sp|Q84PB3|IF4G1_ORYSJ ----> Eukaryotic translation initiation factor isoform 4G-1
Intron 1 GTACTTATTT ... ATTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.24 | 89 | 33 | 15 |
| A2 | 17.44 | 71 | 27 | 3 |
| A3 | 18.23 | 83 | 23 | 14 |
| A4 | 21.18 | 80 | 27 | 16 |
| A5 | 20 | 44 | 13 | 9 |
| A6 | 13.51 | 64 | 18 | 2 |
| A7 | 8.15 | 124 | 13 | 9 |
| A8 | 11.83 | 41 | 8 | 3 |
| A9 | 13.54 | 99 | 26 | 5 |
| A10 | 9.8 | 161 | 34 | 1 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAG
TTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTC
CCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTAT
TGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGA
AGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCT
AATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCA
AGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTG
CAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTAT
CCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGA
GCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATA
GCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGT
TATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGT
TTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGT
AACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGgtacttatttttttttgacttactttgaaggccaatgattgtgattgagtttgagatttattctgttactgttgttttt
cttttctttgcacttcctgctgattgagttaatattctttgttattgcttaatatagttacaaacatcatagctgtcttgatgtgcgagtaagttatttcatggaatggaattttctagtcatgactgacttggcaacaactggtaaaacctaaaatgaacagtcaactcatcaaccgattaaactaaacaaaatcctca
agaataactagggataatatgagagattaaaagtatacagctcaattcactaatgatttcccaacaccctggacagtttgaattaaaagtctactcctaagatgggttatagtaaccttgaaagctaattctggaaacaacagtaaataatgtaggtgaaaatcgttcaaatacctcccataaactgttgtgccttagct
acttgatgctgaatttgttatgtactgtttgctctgttgcataatattttgccaggtgaactattttttatgtaaatgtagcctgtttactccttagtaagattctaatatccacatgactttagatggttgaagaaaccatagataccatatacaggtatttctgttgaaatctgaatatatggctgtatatggataca
tatgtatctggctgtatttctcttagaatctgaatatacaactgtatatggatacagttgtatgtggccttcttttggctgtatgctcctatagtttggctgtatgtggtatttttcaaatactgatattttgtctcatatcatatatctatgtgttgtacacgtatatagcaagtatggaaaagacatgaaataaatac
tctaaattgtgttctaaactctttaatatctgccatccctctgaaaactaatagaaaaatggatttagttgatgaaaactaaaaaattaacagatggttacagaattgttttttatttgcacaagtttctgtgacgtggcagaatgtggggatccttgaacctgtgttcaatgtagagatgacggaacctgtttccagaa
caactggaagtgcccctcaaatattcatggaacaggaaacagatttatcgaaacatatgtgaattcatataaacacttgaagataaataaaactacctaggaagttaagaaatcagcttacacatgataattaagaataccattcatgattccataaataataaaaacctaaaaactaaaatgataattttatttattta
tttctggctctggctccattttataaaaggattcatgtggtttcttttaatatatttttaaaatataggtcttgtaataattcttctctcatgccaagcttttgcagaaatgggtttgtgtcaggttttggtacattgtcaactcttgtaataaattgcagcaaggttttattgatgtgagacattttgtaaagggtatc
atgggttttttgttattttgttattttaaaattttcatgtcaggccaatctaggcccttttgctcccagacttggttgactaagtgcagaaacaggtttgttatatgactgttttagtgcttgtatgggaacctgtaggccatggaatgtctgggtgtttcatgccttatcaagggttgtctggacgctcctaaacaggt
tggaaacatcttggcattcacctgcaccttgactggctgagaatgtcttcaagtttcagttcctgtcaaggtgctccttgacagactgggaatgttctcaaaccttgtctgggactagctggcaatgttcctaattccagttccactcaaataggaaggttctgtacctgttctgaagctctctggaatgtaggaattca
tgttatgatttgttcctgtgtttcactgttttatccatttatattgtgttggccgagaatgcttgcttttctatttgatataatgtattcattttcttcactttgcagtaggtttttgcactaaggataggatttcattggcatatgcctcttgtagtttttagttttactattcagaaaaataatcactttggtatatg
caaatcacttgagatagccacggctcaaagaaagaatttagtatctggatgcattttctagggagcatattacaatatttatttaaaaattttgtttaatatatttttttgcagttgggaatgactttggcatcagcacttccgtgtaataagcttctgaattttagttttgatcctaagaaatttggattcattttcag
gtttttcagatgcacatttattttttctaattttccatcaaaatgctattgatatagGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGTAAAAACTTAATTCGTCTTCTCTGTGAATCCTGATTACAGTAAA
TGGTTGAAAGATTACTTAACATTAGCCTAATGAGTATTTTAATATGCAGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCT
GAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAA
GCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTC
CTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCA
ACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTT
AGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTC
AAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGT
GTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGA
TATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTA
CCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTT
GAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCT
TTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATG
CACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
Intron 2 GTACTTATTT ... ATTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 27.35 | 89 | 33 | 34 |
| A2 | 24.87 | 71 | 27 | 20 |
| A3 | 21.33 | 83 | 23 | 22 |
| A4 | 24.53 | 80 | 27 | 25 |
| A5 | 23.48 | 44 | 13 | 14 |
| A6 | 20 | 64 | 18 | 14 |
| A7 | 14.78 | 124 | 13 | 30 |
| A8 | 19.61 | 41 | 8 | 12 |
| A9 | 18.18 | 99 | 26 | 18 |
| A10 | 12.97 | 161 | 34 | 14 |
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGCAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCC
CCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGC
GAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATG
CTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTA
AAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGGTTTGTTGCAAAATAATCTCTGTTAGCATCATATAATTAAAAGGTTTATTTGTTTGTTTCTAATAGTATTCAACTTGGGTAAGGTTTAATCATATTCTTTGCACAATCCA
TTTTAATACTTCGTTTGAAGTTTCAGAAGTATTGTTAATCTTTGATTCTCATCCCTGACATTTAAACTTGACACAATTCAAATATCTCACATGGGTAGACTGTACTGTGCTCAAATAGTGCTAAATAACATCTGATACTTGTATTATCCATCAAACAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAA
AATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGA
GATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTG
GGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTA
CTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTT
AAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGA
CACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTT
GATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATAT
TTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAA
CATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATCAATACAAGTTCTTGGCCTTATTCTTCCTGGTTTTATTTATTTATTGGGACAATTTACTGTAATGCAGAGTGATTTTGTTTTTTAAAAGCCTGATGACAAGTATCTATTTTCATGGAAGAACCAACTTTGCTGTTGTAGTTTTTTAATACTCTTAATATTTTGTTTCACTAGTAACATTATATGAATTAACTGTTTT
TTAGATATTATCATGACATAAAGATCATTTGACATTGACATGTTAACACTGAACAGTAATCATTTTGTTGAATATGCAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTATGTGGTTTTTTTATTTGGA
ACTGCCTGATACTCTGATTTATATTGACTAAATGTACATAGTTGTTTTCGGTGTCATGTGGTCAATTTTATATCTTTATTAACAAACTAGAGGTTACGATTAAGAATGTTTGTCTTGTAGTCTATTATACTTGTGATTGATGATCTAAATGGTTTACTTTTTTAAGGAATTCGTTAAGATTGCTCTAATTTTTTGTTCTT
TATTATGTCGTATTTTAACTTTCTAATGCATCATTAGATTTTTATATTTGTCTGTTACATGATACATTTGTGCAGGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATA
TGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGgtacttattttttttttgacttactttgaaggccaatgattgtgattgagtttgagatttattctgttactgttgtttttcttttctttgcacttcc
tgctgattgagttaatattctttgttattgcttaatatagttacaaacatcatagctgtcttgatgtgcgagtaagttatttcatggaatggaattttctagtcatgactgacttggcaacaactggtaaaacctaaaatgaacagtcaactcatcaaccgattaaactaaacaaaatcctcaagaataactagggataa
tatgagagattaaaagtatacagctcaattcactaatgatttcccaacaccctggacagtttgaattaaaagtctactcctaagatgggttatagtaaccttgaaagctaattctggaaacaacagtaaataatgtaggtgaaaatcgttcaaatacctcccataaactgttgtgccttagctacttgatgctgaatttg
ttatgtactgtttgctctgttgcataatattttgccaggtgaactattttttatgtaaatgtagcctgtttactccttagtaagattctaatatccacatgactttagatggttgaagaaaccatagataccatatacaggtatttctgttgaaatctgaatatatggctgtatatggatacatatgtatctggctgtat
ttctcttagaatctgaatatacaactgtatatggatacagttgtatgtggccttcttttggctgtatgctcctatagtttggctgtatgtggtatttttcaaatactgatattttgtctcatatcatatatctatgtgttgtacacgtatatagcaagtatggaaaagacatgaaataaatactctaaattgtgttctaa
actctttaatatctgccatccctctgaaaactaatagaaaaatggatttagttgatgaaaactaacttaaaaaattaacagatggttacagaattgttttttatttgcacaagtttctgtgacgtggcagaatgtggggatccttgaacctgtgttcaatgtagagatgacggaacctgtttccagaacaactggaagtg
cccctcaaatattcatggaacaggaaacagatttatcgaaacatatgtgaattcatataaacacttgaagataaataaaactacctaggaagttaagaaatcagcttacacatgataattaagaataccattcatgattccataaataataaaaacctaaaaactaaaatgataattttatttatttatttctggctctg
gctccattttataaaaggattcatgtggtttcttttaatatatttttaaaatataggtcttgtaataattcttctctcatgccaagcttttgcagaaatgggtttgtgtcaggttttggtacattgtcaactcttgtaataaattgcagcaaggttttattgatgtgagacattttgtaaagggtatcatgggttttttg
ttattttgttattttaaaattttcatgtcaggccaatctaggcccttttgctcccagacttggttgactaagtgcagaaacaggtttgttatatgactgttttagtgcttgtatgggaacctgtaggccatggaatgtctgggtgtttcatgccttatcaagggttgtctggacgctcctaaacaggttggaaacatctt
ggcattcacctgcaccttgactggctgagaatgtcttcaagtttcagttcctgtcaaggtgctccttgacagactgggaatgttctcaaaccttgtctgggactagctggcaatgttcctaattccagttccactcaaataggaaggttctgtacctgttctgaagctctctggaatgtaggaattcatgttatgatttg
ttcctgtgtttcactgttttatccatttatattgtgttggccgagaatgcttgcttttctatttgatataatgtattcattttcttcactttgcagtaggtttttgcactaaggataggatttcattggcatatgcctcttgtagtttttagttttactattcagaaaaataatcactttggtatatgcaaatcacttga
gatagccacggctcaaagaaagaatttagtatctggatgcattttctagggagcatattacaatatttatttaaaaattttgtttaatatatttttttgcagttgggaatgactttggcatcagcacttccgtgtaataagcttctgaattttagttttgatcctaagaaatttggattcattttcaggtttttcagatg
cacatttattttttctaattttccatcaaaatgctattgatatagGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAA
TTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAG
CATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGAT
GCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAA
TAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAA
TACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTC
TTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGC
CTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTC
TAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGAC
AAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTA
TTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTT
TTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTAT
GATGAAATAATC
Intron 3 GTATGTGGTT ... ATTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.98 | 136 | 1 | 70 |
| A2 | 32.64 | 130 | 0 | 63 |
| A3 | 29.85 | 141 | 0 | 60 |
| A4 | 25.86 | 86 | 1 | 30 |
| A5 | 31 | 69 | 0 | 31 |
| A6 | 19.44 | 58 | 1 | 14 |
| A7 | 29.03 | 176 | 0 | 72 |
| A8 | 26.83 | 60 | 0 | 22 |
| A9 | 30.25 | 166 | 0 | 72 |
| A10 | 27.87 | 220 | 0 | 85 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAG
TTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTC
CCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTAT
TGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGA
AGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCT
AATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCA
AGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTG
CAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTAT
CCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGA
GCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATA
GCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGT
TATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGT
TTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGT
AACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGGGTCGTGGTGATATTAATgtatgtggttttttatttggaactgcctgatactctgatttatattgactaaatgtacatatttgttttcggtgtcatgtggtcaattttatatctttattaacaaactagaggttacgattaagaatgtttgtcttgtagtctattatacttgtgattgatgatctaaatggtttactt
ttttaaggaattcgttaagattgctctaattttttgttctttattatgtcgtattttaactttctaatgcatcattagatttttatatttgtctgttacatgatacatttgtgcagGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCC
GAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGG
Intron 4 GTACTTATTT ... ATTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.24 | 89 | 33 | 15 |
| A2 | 17.44 | 71 | 27 | 3 |
| A3 | 18.23 | 83 | 23 | 14 |
| A4 | 21.18 | 80 | 27 | 16 |
| A5 | 20 | 44 | 13 | 9 |
| A6 | 13.51 | 64 | 18 | 2 |
| A7 | 8.15 | 124 | 13 | 9 |
| A8 | 11.83 | 41 | 8 | 3 |
| A9 | 13.54 | 99 | 26 | 5 |
| A10 | 9.8 | 161 | 34 | 1 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAG
TTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTC
CCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTAT
TGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGA
AGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCT
AATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCA
AGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTG
CAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTAT
CCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGA
GCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATA
GCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGT
TATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGT
TTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGT
AACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGgtacttatttttttttttgacttactttgaaggccaatgattgtgattgagtttgagatttattctgttactgttgttt
ttcttttctttgcacttcctgctgattgagttaatattctttgttattgcttaatatagttacaaacatcatagctgtcttgatgtgcgagtaagttatttcatggaatggaattttctagtcatgactgacttggcaacaactggtaaaacctaaaatgaacagtcaactcatcaaccgattaaactaaacaaaatcct
caagaataactagggataatatgagagattaaaagtatacagctcaattcactaatgatttcccaacaccctggacagtttgaattaaaagtctactcctaagatgggttatagtaaccttgaaagctaattctggaaacaacagtaaataatgtaggtgaaaatcgttcaaatacctcccataaactgttgtgccttag
ctacttgatgctgaatttgttatgtactgtttgctctgttgcataatattttgccaggtgaactattttttatgtaaatgtagcctgtttactccttagtaagattctaatatccacatgactttagatggttgaagaaaccatagataccatatacaggtatttctgttgaaatctgaatatatggctgtatatggata
catatgtatctggctgtatttctcttagaatctgaatatacaactgtatatggatacagttgtatgtggccttcttttggctgtatgctcctatagtttggctgtatgtggtatttttcaaatactgatattttgtctcatatcatatatctatgtgttgtacacgtatatagcaagtatggaaaagacatgaaataaat
