sp|Q84SN3|CDKF3_ORYSJ ----> Cyclin-dependent kinase F-3

Intron 1 GTAAGCTGTA ... GCTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.48	42.8	5	1
A2	13.49	38.5	6	2.5
A3	8.7	52.5	5	10.5
A4	16.67	35	7	0
A5	3.91	24.6	1	2.5
A6	18.83	129.4	30	2
A7	18.53	228.6	52	6.5
A8	18.95	199	46.5	3.5
A9	19.54	160.6	39	3
A10	17.27	153.3	32	4.5

>TRINITY_DN41507_c0_g3_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTA
TTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTC
ACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGA
TGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAAC
TAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAG
GTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCA
CAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGG
CAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATATACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCC
CATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAA
GGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTAC
CACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGG
TTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTC
GAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAGTCTGCGAG
GTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATAT
ATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGA

>TRINITY_DN41507_c0_g3_i3 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTAAACAAAGGTGCACTCATGCTACCAAATTTCCATAAGTTTTAATACAAGGGCTTTTGCTGATTTCTTGGTCATGCTGTATGCATGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCT
TGGTCATCTGGGTGgtaagctgtatttatggtggaaatactttccagcaacttttggcctgcacttggccattgtttgctattttttcacaagctctttattgttgaagattttgatattaactttattttgttatttttgtgtctttgctctttcagCGATGGGATCTCAAGGTGTGGG

Intron 2 GTGAACCTAA ... ATGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.57	38.2	7.8	7
A2	21.61	10.9	13.2	3
A3	13.57	33	9.8	5
A4	16.46	25.6	4.2	5
A5	64.84	7	0.8	13
A6	18.84	76.3	9.2	17.5
A7	27.36	94.4	10.2	35.4
A8	24.24	94	9.6	29.8
A9	27.01	92.1	9.2	33.7
A10	21.38	81.3	8	21.9

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTGATAATAGCGCTTAACGGGAGAATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATGGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGTTTTTCAGGGGAAGGGCT
GAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCA
TTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGT
CGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAA
ATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGA
AATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAG
AAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAAC
TTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATAC
TTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTA
ATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTA
CAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCG
TTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCC
ATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCT
AGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTGATAATAGCGCTTAACGGGAGAATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATGGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAA
CAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATT
TCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAG
TGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTT
TACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTAT
GGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACAT
GGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAG
TCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTT
GGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTT
TTTCCTTGTGGGTATTGTATTTTTTTTGTTGATAAAAGAATTGTATTCAAAGATTGGCCTTTTCATTTTATTTGCTAATATTTTTTTGTTCATAGCTAATTCACTTTAGATAGTTCAAGTTGGAATTGACAGAAATATATGTTGTATGTAGATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATA
CTTGTGCAGCAGgtgaacctaaattataattagcagcgtacatgtcttgtttgatcattgtttcctttgttctgtatctgtaaatctttgtagagacatctttaaaattcagaaaaagcttttcatgaccatgcaaaaagcagcaaaatgctttctctatccagtcagcacaaatgcatgacacattgaatgatacactg
ttttagacgagtgtttcagttttcaaggtcacccaaataatcaagcttgttatgcattatataggtaaaataaattaacatataaatattaaaaatgtattgtaattgtgactgtaaaaccaatattatcattcttggcatctctatgtgcttatggtgctactcaagttttagatcaagtagcacattgcctaaacaaa
ggtgcactcatgctaccaaatttccataagttttaatacaagggcttttgctgatttcttggtcatgctgtatgcatgcagAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTG
GGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATAC
AGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAAT
TTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTA
CTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGA
AATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

Intron 3 GTACATTGTT ... TCCTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	17.18	76	18	14.3
A2	11.45	56	8	6.7
A3	19.77	53	15	11.7
A4	21.13	44	8	16
A5	21.7	39	6	16.9
A6	17.56	51	11.4	10.9
A7	13.85	108	12.4	24.3
A8	12.32	81	9	15.4
A9	13.42	103	11	22.9
A10	13.17	130	16	25.4

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTA
TCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTC
CTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAAT
CTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGgtacattg
ttagtgtttggcgtatcttgtttgctaaagtttttatatttagcaaatgtttatgccatttctcatttgtaaacaagtttatattgatggttcaaatctacgtgaaatgacataaatggctgatttccttttcagAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTT
ACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCAC
ACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCC
TTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAA
GGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCAT
GCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACAC
AACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGA
GTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGT
TCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCA
CTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAATTTTTAGATGTTTCCAATTTGTGTATCTGAATTTCCTTTAGCTTAATACTGATGTTTTAACGCTAGCATTAGGTTAGAGATGCCCTATGCACTCGATATATTTACAATCCCCTTCAGTGCGTTTCATCATCTTTGGAGACTAAT
ATTACTTTCCATTTTCCCTTCTTCCCTCCTTAGTACCTTCCTTCCTTCTAGGACTCTATTAAATCTTAGCAGTACTCGTGGTGAAGTGTAGGTAGTCGACTTAATCAGCTAGATAACTGTGTTAGTCTACAACCATGTCAGTCGTTGACCTTCTTGGTTGATGACCTTGTTG

Intron 4 GTAGAAATCT ... TAACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	12.54	27.9	3	5
A2	11.11	28	3	4
A3	5.88	16	1	1
A4	29.67	32	8	19
A5	3.33	29	2	0
A6	1.64	60	2	0
A7	2.2	111	3	2
A8	2.5	77.9	2	2
A9	1.94	76	1	2
A10	2.33	84	1	3

>TRINITY_DN106910_c1_g1_i12 from sample A4 / Example spliced isoform

CCAGGTACATTGTTAGTGTTTGGCGTATCTTGTTTGCTAAAGTTTTTATATTTAGCAAATGTTTATGCCATTTCTCATTTGTAAACAAGTTTATATTGATGGTTCAAATCTACGTGAAATGACATAAATGGCTGATTTCCTTTTCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCA
AGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGG
TGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

