NA ----> NA

Intron 1 GTGATCTCTT ... TTCTCATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.67	1	1	3
A2	100	0	1	8
A3	33.33	5	4	1
A4	55.56	2	3	2
A5	-1	0	0	0
A6	78.79	7	23	29
A7	43.86	16	9	16
A8	64.18	24	35	51
A9	71.93	8	21	20
A10	66.67	4	10	6

>TRINITY_DN39106_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

TCCATGTTAACTTTGTACTCTCACTTGGACGAAAATAAAATGCCCTTACTTGTATATATAGAAGCGAGACTCTTCGTAAATCTTTCTTCTTTTCACTGAAAACTCCAATCGATCGTTTTCTCTGGGTCTGCAGCTTCGATCTGTGAATCAATCGGAGTCTTCCGAAGAAGTGGTACTCATCAGTCTAATTAGGAATCATG
GCGCCGCCTGCAGGAGGCGGGCAGGCCGTTGCAGCTGCGGGTAGGCAACCCCAACAGCAGCAGCAGGGGGGGCCGGGGCAGATGCTGTTTGGGGTTTTGAGAATGGCCGCCTTCTGGTACTTCGCCATGCAGATGTTCTCTTCGAAAAAGCCCGTCGATCCTGCTCTCCAGATGTCAAATCTGTTTTCTAAGGGCGAAAA
CCTTGATATGTGGCTTTATCTCTCTGAGAAGGAGAGGTTCTATGATTTTAGCAATGAAGCAGCTCTTGTCTGGCAAGAGACCAATGTACCTTTTGCAGTCTGGGGGCCAAACAGTGTTCGAAAACATAGAATAGTTTACCATCCATCAGAGGCTGTAAAGAATAATGGGAGTGTCTATGCTCATGTCTTCTTTGCTCGTT
CAGGATATGCTCCAGATCCTAGTGATCCTGAGTATGATCCATCTGCTACTTTTAGTAGAACACACTCTATTGTTACATATCTTCCAAAGCCAAAAGTAGATAAGCGTAAGAGCTTGTTGAGTGGTGGAGAAGTTGGAGACCAGGATGGATCAGAAAATGAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGAT
TGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGA
GCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCT
TTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAG
GCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTT
GTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATG
ATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGA
GCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAAT
GTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATG
TCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGGCCACGTTGAATCAACACATGAATACTCCAGTGCGTAATGTCTTTTAAGAATTTAT
TGTTAGGTCGATGGTGCTGCGCTTCCTACTTAAAGTTGGTAAAGCCTCCCTGAGGTTGAATTCTCCGAGTTGGAATTTCTTCCAGGGGGCTTATTTGGTGAATTCTGACAATAGAATACTGATTTGGTATAGTTGGACTGTTATTTTCCCTATGATTTAGATGCTAATGGTTAAGGTTCTACTCATCTTTTGTATTGTCA
AGTGTATGCGAAGGACAATATACTGATGTGTCAGCTTTTGGCATTAGCATCCCTTGTTAAGGGTGTGGTTCTAAAGAGTATAATATTGTATTATTACTTTTTAAGTAGTCTCTACACCTTTCGTGGCTATATGATTGGTTTATTTGGGAATAGTAGATTTTAAATCTCAATGGAATTAAAGCCTGTAGTGTTTGCCG

>TRINITY_DN39106_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATTTGGTTGATGATTTCACTCGGTATGTTTCTGATGCACAGTATTTGGGCTTGGTAAAACATTGAGTCACCTGACATGTGGACATGAGGACAGGGGGATTCGAGTGTCTGACATGGACACATAGAGACCCCCAAAACAGGACACGGGGGAAACACACATAAAATTTTATTAAATTACAGAAAAAGATATAGACAAAGAT
GTAAATCATGTTTCTTAAGTAAAACATAAATAGAATAATTACCATTCGGTTCTAGTGTATTAATGTTGATTTGACATGTCTCCACAGTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGA
AGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATC
ACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGG
GTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATG
AGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCA
ATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTAC
GAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTA
CTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGG
AACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGgtgatctcttaacctttgggtttct
atccaggatttcccttggtcatttgttttggttattaagaacaatgatccagccaatacgctaacccccaattggttttctcattagGCCACGTTGAATCAACACATGAATACTCCAGTGCGTAATGTCTTTTAAGAATTTATTGTTAGGTCGATGGTGCTGCGCTTCCTACTTAAAGTTGGTAAAGCCTCCCTGAGGTT
GAATTCTCCGAGTTGGAATTTCTTCCAGGGGGCTTATTTGGTGAATTCTGACAATAGAATACTGATTTGGTATAGTTGGACTGTTATTTTCCCTATGATTTAGATGCTAATGGTTAAGGTTCTACTCATCTTTTGTATTGTCAAGTGTATGCGAAGGACAATATACTGATGTGTCAGCTTTTGGCATTAGCATCCCTTGT
TAAGGGTGTGGTTCTAAAGAGTATAATATTGTATTATTACTTTTTAAGTAGTCTCTACACCTTTCGTGGCTATATGATTGGTTTATTTGGGAATAGTAGATTTTAAATCTCAATGGAATTAAAGCCTGTAGTGTTTGCCG

