sp|P08927|RUBB_PEA ----> RuBisCO large subunit-binding protein subunit beta, chloroplastic
Intron 1 GTAAATCCTT ... TATTCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.75 | 258 | 0 | 76 |
| A2 | 18.33 | 245 | 0 | 55 |
| A3 | 21.58 | 258 | 0 | 71 |
| A4 | 28.25 | 254 | 4 | 100 |
| A5 | 23.84 | 131 | 1 | 41 |
| A6 | 13.86 | 143 | 0 | 23 |
| A7 | 16.89 | 369 | 0 | 75 |
| A8 | 18.27 | 246 | 0 | 55 |
| A9 | 18.59 | 359 | 0 | 82 |
| A10 | 19.55 | 325 | 0 | 79 |
>TRINITY_DN110718_c0_g1_i9 from sample A5 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAA
GGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAA
TGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTA
GCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAA
CAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGA
AGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAAT
GCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGA
CATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAG
CTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTT
TATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCG
>TRINITY_DN110718_c0_g1_i6 from sample A5 / Example unspliced isoform:CTCAAAAAATTGTCAAAGGAGgtaaatcctttctgagcaggctggttttctgatggtttggtgtatctattagaatgattagttagttggctaatatattgttggttgcgaactcccgggtgttgttagatctttaacctttgtagatggttaaggtgctcttttgttatgggaatagttgattaaacattgtcatttaa
agttcctttaaaactccaaggtagcgtgtcgaggaattattttggtgaagcctttgggattgatgttatctgtaaatggttacatatgttaaaaccttgtaatctgtattattctccagGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCT
ATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGA
CATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCA
CTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTG
AATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATAC
GCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATC
CAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGC
CCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAA
TGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCG
Intron 2 GTATTGATCG ... CTATGTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 18.88 | 116 | 10 | 44 |
| A2 | 14.82 | 158 | 33 | 22 |
| A3 | 18.59 | 127 | 29 | 29 |
| A4 | 25.58 | 128 | 38 | 50 |
| A5 | 21.98 | 71 | 13 | 27 |
| A6 | 16.5 | 43 | 8 | 9 |
| A7 | 12.59 | 118 | 15 | 19 |
| A8 | 12.87 | 44 | 6 | 7 |
| A9 | 12.73 | 96 | 15 | 13 |
| A10 | 19.35 | 100 | 24 | 24 |
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCGAAGACAAATGATTTAGCTGGTGATGGAACTACAACATCTGTTGTACTTGCACAAGGTTTAATAGCTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAAAAGACAGTAAA
GGCCCTTGTTTTTGAACTCAAGAGTTTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAATTATGAAATAGGTAACATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGG
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i5 from sample A4 / Example unspliced isoform:TAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGgtattgatcgcattcgttatccatttttcttcctagcttgaatgtctgttgtcttgggaacttatttaaaggcctagtctttaagcatttatgcttgtattgctcatgtttagatttattttcatgctctgcaagtttttctccctctatttctaagtatacttttacaggttttaggttttttacgagggtttaggg
tttttctgtgagagtttaagaataactgtttgttatgtagagaattacgaatgccttcgatttggactcggttgaaagcgttgtagatttgattagatttgctgtcttgttctctttataaacatctgttgggttaactgttttcatctatattgggtgagagctggttcatctagttatggttatacagttgcatttag
cgtttgcatggtatcaaggaaatggccacttagtggtattccaaggcgatttgtagattggaagaaagggaaacggaggtttatagaaatattgttggaatctcgctttgttatgacaccattatttatcggtgggcatcacttggtgcgagcgattgcaatagtttaagtacgtcaatggggttgtgtttccgccgtga
agatacttttaagttaggcttccgactaggactcaattatcccggaggtacggataagtggttggcaccaagagtaaggtgcaagttctaggagattttgatggaagagtgctctgttgcagcgggtcagccaagtggtgtgcccgttgagggtcatttatccctgtgtctatcggtgggttaacgcttcttgggcttaa
aactaagtaggcaccgttagttggattggaattataattagtagtcaccactagactgttcggtcggccgtagttttgtttgaggtagcactactactaacaaaacaaaagtatatagtaggcacccattagtgtgactggaatagtgtacagtgggcaccattaggtgtgactacgaaagtatatttcaggaatcagta
ggtgtgatcataccagcgtatagtaggcacaataaggtgtgattatcattgcatccgtgtttagtagctgataaaaggtgcccaggcactagaatccaatggtagttacctggataatcactattacccttcgagcataagagccagacagtagccgtcctggttattggttatcggaagaatgccattgtcactgggaa
gaatgatgctggggaccttttggcacgtggtttactttgccattcgactgaaaggtcatgttcagcctgttgcatgattaatagcatttgcctgttttggtgctctcaaagatgttgcaaatttcaaattttactgtattcattataatacaagctatttggccgtgtcaggacagctggttcagcatctgattggatct
