sp|O23461|ARAK_ARATH ----> L-arabinokinase

Intron 1 GTAAGGAATT ... TGTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.95	4	15	19
A2	59.93	8.1	9	15
A3	68.26	7.3	16	15
A4	72.91	5.1	16	11
A5	87.69	1.8	14	10
A6	-1	0	0	0
A7	14.29	3	0	1
A8	68.75	1.3	2	2
A9	-1	0	0	0
A10	39.58	3.3	0	4

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGCTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGG
TGACCAGGAGGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTCCTTGTTCAACCATGGATGCTTTATGAGGCAATATTTAGGGTGTATTTAATATTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGG
GTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGG
GGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCA
AAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTTGAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTATTTCATTTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTATATATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTT
TTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTTCTGTGTTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCC
TTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGTATCTTTTGTTATTGCTGTTATTTTCCCCTTTTCCCTGGTTCTTAATTTTTT
GCATTTGTGAGCATGGGCATTCTAATTTGTGTTTTTTTAATGTGTGCCTTCTGATCTTTTTATTTTTATTTTCATTTTTGTTCATGTGTTTTTTTGGGTTTAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGgtaaggaattttactcatttgttactacataattatagggtttcgtgtttgtttta
attgaattcatattttgcttcaaaattatatcatgtgtgattgtttaaatttagatgtaatgcagGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATT
TTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCAAAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGCTATCTTTTGGTTGTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTT
GAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTGTTTCATGTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTGTATATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTGTTT
CAATTTGTTTTCTTTTTGTTATT

Intron 2 GTATGTATGG ... GCAAGTAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	62.26	10	9	24
A2	58.33	5	3	11
A3	51.22	10	7	14
A4	100	0	4	13
A5	71.43	3	6	9
A6	33.33	1	0	1
A7	-1	0	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	-1	0	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGA
GGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATT
TGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGA
GGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAAGCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCATGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTTTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTG
TGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i19 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGAGgtatgtatggtttcatgtgtatctgttcaattttaattcatcttatattatttgtgatttatttatttattgagtgcactgcaatgcaagtaaagGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAG
AGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGTGAGTTGTCTTTTGGTACAAAATCCATGTATGATTTCTCGTAAGCTATTTTGATCTCTGTTTTATATTTTTCACAAAATTGTATGTATTTAATATTTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTAT
GAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGC
AGAGGGTGAGTTATCTTCTAGACCTTGGTGCAAGACTCATGTAGTTCGATTATGAAATTCTCTTTGTTTGAATACAATGGTTTTTTCCCTAGAATTCAACCATGAAAATTTTCCCCTTGAATCCAACCATGAAATTTTTCCTCGTGATACAGATTCATTACAAAATATTGCCCCGTATGCCTCTGTTCTTCCACAAAAGA
GTTGTGTAAACCTATCACCACAAAAGTTGCCCAAAAATATATATATAATATTTAGATACCAATATGTTCCATTGATTGTATTTAGGTAAGTATTATTTGAAAGGAAGATGGGTCTAATCTTGTAGGAAGC

Intron 3 GTATGTTGCT ... TTGTCCCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.54	147	11	38
A2	24.03	98	16	31
A3	23.68	116	5	36
A4	21.19	93	2	25
A5	20	60	6	15
A6	2.7	36	0	1
A7	18.96	106.8	0	25
A8	10.91	49	0	6
A9	19.29	113	10	27
A10	19.66	94	2	23

