sp|Q8VYZ0|ORTH2_ARATH ----> E3 ubiquitin-protein ligase ORTHRUS 2


Intron 1 GTTGATTACT ... TATAATGTAG

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A825.883784132
A923.883413107
A1022.5742210123



>TRINITY_DN48532_c0_g2_i4 from sample A10 / Example spliced isoform
TGGTGGGGAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTC
AAAGCCACAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAA
ATTGTGCCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAG
CCGAATCAGAGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGC
CCGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTAT
TCTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATG
CTGGGCAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGATGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGC
AGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGTCAGGATTTATGGGCTA
AATGGGAACCTTTGGTTGAAAGTTGTTTTCCCAACTTGTATTTTCAGGGACATTATCCATTTTGCATAGGTTTTATTTCTGAATTATTATTGCTTAATTACTTGTTCTTTGTCCAGTTCCATGCAGAATTTGTCTTTTTGGTTTGTATGGGATCTTAGTATCAGGTAGTTAACCGTGGATTTATATCTGTTGTCCAATGT
TGAAAGATTGTGTGTATAACTGTGCACTTTTCATGACTATCATATTATTTCAATTTTTTCTTTGTTTGACCTTGGGTTTTGCTGCGTATTTTTACTGTTTCCTTCTGTTGTTTGAGTAATCTTATTTGTAGATGGCATTCATTTCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTC
CTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCTGAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGG
CGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGCCCAAAAGAT
TGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTAATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGATGAATCTTTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAAC
AAGCAGAAGGCCCCGAGGAGCCTAAGGTTGTACCTGCCAACACATTAGAATCCCCTAAAAATACAGGACAAGAGAAGATTATTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAACGTGTGAATGAAAAGCCTTTGAATTCCGATCAAGAAAAGTCCATTAAGGAGCTT
CACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCTGCTAATCGAAAAGTTTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGGAACTGACAACCCAAGTGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTT
GAAGCTACAGAATGCATCTAATGGCAAAATCAAAGGAAAGAATCCCAAGAAGAGAGGAAGAGACACACCTTCAGCGGCCAGAGTTCACAAAACGCGTCGAAAACTTGCTTCTGAAGACGTGAATGCCACATCTTCTGGATGTCCGAAAACACCAACAAGAGTTAACTTAGAGACCGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAG
TTGCATCAGACAGTGACCTTGAGTAAGCCACCAATTATACGGTGGGAACGGATTGCAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATTCATTTTATTGTCGAGCAAATCCATTTGAATTGTTAGGTTACTTTCTTTCAGTCGCTTGTTGCTCTGTAATGTGACCTATTTTGAACCGTCTGGATATCAATGTG
ACATACTCATGCTGGTCGAAGTTCATGACTTCGCTTTTTGTAAATCTCTTATGGATTCATCTTTCTTGGGATCTAGGCTGGTTACAGCTTAAGGTCATTTATGCGACTGCTCTGTTTTTTATTTAGATCGCCAAAATATTTTACGTGA


>TRINITY_DN48532_c0_g2_i5 from sample A10 / Example unspliced isoform:
TACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGCAGACAGAATGGAAT
GCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGATGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTT
GATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGTCAGGATTTATGGGCTAAATGGGAACCTTTGGTTGAA
AGTTGTTTTCCCAACTTGTATTTTCAGGGACATTATCCATTTTGCATAGGTTTTATTTCTGAATTATTATTGCTTAATTACTTGTTCTTTGTCCAGTTCCATGCAGAATTTGTCTTTTTGGTTTGTATGGGATCTTAGTATCAGGTAGTTAACCGTGGATTTATATCTGTTGTCCAATGTTGAAAGATTGTGTGTATAAC
TGTGCACTTTTCATGACTATCATATTATTTCAATTTTTTCTTTGTTTGACCTTGGGTTTTGCTGCGTATTTTTACTGTTTCCTTCTGTTGTTTGAGTAATCTTATTTGTAGATGGCATTCATTTCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGgttgattact
gttgccatgacaactctgaataagtctgttgtcttgcttattttctcatgctctttgcctatacttgctgactgaattttatctgtttatataatgtag
TGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGA
AGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCTGAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGT
AAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGCCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGA




Intron 2 GTCAGGATTT ... TCATTTTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1019.21652154156