>TRINITY_DN106910_c1_g1_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:

GGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGgtagaaatcttttaacttttaaaattattcttgatgatgtagaatctagatacttgtggtccccatactggctgagctt
gaaggtagaaacattgaagactcccttgatttcctcatcacagattgacaaaggattaaccatcactgaaaataacttgcagTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGGTCAATTAA
ATTTTCTTGAGC

Intron 5 GTAGAAATCT ... TAACTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.19	26.8	4	11
A2	20.12	27.8	3	7
A3	21	15.2	3	4
A4	44.72	30	8	24
A5	19.67	28.6	2	7
A6	18.65	57.2	2	13
A7	17.31	106	0	22
A8	17.6	75.2	0	16
A9	23.14	73.4	0	22
A10	19.08	81	0	19

>TRINITY_DN112529_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATCGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCC
ATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCT
CTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATC
CAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCA
TACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGCGTTGAAATCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAAT
CAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAAT
GAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAG
ATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACTCCAGATTATGATACTTGG
CCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCC
ACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGC
AGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGT
CCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGC
GTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACA
ATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAG
ACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCAC

>TRINITY_DN112529_c1_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCATGACTAGAAAGACATAATGAATGTCAGGAGCATTTTAGACTGATTTATGTTACCAGTTTAAATGAAGAGATAAGTAAGATCCCAAGTTTTTGACATCATAATTTTGAGGAATGCGGACATGCTATTTGAGCGTGCTGATATCATAACCTAGCTTGCTATAGTTTTGAATCTTGATCTATGTTGAGCTTATGACATTC
TTTATTTTCAAAGACATATAAGTATTATGAGCCTGAGCTAGTTTAATGATGATAGAGCTGATGTTTTTTATGCTTTTGACAGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGgtagaaatcttttaacttttaaaattattcttgatgatgtagaatctagat
acttgtgactggctgagcttgaaggtagaaacattgaagactcccttgatttcctcatcacagattgacaaaggattaaccatcactgaaaataacttgcagTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACTCCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAA
TCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGT
GCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTC
AAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGC
CAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGT
CCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCT
CCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTC
CTGGTATAGTGGCAC

Intron 6 GTGGGTATTG ... TTGTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.51	33.3	5.3	26
A2	59.18	8.3	3.3	12
A3	21.46	36.8	4.5	10
A4	28.32	30.6	3.8	12
A5	46.97	5.7	0.6	5
A6	3.61	82.2	5.5	3
A7	13.07	68.5	9.9	10
A8	6.25	92.5	6.7	6
A9	10.69	101.5	6.6	12
A10	8.02	71.2	4	6

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTT
CTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTC
GGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAA
GTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAG
ATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACT
GAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTT
GGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACT
GAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAATTTTTAGATGTTTCCAATTTGTGTATCTGAATTTCCTTTAGCTTAATACTGATGTTTTAACGCTAGCATTAGGTTAGAGATGCCCTA
TGCACTCGATATATTTACAATCCCCTTCAGTGCGTTTCATCATCTTTGGAGACTAATATTACTTTCCATTTTCCCTTCTTCCCTCCTTAGTACCTTCCTTCCTTCTAGGACTCTATTAAATCTTAGCAGTACTCGTGGTGAAGTGTAGGTAGTCGACTTAATCAGCTAGATAACTGTGTTAGTCTACAACCATGTCAGTC
GTTGACCTTCTTGGTTGATGACCTTGTTG

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGGTATGTACCA
TAATGCCAAAAAAAATTGGAATTAGTGGCACCCTTTTTGTGTCCTGTTCTATTATTTCTAAGCAGCAAGCTGTTCACACTTCACCTTGATGCTCTTGTCTGCAGATTATTATTATATGTCTTGTTCAATGCCCAGCTTTACATATTTACTATTTAGTATTATGTTTTTAAGATGATCTTGCACTTTAAATACTATTCCAA
GGCTTTTGATTGTAAATGACTATCTCATTCTGGGAAACTTTCAAAACAGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTgtgggtattgtatttttttgttgataaaagaattgtattcaaagattggccttttcattttatttgctaataattttttgtt
catagctaattcactttagatagttcaagttggaattgacagaaatatatgttgtatgtagATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTG
TAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAAAGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACATTGAATGATACACTGTTTTAGATGAGTGTTTCAGTTTTCAAAGTCACC

Intron 7 GTACGCTTCA ... TGTATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.31	109	22	48
A2	22.12	81	13	33
A3	24.71	98	21	43.3
A4	26.42	78	27	29
A5	28.89	48	14	25
A6	17.41	121	18	33
A7	17.95	192	18	66
A8	16.35	110	13	30
A9	21.92	171	28	68
A10	18.65	157	23	49