>TRINITY_DN122960_c0_g1_i4 from sample A2 / Example spliced isoform

TAGGCATTAAGTTTTTGTGTGGAACATGCAATGCGATCGGTTTAGTACGTCCATGCCGTGCTTCTCTCAGTCCCATCCCATCGCATCTATTTATATTCGCATTTCTTCGCTGCTCCTTCCATCATATCCCTTAACATAACAGAATGGACGGGAGGTCAGAGGATCAAGACTCTGTGGCGCCCCTGCGCCTGACATTTGCG
TATTATGTCACAGGCCATGGATTTGGCCACGCCACCCGAGTCGTGGAGGTGGTACGACATCTTGTTGCAGCGGGACATGAAGTTCATGTGGTCACTGGGGCTCCAGACTTTGTCTTCACCAGTGAAATAAGTTCTTCTAACTTGTTCCTTCGCAAGGTTTTGCTTGATTGTGGAGCTGTGCAAGCAGATGCTTTGACTGT
TGATCGGCTTGCATCCTTAGAGAAGTATTCCCAGACAGCAGTTGTACCACGTGCCTCAATATTGGCTACTGAGGTAGAGTGGCTGAAATCAATCAAGGCCGATTTGGTGGTCTCAGATGTTGTACCCGTGGCATGTCGAGCAGCAGCAGATGCTGGCATCCGATCTGTTTGTGTGACCAATTTCAGTTGGGATTTTATCT
ATGCAGAATATGTTATGGAAGCTGGTTATCATCACCGTTCCACAGTTTGGCAGATAGCTGAAGACTACTCTCATTGCCTTTTCTTGCTCAGACTACCTGGCTATTGCCCTATGCCAGCTTTTCGTGATGTCATTGATGTGCCCCTTGTTGTTAGGAAAGCACGAAGAAGTCGAGAAGAGGTGCGTAAAGAACTTGAGATT
AGTGATGATGTCAAGTTAGTTATCTTCAATTTTGGTGGTCAGCAAGCCAGCTGGACCTTGAAAGAGGAATCGCTGCCACCTGGTTGGATATGCTTGGTATGTGCTGCATCTCCAAAGCAAGTGTTCCCACCCAACTTTAAAAGGCTTCCAGCAGATGTTTACACACCTGATATTATTGCAGCATGCGATTGCATGCTAGG
AAAAATTGGATATGGTACAGTTAGTGAGGCATTGGCATACAAGATACCTTTCGTCTTTGTTCGCCGTGATTATTTCAATGAAGAGCCTTTTCTGAGGAACATGCTTGAGTACTACCATGGTGGCGTTGAAATGATTAGACGTGATTTACTAACAGGGCATTGGATTCCTTATCTTGAGCGTGCCCTAAAACTAAATCCTT
GCTATGATCTACCGATCAATGGTGGCGAGGTAGCTGCAAGTATTCTGCAGAACACTGCTAAAGGAAAAGTTTACACGTCAGATAAGTATAGTGGAGCAAGAAGATTGCGAGATGCCATTGTTCTGGGATTTCAGTTACAGAGGATTCCTGGCCGGGATATTAGCATTCCAGAGTGGTATACACATGCAGAAAATGAGCTT
GGTCTTCGTTCTATGATGCCCGGTGAAGAGAGAAATGAACATGATGTGACTTCTACCAAAGAACTAGGTATTGAGGAGTTTGAGATTCTTCATGGAGACATACGTGGCTTTCCAGACACTTCTGCTTTCTTGAAGAGTTTGGCAAGTTTGGACATTGATTTCAATTCAAATGATAAAGCAGAGAGGCGCCGAATTCGTGA
GCGTGTGGCTGCGGCTGGCTTATTTAACTGGGAGGATGTAATATTTGTTGCAAGAGCCCCTGGGCGGTTAGATGTCATGGGTGGGATTGCAGATTATTCAGGAAGCCTTGTTTTACAGATGCCAATTAGAGAGGCTTGCCATGTTGCTGTGCAAAGGAGTAATCCGAGCAAGCAGAGGCTTTGGAAACATGCCCTTGCTC
GCCAGCATGCAAGGGGGGAAGGATTTAGACCTGTGGTGCAGATTGTCTCATTTGGTTCAGAACTGAGCAATCGAGCTCCAACTTTTGACATGGATTTAGCAGATTTCTTGGACACAAATGGTCCTATTACATACGAGAAAGCACGGAAATATTTTGCGCAGGACCCATCCCAGAAGTGGGCTGCATATGTTGCGGGAACA
ATTCTTGTTTTAATCCGTGAGCTGGGTGTGCAGTTCGATGATGGTATTAGCATACTGGTCTCATTTGGTTCAGAACTGAGCAATCGAGCTCCAACTTTTGACATGGATTTAGCAGATTTCTTGGACACAAATGGTCCTATTACATACGAGAAAGCACGGAAATATTTTGCGCAGGACCCATCCCAGAAGTGGGCTGCATA
TGTTGCGGGAACAATTCTTGTTTTAATCCGTGAGCTGGGTGTGCAGTTCGATGATGGTATTAGCATACTGGTTTCTTCTGGGGTACCAGATGGCAAGGGTGTGTCATCTTCTGCTGCTTTAGAGGTTGCCACAATGTCAGCAATTGCTGCTGCACATGGATTGAACATTCCACCAAGGGAGTTGGCTCTCCTTTGTCAAA
AGGTGGAAAATCATATTGTTGGAGCTCCTTGTGGTGTAATGGACCAAATGACCTCAGCATGTGGTGAAGCTAATAAACTTTTAGCTATGGTGTGCCAGCCTGCAGAAGTCAGGGAACATGTAAATATTCCCTCACACATACGCTTTTGGGGTATTGACTCCGGCATACGGCATAGTGTTGGTGGAGCAGATTATGGCTCT
GTAAGGGTTGGAACATTTATGGGCCGTCAAATTATAAAATCGACTGCATCATCTCTATTGCCTCGAGCAGCAGCAACTTCACAGGAAGACGGCAATGGATTCATCCGTGATGAACTTGATGAACATGACCCTGCTTTGCTTGAAAAAGAAGCAACACTAGATTACTTGTGTAACCTCCAACCTCACAGATTTGAGGCAAT
ATATACAAAGATACTTCCAGACGAGATAAGTGGACAGACTTTCTTGAATATGTATGGTGATCACAATGACCCTGTGACAACAATTAATCCCAAGTACACCTACGGATTGAAAGCTCCAACAACACATCCAGTATATGAAAATTTCCATGTTAATGCATTTGCAGTGCTGTTAACAGCAGCTTCCACTGATGAACAGCTTT
CTGCATTAGGAGAACTTCTATATCAGTCACACTATAGCTACTCCAAATGCGGTCTTGGTTCAGATGGCACAGATCGACTCGTAACTCTTGTTCAACAACTGCAACATCGGAAAAAGAATGGTTCTGATGAAAGAAAAGGTACTCTGTTTGGTGCAAAAATTACGGGTGGAGGTTCGGGTGGGACAGTTTGTGTGCTTGGT
CAGAACTGTCTTCAAAGCAGCGAAGAAATTATTGAGATTCAGCAACGATACAAGGCTGCAACAGGCCACTTACCTTTCATATTCGAAGGTTCTTCTCCAGGAGCTGGGAAATTTGGTTACCTGAAAATCCAACGCCGAGTGCATGCCAGGTCATAAGTTTAATGTCTTGAATGGACGTCACATTGTAAAGATCATTGAAT
AGGGGAAGTTATTAAATTGTAAATCAAGATGCTGGGTATTGGTCTAATTCTTTAATAAAAAAATGTAGGATACCATTTAAGTTATTGAAACTGGCTGACATGCCTTAGTATATAAAGGATACTTAAGTGCTCAGAAACTGTATCTTAGATGTAATTCTTTTCATATTCATGGACAATCTCTTTAGCTTCCACAACCAAGG
GGTTAAAAGTCAATAAACAGAGTCATATATGTTCAAGTGGAATGTGGTCTGTAGACTTTATTGTAGTTACAAAACAGATGGACAAAATATTTTTTAGGAAATCGTAGGAGACACTAATAAGTTGTGGATTCTTTGTATGGGAGACACTATTGTATTAATATAGTGGATTCTCTAGAAGACATAATAGAATCTCAGTTATC
TAGACAAAATAAATTCCAATTTTCAAGAGATATCAGTTTAGGGGGAATGTGATCTTATTTTTTTATTTTGGCAAATGCATCATGGGCC