actctaaattgtgttctaaactctttaatatctgccatccctctgaaaactaatagaaaaatggatttagttgatgaaaactaacttaaaaaattaacagatggttacagaattgttttttatttgcacaagtttctgtgacgtggcagaatgtggggatccttgaacctgtgttcaatgtagagatgacggaacctgtt
tccagaacaactggaagtgcccctcaaatattcatggaacaggaaacagatttatcgaaacatatgtgaattcatataaacacttgaagataaataaaactacctaggaagttaagaaatcagcttacacatgataattaagaataccattcatgattccataaataataaaaacctaaaaactaaaatgataattttat
ttatttatttctggctctggctccattttataaaaggattcatgtggtttcttttaatatatttttaaaatataggtcttgtaataattcttctctcatgccaagcttttgcagaaatgggtttgtgtcaggttttggtacattgtcaactcttgtaataaattgcagcaaggttttattgatgtgagacattttgtaaa
gggtatcatgggttttttgttattttgttattttaaaattttcatgtcaggccaatctaggcccttttgctcccagacttggttgactaagtgcagaaacaggtttgttatatgactgttttagtgcttgtatgggaacctgtaggccatggaatgtctgggtgtttcatgccttatcaagggttgtctggacgctccta
aacaggttggaaacatcttggcattcacctgcaccttgactggctgagaatgtcttcaagtttcagttcctgtcaaggtgctccttgacagactgggaatgttctcaaaccttgtctgggactagctggcaatgttcctaattccagttccactcaaataggaaggttctgtacctgttctgaagctctctggaatgtag
gaattcatgttatgatttgttcctgtgtttcactgttttatccatttatattgtgttggccgagaatgcttgcttttctatttgatataatgtattcattttcttcactttgcagtaggtttttgcactaaggataggatttcattggcatatgcctcttgtagtttttagttttactattcagaaaaataatcactttg
gtatatgcaaatcacttgagatagccacggctcaaagaaagaatttagtatctggatgcattttctagggagcatattacaatatttatttaaaaattttgtttaatatatttttttgcagttgggaatgactttggcatcagcacttccgtgtaataagcttctgaattttagttttgatcctaagaaatttggattca
ttttcaggtttttcagatgcacatttattttttctaattttccatcaaaatgctattgatatagGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGTAAAAACTTAATTCGTCTTCTCTGTGAATCCTGATTA
CAGTAAATGGTTGAAAGATTACTTAACATTAGCCTAATGAGTATTTTAATATGCAGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCAT
GTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGA
TGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAG
TCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCC
TGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATG
AAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCT
CTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAA
GCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAG
CAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGAT
GACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAA
TACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAG
AGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTAT
GGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
Intron 5 GTAATAAGCT ... ATTGATATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 68.36 | 13.4 | 20.2 | 22.6 |
| A2 | 27.18 | 21.2 | 2.4 | 9.8 |
| A3 | 47.78 | 18.6 | 3.2 | 17.2 |
| A4 | 69.53 | 9.4 | 7.6 | 19.8 |
| A5 | 44.81 | 13.4 | 3.2 | 11 |
| A6 | 63.41 | 7.8 | 0 | 6.8 |
| A7 | 54.26 | 17.2 | 5.6 | 17.4 |
| A8 | 56.44 | 6.4 | 1 | 6.6 |
| A9 | 34.46 | 17.8 | 0 | 10.2 |
| A10 | 28.56 | 10.6 | 0 | 6.2 |
>TRINITY_DN106923_c0_g1_i2 from sample A2 / Example spliced isoformCCTAAATCCGGGACAAGTGAACTAAAAAAGGTTTTCTTATCAAGATAGAAAACTAAAAGAGATTTAATTCCGTGGTTAGACATAACAAAGTAACAATTAGAGTTAATCGGTATTTAAGTAAGTGTGAATGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTG
GAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTCGTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTG
GTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTCTTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCT
CAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAG
CTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGG
AGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCC
GGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAG
CATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATT
GTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAG
ATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTG
GACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGT
AATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTT
CTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGA
ACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTC
AAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAAT
GGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTT
CTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGA
CAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAAT
TGTTGTCCGTTTGTCAATGTCTTGATGCTGTCAATGTTCATTTACTTCCTTTTTGAGCTCCAGATTTTGCACCAAGTTCATGCATTGATATTTTAGAATATTCAAC
>TRINITY_DN106923_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:CATCAGCACTTCCGTgtaataagcttctgaattttagttttgatcctaagaaatttggattcattttcaggtttttcagatgcacatttattttttctaattttccatcaaaatgctattgatatagGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGG
ATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACA
GCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAG
GCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCC
TAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGT
GCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCC
AAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAAC
CATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGAT
TACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCT
CGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTT
GAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGA
ACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAAT
GGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACAT
GTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCGTTTGTCAATGTCTTGATGCTGTCAATGTTCATTTACTTCCTTTTTGAGCTCCAGATTTTGCACCAAGTTCATGCATTGATATTTTAGAATATTCAAC
Intron 6 GTAAACATTC ... TATGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.76 | 30 | 1 | 7 |
| A2 | 16.13 | 26 | 3 | 7 |
| A3 | 20 | 30 | 6 | 9 |
| A4 | 27.27 | 20 | 7 | 8 |
| A5 | 11.76 | 15 | 2 | 2 |
| A6 | 0 | 25 | 0 | 0 |
| A7 | 0 | 55 | 0 | 0 |
| A8 | 2.86 | 17 | 1 | 0 |
| A9 | 0 | 37 | 0 | 0 |
| A10 | 0 | 50 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i5 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGGTAAGCAAAGCAACCCTTTACTTTGGATTTTTTCCGGATCTGGGTTTTTCTTTCCTAGGTTTTTCCTAGCTACCTATT
CACCGCCCACAATAAAATATAAGTTTTTTTTTCTCTTTCTGCACCCCATCTGTACGAATAGAGGGTTTCGAACGATCTTGAGGTTTGGGGTTTTTTCCCTTGCCGCCCTCTTGTGATTATATTGACAGATCATGTTCATCTTGCCCTTCCAATAAAGTGTGTTTTCTCTTCTTATATGCCATACCGTGGATTCAAGGTTT
GAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGA
TTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTC
TAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTG
TTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATC
TGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAA
AACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCT
GAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACA
TGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGC
CGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGT
GTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTAT
TGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAG
GAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAA
AGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGC
TGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAG
CCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGGTAAGCAAAGCAACCCTTTACTTTGGATTTTTTCCGGATCTGGGTTTTTCTTTCCTAGGTTTTTCCTAGCTACCTATT
CACCGCCCACAATAAAATATAAGTTTTTTTTTCTCTTTCTGCACCCCATCTGTACGAATAGAGGGTTTCGAACGATCTTGAGGTTTGGGGTTTTTTCCCTTGCCGCCCTCTTGTGATTATATTGACAGATCATGTTCATCTTGCCCTTCCAATAAAGTGTGTTTTCTCTTCTTATATGCCATgtaaacattcaaaacctt
attttgcttttttggggttttgggtatgcctgcgtcttatcaaatgaatattctgatcagttctattaggatggtatttttcttcatctttggtattaaccgatttattatgacggattgctgggattgttgtattagatccgatggtgttatgttccccaacatggtttgttggcaatatatagtctaattgattttga
atcaaatacaaaaacctctgtatttttaaagacttatatacttactgcatatcactgaatgctcacctttttcttcaaactgttgtgatattctgtcttgtatagtgttaacatgctgtatatattgttggcagcatattgaggcaaaaaggttacctaaatacctgtatgcatcaacatccatcagaaatatactgaaa
acaatgatgaggcacatcgtgggattgagtcagggcttggattgtgtattcattagggctgagaaaaggaaacttactgtaccttacgattcactaaacttaggtgtctatacaatatatttgatcatactcgttttttctttgacataccataatatgtttacttatttttttattcttcccaaatgtacgagtgtttg
atttctagtatgtttcctatcacggtgttctgtatttgatgttctatttaaacaaactcacgttttgggaagttgtcgtcgagtatagggagttgtcaacgccttactatctttgttctgacattaaaacagcgacttcttgtggttgcgtaagtggcttattttgaagttcaatttcgctttcttggacaacgatgttt
tcctatgatatatatcctttgtcaagattctgatgcattagacttgttttggattaggttggaattgttttgatttgtattgtgagcatcacattttttctcgtgagatctttcaatcgtagtttttcaattcacatttacattaccttggttgtttatttttcattttgctgttgttgcacactaggaaccttttaaat
attaacgttccttttctcttttctcagtagttctaagatatttactttttttcttttcttttccatgtctgtttttcattttgtttttgcatatagtggataggggcaaaatatttggaaatcactactaagtgatgccttttgacttttgcaatgtttataagagattaaagaaatgaggagatttatatttcttgtta
ccattgtcacagtctaaaacaaccttttccattcattgtataaactaggcagaatgaatgaagaatttggaattttgttgtttgttccagttggcatgtatagttgtatccctttttaactcaagcttgcatttaagtgtatacctgtatgttacagACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATA
CACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGTGTGATTCATTCCTCCCATTATTAAAATCTCAATATGAAGTTTTAACTTTTAAGTTTCGACTTATGTATCACAGCTTATTTCAATAGATATACTGTATACATGGTAGTATCTACTCTTTTTTATTTTTTTTCAATAACAAAAATGGCTATATTTTGTATTAGAGAAGTGC
TGCAGCCATGCTGGT
Intron 7 GTTTGTTGCA ... CATCAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 24.63 | 179 | 73 | 44 |
| A2 | 26.54 | 137 | 46 | 53 |
| A3 | 22.31 | 155 | 49 | 40 |
| A4 | 23.53 | 117 | 36 | 36 |
| A5 | 21.48 | 106 | 28 | 30 |
| A6 | 20.13 | 127 | 23 | 41 |
| A7 | 24.84 | 230 | 63 | 89 |
| A8 | 22.87 | 113 | 29 | 38 |
| A9 | 23.42 | 242 | 69 | 79 |
| A10 | 21.47 | 267 | 77 | 69 |
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i1 from sample A1 / Example spliced isoformGGCAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCC
CCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGC
GAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATG
CTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTA
AAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCG
TCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGAT
CAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGT
TTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTAT
TCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCT
GTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATC
GATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCT
TACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTT
TTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTC
CTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGCAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCC
CCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGC
GAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATG
CTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTA
AAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGgtttgttgcaaaataatctctgttagcatcatataattaaaaggtttatttgtttgtttctaatagtattcaacttgggtaaggtttaatcatattctttgcacaatcca
ttttaatacttcgtttgaagtttcagaagtattgttaatctttgattctcatccctgacatttaaacttgacacaattcaaatatctcacatgggtagactgtactgtgctcaaatagtgctaaataacatctgatacttgtattatccatcaaacagCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAA
AATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGA
GATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTG
GGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTA
CTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTT
AAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGA
CACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTT
GATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATAT
TTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAA
CATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
Intron 8 GTAAAAACTT ... TAATATGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 19.18 | 162.1 | 9.5 | 40.8 |
| A2 | 20.39 | 119.4 | 2.8 | 33.3 |
| A3 | 24.12 | 134.3 | 11.8 | 45.8 |
| A4 | 20.99 | 123 | 8.8 | 35.8 |
| A5 | 23.45 | 83.6 | 9.5 | 27.5 |
| A6 | 23.07 | 64.9 | 1.5 | 21.8 |
| A7 | 21.24 | 140 | 5.8 | 41.5 |
| A8 | 24.27 | 43.1 | 2.3 | 15.3 |
| A9 | 21.69 | 117.1 | 4.5 | 36 |
| A10 | 23.31 | 179 | 0.8 | 59.8 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAG
TTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTC
CCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTAT
TGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGA
AGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCT
AATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCA
AGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTG
CAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTAT
CCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGA
GCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATA
GCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGT
TATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGT
TTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGT
AACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGTACTTATTTTTTTTTGACTTACTTTGAAGGCCAATGATTGTGATTGAGTTTGAGATTTATTCTGTTACTGTTGTTTTT
CTTTTCTTTGCACTTCCTGCTGATTGAGTTAATATTCTTTGTTATTGCTTAATATAGTTACAAACATCATAGCTGTCTTGATGTGCGAGTAAGTTATTTCATGGAATGGAATTTTCTAGTCATGACTGACTTGGCAACAACTGGTAAAACCTAAAATGAACAGTCAACTCATCAACCGATTAAACTAAACAAAATCCTCA
AGAATAACTAGGGATAATATGAGAGATTAAAAGTATACAGCTCAATTCACTAATGATTTCCCAACACCCTGGACAGTTTGAATTAAAAGTCTACTCCTAAGATGGGTTATAGTAACCTTGAAAGCTAATTCTGGAAACAACAGTAAATAATGTAGGTGAAAATCGTTCAAATACCTCCCATAAACTGTTGTGCCTTAGCT
ACTTGATGCTGAATTTGTTATGTACTGTTTGCTCTGTTGCATAATATTTTGCCAGGTGAACTATTTTTTATGTAAATGTAGCCTGTTTACTCCTTAGTAAGATTCTAATATCCACATGACTTTAGATGGTTGAAGAAACCATAGATACCATATACAGGTATTTCTGTTGAAATCTGAATATATGGCTGTATATGGATACA
TATGTATCTGGCTGTATTTCTCTTAGAATCTGAATATACAACTGTATATGGATACAGTTGTATGTGGCCTTCTTTTGGCTGTATGCTCCTATAGTTTGGCTGTATGTGGTATTTTTCAAATACTGATATTTTGTCTCATATCATATATCTATGTGTTGTACACGTATATAGCAAGTATGGAAAAGACATGAAATAAATAC
TCTAAATTGTGTTCTAAACTCTTTAATATCTGCCATCCCTCTGAAAACTAATAGAAAAATGGATTTAGTTGATGAAAACTAAAAAATTAACAGATGGTTACAGAATTGTTTTTTATTTGCACAAGTTTCTGTGACGTGGCAGAATGTGGGGATCCTTGAACCTGTGTTCAATGTAGAGATGACGGAACCTGTTTCCAGAA