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTA
TCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTC
CTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAAT
CTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGgtacgcttcacacttctcaaatttgcaaattcctttttatgtcatcatgaccattaataca
tttagtgtcccttgttaaaatattatattttctctagtttataatgtaaagcgaaaatctacatttggaaaattgcaactacaagtcagttataagtgctttagttgccctagttttctcctttctttggtatgttttgaaatctttaatttgttttttcaaggatagatacatctttatgcacctgtgaactgctgtat
aaatattgaatttatattcgggtattctagattgcaccataattaccaaaatgctaaaatttcaacatgatgcacatacatgggtatcttggtacaaagcgtctaagtggatggaatcagcgtagtttgactcggccaagatttgctattcttgccaagtcttagctgatgcaagtattcgcatcatacttggccctgaa
ctcgccactcagatgcatcttctacaagagctggaggaggaggcttcctgcattgtgtgacaactatggtaccctgctaccaacactttctgtgatcattggtacaaaaggagcaagaactaaaatatgaggaagaggaagatgtagttgcggaaattggtagagtgcttgaccctgacaaagaagaagtgaacattgca
ggcaacattgtccaagaggagacttctctcacaaaactcgtcaaggtcacactagctgtaacgccttcctcttcagtggaagagaatgacaaatatcaatattgtgactgtggcacaaacagacctcaggatcccattgggtagttacgagtgatcattactatcaatttctacaacaactctaaggtcaaaggccttga
gaaaggagggaatgacgtggtaccatgtcggtctgtgcaatatataactctatcctacctgtatggctatggttgggatccattgggttgttggttagttgagagttgttggttactcacattaatgactcgtcactaagttagttccacactaatgacttgtaactaagttagttatagaactacttgtattaaaagtg
gttttcccctcttttgtatcatccaatactatgttctttatctcttgtgaattttggccatttccatactgacaccagtgttttcatgtacaggacaaaaggttgactaataccttctaaaaatgcataaaaatgatttcataacaattcgaacagaaaaaaaaaatatttttctttgattcttgattttggggctgcta
tgaattcactgctaattttgaattttcccttctagtacctgtgaaattcttttgtgttgcatatttctctgtgaacactcagacaagggccaggtgatacaacgtaacaacaacattcatttcagcataacttcggtggagaaagtaactggttataccaaacaagttctttggaggaaaaattgatttcagaggataat
cttattggaaaatacagtgtttagggacagttctgaaacattcgttggttctaaaaaaacactagaaaatctcactgttctgaaaaatgctactgtaatttcttgattgttttcttccacaaacttctacagtaatgttttttaaactgtacaataagagttctttatcatttttcccctgcctaagatggttttaggct
tttagcgcatctttccaaatattttggctctcatctcccttatctctattacttggtaaacgtgtatagcaatttagtaatttacatgcttgtgaagtgaatcttatctagtactggttgggacttcggcccaatttgacaagagaatttataatgattggttcgtcttatatttcaatactagattctttgttactaaa
gcatgcgcattttgactaagtgggatccagagctccagtgactggtccttgagttatagtttttcttaacatgggtgaatttatgttgaaacaattattttgctaatattaggcatctatcttgatattccgtatcctaattattttcttgattgccaagctaagggtagtcttccattgttgtactttttgtcaaatcc
tgttgtattccagttttgcaccaacagcagggaggtgcttcataacccgggcaagggagatccctgtgtgtgtgtaactctattcttgttcttgttcttcaatcttgagttgaagacaatctcaattcttcttagagcaatgagaattcattataaaatgttcttctagatctgatggtgtgtcctcggtgtagtctatg
agaaaaatgttcaactttcttctaaactcgtgtttctggccaatgtatgccagGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTT
CTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTC
GGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAA
GTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAG
ATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACT
GAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTT
GGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACT
GAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAATTTTTAGATGTTTCCAATTTGTGTATCTGAATTTCCTTTAGCTTAATACTGATGTTTTAACGCTAGCATTAGGTTAGAGATGCCCTA
TGCACTCGATATATTTACAATCCCCTTCAGTGCGTTTCATCATCTTTGGAGACTAATATTACTTTCCATTTTCCCTTCTTCCCTCCTTAGTACCTTCCTTCCTTCTAGGACTCTATTAAATCTTAGCAGTACTCGTGGTGAAGTGTAGGTAGTCGACTTAATCAGCTAGATAACTGTGTTAGTCTACAACCATGTCAGTC
GTTGACCTTCTTGGTTGATGACCTTGTTG

Intron 8 GTATGTACCA ... TTCAAAACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	33.33	30	15	7
A2	22.73	17	5	7
A3	16.67	25	5	1
A4	17.65	28	6	3
A5	22.22	7	2	0
A6	16.67	60	12	2
A7	21.95	64	18	4
A8	20.37	86	22	1
A9	5.95	79	5	2
A10	26.8	71	26	0

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTT
CTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTC
GGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAA
GTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAG
ATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACT
GAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTT
GGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACT
GAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAATTTTTAGATGTTTCCAATTTGTGTATCTGAATTTCCTTTAGCTTAATACTGATGTTTTAACGCTAGCATTAGGTTAGAGATGCCCTA
TGCACTCGATATATTTACAATCCCCTTCAGTGCGTTTCATCATCTTTGGAGACTAATATTACTTTCCATTTTCCCTTCTTCCCTCCTTAGTACCTTCCTTCCTTCTAGGACTCTATTAAATCTTAGCAGTACTCGTGGTGAAGTGTAGGTAGTCGACTTAATCAGCTAGATAACTGTGTTAGTCTACAACCATGTCAGTC
GTTGACCTTCTTGGTTGATGACCTTGTTG

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGgtatgtacca
taatgccaaaaaaaattggaattagtggcaccctttttgtgtcctgttctattatttctaagcagcaagctgttcacacttcaccttgatgctcttgtctgcagattattattatatgtcttgttcaatgcccagctttacatatttactatttagtattatgtttttaagatgatcttgcactttaaatactattccaa
ggcttttgattgtaaatgactatctcattctgggaaactttcaaaacagCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTGTGGGTATTGTATTTTTTTGTTGATAAAAGAATTGTATTCAAAGATTGGCCTTTTCATTTTATTTGCTAATAATTTTTTGTT
CATAGCTAATTCACTTTAGATAGTTCAAGTTGGAATTGACAGAAATATATGTTGTATGTAGATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTG
TAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAAAGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACATTGAATGATACACTGTTTTAGATGAGTGTTTCAGTTTTCAAAGTCACC

Intron 9 GTGGGTATTG ... TTGTATGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	46.84	30.9	8.1	26
A2	58.44	8.6	4.4	12
A3	22.02	35.7	6.9	10
A4	29.28	29.4	6	12
A5	48.34	5.4	1.3	5
A6	3.86	77.9	10.9	3
A7	14	64.4	15.3	10
A8	6.68	87.4	13.9	6
A9	11.16	97.4	14.1	12
A10	8.66	66.9	6.4	6