>TRINITY_DN122960_c0_g1_i21 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TATGTGTTATAAAACATACAAACTTGCTAAGATGTTGTGGTCCTGTAGGATTTTGTTTTCATTCTATTATGACATTAAGAGAAACAAGGTGGCAGCTAGTTTAAATAATATTCTGTTCCGGGGTTTTCTATTGAGGAAGGTATGTGCTGCATCTCCAAAGCAAGTGTTCCCACCCAACTTTAAAAGGCTTCCAGCAGATG
TTTACACACCTGATATTATTGCAGCATGCGATTGCATGCTAGgtatgttgctatattctgaaggagttgtatatcagtatattcctggcattcactgtataaatggagagtctaaaagaatgaaattggctttattgtccccagGAAAAATTGGATATGGTACAGTTAGTGAGGCATTGGCATACAAGATACCTTTCGTC
TTTGTTCGCCGTGATTATTTCAATGAAGAGCCTTTTCTGAGGAACATGCTTGAGTACTACCATGGTGGCGTTGAAATGATTAGACGTGATTTACTAACAGGGCATTGGATTCCTTATCTTGAGCGTGCCCTAAAACTAAATCCTTGCTATGATCTACCGATCAATGGTGGCGAGGTAGCTGCAAGTATTCTGCAGAACAC
TGCTAAAGGAAAAGTTTACACGTCAGATAAGTATAGTGGAGCAAGAAGATTGCGAGATGCCATTGTTCTGGGATTTCAGTTACAGAGGATTCCTGGCCGGGATATTAGCATTCCAGAGTGGTATACACATGCAGAAAATGAGCTTGGTCTTCGTTCTATGATGCCCGGTGAAGAGAGAAATGAACATGATGTGACTTCTA
CCAAAGAACTAGGTATTGAGGAGTTTGAGATTCTTCATGGAGACATACGTGGCTTTCCAGACACTTCTGCTTTCTTGAAGAGTTTGGCAAGTTTGGACATTGATTTCAATTCAAATGATAAAGCAGAGAGGCGCCGAATTCGTGAGCGTGTGGCTGCGGCTGGCTTATTTAACTGGGAGGTCTTAATTTTTTCTTTTCCG
TTATACATTTTTTTGGCAAAATCACTGTTTGTACTTGGATCTTTATTCTTGTTGTGAATTCTTTTCAATACTTAACATGGAAAATATACTAGCAAAAGGATTAAGCTGGATTCTCATCAATTTAACCATCCCTAAAAGGTTATTTCCGAGGTACAAATAATTAGCTACACATTGGGAAGAGCATTTCTTTATGCTCTCTA
GATTAAAAGTAACTTATGGAGTCTTCACATGGACTTTGGTAAATGATATTGTGTATACCTATGTTAATTCAAGTTTTGACACAACTCTATTTTGTCACTGTCTTTTTCATTGTCTAGTGACTTTGTGTCATTGGCATTGTTATAAAAGTGGATATTGTCGATAAAGGTACGTGCTTGAAGGATGTGACCGCGTATCTGTT
TATGAGTTCTATAAGAGGGCTGTAAAGTTAAGTTATAAGGTCATCAATAACAAATCATGATTAAGAAGTCCTCATTAATTTTATTATGCATACAGCTTTGATATCTTTAACAGGTCCCTTTTCTCAAATAGAG