CAACTGGAAGTGCCCCTCAAATATTCATGGAACAGGAAACAGATTTATCGAAACATATGTGAATTCATATAAACACTTGAAGATAAATAAAACTACCTAGGAAGTTAAGAAATCAGCTTACACATGATAATTAAGAATACCATTCATGATTCCATAAATAATAAAAACCTAAAAACTAAAATGATAATTTTATTTATTTA
TTTCTGGCTCTGGCTCCATTTTATAAAAGGATTCATGTGGTTTCTTTTAATATATTTTTAAAATATAGGTCTTGTAATAATTCTTCTCTCATGCCAAGCTTTTGCAGAAATGGGTTTGTGTCAGGTTTTGGTACATTGTCAACTCTTGTAATAAATTGCAGCAAGGTTTTATTGATGTGAGACATTTTGTAAAGGGTATC
ATGGGTTTTTTGTTATTTTGTTATTTTAAAATTTTCATGTCAGGCCAATCTAGGCCCTTTTGCTCCCAGACTTGGTTGACTAAGTGCAGAAACAGGTTTGTTATATGACTGTTTTAGTGCTTGTATGGGAACCTGTAGGCCATGGAATGTCTGGGTGTTTCATGCCTTATCAAGGGTTGTCTGGACGCTCCTAAACAGGT
TGGAAACATCTTGGCATTCACCTGCACCTTGACTGGCTGAGAATGTCTTCAAGTTTCAGTTCCTGTCAAGGTGCTCCTTGACAGACTGGGAATGTTCTCAAACCTTGTCTGGGACTAGCTGGCAATGTTCCTAATTCCAGTTCCACTCAAATAGGAAGGTTCTGTACCTGTTCTGAAGCTCTCTGGAATGTAGGAATTCA
TGTTATGATTTGTTCCTGTGTTTCACTGTTTTATCCATTTATATTGTGTTGGCCGAGAATGCTTGCTTTTCTATTTGATATAATGTATTCATTTTCTTCACTTTGCAGTAGGTTTTTGCACTAAGGATAGGATTTCATTGGCATATGCCTCTTGTAGTTTTTAGTTTTACTATTCAGAAAAATAATCACTTTGGTATATG
CAAATCACTTGAGATAGCCACGGCTCAAAGAAAGAATTTAGTATCTGGATGCATTTTCTAGGGAGCATATTACAATATTTATTTAAAAATTTTGTTTAATATATTTTTTTGCAGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGTAATAAGCTTCTGAATTTTAGTTTTGATCCTAAGAAATTTGGATTCATTTTCAG
GTTTTTCAGATGCACATTTATTTTTTCTAATTTTCCATCAAAATGCTATTGATATAGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGgtaaaaacttaattcgtcttctctgtgaatcctgattacagtaaa
tggttgaaagattacttaacattagcctaatgagtattttaatatgcagGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCT
GAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAA
GCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTC
CTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCA
ACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTT
AGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTC
AAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGT
GTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGA
TATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTA
CCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTT
GAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCT
TTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATG
CACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
Intron 9 GTAAGCAAAG ... TATGTTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 26.83 | 150 | 55 | 7 |
| A2 | 26.54 | 155 | 56 | 7 |
| A3 | 26.15 | 192 | 68 | 9 |
| A4 | 31.22 | 130 | 59 | 8 |
| A5 | 24.14 | 88 | 28 | 2 |
| A6 | 21.77 | 97 | 27 | 0 |
| A7 | 21.52 | 237 | 65 | 0 |
| A8 | 21.69 | 65 | 18 | 0 |
| A9 | 22.84 | 179 | 53 | 0 |
| A10 | 28.31 | 276 | 109 | 0 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAG
TTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTC
CCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTAT
TGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGA
AGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCT
AATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCA
AGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTG
CAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTAT
CCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGA
GCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATA
GCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGT
TATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGT
TTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGT
AACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i8 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGgtaagcaaagcaaccctttactttggattttttccggatctgggtttttctttcctaggtttttcctagctacctatt
caccgcccacaataaaatataagtttttttttctctttctgcaccccatctgtacgaatagagggtttcgaacgatcttgaggtttggggttttttcccttgccgccctcttgtgattatattgacagatcatgttcatcttgcccttccaataaagtgtgttttctcttcttatatgccatgtaaacattcaaaacctt
attttgcttttttggggttttgggtatgcctgcgtcttatcaaatgaatattctgatcagttctattaggatggtatttttcttcatctttggtattaaccgatttattatgacggattgctgggattgttgtattagatccgatggtgttatgttccccaacatggtttgttggcaatatatagtctaattgattttga
atcaaatacaaaaacctctgtatttttaaagacttatatacttactgcatatcactgaatgctcacctttttcttcaaactgttgtgatattctgtcttgtatagtgttaacatgctgtatatattgttggcagcatattgaggcaaaaaggttacctaaatacctgtatgcatcaacatccatcagaaatatactgaaa
acaatgatgaggcacatcgtgggattgagtcagggcttggattgtgtattcattagggctgagaaaaggaaacttactgtaccttacgattcactaaacttaggtgtctatacaatatatttgatcatactcgttttttctttgacataccataatatgtttacttatttttttattcttcccaaatgtacgagtgtttg
atttctagtatgtttcctatcacggtgttctgtatttgatgttctatttaaacaaactcacgttttgggaagttgtcgtcgagtatagggagttgtcaacgccttactatctttgttctgacattaaaacagcgacttcttgtggttgcgtaagtggcttattttgaagttcaatttcgctttcttggacaacgatgttt
tcctatgatatatatcctttgtcaagattctgatgcattagacttgttttggattaggttggaattgttttgatttgtattgtgagcatcacattttttctcgtgagatctttcaatcgtagtttttcaattcacatttacattaccttggttgtttatttttcattttgctgttgttgcacactaggaaccttttaaat
attaacgttccttttctcttttctcagtagttctaagatatttactttttttcttttcttttccatgtctgtttttcattttgtttttgcatatagtggataggggcaaaatatttggaaatcactactaagtgatgccttttgacttttgcaatgtttataagagattaaagaaatgaggagatttatatttcttgtta
ccattgtcacagtctaaaacaaccttttccattcattgtataaactaggcagaatgaatgaagaatttggaattttgttgtttgttccagttggcatgtatagttgtatccctttttaactcaagcttgcatttaagtgtatacctgtatgttacagACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATA
CACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGTGTGATTCATTCCTCCCATTATTAAAATCTCAATATGAAGTTTTAACTTTTAAGTTTCGACTTATGTATCACAGCTTATTTCAATAGATATACTGTATACATGGTAGTATCTACTCTTTTTTATTTTTTTTCAATAACAAAAATGGCTATATTTTGTATTAGAGAAGTGC
TGCAGCCATGCTGGT
Intron 10 GTTGGTTTCT ... TGATTTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 28.92 | 145 | 11.8 | 59 |
| A2 | 22.98 | 124 | 15.2 | 37 |
| A3 | 23.34 | 118.3 | 14 | 36 |
| A4 | 25.91 | 143 | 19.2 | 50 |
| A5 | 19.39 | 79 | 8.8 | 19 |
| A6 | 22.13 | 144.3 | 28.8 | 41 |
| A7 | 20 | 196 | 23.8 | 49 |
| A8 | 23.27 | 122 | 14 | 37 |
| A9 | 22.16 | 193.3 | 17.4 | 55 |
| A10 | 16.8 | 203 | 22.2 | 41 |
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i3 from sample A1 / Example spliced isoformTATCAATACAAGTTCTTGGCCTTATTCTTCCTGGTTTTATTTATTTATTGGGACAATTTACTGTAATGCAGAGTGATTTTGTTTTTTAAAAGCCTGATGACAAGTATCTATTTTCATGGAAGAACCAACTTTGCTGTTGTAGTTTTTTAATACTCTTAATATTTTGTTTCACTAGTAACATTATATGAATTAACTGTTTT
TTAGATATTATCATGACATAAAGATCATTTGACATTGACATGTTAACACTGAACAGTAATCATTTTGTTGAATATGCAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTATGTGGTTTTTTTATTTGGA
ACTGCCTGATACTCTGATTTATATTGACTAAATGTACATAGTTGTTTTCGGTGTCATGTGGTCAATTTTATATCTTTATTAACAAACTAGAGGTTACGATTAAGAATGTTTGTCTTGTAGTCTATTATACTTGTGATTGATGATCTAAATGGTTTACTTTTTTAAGGAATTCGTTAAGATTGCTCTAATTTTTTGTTCTT
TATTATGTCGTATTTTAACTTTCTAATGCATCATTAGATTTTTATATTTGTCTGTTACATGATACATTTGTGCAGGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATA
TGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGTACTTATTTTTTTTTTGACTTACTTTGAAGGCCAATGATTGTGATTGAGTTTGAGATTTATTCTGTTACTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGCACTTCC
TGCTGATTGAGTTAATATTCTTTGTTATTGCTTAATATAGTTACAAACATCATAGCTGTCTTGATGTGCGAGTAAGTTATTTCATGGAATGGAATTTTCTAGTCATGACTGACTTGGCAACAACTGGTAAAACCTAAAATGAACAGTCAACTCATCAACCGATTAAACTAAACAAAATCCTCAAGAATAACTAGGGATAA
TATGAGAGATTAAAAGTATACAGCTCAATTCACTAATGATTTCCCAACACCCTGGACAGTTTGAATTAAAAGTCTACTCCTAAGATGGGTTATAGTAACCTTGAAAGCTAATTCTGGAAACAACAGTAAATAATGTAGGTGAAAATCGTTCAAATACCTCCCATAAACTGTTGTGCCTTAGCTACTTGATGCTGAATTTG
TTATGTACTGTTTGCTCTGTTGCATAATATTTTGCCAGGTGAACTATTTTTTATGTAAATGTAGCCTGTTTACTCCTTAGTAAGATTCTAATATCCACATGACTTTAGATGGTTGAAGAAACCATAGATACCATATACAGGTATTTCTGTTGAAATCTGAATATATGGCTGTATATGGATACATATGTATCTGGCTGTAT
TTCTCTTAGAATCTGAATATACAACTGTATATGGATACAGTTGTATGTGGCCTTCTTTTGGCTGTATGCTCCTATAGTTTGGCTGTATGTGGTATTTTTCAAATACTGATATTTTGTCTCATATCATATATCTATGTGTTGTACACGTATATAGCAAGTATGGAAAAGACATGAAATAAATACTCTAAATTGTGTTCTAA
ACTCTTTAATATCTGCCATCCCTCTGAAAACTAATAGAAAAATGGATTTAGTTGATGAAAACTAACTTAAAAAATTAACAGATGGTTACAGAATTGTTTTTTATTTGCACAAGTTTCTGTGACGTGGCAGAATGTGGGGATCCTTGAACCTGTGTTCAATGTAGAGATGACGGAACCTGTTTCCAGAACAACTGGAAGTG
CCCCTCAAATATTCATGGAACAGGAAACAGATTTATCGAAACATATGTGAATTCATATAAACACTTGAAGATAAATAAAACTACCTAGGAAGTTAAGAAATCAGCTTACACATGATAATTAAGAATACCATTCATGATTCCATAAATAATAAAAACCTAAAAACTAAAATGATAATTTTATTTATTTATTTCTGGCTCTG
GCTCCATTTTATAAAAGGATTCATGTGGTTTCTTTTAATATATTTTTAAAATATAGGTCTTGTAATAATTCTTCTCTCATGCCAAGCTTTTGCAGAAATGGGTTTGTGTCAGGTTTTGGTACATTGTCAACTCTTGTAATAAATTGCAGCAAGGTTTTATTGATGTGAGACATTTTGTAAAGGGTATCATGGGTTTTTTG
TTATTTTGTTATTTTAAAATTTTCATGTCAGGCCAATCTAGGCCCTTTTGCTCCCAGACTTGGTTGACTAAGTGCAGAAACAGGTTTGTTATATGACTGTTTTAGTGCTTGTATGGGAACCTGTAGGCCATGGAATGTCTGGGTGTTTCATGCCTTATCAAGGGTTGTCTGGACGCTCCTAAACAGGTTGGAAACATCTT
GGCATTCACCTGCACCTTGACTGGCTGAGAATGTCTTCAAGTTTCAGTTCCTGTCAAGGTGCTCCTTGACAGACTGGGAATGTTCTCAAACCTTGTCTGGGACTAGCTGGCAATGTTCCTAATTCCAGTTCCACTCAAATAGGAAGGTTCTGTACCTGTTCTGAAGCTCTCTGGAATGTAGGAATTCATGTTATGATTTG
TTCCTGTGTTTCACTGTTTTATCCATTTATATTGTGTTGGCCGAGAATGCTTGCTTTTCTATTTGATATAATGTATTCATTTTCTTCACTTTGCAGTAGGTTTTTGCACTAAGGATAGGATTTCATTGGCATATGCCTCTTGTAGTTTTTAGTTTTACTATTCAGAAAAATAATCACTTTGGTATATGCAAATCACTTGA
GATAGCCACGGCTCAAAGAAAGAATTTAGTATCTGGATGCATTTTCTAGGGAGCATATTACAATATTTATTTAAAAATTTTGTTTAATATATTTTTTTGCAGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGTAATAAGCTTCTGAATTTTAGTTTTGATCCTAAGAAATTTGGATTCATTTTCAGGTTTTTCAGATG
CACATTTATTTTTTCTAATTTTCCATCAAAATGCTATTGATATAGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAA
TTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAG
CATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGGTTTGTTGCAAAATAATC
TCTGTTAGCATCATATAATTAAAAGGTTTATTTGTTTGTTTCTAATAGTATTCAACTTGGGTAAGGTTTAATCATATTCTTTGCACAATCCATTTTAATACTTCGTTTGAAGTTTCAGAAGTATTGTTAATCTTTGATTCTCATCCCTGACATTTAAACTTGACACAATTCAAATATCTCACATGGGTAGACTGTACTGT
GCTCAAATAGTGCTAAATAACATCTGATACTTGTATTATCCATCAAACAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTA
ACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTAT
GGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTT
CCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATA
CCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATT
TGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTG
GAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCA
AGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGA
GCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAA
TGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:AATGGATCCCTAGACGCGAAGAGgttggtttctatctattggcttatattattattggcaatgaagattattccagacttgaaaaacttcttagcatagtggttttctgttcttttcttgttctagtcataggatatccctttgctattatttttgacttgctactgttttgatgatttttagATAAAAGCTAAAACTAT
AAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACA
GTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCT
AGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATC
TTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCA
TAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATT
ATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTAT
CAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGT
ATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
Intron 11 GTACTTATTT ... TTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.9 | 25 | 33 | 30 |
| A2 | 45 | 33 | 27 | 4 |
| A3 | 44.23 | 29 | 23 | 5 |
| A4 | 50.94 | 26 | 27 | 11 |
| A5 | 48.15 | 14 | 13 | 5 |
| A6 | 52.94 | 16 | 18 | 0 |
| A7 | 48.15 | 14 | 13 | 3 |
| A8 | 47.06 | 9 | 8 | 0 |
| A9 | 44.07 | 33 | 26 | 0 |
| A10 | 47.89 | 37 | 34 | 0 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCG
AGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGG
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGgtacttatttttttttttgacttactttgaaggccaatgattgtgattgagtttgagatttattctgttactgttgttt
ttcttttctttgcacttcctgctgattgagttaatattctttgttattgcttaatatagttacaaacatcatagctgtcttgatgtgcgagtaagttatttcatggaatggaattttctagtcatgactgacttggcaacaactggtaaaacctaaaatgaacagtcaactcatcaaccgattaaactaaacaaaatcct
caagaataactagggataatatgagagattaaaagtatacagctcaattcactaatgatttcccaacaccctggacagtttgaattaaaagtctactcctaagatgggttatagtaaccttgaaagctaattctggaaacaacagtaaataatgtaggtgaaaatcgttcaaatacctcccataaactgttgtgccttag
ctacttgatgctgaatttgttatgtactgtttgctctgttgcataatattttgccaggtgaactattttttatgtaaatgtagcctgtttactccttagtaagattctaatatccacatgactttagatggttgaagaaaccatagataccatatacaggtatttctgttgaaatctgaatatatggctgtatatggata
catatgtatctggctgtatttctcttagaatctgaatatacaactgtatatggatacagttgtatgtggccttcttttggctgtatgctcctatagtttggctgtatgtggtatttttcaaatactgatattttgtctcatatcatatatctatgtgttgtacacgtatatagcaagtatggaaaagacatgaaataaat
actctaaattgtgttctaaactctttaatatctgccatccctctgaaaactaatagaaaaatggatttagttgatgaaaactaacttaaaaaattaacagatggttacagaattgttttttatttgcacaagtttctgtgacgtggcagaatgtggggatccttgaacctgtgttcaatgtagagatgacggaacctgtt
tccagaacaactggaagtgcccctcaaatattcatggaacaggaaacagatttatcgaaacatatgtgaattcatataaacacttgaagataaataaaactacctaggaagttaagaaatcagcttacacatgataattaagaataccattcatgattccataaataataaaaacctaaaaactaaaatgataattttat
ttatttatttctggctctggctccattttataaaaggattcatgtggtttcttttaatatatttttaaaatataggtcttgtaataattcttctctcatgccaagcttttgcagaaatgggtttgtgtcaggttttggtacattgtcaactcttgtaataaattgcagcaaggttttattgatgtgagacattttgtaaa
gggtatcatgggttttttgttattttgttattttaaaattttcatgtcaggccaatctaggcccttttgctcccagacttggttgactaagtgcagaaacaggtttgttatatgactgttttagtgcttgtatgggaacctgtaggccatggaatgtctgggtgtttcatgccttatcaagggttgtctggacgctccta
aacaggttggaaacatcttggcattcacctgcaccttgactggctgagaatgtcttcaagtttcagttcctgtcaaggtgctccttgacagactgggaatgttctcaaaccttgtctgggactagctggcaatgttcctaattccagttccactcaaataggaaggttctgtacctgttctgaagctctctggaatgtag
gaattcatgttatgatttgttcctgtgtttcactgttttatccatttatattgtgttggccgagaatgcttgcttttctatttgatataatgtattcattttcttcactttgcagtaggtttttgcactaaggataggatttcattggcatatgcctcttgtagtttttagttttactattcagaaaaataatcactttg
gtatatgcaaatcacttgagatagccacggctcaaagaaagaatttagtatctggatgcattttctagggagcatattacaatatttatttaaaaattttgtttaatatatttttttgcagTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGTAATAAGCTTCTGAATTTTAGTTTTGATCCTAAGAAATTTGGATTCA
TTTTCAGGTTTTTCAGATGCACATTTATTTTTTCTAATTTTCCATCAAAATGCTATTGATATAGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGTAAAAACTTAATTCGTCTTCTCTGTGAATCCTGATTA