Intron 2 GTATCCTTCA ... TCCTTCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	16.59	372	49.8	74
A2	17.36	238	31	50
A3	15.31	260	32	47
A4	18.3	259	31.4	58
A5	19.67	147	15.2	36
A6	16.1	516	63.2	99
A7	16.3	642	69	125
A8	17.58	511	54.2	109
A9	19.07	645	63.8	152
A10	16.22	568	62.8	110

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTGTTTCTAAATTTGTCTGATGATTACTTTCTCCTTCTGTTGATGTTTTTGTCAAATTTTGATTGTTTGCTTGTGCTTGGATTTTACAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGATTGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGC
AGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGT
CATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCT
AAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATAC
AAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATA
AGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTT
GGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTG
CGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATT
GATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCC
CAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCC

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGATGATTTCACTCGGTATGTTTCTGATGCACAGTATTTGGGCTTGGTAAAACATTGAGTCACCTGACATGTGGACATGAGGACAGGGGGATTCGAGTGTCTGACATGGACACATAGAGACCCCCAAAACAGGACACGGGGGAAACACACATAAAATTTTATTAAATTACAGAAAAAGATATAGACAAAGATGTAAATC
ATGTTTCTTAAGTAAAACATAAATAGAATAATTACCATTCGGTTCTAGTGTATTAATGTTGATTTGACATGTCTCCACAGTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTgtatccttcatctaagatgttatatttttgagttttatgcacatacatgtaccattgaaattaatctcaatgatttctttaa
ctttccttcatagTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAAT
TCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTG
TTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACA
AAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTC
TGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAG
GAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGG
TGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCT
AAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTG
ATTCTTAATTTGATGCC

Intron 3 GTAAGCTGGG ... TTTGTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.1	310.5	0	64
A2	18.05	240.8	0	53
A3	15.95	300.5	1	57
A4	16.64	220.5	3	44
A5	17.1	116.5	0	24
A6	14.03	797	0	130
A7	14.69	941.3	0	162
A8	17.26	825	0	172
A9	17.39	931.5	0	196
A10	15.97	842.3	0	160

>TRINITY_DN104859_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

TTAAATTTCAATGCAAATTCTGAGTGCATTTAGATTTTTACATAAATTTGATTTATGTCTCTCTGGTCGCACGTGGCAAGTGCCCAAAAATCCATGTTAACTTTGTACTCTCACTTGGACGAAAATAAAATGCCCTTACTTGTATATATAGAAGCGAGACTCTTCGTAAATCTTTCTTCTTTTCACTGAAAACTCCAATC
GATCGTTTTCTCTGGGTCTGCAGCTTCGATCTGTGAATCAATCGGAGTCTTCCGAAGAAGTGGTACTCATCAGTCTAATTAGGAATCATGGCGCCGCCTGCAGGAGGCGGGCAGGCCGTTGCAGCTGCGGGTAGGCAACCCCAACAGCAGCAGCAGGGGGGGCCGGGGCAGATGCTGTTTGGGGTTTTGAGAATGGCCGC
CTTCTGGTACTTCGCCATGCAGATGTTCTCTTCGAAAAAGCCCGTCGATCCTGCTCTCCAGATGTCAAATCTGTTTTCTAAGGGCGAAAACCTTGATATGTGGCTTTATCTCTCTGAGAAGGAGAGGTTCTATGATTTTAGCAATGAAGCAGCTCTTGTCTGGCAAGAGACCAATGTACCTTTTGCAGTCTGGGGGCCAA
ACAGTGTTCGAAAACATAGAATAGTTTACCATCCATCAGAGGCTGTAAAGAATAATGGGAGTGTCTATGCTCATGTCTTCTTTGCTCGTTCAGGATATGCTCCAGATCCTAGTGATCCTGAGTATGATCCATCTGCTACTTTTAGTAGAACACACTCTATTGTTACATATCTTCCAAAGCCAAAAGTAGATAAGCGTAAG
AGCTTGTTGAGTGGTGGAGAAGTTGGAGACCAGGATGGATCAGAAAATGAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGATTGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTGTATCCTTCATCTAAG
ATGTTATATTTTTGAGTTTTATGCACATACATGTACCATTGAAATTAATCTCAATGATTTCTTTAACTTTCCTTCATAGTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTT
GGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCAT
TCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAG
TTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAG
CTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTA
TCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAAT
TCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTC
CCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACT
TGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGGTGATCTCTTAACCTTTGGGTTTCTATCCAGG