Intron 4 GTAAAGGAAG ... TGGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	75	4	14	10
A2	53.33	14	25	7
A3	36.36	21	13	11
A4	45.45	6	6	4
A5	36.84	12	10	4
A6	-1	0	0	0
A7	20	4	2	0
A8	33.33	2	2	0
A9	0	3	0	0
A10	0	1	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGA
GGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATT
TGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGA
GGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAAGCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCATGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTTTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTG
TGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGTATCTTTTGTTATTGCTGTTATTTTCCCCTTTTCCCTGGTTCTTAATTTTTT
GCATTTGTGAGCATGGGCATTCTAATTTGTGTTTTTTTAATGTGTGCCTTCTGATCTTTTTATTTTTATTTTCATTTTTGTTCATGTGTTTTTTTGGGTTTAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTAAGGAATTTTACTCATTTGTTACTACATAATTATAGGGTTTCGTGTTTGTTTTA
ATTGAATTCATATTTTGCTTCAAAATTATATCATGTGTGATTGTTTAAATTTAGATGTAATGCAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATT
TTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCAAAGCTAGAGgtaaaggaagatgtgagctatcttttggttgtagaggtaaaggaagatgtgagttatcttttggtt
gaaaatgcatgtatgatttctcctaagatatttcgatatttgtttcatgtttctcacaatattttgtgtgcatttgctatttctcataatattttatgatctttatttaatacttgtatattttggtgtgcagGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTGTTT
CAATTTGTTTTCTTTTTGTTATT

