sp|Q8GX93|CLCE_ARATH ----> Chloride channel protein CLC-e

Intron 1 GTATTTATGT ... CCCTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60	5	8	7
A2	41.67	7	8	2
A3	27.66	17	7	6
A4	30	7	1	5
A5	45.45	3	4	1
A6	31.94	49	12	34
A7	36.19	67	27	49
A8	37.82	60	28	45
A9	28.27	85	21	46
A10	28.09	64	16	34

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i11 from sample A6 / Example spliced isoform

AAAAAGAAAAGGCATGCTGAGGTGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGGTATTCTCACTCGTATTCATGT
TTGGTATGATATAGTGACTTCCAATTATGTCTTCGCTATTACTAGGACACACTGTTTCTAGTTGTAGAGGACAAGCATTGCAGTTGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGG
ATAATGACCACTGAAGCAATCCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTACATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGT
GTGGTACAAGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATTAGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGA
TGAAGATGCAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGAATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTT
TGTATCGCATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAAGTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATT
TTCACTTTCCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAATCGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCG
GAAGCTTGTACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACAATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGT
TAATTTGCCAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i20 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAGAAAAGGCATGCTGAGGTGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGGTTGCTATTGTTGTGCTTGGGGACTTCGAGCACAGAGGGCCAAGGAACCTATGGGTTTTCAAGGAGCTAGTGAGCCGACG
AGGCTGTTCCTAGCTGGCAAGGAGGTAAAAACTCAGTTTGTGCTAGACTGTGGCAGGGAAAAGAAAGAAGGCTTGGGGCTAACTCAAACAGATTTACTAGGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGGTATTCTCACTCGTATTCATGTTTGGTATGATATAGTGACTT
CCAATTATGTCTTCGCTATTACTAGGACACACTGTTTCTAGTTGTAGAGGACAAGCATTGCAGTTGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGGATAATGACCACTGAAGCAAT
CCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTACATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGgtatttatgtttgtttctgttttctgttttagtattgtcagtgtca
taccacatcttttctttccattattggtatcattatcacttgtaagttgtattggtattgctgatattatttcatataccaacaaattgttatgtgatgggaaaaattcagtactcttacttatgttacatttatcatcaagtccgattttgacaaacattttggttaagctaaaactcaacacaacagcttgaaattaa
tcgagggcctagttctagtggcaatcgtcaatcagtgcattttatgatgtcactagttccattttgatgaagtcatgggtgtttcgagtctttatataggacccaactcctataatgtgggcatggctatttgcatatctgaacctttatcattctctagaatacaaaaaatgcaatttccttctagcatacattattgt
aagatattgtttagactgatccctttctagATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGTGTGGTACAAGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATT
AGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGATGAAGATGCAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGA
ATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTTTGTATCGCATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAA
GTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATTTTCACTTTCCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAAT
CGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCGGAAGCTTGTACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACA
ATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGTTAATTTGCCAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

Intron 2 GTTGCTATTG ... GATTTACTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	14.71	20.3	4	3
A2	22.62	20.7	5	7
A3	9.9	13.7	3	0
A4	22.22	21	8	4
A5	4.18	12	1	0
A6	16.91	54.7	12	10
A7	18.6	142.3	42	22
A8	20.3	118	29	30
A9	17.81	123	40	13
A10	15.44	164.3	43	16

