sp|F4IPM3|CB60E_ARATH ----> Calmodulin-binding protein 60 E
Intron 1 GCACGATCGA ... ACTGAATCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 85.65 | 58 | 349.4 | 343 |
| A2 | 81.98 | 62 | 273 | 291 |
| A3 | 83.18 | 62 | 297 | 316 |
| A4 | 85.69 | 49 | 318.8 | 268 |
| A5 | 85.82 | 28 | 181 | 158 |
| A6 | 77.66 | 64 | 156 | 289 |
| A7 | 83.7 | 100 | 451.8 | 575 |
| A8 | 79.92 | 48 | 139 | 243 |
| A9 | 80.52 | 98 | 329.8 | 480 |
| A10 | 83.64 | 92 | 437.8 | 503 |
>TRINITY_DN46450_c0_g1_i15 from sample A8 / Example spliced isoformGAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCGATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGTACAGAATCCAATGGCTTAT
TCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCAGATCCTAGGGAGAGCTACATGTT
TTGCAATAATACTATCGGTGCAGGGCTTGGTGCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAAT
TCTGGCCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCC
AAAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAA
GTAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAA
GGAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGATAGGGGAACTT
GAAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCA
>TRINITY_DN46450_c0_g1_i25 from sample A8 / Example unspliced isoform:GAGAAATTCAATATGACCACAACGTCGGCATTCATAACTATAAATAGGTGTGGCGGGAGACGCTGTTCTCCCTATTCAAAACCGCCGAAGCGATTATCCAATTCTTTCTTCGAAATTGCAGAGATTTCATCATTTAGTCAATCTAGAAGAAGAAGAAAAAGCAATTTCTTGATCGGATAGTACAGAATCCAATGGCTTAT
TCCCTTCCTTCTGCGTCGAATTCTGCTCCCGATGGAGTAGTTCTACAGCAGGTTGAACCTTCGGATTCTTTCTCCTCGAGCGCAATCAAACACCAGACCCCGCGGCCTATGGATGTGGATTATCAGAACACGGAGCCTTTCGATTTTGTTTTCCCTCAAACAGATGCTTCCACTTCAGATCCTAGGGAGAGCTACATGTT
TTGCAATAATACTATCGGTGCAGGGCTTGGTGCAGGGCTTTGTAATTTGGGAAATACTTGCTTTCTCAATGCTGTCTTGCAGTGCATGACGTATACGCAACCGTTGGTTGAAAACCTTCGTAATGGGAACCATAAAATCCCATgcacgatcgagggtttctgcgccttctgtgcgctccaagagcatgtggaattatcac
tatcctcgatggggaaaatcatagcgccttgggatttggtgaataatttaagcaatatgtcgacctattttcagaggtgggagcaggaggatgctcatgagtacatgcattgcctgcttgaggatttagacagctgcgccttaggtcctctctgttttgaacgcaacacatttacccaaaatatatttggtggttgcctc
agaagtcggataaagtgcatgaattgcttctactgctcagacacatttgaacgttcaattgatttgagcttggcaataaatgaagtggattcattaatagatgctctgaaatctttcaccatggtagaaactgttgatgatgttaaccatgcttgcgaaaattgttgtcaacccgttcaagtcttaaagcagctcacagt
cagccagcttcctgatgttctaatgatccatctcaagcgttttatcggatatgaaatgtttagtgggaaagtaaacaagataattgaatacccaaaagtcttagacatggagccctttgtgagtgatacccaactgaatcagGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATT
CTGGCCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCCA
AAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAAG
TAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAAG
GAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGATAGGGGAACTTG
AAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGCAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTCCCATGCTTCTGGGACGGGT
ACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAATGTTCGCTGTTTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATAAG
GCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTAGATGGATGCATAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCATATCTTTTGAATTTTCTTGATATAAT
GAGAATCGCAATGGTGATGGAGGATTTGTGAATCTAGATTATTATGTTATTTTACATCATTACATGTATTATAAATGACTTATTATGTTACAATGTAATGCATTGTTATTTATAAGATTTCAATGATTTATGTTT
Intron 2 GTAATATAGC ... TGAACTGAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 52.94 | 104 | 5 | 117 |
| A2 | 52.8 | 76 | 2 | 85 |
| A3 | 52.29 | 73 | 1 | 80 |
| A4 | 51.97 | 73 | 3 | 79 |
| A5 | 54.93 | 32 | 0 | 39 |
| A6 | 51.76 | 41 | 3 | 44 |
| A7 | 51.97 | 110 | 4 | 119 |
| A8 | 50.7 | 35 | 0 | 36 |
| A9 | 53.9 | 71 | 1 | 83 |
| A10 | 51.3 | 112 | 2 | 118 |
>TRINITY_DN46450_c0_g1_i2 from sample A8 / Example spliced isoformTTGGGAACCATAAAATCCCATGTAAGTATGTTAAATTCTGTTTAAGCAAAACACATGCTGGTAATCAGGATTTGTGTACCTTGAAAACCTATAACATTTATAAATTTCATTGCAAGAAAAAATCATGTAAATTATTTGCCCCTAGGGTTTGTGCAGTGTTGAAAATGACGTCCTACCCCGCACAAAGAAAAATCAAACAT
GAGGGCTAAAAATTTACAATGCACGGCATTTGGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATCCTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGACCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATT
GCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAATATATTTGGTGGTTGCCTCAGAAGTCGGATAAAGTGCATGAATTGCTTCTACTGCTCAGACACATTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTGGCAATAAATGAAGTGGATTCATTAATAGATGCTCTGAAA
TCTTTCACCATGGTAGAAACTGTTGATGATGTTAACCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCCGTTCAAGTCTTAAAGCAGCTCACAGTCAGCCAGCTTCCTGATGTTCTAATGATCCATCTCAAGCGTTTTATCGGATATGAAATGTTTAGTGGGAAAGTAAACAAGATAATTGAATACCCAAAAGTCTTAGACATGGA
GCCCTTTGTGAGTGATACCCAACTGAATCAGGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATTCTGGCCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACA
TTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCCAAAATCTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTA
GATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAAGTAATATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACA
TATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAACTTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAA
AACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGATAGGGGAACTTGAAGAGTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGCAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGG
GACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGCAATTCCGAGGATAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTA
GGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAATGTTCGCTGTTTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAAAACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATAAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATG
CAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTAGATGGATGCATAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTGCCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCATATCTTTTGAATTTTCTTGATATAATGAGAATCGCAATGGTGATGGAGGATTTGTGAATCTAGATTATTATGTTATTTT
