCATCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A119.7461153
A230.9529134
A329.4955234
A439.2231204
A521.882571
A621.0545121
A718.7552123
A88.164542
A914.894070
A1025.9360210



>TRINITY_DN126585_c5_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGAT
AAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATC
ACAACGTGAAGTAAGTCATCTTAACAGCATTAACCATTATAATTTGTTGTCCTTAATTTTGAGGTTACTTTAGTGTCTTGGACTGATGGTGGTATTAGGTAGAATCAACACTTTTTAGTGTACATCTTAGCTTATCCAAATTGTTATCTTGATATTTTCTTTGGGGAACAAATTCTGATGGTTAGCTCACTGCCTTTATT
TGATGTGATCGAAACTAACCTAATGTCTGAAACACAATCATGCACTGTTGCAGCCTAAGAATATGTGGCACTTGTGCTCAAATCATGGCTCGTGTATTCTTATTGATACCTGTCACAAGTCGTAGTTCTTTTCTTCTCCTTCGTGCAGGATAACTGATGTGACTATGGTCATTAAGCACTTTTGACCTTCCTTTTCCCAT
ATGAAAGGCTGCAGTGGGAACATCTTGCTTTTTCTATAAACTGTACAGTAAAGAATTATTCCTCCTCAGTAAATGATCTTTGGACAGACTAAATTAGTATATTCCAAAAGAATGTTATATAAAAGATAAGTTGTCATTACTTACATGATTATGAAACTTAATAGGTGTGGTTCAAATGCTTATCCCTCCCCAGTAAAGGA
TCTTTGGACAAAGTAAATAAGTATATTCCAAAAGAATGCTATATAAAAGATAAGTTGTCAGTGTTTTACTAACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTATTAAAAAGCACAGTTCCAGACTATGCAGATTAAATTTTAGTATGTTAGAAAATAATTTCGCCTGCAAATTCATATTGTGCATAGATTGAC
TCTAAATACCCAAAGGAGTTCATTCATAAGATATCAGAAACACGAAGATAATTTTTTCACCTGCAAAGTCATAATTTGCATAGATTGGCTCTAAAGGGAGATCATATATAAGATATTAGGCACATAATATGTTATGGTGGTTGGGGCAGATTCTTTTTAACAAAACTTCAAAACTCTAGACTGCAGAAACATAGGTTGTA
TTGTGGCATTGCTTGAAATGAAAATTGAAACAACAGGGGGTGATAAACAAAATTGCATCCGTTCTTATTTTGTTCAAAGCTGTGAAGAGTATTTAAATAAATTTCAAAGGTCGTGCATGGAATTCTTTAAGGTTATTGGAATTTGGATAGAGTTTCAAAAAATTACCAGAGATAAGCAAATATCTTGTAATTGCTTTGAA
ACACCAAGGCTTATTTCTTGATCTGCCTTTGTCAATGGTGGCATCGTTTGAAAGAAAAATAGAAACAGCCCCCCAAAACTGTTGAATTGGTTAAATATGGGGTAGACATATTTATCTATCAAATTGTATCTTTTCCAGAGTAGACACATACCTTCCTAAAAATGTCATAACATTAACTTCTCTATCTTGTAAACAGGCTG
ACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAACATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATATAAATTGTGCTTTAACCTTAGCAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACATTAA
AGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCTCGATAGGTGTCTGATGCTATCAGCAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAGGTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCTGTAG
GTCGTTCTTAGCCCTCATCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCCTTATGTTTTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCCACCTTGGGGT
TTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATGTTGAAGGTTAATTTCTGGAGTATTAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCTTATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTC
GGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC


>TRINITY_DN126585_c5_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGgtaggattataatttttggttgaagttaatgattatgattatctgtgcaataaatgtaaggcttactatcatgttgtgtatgggtacaagatctatttttcttttttctttttcttgcatttacacaa
gtctcttgttttgtcaaaaccacactcaaagtgcataactactttgtctttgtagttttctatttctacattaaagggtgtcacttatacttattgcaatctcattatgtttttaaattttatgtcattggtttaagctacttgatccttttaaatttgatgcgaaatccaaatcctatccttttgcattgttggattct
tataagatttagctaggatcattttcttgatgaaagcatgcaattgagacaatgatgaatcttgcactaaaatactgtagaacataacaataaatgtagaaagaagaatctgttagaacaaggtccaaacaaaaaatgtgtttagatgaattttattttatattctgttttttttggtcaagctatgtaataatttataa
ttatattatcaaagttaaagttaattcatttaacataaaactgttgcattatcattctgggttttcacccagtaatagagtataatagaattactattatttactatttccattcgaaaatcagatttgcaataactggaggtgcaagcaaagtatggacccagtccatgttagtgtatggcttccccaaaatcaaagtt
aatatagctatgtgtagaattagtagttaggttgtggcccagacatgtggccgaaacatgctttcaacatattgtctaccaatgctagtttgtggaactttgtctaggatttgcagaaaatcttgtctcgttgcttttggctttagacaaagtgttcttgtgtgctgatcagtgttttgtgtttcaaacatgctttcaac
atattgtctaccaatgctagtttgtggaactttgtctaggatttgcagaaaatcttgtctcgttgcttttggctttagacaaagtgttcttgtgtgctgatcagtgttttgtgttgttttccacatcccacaagttttgtcaagacttaagaacttcttcatgtccaaactctgcttctcaaactgggccttcttcttgg
cactgatacttcttaagtggtgttgctcctttgccatgtctctgatatctgcccccattctcgccatattcttttagagatcattaacattttataagccataaatttataatttattatttttttgccattatggaatatttcttccagtgctcaaacaattaagtttctggttgtgcaggaaaaaatgttgtcctttg
atccttagagaaattatgtaattgttgtttgaaattgtgatgctggattgggttgttcacatgctttcatagttatggctttagttgaaatgtttcgtcaaacacttttcccaagtgttttgaagtccttgttattcacaatgatgggttataacttgtattcaccggggtttggcgatgatctctttacaaggttaaca
agattgttggggattacagtgttgcagttgttagtttacttaatagtacttcattgcccacattgtttgaaatattttcatgttgtattgattgattggcatatctttgttaaggttgatggtgcaacacacaactagaatatgttggtttctctctctctttgccacatgttatgaaccgtacttgtaaaccttgacaa
aaatgttggtatgcattgcaatttggcctcatgtaagcatggattttgggtagttgcaattttttttgtgccattgttgttgggatttcctcccctttttggaggacatgttgtatgtgaggcaaactcaaagattcaaatagatcattggtatgctcggtcctagttattaatgcttggctttgcctcttgttgcttct
aatataaccattacatgaatgctttagtgcaattgcattggtgtctttctctttccttgttggggattgatctcaaacttgttaaagaagcaaatgaggggtagatagtccttgagtgagacactgaattgatgaacgagatgcccttgtttgtgggacaagggatcccctccactcagtgatatgactttttagtctat
ggaggtatacatatcctacccctctctggatgtgaacctgtgaccttaaagaggaaaaacatgttcttaacagctgctgctctcaaggtttaaccgattttgtatttgaaagttcaagatttaaccaattttgtatttgaaagttatgaatcaatcacatcgaattctgcctgtttattagaattccaatgcttgatgtg
ttattaatatccatatgggtctttgacataatttttggtcaaagttggtcaatcacattgaattctgcctgtttattagaattctaatacttgatgtgttattaatatccatgttctctaagtttgtcaatctgcttgcatcagGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCG
