sp|Q8RY82|FB121_ARATH ----> F-box protein At2g32560

Intron 1 GCCGATCGTT ... AGCGGAGGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	39.29	17	13	9
A2	34.78	15	4	12
A3	41.33	22	14	17
A4	36.17	15	10	7
A5	41.18	5	4	3
A6	30.23	15	6	7
A7	25.93	10	3	4
A8	38.1	13	7	9
A9	33.33	17	3	14
A10	21.74	9	3	2

>TRINITY_DN45774_c0_g2_i9 from sample A8 / Example spliced isoform

CAACAAACATAATACAACAGAAACACTACCATAACTAGGGTGTGCCTTCCCTTATGTGGTGAAACCCCTCCCAAGCTACATGATCCCCTGTGTGTAGAGGAGAAGAGAGTAGAGGATCCCTCGTTCATAGAGGAGAAGAGACTAGAGCAACTTGGGATACGGGAGGATGAGGAGACATTATCGACATTGGAGGAGACCGC
CACAAGAGACATTACCAGCATTGGAGGAGACCCCCTATGATACATTAGCGATATCGGAGGATACCTCCACACGAACGCGCACAGAAAGGAGGAGAAGAATGACTCCTAAATTGGTATCCAACACATGGTCATCGAACTGTTGTTGTTGAGGACAGAGTACAGTGGGAGAGGATGCGAGCACCTCTGGTGGACACGCCTGC
CCATGATCTTCACCCATATGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAGTGGAGAAGGAACACGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGCCACTGCCAATGTCATTTAGATGATACTCTGATTCTAGAGTTCAATCAATATACAC
CTGGATCACGATGGAGGCGCGCATCAATCAATCGAAAGGATCATCATGAAGAAGGAAACGAAGCGGAAGGATTTTATGGGGGAATTCGAAAGTTACAAACAGAGGAGGAAATTTCAACTTGGAAGCAGCTGTGGCCTAGTGAGACCTTGGAATGATTCAGTTGATTTCTTCTGCCTCACATCATGCAAATTTGATGGAGG
AGTTGTTGTCAAGTCTGCCATGATCCATTAATTGATCTTGGTGGTATATCTATTGACTTTACAATTTGGGTGTAATCTCATCTACAAATGCAATTCTTATTAGTTTTCTTAAACAGGTCCTTTGCCAGCAGAAGCACATAAAAATCATGTCTTCTAAAAATTATTTTAAGGGTCTGTATTGTAACTGTTATTCTCACAGG
TTAAAGCTCAGATTCAATGTTATCTGGGACTTTAGCAGTAAAATGTGGTGGAAAAGCACATCATTTTATGTATCTTTGGAATAAAAGTAGTTACTACCGCAGTTCTCGATTCCATCTTGCAATGAACTCATTTTCTTGGGACAGGTTGGAACCTCTTGTACCATATTTTATTGACCCTAAAGTCTTGCTGTTGCTTTCAG
AAGTCTATAATTTAGTAGTTTTCCAATAAACAATCTAACTTGCTGTGTGGTAGTGCCAG

>TRINITY_DN45774_c0_g2_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CAACAAACATAATACAACAGAAACACTACCATAACTAGGGTGTGCCTTCCCTTATGTGGTGAAACCCCTCCCAAGCTACATGATCCCCTGTGTGTAGAGGAGAAGAGAGTAGAGGATCCCTCGTTCATAGAGGAGAAGAGACTAGAGCAACTTGGGATACGGGAGGATGAGGAGACATTATCGACATTGGAGGAGACCGC
CACAAGAGACATTACCAGCATTGGAGGAGACCCCCTATGATACATTAGCGATATCGGAGGATACCTCCACACGAACGCGCACAGAAAGGAGGAGAAGAATGACTCCTAAATTGgccgatcgttgctcacgtgcagcggcttaacaaacaagccaggaagtaaccaagcaagaaaatcaactgaccaataatctatccttc
aacgaggtcaaatattgttgggcatgacaatttacaagcaagcggaggagGTATCCAACACATGGTCATCGAACTGTTGTTGTTGAGGACAGAGTACAGTGGGAGAGGATGCGAGCACCTCTGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACCCATATGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACA
ATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCG

Intron 2 GTTTGGAGTC ... CCTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	4	3	3
A2	37.5	15	16	2
A3	60	6	12	6
A4	43.75	9	14	0
A5	100	0	3	2
A6	42.86	8	9	3
A7	50	10	12	8
A8	82.22	4	32	5
A9	45.76	16	21	6
A10	45.16	17	16	12