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GATAAAAAAAGCAAAGGCATGCTAAGGAGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGAGGACAAGCATTGCAGT
TGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGGATAATGACCACTGAAGCAATCCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTAC
ATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGGTATTTATGTTTGTTTCTGTTTTCTGTTTTAGTATTGTCAGTGTCATACCACATCTTTTCTTTCCATTATTGGTATCATTATCACTTGTAAGTTGTATTGGTATTGCTGA
TATTATTTCATATACCAACAAATTGTTATGTGATGGGAAAAATTCAGTACTCTTACTTATGTTACATTTATCATCAAGTCCGATTTTGACAAACATTTTGGTTAAGCTAAAACTCAACACAACAGCTTGAAATTAATCGAGGGCCTAGTTCTAGTGGCAATCGTCAATCAGTGCATTTTATGATGTCACTAGTTCCATTT
TGATGAAGTCATGGGTGTTTCGAGTCTTTATATAGGACCCAACTCCTATAATGTGGGCATGGCTATTTGCATATCTGAACCTTTATCATTCTCTAGAATACAAAAAATGCAATTTCCTTCTAGCATACATTATTGTAAGATATTGTTTAGACTGATCCCTTTCTAGATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGTGTGGTACA
AGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATTAGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGATGAAGATG
CAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGAATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTTTGTATCGC
ATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAAGTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATTTTCACTTT
CCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAATCGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCGGAAGCTTG
TACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACAATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGTTAATTTGC
CAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i20 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAGAAAAGGCATGCTGAGGTGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGgttgctattgttgtgcttggggacttcgagcacagagggccaaggaacctatgggttttcaaggagctagtgagccgacg
aggctgttcctagctggcaaggaggtaaaaactcagtttgtgctagactgtggcagggaaaagaaagaaggcttggggctaactcaaacagatttactagGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGGTATTCTCACTCGTATTCATGTTTGGTATGATATAGTGACTT
CCAATTATGTCTTCGCTATTACTAGGACACACTGTTTCTAGTTGTAGAGGACAAGCATTGCAGTTGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGGATAATGACCACTGAAGCAAT
CCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTACATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGGTATTTATGTTTGTTTCTGTTTTCTGTTTTAGTATTGTCAGTGTCA
TACCACATCTTTTCTTTCCATTATTGGTATCATTATCACTTGTAAGTTGTATTGGTATTGCTGATATTATTTCATATACCAACAAATTGTTATGTGATGGGAAAAATTCAGTACTCTTACTTATGTTACATTTATCATCAAGTCCGATTTTGACAAACATTTTGGTTAAGCTAAAACTCAACACAACAGCTTGAAATTAA
TCGAGGGCCTAGTTCTAGTGGCAATCGTCAATCAGTGCATTTTATGATGTCACTAGTTCCATTTTGATGAAGTCATGGGTGTTTCGAGTCTTTATATAGGACCCAACTCCTATAATGTGGGCATGGCTATTTGCATATCTGAACCTTTATCATTCTCTAGAATACAAAAAATGCAATTTCCTTCTAGCATACATTATTGT
AAGATATTGTTTAGACTGATCCCTTTCTAGATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGTGTGGTACAAGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATT
AGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGATGAAGATGCAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGA
ATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTTTGTATCGCATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAA
GTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATTTTCACTTTCCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAAT
CGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCGGAAGCTTGTACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACA
ATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGTTAATTTGCCAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

Intron 3 GTAGGAATAG ... TTGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	40.85	21	17	12
A2	69.23	4	9	9
A3	68.89	7	20	11
A4	65.22	4	11	4
A5	53.85	3	6	1
A6	64.65	23.3	31	54.3
A7	51.81	62.3	41	93
A8	50.34	60.7	42	81
A9	51.2	51	47	60
A10	50.41	30	23	38

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i19 from sample A6 / Example spliced isoform