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTGATAATAGCGCTTAACGGGAGAATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATGGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGTTTTTCAGGGGAAGGGCT
GAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCA
TTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGT
CGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAA
ATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGA
AATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAG
AAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAAC
TTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATAC
TTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTA
ATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTA
CAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCG
TTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCC
ATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCT
AGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTGATAATAGCGCTTAACGGGAGAATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATGGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAA
CAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATT
TCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAG
TGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTT
TACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTAT
GGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACAT
GGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAG
TCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTT
GGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTT
TTTCCTTgtgggtattgtattttttttgttgataaaagaattgtattcaaagattggccttttcattttatttgctaatatttttttgttcatagctaattcactttagatagttcaagttggaattgacagaaatatatgttgtatgtagATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATA
CTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTGTAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAAAGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACATTGAATGATACACTG
TTTTAGACGAGTGTTTCAGTTTTCAAGGTCACCCAAATAATCAAGCTTGTTATGCATTATATAGGTAAAATAAATTAACATATAAATATTAAAAATGTATTGTAATTGTGACTGTAAAACCAATATTATCATTCTTGGCATCTCTATGTGCTTATGGTGCTACTCAAGTTTTAGATCAAGTAGCACATTGCCTAAACAAA
GGTGCACTCATGCTACCAAATTTCCATAAGTTTTAATACAAGGGCTTTTGCTGATTTCTTGGTCATGCTGTATGCATGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTG
GGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATAC
AGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAAT
TTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTA
CTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGA
AATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

Intron 10 GTAAGAGTTC ... TAACCTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	0	52.8	0	0
A2	7.54	50	1	2
A3	4.27	64	0	2
A4	0	32.8	0	0
A5	13.21	32.2	0	3
A6	8.17	174.8	0	6
A7	3.57	284.6	0	4
A8	5.5	256	0	6
A9	5.33	184.6	0	3
A10	11.53	202.4	5	11

>TRINITY_DN41776_c0_g1_i5 from sample A9 / Example spliced isoform

AATTAGTTGCATGCTTTTTGTGTCCTGTTCTATTATTTCTAAGCAACAAGCTATTCACCTTGATGCTCTTTTCTGCAGATTATTATTATATGTCTTGTTCAATGCCCAGCTTTACATATTTACTATTTAGTATTATGTTTTTAAGATGATCTTGCACTTTAAATACTATTCCAAGGCTTTTGATTGTAAATGACTATCTC
ATTCTGGGAAACTTTCAAAACAGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTGTGGGTATTGTATTTTTTTGTTGATAAAAGAATTGTATTCAAAGATTGGCCTTTTCATTTTATTTGCTAATAATTTTTTGTTCATAGCTAATTCACTTTAGATAGTTC
AAGTTGGAATTGACAGAAATATATGTTGTATGTAGATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTGTAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAA
AGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACATTGAATGATACACTGTTTTAGACGAGTGTTTCAGTTTTCAAGGTCACCCAAATAATCAAGCTTGTTATGCATTATATAGGTAAAATAAATTAACATATAAATATTAAAAATGTATTGTAATTGTGACTGTA
AAACCAATATTATCATTCTTGGCATCTCTATGTGCTTATGGTGCTACTCAAGTTTTAGATCAAGTAGCACATTGCCTAAACAAAGGTGCACTCATGCTACCAAATTTCCATAAGTTTTAATACAAGGGCTTTTGCTGATTTCTTGGTCATGCTGTATGCATGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGC
AAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCT
ACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGG
GGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGAT
TCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAGTCTGCG
AGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTAT
ATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGA

>TRINITY_DN41776_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGgtaagagttcttacatcatgactgaagtttgactatgtcattgggtcagttttgtagtgttctgaattgtttaaactatttcctcagtttggtatttgtaacctgtagGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAG
GTTTGTAAAACTCAAGAGGTTTGTATTTCAAAACAAATAGACCTATGAAGTATATATTTGGTGGGATATATTTAAATTGCATTTTTCGTTCTTGGCAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTC
AAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGT
GAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATT
ATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGA
ATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTG
GGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGA

Intron 11 GTTAGCTTTG ... ATGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.98	73.3	1.1	27
A2	24.49	46.9	0.6	15
A3	22.46	55.6	0.6	16
A4	17.04	29.8	0	6
A5	7.08	13.7	0	1
A6	20.27	207.1	1.7	52
A7	25.3	250.3	4.4	83.7
A8	22.68	312.8	5.6	91
A9	21.17	245.6	2.8	65
A10	22.54	208.6	6.3	60

>TRINITY_DN41507_c0_g3_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

TGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTA
TTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTC
ACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGA
TGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAAC
TAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAG
GTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCA
CAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGG
CAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATATACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCC
CATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAA
GGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTAC
CACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGG
TTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTC
GAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAGTCTGCGAG
GTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATAT
ATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGA

>TRINITY_DN41507_c0_g3_i2 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CCTTCAGCATATACAGTAAACAGgttagctttgttttaaaacgttggaattttttaacttgagtgaaaacatatctgtttatatttatatatctcggggccttaaaatgcttgcagTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTT
TAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTA
AATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTAC
ATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTT
CATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGA

Intron 12 GTAAGCTGTA ... GCTCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	10.42	43	5	2
A2	13.33	39	6	3
A3	8.62	53	5	18
A4	16.67	35	7	0
A5	3.85	25	1	3
A6	18.63	131	30	3
A7	18.44	230	52	11
A8	18.62	201	46	4
A9	19.4	162	39	5
A10	17.2	154	32	7

>TRINITY_DN41027_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTT
TAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAG
AATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGA
GTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATC
TACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGCGTTGAAATCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTT
CTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATC
AAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCG
ACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATATACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCT
ACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATA
CAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATG
CAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGA
TTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCC
TTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTT
TACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATA
TTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAA

>TRINITY_DN41027_c0_g1_i1 from sample A8 / Example unspliced isoform:

CACTGCATCATCCTTTTTTCCTTGTGGGTATTGTATTTTTTTGTTGATAAAAGAATTGTATTCAAAGATTGGCCTTTTCATTTTATTTGCTAATAATTTTTTGTTCATAGCTAATTCACTTTAGATAGTTCAAGTTGGAATTGACAGAAATATATGTTGTATGTAGATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAAC
ATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTGTAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAAAGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACA
TTGAATGATACACTGTTTTAGACGAGTGTTTCAGTTTTCAAGGTCACCCAAATAATCAAGCTTGTTATGCATTATATAGGTAAAATAAATTAACATATAAATATTAAAAATGTATTGTAATTGTGACTGTAAAACCAATATTATCATTCTTGGCATCTCTATGTGCTTATGGTGCTACTCAAGTTTTAGATCAAGTAGCA
CATTGCCTAAACAAAGGTGCACTCATGCTACCAAATTTCCATAAGTTTTAATACAAGGGCTTTTGCTGATTTCTTGGTCATGCTGTATGCATGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCG
AGCCTTGGTCATCTGGGTGgtaagctgtatttatggtggaaatactttccagcaacttttggcctgcacttggccattgtttgctattttttcacaagctctttattgttgaagattttgatattaactttattttgttattttgtgtctttgctctttcagCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAA
TTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGGTTTGTAAAACTCAAGAGGTTTGTATTTCAAAACAAATAGACCTATGAAGTATATATTTGGTGGGATATATTTAAATTGCATTTTTCGTTCTTGGCAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTG
AATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAG
CTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATT
TGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTT
GAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTT
AAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAGATTTGGCTGCACCAGCTGGACTTTTGTCATTGGGCTCACTTTCTTTTGGTGGATCTGTATTAACTGTGCCACACTATATATCTTGATTAAGGAA

Intron 13 GTAAACAAAA ... CTTGATCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	72.84	16.7	9.9	44.8
A2	62.51	28	4	46.7
A3	76.99	9.9	11	33
A4	68.76	23	9.4	50.6
A5	69.49	17	2	38.7
A6	73.29	8	6	22
A7	65.04	23.9	8.9	44.5
A8	60.48	20	2	30.6
A9	71.75	20	16.9	50.7
A10	70.53	17	9	40.7