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i2 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTAC
TCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i15 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTAC
TCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGgtttggagtctagacttgccataaaaaaatttcagttatacatgcattgcataaaactcatcaattttgatgacatacatcactgataagtatgggtcca
tgagacatatttgtatcaaccatcttctttacattattatatgtaaatttatcaattaattttacatgttagactgatcatatcattattatatatgtcatgtttcattgttttatgtttgattttgttagcaaccatcttagtggtttttagtccaaaataaactatagtcatttgggtggatgcctaagcatataaat
ggaatggacaactctctatttagcattgttatggcgagaaaaatgcattttattatctagtgaaagtgctgataaagagaaggctgctgaaatagatggaagtttgaatacatggaggtgcatataaatggaattgaagactctctatttagcattactatggtgagaaaatatgcatttccttatctagtgaaagtgct
gataaagagaaggctgctagtgtggaattgaccatctccctttggcagGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

Intron 3 GTATGTGTAG ... TGCTTGGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	47.95	7.5	2	11
A2	20.54	9.5	0	4
A3	2.43	24.5	0	1
A4	13.85	8	0	2
A5	48.41	7	4	9
A6	6.82	15.5	0	2
A7	12.78	18.5	4	1
A8	5.29	20.5	1	1
A9	0	17.5	0	0
A10	0	8.5	0	0

>TRINITY_DN106327_c0_g1_i8 from sample A5 / Example spliced isoform

GGCGTGTCCACCAGAGGTGCTCGCATCCTCTCCCACTGTACTCTGTCCTCAACAACAACAGTTCGATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAG
ATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGGAATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAGTTATGGCA
AGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTTTGGAGTCTAGACTTGCCATAAAAAAATTTCAGTTATACATGCATTGC
ATAAAACTCATCAATTTTGATGACATACATCACTGATAAGTATGGGTCCATGAGACATATTTGTATCAACCATCTTCTTTACATTATTATATGTAAATTTATCAATTAATTTTACATGTTAGACTGATCATATCATTATTATATATGTCA

>TRINITY_DN106327_c0_g1_i5 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GGAACAAGGAATTTCCATATGgtatgtgtagcattcatactttttatggactaaagtcttggatattgtgcacaagtggctattttattatagttgtaattattcttatgttgatccgtattcatagtgagctcaggtaagtactttgttcatgcttcaattgatatcctcttatgcttggaaaatacatgattattttc
tttgaaataatatttcatccaatgttactcttgcttggtagGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGGTGAGAATCCTCCACATGATAAAAATAGATTTCATTTGTTGTGTCATATATTGATCTAGTAATACAATGAAGCAATCACAAACA
CAAAATAATTTCATGTTAACCACACAATGGGTTTGCTACTGATAATGTTGGACTCCTGGACTTTAATAATTTTTTTAACACATTTATTCATAAGCAGATTCAAAGTGAATCCTTTAAAAATATTTTTTAGGTCTACTAGTTATGCAATCATGTTTCTTTTTGAACTTTCTGTCACACAGTGCG

Intron 4 GTTTGGAGTC ... GCTGAAATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	4	3	6.3
A2	69.57	7	16	6
A3	92.31	1	12	15
A4	73.68	5	14	9
A5	100	0	3	3
A6	69.23	4	9	2
A7	52.17	11	12	1.3
A8	86.49	5	32	4
A9	61.76	13	21	2.3
A10	57.14	12	16	2

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCT
TGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGATGGAAGTTTGAATACATGGAGGTGCATATAAATGGAATTGAAGACTCTCTATTTAGCATTACTATGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i17 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCT
TGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGgtttggagtctagacttgccataaaaaaatttcagttatacatgcattgcataaaactcatcaattttgatgacatacatcactgataagtatgggtccatgagacatatttgtatcaaccatcttctttacattattatatgtaaatttatcaattaattttacatgttagact
gatcatatcattattatatatgtcatgtttcattgttttatgtttgattttgttagcaaccatcttagtggtttttagtccaaaataaactatagtcatttgggtggatgcctaagcatataaatggaatggacaactctctatttagcattgttatggcgagaaaaatgcattttattatctagtgaaagtgctgataa
agagaaggctgctgaaatagATGGAAGTTTGAATACATGGAGGTGCATATAAATGGAATTGAAGACTCTCTATTTAGCATTACTATGGTGAGAAAATATGCATTTCCTTATCTAGTGAAAGTGCTGATAAAGAGAAGGCTGCTAGTGTGGAATTGACCATCTCCCTTTGGCAGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAG
AGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