ATCCTCATCACGTTTTCAAGCTTTTGAACAACAGAATCACTGGCTCTCGTACTTACAACCAATCATCATCTATCCGTTCCGTCTTGCAAAACAATTCCATGGTGGACAAACTAATTCCATGGTGGAGTAGATATGGCTATCATTTCTGCTACGCCTTCATTACTTCCATCACACCATAACTTACAGCTTTGCCATAACTC
TTCTTCTCTCAGAATATCTGCAGTTCTCCAATTCACTAAATTCACATTTTCATTACATGGCTGCTCTCGGAGTACATTCGCTCGCAAGGAGCCAAGTTTGAATGGGCACCCATTTCATGTATCTGTTTGGAAGCGAAACCTCAGGGCCCATTCGAGCCCAAAGCCCATCGATTCAGAAGAGGTCGGCAGGGATGAAATTC
AAGAGGGCAGTGATGACTGGAAGGTGGTAGAAGACCATGGGGACAAGGATCCCAATAACAAGAAGAAGGAATCATCTGATGATATTTTTGCTGATTGGGGGAAGGTGGCATTGGCCATTGGAGAATTTCTGCCTCCAGAAGGTTTTTTGGTGCTTGTGGCATCCATTGTGGGTGTTCTCACAGGAATTAGCGTTGTCCTC
TTTAATCTTACGGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGGTTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGGTGTGGTAGTTGGCATTTTGAATACTCTAAGAAGTAGCCTTGAAAGTTATTCAGAAGGGATTCACTTGTC
TGATATTAAGGCATCTTTCAGGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACCAAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAGATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTTCCT
CAGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAAATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAGACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCCCCA
GCAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCTTCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTGGGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTGGGG
ATTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGATAGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGGTGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCTATG
CTGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGGTAGGAATGGCTGCTACACTTGCTGGTGTTTGTCAGGTCCCTTTAACTTCAGTTTTGCTTCTATTTGAGCTGACACATGATTATCGAATAATTATCCCTTTAATGGGTGCTGTGGGTTTTTCTTCTTGG
ATTTCATCAGCTCTTACAAGAAAAATGAATGAGAAACTGAATGACAAGAAACTAATATCTTCTAATGTCAATAAGAGAGAGAACAAACAATCCCTGGAAAAACCATTGTTTGTCTTTCAACAATCTGAAAAGTCCCAAACTAGTTCAGTGGATTTAGTTCAGCCTTTAAATTTGTCAAAGGAAACAGTTCTGCATAGAAG
TAATTTGTGTCAACTTGAAAGTTCTGTGTGTGTGGAAAACCCAAATTTCAAAGAGGAACAATTGGAAGACCTGATTCCTGTTGCAGCAGCAATGCGAACCCGCTATGTGACTGTCTTTCAACACACTTCTGTACAATATGCAATGGCTCTTATGCTTGCAGAGAAGGAATGGTGTGCATTGGTTGTAGACAGTGACGATT
ATTTGAAAGGAATATTGACACTTGGAGATATCCAACAGTATGGTAAAATGGCAAGGGCAAGGACAAGAGCAAGCAACAAGCTAGTTGAGAGCTGAAGTAACAAAGTGGATTGTTGGCCTTCCTTGCTCAATACAGGATTCTGAGGCTCAATAATGCAGCATGTTCCTTTGAATATTCAAAGAGTATTCTTGAAAAGTATT
ATTGGACACAAACAGATACAGCACAAGTGGTGAATATGGATTTTGATTAAATCAGAAGTAATATGGTGTATACTATATCTCCAGTAAGAAAGATTAAAGTCCTAGTTTAATCTAGAAGGTGAAGTTTAAATAACCAATTGATTGTAACAGTATTGCCAAAGCTTGTATATAAAATGATATCATCTTGCATGATTTCAGGG
TTCTTTTTGTTTACTTGTTTCATATTCCTATGATTGTGATAATAGAAAGGGCTCATTTGTAGGAGTTCGTTGCCATGGACCATATAGAAATATCAAACACCTTAAACTTTCTAGTTGTAAATGTAAGTTCACACTGAAAGAGCAAACAGGGGTATTCAGTGAAGCACTTACAATCTATTGAATAAGCATGCTTATCATAT
CGGATTAATGTTTCATTTGGCTAATAATGTTGTTGTACTTAGTCTATTTAGAGAATCGTTGATTTATTTGTTAGTGTCCCGTGTCTAAGCACTAATACGAAAGAGCAAACAGGGGTTTTCAGTGAGG