cttgtcccagaaaactcttaattgggttttgatgtaaatcctagaagtgcctggttgagtcataagaaccactcatatagtaatcctgagatatttcataaggtggctctgatttttttggttccaatggtgtgggaggattcatcaacactggtgctcgtgtattagggcatgtatttttgtgtttagaaaggagcatt
gaatctagatggcccattggatgcattgatagacgggcactagaggtcaagaatcgaaattaaaagtgtgcaatctctcccatggcaaccttgagtcacatagtagagcctgggttagattgttctgtgctagtcttagtttagccgggatttatttgtattagcttattaatgcaagtatatagacctgtgtcattaaa
atgaggacggtggttggatttctcctaggttttttctcttttgattctccagaagttgtcaaaagccttgatagctatttagtgtttttgttacaagtgctgttgtacattggtatttttgttttgtaagataattgctaatatgaagattttgtaattctatgttcagGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAG
TATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGG
AGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAGGAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATT
GGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCGAAGACAAATGATTTAGCTGGTGATGGAACTACAACATCTGTTGTACTTGCACAAGGTTTAATAGCTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAAAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTTTTGAACTCAAGAGTTTGTCAAA
GGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAATTATGAAATAGGTAACATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGGAGGAAAGGTGTCGTCACACTTGAAGAGGGTAAAAGTGCAGAAAATAATCTGTATGTTGTAGAGGGAATGCAATTTGATCGTGGATACATTTCTCCATACT
TTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTACGACAATTGCAAGCTATTATTAGTTGACAAGAAGATCACAACTGCAAGAGACTTGATCACAATATTGGAAGAGGCCATCCGTGGGGGCTATCCTATATTGATCATTGCTGAAGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGGGGTGCA
TTGAAGATTGCCGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATATTTGGATGACATTGCTATATTGACTGGAGGCACTGTCATCAGAGATGAAGTCGGATTATCCCTGGATAAAGTTGGAAGTGAGGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTCACCAAGGATTCAACAACTATCGTTGGTGATGGGAG
CACTCAGGAAGCTGTTAATAAAAGGGTGTCTCAAATTAGAAGCCTGATTGAGGTTGCGGAACAAGATTATGAAAAAGAAAAATTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTATCTGGTGGAGTTGCAGTTATTCAGGTGGGAGCACAAACAGAGACAGAACTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCGACAA
AGGCAGCTGTTGAAGAAGGCATTGTTGTCGGTGGCGGGTGTAGTCTATTGAGGCTTGCGTCAAAGGTTGATGCCATAAGAGATACACTTGAAAACGATGAGCAAAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGAGCTTTGAGCTACCCATTGAAATTAATTGCAAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGCTGAAAAG
GTTCTTTCCAGTGATAATCCCAAATATGGTTACAATGCTGCTACAGGCAAGTATGAAGATTTAATGGCAGCTGGAATAATCGATCCAACGAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCGGCATCTGTGGCAAAGACCTTCCTAACATCGGATGTTGTTGTAGTTGACATCAAGGAACCTGAACCTGCTACTTCCCCAAA
TCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAGATACAAATATGACCAATAAGCCGAATGAAACAATTTTTTTACGTTTTTGTTTGGAGATGAGCCCTTGTTGAAGGGGGTGTTTTAATTACACAGTGAATGATGTATATGATAAACATGACAGGATCTGTATTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAATCGGCATTTTGTAGAAAG
GGGATGGGTAGAGTATGGCTCCTTGTATTTCTTTGGCAAGTGCTTTCTATTTGAATAGAATTGTATGGTTATAATATAGTTGGGGTATGATACTTGTGAATTGCATTGCCAAATGGAATGTAGTTCCATTGGTTTCGCTACTTGGCCTCTTTGCCTGTACCTCTGAGTAGGTTATTTGGCTTATGATCATAGATGGTTGA
AACTCCTGTTCTGACTCTATCAATCTTTTCTCGTGGTACCTTAGCTCATCTCCATAACTGTACACGTGATACAGTGTTATTGTGGTGTCCTGGTAGATCATCATATGGCTTATTAATGTTTCCTTTGTTTTTGAGACCTTTAAAGATGTTTTGTGAGGACTGTGGGAGGGGAACAAAAGCAGTTGCAATCAAGAATGTAA
GATAGGTGATGGCCGCTTAGGCGACGATATCTTGCAGCTTTGTGTCTAGGTCTTTAATTCTGAGGATGCAGCAACATACATTTAGGTAAATTTCAGTGGAACAGGACACTTGGGATTGAGTTTTTTTTATCAGATTGCACAATAAAAT
Intron 3 GTGCACTGTC ... CTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.07 | 243.4 | 73 | 19 |
| A2 | 22.46 | 272.8 | 79 | 23 |
| A3 | 23.27 | 207.4 | 62.9 | 19 |
| A4 | 29.8 | 192.3 | 81.6 | 24.5 |
| A5 | 34.54 | 78.9 | 41.6 | 5.4 |
| A6 | 21.47 | 278.9 | 76.3 | 19.9 |
| A7 | 24.82 | 528.3 | 174.4 | 37.9 |
| A8 | 24.74 | 348.8 | 114.6 | 19.5 |
| A9 | 20.73 | 436.9 | 114.3 | 29.6 |
| A10 | 24.04 | 350.4 | 110.9 | 16.9 |
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTAATTTTAAGTTACTTTAGTGGTTTCATATTTATTATTTATTGATCCTTGTGGTGTTT
GTTTGTTTTATCCTCCCTTCCATTAAATCCCCTTAATGTCTGAATTTTCCAAGAGCTTTAATTGGTTTAAGATGGTATTTGAATGAAGAATGCTAATAGGTATTTGAAATTTGTGATTCTTTTGTCAATTCTTATGATTGTTAGTAAAAAGCCAGCAGACAAAGCTTGTATCTTAAATTTTGTGAATAAGGATTTGAATT
GTAAACTTTCTTGTTTAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAG
TAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGA
TCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTT
GTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGA
AAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTG
AAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACT
AAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTA
TTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCAT
TTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTA
AGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGAGGAAACCATGAATAATTTGACATGAATAATTTGAAGATGGG
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i9 from sample A3 / Example unspliced isoform:CGGGGCTAATGAGGTTGCTTCACAATTTAACTTTCTACATTGTTCGCATAAGTTTTCACTGAGTGGTATTGATAATTAAATCCTTTTACTATGTTTATATTGCCGAGTTGCTACTTAGTTATGAAAACATTTCTCATCCATTGTTTTGCTGTGCAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTT
GGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGgtgcactgtctctccatatcttaaaaataggataatttatttgtattataatggaggctccacagtaatatttt
gtttttatattttatgtttttcaaatagtttgtgttatctcaccatacactgcgaagtggctgttaccttgtccgggaggatcacctcatgaatattattcgctatgttaacaatccaaaattttccttgtagtaaacacaaatgtagaaagcaacaatttgatgcacaatttataatctgcatttatgtctctctgaaa
tctgcatttaggtctctctgagggatcatgcaatgataattctagacatccaatttcaataacttaaggttgcttttgtgcggaatatgttccacatgataattaactctactatcaacttgcttttatcgaaggttttcacggtattgttctcactctctgtgcagGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTG
AATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTAAAGTTGGGCATGGCTGATTTTATGTTAGGCATCTGTCATTTTCATTTTGTTGGCATT
Intron 4 GTATGCATGC ... CTGTATACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.41 | 251.8 | 29 | 28 |
| A2 | 8.59 | 305 | 29.5 | 31.5 |
| A3 | 7.04 | 360.8 | 34.5 | 23.5 |
| A4 | 12.91 | 249 | 45.5 | 31 |
| A5 | 9.09 | 115 | 14 | 10 |
| A6 | 7.47 | 496.3 | 42 | 43.5 |
| A7 | 7.16 | 785.3 | 63 | 67.5 |
| A8 | 7.91 | 661.8 | 60.5 | 60.5 |
| A9 | 7.75 | 713.8 | 54.5 | 74.5 |
| A10 | 8.01 | 500 | 49.5 | 44.5 |
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTAATTTTAAGTTACTTTAGTGGTTTCATATTTATTATTTATTGATCCTTGTGGTGTTT
GTTTGTTTTATCCTCCCTTCCATTAAATCCCCTTAATGTCTGAATTTTCCAAGAGCTTTAATTGGTTTAAGATGGTATTTGAATGAAGAATGCTAATAGGTATTTGAAATTTGTGATTCTTTTGTCAATTCTTATGATTGTTAGTAAAAAGCCAGCAGACAAAGCTTGTATCTTAAATTTTGTGAATAAGGATTTGAATT
GTAAACTTTCTTGTTTAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAG
TAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGA
TCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTT
GTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGA
AAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTG
AAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACT
AAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTA
TTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCAT
TTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTA
AGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGAGGAAACCATGAATAATTTGACATGAATAATTTGAAGATGGG
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:TAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAA
GGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAA
TGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTA
GCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAA
CAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGA
AGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGgtatgcatgcctatatcttgcataatcatcattcaatctgatgttaaatttgcaaaaatatgctgtgatttgaaataaatgtaaataatgaatatccaaattaaatcatgtcatgcatggaggtgctattataaaaagatgttgagggggtataccaggtagaaa
ggaaatccgatattgaattgtatctttttgacagggcacttcaacataatatattgtttgtaatcctggaattgaacttatgcacagagacataatagagtttcacatttgttatgtgttatattattggggaagttttcaagttacttgaccgctactactgtatacagGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGT
GGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTA
CAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAA
TACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGT
GCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAAC
TGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTAAGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGAGGAAACCATGAATAATTTGACATGAATAATTTGAAGATGGG
Intron 5 GTAGGTGTGA ... GTGCTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.1 | 288 | 77 | 1 |
| A2 | 23.77 | 263 | 82 | 0 |
| A3 | 23.53 | 299 | 92 | 1 |
| A4 | 25.86 | 195 | 68 | 8 |
| A5 | 24.83 | 112 | 37 | 2 |
| A6 | 16.62 | 542 | 108 | 0 |
| A7 | 19.54 | 848 | 206 | 0 |
| A8 | 20.05 | 710 | 178 | 1 |
| A9 | 22.1 | 779 | 221 | 0 |
| A10 | 15.86 | 488 | 92 | 0 |
