NA ----> NA

Intron 1 GTTAGTTTAC ... GGCCCTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80	1	6	2
A2	38.46	4	5	0
A3	71.43	4	9	11
A4	60	5	11	4
A5	85.71	1	7	5
A6	46.67	4	5	2
A7	33.33	6	4	2
A8	55.56	2	3	2
A9	33.33	4	4	0
A10	33.33	1	0	1

>TRINITY_DN42773_c0_g1_i5 from sample A7 / Example spliced isoform

CATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGCTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTC
CAACAAAATAATTTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGTTCTGGGAGA
TTATAACATACCACCAGGCTAATGTGTAGTAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATCAATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGG
TGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTAGATTTTCTCACCGAGTCATCCTTCTCGATTTCTTTTGCCCTTCTTTGTCAATTCTTTTATATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGT
GGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACTGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGC

>TRINITY_DN42773_c0_g1_i7 from sample A7 / Example unspliced isoform:

CATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGCTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTC
CAACAAAATAATTTCTTCTTATAAACGACCTAGTTACTAATGGTGAGTGCTATAACATGTATCTTCTAGTCCCACCTATCTTCGTTGTGATGACATTGTATTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAG
AATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGgttagtttaccgtcatcttggttattaggacattattacattaagtaactgccacataagatttgttaatttgaatatcttgatttttgagtatcatggccctatagTTCTGGGAGATTATA
ACATACCACCAGGCTAATGTGTAGTAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGGGC
AGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTAGATTTTCTCACCGAGTCATCCTTCTCGATTTCTTTTGCCCTTCTTTGTCAATTCTTTTATTTCTTCTTATAAACGACCTAGTTACTAATGGTGAGTGCTATAACATGTATCTTCTAGTCCCACCTATCTTCGTTGTGATGACATTGTAGGTGGAAGATGTCTATGTT
GGCAATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACTGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGC
TTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGC

Intron 2 GCATCTTGTT ... GACATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.86	2	2	1
A2	41.67	7	6	4
A3	55.56	2	3	2
A4	33.33	2	2	0
A5	45.45	3	4	1
A6	38.46	8	8	2
A7	54.84	7	10	7
A8	53.85	6	4	10
A9	50.94	13	14	13
A10	44.44	5	4	4

>TRINITY_DN43741_c0_g2_i9 from sample A6 / Example spliced isoform

ATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGTTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTCC
AACAAAATAATTTCTTGAGGGCGTGATTCAATGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGTGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGGCTAATGTGTA
GTAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTA
TTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACG

>TRINITY_DN43741_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTCCAACAAAATAATCATAATTAATGGAGATGTGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGG
AAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTgcatcttgttggtggaagatgtctatgttggca
atgggtgggcagtcaacgtttcatgttgtgcatcttgttggtagattttctcaccgagtcatccttctcgatttcttttgcccttctttgtcaattcttttatttcttcttataaacgacctagttactaatggtgagtgctataacatgtatcttctagtcccacctatcttcgttgtgatgacattgtagGTGGAAGA
TGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAA
CTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACG

Intron 3 GTTAGTTTAC ... TGTGTAGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	65.79	1.9	6.1	1
A2	36.4	6.5	4.3	3
A3	65.04	4.5	9.3	7
A4	56.13	5.5	10.4	2
A5	76.34	1.9	7	5
A6	30.34	7.4	4.5	1.6
A7	33.64	10.3	3.8	6.6
A8	25.26	9.5	2.8	3.6
A9	23.8	10.5	3.5	3
A10	6.8	6.9	0	1

>TRINITY_DN103824_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

TCCACGTATACCATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGTTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTA
TCAATGGGTTCCAACAAAATAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATA
GTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTAGATTTTCTCACCGAGTCATCCCTCTCGATTTCTTTTGCCCTTCTTTGTCAATTC
TTTTATTTCTTCTTATAAACGACCTAGTTACTAATGGTGAGTGCTATAACATGTATCTTCTAGTCCCACCTATCTTCGTTGTGATGACATTGTAGGTGGAG

>TRINITY_DN103824_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTCTGAATATTTTGGAAAAGAAAGAAAAATTGTAAGTTGATTTTCAATATTTTAAGATTTATATACTTTCGACGGATTTTAAGATGTATTCTCTTTCTCATTACTTTAACAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGgttagtttaccgtcatcttggttattaggac
attattacattaagtaactgccacataagatttgttaatttgaatatcttgatttttgagtatcatggccctatagttctgggagattataacataccaccaggctaatgtgtagtagAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCAT
AAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTAGATTTTCTCACCGAGTCATCCCTCTCGATTTCTTTTGCCCTTCTTTGTCAATTCTTTTATTTCTTCTTATAAACGA
CCTAGTTACTAATGGTGAGTGCTATAACATGTATCTTCTAGTCCCACCTATCTTCGTTGTGATGACATTGTAGGTGGAG