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GCGATCACGAATGAGCAACAGATAAGGGAAAAGCAAAGCGAGGCTCAGTGGAAAGAAGAAATAAGGGTCGAGCGATGGCAGGGTAAGCTCAGGGTTGAAGGAGAGGGAGGCTCGGTGATGAAGGGAGTGATGACAGCCACGAAGGAGGGGGGATGTGTATGATGGAGCCACGAGGTGAAAGAGAAGAGCAACGAAGGGGG
AGAAGAAAGCAGCGAGGGACTCCAACAGGGATCCAGGGGTTTTAGGCTAGATCGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGGTTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGGTGTGGTAGTTGGCATTTTGAATACTCTA
AGAAGTAGCCTTGAAAGTTATTCAGAAGGGATTCACTTGTCTGATATTAAGGCATCTTTCAGGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACCAAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAG
ATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTTCCTCAGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAAATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAG
ACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCCCCAGCAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCTTCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTG
GGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTGGGGATTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGATAGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGG
TGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCTATGCTGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGGTAGGAATGGCTGCTACACTTGCTGGTGTTTGTCAGGTCCCTTTAACTTCAGTTTTGCTTCTATTTGAGCTGACACATGATTATCGAA
TAATTATCCCTTTAATGGGTGCTGTGGGTTTTTCTTCTTGGATTTCATCAGCTCTTACAAGAAAAATGAATGAGAAACTGAATGACAAGAAACTAATATCTTCTAATGTCAATAAGAGAGAGAACAAACAATCCCTGGAAAAACCATTGTTTGTCTTTCAACAATCTGAAAAGTCCCAAACTAGTTCAGTGGATTTAGTT
CAGCCTTTAAATTTGTCAAAGGAAACAGTTCTGCATAGAAGTAATTTGTGTCAACTTGAAAGTTCTGTGTGTGTGGAAAACCCAAATTTCAAAGAGGAACAATTGGAAGACCTGATTCCTGTTGCAGCAGCAATGCGAACCCGCTATGTGACTGTCTTTCAACACACTTCTGTACAATATGCAATGGCTCTTATGCTTGC
AGAGAAGGAATGGTGTGCATTGGTTGTAGACAGTGACGATTATTTGAAAGGAATATTGACACTTGGAGATATCCAACAGTATGGTAAAATGGCAAGGGCAAGGACAAGAGCAAGCAACAAGCTAGTTGAGgtaggaatagtcccagtttctgaagtgtgtacttcttggaatggtggaggcaaaggcttggaattgctga
ctgtgttccctcattcaagtcttaaagtagcccgacggcttatggctgtccgtggtttacgtcaactacctgttgtgggtgaagctgctagtcaagtggaccgaatgggaccattggtaggactattagacagagactgcgtcaatcttgcttgcagAGCTGAAGTAACAAAGTGGATTGTTGGCCTTCCTTGCTCAATA
CAGGATTCTGAGGCTCAATAATGCAGCATGTTCCTTTGAATATTCAAAGAGTATTCTTGAAAAGTATTATTGGACACAAACAGATACAGCACAAGTGGTGAATATGGATTTTGATTAAATCAGAAGTAATATGGTGTATACTATATCTCCAGTAAGAAAGATTAAAGTCCTAGTTTAATCTAGAAGGTGAAGTTTAAATA
ACCAATTGATTGTAACAGTATTGCCAAAGCTTGTATATAAAATGATATCATCTTGCATGATTTCAGGGTTCTTTTTGTTTACTTGTTTCATATTCCTATGATTGTGATAATAGAAAGGGCTCATTTGTAGGAGTTCGTTGCCATGGACCATATAGAAATATCAAACACCTTAAACTTTCTAGTTGTAAATGTAAGTTCAC
ACTGAAAGAGCAAACAGGGGTATTCAGTGAAGCACTTACAATCTATTGAATAAGCATGCTTATCATATCGGATTAATGTTTCATTTGGCTAATAATGTTGTTGTACTTAGTCTATTTAGAGAATCGTTGATTTATTTGTTAGTGTCCCGTGTCTAAGCACTAATACGAAAGAGCAAACAGGGGTTTTCAGTGAGG

Intron 4 GTAGGAATGG ... GCTAGTTGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	92	1	6	17
A2	76	3	10	9
A3	70.83	7	14	20
A4	57.58	7	8	11
A5	46.67	4	1	6
A6	70	9	11	31
A7	65.66	17	24	41
A8	68.54	14	19	42
A9	71.76	12	14	47
A10	65.38	9	11	23