>TRINITY_DN104859_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGATTTTTTTGCATTCAAAAATGgtaagctgggccttttgattacttggttttcaatatgggtttattcagctgtattagctatattttatttaacgatgcttttgtaatatgttgcctatttgtttcagATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTAT
TTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATG
ACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTA
CCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAA
GGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTC
ATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCTAAAGGATTGGAAA
TCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAATTTGA
TGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGGTGATCTCTTAACCTTTGGGTTTCTATCCAGG

Intron 4 GTATGTTTCT ... GTCTCCACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	6.28	555.6	2.6	42.7
A2	7.06	392.9	2.1	34
A3	6.82	420.4	3	34.9
A4	5.14	396.1	4.1	24.9
A5	5.31	219.7	1.4	14.9
A6	5.01	802.1	4	50.3
A7	5.06	1074.1	5.1	67.3
A8	5.64	703.4	2.9	50.9
A9	5.99	1016.6	2.9	76.4
A10	5.1	938.3	8.1	60.3

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTGTTTCTAAATTTGTCTGATGATTACTTTCTCCTTCTGTTGATGTTTTTGTCAAATTTTGATTGTTTGCTTGTGCTTGGATTTTACAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGATTGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGC
AGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGT
CATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCT
AAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATAC
AAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATA
AGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTT
GGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTG
CGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATT
GATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCC
CAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCC

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTGATGATTTCACTCGgtatgtttctgatgcacagtatttgggcttggtaaaacattgagtcacctgacatgtggacatgaggacagggggattcgagtgtctgacatggacacatagagacccccaaaacaggacacgggggaaacacacataaaattttattaaattacagaaaaagatatagacaaagatgtaaatc
atgtttcttaagtaaaacataaatagaataattaccattcggttctagtgtattaatgttgatttgacatgtctccacagTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTGTATCCTTCATCTAAGATGTTATATTTTTGAGTTTTATGCACATACATGTACCATTGAAATTAATCTCAATGATTTCTTTAA
CTTTCCTTCATAGTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAAT
TCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTG
TTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACA
AAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTC
TGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAG
GAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGG
TGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATTGATAATTTCT
AAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTG
ATTCTTAATTTGATGCC

Intron 5 GTATTCTTTT ... TATGTTTCAG

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A10	24.89	715	130.4	237

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

TGTGTTTCTAAATTTGTCTGATGATTACTTTCTCCTTCTGTTGATGTTTTTGTCAAATTTTGATTGTTTGCTTGTGCTTGGATTTTACAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGATTGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGC
AGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGT
CATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCT
AAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATAC
AAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATA
AGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTT
GGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTG
CGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATGTATATTATATCTTCCCAATGTATATTGTATCTTCCCAGTATGGATTTGAAATGTAGTTCTTTCTGGTTGTTTATTTTTAATGTTTCCATT
GATAATTTCTAAAGGATTGGAAATCAATTATTCTTTCAAATGGTTACAGCTGAAGTTGCTGAAAGAATGAAAATTATTTTTTTCGCAGTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCC
CAACTGCGTGATTCTTAATTTGATGCC