Intron 4 GTAGATTTTC ... GACATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.82	1.1	7.8	1.5
A2	38.63	5	1.8	5
A3	60.21	2.9	6.8	2.3
A4	35.71	2	2	0.3
A5	33.33	3	1.5	1.5
A6	15.55	10	0.8	3
A7	44.78	9	6.8	8
A8	58.34	4	5	8
A9	28.75	17	3	11.3
A10	23.75	6	0	3.8

>TRINITY_DN43741_c0_g2_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

TCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTCCAACAAAATAATCATAATTAATGGAGATGTGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGG
AAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCA
ATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGC
AACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACG

>TRINITY_DN43741_c0_g2_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

TCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTATCAATGGGTTCCAACAAAATAATCATAATTAATGGAGATGTGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGG
AAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCA
ATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGgtagattttctcaccgagtcatccttctcgatttcttttgcccttctttgtcaattcttttatttcttcttataaacgacctagttactaatggtgagtgctataacatgtatcttctagtcccacctatcttcgttgtgatgacattgtagGTGGAAGA
TGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAA
CTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACG

Intron 5 GTAAGTATCG ... GTTTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	54.55	5	0	6
A2	81.82	2	0	9
A3	35.29	11	3	6
A4	70	3	2	7
A5	69.23	8	0	18
A6	0	6	1	0
A7	15.38	11	0	2
A8	14.29	12	1	2
A9	18.18	9	1	2
A10	25	6	3	2

>TRINITY_DN103824_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TCCACGTATACCATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGTTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTA
TCAATGGGTTCCAACAAAATAATTTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAA
GGGGTCCCACGAGGTGCCTTGAGGCTTACTTAGCTACTTCGCTAAAGCATTGCACTCGTCCTTCATGC

>TRINITY_DN103824_c0_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TCCACGTATACCATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGTTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTGTGAAAAGTA
TCAATGGGTTCCAACAAAATAATgtaagtatcgtctttcgatcacggcctgctcactactgtcagtgtgaaaagatttatgaatggggttcacaataagttaagtcagtgttgccttttaatggtctattttaaggagaacgcctcttggagagctgtaggagcatactaataactaatgatttactggcctgacttctt
gctggttttttcagTTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGGTTAGTATCTTCTCTCCTGGCTCAGTGTTGCAAACCCACAAGGAATATTTGGTATTTGCTTCAT
TGAAATGTTCAAGGTTAAATATTCAGGGTTTTGATGTATTTCAAGCAGAGAAATTTTAGTCGATTGAATGGTTAGTGTAATGCATGGGACATATTTGCACAAGAAAAAGAGTGAGGACCAGGGGCAGTCTTGGGTGTTTATAATCTCTATGCTATTGTTTGAACGGATGCGATTGTAGATGTACATATTTTGAATTCTTT
CGGTTCATCAAGCCAGATATTTATGATACAATCTCAAGAAAATGAAATAACTGGATATATAATCTTTCCATGGCAGACAATCTCAGTAAAACTCAAAAGATTTGCTGCATACCTTGAGAGGAACACAGTAGTCACATATATTCTTCTGATGACGGCAACTCTTTTGCATCCAGTCTTCAGAAAATCCTTACTGAAGTCTT
GTATTTCATTTGGTGTAATGATCTTTCACAGTACAGTGATTTATATATTTCATTCAGACAGAACAACTCTTTTAGCATCTATTCTCAATAGAAGTTTTCTACTAATGTTGTCTACCACATAGCGAGCAAACATTCCAAATCCAACACAGAACAACTCTTTTAGCATCTATTCTCAATAGAAGTTTCTACTAATGTTGTCT
ACCACATAGCGAGCAAACATTCCAAATCCAACACAGAACAACTCTTTTAGCATCTATTCTCAATAGAAGTTTTCTACTAATGTTGTCTACCACATAGCAAGCAAACATTCCAATTCCAACAGTCAATTGTGTTTCTTCTGATCCAACAGTCGATTGTATTTCTTCTGATCAGTGCAGGCTTTTTGCATACGATATCAGCA
AAATTAAAATTGTGGAAGAGTTTTATAAAAAAAACAGTCAATTCCACAAGACCAAGAGTTTGCTAATGTTTGTTCTGATCAAAACTTAGCCATTCTCAACTCAACATAAACAAAATCAGATCAGTAAGTTTGTCAAACGGTTCGCAGAGATGCCCTGGCAACACTGAATACATGCAATAGATCATTCAAGGCTTTCTAAA
TCGGTGACAGCAAAAACAGTGTTGTCAATATTGGGCTAAAACAATTTCTTGTGAGATAAAACAGCAAAGGGAGTTGACTTAAATGTTCAAATGGGACAATAACATTGTCAGTTGATTCTTTCGAGGGTTAGGTCCTGAATAAATAATAATTAAAGGACAGGTAGCAATACATAGTCGAGGGTTTTTATTTGGTGGTCTAA
TAGTAGCTATTGGTTATTCTTTTATTGTTCGAGTTTGGTTGGTTTGTATGTACCATGGACACCTTGCAGTAGCAGAAATAGTTGAGGGGCACCGCATGTTTGATGTTTGATGTCTGTCTGTTTTACTTTGCTTTCGAACATATTGAAAATAGTGGAAGATGTATGTTCGGTTAGGGGGTTATGCTGAAGATGCTTCATGT
TTCTGTTAATGTTCAGTGGCAGTGATTAAATCCGAGTGTTTACCTTTATCATGTGTTTCATAAGCTGGCTTTTTCAGCAATTGCAGGTTTCAATGG