Intron 5 GTGAGAAAAT ... CCTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	77.78	1	4	3
A2	77.78	1	5	2
A3	66.67	3	6	6
A4	-1	0	0	0
A5	100	0	3	2
A6	100	0	4	3
A7	66.67	4	8	8
A8	42.86	6	4	5
A9	41.67	7	4	6
A10	89.47	1	5	12

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCT
TGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGATGGAAGTTTGAATACATGGAGGTGCATATAAATGGAATTGAAGACTCTCTATTTAGCATTACTATGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

>TRINITY_DN43930_c0_g1_i17 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ATCCTATTTATGGAATTCTATTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTCTCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTT
AAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCTTTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCATGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCA
ATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGATGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGGGTTTATCAGAAATAGGAGCTTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAA
AAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGTAGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGG
ACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGACAATTTTCGTGGTTGACATTACAGCCAGAGATTAACAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGC
TCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTCATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACC
CATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGG
AATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCT
TGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTTTGGAGTCTAGACTTGCCATAAAAAAATTTCAGTTATACATGCATTGCATAAAACTCATCAATTTTGATGACATACATCACTGATAAGTATGGGTCCATGAGACATATTTGTATCAACCATCTTCTTTACATTATTATATGTAAATTTATCAATTAATTTTACATGTTAGACT
GATCATATCATTATTATATATGTCATGTTTCATTGTTTTATGTTTGATTTTGTTAGCAACCATCTTAGTGGTTTTTAGTCCAAAATAAACTATAGTCATTTGGGTGGATGCCTAAGCATATAAATGGAATGGACAACTCTCTATTTAGCATTGTTATGGCGAGAAAAATGCATTTTATTATCTAGTGAAAGTGCTGATAA
AGAGAAGGCTGCTGAAATAGATGGAAGTTTGAATACATGGAGGTGCATATAAATGGAATTGAAGACTCTCTATTTAGCATTACTATGgtgagaaaatatgcatttccttatctagtgaaagtgctgataaagagaaggctgctagtgtggaattgaccatctccctttggcagGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAG
AGTTTCAATAATGTGAAACAATGGTTGAATGAGATTGATCGCTATGCGAGTGAGAATGT

Intron 6 GTACAGTTTT ... ATGGGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	35.48	40	6	22
A2	24.14	22	3	7
A3	35	13	1	7
A4	23.33	23	8	7
A5	25	12	0	4
A6	42.86	24	3	18
A7	35.9	50	1	28
A8	43.86	32	5	25
A9	36	32	2	18
A10	25	12	8	4

>TRINITY_DN45774_c0_g2_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

CACAGGTCCAGTTTTCCCCAGGGCTATTAGAGTCCAAATAAAACCATACCATACCCAATAAACAAAACCCATAATATCTGTGACCTGTTAGGTGCAGAATCCCTGCAGTGAATCTCCTGGTTGGCATTTCCCACGAATCCATGGACTCCCCATGCTTATTTAGTTTGGATTGGTCAAATCCCTAGGAGATGCTTTTTATT
TGTTTTTAATATCCACTTCCCAGTTACGATGCCTTGGGACTGGTAGCCCAAATCTTCAAACTAGTTTTTGCGGTGCTATATGCCATCCTATGTATAAGATTGTGTTTGGGCTCTGGGGTCAAATATCTGCCGAGGGAGGTTCCTATTAGATAGCTGAGAAATGTTCTTGTAAGCTTGGGCTATAAACACCATTGCAGGTC
TCTGGCTTGAAAGTCTTGTCTGTTAAGAGACCCGAGCTTTTACATGGGCATTTCTTTCTCAAGGTCTATTGCAGATCCAGTCTTAAACTATAATTTGTATATTCTGGATGCTCAAAAATATACAAAGAGTTTTTAATTTTGCTCTTCTGCCCTGTTCACACATTGATTGATCCACATGTACTAGTCTAAATTTAAAGTCT
TTGTTGGGCCTCACCCTTGTCTATTTTAACTAATCTAATGTTTTTCTTCTTGATATCCTGTCTCTCTTTTCTATTAGTATCCCAATCTCTATTCCTTCATCCTTTAGTGTTGTGGGTCAAGGGCTGGCCTAATAATGAGTTGAACGTTTTTCCAGTTGGGTTAGGTGTGGGACTGTCGCAACTACTTTTGGAGTTTATCA
GAAATAGGAGCCTGGTAAAAGTTTATGCTTCAATGGGTTTGAAGAGAAAATGTGTTCAAAGAGTAGAAAATGTAGAAGAAGTAAAAGGCTTTTCTATTTTAGATCTACCTGAATTGGCACTGGAGGGCATATTGAGCAGGCTTTCACCTGCCAGCCTATGTAACATGGCAGGGGTTTGCACAGATCTAAGGGAGAGGTGT
AGGAGCAATTACCTGTGGGATCCTCGTTTGAAAGTAAAATGGGGCAAGGTTATAGGTCCTGCAGCCTACCGTGAATGGCAACGGACTGTTGCAATGCATAAGGAGACAGCGATGCTAGATGGATGCAAAGCTAATGGCTGGTTGAGGTCCCTGTCTTGCATTTGGCAATTTTCGTGGTTGAGATTACAGCCAGAGATTAA
CAGAGAAGGTAAGAGTGGCCCGCCCTGTGATTCAGTGATGGCATGGTATCTGGCACTTGAAAGTGGCAAATTTTGGTTTCCCGCTCAGGTGTACAATCGTGAGCATGGACATGTTGGGTTTATGCTCTCATGTTATGATGCAGAGCTCAGTTATGATTGCAGAACCGACACTTTCCAGGCCAGGTATCCACCACATGGTC
ATCGAACTGTTGTCGTTGAGGAAGGAGTACAGTGGGAGAGGCTGCGAGCACCTCCGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACCCATATGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAGATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGT
GACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGGAATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAAT
GAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTAGTGATGGCACAAATGATGCACCAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTT

>TRINITY_DN45774_c0_g2_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAGAATGGTAACTGGCGAAAATATTAACACTACAAAAGTAATTGCAACAGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAgtacagttttattgtttgagatgctactttactgtgacaaattgaattgaaaacctttttagttcttgaaagaaa
ttattgatttttttttttacaaaagaaatagtaatagtaacttagctggaaaattctttaaacatttctaaccttatgggtgtagGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTAGTGATGGCACAAATGATGCACCAGCTTTGC
ATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTT

Intron 7 GTACAGTTTT ... ATGGGTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.5	40	11	24
A2	24.14	22	6	7
A3	35	13	0	7
A4	27.78	26	11	10
A5	25	12	1	4
A6	42.86	24	5	18
A7	35.9	50	2	28
A8	46.67	32	2	28
A9	35.29	33	3	18
A10	25	12	3	4

>TRINITY_DN43657_c1_g1_i4 from sample A6 / Example spliced isoform

GATTCCATTCTGTGCAACATGGACATGTTGGGTGAATGCATTATCACGGCCCAGGGGAGCACACTTGCCAGGTTTTGAAGTTTGAACCTGGGAAAACATTGCAGCAAGGCTTCAATTTGCCGCTAAACCTATAAGCTGGATGGACCTCACTTCAAAATTTTGTTGTTGACTCTTAATTCTAGTTGACTTCCTCAGGGTAT
TGCCTGCAGGAAATATTTACATAATTGCATCAAAATTTAAGAGTTTCCTTTGCAGGTATCCAACACATGGTCATCGAACTGTTGTTGTTGAGGACAGAGTACAGTGGGAGAGGATGCGAGCACCTCTGGTGGACACGCCTGCCCATGATCTTCACCCATCTGATTGTTTGAATGACCTATGTCCTGGAGATAATGTTGAG
ATACAATGGAGAAGGAACAAGGAATTTCCATATGGATGGTGGTATGGGGTTGTGGGCCATTCAGATTATTGTGACAAAGATAGTCGTCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGGAATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTC
GCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATACCAAAGATTCAAGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACAAGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATG
CACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAA

>TRINITY_DN43657_c1_g1_i6 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TCACTGCCAAAGTCATTTAGATGAGGATCTGGCCGATTGAAGGTCCTTCACAGGCTTGATAAAGTAATGGAATGATGGGCAGTTGTGTTGACACTCAAGGATCAAAATTTTCTCGCCGGTGATGATGTCAATGATGAGTGTGGCAATCGAAGGACCTGATTTTCGTGGAAAAAGCCTAGAGGAAATGAAGACTCTGATAC
CAAAGATTCAAgtacagttttattgtttgagatgctactttactgtgacaaattgaattgaaaacctttttagttcttgaaagaaattattgattttttttttttacaaaagaaatagtaatagtaacttagctggaaaattctttaaaaatttctaaccttatgggtgtagGTTATGGCAAGATCTTCACCATTGGACA
AGCATACCTTGGTGAAATAGTTGCGCACTACTCTGGGAGAAGTCGTTGCTGTGACTGGTGATGGCACAAATGATGCACTAGCTTTGCATGAAGCTGACATCGGGCTTGCAATGGGCATTGCTGGGACTAAGGTTGTTTATGATGTTACTGATCAAGAGAGTTTCAATAATGTGAAA