ACATCATTACATGTATTATAAATGACTTATTATGTTACAATGTAATGCATTGTTATTTATAAGATTTCAATGATTTATGTTT
>TRINITY_DN46450_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:TTGGGAACCATAAAATCCCATGTAAGTATGTTAAATTCTGTTTAAGCAAAACACATGCTGGTAATCAGGATTTGTGTACCTTGAAAACCTATAACATTTATAAATTTCATTGCAAGAAAAAATCATGTAAATTATTTGCCCCTAGGGTTTGTGCAGTGTTGAAAATGACGTCCTACCCCGCACAAAGAAAAATCAAACAT
GAGGGCTAAAAATTTACAATGCACGGCATTTGgtaatatagcatttatttactttagataataacagttttttatccctattttatttatacgaatattttgtcactacatatgatggccaccttttttatttgcaggtcattccaaaaattaattacctttttagatctccaaaaccacagtaaatgttcatagggctg
ccaatctttaacacaaaaacgttcatatgactgtcggtttttaaccattgatttgtgtgctttcaaaaaacaatcagaggcttatggaatttccccttaattgctttttatttaatatatgttatgatttgaactgaagGCACGATCGAGGGTTTCTGCGCCTTCTGTGCGCTCCAAGAGCATGTGGAATTATCACTATC
CTCGATGGGGAAAATCATAGCGCCTTGGGATTTGGTGAATAATTTAAGCAATATGTCGACCTATTTTCAGAGGTGGGAGCAGGAGGATGCTCATGAGTACATGCATTGCCTGCTTGAGGATTTAGACAGCTGCGCCTTAGGTCCTCTCTGTTTTGAACGCAACACATTTACCCAAAATATATTTGGTGGTTGCCTCAGAA
GTCGGATAAAGTGCATGAATTGCTTCTACTGCTCAGACACATTTGAACGTTCAATTGATTTGAGCTTGGCAATAAATGAAGTGGATTCATTAATAGATGCTCTGAAATCTTTCACCATGGTAGAAACTGTTGATGATGTTAACCATGCTTGCGAAAATTGTTGTCAACCCGTTCAAGTCTTAAAGCAGCTCACAGTCAGC
CAGCTTCCTGATGTTCTAATGATCCATCTCAAGCGTTTTATCGGATATGAAATGTTTAGTGGGAAAGTAAACAAGATAATTGAATACCCAAAAGTCTTAGACATGGAGCCCTTTGTGAGTGATACCCAACTGAATCAGGGACAGCTGAAATATGAACTTTATGCAGTGCTTGTGCATTCTGGATACACTTTGAATTCTGG
CCATTATTACTGTTTTGTCCGTTCCTCACCTGACAGCTGGTATGAGATGGATGATTGGCAGGTGCATAGAGTATCCGAGGGGACTGTTCTGAATCAGCAAGCCTACATTCTTTTTTATTTTCGACAAGGATCTCCATGGTTTTCAAGTGGCCTGGAACCTGAAGTGATGAGTGAATTGAAGATCACTGATTCTCCAAAAT
CTATAGTAGAAGAGGCTGTCACAAGGGATAGTTCTATTTCTCCCCTAAGCGACTCATCTGGTGACTTCAGTGAGGCTGATGCTGGCATTTCAGTTGAAATACATTTAGATGGGAACTTTGACATGCTTTTGACTGATACAATTAAAGTTGTGGAGAGTCCTGATGCAGATTATTTGCGAACAAAGATTCCATTAAGTAAT
ATTCATGCATCTACCACAGTGAGTGACACAGATGCATCTGCCTCTTCAATCATTTCTGATGGAGAGCTTGCCTGTTCTACAAAATTATCTCAGTATAATGGTATACATATAAACATGGATAAGGAGTCCTTGAGGAGTGATAGTTTGGAGGAGAAACATTGACATGATCCACAGGATTCTGAGTTGTCCCTGAAAGGAAC
TTGTGGGGACAGCATGTTTCCATATCTGACACTCGATGTGAAAAGCACAAATGTCCAGGACAGTGGTAAGAAGAGGTTCGCACGAAAAATTGTACCCCGGAAAAGAAAACAAAAGCAGAAGTAGGTAATGAGTGAAAAGGGCAATGCTCAGCATGGTTTTGCAGCTTTTCCTTCATTTAGGAGATAGGGGAACTTGAAGA
GTGTTAGTCCATCTTTGAGATTCTAGAGATGATCTTTGAAGCCATGTTACATGAGTTTGCAATTCCGAGGGTAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGTGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATTTGAAGCCATGTTACATGGGTTTGC
AATTCCGAGGATAGGGAATGCACTCCATGTGTTCCCCATGCTTCTGGGACGGGTACGGATGTTTCCCCACATCCCCTTTTTGGTTGGTTATGCAAGGGTACGCAGTAGGGAATGTTTCCCTTAAAAAACAGAGGCTCCATGCTCCCTTTGACCAATGTTCGCTGTTTTGAGGAAGAACGACAAAAATGCAATGTAAAAAA
AACTAAAATGAATGTAAACCTAATGCACAGGGAGATGAGGAGGGACTTGATAAGGCACAACTCGGGTTGGTTTGTCTGCCATTGAGTATTCTTGACTCTTGAGAATGCAAATGATTCTGATTCAAATAGTGACATTCTCATGATTGGTCCTTATTCCTTAGATGGATGCATAGACTGAGCAGTTCCTCATTTGTCATTTG
CCTGTTCTTACATTGAGACTTAGATCCATATCTTTTGAATTTTCTTGATATAATGAGAATCGCAATGGTGATGGAGGATTTGTGAATCTAGATTATTATGTTATTTTACATCATTACATGTATTATAAATGACTTATTATGTTACAATGTAATGCATTGTTATTTATAAGATTTCAATGATTTATGTTT