>TRINITY_DN45330_c0_g1_i5 from sample A8 / Example spliced isoform
AAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCT
CCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACT
GTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGA
GGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTG
GTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAG
AATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCTGAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTAC
GCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGCCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTAATAAGAT
CTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGATGAATCTTTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCCCGAGGAGCCTAAGGTTGTACCTGCCAACACATTAGAATCCCCTAAAAATACAGGACAAGAGAAGATTATTGAGGTT
GAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAACGTGTGAATGAAAAGCCTTTGAATTCCGATCAAGAAAAGTCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTT
AAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCTGCTAATCGAAAAGTTTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGGAACTGACAACCCAAGTGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGCAAAATCAAAGGAAAGAATCCCAAGAAGAGAGGAAGAGACACACCTTCAGCGGCCAGAGTTCACA
AAACGCGTCGAAAACTTGCTTCTGAAGACGTGAATGCCACATCTTCTGGATGTCCGAAAACACCAACAAGAGTTAACTTAGAGACCGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACCTTGAGTAAGCCACCAATTATACGGTGGGAACGGATTGCAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAAT
TGTAATTCATTTTATTGTCGAGCAAATCCATTTGAATTGTTAGGTTACTTTCTTTCAGTCGCTTGTTGCTCTGTAATGTGACCTATTTTGAACCGTCTGGATATCAATGTGACATACTCATGCTGGTCGAAGTTCATGACTTCGCTTTTTGTAAATCTCTTATGGATTCATCTTTCTTGGGATCTAGGCTGGTTACAGCT
TAAGGTCATTTATGCGACTGCTCTGTTTTTTATTTAGATCGCCAAAATATTTTACGTGTGAGGTTTGCTCTTTAAATTTCATATAAGTTTATGCTTTGATATATATATTTTTGATGTCAAAACGGCTTAGTTTAGTTAGCATGATACATGTTCATCTGAGTGATGGCCATCAAGATTTAAGGCTTGTAAAGTTGATTTGT
GACAATGAGTGTATTTGACCACGTGACATTATAGAAAGTTATCCCTTAGTTGTAATTAATTTCCACAACATAGGGTGGGTTGGATTATACCAAGATCTTTTTGAGTGGCCTTTGTATTTACACTTTTTTATATTATTGTATTATCAGGCTCAGTCGTCA


>TRINITY_DN45330_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:
AAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCT
CCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACT
GTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGA
GGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTG
GTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGgtcaggatttatgggctaaatgggaacctttggttgaaagttgttttcccaacttgtattttcagggacattatccattttgcataggttttatttctgaattattattgcttaattacttgttctttgtccagttccatg
cagaatttgtctttttggtttgtatgggatcttagtatcaggtagttaaccgtggatttatatctgttgtccaatgttgaaagattgtgtatataactgtgcacttttcatgactatcatattatttcaattttttctttgtttgaccttgggttttgctgcgtatttttactgtttccttctgttgtttgagtaatctt
atttgtagatggcattcattttcag
GGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAAT
GGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCTGAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATA
GAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGCCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTAGTGTTGTTTCCTGTGTTCTCCGACCTCTTTTAATGGATGATATAAATGTTTTAAGTACTGAT
TCTGGAAAGAAACGAGTGCTGTTGATTATATGAAGCTCTGAACATTGTCTATATATGTTTGTGGAACATCATTATATTTGGTCTAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTAATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGA




Intron 3 GTCAGGATTT ... ATTTTCTCAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A123.464961524
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A422.09321914
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A1018.886531523



>TRINITY_DN44596_c0_g3_i4 from sample A9 / Example spliced isoform
GAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCCA
CAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTGC
CGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGCGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAATC
AGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCG
ACCCGTTACTGATTTCCAACCTCATCGGACTTCAAATGCAAAAAACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAG
GCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACG
ACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGATGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTA
GTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAAGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACA
GGAATTCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGA
CCCTCCTTCAAGTAGAAAAGCATGTTCTGAAGATGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTG
GGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAA
GAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTTATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGG
AAGGCCTTTGAATGCAGATCATGAAAAATCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAATTATGCTGGTTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCCACTAATCGAAAAGTGTCAGGTCCATCATCTTCAAAGG
CAACTAACAACCCAAATGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGAAAAATCAAAGGAAAGAGTCCCAAGAAGAGGGGAAGGGACACACCTTCTTCAGCGGCCAAAGTTTATAGAACGCGTCGAAAAATTGCTTCTGAAGACATAAATGCCACATCTTCTGGGTGTCCGAAAACACCG
ACAAGAGTTAACTTAGAGACTGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACTTTGAGTAAGCCACCATTTATATGGTGGGAATGGATTGCAAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATAACTGGCCGTTGTTTTAGCAATGTATGGCTTCTTTTGAGATTTCAGATCCAAAAAGTC
TTGATAGGCCTGATATCCTAGATTGAGCAACTTCCTGCAATTGCTTAATTGGGCTTGAATTCCTTAACTGCAGTATGCTCCTGCATATGTAAGCAGTCACACATTGATTCCAATGAAAATCAGTCAGCTGTTTTAAAGAGAAATTGCTTCCGCTAAGAGCTGGTATTTAAATTTACATTTCTTGATTTCCTTTCCAGATC
AGGGTAAATAACCTATTGCAGGATACTCCAACAAAAATGTTGCACTAAAAAAAATGGAAGGACAAGAGCCTTTGCTATTTGTTGTGTATTATTATTCTTTGCTATAGCTCCTTGAATGTTATCTCCACCTTCACCTTCATAGGTTATTGGCCAGAATTGGAAAAACCTCCAAGTTCCCAACTAATTTGAAATCATGTGCA
GAAGGCTCATCTGTAGATTTCACTGTGTTCTTGCTAGGCAAACGATGGGATTTAGAAACATTGAAGGCCAAAAATTGTTTGGGGAATTATATTAGAAGTTTATAAAGGATTAGACTATATCTAGCCATTGTTTTAGCAATGCATGTCTTCTTTTCAGATTTCAGATCCAGAAGGCTTGATAGGCCTGGTATCCTAGATTG
AGCAACTTTGTCCAATTGCTTAATTGGACTTGGATTTCTTAACTACAGTATGCTTCTGCATATGTAAGCAGCCACACATTGATTCAATGAAAATCAGTAAACTGTTTTAAAGAGAAATTTCTTCCACTAAGAGCTGGTATATAAATTTGTATATCTTGACTTTGTTTCCAGACCAGGGTAAATAGCCTATTGCAAGATGT
AAATAGAATTTTGTGGTCTTATTTGAAATTAGTTGGATGCACTAATTTTGACTTGGATGCATAGTTGAGATAGAGTCCATATATGCTGGTATATAAATTTGTATATC