>TRINITY_DN122547_c7_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TCTTGCAAATTGATTCCAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAATTCACCGTTCATAT
GGTAGTATGCTGGAAGGGGAGGCAGATGAGCTGAAGgtattcttttgttcccaaaagcaggaaatgaaaagtgtttattaaaatatcatttcctgcaatgggttgagttcttttaattaaaagtttcaaactcctgaggttttcttctttccacctcttataagcaagagatagactgcatctcattttactttgggcat
acctcgttaaggtcaaaactgattatctgtttatgtttcagAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGC
TTTATTTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGGTATTGCATTTTGTACCTAGAGCTTTGTTCTAGTCTACTGTGTATTGTGAAATTAAACAGGGCACAAGCTGCTT
GTTTTAGCTTTCTAAGATACTGAATTTTCAGTTAGTTTTATCAGAAGCAACACTAATAGGATTACAGTTATTTTTATCAGAAACAATGGCAATTGGATCTTTATTTTTTATTATTAGAAACAATGCCAATAGTGTTATTCATTCGAGAAGACTGCTTGCGCTTATACACACATACACACACACATACATAAATGTATGTA
TGTATCTAAGTCGTTATATATGTATTAGATTATAAATAAAATATTATAAAAATGATTGACAATAATATGTTGTAATTGTTCCAATGATAAAATAAGGTGGCAAGCAACT

Intron 6 GTATATTATA ... TTTTTCGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	82.89	37.3	272	57
A2	78.97	39.3	208	48
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A6	79.14	528.3	2698	803
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A10	78.36	242	1133	410

>TRINITY_DN104859_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TTAAATTTCAATGCAAATTCTGAGTGCATTTAGATTTTTACATAAATTTGATTTATGTCTCTCTGGTCGCACGTGGCAAGTGCCCAAAAATCCATGTTAACTTTGTACTCTCACTTGGACGAAAATAAAATGCCCTTACTTGTATATATAGAAGCGAGACTCTTCGTAAATCTTTCTTCTTTTCACTGAAAACTCCAATC
GATCGTTTTCTCTGGGTCTGCAGCTTCGATCTGTGAATCAATCGGAGTCTTCCGAAGAAGTGGTACTCATCAGTCTAATTAGGAATCATGGCGCCGCCTGCAGGAGGCGGGCAGGCCGTTGCAGCTGCGGGTAGGCAACCCCAACAGCAGCAGCAGGGGGGGCCGGGGCAGATGCTGTTTGGGGTTTTGAGAATGGCCGC
CTTCTGGTACTTCGCCATGCAGATGTTCTCTTCGAAAAAGCCCGTCGATCCTGCTCTCCAGATGTCAAATCTGTTTTCTAAGGGCGAAAACCTTGATATGTGGCTTTATCTCTCTGAGAAGGAGAGGTTCTATGATTTTAGCAATGAAGCAGCTCTTGTCTGGCAAGAGACCAATGTACCTTTTGCAGTCTGGGGGCCAA
ACAGTGTTCGAAAACATAGAATAGTTTACCATCCATCAGAGGCTGTAAAGAATAATGGGAGTGTCTATGCTCATGTCTTCTTTGCTCGTTCAGGATATGCTCCAGATCCTAGTGATCCTGAGTATGATCCATCTGCTACTTTTAGTAGAACACACTCTATTGTTACATATCTTCCAAAGCCAAAAGTAGATAAGCGTAAG
AGCTTGTTGAGTGGTGGAGAAGTTGGAGACCAGGATGGATCAGAAAATGAGGTAAACACAGCTGAATCAAATGATGATAGCTCCCTAGATTGGGTCTCATTCTGGAAACCAAATGTAACCATTAATTTGGTTGATGATTTCACTCGTTACTCCCAGAATGCAGTTCCTCCACTTGTGGCTGATTTCTTGCAAATTGATTC
CAAGACAGGAAACTACTTTCCAATTGTATCTTTTAATGAGTTTTGGTTAATGAGAGAGAAGTTGATACGAATAAATGAGACAGTGGAGGAGCTGCCTCTCAACTTGGAGTTGGGGCCTATTAGTTTGATGAAGTGGCAACTTTTTCTACAGATTGATCAGTCATTTCAAATTCACCGTTCATATGGTAGTATGCTGGAAG
GGGAGGCAGATGAGCTGAAGAGGGTCTTCTTGGAGGGGAATCCATACCTCCTTGGAATCACAATGATTGTTTCATTACTTCATTCCATCTTTGATTTTTTTGCATTCAAAAATGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTATTTGCCAGCTTATAGTT
TTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATGACATGGCAATGAAATA
CCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTACCATGGCGACAGATGA
CATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAAGGATGATGAGGTGGAT
GGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTCATCACTGAGGGGATCA
ATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAA
TTTGATGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGGCCACGTTGAATCAACACATGAATACTCCAGTGCGTAATGTCTTTTAAGAATTTATTGTTAGGTCGATGGTGCTGCGCTTCCTACTTAAAGTTGGTAAAGCCTCCCTGAGGTTGAATTCTCCGAGTTGGAATTTCTTCCAGGGGG
CTTATTTGGTGAATTCTGACAATAGAATACTGATTTGGTATAGTTGGACGGTTATTTTCCCTATGATTTAGATGCTAATGGTTAAGGTTCTACTCATCTTTTGTATTGTCAAGTGTATGCGAAGGACAATATACTGATGTGTCAGCTTTTGGCATTAGCATCCCTTGTTAAGGGTGTGGTTCTAAAGAGTATAATATTGT
ATTATTACTTTTTAAGTAGTCTCTACACCTTTCGTGGCTATATGATTGGTTTATTTGGGAATAGTAGATTTTAAATCTCAATGGAATTAAAGCCTGTAGTGTTTGCCATTGTCAAATTTGGAAGTTAAATGTTTTCTTTTAATTCCATCTTAAAATATGCTAAATTAAGAAAAGGCAGTTTTGGTTGGAC