>TRINITY_DN44996_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoform

TCCTCATCACGTTTTCAAGCTTTTGAACAACAGAATCACTGGCTCTCGTACTTACAACCAATCATCATCTATCCGTTCCGTCTTGCAAAACAATTCCATGGTGGACAAACTAATTCCATGGTGGAGTAGATATGGCTATCATTTCTGCTACGCCTTCATTACTTCCATCACACCATAACTTACAGCTTTGCCATAACTCT
TCTTCTCTCAGAATATCTGCAGTTCTCCAATTCACTAAATTCACATTTTCATTACATGGCTGCTCTCGGAGTACATTCGCTCGCAAGGAGCCAAGTTTGAATGGGCACCCATTTCATGTATCTGTTTGGAAGCGAAACCTCAGGGCCCATTCGAGCCCAAAGCCCATCGATTCAGAAGAGGTCGGCAGGGATGAAATTCA
AGAGGGCAGTGATGACTGGAAGGTGGTAGAAGACCATGGGGACAAGGATCCCAATAACAAGAAGAAGGAATCATCTGATGATATTTTTGCTGATTGGGGGAAGGTGGCATTGGCCATTGGAGAATTTCTGCCTCCAGAAGGTTTTTTGGTGCTTGTGGCATCCATTGTGGGTGTTCTCACAGGAATTAGCGTTGTCCTCT
TTAATCTTACGGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGGTTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGGTGTGGTAGTTGGCATTTTGAATACTCTAAGAAGTAGCCTTGAAAGTTATTCAGAAGGGATTCACTTGTCT
GATATTAAGGCATCTTTCAGGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACCAAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAGATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTTCCTC
AGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAAATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAGACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCCCCAG
CAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCTTCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTGGGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTGGGGA
TTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGATAGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGGTGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCTATGC
TGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGGTAGGAATAGTCCCAGTTTCTGAAGTGTGTACTTCTTGGAATGGTGGAGGCAAAGGCTTGGAATTGCTGACTGTGTTCCCTCATTCAAGTCTTAAAGTAGCCCGACGGCTTATGGCTGTCCGTGGTTTAC
GTCAACTACCTGTTGTGGGTGAAGCTGCTAGTCAAGTGGACCGAATGGGACCATTGGTAGGACTATTAGACAGAGACTGCGTCAATCTTGCTTGCAGAGCTGAAGTAACAAAGTGGATTGTTGGCCTTCCTTGCTCAATACAGGATTCTGAGGCTCAATAATGCAGCATGTTCCTTTGAATATTCAAAGAGTATTCTTGA
AAAGTATTATTGGACACAAACAGATACAGCACAAGTGGTGAATATGGATTTTGATTAAATCAGAAGTAATATGGTGTATACTATATCTCCAGTAAGAAAGATTAAAGTCCTAGTTTAATCTAGAAGGTGAAGTTTAAATAACCAATTGATTGTAACAGTATTGCCAAAGCTTGTATATAAAATGATATCATCTTGCATGA
TTTCAGGGTTCTTTTTGTTTACTTGTTTCATATTCCTATGATTGTGATAATAGAAAGGGCTCATTTGTAGGAGTTCGTTGCCATGGACCATATAGAAATATCAAACACCTTAAACTTTCTAGTTGTAAATGTAAGTTCACACTGAAAGAGCAAACAGGGGTATTCAGTGAAGCACTTACAATCTATTGAATAAGCATGCT
TATCATATCGGATTAATGTTTCATTTGGCTAATAATGTTGTTGTACTTAGTCTATTTAGAGAATCGTTGATTTATTTGTTAGTGTCCCGTGTCTAAGCACTAATACGAAAGAGCAAACAGGGGTTTTCAGTGAGGCG

>TRINITY_DN44996_c0_g1_i3 from sample A7 / Example unspliced isoform:

GCTAGATCATTAAATGTTACTAGCTTAATGTATGAAAATACGAAAAATAATTGAAACACACCATCGACAAAATGAACACAGGATTGAAGATGCCTATATAGTATAGGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGG
TTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACCAAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAGATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTT
CCTCAGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAAATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAGACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCC
CCAGCAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCTTCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTGGGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTG
GGGATTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGATAGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGGTGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCT
ATGCTGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGgtaggaatggctgctacacttgctggtgtttgtcaggtccctttaacttcagttttgcttctatttgagctgacacatgattatcgaataattatccctttaatgggtgctgtgggtttttcttct
tggatttcatcagctcttacaagaaaaatgaatgagaaactgaatgacaagaaactaatatcttctaatgtcaataagagagagaacaaacaatccctggaaaaaccattgtttgtctttcaacaatctgaaaagtcccaaactagttcagtggatttagttcagcctttaaatttgtcaaaggaaacagttctgcatag
aagtaatttgtgtcaacttgaaagttctgtgtgtgtggaaaacccaaatttcaaagaggaacaattggaagacctgattcctgttgcagcagcaatgcgaacccgctatgtgactgtctttcaacacacttctgtacaatatgcaatggctcttatgcttgcagagaaggaatggtgtgcattggttgtagacagtgacg
attatttgaaaggaatattgacacttggagatatccaacagtatggtaaaatggcaagggcaaggacaagagcaagcaacaagctagttgagGTAGGAATAGTCCCAGTTTCTGAAGTGTGTACTTCTTGGAATGGTGGAGGCAAAGGCTTGGAATTGCTGACTGTGTTCCCTCATTCAAGTCTTAAAGTAGCCCGACGG
CTTATGGCTGTCCGTGGTTTACGTCAACTACCTGTTGTGGGTGAAGCTGCTAGTCAAGTGGACCGAATGGGACCATTGGTAGGACTATTAGACAGAGACTGCGTCAATCTTGCTTGCAGAGCTGAAGTAACAAAGTGGATTGTTGGCCTTCCTTGCTCAATACAGGATTCTGAGGCTCAATAATGCAGCATGTTCCTTTG
AATATTCAAAGAGTATTCTTGAAAAGTATTATTGGACACAAACAGATACAGCACAAGTGGTGAATATGGATTTTGATTAAATCAGAAGTAATATGGTGTATACTATATCTCCAGTAAGAAAGATTAAAGTCCTAGTTTAATCTAGAAGGTGAAGTTTAAATAACCAATTGATTGTAACAGTATTGCCAAAGCTTGTATAT
AAAATGATATCATCTTGCATGATTTCAGGGTTCTTTTTGTTTACTTGTTTCATATTCCTATGATTGTGATAATAGAAAGGGCTCATTTGTAGGAGTTCGTTGCCATGGACCATATAGAAATATCAAACACCTTAAACTTTCTAGTTGTAAATGTAAGTTCACACTGAAAGAGCAAACAGGGGTATTCAGTGAAGCACTTA
CAATCTATTGAATAAGCATGCTTATCATATCGGATTAATGTTTCATTTGGCTAATAATGTTGTTGTACTTAGTCTATTTAGAGAATCGTTGATTTATTTGTTAGTGTCCCGTGTCTAAGCACTAATACGAAAGAGCAAACAGGGGTTTTCAGTGAGGCG