>TRINITY_DN44596_c0_g3_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:
CTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATTCAGgtcaggatttatgggctaaatgggaacctttggttgaaagttgtttttccaacttgtatttt
caggggctttatccattttccttaggttgtatgtttgaattattattgtttaattacttgttctgtgtccagttccatgtggaatttgtctttttggtttgtataggatcttagtatcaagtagttaaccgtggatttatatctggtgtccaatgtggaaagattgtgtatataactgtgcacttttcataactttatta
tataattttttctttgacctgggttttgctacgtattttttctgtttccttctgttgtttgagtaatcttattggtaaaaggcattcattttctcag
GGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATG




Intron 4 GTATTGTCAT ... TTTGGTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
A116.856214780
A215.414399763
A315.6439910741
A414.193759727
A517.721954935
A615.212765940
A716.851073264171
A816.541047283132
A916.63895225132
A1013.28973184114



>TRINITY_DN120622_c0_g1_i7 from sample A2 / Example spliced isoform
GAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCCA
CAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGAGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTGC
CGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAATC
AGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCG
ACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGAC
CTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGA
GACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTT
TGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATTCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGT
TTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCTGAAGAT
GGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGG
TGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGATGAATCTT
TAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCCCGAGGAGCCTAAGGTTGTACCTGCCAACACATTAGAATCCCCTAAAAATACAGGACAAGAGAAGATTATTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAACGTGTGAATGAAAAGCCTTTGAATTCC
GATCAAGAAAAGTCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTTTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCTGCTAATCGAAAAGTTTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGGAACTGACAACCCAAG
TGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGCAAAATCAAAGGAAAGAATCCCAAGAAGAGAGGAAGAGACACACCTTCAGCGGCCAGAGTTCACAAAACGCGTCGAAAACTTGCTTCTGAAGACGTGAATGCCACATCTTCTGGATGTCCGAAAACACCAACAAGAGTTAACTTAGAGA
CCGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACCTTGAGTAAGCCACCAATTATACGGTGGGAACGGATTGCAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATTCATTTTATTGTCGAGCAAATCCATTTGAATTGTTAGGTTACTTTCTTTCAGTCGCTTGTTGCTCTGTAATGTGACCT
ATTTTGAACCGTCTGGATATCAATGTGACATACTCATGCTGGTCGAAGTTCATGACTTCGCTTTTTGTAAATCTCTTATGGATTCATCTTTCTTGGGATCTAGGCTGGTTACAGCTTAAGGTCATTTATGCGACTGCTCTGTTTTTTATTTAGATCGCCAAAATATTTTACGTGTGAGGTTTGCTCTTTAAATTTCATAT
AAGTTTA


>TRINITY_DN120622_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:
GAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCCA
CAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGAGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTGC
CGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAATC
AGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCG
ACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGAC
CTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGA
GACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTT
TGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATTCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGT
TTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGACCCTCCTTCAAGTAGAAAAGCATGTTCTGAAGAT
GGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGG
TGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGgtattgtcatttcctctgttctctgacctcttttaatggctgatataaatgttttaagtactgattctgaaaggaaatgagtgctgttggttatatgaagctctgaacattgtct
atatatgtttgtggaacatcattatatttggtctag
GTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGATGAATCTTTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCCCGAGGAGCC
TAAGGTTGTACCTGCCAACACATTAGAATCCCCTAAAAATACAGGACAAGAGAAGATTATTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAACGTGTGAATGAAAAGCCTTTGAATTCCGATCAAGAAAAGTCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACT
CAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTTTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGC




Intron 5 GTGATGAAAA ... GAAGAAGCAG

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>TRINITY_DN109569_c0_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform
GGGGGGGAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCA
AAGCCACAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAA
TTGTGCCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGC
CGAATCAGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCC
CGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATT
CTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGC
TGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCA
GTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGT
ACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCT
GAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGG
TGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTA
AGATTGGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTTATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGGAAGGCCTTTGAATGCAGATCATGAAAAA
TCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCTGCTAATCGAAAAGTTTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGGAACTGACAACCCAAGTGTTGTATCCAC
AGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGCAAAATCAAAGGAAAGAATCCCAAGAAGAGAGGAAGAGACACACCTTCAGCGGCCAGAGTTCACAAAACGCGTCGAAAACTTGCTTCTGAAGACGTGAATGCCACATCTTCTGGATGTCCGAAAACACCAACAAGAGTTAACTTAGAGACCGCATCTCCTT
CAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACCTTGAGTAAGCCACCAATTATACGGTGGGAACGGATTGCAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATTCATTTTATTGTCGAGCAAATCCATTTGAATTGTTAGGTTACTTTCTTTCAGTCGCTTGTTGCTCTGTAATGTGACCTATTTTGAACCGT
CTGGATATCAATGTGACATACTCATGCTGGTCGAAGTTCATGACTTCGCTTTTTGTAAATCTCTTATGGATTCATCTTTCTTGGGATCTAGGCTGGTTACAGCTTAAGGTCATTTATGCGACTGCTCTGTTTTTTATTTA


>TRINITY_DN109569_c0_g1_i7 from sample A4 / Example unspliced isoform:
GGGGGGGAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCA
AAGCCACAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAA
TTGTGCCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGC
CGAATCAGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCC
CGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATT
CTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGC
TGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCA
GTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGT
ACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAAGCAGTTTCT
GAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGG
TGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGATG
AATCTTTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCCCGAGGAGCCTAAGGTTGTACCTGCCAACACATTAGAATCCCCTAAAAATACAGGACAAGAGAAGATTATTGAGGTTGAAGAAGCAGgtgatgaaaagctccaggaagaagcagGTGATGAAAAGCTCCAGGAACGTGTGAATGAAAAGCCTTTG
AATTCCGATCAAGAAAAGTCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAAATATGATGGCTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCTGCTAATCGAAAAGTTTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGGAACTGACAA
CCCAAGTGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGCAAAATCAAAGGAAAGAATCCCAAGAAGAGAGGAAGAGACACACCTTCAGCGGCCAGAGTTCACAAAACGCGTCGAAAACTTGCTTCTGAAGACGTGAATGCCACATCTTCTGGATGTCCGAAAACACCAACAAGAGTTAACT
TAGAGACCGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACCTTGAGTAAGCCACCAATTATACGGTGGGAACGGATTGCAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATTCATTTTATTGTCGAGCAAATCCATTTGAATTGTTAGGTTACTTTCTTTCAGTCGCTTGTTGCTCTGTAATG
TGACCTATTTTGAACCGTCTGGATATCAATGTGACATACTCATGCTGGTCGAAGTTCATGACTTCGCTTTTTGTAAATCTCTTATGGATTCATCTTTCTTGGGATCTAGGCTGGTTACAGCTTAAGGTCATTTATGCGACTGCTCTGTTTTTTATTTA




Intron 6 GTTATCTTCA ... TGATGTCCAG

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>TRINITY_DN44596_c0_g3_i4 from sample A9 / Example spliced isoform
GAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCCA
CAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTGC
CGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGCGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAATC
AGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCG
ACCCGTTACTGATTTCCAACCTCATCGGACTTCAAATGCAAAAAACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAG
GCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGACCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACG
ACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGATGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTA
GTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAAGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACA
GGAATTCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGA
CCCTCCTTCAAGTAGAAAAGCATGTTCTGAAGATGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTG
GGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAA
GAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTTATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGG
AAGGCCTTTGAATGCAGATCATGAAAAATCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAATTATGCTGGTTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCCACTAATCGAAAAGTGTCAGGTCCATCATCTTCAAAGG
CAACTAACAACCCAAATGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGAAAAATCAAAGGAAAGAGTCCCAAGAAGAGGGGAAGGGACACACCTTCTTCAGCGGCCAAAGTTTATAGAACGCGTCGAAAAATTGCTTCTGAAGACATAAATGCCACATCTTCTGGGTGTCCGAAAACACCG
ACAAGAGTTAACTTAGAGACTGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACTTTGAGTAAGCCACCATTTATATGGTGGGAATGGATTGCAAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATAACTGGCCGTTGTTTTAGCAATGTATGGCTTCTTTTGAGATTTCAGATCCAAAAAGTC
TTGATAGGCCTGATATCCTAGATTGAGCAACTTCCTGCAATTGCTTAATTGGGCTTGAATTCCTTAACTGCAGTATGCTCCTGCATATGTAAGCAGTCACACATTGATTCCAATGAAAATCAGTCAGCTGTTTTAAAGAGAAATTGCTTCCGCTAAGAGCTGGTATTTAAATTTACATTTCTTGATTTCCTTTCCAGATC
AGGGTAAATAACCTATTGCAGGATACTCCAACAAAAATGTTGCACTAAAAAAAATGGAAGGACAAGAGCCTTTGCTATTTGTTGTGTATTATTATTCTTTGCTATAGCTCCTTGAATGTTATCTCCACCTTCACCTTCATAGGTTATTGGCCAGAATTGGAAAAACCTCCAAGTTCCCAACTAATTTGAAATCATGTGCA
GAAGGCTCATCTGTAGATTTCACTGTGTTCTTGCTAGGCAAACGATGGGATTTAGAAACATTGAAGGCCAAAAATTGTTTGGGGAATTATATTAGAAGTTTATAAAGGATTAGACTATATCTAGCCATTGTTTTAGCAATGCATGTCTTCTTTTCAGATTTCAGATCCAGAAGGCTTGATAGGCCTGGTATCCTAGATTG
AGCAACTTTGTCCAATTGCTTAATTGGACTTGGATTTCTTAACTACAGTATGCTTCTGCATATGTAAGCAGCCACACATTGATTCAATGAAAATCAGTAAACTGTTTTAAAGAGAAATTTCTTCCACTAAGAGCTGGTATATAAATTTGTATATCTTGACTTTGTTTCCAGACCAGGGTAAATAGCCTATTGCAAGATGT
AAATAGAATTTTGTGGTCTTATTTGAAATTAGTTGGATGCACTAATTTTGACTTGGATGCATAGTTGAGATAGAGTCCATATATGCTGGTATATAAATTTGTATATC