>TRINITY_DN104859_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGATTTTTTTGCATTCAAAAATGGTAAGCTGGGCCTTTTGATTACTTGGTTTTCAATATGGGTTTATTCAGCTGTATTAGCTATATTTTATTTAACGATGCTTTTGTAATATGTTGCCTATTTGTTTCAGATATTCAATTTTGGAACAAGAACAAGTCAATGGAGGGCTTGTCTGCTAAATCAGTTGTTGTGAGCTTTAT
TTGCCAGCTTATAGTTTTCCTCTACTTACTTGACAATGAGACATCTTGGATGATCATTGCTAGTTCAGGCGTTGGGTGCTGCATTGAATTCTGGAAGATTGGGAAGGCCATGCATATTGAGTTGGATCGCAGTGGACGTTTTCCACGGTTGAAGTTTAGGGATCATGAGACATATACAAATAAGACAAAGGAATATGATG
ACATGGCAATGAAATACCTCTCCTATGTTCTTTTCGTTCTCGTAGGATGCTCGGCGATTTACTCACTAAAATATGAGCGGCACAAGAGTTGGTACTCATGGATCTTGTCTTCATTGACAAGCTGTGTATACATGTTTGGTTTTATCATGATGTGCCCTCAGTTGTTTATAAACTATAAGTTGAAGTCTGTTGCTCATTTA
CCATGGCGACAGATGACATACAAATTTCTCAATACGATTATCGATGACTTGTTTGCATTTGTGATCAAGATGCCAATATTGCACCGCCTCTCGGTTTTCCGTGATGATGTCATCTTCCTTATCTATTTGTATCAGCGATGGATATACCCAGTTGATAAGAAACGCGTGAATGAGTTTGGTTTTGGAGGAGAGGATAAGAA
GGATGATGAGGTGGATGGCTTAATCGAGGATAATGCCTCTGCCACAGGTGAAAATGCCACATCTGAGCAGGTTACGAGGACTGCTGCAGGAAGGGTAGCGGCCAGAGCTGGAGCTTCAAATTCAAATACTGGTGGCAATGGAGATAACAAAAAGAGCAAGTAAATTTTATGACACTGCGGGACAGGGTGTATTGCTTTTC
ATCACTGAGGGGATCAATTTTGGGAGTTTAACATTAGTCTTCAGTGAATCAGGATCCTCTTGCATTTGTGATCTACTAAGAAAAATgtatattatatcttcccaatgtatattgtatcttcccagtatggatttgaaatgtagttctttctggttgtttatttttaatgtttccattgataatttctaaaggattggaaa
tcaattattctttcaaatggttacagctgaagttgctgaaagaatgaaaattatttttttcgcagTTAAAAAAGGAACACGCCATTTACCACGCGAAAATTTTATGTCCAAGTTTCTGACTTGAAACTAATATTGAAGCCTTTTCTTTTTTTCATTCCAATTGGAGTCCCATTTTCCCAACTGCGTGATTCTTAATTTGA
TGCCACCTACAAATGCTCCCTGTGGTGGTGATCCATGTCAGAAGATTTTGGTGATCTCTTAACCTTTGGGTTTCTATCCAGG