Intron 3 GTTAGGTCCT ... TATTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 82.85 | 2.5 | 12 | 12 |
| A2 | 68.03 | 5 | 7 | 14 |
| A3 | 81.82 | 3 | 16 | 11 |
| A4 | 62.94 | 9 | 19 | 11 |
| A5 | 100 | 0 | 3 | 4 |
| A6 | 41.58 | 17 | 8 | 16 |
| A7 | 32.02 | 28 | 5 | 21 |
| A8 | 38.28 | 39.5 | 16 | 33 |
| A9 | 26.43 | 31 | 6 | 16 |
| A10 | 34.27 | 26 | 4 | 23 |
>TRINITY_DN127994_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoformATTTGCTTTGTTAAGTTATGATTTTCTTGTATTTGTAATTGCTTGGGGGATTAGGATTTATTTTTTAATATATTTTCTGCCAAGAGATTATAATTTCTATGGTGCACTCAAAGTTTTCTCACCGCCCCTGGCATCTTTCAGTATAGTTGCACAGACTCAAGAATCTTGGAAATATTTGATGCAAACTTCAAAGAGGGCAT
CTGAGGAGAACTTGTAAGGTATGGTGAAGGTAACAACAGTGAATGACTTCATATGGTGGAGATCACATGGATTTTTGGAACAAATAATTGATTTGAACCTCGATGCGAGATTCCACCTTTGGAAATTTATGGCAGTTTAGTTAGTCATGCCTGGCAATGTTGTTTGTGGCCGGCAAGCAATGGCATAACTTACAGGAATA
AAATTATAAAACAGGGATTTGATGAGAGATGCTATATCTGTTGAATTATGGATGCAAACAGAAATATGATTGGTTGAGATGATCATTTCCTGTTAAAGGACTGCAGTTTCATTTTTTTTAAACCATGTAGCTGTTTAGTAGCAATCAAAATTACCCTCTCTAAAGTTTGTTTTCATGTTCCTTGTCCAGTAAAATTTTCT
TGCATTTTGTGACATAATTTGAACTATGTGCAGGTGGAATGGAGATAGATTTAATGTTAATGACCATAAACATTTAGATTGCTTGTGGACCAGATGATTTATAGTTTTTGTAGTTGAATTGTTTTGAAAAGTTATAAACAGTGAGTTCAAATTCTTTCTGGGTTGTGCCTTTCTGTATCTCACGTGGAGTATCTGTGACA
GTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTTTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTCGGAGGGTGGTAAGTAGTCTTTGGTTTGTTCTTAGAAGAGAAACTGATGTAAATTAAATTTGTTATAATTTGTTTATTCCTTAGGACATGAAAGATAGTTTTATGTGTCAAAGATTTCAATTTTTGAAACAC
AAATTTAATGCTTCCAAAAATGCCAAATGTGTAGGTAAACACAACCATAAAACTTTTAGATTTTGTGTTAGGAAAGGTCATGTCACTTATGTTTGATATCATACTATTAAAATGTTCATGGAGTAGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGGTATATTGCAAGCCAAACGTGAAAGT
GTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATAAATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACT
TGTTGTGGTTTTGACTGCAGTGCTTGAGTTGTGACTAAAGAAGATTATGTACAGACACTGATTGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTGCTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTAT
AACTAATCAAGGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCAAATGAGCAGGATAACACAAAAGAGTAAATATAGTATTTACACCAATAACATATTTCTAAAGACATGTGTTCTAGATTCTACTAATAACATATTTCTAAAACATTATCATGAGATCTCGCTCAAGATTTCAACTCATGAGTCATGGGAGGTGGAACTAATTGGT
AGTTAGTGTTGTAAAGGGTGTATTTGTTGATGTTGGTTCTATCAAGTGAATTGAAAGAGAAGTGGAACTTGGATTCCTAGGTTTTGCTCACAAAGAGGCACATTTTTGTACTTTATTATTCTCCTCATGTAATAACCTAAGGTTTCTTATTGTTTTCTATCATCAACTTCTTTAGTTGTTGTGTATTCTCGATATTTTGT
TTGTTGTTTCTTCCTTAAAAATATGCAATTGCATTGAAACTCATCCTTAAGAACTTGTATGTTCCTCTTTTTCATGTAAAAGATTTGTCAAAAATGTATGACATTCCTTTTCTTGTTTCTTTAGCTAGTCCCCTTGGTCAAGCTTGATGTTGGTTTGTAGGGGCCACCTCTACTAGTCACTAGTTGAACATGATTATTTG
GGATGACATTTACAGGTAGTTCATTTGGTC
>TRINITY_DN127994_c0_g2_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTTGCTTTGTTAAGTTATGATTTTCTTGTATTTGTAATTGCTTGGGGGATTAGGATTTATTTTTTAATATATTTTCTGCCAAGAGATTATAATTTCTATGGTGCACTCAAAGTTTTCTCACCGCCCCTGGCATCTTTCAGTATAGTTGCACAGACTCAAGAATCTTGGAAATATTTGATGCAAACTTCAAAGAGGGCAT