>TRINITY_DN44842_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTAAGGAT
AAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAG
GTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAGGAGGT
TGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCC
TTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTAGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAA
TTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTAC
TCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGG
ATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTA
AGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGG
AGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCA
AGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAA
AAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGG
TCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTAAGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGATGAAACCATGAATAATTTGAAGATGGGAACAATGCGATGTTCAA
CTATGTGAGATAGGTGAAGGCCGATTAGGCTATTTCTTGCAGGTCGTCTTGAGGTGTTTTTAGTTCTCATGGTGCAGCAAAAGGCATTTAGTTAAATCTCAGTGGAATAGGACAATTGGGATTGAGTGTTTTGATAAGATTGCACGGGGAGAAATATGCAGAGACAAAATATACGAGTTTATGTTGGTCTGACTTCATCT
ACCCAAGCCCCTCCACCCCCTTAACTGTTTTTTATTGATATCTTTATTTAAAAGCCCGCGAGTTCGTGGTGCTTGCACAGTCACTGGTGCTTTTATGCACATACAATCGTGTGCACTTGTAAAACTCTAATACTTATGTTTGTGTGTGATTGTTATGTGTCGTGGATATAGAGTGGACAAGACATTCTGTGTAGATTATT
ACCCGA
>TRINITY_DN44842_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTAAGGAT
AAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAG
GTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAGGAGGT
TGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCC
TTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTAGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAA
TTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTAC
TCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGG
ATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTA
AGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGgtaggtgtgacatttgtttttgtcatccaggagccggatcaatgagggtggaaatatttttagac
ccacgtttttatagaatgacacattatttggttgaaagtagaaacattgtgtacacgcacaacttcaatttttatcctttgtgaatcttacaaactttaaaatgtgttggtctttctggtgctcacagATTGGTGCAGGCATTGTTAAA
Intron 6 GTAATTTTAA ... TCTTGTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.46 | 258 | 89 | 52 |
| A2 | 21.65 | 237 | 61 | 70 |
| A3 | 22.39 | 286 | 109 | 56 |
| A4 | 24.82 | 259 | 89 | 82 |
| A5 | 20.67 | 119 | 26 | 36 |
| A6 | 20.73 | 130 | 37 | 31 |
| A7 | 21.89 | 371 | 111 | 97 |
| A8 | 21.1 | 245 | 64 | 67 |
| A9 | 20.86 | 351 | 110 | 75 |
| A10 | 20.56 | 313 | 94 | 68 |
>TRINITY_DN129239_c1_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAA
GGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAA
TGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTA
GCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAA
CAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGA
AGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAAT
GCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGA
CATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAG
CTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTT
TATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTAAGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGATGAAACCATGAATAATTTGAAGATGGGAACAATGCGATG
TTCAACTATGTGAGATAGGTGAAGGCCGATTAGGCTATTTCTTGCAGGTCGTCTTGAGGTGTTTTTAGTTCTCATGGTGCAGCAAAAGGCATTTAGTTAAATCTCAGTGGAATAGGACAATTGGGATTGAGTGTTTTGATAAGATTGCACGGGGAGAAATATGCAGAGACAAAATATACG
>TRINITY_DN129239_c1_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:TTTTGGATGAGTCAAGTTCTATTGTAATTGCCTCTCTAGTGAGTGTATTTCAATGCTATAGTTCCTGGTTTTGACAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATA
GGTGAAGGTGTAAAGgtaattttaagttactttagtggtttcatatttattatttattgatccttgtggtgtttgtttgttttatcctcccttccattaaatccccttaatgtctgaattttccaagagctttaattggtttaagatggtatttgaatgaagaatgctaataggtatttgaaatttgtgattcttttgtc
aattcttatgattgttagtaaaaagccagcagacaaagcttgtatcttaaattttgtgaataaggatttgaattgtaaactttcttgtttagGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGT
GAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGA
GAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTT
TGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTT
AATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGA
AGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACG
ATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCA
GGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTATTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGC
ATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCATTTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTA
CGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTAAGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGATGAAACCATGAATAATTTGAAGATGGGAACAATGCGATGTTCAACTATGTGAGATAGGTGAAGGCCGATTAGGCTATTTCTTGCAGGT
CGTCTTGAGGTGTTTTTAGTTCTCATGGTGCAGCAAAAGGCATTTAGTTAAATCTCAGTGGAATAGGACAATTGGGATTGAGTGTTTTGATAAGATTGCACGGGGAGAAATATGCAGAGACAAAATATACG
Intron 7 GTGAGCACTA ... GCTTCTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 5.16 | 323.5 | 20.3 | 17.5 |
| A2 | 4.48 | 242.8 | 13.3 | 3.8 |
| A3 | 4.1 | 301.3 | 14.5 | 17.5 |
| A4 | 8.82 | 203.8 | 20.3 | 29.5 |
| A5 | 6.75 | 116 | 9.3 | 12.5 |
| A6 | 3.15 | 634.8 | 23 | 17.5 |
| A7 | 3.31 | 807.8 | 31 | 37.3 |
| A8 | 3.07 | 787.8 | 27.3 | 25.8 |
| A9 | 3.24 | 744.8 | 27.8 | 33.3 |
| A10 | 3.42 | 528.5 | 21 | 19.3 |
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i5 from sample A3 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTAATTTTAAGTTACTTTAGTGGTTTCATATTTATTATTTATTGATCCTTGTGGTGTTT
GTTTGTTTTATCCTCCCTTCCATTAAATCCCCTTAATGTCTGAATTTTCCAAGAGCTTTAATTGGTTTAAGATGGTATTTGAATGAAGAATGCTAATAGGTATTTGAAATTTGTGATTCTTTTGTCAATTCTTATGATTGTTAGTAAAAAGCCAGCAGACAAAGCTTGTATCTTAAATTTTGTGAATAAGGATTTGAATT
GTAAACTTTCTTGTTTAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAG
TAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGA
TCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCTTTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTT
GTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAGCACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGA
AAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAAAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTG
AAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACT
AAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCAGCATCCGTTGCAAAGACCTTCCTGACATCAGATGTCGTTGTGGTTGACATCAAGGAACCGGAACCTGCTCCTTTGGCAAACCCCATGGATAACTCAGGTTATGGGTACTAAATACAAATATGGCCAATAAACTGAAGAAATCAAATTCATGTCTTTGTTTGGAGCCCGTA
TTGATGAGGTTGTTTTAATTGGACGTTAATTGATGTACATTTCAAAAATGATAGGAACTATCTTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAAGCGGCATTTTTTAGAAGAGATGGGTAGAGTATGGCTCCATGCATTTCTTTTGCCAAGTGCTTTCTACGCAGATGGAAATTGCAAAGTTAGGGTACCTGGTATGGTGTGAAATGCAT
TTTCAAATGGAACGTGGTTCTATTGGTTTTGCTACTTGGTCTCTTTGCATGTGCCACTGAATAGTTTTATTTGGCTTTATGGTCATAGATATGGTTGAAACTCGTTTATTTTTACAAGTCGTGTTACGTTGATATCCGCAACTGTACTTGTGATTAACATCATCATATGGCTTGTTAATAGTTTAGCTCCCGACTTTTTA
AGAGCAAGAGTTTTATTTTATAGCATTCTTGAGGGAGAGGAAACCATGAATAATTTGACATGAATAATTTGAAGATGGG
>TRINITY_DN118248_c0_g3_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:GGAAGTGTTGTGGTTGAAAAAgtgagcactaaatctgccatatttgccaaattttcatgtctatttgactgctgctctcaaactcatttttgtggagaatcagcctaagtgcagatgctgttatttgtctgttggcctcactttgtaatgtattctagacataaattatatccttgatttcatggcttctccagGTTCTT
TCCAATGACGATCCCAAATATGGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGC
Intron 8 GTAAAGTTGG ... TTTGTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 0.62 | 242 | 1 | 2 |
| A2 | 0.51 | 292 | 2 | 1 |
| A3 | 1.26 | 275 | 5 | 2 |
| A4 | 5.36 | 212 | 7 | 17 |
| A5 | 1.68 | 88 | 0 | 3 |
| A6 | 0 | 361 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 615 | 0 | 0 |
| A8 | 0 | 446 | 0 | 0 |
| A9 | 0 | 491 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 358 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGTATTGATCGCATTCGTTATCCATTTTTCTTCCTAGCTTGAATGTCTGTTGTCTTGGGAACTTATTTAAAGGCCTAGTCTTTAAGCATTTATGCTTGTATTGCTCATGTTTAGATTTATTTTCATGCTCTGCAAGTTTTTCTCCCTCTATTTCTAAGTATACTTTTACAGGTTTTAGGTTTTTTACGAGGGTTTAGGG
TTTTTCTGTGAGAGTTTAAGAATAACTGTTTGTTATGTAGAGAATTACGAATGCCTTCGATTTGGACTCGGTTGAAAGCGTTGTAGATTTGATTAGATTTGCTGTCTTGTTCTCTTTATAAACATCTGTTGGGTTAACTGTTTTCATCTATATTGGGTGAGAGCTGGTTCATCTAGTTATGGTTATACAGTTGCATTTAG
CGTTTGCATGGTATCAAGGAAATGGCCACTTAGTGGTATTCCAAGGCGATTTGTAGATTGGAAGAAAGGGAAACGGAGGTTTATAGAAATATTGTTGGAATCTCGCTTTGTTATGACACCATTATTTATCGGTGGGCATCACTTGGTGCGAGCGATTGCAATAGTTTAAGTACGTCAATGGGGTTGTGTTTCCGCCGTGA
AGATACTTTTAAGTTAGGCTTCCGACTAGGACTCAATTATCCCGGAGGTACGGATAAGTGGTTGGCACCAAGAGTAAGGTGCAAGTTCTAGGAGATTTTGATGGAAGAGTGCTCTGTTGCAGCGGGTCAGCCAAGTGGTGTGCCCGTTGAGGGTCATTTATCCCTGTGTCTATCGGTGGGTTAACGCTTCTTGGGCTTAA