GATTGGGTAAAGAAGGTAAGGTTTCTGAGAATTGTGGGTGTTGGTTTGTGTGGTTTGTTGCAATAGATTGCAGTGATTTATTTTTTCGTTTTATCCTTTAGTTGCTCTTTATTTTTGATAATATTGTTATGCCTATGCAAACCCAAAATTCTTAAACTAGTTTGTAGATTTTGTTTATACTGATCTTTGTTATCTGGTTA
TATTCATCAAACAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGGTTAGTTTTGTAGTTTGACATGTACTTGTAA
ACCTTGAAATGTTTGTATTGTGCGGCTTCTCTTGTGGGAAAATTCATTTTTTATATTAGATTTGAAGGTAGTTGTTTACCTACTTTTGCAGTGGGGGCT



Intron 14 GTAAGGTTTC ... CATCAAACAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A132.0470333
A236.755.2832
A326.5858521
A434.0264333
A540.4825017
A627.8557222
A731.95115054
A825.8466123
A921.6576021
A1030.2297042



>TRINITY_DN126585_c5_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGAT
AAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATC
ACAACGTGAAGTAAGTCATCTTAACAGCATTAACCATTATAATTTGTTGTCCTTAATTTTGAGGTTACTTTAGTGTCTTGGACTGATGGTGGTATTAGGTAGAATCAACACTTTTTAGTGTACATCTTAGCTTATCCAAATTGTTATCTTGATATTTTCTTTGGGGAACAAATTCTGATGGTTAGCTCACTGCCTTTATT
TGATGTGATCGAAACTAACCTAATGTCTGAAACACAATCATGCACTGTTGCAGCCTAAGAATATGTGGCACTTGTGCTCAAATCATGGCTCGTGTATTCTTATTGATACCTGTCACAAGTCGTAGTTCTTTTCTTCTCCTTCGTGCAGGATAACTGATGTGACTATGGTCATTAAGCACTTTTGACCTTCCTTTTCCCAT
ATGAAAGGCTGCAGTGGGAACATCTTGCTTTTTCTATAAACTGTACAGTAAAGAATTATTCCTCCTCAGTAAATGATCTTTGGACAGACTAAATTAGTATATTCCAAAAGAATGTTATATAAAAGATAAGTTGTCATTACTTACATGATTATGAAACTTAATAGGTGTGGTTCAAATGCTTATCCCTCCCCAGTAAAGGA
TCTTTGGACAAAGTAAATAAGTATATTCCAAAAGAATGCTATATAAAAGATAAGTTGTCAGTGTTTTACTAACATGATTATGAAACTTAATAGATGTGGTTCAAATGCTATTAAAAAGCACAGTTCCAGACTATGCAGATTAAATTTTAGTATGTTAGAAAATAATTTCGCCTGCAAATTCATATTGTGCATAGATTGAC
TCTAAATACCCAAAGGAGTTCATTCATAAGATATCAGAAACACGAAGATAATTTTTTCACCTGCAAAGTCATAATTTGCATAGATTGGCTCTAAAGGGAGATCATATATAAGATATTAGGCACATAATATGTTATGGTGGTTGGGGCAGATTCTTTTTAACAAAACTTCAAAACTCTAGACTGCAGAAACATAGGTTGTA
TTGTGGCATTGCTTGAAATGAAAATTGAAACAACAGGGGGTGATAAACAAAATTGCATCCGTTCTTATTTTGTTCAAAGCTGTGAAGAGTATTTAAATAAATTTCAAAGGTCGTGCATGGAATTCTTTAAGGTTATTGGAATTTGGATAGAGTTTCAAAAAATTACCAGAGATAAGCAAATATCTTGTAATTGCTTTGAA
ACACCAAGGCTTATTTCTTGATCTGCCTTTGTCAATGGTGGCATCGTTTGAAAGAAAAATAGAAACAGCCCCCCAAAACTGTTGAATTGGTTAAATATGGGGTAGACATATTTATCTATCAAATTGTATCTTTTCCAGAGTAGACACATACCTTCCTAAAAATGTCATAACATTAACTTCTCTATCTTGTAAACAGGCTG
ACTATCTTATGTTGAAGTGATGCTGGCAACATTGTCCAACCAAATAACATTTCTAATCTACTCTCATTGTGATCTAGTTTTTTACGGTCCAGGGATATGATCATTCAAAATTGGGAATATAAATTGTGCTTTAACCTTAGCAGTCATGTTATTATTTTTCCAGGGTATTTCATTTTGTAGAGTGCAAGGGACAACATTAA