Intron 5 GTAAAGGAAG ... TGGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.08	7.7	18	10.3
A2	49.67	15.3	21	9.3
A3	47.48	19.3	22.7	13
A4	48.71	5.7	5.3	5.7
A5	33.51	12.3	7.7	4
A6	-1	0	0	0
A7	17.78	4.3	1.3	0.7
A8	27.62	2.7	1.3	0.7
A9	-1	2	0	0
A10	-1	0.7	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGA
GGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATT
TGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGA
GGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAAGCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCATGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTTTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTG
TGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i16 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGCTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGG
TGACCAGGAGGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTCCTTGTTCAACCATGGATGCTTTATGAGGCAATATTTAGGGTGTATTTAATATTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGG
GTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGG
GGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCA
AAGCTAGAGgtaaaggaagatgtgagttatcttttggttgaaaatgcatgtatgatttctcctaagatatttcgatatttatttcatttttctcacaatattttgtgtgcatttgctatttctcataatattttatgatctttatttaatacttatatattttggtgtgcagGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTT
TTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTTCTGTGTTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCC
TTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

Intron 6 GTGAGTTGTC ... TGGTGTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	69.23	6	17	10
A2	45.95	10	8	9
A3	46.15	7	5	7
A4	100	0	4	5
A5	53.85	6	8	6
A6	33.33	1	1	0
A7	100	0	1	0
A8	100	0	2	2
A9	100	0	0	1
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGA
GGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATT
TGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGA
GGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAAGCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCATGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTTTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTG
TGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i19 from sample A3 / Example unspliced isoform:

CTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGAGGTATGTATGGTTTCATGTGTATCTGTTCAATTTTAATTCATCTTATATTATTTGTGATTTATTTATTTATTGAGTGCACTGCAATGCAAGTAAAGGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAG
AGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATgtgagttgtcttttggtacaaaatccatgtatgatttctcgtaagctattttgatctctgttttatatttttcacaaaattgtatgtatttaatatttctcataatattttatgttttttacttttctatttttggtgtgcagGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTAT
GAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGC
AGAGGGTGAGTTATCTTCTAGACCTTGGTGCAAGACTCATGTAGTTCGATTATGAAATTCTCTTTGTTTGAATACAATGGTTTTTTCCCTAGAATTCAACCATGAAAATTTTCCCCTTGAATCCAACCATGAAATTTTTCCTCGTGATACAGATTCATTACAAAATATTGCCCCGTATGCCTCTGTTCTTCCACAAAAGA
GTTGTGTAAACCTATCACCACAAAAGTTGCCCAAAAATATATATATAATATTTAGATACCAATATGTTCCATTGATTGTATTTAGGTAAGTATTATTTGAAAGGAAGATGGGTCTAATCTTGTAGGAAGC