AACTAAGTAGGCACCGTTAGTTGGATTGGAATTATAATTAGTAGTCACCACTAGACTGTTCGGTCGGCCGTAGTTTTGTTTGAGGTAGCACTACTACTAACAAAACAAAAGTATATAGTAGGCACCCATTAGTGTGACTGGAATAGTGTACAGTGGGCACCATTAGGTGTGACTACGAAAGTATATTTCAGGAATCAGTA
GGTGTGATCATACCAGCGTATAGTAGGCACAATAAGGTGTGATTATCATTGCATCCGTGTTTAGTAGCTGATAAAAGGTGCCCAGGCACTAGAATCCAATGGTAGTTACCTGGATAATCACTATTACCCTTCGAGCATAAGAGCCAGACAGTAGCCGTCCTGGTTATTGGTTATCGGAAGAATGCCATTGTCACTGGGAA
GAATGATGCTGGGGACCTTTTGGCACGTGGTTTACTTTGCCATTCGACTGAAAGGTCATGTTCAGCCTGTTGCATGATTAATAGCATTTGCCTGTTTTGGTGCTCTCAAAGATGTTGCAAATTTCAAATTTTACTGTATTCATTATAATACAAGCTATTTGGCCGTGTCAGGACAGCTGGTTCAGCATCTGATTGGATCT
CTTGTCCCAGAAAACTCTTAATTGGGTTTTGATGTAAATCCTAGAAGTGCCTGGTTGAGTCATAAGAACCACTCATATAGTAATCCTGAGATATTTCATAAGGTGGCTCTGATTTTTTTGGTTCCAATGGTGTGGGAGGATTCATCAACACTGGTGCTCGTGTATTAGGGCATGTATTTTTGTGTTTAGAAAGGAGCATT
GAATCTAGATGGCCCATTGGATGCATTGATAGACGGGCACTAGAGGTCAAGAATCGAAATTAAAAGTGTGCAATCTCTCCCATGGCAACCTTGAGTCACATAGTAGAGCCTGGGTTAGATTGTTCTGTGCTAGTCTTAGTTTAGCCGGGATTTATTTGTATTAGCTTATTAATGCAAGTATATAGACCTGTGTCATTAAA
ATGAGGACGGTGGTTGGATTTCTCCTAGGTTTTTTCTCTTTTGATTCTCCAGAAGTTGTCAAAAGCCTTGATAGCTATTTAGTGTTTTTGTTACAAGTGCTGTTGTACATTGGTATTTTTGTTTTGTAAGATAATTGCTAATATGAAGATTTTGTAATTCTATGTTCAGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAG
TATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGG
AGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAGGAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATT
GGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAA
GGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACT
TTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCT
TTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAG
CACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAACAA
AGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAAAGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGGGCTTTGAGTTACCCATTGAAATTAATTGCGAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGTTGAAAAA
GTGAGCACTAAATCTGCCATATTTGCCAAATTTTCATGTCTATTTGACTGCTGCTCTCAAACTCATTTTTGTGGAGAATCAGCCTAAGTGCAGATGCTGTTATTTGTCTGTTGGCCTCACTTTGTAATGTATTCTAGACATAAATTATATCCTTGATTTCATGGCTTCTCCAGGTTCTTTCCAATGACGATCCCAAATAT
GGCTACAATGCTGCTACAGGCAAATATGAAGATTTGATGGCAGCTGGAATAATTGATCCAACTAAGGTAACAGGACGAGTCTCTGATATGTGGAGTTTTAGGACTTGATCTTTGTTGGGCATGTTTGGGTTGCAGTTAGCTCGTAGAGTCTTGTGAAGTTTTATTTTATTTTTTTGGAACCGTTTTGAAGCTTACAAGGA
AATATGATTCATTAAAACATAACTAAGCAATGATTTTTAACATTAACTTGCATTTAAGCACAAGTGCTGTTGTGTATGCATGCTGCTGCTCATTGTTTCTTGTTCTTTGCCACTTGTTTTTCATTATAATAATAAACTATTTTTAAGGTCACCGTCGAGACACCAATTTGTTGTATGAGACCCCCTGTTTCTTGTTCTTT
GCCACTTGTTTTTCATTATAATAATAATCTATTTTTAAGGTCACCACCAAGCGAGACACCAATTTGGTGTATGAGACCCCCTTGTTTGTGGGACAATGGACCTCCTTCTACGCAGC
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:TAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGTATTGATCGCATTCGTTATCCATTTTTCTTCCTAGCTTGAATGTCTGTTGTCTTGGGAACTTATTTAAAGGCCTAGTCTTTAAGCATTTATGCTTGTATTGCTCATGTTTAGATTTATTTTCATGCTCTGCAAGTTTTTCTCCCTCTATTTCTAAGTATACTTTTACAGGTTTTAGGTTTTTTACGAGGGTTTAGGG
TTTTTCTGTGAGAGTTTAAGAATAACTGTTTGTTATGTAGAGAATTACGAATGCCTTCGATTTGGACTCGGTTGAAAGCGTTGTAGATTTGATTAGATTTGCTGTCTTGTTCTCTTTATAAACATCTGTTGGGTTAACTGTTTTCATCTATATTGGGTGAGAGCTGGTTCATCTAGTTATGGTTATACAGTTGCATTTAG
CGTTTGCATGGTATCAAGGAAATGGCCACTTAGTGGTATTCCAAGGCGATTTGTAGATTGGAAGAAAGGGAAACGGAGGTTTATAGAAATATTGTTGGAATCTCGCTTTGTTATGACACCATTATTTATCGGTGGGCATCACTTGGTGCGAGCGATTGCAATAGTTTAAGTACGTCAATGGGGTTGTGTTTCCGCCGTGA
AGATACTTTTAAGTTAGGCTTCCGACTAGGACTCAATTATCCCGGAGGTACGGATAAGTGGTTGGCACCAAGAGTAAGGTGCAAGTTCTAGGAGATTTTGATGGAAGAGTGCTCTGTTGCAGCGGGTCAGCCAAGTGGTGTGCCCGTTGAGGGTCATTTATCCCTGTGTCTATCGGTGGGTTAACGCTTCTTGGGCTTAA
AACTAAGTAGGCACCGTTAGTTGGATTGGAATTATAATTAGTAGTCACCACTAGACTGTTCGGTCGGCCGTAGTTTTGTTTGAGGTAGCACTACTACTAACAAAACAAAAGTATATAGTAGGCACCCATTAGTGTGACTGGAATAGTGTACAGTGGGCACCATTAGGTGTGACTACGAAAGTATATTTCAGGAATCAGTA
GGTGTGATCATACCAGCGTATAGTAGGCACAATAAGGTGTGATTATCATTGCATCCGTGTTTAGTAGCTGATAAAAGGTGCCCAGGCACTAGAATCCAATGGTAGTTACCTGGATAATCACTATTACCCTTCGAGCATAAGAGCCAGACAGTAGCCGTCCTGGTTATTGGTTATCGGAAGAATGCCATTGTCACTGGGAA
GAATGATGCTGGGGACCTTTTGGCACGTGGTTTACTTTGCCATTCGACTGAAAGGTCATGTTCAGCCTGTTGCATGATTAATAGCATTTGCCTGTTTTGGTGCTCTCAAAGATGTTGCAAATTTCAAATTTTACTGTATTCATTATAATACAAGCTATTTGGCCGTGTCAGGACAGCTGGTTCAGCATCTGATTGGATCT
CTTGTCCCAGAAAACTCTTAATTGGGTTTTGATGTAAATCCTAGAAGTGCCTGGTTGAGTCATAAGAACCACTCATATAGTAATCCTGAGATATTTCATAAGGTGGCTCTGATTTTTTTGGTTCCAATGGTGTGGGAGGATTCATCAACACTGGTGCTCGTGTATTAGGGCATGTATTTTTGTGTTTAGAAAGGAGCATT