AGTTTTATTGCGGGAGTTGATTATGTTTCATAACTGGTCAACAGACCTCGATAGGTGTCTGATGCTATCAGCAATTTTGTGAATAAAAAAATTTAGGTTTCTCATAGACTTGCAAACGTTGTTGGTATTAAATTGTCATGGTTGCTACAATTGTCACTATTTCAGAATGTCTATAGGAGCATGTTCTCCAAAATCTGTAG
GTCGTTCTTAGCCCTCATCCCTCTTATGAGGTTCAGATTTTGAAAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCATTATGTTGTTCGTAATTAGATGGGCATGGTTTAGAAGATTGTCCCTTATGTTTTTCGTAATTTTAAAGGGATGTTAAAGCCATAGCTTCTCTCTTTGCTATGTATTTTATTTTTTCCCACCTTGGGGT
TTGATTCCAGATGCTTTTAATGCAAGAAATGTATACATAATGTTGAAGGTTAATTTCTGGAGTATTAGGATGCAAATCTTTTTGATAATCTAAAGTGCTTGATGAGTCAATAGGGATTCCTGCTTCTTATTCTAGCAACAATGGGTGTCCAGTTTTTAATTCAACTCATGTTTTCAGGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTC
GGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGAC


>TRINITY_DN126585_c5_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:
ATTTTATAAAGGCAAAATATTTTGAGGTTTAACCTATCTTAGGGTTTTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTC
CATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATCGCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGA
AATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAGCAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATC
GAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCAATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAAC
AAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGTGGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGA
AATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTTTGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGTAGGATTATAATTTTTGGTTGAAGTTAATGATTATGATTATCTGTGCAATAAATGTAAGGCTTACTATCATGTTGTGTATGGGTACAAGATCTATTTTTCTTTTTTCTTTTTCTTGCATTTACACAA
GTCTCTTGTTTTGTCAAAACCACACTCAAAGTGCATAACTACTTTGTCTTTGTAGTTTTCTATTTCTACATTAAAGGGTGTCACTTATACTTATTGCAATCTCATTATGTTTTTAAATTTTATGTCATTGGTTTAAGCTACTTGATCCTTTTAAATTTGATGCGAAATCCAAATCCTATCCTTTTGCATTGTTGGATTCT
TATAAGATTTAGCTAGGATCATTTTCTTGATGAAAGCATGCAATTGAGACAATGATGAATCTTGCACTAAAATACTGTAGAACATAACAATAAATGTAGAAAGAAGAATCTGTTAGAACAAGGTCCAAACAAAAAATGTGTTTAGATGAATTTTATTTTATATTCTGTTTTTTTTGGTCAAGCTATGTAATAATTTATAA
TTATATTATCAAAGTTAAAGTTAATTCATTTAACATAAAACTGTTGCATTATCATTCTGGGTTTTCACCCAGTAATAGAGTATAATAGAATTACTATTATTTACTATTTCCATTCGAAAATCAGATTTGCAATAACTGGAGGTGCAAGCAAAGTATGGACCCAGTCCATGTTAGTGTATGGCTTCCCCAAAATCAAAGTT
AATATAGCTATGTGTAGAATTAGTAGTTAGGTTGTGGCCCAGACATGTGGCCGAAACATGCTTTCAACATATTGTCTACCAATGCTAGTTTGTGGAACTTTGTCTAGGATTTGCAGAAAATCTTGTCTCGTTGCTTTTGGCTTTAGACAAAGTGTTCTTGTGTGCTGATCAGTGTTTTGTGTTTCAAACATGCTTTCAAC
ATATTGTCTACCAATGCTAGTTTGTGGAACTTTGTCTAGGATTTGCAGAAAATCTTGTCTCGTTGCTTTTGGCTTTAGACAAAGTGTTCTTGTGTGCTGATCAGTGTTTTGTGTTGTTTTCCACATCCCACAAGTTTTGTCAAGACTTAAGAACTTCTTCATGTCCAAACTCTGCTTCTCAAACTGGGCCTTCTTCTTGG