CTGAGGAGAACTTGTAAGGTATGGTGAAGGTAACAACAGTGAATGACTTCATATGGTGGAGATCACATGGATTTTTGGAACAAATAATTGATTTGAACCTCGATGCGAGATTCCACCTTTGGAAATTTATGGCAGTTTAGTTAGTCATGCCTGGCAATGTTGTTTGTGGCCGGCAAGCAATGGCATAACTTACAGGAATA
AAATTATAAAACAGGGATTTGATGAGAGATGCTATATCTGTTGAATTATGGATGCAAACAGAAATATGATTGGTTGAGATGATCATTTCCTGTTAAAGGACTGCAGTTTCATTTTTTTTAAACCATGTAGCTGTTTAGTAGCAATCAAAATTACCCTCTCTAAAGTTTGTTTTCATGTTCCTTGTCCAGTAAAATTTTCT
TGCATTTTGTGACATAATTTGAACTATGTGCAGGTGGAATGGAGATAGATTTAATGTTAATGACCATAAACATTTAGATTGCTTGTGGACCAGATGATTTATAGTTTTTGTAGTTGAATTGTTTTGAAAAGTTATAAACAGTGAGTTCAAATTCTTTCTGGGTTGTGCCTTTCTGTATCTCACGTGGAGTATCTGTGACA
GTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTTTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTCGGAGGGTGGTAAGTAGTCTTTGGTTTGTTCTTAGAAGAGAAACTGATGTAAATTAAATTTGTTATAATTTGTTTATTCCTTAGGACATGAAAGATAGTTTTATGTGTCAAAGATTTCAATTTTTGAAACAC
AAATTTAATGCTTCCAAAAATGCCAAATGTGTAGGTAAACACAACCATAAAACTTTTAGATTTTGTGTTAGGAAAGGTCATGTCACTTATGTTTGATATCATACTATTAAAATGTTCATGGAGTAGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGGTATATTGCAAGCCAAACGTGAAAGg
ttaggtccttattctaattttttaattgaaatttgaagtagtaaaatgctcagaactgaaatgatactagaattgttgaatttattcaacagTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATAAATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACT
CTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTGTTGTGGTTTTGACTGCAGTGCTTGAGTTGTGACTAAAGAAGATTATGTACAGACACTGATTGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTT
ATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTGCTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCAAGGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCAAATGAGCAGGATAACACAAAAGAGTAAATATAGTATTTACACCAATAACATATTTCTAAAGACATGTGTT
CTAGATTCTACTAATAACATATTTCTAAAACATTATCATGAGATCTCGCTCAAGATTTCAACTCATGAGTCATGGGAGGTGGAACTAATTGGTAGTTAGTGTTGTAAAGGGTGTATTTGTTGATGTTGGTTCTATCAAGTGAATTGAAAGAGAAGTGGAACTTGGATTCCTAGGTTTTGCTCACAAAGAGGCACATTTTT
GTACTTTATTATTCTCCTCATGTAATAACCTAAGGTTTCTTATTGTTTTCTATCATCAACTTCTTTAGTTGTTGTGTATTCTCGATATTTTGTTTGTTGTTTCTTCCTTAAAAATATGCAATTGCATTGAAACTCATCCTTAAGAACTTGTATGTTCCTCTTTTTCATGTAAAAGATTTGTCAAAAATGTATGACATTCC
TTTTCTTGTTTCTTTAGCTAGTCCCCTTGGTCAAGCTTGATGTTGGTTTGTAGGGGCCACCTCTACTAGTCACTAGTTGAACATGATTATTTGGGATGACATTTACAGGTAGTTCATTTGGTC
Intron 4 GTATATTGCA ... TATTCAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 77.78 | 3 | 9 | 12 |
| A2 | 72.44 | 4.2 | 6 | 14 |
| A3 | 78.94 | 2.6 | 8 | 11 |
| A4 | 59.26 | 11 | 21 | 11 |
| A5 | 88.89 | 0.9 | 8 | 4 |
| A6 | 31.79 | 23.7 | 6 | 16 |
| A7 | 27.37 | 37.3 | 7 | 21 |
| A8 | 35.43 | 39.3 | 10 | 33 |
| A9 | 28.22 | 31 | 8 | 16 |
| A10 | 30.86 | 29.2 | 3 | 23 |
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoformCCGGAGGAAAAACGCCCGAAGGTTCCTCAGCTTGCGAGTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTGGAGGGTGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATA
AATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTTGACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTA
GAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCCATGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCA
AAAAA
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i7 from sample A6 / Example unspliced isoform:CTGGTTATTAAAAAATAATAAAATATTATGTTACTACATCATTACATGTATAATTTATGATTTATTATGTTACATGTAGTGATGTATGTTATTGGGACATTGTTATCTATAAGATTTCAATGATTTATGTTTAGTTTTCATATATTTTATTTTTTACTTTTTTGGGCAGGGTCCCCTATGTTGGAGACCTCAATGCCCCC
TATGATTCTCCCTAGAATTTGGGGGGTGCTTTTTGATGCCCCCTGGATGTGTTTCCCTGCTCCCATGTCCTTGAAACTTGGTGGAACTTTGCATATTGCTTGTACTGGATATGCAAATGGAATTTTATTGAGAAATGCCTGAAATATGGCTTGAAAGTCCTTAGACTACTTTTTATTTCTGCTGAAAATCTGTTGTGATA
TTGAGGTGCAACAGTTGGTACCAAAAGGGTTGTTTTTTTTTCTGAAACCCATAGATGTCATTTTGGAGTTATTTTTAACGGTTCACTGTTGAACAGTGCTTGAAGGTGGTTCTCTAGTTTTTGAAGATTAATTTGCTTTGTTAAGTTATGATTTTCTTGTATTTGTAATTGCTTGGGGGATTAGGATTTATTTTTTAATA
TATTTTCTGCCAAGAGATTATAATTTCTATGGTGCACTCAAAGTTTTCTCACCGCCCCTGGCATCTTTCAGTATAGTTGCACAGACTCAAGAATCTTGGAAATATTTGATGCAAACTTCAAAGAGGGCATCTGAGGAGAACTTGTAAGGTATGGTGAAGGTAACAACAGTGAATGACATCATATGGTGGAGATCACATGG
ATTTTTGGAACAAATAATTGATTTGAACCTCGATGCGAGATTCCACCTTTGGAAATTTATGGCAGTTTAGTTAGTCATGCCTGGCAATGTTGTTTGTGGCCGGCAAGCAATGGCATAACTTACAGGAATAAAATTATAAAACAGGGATTTGATGAGAGATGCTATATCTATTGAATTATGGATGCAAACAGAAATATGAT
TGGTTGAGATGATCATTTCTTGTTAAAGGACTGCAGTTTCATTTTATTTTAACCTTGTAGTTGTTTACTACCAATCAACATCACCCTCTCTAAAGTTTGTTTTCATGTTCCTTGTCCAGTAAAATTTTCTTGCATTTTGTGACATAATTTGAACTATGTGCAGGTGGAATGGAGATAGATTTAATGTTAATGACCATAAA
CATTTAGATTGCTTGTGGACCAGATGATTTATAGTTTTTGTAGTTGAATTGTTTTTAAAAGTTATAAACAGTGAGTTCAAATTCTTTTTGGGTTGTGCCTTTCTGTATCTCACGTGGAGTATCTGTGACAGTGTGATAGTGGAAGTTCTAAAGGTAGACGGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTG
GAGGGTGGTAAGTAGTCTTTGGTTTGTTCTTAGAAGACAAACTAATGTAAATTAAATTTGTTATAATTTGTTTATTCTTTAGGACATGAAATATAGTTTTTTGTGTCAAAGATTTCAATTTTTGAAACACAAATTTAATGCTTCCAAAAATGCCAAATGTGTAGGTAAACACAACCATAAAACTTTTAGATTTTGTGTTA
GGAAAGGTCATGTCACTTATGTTTGATATCATACTATTAAAATGTTCATGGAGTAGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGgtatattgcaagccaaacgtgaaaggttaggtccttattctaattttttaattgaaatttgaagtagtaaaatgctcagaactgaaatgatactag
aattgttgaatttattcaacagTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATAAATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAA
TCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTTGACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTAGAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGT
GGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCCATGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCAAAAAA
Intron 5 GTAAGTAGTC ... CATGGAGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 69.43 | 3 | 10.1 | 3.5 |
| A2 | 89.66 | 1 | 10.9 | 6.5 |
| A3 | 72.35 | 5.2 | 15.5 | 11.3 |
| A4 | 68.41 | 6 | 12 | 15.1 |
| A5 | 100 | 0 | 12 | 5.6 |
| A6 | 39.84 | 11.8 | 3.3 | 12.4 |
| A7 | 34.4 | 21.6 | 11.3 | 11.6 |
| A8 | 50.01 | 11.7 | 6.9 | 16.5 |
| A9 | 28.85 | 16.5 | 5.3 | 8.1 |
| A10 | 16.18 | 9.5 | 0.3 | 3.5 |