>TRINITY_DN44596_c0_g3_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:
GAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCCA
CAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTGC
CGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGCGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAATC
AGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGCG
ACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGAC
CTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGGA
GACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGATGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCTT
TGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAAGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATTCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTGT
TTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGgttatcttcacaaactcatcacagtgctttctgacggttattgtcattgttgttttctat
ttagtaaaagttgaaatgatgtttgaactttgaggagttgtagtatataaaatatctgcttattttgatgtccag
GATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGACCCTCCTTCAAGTAGAAAAGCATGTTCTGAAGATGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAG
AGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTG
ATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATTGGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTT
ATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGGAAGGCCTTTGAATGCAGATCATGAAAAATCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAATTATGCTGGTTGATCA
GGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCCACTAATCGAAAAGTGTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGCAACTAACAACCCAAATGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGAAAAATCAAAGGAAAGAGTCCCAAGAAGAGGG
GAAGGGACACACCTTCTTCAGCGGCCAAAGTTTATAGAACGCGTCGAAAAATTGCTTCTGAAGACATAAATGCCACATCTTCTGGGTGTCCGAAAACACCGACAAGAGTTAACTTAGAGACTGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACTTTGAGTAAGCCACCATTTATATGGTGGGAATGGAT
TGCAAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATAACTGGCCGTTGTTTTAGCAATGTATGGCTTCTTTTGAGATTTCAGATCCAAAAAGTCTTGATAGGCCTGATATCCTAGATTGAGCAACTTCCTGCAATTGCTTAATTGGGCTTGAATTCCTTAACTGCAGTATGCTCCTGCATATGTAAGCAGTCA
CACATTGATTCCAATGAAAATCAGTCAGCTGTTTTAAAGAGAAATTGCTTCCGCTAAGAGCTGGTATTTAAATTTACATTTCTTGATTTCCTTTCCAGATCAGGGTAAATAACCTATTGCAGGATACTCCAACAAAAATGTTGCACTAAAAAAAATGGAAGGACAAGAGCCTTTGCTATTTGTTGTGTATTATTATTCTT
TGCTATAGCTCCTTGAATGTTATCTCCACCTTCACCTTCATAGGTTATTGGCCAGAATTGGAAAAACCTCCAAGTTCCCAACTAATTTGAAATCATGTGCAGAAGGCTCATCTGTAGATTTCACTGTGTTCTTGCTAGGCAAACGATGGGATTTAGAAACATTGAAGGCCAAAAATTGTTTGGGGAATTATATTAGAAGT
TTATAAAGGATTAGACTATATCTAGCCATTGTTTTAGCAATGCATGTCTTCTTTTCAGATTTCAGATCCAGAAGGCTTGATAGGCCTGGTATCCTAGATTGAGCAACTTTGTCCAATTGCTTAATTGGACTTGGATTTCTTAACTACAGTATGCTTCTGCATATGTAAGCAGCCACACATTGATTCAATGAAAATCAGTA
AACTGTTTTAAAGAGAAATTTCTTCCACTAAGAGCTGGTATATAAATTTGTATATCTTGACTTTGTTTCCAGACCAGGGTAAATAGCCTATTGCAAGATGTAAATAGAATTTTGTGGTCTTATTTGAAATTAGTTGGATGCACTAATTTTGACTTGGATGCATAGTTGAGATAGAGTCCATATATGCTGGTATATAAATT
TGTATATC