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGA
GCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTG
CTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAG
CGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGGTCAGTAAATAGTTTAGATTTTTGTAAGACTTTATTATTTGTGGTGTTTTCTGCTGTCTTTGATTACGACTATTACTGACATACTTTGTGATCTTTGGCAGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCT
TTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTATGACTTATTATATCCTTGCAGTTTAAGAAGCAAATGATCACTATGTTCACTTATAGTCTATAGATGTGTTACTGTTTTGATTATTTGTAGTATTAGATGCTCTCCTATTCTATATCTATCAGTGCAAAGTAGTGCCTGGCTGTTAATGTGAAGTTCTAGGTGTGGGTAATCTA
TCTGAAGTTGAACATTAAGCGGCTGTTTGAGTCCAAATGTATGGTTCTGGGGAACATCCTTGCTTATGTTAAAGTCAATATTTTTAAAGTTGCCTGAAAGTAACCAAGTTGCTGGTTGCCAAGGTAGTTCATTTTTGGCTGCAATATATAGCATCTCCAGGTTACCATCCAATTAAAGTCATCTCCAGGATTAAAAAGTG
GCCTTCTTGCCAAGTCTGCAGGCATTCCTCTATGCCAATAAGATTCCAGATACTCTTTTCACTATCTCTACTCGTGGCCCAAGACTTCTAGGTATAGCGCCAGGCTATTCTGACTTTCAAAGGATTTATCATTTTTTATTTACCTCAGCAGCTAGGTTTCATTGCAATGTCTTCATGGTGAAGTGTTGGCCATTCCTTAT
TTTTCCTGTTCATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGgtaaacaaaagagctaaacaagcagatgtcttgagcaactccatcttcagtggccatgcaaagagtcatggtgaaggaag
agatttgggcttgtttagatttgtattgggtttgaacattctattataagcaatccataaatagagcttcagaagattaaagcctcgcaatcttatcccatattctctatatctatcctctcactctctaaattcatttctgtaattcttttttatccgtctctgcccttgatctagTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGTACGCTTCACACTTCTCAAATTTGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACA
TTTAGTGTCCCTTGTTAAAATATTATATTTTCTCTAGTTTATAATGTAAAGCGAAAATCTACATTTGGAAAATTGCAACTACAAGTCAGTTATAAGTGCTTTAGTTGCCCTAGTTTTCTCCTTTCTTTGGTATGTTTTGAAATCTTTAATTTGTTTTTTCAAGGATAGATACATCTTTATGCACCTGTGAACTGCTGTAT
AAATATTGAATTTATATTCGGGTATTCTAGATTGCACCATAATTACCAAAATGCTAAAATTTCAACATGATGCACATACATGGGTATCTTGGTACAAAGCGTCTAAGTGGATGGAATCAGCGTAGTTTGACTCGGCCAAGATTTGCTATTCTTGCCAAGTCTTAGCTGATGCAAGTATTCGCATCATACTTGGCCCTGAA
CTCGCCACTCAGATGCATCTTCTACAAGAGCTGGAGGAGGAGGCTTCCTGCATTGTGTGACAACTATGGTACCCTGCTACCAACACTTTCTGTGATCATTGGTACAAAAGGAGCAAGAACTAAAATATGAGGAAGAGGAAGATGTAGTTGCGGAAATTGGTAGAGTGCTTGACCCTGACAAAGAAGAAGTGAACATTGCA
GGCAACATTGTCCAAGAGGAGACTTCTCTCACAAAACTCGTCAAGGTCACACTAGCTGTAACGCCTTCCTCTTCAGTGGAAGAGAATGACAAATATCAATATTGTGACTGTGGCACAAACAGACCTCAGGATCCCATTGGGTAGTTACGAGTGATCATTACTATCAATTTCTACAACAACTCTAAGGTCAAAGGCCTTGA
GAAAGGAGGGAATGACGTGGTACCATGTCGGTCTGTGCAATATATAACTCTATCCTACCTGTATGGCTATGGTTGGGATCCATTGGGTTGTTGGTTAGTTGAGAGTTGTTGGTTACTCACATTAATGACTCGTCACTAAGTTAGTTCCACACTAATGACTTGTAACTAAGTTAGTTATAGAACTACTTGTATTAAAAGTG
GTTTTCCCCTCTTTTGTATCATCCAATACTATGTTCTTTATCTCTTGTGAATTTTGGCCATTTCCATACTGACACCAGTGTTTTCATGTACAGGACAAAAGGTTGACTAATACCTTCTAAAAATGCATAAAAATGATTTCATAACAATTCGAACAGAAAAAAAAAATATTTTTCTTTGATTCTTGATTTTGGGGCTGCTA
TGAATTCACTGCTAATTTTGAATTTTCCCTTCTAGTACCTGTGAAATTCTTTTGTGTTGCATATTTCTCTGTGAACACTCAGACAAGGGCCAGGTGATACAACGTAACAACAACATTCATTTCAGCATAACTTCGGTGGAGAAAGTAACTGGTTATACCAAACAAGTTCTTTGGAGGAAAAATTGATTTCAGAGGATAAT
CTTATTGGAAAATACAGTGTTTAGGGACAGTTCTGAAACATTCGTTGGTTCTAAAAAAACACTAGAAAATCTCACTGTTCTGAAAAATGCTACTGTAATTTCTTGATTGTTTTCTTCCACAAACTTCTACAGTAATGTTTTTTAAACTGTACAATAAGAGTTCTTTATCATTTTTCCCCTGCCTAAGATGGTTTTAGGCT
TTTAGCGCATCTTTCCAAATATTTTGGCTCTCATCTCCCTTATCTCTATTACTTGGTAAACGTGTATAGCAATTTAGTAATTTACATGCTTGTGAAGTGAATCTTATCTAGTACTGGTTGGGACTTCGGCCCAATTTGACAAGAGAATTTATAATGATTGGTTCGTCTTATATTTCAATACTAGATTCTTTGTTACTAAA
GCATGCGCATTTTGACTAAGTGGGATCCAGAGCTCCAGTGACTGGTCCTTGAGTTATAGTTTTTCTTAACATGGGTGAATTTATGTTGAAACAATTATTTTGCTAATATTAGGCATCTATCTTGATATTCCGTATCCTAATTATTTTCTTGATTGCCAAGCTAAGGGTAGTCTTCCATTGTTGTACTTTTTGTCAAATCC
TGTTGTATTCCAGTTTTGCACCAACAGCAGGGAGGTGCTTCATAACCCGGGCAAGGGAGATCCCTGTGTGTGTGTAACTCTATTCTTGTTCTTGTTCTTCAATCTTGAGTTGAAGACAATCTCAATTCTTCTTAGAGCAATGAGAATTCATTATAAAATGTTCTTCTAGATCTGATGGTGTGTCCTCGGTGTAGTCTATG
AGAAAAATGTTCAACTTTCTTCTAAACTCGTGTTTCTGGCCAATGTATGCCAGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTG
TTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCT
CTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGGTATGTACCA
TAATGCCAAAAAAAATTGGAATTAGTGGCACCCTTTTTGTGTCCTGTTCTATTATTTCTAAGCAGCAAGCTGTTCACACTTCACCTTGATGCTCTTGTCTGCAGATTATTATTATATGTCTTGTTCAATGCCCAGCTTTACATATTTACTATTTAGTATTATGTTTTTAAGATGATCTTGCACTTTAAATACTATTCCAA
GGCTTTTGATTGTAAATGACTATCTCATTCTGGGAAACTTTCAAAACAGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTGTGGGTATTGTATTTTTTTGTTGATAAAAGAATTGTATTCAAAGATTGGCCTTTTCATTTTATTTGCTAATAATTTTTTGTT
CATAGCTAATTCACTTTAGATAGTTCAAGTTGGAATTGACAGAAATATATGTTGTATGTAGATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGGTGAACCTAAATTATAATTAGCAGCGTACATGTCTTGTTTGATCATTGTTTCCTTTGTTCTGTATCTGTAAATCTTTG
TAGAGACATCTTTAAAATTCAGAAAAAGCTTTTCATGACCATGCAAAAAGCAGCAAAATGCTTTCTCTATCCAGTCAGCACAAATGCATGACACATTGAATGATACACTGTTTTAGATGAGTGTTTCAGTTTTCAAAGTCACC

Intron 14 GTGAATGTTC ... CTTGTGATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	9.69	58.9	1.3	6.3
A2	5.89	47.9	1	3
A3	6.98	40	0.7	3
A4	17.79	50.8	3.7	11
A5	7.32	38	2.3	3
A6	13.92	68	0	11
A7	15.93	146	1.7	27.7
A8	7.15	90.8	0	7
A9	8.63	105.8	0.7	10
A10	6.63	112.6	1.3	8

>TRINITY_DN106910_c1_g1_i12 from sample A4 / Example spliced isoform

CCAGGTACATTGTTAGTGTTTGGCGTATCTTGTTTGCTAAAGTTTTTATATTTAGCAAATGTTTATGCCATTTCTCATTTGTAAACAAGTTTATATTGATGGTTCAAATCTACGTGAAATGACATAAATGGCTGATTTCCTTTTCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCA
AGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGG
TGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

>TRINITY_DN106910_c1_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:

AGATTATGTTTCAACGAGATGgtgaatgttctttatgctttttactttcaattgaacaaattatcaagtagcaattaaatacatttgtctatttatctaagtaggaattttgttgacaattgatactttctgcctcttgtgatagGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGAT
ATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCT
TATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