Intron 6 GCTAATGTGT ... GACATTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	1	2	1
A2	55.56	4	6	4
A3	42.86	4	4	2
A4	50	5	10	0
A5	100	0	2	1
A6	45.45	6	8	2
A7	67.74	5	14	7
A8	66.67	5	10	10
A9	56.52	10	13	13
A10	52.94	4	5	4

>TRINITY_DN47206_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoform

AAATAATTTCTTGAGGGCGTGATTCAATGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGGTGGAAGATGTCTAT
GTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTA
TACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACA

>TRINITY_DN47206_c0_g1_i6 from sample A10 / Example unspliced isoform:

AAATAATTTCTTGAGGGCGTGATTCAATGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTGACTTGATAAGgctaatgtgtagtag
agttcggaaatatggaagtggaaggaagctactagttgacatcaatagttagtgttaatagtcaagcctcaacaacgaccataaagaagttcaatcgatttgtgaaagggcagtcaacgtttcatgttgtgcatcttgttggtagattttctcaccgagtcatccctctcgatttcttttgcccttctttgtcaattctt
ttatttcttcttataaacgacctagttactaatggtgagtgctataacatgtatcttctagtcccacctatcttcgttgtgatgacattgtagGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATC
TTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACA

Intron 7 GTTAGTTTAC ... ATACCACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	2	6	0
A2	35.09	6	4.5	2
A3	62.92	5	10	7
A4	42.86	10	11	4
A5	76.47	2	7	6
A6	28.85	8	5	1.5
A7	25.32	14	4	5.5
A8	20	10	3	2
A9	21.21	13	4	3
A10	9.09	5	0	1

>TRINITY_DN40738_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform

TATGGTCATTCCACGTATACCATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGCTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTG
TGAAAAGTATCAATGGGTTCCAACAAAATAATTTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTG
ACTTGATAAGGCTAATGTGTAGTAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACATGGATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGGGCAG
TCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCAGGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGAT
TATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAGATTAATTGAAAGCACGTCATTATAGTTTTATTATCTTTCTGC

>TRINITY_DN40738_c0_g1_i4 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TATGGTCATTCCACGTATACCATCACGGACCTATCGCTGGTCCTGCACTGCTGTGCTCGCTTTTTTCTCCCTTCAGTGCAGTCAACTCAATCACAGCTGCAGGCTGGCACATTCCATTTTTTAAAGCTAATTGGTAACGGATGGAAATGTGGGCCTCTTATAAAATTTGGCACTCTCTTTAAGATCATGGCATGCCAGTG
TGAAAAGTATCAATGGGTTCCAACAAAATAATTTCTTGAGGGCGGGATTCAACGGCCATTGTTGTAGGATACTGTGAATGAAGTTGTGAAAATCATAATTAATGGAGATGAGTTATGTATGTGGTGATCCAGAATACTCAGTGACAGGTACGAGCCAATGCATTTACGAAGGGAAGGGCTAAAAGAGTTGGTCTGGCTTG
ACTTGATAAGgttagtttaccgtcatcttggttattaggacattattacattaagtaactgccacataagatttgttaatttgaatatcttgatttttgagtatcatggccctatagttctgggagattataacataccaccagGCTAATGTGTAGTAGAGTTCGGAAATATGGAAGTGGAAGGAAGCTACTAGTTGACA
TCAATAGTTAGTGTTAATAGTCAAGCCTCAACAACGACCATAAAGAAGTTCAATCGATTTGTGAAAGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGGGCAGTCAACGTTTCATGTTGTGCATCTTGTTGGTGGAAGATGTCTATGTTGGCAATGGGTGTGCATACCA
GGCATGCTATGGATAGCTCCTGGTGGTATTGTTTGTGGATGAGATAACAATGATGCATGTGCAGGGATCTTCAATCACATGTTAGTTTACCGTTGCAATCAAGCTATTTGGCTAAAGCTTGCAACTTAAATGATTATAAATGCATTTTGATATGTTGCTTTTGAATTGAACTCCTTATACATTTCAGCATCATTTTTTAG
ATTAATTGAAAGCACGTCATTATAGTTTTATTATCTTTCTGC