CAGTAAATGGTTGAAAGATTACTTAACATTAGCCTAATGAGTATTTTAATATGCAGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCAT
GTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGA
TGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAG
TCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCC
TGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATG
AAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCT
CTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAA
GCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAG
CAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGAT
GACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAA
TACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAG
AGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTAT
GGTTATGCACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC
Intron 12 GTATGTGGTT ... ATTTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 33.98 | 136 | 4 | 70 |
| A2 | 32.64 | 130 | 0 | 63 |
| A3 | 29.85 | 141 | 0 | 60 |
| A4 | 25.86 | 86 | 5 | 30 |
| A5 | 31.96 | 66 | 0 | 31 |
| A6 | 19.44 | 58 | 2 | 14 |
| A7 | 29.27 | 174 | 1 | 72 |
| A8 | 27.85 | 57 | 2 | 22 |
| A9 | 30.25 | 166 | 0 | 72 |
| A10 | 28.05 | 218 | 0 | 85 |
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i7 from sample A1 / Example spliced isoformGGCAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCC
CCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGC
GAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATG
CTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTA
AAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGGTTTGTTGCAAAATAATCTCTGTTAGCATCATATAATTAAAAGGTTTATTTGTTTGTTTCTAATAGTATTCAACTTGGGTAAGGTTTAATCATATTCTTTGCACAATCCA
TTTTAATACTTCGTTTGAAGTTTCAGAAGTATTGTTAATCTTTGATTCTCATCCCTGACATTTAAACTTGACACAATTCAAATATCTCACATGGGTAGACTGTACTGTGCTCAAATAGTGCTAAATAACATCTGATACTTGTATTATCCATCAAACAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAA
AATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGA
GATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTG
GGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTA
CTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTT
AAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGA
CACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTT
GATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATAT
TTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAA
CATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATC
>TRINITY_DN116366_c3_g4_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATCAATACAAGTTCTTGGCCTTATTCTTCCTGGTTTTATTTATTTATTGGGACAATTTACTGTAATGCAGAGTGATTTTGTTTTTTAAAAGCCTGATGACAAGTATCTATTTTCATGGAAGAACCAACTTTGCTGTTGTAGTTTTTTAATACTCTTAATATTTTGTTTCACTAGTAACATTATATGAATTAACTGTTTT
TTAGATATTATCATGACATAAAGATCATTTGACATTGACATGTTAACACTGAACAGTAATCATTTTGTTGAATATGCAGGCATCCGTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATgtatgtggtttttttatttgga
actgcctgatactctgatttatattgactaaatgtacatagttgttttcggtgtcatgtggtcaattttatatctttattaacaaactagaggttacgattaagaatgtttgtcttgtagtctattatacttgtgattgatgatctaaatggtttacttttttaaggaattcgttaagattgctctaattttttgttctt
tattatgtcgtattttaactttctaatgcatcattagatttttatatttgtctgttacatgatacatttgtgcagGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACTTCGTGAAAGCAGAGAATA
TGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGGTACTTATTTTTTTTTTGACTTACTTTGAAGGCCAATGATTGTGATTGAGTTTGAGATTTATTCTGTTACTGTTGTTTTTCTTTTCTTTGCACTTCC
TGCTGATTGAGTTAATATTCTTTGTTATTGCTTAATATAGTTACAAACATCATAGCTGTCTTGATGTGCGAGTAAGTTATTTCATGGAATGGAATTTTCTAGTCATGACTGACTTGGCAACAACTGGTAAAACCTAAAATGAACAGTCAACTCATCAACCGATTAAACTAAACAAAATCCTCAAGAATAACTAGGGATAA
TATGAGAGATTAAAAGTATACAGCTCAATTCACTAATGATTTCCCAACACCCTGGACAGTTTGAATTAAAAGTCTACTCCTAAGATGGGTTATAGTAACCTTGAAAGCTAATTCTGGAAACAACAGTAAATAATGTAGGTGAAAATCGTTCAAATACCTCCCATAAACTGTTGTGCCTTAGCTACTTGATGCTGAATTTG
TTATGTACTGTTTGCTCTGTTGCATAATATTTTGCCAGGTGAACTATTTTTTATGTAAATGTAGCCTGTTTACTCCTTAGTAAGATTCTAATATCCACATGACTTTAGATGGTTGAAGAAACCATAGATACCATATACAGGTATTTCTGTTGAAATCTGAATATATGGCTGTATATGGATACATATGTATCTGGCTGTAT
TTCTCTTAGAATCTGAATATACAACTGTATATGGATACAGTTGTATGTGGCCTTCTTTTGGCTGTATGCTCCTATAGTTTGGCTGTATGTGGTATTTTTCAAATACTGATATTTTGTCTCATATCATATATCTATGTGTTGTACACGTATATAGCAAGTATGGAAAAGACATGAAATAAATACTCTAAATTGTGTTCTAA
ACTCTTTAATATCTGCCATCCCTCTGAAAACTAATAGAAAAATGGATTTAGTTGATGAAAACTAACTTAAAAAATTAACAGATGGTTACAGAATTGTTTTTTATTTGCACAAGTTTCTGTGACGTGGCAGAATGTGGGGATCCTTGAACCTGTGTTCAATGTAGAGATGACGGAACCTGTTTCCAGAACAACTGGAAGTG
CCCCTCAAATATTCATGGAACAGGAAACAGATTTATCGAAACATATGTGAATTCATATAAACACTTGAAGATAAATAAAACTACCTAGGAAGTTAAGAAATCAGCTTACACATGATAATTAAGAATACCATTCATGATTCCATAAATAATAAAAACCTAAAAACTAAAATGATAATTTTATTTATTTATTTCTGGCTCTG
GCTCCATTTTATAAAAGGATTCATGTGGTTTCTTTTAATATATTTTTAAAATATAGGTCTTGTAATAATTCTTCTCTCATGCCAAGCTTTTGCAGAAATGGGTTTGTGTCAGGTTTTGGTACATTGTCAACTCTTGTAATAAATTGCAGCAAGGTTTTATTGATGTGAGACATTTTGTAAAGGGTATCATGGGTTTTTTG
TTATTTTGTTATTTTAAAATTTTCATGTCAGGCCAATCTAGGCCCTTTTGCTCCCAGACTTGGTTGACTAAGTGCAGAAACAGGTTTGTTATATGACTGTTTTAGTGCTTGTATGGGAACCTGTAGGCCATGGAATGTCTGGGTGTTTCATGCCTTATCAAGGGTTGTCTGGACGCTCCTAAACAGGTTGGAAACATCTT
GGCATTCACCTGCACCTTGACTGGCTGAGAATGTCTTCAAGTTTCAGTTCCTGTCAAGGTGCTCCTTGACAGACTGGGAATGTTCTCAAACCTTGTCTGGGACTAGCTGGCAATGTTCCTAATTCCAGTTCCACTCAAATAGGAAGGTTCTGTACCTGTTCTGAAGCTCTCTGGAATGTAGGAATTCATGTTATGATTTG
TTCCTGTGTTTCACTGTTTTATCCATTTATATTGTGTTGGCCGAGAATGCTTGCTTTTCTATTTGATATAATGTATTCATTTTCTTCACTTTGCAGTAGGTTTTTGCACTAAGGATAGGATTTCATTGGCATATGCCTCTTGTAGTTTTTAGTTTTACTATTCAGAAAAATAATCACTTTGGTATATGCAAATCACTTGA
GATAGCCACGGCTCAAAGAAAGAATTTAGTATCTGGATGCATTTTCTAGGGAGCATATTACAATATTTATTTAAAAATTTTGTTTAATATATTTTTTTGCAGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGTAATAAGCTTCTGAATTTTAGTTTTGATCCTAAGAAATTTGGATTCATTTTCAGGTTTTTCAGATG
CACATTTATTTTTTCTAATTTTCCATCAAAATGCTATTGATATAGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAA
TTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCTGAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAG
CATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAAGCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGAT
GCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTCCTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAA
TAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCAACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAA
TACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTTAGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTC
TTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTCAAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGC
CTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGTGTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTC
TAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGATATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGAC
AAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTACCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTA
TTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTTGAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTT
TTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCTTTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTAT
GATGAAATAATC
Intron 13 GTACTTATTT ... TTTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 56.9 | 25 | 33 | 30 |
| A2 | 45 | 33 | 27 | 4 |
| A3 | 44.23 | 29 | 23 | 5 |
| A4 | 50.94 | 26 | 27 | 11 |
| A5 | 48.15 | 14 | 13 | 5 |
| A6 | 52.94 | 16 | 18 | 0 |
| A7 | 48.15 | 14 | 13 | 3 |
| A8 | 47.06 | 9 | 8 | 0 |
| A9 | 44.07 | 33 | 26 | 0 |
| A10 | 47.89 | 37 | 34 | 0 |
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i7 from sample A4 / Example spliced isoformGGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCG
AGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGG
>TRINITY_DN98281_c0_g1_i6 from sample A4 / Example unspliced isoform:GGATTGATTCTTCCTCGTTTCTCATCCTCCCTTCTTCTTCATCTCCTTGTTTCTTTTCCTGGTTGCCTCTGGAGCCCTCTCTTCTTCGCTCCGTGGATTCTTCTCCTGCTGGATTGAATCCATCTATTTATAAATAAACATATATAAACAAAACTTTTTATATAGATAAATATTTTCTTCCATTCAGAGATCGTTCTTTC
GTTCAGGAAGGCTGAGAAGAGCTCTGCCCCTGTACCGCTGCGCTTTCTGAATCGAAGGCTGCCTGCGGGTGGTTCTGTTGTGGAGAGAGGGGTTTGTCTAATCGGGTCGTAGTCGGTGAAGAAGAGAGTTATGCAGGCAGATCAGCCAATCAATTTAAGGCCAGGAGGAGGAGTTAAAGGGCGTTCCTTCGGGCCTCGTC
TTGACTCCGCACTTGTTGGCACCGGCACCGCCTCTGCCGCCACCGCTGCATCTCTTGCCGCAGATGGATCTCAGGGCTTCCGCCCTCATGGAGGACGTTCCACTTTCGGCTCCTCTGCCAAGACCGTGGATTCAAGGTTTGAGAATCATGAGCGCATTCGATATACACGGGAGCAGTTGCTGCAACTTCAAGAGGCATCC
GTGAACATACCTGATGAGATTCACAAGGCTAGACAGGAGATAGAATCAGAGCTTGTCACTGATGACTCAAGCTGGGGTCGTGGTGATATTAATGTACAGGCACAACCTCATATTCGATATGCAGAGCCTGATACTCGTGATTGGCGAGGTCGGTCACCACTACCTGCCCCTGCTCCCGAGGAAAGGCCCTGGGAAACACT
TCGTGAAAGCAGAGAATATGGTCCTCCAATGTCAAAACAACAGGATTCTGGTTATCAGTATGCTCGCCAGGAGCAACTGAACTCACAGTTTTCAAAACATAATGTTTCATCAGCCTCAGGGgtacttatttttttttgacttactttgaaggccaatgattgtgattgagtttgagatttattctgttactgttgttttt
cttttctttgcacttcctgctgattgagttaatattctttgttattgcttaatatagttacaaacatcatagctgtcttgatgtgcgagtaagttatttcatggaatggaattttctagtcatgactgacttggcaacaactggtaaaacctaaaatgaacagtcaactcatcaaccgattaaactaaacaaaatcctca
agaataactagggataatatgagagattaaaagtatacagctcaattcactaatgatttcccaacaccctggacagtttgaattaaaagtctactcctaagatgggttatagtaaccttgaaagctaattctggaaacaacagtaaataatgtaggtgaaaatcgttcaaatacctcccataaactgttgtgccttagct
acttgatgctgaatttgttatgtactgtttgctctgttgcataatattttgccaggtgaactattttttatgtaaatgtagcctgtttactccttagtaagattctaatatccacatgactttagatggttgaagaaaccatagataccatatacaggtatttctgttgaaatctgaatatatggctgtatatggataca
tatgtatctggctgtatttctcttagaatctgaatatacaactgtatatggatacagttgtatgtggccttcttttggctgtatgctcctatagtttggctgtatgtggtatttttcaaatactgatattttgtctcatatcatatatctatgtgttgtacacgtatatagcaagtatggaaaagacatgaaataaatac
tctaaattgtgttctaaactctttaatatctgccatccctctgaaaactaatagaaaaatggatttagttgatgaaaactaaaaaattaacagatggttacagaattgttttttatttgcacaagtttctgtgacgtggcagaatgtggggatccttgaacctgtgttcaatgtagagatgacggaacctgtttccagaa
caactggaagtgcccctcaaatattcatggaacaggaaacagatttatcgaaacatatgtgaattcatataaacacttgaagataaataaaactacctaggaagttaagaaatcagcttacacatgataattaagaataccattcatgattccataaataataaaaacctaaaaactaaaatgataattttatttattta
tttctggctctggctccattttataaaaggattcatgtggtttcttttaatatatttttaaaatataggtcttgtaataattcttctctcatgccaagcttttgcagaaatgggtttgtgtcaggttttggtacattgtcaactcttgtaataaattgcagcaaggttttattgatgtgagacattttgtaaagggtatc
atgggttttttgttattttgttattttaaaattttcatgtcaggccaatctaggcccttttgctcccagacttggttgactaagtgcagaaacaggtttgttatatgactgttttagtgcttgtatgggaacctgtaggccatggaatgtctgggtgtttcatgccttatcaagggttgtctggacgctcctaaacaggt
tggaaacatcttggcattcacctgcaccttgactggctgagaatgtcttcaagtttcagttcctgtcaaggtgctccttgacagactgggaatgttctcaaaccttgtctgggactagctggcaatgttcctaattccagttccactcaaataggaaggttctgtacctgttctgaagctctctggaatgtaggaattca
tgttatgatttgttcctgtgtttcactgttttatccatttatattgtgttggccgagaatgcttgcttttctatttgatataatgtattcattttcttcactttgcagtaggtttttgcactaaggataggatttcattggcatatgcctcttgtagtttttagttttactattcagaaaaataatcactttggtatatg
caaatcacttgagatagccacggctcaaagaaagaatttagtatctggatgcattttctagggagcatattacaatatttatttaaaaattttgtttaatatatttttttgcagTTGGGAATGACTTTGGCATCAGCACTTCCGTGTAATAAGCTTCTGAATTTTAGTTTTGATCCTAAGAAATTTGGATTCATTTTCAG
GTTTTTCAGATGCACATTTATTTTTTCTAATTTTCCATCAAAATGCTATTGATATAGGCTGGATCTACGGCGGCTCTAGTGAAGGCTGCTGTTCCTTGGTCAGCGAGGAGGGGAACCTTGTCAGAAAAGGATAAAGTTTTAAAAACTGTAAAGGGGTAAAAACTTAATTCGTCTTCTCTGTGAATCCTGATTACAGTAAA
TGGTTGAAAGATTACTTAACATTAGCCTAATGAGTATTTTAATATGCAGGATACTAAACAAATTAACCCCGGAAAAGTTTGATGTTCTCAAAGATCAACTAATAAATTCGGGGATTAACACAGCAGACATTCTGCAGGGAGTAATGAGTCTTATTTTTGAAAAGGCAGTGTTGGAACCGACATTTTGCCCCATGTATGCT
GAGTTGTGCCAGGATCTAAGTACAGCACTCCCTCAATTTCCATCTGAAGAATCAGATGGAAAACCAATAGCATTCCGGAGGATTCTTCTTAACACTTGCCAAGAAGCATTTGAAGGTGCAGACAATCTGCGAGCTGAAATCAAACAAATGACGGCCCCAGATCAGGAATCTGAACGCCGTGACAAGGAGAAGATGGTAAA
GCTTCGCACCCTGGGAAATATAAGGCTTATTGGGGAGCTGTTCAAGCAGAAAATGGTACCTGAAAAAATTGTTCATCATTGTATTCAGCATTTGTTAGGCCAGGATGCAAAGTCTCCTCCAGCTGAAGAAAATGTGGAGGCTCTTTGCCATCTTTTCAATACTGTTGGAAAACAGCTTGAAGAAAATCCAAAGTCCCGTC
CTATCATAGATTCTTATTTCGCCCTAATGAAGCAGCTAACTAATAATCAACGCTTGGCATCTCGAATGAGATTCATGGTTCGTGATGTTCTTGAGTTGCGTGCTAATAAATGGATCCCTAGACGCGAAGAGATAAAAGCTAAAACTATAAATGAGATTCATTCAGAAGCTGAACAAAAGCTAGGTTTAAGGCCTGGATCA
ACAAACATGCGCAATGGTCGTGGTGCATCTAATGTTATGGGTATGGGTCCTGGAAACAGTTTTGGTATTGGACGACCTGGAGGTTTGATGCCTGGAATGCCTGGAATACCTATGGGTCGGAAGATGCCTGGGATGCCTGTAACGGACAGTGATGGTTTGGAAGGCTTACATGGTCGAATAGTAAACAAAAATGAAAGTTT
AGTTCCATCACCTGCTCTACATCCAAGTCAAGGTCGTTCCCAAGGACCTGTTTTAAAGCCTTCAGTGGGTAATGCAAGGTTTTTGCCACAGGGCACTGGGGGTTTCTTTTCTGGTAAACCAAGTGCATTACTTCAGAGTTCAGCAGCTAGGACAATGACAGTCTCAGGGCCGAATGCAGGGGCAGCTGAGCCTCTTATTC
AAGGTCTATCTGGAGGAACTAAACCATCTGCAGGTATACCCAAAGTCCAAGAATTGGAGAAAGATAGGTTCTCAGCCCCCATTCCTGTTGTGGAAAAACCTTTAGCCTTGGGAAAATCACCTACTGAGTTAAATAAGAAGACAAAATCTTTGTTGGAGGAGTATTTTAGTGTTCGGGACTGTGAAGAAGCAAAGCTCTGT
GTTCAGGAGTTGAAGTGCCCGGATTACTATCCTGAATTTGTCCGGCAGGCAATCTTGTTAGCTATGGAGAACAGTGAGCGTCATGTTGATCTTGTTGGGCAGCTTCTAGAATTTTTGTATTCTGAAAAGACACTACCTGATAAAATCATAGAAGCTGGACTAATGTCTATTGCTGATGAATTTGATGATACAGCAATCGA
TATACCATTGGCACCAAGATTTCTCGGTGAGCTAGTTGGAAGACTCTGTTTAGCAGGAGCAACAGACTTCAAAGCCCTAAAGGAAATCATGTTAAAGGTGGATGACAAACCAAGGCAAAGGGCAATCTTTGATTCAGCTCTTCGTATTATTAAATCAAGCCAATCTGCAGGAGCATTGGGTGCTCCAAATGATGACCTTA
CCGAATGTGAAAAGATCATCTCTTGAAATAGCCTCTCAAGGTAACCTGTTAATTGGTTTGGGTTTCCAATGGAGATGTGTTGTAACTAGATAGACTTGTGTTGCTATTCCTTGTGCATTCGGTTATATATTTTACTGCGAGTCACTATCAGTTGAAATGGAAAGGAGGAAAGGAGAAGGATGTGAGTGCAGAATACTTTT
GAGAAGTTTAGACACTCTTAATGAACATGTTATTATGAGCTGTATATTTTCCGAGGTCATGAGGTGTTTTCTAATTAGAAGCATTTTAATTGTTTATTAGATCTTTTTTTTGAAGTTTGGAAACAGTGAACATGTTATTATGAAATGTATATTTTTTGGGCTTGTTAGGCTGATTTTTCAATTATTCAATCAGAGCTCCT
TTATTGGGTGTTCTGGTTTAAAATGGGAGTTTGAACAATGCGATTATTCGATACAGCTATACTTTATAGACAACAGCGATGGATATTTGTAGTGAAGATGTTTTATGATGAAATAATCGTAATAGTTGATTGACATTATTTATGGATGTCTGTAGTTGGAATTTTTTTAGCCTGTTGTGTAGTTGGTATTTATGGTTATG
CACACATTTGTATTCTATGAACATGTTTGTAACCACCTCGATCACTATTATACTTTTTTTTAAAATAAATTGTTGTCCC