CACTGATACTTCTTAAGTGGTGTTGCTCCTTTGCCATGTCTCTGATATCTGCCCCCATTCTCGCCATATTCTTTTAGAGATCATTAACATTTTATAAGCCATAAATTTATAATTTATTATTTTTTTGCCATTATGGAATATTTCTTCCAGTGCTCAAACAATTAAGTTTCTGGTTGTGCAGGAAAAAATGTTGTCCTTTG
ATCCTTAGAGAAATTATGTAATTGTTGTTTGAAATTGTGATGCTGGATTGGGTTGTTCACATGCTTTCATAGTTATGGCTTTAGTTGAAATGTTTCGTCAAACACTTTTCCCAAGTGTTTTGAAGTCCTTGTTATTCACAATGATGGGTTATAACTTGTATTCACCGGGGTTTGGCGATGATCTCTTTACAAGGTTAACA
AGATTGTTGGGGATTACAGTGTTGCAGTTGTTAGTTTACTTAATAGTACTTCATTGCCCACATTGTTTGAAATATTTTCATGTTGTATTGATTGATTGGCATATCTTTGTTAAGGTTGATGGTGCAACACACAACTAGAATATGTTGGTTTCTCTCTCTCTTTGCCACATGTTATGAACCGTACTTGTAAACCTTGACAA
AAATGTTGGTATGCATTGCAATTTGGCCTCATGTAAGCATGGATTTTGGGTAGTTGCAATTTTTTTTGTGCCATTGTTGTTGGGATTTCCTCCCCTTTTTGGAGGACATGTTGTATGTGAGGCAAACTCAAAGATTCAAATAGATCATTGGTATGCTCGGTCCTAGTTATTAATGCTTGGCTTTGCCTCTTGTTGCTTCT
AATATAACCATTACATGAATGCTTTAGTGCAATTGCATTGGTGTCTTTCTCTTTCCTTGTTGGGGATTGATCTCAAACTTGTTAAAGAAGCAAATGAGGGGTAGATAGTCCTTGAGTGAGACACTGAATTGATGAACGAGATGCCCTTGTTTGTGGGACAAGGGATCCCCTCCACTCAGTGATATGACTTTTTAGTCTAT
GGAGGTATACATATCCTACCCCTCTCTGGATGTGAACCTGTGACCTTAAAGAGGAAAAACATGTTCTTAACAGCTGCTGCTCTCAAGGTTTAACCGATTTTGTATTTGAAAGTTCAAGATTTAACCAATTTTGTATTTGAAAGTTATGAATCAATCACATCGAATTCTGCCTGTTTATTAGAATTCCAATGCTTGATGTG
TTATTAATATCCATATGGGTCTTTGACATAATTTTTGGTCAAAGTTGGTCAATCACATTGAATTCTGCCTGTTTATTAGAATTCTAATACTTGATGTGTTATTAATATCCATGTTCTCTAAGTTTGTCAATCTGCTTGCATCAGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCG
GATTGGGTAAAGAAGgtaaggtttctgagaattgtgggtgttggtttgtgtggtttgttgcaatagattgcagtgatttattttttcgttttatcctttagttgctctttatttttgataatattgttatgcctatgcaaacccaaaattcttaaactagtttgtagattttgtttatactgatctttgttatctggtta
tattcatcaaacagATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTTTTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGGTTAGTTTTGTAGTTTGACATGTACTTGTAA
ACCTTGAAATGTTTGTATTGTGCGGCTTCTCTTGTGGGAAAATTCATTTTTTATATTAGATTTGAAGGTAGTTGTTTACCTACTTTTGCAGTGGGGGCT



Intron 15 GTTAGTTTTG ... ACTTTTGCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A120.5162316
A220.7542111
A320.5489123
A428.9554022
A529.7326011
A619.4458014
A710.87123115
A815.9458011
A97.356305
A105.949506



>TRINITY_DN120052_c0_g1_i9 from sample A3 / Example spliced isoform
TTTGAGGGTTAGAAGAGTTGGTGGAAACTAGGGTTTTGGCATAGAGTTGTCTTTGAGAAAGCAAACAATCATAGCTGATATATCTCAGACCTCTGCGCTAGCCTCTTCATTTGAATACCAGTCGTTCCGTTGATCCTTTGATTCCTACTCGTTCCATCGAGCTGAAGCGGGAGAAGAGTAGAATGCCCGCTTTAGATATC
GCTCGCCACTCATCTCCTTCTTCGGAGTCGAAGAAGAAGATGAAGCACGCCGACTCGTCTGCCGAGAAGAAGCACAAGAAGAAGAAGAACAGGCAGGTCGAGGAAGAAGAGGACCATACCATAAACGGAGTCGAACCTGCGACCTCCAAGAGGAAATTGCCCAAGGCGGCTGCAGAGGAGGATCCTATTCCCAAACGTAG