Intron 5 GTATTCTCAC ... CTAGTTGTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.8	7	11.5	14.5
A2	64.19	9	17.5	15
A3	35.88	9	5.5	5
A4	66.02	5	9.5	10
A5	43.25	9	7	7
A6	64.71	19	35.5	35
A7	64.6	58	102.5	111
A8	64.02	45	80.5	81
A9	61.95	52	73.5	97
A10	67.61	57	118	123

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

GATAAAAAAAGCAAAGGCATGCTAAGGAGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGAGGACAAGCATTGCAGT
TGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGGATAATGACCACTGAAGCAATCCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTAC
ATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGGTATTTATGTTTGTTTCTGTTTTCTGTTTTAGTATTGTCAGTGTCATACCACATCTTTTCTTTCCATTATTGGTATCATTATCACTTGTAAGTTGTATTGGTATTGCTGA
TATTATTTCATATACCAACAAATTGTTATGTGATGGGAAAAATTCAGTACTCTTACTTATGTTACATTTATCATCAAGTCCGATTTTGACAAACATTTTGGTTAAGCTAAAACTCAACACAACAGCTTGAAATTAATCGAGGGCCTAGTTCTAGTGGCAATCGTCAATCAGTGCATTTTATGATGTCACTAGTTCCATTT
TGATGAAGTCATGGGTGTTTCGAGTCTTTATATAGGACCCAACTCCTATAATGTGGGCATGGCTATTTGCATATCTGAACCTTTATCATTCTCTAGAATACAAAAAATGCAATTTCCTTCTAGCATACATTATTGTAAGATATTGTTTAGACTGATCCCTTTCTAGATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGTGTGGTACA
AGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATTAGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGATGAAGATG
CAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGAATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTTTGTATCGC
ATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAAGTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATTTTCACTTT
CCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAATCGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCGGAAGCTTG
TACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACAATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGTTAATTTGC
CAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