GAATCTAGATGGCCCATTGGATGCATTGATAGACGGGCACTAGAGGTCAAGAATCGAAATTAAAAGTGTGCAATCTCTCCCATGGCAACCTTGAGTCACATAGTAGAGCCTGGGTTAGATTGTTCTGTGCTAGTCTTAGTTTAGCCGGGATTTATTTGTATTAGCTTATTAATGCAAGTATATAGACCTGTGTCATTAAA
ATGAGGACGGTGGTTGGATTTCTCCTAGGTTTTTTCTCTTTTGATTCTCCAGAAGTTGTCAAAAGCCTTGATAGCTATTTAGTGTTTTTGTTACAAGTGCTGTTGTACATTGGTATTTTTGTTTTGTAAGATAATTGCTAATATGAAGATTTTGTAATTCTATGTTCAGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAG
TATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGG
AGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAGGAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATT
GGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCAAAGACGAATGATTTAGCTGGTGACGGAACCACCACATCTGTCGTACTTGCACAAGGTTTAATAGGTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAGAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTACTGAGCTCAAAAAATTGTCAAA
GGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAACAATGAAATAGGAAGCATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGAAGGAAAGGTGTTGTGACACTTGAAGAGGGCAAAAGTGCAGAAAATTATCTGTATGTTGTAGAAGGAATGCAATTTGATCGTGGATATATTTCTCCATACT
TTGTGACAGACAGTGAGAAGATGTCTGTGGAGTATGAGAACTGCAAGCTGCTATTGGTTGATAAGAAGATCACGAATGCAAGAGACATGATCACAGTATTGGAAGATGCCATCCGTGGTGGTTATCCCATTTTGATTATTGCTGAGGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGTGGTGCT
TTGAAGGTTGCTGCTTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATACTTGGATGACATTGCCATATTGACTGGAGGCACTGTTGTCAGAGATGAAGTTGGGTTGGCGCTTGATAAAGTTGGAAGTGAAGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTTAACAAGGATTCAACAACAATTGTTGGTGATGGGAG
CACCCAGGAGGCTGTTAATAAAAGGGTGGCTCAAATTAAAAGCTTGATTGAGGTGCACTGTCTCTCCATATCTTAAAAATAGGATAATTTATTTGTATTATAATGGAGGCTCCACAGTAATATTTTGTTTTTATATTTTATGTTTTTCAAATAGTTTGTGTTATCTCACCATACACTGCGAAGTGGCTGTTACCTTGTCC
GGGAGGATCACCTCATGAATATTATTCGCTATGTTAACAATCCAAAATTTTCCTTGTAGTAAACACAAATGTAGAAAGCAACAATTTGATGCACAATTTATAATCTGCATTTATGTCTCTCTGAAATCTGCATTTAGGTCTCTCTGAGGGATCATGCAATGATAATTCTAGACATCCAATTTCAATAACTTAAGGTTGCT
TTTGTGCGGAATATGTTCCACATGATAATTAACTCTACTATCAACTTGCTTTTATCGAAGGTTTTCACGGTATTGTTCTCACTCTCTGTGCAGGTCGCAGAACAAGACTATGAAAAAGAGAAGTTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTCTCTGGTGGTGTTGCAGTTATTCAGgtaaagttgggcatggctgattttatgtt
aggcatctgtcattttcattttgttggcattgtagcaccttgaattgagctgtgggtaatgttgactgtatttgaatatttctgtaaagcaagaatggaggttatatgataaatgctcatgttttgtgacagGTTGGAGCACAAACAGAGACAGAGTTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCAAC
AAAGGTATGCATGCCTATATCTTGCATAATCATCATTCAATCTGATGTTAAATTTGCAAAAATATGCTGTGATTTGAAATAAATGTAAATAATGAATATCCAAATTAAATCATGTCATGCATGGAGGTGCTATTATAAAAAGATGTTGAGGGGGTATACCAGGTAGAAAGGAAATCCGATATTGAATTGTATCTTTTTGA
CAGGGCACTTCAACATAATATATTGTTTGTAATCCTGGAATTGAACTTATGCACAGAGACATAATAGAGTTTCACATTTGTTATGTGTTATATTATTGGGGAAGTTTTCAAGTTACTTGACCGCTACTACTGTATACAGGCAGCTGTTGAGGAAGGCATTGTTGTTGGTGGTGGGTGTGCTCTATTGAGGCTTGCTTCAA
AGGTTGATGCTATCAGAGATACGCTTGAAAACGATGAGCAGAAGGTAGGTGTGACATTTGTTTTTGTCATCCAGGAGCCGGAA
Intron 9 GTCAGAGAAA ... TGTCTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.82 | 194 | 22 | 30 |
| A2 | 13.42 | 200 | 23 | 39 |
| A3 | 17.8 | 187 | 18 | 63 |
| A4 | 16.6 | 196 | 24 | 54 |
| A5 | 19.83 | 93 | 17 | 29 |
| A6 | 14.17 | 106 | 10 | 25 |
| A7 | 14.63 | 213 | 23 | 50 |
| A8 | 15.03 | 65 | 10 | 13 |
| A9 | 17.35 | 181 | 31 | 45 |
| A10 | 16.7 | 182 | 24 | 49 |
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoformTAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAGTATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAG
AGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGGAGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACGCTTGGACCGAAGGGCAGAAATGTTGTATTGGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGAGTGACAGTCGCTAAG
GAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGTAAGACAAGCTGCAGCGAAGACAAATGATTTAGCTGGTGATGGAACTACAACATCTGTTGTACTTGCACAAGGTTTAATAGCTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAAAAGACAGTAAA
GGCCCTTGTTTTTGAACTCAAGAGTTTGTCAAAGGAGGTTGAAGACAGTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAATTATGAAATAGGTAACATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGG
>TRINITY_DN109417_c0_g1_i3 from sample A4 / Example unspliced isoform:TAAAGTTTTAAATCCGGAATATCATAGAACATCTAGAAAATTCCAGCGAGGGATCATTGTGCATACAAGGACCCCCTTCCTACCTTATCTTCTTGTTTCGTTTGCAGCTCCGTCTCTCCTTGTGCATTGCATTGCATTGCATTCTGCAAACCCAATAACGATAACTGTGTCCCAGGATCGATTCCTATTAACGAAGTTTA