CAAGAAGAAGAAGACATGGGGCAGCGATGTCGAAGAGGAAGAAGAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAAAGAGGAAAAAAAGGAAGAGAATCCTAACGCGGTTTCTAATTTCAGTATTTCGGAGCCATTGAGGCAGAAGCTCAAGTCCAAGGGGATCGAGTCACTCTTCCCCATCCAGGCAATGACCTTCGAAATTATCTTCA
ATGGCTCTGACATGGTCGGTCGAGCTCGTACAGGCCAGGGTAAAACATTGGCATTTGTGTTGCCTATTGTGGAGTCGTTAACAAATGGACCAACTGCCAAAGGTAGGAATACAGCCTTTGGAAGGACCCCCAGCGTGATTGTGCTAGTTCCAACAAGGGAGCTTGCAAAACAGGTCCATGCTGACTTTGAGGTTTATGGT
GGAGCTGTTGGCCTTCATTCATCCTCTGTATATGGAGGTGCTCCCTATGGTCCACAGGAATATGCTTTGCGTAGAGGTGTGGATATCATTGTCGGCACACCAGGGCGTATTAAGGATCATATCGAGAGAGGGTCTCTGAATCTGAAATCCCTGAAATTTCGTGTCCTGGATGAGGCTGATGAAATGCTTAACATGGGCTT
TGTAGATCACGTTGAGACCATTCTTGGAAAAGTTGAGGATGCAAGCAAGGTTCAGACACTTCTGTTTAGTGCAACAATGCCGGATTGGGTAAAGAAGATTGCCTCAAGGTTCTTGAAACCTGACAGAAAAACTGCAGATCTTGTTGGAGATGATAAGATGAAAGCTAGTAGAAGTGTGAGACACATTGTTCTTCCCTGTT
TTTATACAGCAAGAGCACAGGTTATACCGGATGTTATTCGCTGCTATAGCAGTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCTGGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCA
CTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATCTGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGC
TGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTCCGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGAT
ATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATCGTGAGTGTCACCTGCTGAGCATGTTTAGAGATCTGTTTCATTTTTGCTCGGACTGAATTACTACAACTAGTGAAAACTAATTTATTGAAGACTGACGAATTTGATTGGG
AGCATTGCAGATATGCTTTTAGCATACTAAAAAGATTTATACCGGAAGAAAATATTGCTGGGATCAGGGGCATGTCTCTGACTGCAGATGGAACTGGTGCCGTATTTGATGTGCCAAATGAGCATGTGGATTTATTTCTTGCAGGTACTTTCTGGTTATGTTGGTTTATTACTTCTAGGGATGGTCAAAATCAGAATGCC
TCAAAAATTCATGGAAAGTTAATAAGATATCTCTGTTC


>TRINITY_DN120052_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:
GATGTTATTCGCTGCTATAGCAGgttagttttgtagtttgacatgtacttgtaaaccttgaaatgtttgtattgtgcggcttctcttgtgggaaaattcattttttatattagatttgaaggtagttgcttacctacttttgcagTGGGGGTAGTGTGATTGTGTTTACTGAGACAAAGAATGATGCATCTGAACTTGCT
GGAGCATTGCCAAACTCTCGTGCTTTGCATGGAGATATACAACAATCACAACGTGAAGTGATTCTTGCTGGATTCCGTTCGGGAAAGTTTTCACTTCTAGTTGCAACAGATGTTGCGGCACGGGGTTTGGACATTAATGATGTTCAGCTTATAATTCAGTGTGAACCACCAAGAGACGTGGAAACATACATTCATCGATC
TGGGCGGACTGGTAGAGCAGGCAACACTGGAGTTTCTGTCATGCTTTATGATAGAAAGAAGCAATATATGATTTCTCAAATAGAAAGGCAGGCTGGTGTAAAATTTGAGCGTGTATCTGCTCCTCAGCCAGGAGAGGTTGCTAGAGCCACTGGAGCAACTGCTGCAGAAAGTATTATTAGTGTCAGTGACAGCGTTCTTC
CGATTTTTAGGCAATCTGCTGAGGAGCTGGTGAAGAATGGCAACCTTTCGCCTGTGGATATCATTGCAAAGGCACTAGCAAAGATTGCAGGATATACAAATTTCAAGAGAAGATCATTGCTGTCCTCCCAGGAGGGTTTTGGAACCTTAATTCTTAAGAGTGGAAGGACTATGCATACCCCATC