Intron 7 GTTATCTTCA ... TGATGTCCAG

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>TRINITY_DN44630_c0_g2_i6 from sample A6 / Example spliced isoform
GGAAAAAAGAGGAAAAAGCCAAACTGCGTGTGAAGGCTGAGAGCCACTTAGGGGAGAGTAGAATATCCATACATAATTGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCGGTAATCAACTGCAATTATCCAGGTGCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCCTGCAGGTCCCCCATTCAAAGCC
ACAGGGCGATTAGTGGATAGAGAAACCAAGCTTTGAAGTGAAGAGCTCTGGTTTCGATATGTGTTCTTGCGTTATATTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTCACACTCCTGCTGCTGCTGCTGGGGGTGTCTTAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGGTCTGCAAAATTGTG
CCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGTGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGTCTGAACCCTCCTTTGACGGCTACCCCTGCAGGAGATTGGTTCTGTCCCGATTGTTCTCTTCCCACACTGGATAACCAACCTGAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGTGCGCCTGGTGATGATTTGATAAGCCGAAT
CAGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGGAAAAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGATCCTCTAAGCAGCAAGACAGCAGCGGCGGGGTCAAAGGTTCAAATCGGGAGGCCAAGCGAAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCATGCAGTTGCCCGAGC
GACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCCTCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTGATTCCTATTCTGGA
CCTCCACGAGTTTCTACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTGGGAGAATGCTGGGG
AGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAATAAGGAGCAGTCCT
TTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAAGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGGTTTGCCGGTACTTG
TTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCAGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGACCCTCCTTCAAGTAGAAAAGCATGTTCTGAAGA
TGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGAGCGTAGTGGTGTTG
GTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTGAGGGCATTAAGATT
GGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTTATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGGAAGGCC
TTTGAATGCAGATCATGAAAAATCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAATTATGCTGGTTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTCTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCCACTAATCGAAAAGTGTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGCAACTA
ACAACCCAAATGTTGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGAAAAATCAAAGGAAAGAGTCCCAAGAAGAGGGGAAGGGACACACCTTCTTCAGCGGCCAAAGTTTATAGAACGCGTCGAAAAATTGCTTCTGAAGACATAAATGCCACATCTTCTGGGTGTCCGAAAACACCGACAAGA
GTTAACTTAGAGACTGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACTTTGAGTAAGCCACCATTTATATGGTGGGAATGGATTGCAAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATAACTGGCCGTTGTTTTAGCAATGTATGGCTTCTTTTGAGATTTCAGATCCAAAAAGTCTTGATA
GGCCTGATATCCTAGATTGAGCAACTTCCTGCAATTGCTTAATTGGGCTTGAATTCCTTAACTGCAGTATGCTCCTGCATATGTAAGCAGTCACACATTGATTCCAATGAAAATCAGTCAGCTGTTTTAAAGAGAAATTGCTTCCGCTAAGAGCTGGTATTTAAATTTACATTTCTTGATTTCCTTTCCAGATCAGGGTA
AATAACCTATTGCAGGATACTCCAACAAAAATGTTGCACTAAAAAAAATGGAAGGACAAGAGCCTTTGCTATTTGTTGTGTATTATTATTCTTTGCTATAGCTCCTTGAATGTTATCTCCACCTTCACCTTCATAGGTTATTGGCCAGAATTGGAAAAACCTCCAAGTTCCCAACTAATTTGAAATCATGTGCAGAAGGC
TCATCTGTAGATTTCACTGTGTTCTTGCTAGGCAAACGATGGGATTTAGAAACATTGAAGGCCAAAAATTGTTTGGGGAATTATATTAGAAGTTTATAAAGGATTAGACTATATCTAGCCATTGTTTTAGCAATGCATGTCTTCTTTTCAGATTTCAGATCCAGAAGGCTTGATAGGCCTGGTATCCTAGATTGAGCAAC
TTTGTCCAATTGCTTAATTGGACTTGGATTTCTTAACTACAGTATGCTTCTGCATATGTAAGCAGCCACACATTGATTCAATGAAAATCAGTAAACTGTTTTAAAGAGAAATTTCTTCCACTAAGAGCTGGTATATAAATTTGTATATCTTGACTTTGTTTCCAGACCAGGGTAAATAGCCTATTGCAAGATGTAAATAG
AATTTTGTG


>TRINITY_DN44630_c0_g2_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:
TGAACCAGCATGGGATTGGAAGgttatcttcacaaactcgtcacagtactttctgactgttattgtcattgttgtttttctatttagtgaaatttgaatgatgcatgatgtttgaggagttgtagtatataaaaaatatctgcttattttgatgtccagGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGACCCTCCTTCAAGTAG
AAAAGCATGTTCTGAAGATGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACT




Intron 8 GTAGTGTTGT ... TTTGGTCTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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A1016.2972.518843.8