>TRINITY_DN42581_c0_g1_i20 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AAAAAGAAAAGGCATGCTGAGGTGATTCTGAAGGAAGAAAAGAGCTCCAATTCTTCAAGAGCAAGGGTGAAGGAAGGAGAACTTATGGAAAGGGAAGAGGCATTCACACCAGGATTTCTGGTTGCTATTGTTGTGCTTGGGGACTTCGAGCACAGAGGGCCAAGGAACCTATGGGTTTTCAAGGAGCTAGTGAGCCGACG
AGGCTGTTCCTAGCTGGCAAGGAGGTAAAAACTCAGTTTGTGCTAGACTGTGGCAGGGAAAAGAAAGAAGGCTTGGGGCTAACTCAAACAGATTTACTAGGTAAAAATTGGAAGGGTGATTGGAGTTGGAAGAACTCTCCATAAATTTATAAAATAAGgtattctcactcgtattcatgtttggtatgatatagtgactt
ccaattatgtcttcgctattactaggacacactgtttctagttgtagAGGACAAGCATTGCAGTTGCTCCACGAACAAGCACAGACAGAAACTTCAAGGAATAGCTTGAAGCCTTTTAAACATGTTGTGTGTGGTTTGAGGGATAAGAATAGGCCGAGGAAGCCCTTATCAAGAGGGAGGATAATGACCACTGAAGCAAT
CCAAGCTGTTCAGGCCTTGAAGAGAGCTAACAAATATGGTCAGGACAAACTAGACCACATTTACATTACTAGAGTGTCTCGATTGCTCAAGGATGATCTTCTAGCTGCACTCACAGAGCTTCAGAGGCAGAATGAATATGAGCTAGCTATAAAGGTATTTATGTTTGTTTCTGTTTTCTGTTTTAGTATTGTCAGTGTCA
TACCACATCTTTTCTTTCCATTATTGGTATCATTATCACTTGTAAGTTGTATTGGTATTGCTGATATTATTTCATATACCAACAAATTGTTATGTGATGGGAAAAATTCAGTACTCTTACTTATGTTACATTTATCATCAAGTCCGATTTTGACAAACATTTTGGTTAAGCTAAAACTCAACACAACAGCTTGAAATTAA
TCGAGGGCCTAGTTCTAGTGGCAATCGTCAATCAGTGCATTTTATGATGTCACTAGTTCCATTTTGATGAAGTCATGGGTGTTTCGAGTCTTTATATAGGACCCAACTCCTATAATGTGGGCATGGCTATTTGCATATCTGAACCTTTATCATTCTCTAGAATACAAAAAATGCAATTTCCTTCTAGCATACATTATTGT
AAGATATTGTTTAGACTGATCCCTTTCTAGATTTTTGATCTTGTGCGCAAGGAAGTGTGGTACAAGCCAGACATATATCTTTATGCTGATATGATAATGACCATGGCAAGAAATAAGCTAATTGATAAAGCTGAGGAACTTTTTTCACAATTGAAAGAGGAGGGCTTGGATCCGGATACCAGGGTTTGCACCGAGTTATT
AGGTGCTTACACACATGCTGGCATGATTGAAAAGGCAATGGAGGTTTATGAAATGATGAAGATGCAATCAGGGTGTAAACCAAATGAACTAACATTCACAATTTTGCTTAATACTCTTGAAAGAGTGGAAGAGAGAGTCCTCGCTAATATTGTTAGGAGGGATGCTGTTGAATATTTGAAAGACCCTACCAAGATTCTGA
ATAATGTCCCAAGCACAGTTGTTACCCATTGATTGTCTTCTCTCTTTGTTAAGCTTTGTATCGCATCACAGTTTTGAGATATCATTATTAATTACTGACGACTTTCAAGTGGAATTATAAATTTTCTTGAGATTTGGAGGAAAAGAGAGGTGATCTTTCTATTCCACTATCTTTTGATTTGTCTCAAATGCTTTCAAAAA
GTTCTGGCCACCATTCTGTTATCACATTGGCTTTTAGTTATAATGGTAGTTCCATTTTCACTTTCCTCTATAAAAAGATTGAAATCAATTATATACTTCACTGGGAAGAAACATTTTTAGCCTTCTATATATCTTTGACACCTTTGAGACGAGCTTACAAATTTCATTGTAGGAGGTGATAACTTTTTTCTGTTGATAAT
CGGTTGATGGTACTTTATTTGCAAGGTTGCAACTAGTCCACAAAGCTGCCCAGTCGGAAGCTTGTACTTGTTACGAAATGTAGACATTTATTTCCATTTGATCTTTTCCCCTGATGTTATGATCTTTTACCCTACATTCTTTGTAAATGCTCGAAGATTAAAGTAAATTCTAAGATAGGTTCTCATGGAGCATTACCACA
ATCTGGGCAAGTTCTAAGCATTCATTTTATAATTTACTTGGTAACTGAGCTTTGGTTAATTTGCCAAACTAAGAATATGAATATTGTTCTAAAAATTGGCCAAACATCACAAACATGGTGCCTTTATATATCTATTTGTAAAGTGAATGATACCAGGC

Intron 6 GTGTGGTAGT ... CATCTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	52.45	12.3	12	15
A2	56.66	12.9	23	10
A3	64.74	12.6	14	32
A4	41	22.3	14	17
A5	46.16	16.6	18	9
A6	43.84	5.8	6	3
A7	51.55	11.3	14	10
A8	68.66	4.3	8.5	10
A9	62.55	10.8	14	22
A10	71.41	7.1	19	16