Intron 15 GTTTGTAAAA ... TTCTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.36	88.8	5.3	12.9
A2	7.63	79.8	7	8.8
A3	19.5	98.8	25.2	15.7
A4	10.69	48	6.3	0
A5	12.87	37.9	5.8	5.9
A6	5.31	317.3	18.3	34.5
A7	6.01	469.4	31	40.5
A8	8.51	436.3	42.1	49.3
A9	5.18	373.4	20.8	39.5
A10	8.38	335.4	31.6	31.7

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

CTTGATAATAGCGCTTAACGGGAGAATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATGGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGTTTTTCAGGGGAAGGGCT
GAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCA
TTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGT
CGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAA
ATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGA
AATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAG
AAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAAC
TTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCCACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATAC
TTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGCAGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTA
ATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTA
CAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCG
TTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCC
ATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCT
AGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

>TRINITY_DN117755_c0_g2_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGgtttgtaaaactcaagaggtttgtatttcaaaacaaatagacctatgaagtatatatttggtgggatatatttaaattgcatttttcgttcttggcagCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACC
TTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGTCCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTG
AATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGCGTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTG
GCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACAATTTATTCATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATG
CATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAGACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGACATATTTCATTTGAAGAAAATTTGTAATTATATATATTGATTTTGACAGCTACTACTTAAATGTTGCCAACTACTGAATGATGATAAACAGAAG

Intron 16 GTCAGTAAAT ... TCTTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	30.92	118.1	52.9	30.6
A2	31.75	62.4	29	13.6
A3	31.85	83.5	39	18.4
A4	32.67	79.2	38.4	16.2
A5	27.13	36.7	13.6	8.2
A6	27.79	58	22.3	6.8
A7	23.54	192.4	59.2	13.2
A8	19.73	73.4	18	6.4
A9	25.28	128.6	43.4	16
A10	30.91	131.9	58.9	13.2

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i8 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCCATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAG
AGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCTCTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAG
CAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGA
AATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGG
GTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAA
GAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAATGAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTA
TCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAGATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTC
CTGCTGCAATCTCCTACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACACCAGATTATGATACTTGGCCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAAT
CTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCG

>TRINITY_DN128851_c0_g4_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GGGGGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGA
GCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATCCAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTG
CTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCATACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAG
CGTGTTGAAGTCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGgtcagtaaatagtttagatttttgtaagactttattatttgtggtgttttctgctgtctttgattacgactattactgacatactttgtgatctttggcagTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCT
TTGAATCAGCAGACAAATGAGATAGTATGACTTATTATATCCTTGCAGTTTAAGAAGCAAATGATCACTATGTTCACTTATAGTCTATAGATGTGTTACTGTTTTGATTATTTGTAGTATTAGATGCTCTCCTATTCTATATCTATCAGTGCAAAGTAGTGCCTGGCTGTTAATGTGAAGTTCTAGGTGTGGGTAATCTA
TCTGAAGTTGAACATTAAGCGGCTGTTTGAGTCCAAATGTATGGTTCTGGGGAACATCCTTGCTTATGTTAAAGTCAATATTTTTAAAGTTGCCTGAAAGTAACCAAGTTGCTGGTTGCCAAGGTAGTTCATTTTTGGCTGCAATATATAGCATCTCCAGGTTACCATCCAATTAAAGTCATCTCCAGGATTAAAAAGTG
GCCTTCTTGCCAAGTCTGCAGGCATTCCTCTATGCCAATAAGATTCCAGATACTCTTTTCACTATCTCTACTCGTGGCCCAAGACTTCTAGGTATAGCGCCAGGCTATTCTGACTTTCAAAGGATTTATCATTTTTTATTTACCTCAGCAGCTAGGTTTCATTGCAATGTCTTCATGGTGAAGTGTTGGCCATTCCTTAT
TTTTCCTGTTCATCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC

Intron 17 GTATGAAAAG ... TTTTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	13.86	99.7	16.3	17
A2	11.66	62.4	8.1	8
A3	13.85	72.9	11.9	14
A4	19.44	51.7	12.6	13
A5	11.47	35.3	5.2	5
A6	6.07	83.9	6.6	5
A7	6.09	148.6	11.8	0
A8	5.6	100.1	7.1	2
A9	6.91	112.5	9.9	12
A10	5.99	110.8	8.7	3