AGGTATTGATCGCATTCGTTATCCATTTTTCTTCCTAGCTTGAATGTCTGTTGTCTTGGGAACTTATTTAAAGGCCTAGTCTTTAAGCATTTATGCTTGTATTGCTCATGTTTAGATTTATTTTCATGCTCTGCAAGTTTTTCTCCCTCTATTTCTAAGTATACTTTTACAGGTTTTAGGTTTTTTACGAGGGTTTAGGG
TTTTTCTGTGAGAGTTTAAGAATAACTGTTTGTTATGTAGAGAATTACGAATGCCTTCGATTTGGACTCGGTTGAAAGCGTTGTAGATTTGATTAGATTTGCTGTCTTGTTCTCTTTATAAACATCTGTTGGGTTAACTGTTTTCATCTATATTGGGTGAGAGCTGGTTCATCTAGTTATGGTTATACAGTTGCATTTAG
CGTTTGCATGGTATCAAGGAAATGGCCACTTAGTGGTATTCCAAGGCGATTTGTAGATTGGAAGAAAGGGAAACGGAGGTTTATAGAAATATTGTTGGAATCTCGCTTTGTTATGACACCATTATTTATCGGTGGGCATCACTTGGTGCGAGCGATTGCAATAGTTTAAGTACGTCAATGGGGTTGTGTTTCCGCCGTGA
AGATACTTTTAAGTTAGGCTTCCGACTAGGACTCAATTATCCCGGAGGTACGGATAAGTGGTTGGCACCAAGAGTAAGGTGCAAGTTCTAGGAGATTTTGATGGAAGAGTGCTCTGTTGCAGCGGGTCAGCCAAGTGGTGTGCCCGTTGAGGGTCATTTATCCCTGTGTCTATCGGTGGGTTAACGCTTCTTGGGCTTAA
AACTAAGTAGGCACCGTTAGTTGGATTGGAATTATAATTAGTAGTCACCACTAGACTGTTCGGTCGGCCGTAGTTTTGTTTGAGGTAGCACTACTACTAACAAAACAAAAGTATATAGTAGGCACCCATTAGTGTGACTGGAATAGTGTACAGTGGGCACCATTAGGTGTGACTACGAAAGTATATTTCAGGAATCAGTA
GGTGTGATCATACCAGCGTATAGTAGGCACAATAAGGTGTGATTATCATTGCATCCGTGTTTAGTAGCTGATAAAAGGTGCCCAGGCACTAGAATCCAATGGTAGTTACCTGGATAATCACTATTACCCTTCGAGCATAAGAGCCAGACAGTAGCCGTCCTGGTTATTGGTTATCGGAAGAATGCCATTGTCACTGGGAA
GAATGATGCTGGGGACCTTTTGGCACGTGGTTTACTTTGCCATTCGACTGAAAGGTCATGTTCAGCCTGTTGCATGATTAATAGCATTTGCCTGTTTTGGTGCTCTCAAAGATGTTGCAAATTTCAAATTTTACTGTATTCATTATAATACAAGCTATTTGGCCGTGTCAGGACAGCTGGTTCAGCATCTGATTGGATCT
CTTGTCCCAGAAAACTCTTAATTGGGTTTTGATGTAAATCCTAGAAGTGCCTGGTTGAGTCATAAGAACCACTCATATAGTAATCCTGAGATATTTCATAAGGTGGCTCTGATTTTTTTGGTTCCAATGGTGTGGGAGGATTCATCAACACTGGTGCTCGTGTATTAGGGCATGTATTTTTGTGTTTAGAAAGGAGCATT
GAATCTAGATGGCCCATTGGATGCATTGATAGACGGGCACTAGAGGTCAAGAATCGAAATTAAAAGTGTGCAATCTCTCCCATGGCAACCTTGAGTCACATAGTAGAGCCTGGGTTAGATTGTTCTGTGCTAGTCTTAGTTTAGCCGGGATTTATTTGTATTAGCTTATTAATGCAAGTATATAGACCTGTGTCATTAAA
ATGAGGACGGTGGTTGGATTTCTCCTAGGTTTTTTCTCTTTTGATTCTCCAGAAGTTGTCAAAAGCCTTGATAGCTATTTAGTGTTTTTGTTACAAGTGCTGTTGTACATTGGTATTTTTGTTTTGTAAGATAATTGCTAATATGAAGATTTTGTAATTCTATGTTCAGGATAAGAGAAGATGGCCTCTGCTTTGGGTAG
TATGACAGCATTTGCCACGGCTGCCTCATTGGGTAACATTGGAAAGGAGAGGAAGTTGGGTGCAGTGTCCAACAATAATGGCAGACAATTATCTTCTCTTTCTGCGTTGTCACCCATTTCCTTTAATCGCTTAAGCAGAAGGCAGACTGCGAGATTACGCAGCAGAGAGCAGGTTGTTAATACAAGAGCTATGGCAAAGG
AGTTGTACTTCAACAAAGATGGTTCAGCGACAAAAAAACTGCAGgtcagagaaaaatttatgtttaaaggaagggcatctgcacatgaaacttctctgtggtagatctttccttgtccatttatatttgatgtcaatatgtggttttaactttatatttaggcttgttttgtcatataggctggcattcaattgcatact
tattgaaatcattttcaaattgtcttgcagGCAGGTGTGAACAAGCTTGCTGATCTTGTTGGAGTCACCCTTGGACCAAAGGGCAGAAATGTTGTTTTAGAGAGCAAGTATGGTTCTCCGAAAATAGTCAATGATGGTGTGACAGTAGCCAAGGAGGTTGAATTAGAGGACCCAGTTGAAAATATTGGGGCCAAGTTGGT
AAGACAAGCTGCAGCGAAGACAAATGATTTAGCTGGTGATGGAACTACAACATCTGTTGTACTTGCACAAGGTTTAATAGCTGAAGGTGTAAAGGTTGTTGCAGCAGGAGCAAATCCTATTCAAATTACTAGGGGCATTGAAAAGACAGTAAAGGCCCTTGTTTTTGAACTCAAGAGTTTGTCAAAGGAGGTTGAAGACA
GTGAATTGGCAGATGTTGCTGCAGTGAGTGCTGGGAATAATTATGAAATAGGTAACATGATAGCAGAGGCTATGAGTAAAGTTGGGAGGAAAGGTGTCGTCACACTTGAAGAGGGTAAAAGTGCAGAAAATAATCTGTATGTTGTAGAGGGAATGCAATTTGATCGTGGATACATTTCTCCATACTTTGTGACAGACAGT
GAGAAGATGTCTGTGGAGTACGACAATTGCAAGCTATTATTAGTTGACAAGAAGATCACAACTGCAAGAGACTTGATCACAATATTGGAAGAGGCCATCCGTGGGGGCTATCCTATATTGATCATTGCTGAAGACATTGAACAAGAAGCCTTAGCTACTCTTGTTGTGAACAAGCTTCGGGGTGCATTGAAGATTGCCGC
TTTGAAAGCTCCTGGATTTGGAGAGCGGAAAAGCCAATATTTGGATGACATTGCTATATTGACTGGAGGCACTGTCATCAGAGATGAAGTCGGATTATCCCTGGATAAAGTTGGAAGTGAGGTTCTGGGTACTGCTGCCAAGGTAGTACTCACCAAGGATTCAACAACTATCGTTGGTGATGGGAGCACTCAGGAAGCTG
TTAATAAAAGGGTGTCTCAAATTAGAAGCCTGATTGAGGTTGCGGAACAAGATTATGAAAAAGAAAAATTGAATGAAAGAATTGCCAAGCTATCTGGTGGAGTTGCAGTTATTCAGGTGGGAGCACAAACAGAGACAGAACTGAAGGAAAAGAAGTTAAGAGTGGAAGATGCCTTGAATGCGACAAAGGCAGCTGTTGAA
GAAGGCATTGTTGTCGGTGGCGGGTGTAGTCTATTGAGGCTTGCGTCAAAGGTTGATGCCATAAGAGATACACTTGAAAACGATGAGCAAAAGATTGGTGCAGGCATTGTTAAACGAGCTTTGAGCTACCCATTGAAATTAATTGCAAAGAATGCTGGAGTGAATGGAAGTGTTGTGGCTGAAAAGGTTCTTTCCAGTGA
TAATCCCAAATATGGTTACAATGCTGCTACAGGCAAGTATGAAGATTTAATGGCAGCTGGAATAATCGATCCAACGAAGGTGGTTAGGTGTTGCTTGGAGCATGCGGCATCTGTGGCAAAGACCTTCCTAACATCGGATGTTGTTGTAGTTGACATCAAGGAACCTGAACCTGCTACTTCCCCAAATCCCATGGATAACT
CAGGTTATGGGTACTAGATACAAATATGACCAATAAGCCGAATGAAACAATTTTTTTACGTTTTTGTTTGGAGATGAGCCCTTGTTGAAGGGGGTGTTTTAATTACACAGTGAATGATGTATATGATAAACATGACAGGATCTGTATTTCAGCCAAAAGAGCTGAAAATCGGCATTTTGTAGAAAGGGGATGGGTAGAGT
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