>TRINITY_DN124242_c0_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoform

CATCCTCATCACGTTTTCAAGCTTTTGAACAACAGAATCACTGGCTCTCGTACTTACAACCAATCATCATCTATCCGTTCCGTCTTGCAAAACAATTCCATGGTGGACAAACTAATTCCATGGTGGAGTAGATATGGCTATCATTTCTGCTACGCCTTCATTACTTCCATCACACCATAACTTACAGCTTTGCCATAACT
CTTCTTCTCTCAGAATATCTGCAGTTCTCCAATTCACTAAATTCACATTTTCATTACATGGCTGCTCTCGGAGTACATTCGCTCGCAAGGAGCCAAGTTTGAATGGGCACCCATTTCATGTATCTGTTTGGAAGCGAAACCTCAGGGCCCATTCGAGCCCAAAGCCCATCGATTCAGAAGAGGTCGGCAGGGATGAAATT
CAAGAGGGCAGTGATGACTGCAAGGTGGTAGAAGACCATGGGGACAAGGATCCCAATAACAAGAAGAAGGAATCATCTGATGATATTTTTGCTGATTGGGGGAAGGTGGCATTGGCCATTGGAGAATTTCTGCCTCCAGAAGGTTTTTTGGTGCTTGTGGCATCCATTGTGGGTGTTCTCACAGGAATTAGCGTTGTCCT
CTTTAATCTTACGGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGGTTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACC
AAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAGATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTTCCTCAGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAA
ATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAGACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCCCCAGCAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCT
TCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTGGGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTGGGGATTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGAT
AGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGGTGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCTATGCTGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGGTA

>TRINITY_DN124242_c0_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CATCCTCATCACGTTTTCAAGCTTTTGAACAACAGAATCACTGGCTCTCGTACTTACAACCAATCATCATCTATCCGTTCCGTCTTGCAAAACAATTCCATGGTGGACAAACTAATTCCATGGTGGAGTAGATATGGCTATCATTTCTGCTACGCCTTCATTACTTCCATCACACCATAACTTACAGCTTTGCCATAACT
CTTCTTCTCTCAGAATATCTGCAGTTCTCCAATTCACTAAATTCACATTTTCATTACATGGCTGCTCTCGGAGTACATTCGCTCGCAAGGAGCCAAGTTTGAATGGGCACCCATTTCATGTATCTGTTTGGAAGCGAAACCTCAGGGCCCATTCGAGCCCAAAGCCCATCGATTCAGAAGAGGTCGGCAGGGATGAAATT
CAAGAGGGCAGTGATGACTGCAAGGTGGTAGAAGACCATGGGGACAAGGATCCCAATAACAAGAAGAAGGAATCATCTGATGATATTTTTGCTGATTGGGGGAAGGTGGCATTGGCCATTGGAGAATTTCTGCCTCCAGAAGGTTTTTTGGTGCTTGTGGCATCCATTGTGGGTGTTCTCACAGGAATTAGCGTTGTCCT
CTTTAATCTTACGGTGCATGAAGTACGTGACATATTTTGGGATGGGATCCCTATTCCAGGTGCCTCATGGTTGCGGGAGCAGCCCCTTGAACAAAAATGGCAACGGGTTGTTTTGATACCAGCTTGTGGAGgtgtggtagttggcattttgaatactctaagaagtagccttgaaagttattcagaagggattcacttgt
ctgatattaaggcatctttcagGTCATTTCTAAAGACTGTGGCTGCTACCATCACCCTTGGTACGGGTAATTCGCTTGGTCCAGAGGGACCAAGTGTTGAAATAGGTTCATCAATAGCACAAGGGATCGGAAAAGTATTGCAATGTAGCAAGGGAATGAGATTATCTCTTATCGCTACAGGATCAGCTGCTGGAATTTCC
TCAGGTTTTAATGCACCTGTTGCTGGATGCTTCTTTGCTGTGGAATCAGTTTTATGGCCTTCATCTGCAGATTTTTCTCCTTCACTCACAAATACAACCTCAATGGTGATACTGAGTGCAGTAATAGCATCTGTAATATCACAAGCTGGCCTTGGTTCAGACCCAGCTTTTACAATTCCTGTATATGAGTTCCGTTCCCC
AGCAGAACTGCCATTGTATCTACAACTTGGGATCCTATCTGGATTAGTTTCAGTTGTGTTGTCTAAGACCACAACATTTGCCATGACAGCTTCCAATGCTCTACTGGAAATCACAGGTGTTCCAGCTACATTACTTCCTCCTTTAGGGGGTATATCTGTGGGTTTAATAGCACTAGCATATCCTGAAGTTCTTTACTGGG
GATTTGAGAATGTTGATATACTGTTGGAATCACAACCATTTCAGAAGTCCCCTCCTGCTGATTTATTGCTTCAGTTGGTTGGTACAAAGATAGTAGCAACATCTTTGAGCCGTGCATCGGGACTAGTGGGAGGATACTATGCTCCCTCTCTTTTCATTGGTGCAGCATTAGGCTCTGCATATGGGAAGCTTGCTAGCTAT
GCTGTGACTCATGCAAACCCATTGTTTCACCTCGACGCATTAGAAGTAGCACCACCCCAAGCATATGCATTGGTA