>TRINITY_DN48006_c1_g2_i6 from sample A7 / Example spliced isoform
GAGGAAAAAGCCAAACTGCGGGTGAAGGCCGAGAGCCACTTAGGGGAGAGCAGAATATGCATACATAAATGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCAGTAATTAACTGCAATTATACGTAAATAAATAAATCCAGGGTCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCGTGCAGGTCTCCCAT
ACAAAGCCAAGCCGATTAGTGGATGAGAGAAATCAAGCCTTGAAGTGACGAGCTTTGGTTTTGATCTGTGTTCTTGCGTTTTTTAATTTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTGCCTCGCCTGCTGCTGCTTCTTCTGGGGGTGTCTCAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGC
TTTGCAAAATTGTGCCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGCGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGCCTGAACCCTCCTTTGACGGCTCCCCCTGCAGGAGATTGGTTTTGTCCCGATTGTTCTCATTCCACACTGGATAACCAACCTCAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGCGCGCCTGGTGATGAT
TTGATAAGCCGAATCAGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGAAAGAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGTTCATCCAAGCAGGAAGAGGGCAGCGGCGAGGTCAAAGGCTCAAATCGGGAGGCCAAGCGGAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCAT
GCAGTTGCCCGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCTCCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTG
ATTCCCAATCTGGACCTCCACGAGTTTATACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTG
GGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAA
TAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGAGTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCAGTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAAGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGG
TTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGCGGGGACCGGCCACGCCCTTTACCAGAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGGGGTGGACAAGAGACCCTCCTTCAAGTAGAAAA
GCATGTTCTGAAGATGGGAAGAGATGTAGAGATGGATCTCGGCGTTCTAAGTTTTTAACAATAAAACAGAAGTTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTATTCCACTCTCCACTCCTTGTGGCCATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGA
GCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGACATTACTGATTTTCTTTTAAAACCTCAGGTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGATGATGGTGACGAAGAGGATCAAGATCCGAGTG
AGGGCATTAAGATTGGTGAATCTGTAGATGAAAAGTGTGTAAAGCTGCAACAAGCAGAAGGCCTCGAGGAGCCTAAGGTTATACCTGCCAACACATCAGAATCCCCTAAAAATACAGGACATGAGAAGATTCTTGAGGTTGAAGAAGCAGGTGATGAAAAGCTCCAGGCACATGTGAATGGAAGGCCTTTGAATGCAGAT
CATGAAAAATCCATTAAGGAGCTTCACAGCAAGTATCCTCGTTACTCAGAAGAACTTTTGAAAATTATGCTGGTTGATCAGGATGGTGATTTGAAAGAGCTTGAAGCACTTTTAAAAACATTACAACGCCAAGAGATCAGGGCCACTAATCGAAAAGTGTCAGGTCCATCATCTTCAAAGGCAACTAACAACCCAAATGT
TGTATCCACAGAATCATTACCCTTGAAGCTACAGAATGCATCTAATGGAAAAATCAAAGGAAAGAGTCCCAAGAAGAGGGGAAGGGACACACCTTCTTCAGCGGCCAAAGTTTATAGAACGCGTCGAAAAATTGCTTCTGAAGACATAAATGCCACATCTTCTGGGTGTCCGAAAACACCGACAAGAGTTAACTTAGAGA
CTGCATCTCCTTCAAGTCCGCTTCTAGTTGCATCAGACAGTGACTTTGAGTAAGCCACCATTTATATGGTGGGAATGGATTGCAAAGGCCAAGCACAATGATGCTATTCTATTCAATTGTAATAACTGGCCGTTGTTTTAGCAATGTATGGCTTCTTTTGAGATTTCAGATCCAAAAAGTCTTGATAGGCCTGATATCCT
AGATTGAGCAACTTCCTGCAATTGCTTAATTGGGCTTGAATTCCTTAACTGCAGTATGCTCCTGCATATGTAAGCAGTCACACATTGATTCCAATGAAAATCAGTCAGCTGTTTTAAAGAGAAATTGCTTCCGCTAAGAGCTGGTATTTAAATTTACATTTCTTGATTTCCTTTCCAGATCAGGGTAAATAACCTATTGC
AGGATACTCCAACAAAAATGTTGCACTAAAAAAAATGGAAGGACAAGAGCCTTTGCTATTTGTTGTGTATTATTATTCTTTGCTATAGCTCCTTGAATGTTATCTCCACCTTCACCTTCATAGGTTATTGGCCAGAATTGGAAAAACCTCCAAGTTCCCAACTAATTTGAAATCATGTGCAGAAGGCTCATCTCTAGATT
TCACTGTGTTCTTGCTAGGCAAACGATGGGATTTAGAAACATTGAAGGCCAAAAATTGTTTGGGGAATTATATTAGAAGTTTATAAAGGATTAGACTATATCTAGCCATTGTTTTAGCAATGCATGTCTTCTTTTCAGATTTCAGATCCAGAAGGCTTGATAGGCCTGGTATCCTAGATTGAGCAACTTTGTCCAATTGC
TTAATTGGACTTGGATTTCTTAACTACAGTATGCTTCTGCATATGTAAGCAGCCACACATTGATTCAATGAAAATCAGTAAACTGTTTTAAAGAGAAATTTCTTCCACTAAGAGCTGGTATATAAATTTGTATATCTTGACTTTGTTTCCAAAA