>TRINITY_DN112529_c1_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

AATAATTGAAGATAACACCCACATGCCACATCGTTTATTTGCGAGATGGACCACATCTACTCACGCAATCCACAATTTTCATGCAAACAATGAAGTGGGTCCTATCCAAAATGCAAGAGGTTGGAGGTCATGGTCACCGCGCTCAGATTCGTGGCAAGGTAAACAAAAGAGCTAAACAAGCAGATGTCTTGAGCAACTCC
ATCTTCAGTGGCCATGCAAAGAGTCATGGTGAAGGAAGAGATTTGGGCTTGTTTAGATTTGTATTGGGTTTGAACATTCTATTATAAGCAATCCATAAATAGAGCTTCAGAAGATTAAAGCCTCGCAATCTTATCCCATATTCTCTATATCTATCCTCTCACTCTCTAAATTCATTTCTGTAATTCTTTTTTATCCGTCT
CTGCCCTTGATCTAGTTTTTCAGGGGAAGGGCTGAGAGCAATTGGTCATGGAGAATTTAATTTGCTTCCATGGACGGCTTCACAGGGATTTTAGAGCTTCAGATCATTTGGGTTTCAGGCTATAATCATAAGGTCATTTCTTCAAAAAGAGTGAGCATTTTGAAAAGGCCATGGAGTGGGGATATAATCACATTACAATC
CAGACTCCCCAGGTTAAATTGCATGCCACTGCATTAGAAATTGCAGTGGAAGAGTTGCCAGATAAACTGGTTTTTAGTGGATGATTGTCAAGGTGCTGCAGCTAATAAAGGCTGCACTCAATGATGCCGATCGACTCATTCGTTCTAGAAATCCGGAGTTACTGTTATTCTTGTTTTACTAGGGTGGACTTTTGTGGTCA
TACTTCCTTTTATTTCAGTGGATGGTACCATGTCGCGGGTTTAACGAATTATCTACAGAGTTTTCGTTGTCAATTTTCAACTAGCATTTTACCAGCGCGTTGAAATCCTATTTTATTATCTTTACAAGGCCATGGAGCGTTACAAGGTCATAAAAGAGTTGGGGGATGGCACTTATGGAAGTGTATGGAAGGCTTTGAAT
CAGCAGACAAATGAGATAGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATGGAATGTAATCTCTATCAAATAAT
GAAAGAGAGATCTACTCCTCTTTCTGAATCCGAAATTATCAAATTTTGCTATCAAATACTGCAAGGGTTAGCCTATATGCACAGGAATGGTTATTTTCACCGGGACTTAAAACCAGAGAACTTGTTGGTAACAAGGGATTTGATTAAAATTGCGGATTTTGGACTGGCAAGGGAAGTCCTTACCCAACCACCTTATACAG
ATTATGTTTCAACGAGATGGTATCGTGCTCCAGAAGTCCTGCTGCAATCTCCGACATACACCTCTGCAATTGATATGTGGGCAATTGGGGCGATATTGGCAGAACTCTTCACTTTGCATCCTCTCTTTCCTGGCGAAAGTGAACTGGATGAAATTTACAAGATCTGTGGTGTGCTTGGCACTCCAGATTATGATACTTGG
CCCGAAGGCATGCAGCTTGCAGCCTTCAGGAACTTAATCTTTCCCCAGTTTCTACCAGTCAATCTTTCAGTTCTTATTCCCCATGCTAGCCCAGAAGCAATTGATTTGATTGCGCGTCTATGTTCTTGGGACCCTCAGAAGAGGCCAACAGCAGAGCAGGCACTGCATCATCCTTTTTTCCTTATTGGCATGTCTATTCC
ACTTTCTCTTGGAGAACATTTCCAAGATAATACTTGTGCAGCAGAGGTAGATACAAATTTTCATTCCAAAAAAGCACGCAAGGCATGGAATGGGGAAAAAGAATCAGGCATAGAGTGTTACCTCGGATTGTCTCTGGGGCTCAAGCCGAGCCTTGGTCATCTGGGTGCGATGGGATCTCAAGGTGTGGGAGCAGTCAAGC
AGGAATTGGGGTCCTCTCCAAAGTGTCAGAGTAATTCAAAGCAGTCCCTCATGCAGGTGCTAAACTCAAGAGCAATTCTACCACTATTTTCTTCGACCCCCAACCTGAATGAGGTTCCAGTCAAGTCGGTTCCAGTCAAGTCCTCTTTACCTTCAGCATATACAGTAAACAGTCAAGTCATGCGGCCAACAATAGCAGGT
CCACCTGCTGCTGCAGTTACCATTTCTACTCTACAGCCAAGCGTACTTCATGATTTTAAGATCTTTGGATCATCCATGGGGTTGGCTTCACAGTATGGGCAAGGGAGCTTCCCCTTTCAGCTAGATAATCATGTTTAATTCTTGCTGTCTGAATAGAGGAAATTTAAAATGTGTGAAACACAACATTTTAAGCTGATAGC
GTTAGTTCCTATGTGCAATGTATAACAGAACCGTTGTCCATAAAACATGAGCCTTAAATTATGTTTGAGTCATCTGGATTCGAGTATATATGGTTTCTAAATTCATTTGTAAATAGCTCCAACTGAGAGAGCAGGTTTTTGAGGAAGATTGGCAATGAAATTACTGCTGCCATTATTCAGAGTTACTGCTTATGAGAACA
ATTTATTTATGTTACTGTTCTCATAAACAATCCATCTCCAGCATCACCATTTTTACATTTTTGGGTTGCTGAAGTCTGCGAGGTAAGATTGTAATATTAGACCAGTTGAAAGTCATGCAATTTTGGTCACTGAACAAGTTATATGTCAATGCATGTGAGATGAAATCATCATAGAATTGGTTCTTGAATAAGTTCTTTAG
ACTTGTTCGCTTTTCAGAGATGCCATATCTGCTAGTCCTGGTATAGTGGCAC

>TRINITY_DN112529_c1_g1_i4 from sample A2 / Example unspliced isoform:

ATATTGGAGGTGTAACTCAGTGATTCCTAGGTCCAGGATATTATTTTGTAGTAGGTATGCTAGGAATTTTATTACTACACGCTTGAAATAGTTCTCATATTCAATTGCAGTTTAAACTTTAGCATCCCTCTCTCTCCCACCGATTTTAGTTCTTCTACGAAGAGAGTTGAACTTCATTTTAATTTATACTGAATTTCTTA
ATATGAGTTTTATAATTTATTGTCTGGAATCTGGATACCTAGTATCCTTTCTTTAACAAAACAACAGAATTAAGTTTTTAAGTTCTATCATATGTTTTTGGCAGGTAGCTATTAAAAAAATGAAGAGGAAATACTATTTCTGGGAAGAGTGTATGAATCTACGGGAGGTCAAGgtatgaaaagttaaaactactaaatat
aacaattggatatcatgttaaatatcattttgaaatcttctattgattcttctgttttgcaaatattaaatggcaatggtatttatcacggggttgacttttttgagcagTCTCTGCTGAAGTTGAACCATCCCAACATTATCAAGCTGAAGGAGGTCATTAGGGAAAATAATGAACTCTTTTTCATATTTGAATACATG
GTACGCTTCACACTTCTCAAATTCGCAAATTCCTTTTTATGTCATCATGACCATTAATACATTTAGTGTCC