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoformCCGGAGGAAAAACGCCCGAAGGTTCCTCAGCTTGCGAGTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTGGAGGGTGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATA
AATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTTGACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTA
GAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCCATGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCA
AAAAA
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i5 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCGGAGGAAAAACGCCCGAAGGTTCCTCAGCTTGCGAGTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTGGAGGGTGgtaagtagtctttgggttgttcttagaagagaaactgatgtaaattaaatttgttataatttgtttattccttaggacatgagaga
tagttttatgtgtcaaagatttcaatttttgaaacacaaatttaatgcttccaaaaatgccaaatgtgtaggtaaacacaaccataaaacttttagattttgtgttaggaaaggtcatgtcacttatgtttgatatcatactattaaaatgttcatggagtagATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCC
TATGAACAAAGTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATAAATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTG
TCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTTGACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTAGAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGTGGATATTGTTG
TTAGCCACTTATAACTAATCCATGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCAAAAAA
Intron 6 GTATATTGCA ... AACGTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 45.45 | 3 | 3 | 2 |
| A2 | 45 | 4.5 | 2 | 4 |
| A3 | 55 | 2.5 | 3 | 3 |
| A4 | 42.11 | 11 | 5 | 11 |
| A5 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A6 | 41.31 | 23.5 | 14 | 19 |
| A7 | 41.36 | 37 | 20 | 32 |
| A8 | 45.91 | 39 | 26 | 40 |
| A9 | 48.59 | 30.5 | 22 | 35 |
| A10 | 42.64 | 29 | 15 | 28 |
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i9 from sample A6 / Example spliced isoformCCGGAGGAAAAACGCCCGAAGGTTCCTCAGCTTGCGAGTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTGGAGGGTGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGTGTGGGAGGATGACAGAATGCTGGATTTTGAATAGATA
AATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTTGACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTA
GAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCCATGCCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCA
AAAAA
>TRINITY_DN43073_c0_g1_i13 from sample A6 / Example unspliced isoform:CCGGAGGAAAAACGCCCGAAGGTTCCTCAGCTTGCGAGTGTGATAGTGGAAGCTCTAAAGGTAGACAGTGTGCAGAGGCTTTGCTCATCATTGGAGCCAATTCTTTGGAGGGTGATCTGGTCTATATGTGAGGCTGAAGTGGAACATTGCCTATGAACAAAGgtatattgcaagccaaacgtgaaagTGTGGGAGGATGA
CAGAATGCTGGATTTTGAATAGATAAATACAGGAGGAAATATTCTCTCAAGAATTGTATAAGTATTCCCTTTTGAACTACCTGCAGTTTGAAACTCTCCATACTTGGGCTATCTCAAGACTCTTGATCTCCTATTTCAAACAGTGGATTAATCGTTCATGAACAATCTTGTTTCTGTCTCTTGAAACTTCTTGTGGTTTT
GACTACAGCTCTTGAGTTGTGACTAGAGAAGATTATGTACAGACACTGAATGTGCATGTGTGCTATCTGCATTGGTTACAAAGATAAAACATTTTATTTTGTAAGGATGTCAGTCATGACTTTTTGGGGGTTCCCTTTATATTTTCAAAAAACTACTTCAAATGTGGATATTGTTGTTAGCCACTTATAACTAATCCATG
CCCAAATAAAGTGCTTCCTTAATCAAAAAA