>TRINITY_DN48006_c1_g2_i5 from sample A7 / Example unspliced isoform:
GAGGAAAAAGCCAAACTGCGGGTGAAGGCCGAGAGCCACTTAGGGGAGAGCAGAATATGCATACATAAATGTGGCGTCTAATTGGGATTATCGCAGTAATTAACTGCAATTATACGTAAATAAATAAATCCAGGGTCCTCCCATGTCAATGGCTGCAGCAGCAGGTAGTGGTCGCATCGGGTAGCGTGCAGGTCTCCCAT
ACAAAGCCAAGCCGATTAGTGGATGAGAGAAATCAAGCCTTGAAGTGACGAGCTTTGGTTTTGATCTGTGTTCTTGCGTTTTTTAATTTTTTGGCTCTACTCAGGGTTTAAGCTGCCTCGCCTGCTGCTGCTTCTTCTGGGGGTGTCTCAAGGATCATTCATGGCGGATTTGCCCTGTGATGGGGACGGGGTTTGCATGC
TTTGCAAAATTGTGCCGCCTGATAGCGATGTTTTGCTCTGCAATGGCTGCGTTAGCCCCTGGCATATGCAGTGCCTGAACCCTCCTTTGACGGCTCCCCCTGCAGGAGATTGGTTTTGTCCCGATTGTTCTCATTCCACACTGGATAACCAACCTCAACCTGTTGGTGTTAATAAGTCTTCCGGCGCGCCTGGTGATGAT
TTGATAAGCCGAATCAGGGCGATCCAGTCGGACCCGAATCTGAGTGAGGATGAGAAGGCCAGAAAGAGGCAGGAGCTCATGGCTAGCGGTTCATCCAAGCAGGAAGAGGGCAGCGGCGAGGTCAAAGGCTCAAATCGGGAGGCCAAGCGGAACAAGGTGCTGGAGATGTTCGACGAGAGCTTGAATTGCACTTTTTGCAT
GCAGTTGCCCGAGCGACCCGTTACTACTCCTTGTGGCCACAATTTCTGTTTGAAATGCTTCCAGAAGTGGATGGGACAAGGGAAAAAAACCTGTGCAAAATGCCGATCTCCTATTCCTCCCAAAATGGCCTCCCAACCCAGAATCAATTCGGCCCTTGTAATAGCTATCCGTATGGCAAAGGCTGCAGCAAATGCGGGTG
ATTCCCAATCTGGACCTCCACGAGTTTATACGTACATTCAGAATCAAGACAAGCCTGATAAAGCCTTTATGACTGATCGTGCAAAACGCAAGGGTTTATCAAATGCAGCTAGTGGGCGAATTTTTGTTACTGTTCCACCAGATCACTTTGGTCCAATACTTCCAGAGAATGACCCAGAACGACACCAAGGTGTTCTTGTG
GGAGAATGCTGGGGAGACAGAATGGAATGCAGGCAGTGGGGAGCTCATCTTCCTCATGTTGCTGGTATTTCTGGACAGTCTGACTATGGTGCTCAGTCTGTAGCGCTGTCTGGTGGGTATGAGGATGACGAGGACCATGGTGAATGGTTTCTTTATACTGGAAGTGGTGGAAGAGATCTTAGTGGGAACAAGCGAACAAA
TAAGGAGCAGTCCTTTGATCAGAAGTTTGATAAATCTAATGAGGCATTGCGACTTAGCTGTAAGAAGGGCTATCCACTCCGTGTTGTCAGGTCTCATAAGGAGAAGCGTTCATCTTATGCACCAGAAAGTGGTGTTAGGTATGATGGCATATATAGAATTGAACAATGCTGGCGTAAGACAGGAATCCAGGGATTTAAGG
TTTGCCGGTACTTGTTTGTCCGCTGTGACAATGAACCTGCTCCTTGGACAAGTGATGAATGTGGGGACCGGCCACGCCCCTTACCAAAAATTGATGAGCTGAAGGAAGCAACTGATATTACAATCAGAAAGAATGAACCGGCATGGGATTGGAAGGATGAAAAATGGTGGTGGACAAGAGACCCTCCTACAAGTAGAAAA
GCAGTTTCTGAAGATGGGAAGAGATGCAGGGATGGACCTCGGCGTTCTAAGTTTCTAACAATAAAACAAAAGCTGCTTAGAGAGTTTAGTTGCAGTCTTTGTAAAAAAGTGTTGACTCTTCCACTCTCTACGCCTTGTGGACATAATTTTTGTAAGCCATGCATAGAAGGTGTTTTTGCTGGGCAGCAAGATGTGCGAGA
GCGTAGTGGTGTTGGTGGGCGTTCGTTAAGAGTCCAAAAGATTGTCAAGAGGTGCCCATCTTGCCAGGGAGATATTACGGATTTTCTTTTAAAACCTCAGgtagtgttgtttcctgtgttctccgacctcttttaatggatgatataaatgttttaagtactgattctggaaagaaacgagtgctgttgattatatgaag
ctctgaacattgtctatatatgtttgtggaacatcattatatttggtctag
GTGAATAGGCAAATGGAGGATGTGATAAGATCTATTAAAGGTAAACTTGAGGATGGATCTGGGAGTGA