Intron 7 GTATGTATGG ... TGTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	84.62	2	9	9
A2	55.11	16	16	23
A3	59.32	12	13	22
A4	20.84	4	0	2
A5	85.71	2	7	17
A6	-1	0	0	0
A7	0	2	0	0
A8	-1	0	0	0
A9	100	0	1	2
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGCTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGG
TGACCAGGAGGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTCCTTGTTCAACCATGGATGCTTTATGAGGCAATATTTAGGGTGTATTTAATATTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGG
GTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGG
GGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCA
AAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTTGAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTATTTCATTTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTATATATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTT
TTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTTCTGTGTTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCC
TTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGTATCTTTTGTTATTGCTGTTATTTTCCCCTTTTCCCTGGTTCTTAATTTTTT
GCATTTGTGAGCATGGGCATTCTAATTTGTGTTTTTTTAATGTGTGCCTTCTGATCTTTTTATTTTTATTTTCATTTTTGTTCATGTGTTTTTTTGGGTTTAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTAAGGAATTTTACTCATTTGTTACTACATAATTATAGGGTTTCGTGTTTGTTTTA
ATTGAATTCATATTTTGCTTCAAAATTATATCATGTGTGATTGTTTAAATTTAGATGTAATGCAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATT
TTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGgtatgtatggttccatgtatgcctgtttaattttgatgcatcttctattatgtgtgatttattgagtgcaatgtaatgcagGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTA
GAAGCAAAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGCTATCTTTTGGTTGTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTTGAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTGTTTCATGTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTGTAT
ATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGT

Intron 8 GTAAAGGAAG ... GGTTGTAGAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	56.19	14	13.3	17
A2	50.38	21.3	24.7	17.3
A3	38	24.3	13.7	16
A4	48.29	6	4.7	6.7
A5	63.79	6.7	12	9.3
A6	-1	0	0	0
A7	47.62	2.7	2	2.7
A8	64.45	1.3	2	2.7
A9	0	1	0	0
A10	0	0.3	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i16 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGCTTTTACAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGG
TGACCAGGAGGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTCCTTGTTCAACCATGGATGCTTTATGAGGCAATATTTAGGGTGTATTTAATATTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGG
GTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGG
GGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTAGAAGCA
AAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTTGAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTATTTCATTTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTATATATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTT
TTGAGGTTGCAGAGTAGAGTTTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTTCTGTGTTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTTGTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCC
TTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i12 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGTATCTTTTGTTATTGCTGTTATTTTCCCCTTTTCCCTGGTTCTTAATTTTTT
GCATTTGTGAGCATGGGCATTCTAATTTGTGTTTTTTTAATGTGTGCCTTCTGATCTTTTTATTTTTATTTTCATTTTTGTTCATGTGTTTTTTTGGGTTTAGGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTAAGGAATTTTACTCATTTGTTACTACATAATTATAGGGTTTCGTGTTTGTTTTA
ATTGAATTCATATTTTGCTTCAAAATTATATCATGTGTGATTGTTTAAATTTAGATGTAATGCAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATT
TTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTATGTATGGTTCCATGTATGCCTGTTTAATTTTGATGCATCTTCTATTATGTGTGATTTATTGAGTGCAATGTAATGCAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTA
GAAGCAAAGCTAGAGgtaaaggaagatgtgagctatcttttggttgtagagGTAAAGGAAGATGTGAGTTATCTTTTGGTTGAAAATGCATGTATGATTTCTCCTAAGATATTTCGATATTTGTTTCATGTTTCTCACAATATTTTGTGTGCATTTGCTATTTCTCATAATATTTTATGATCTTTATTTAATACTTGTAT
ATTTTGGTGTGCAGGATGTCCTTATATGGCCACGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGT

Intron 9 GTATCTTTTG ... TTGGGTTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	94.05	0.6	7	12
A2	45.45	6	8	2
A3	49.68	8.6	10	7
A4	84.62	2	8	14
A5	73.45	2.4	3	10
A6	-1	0	0	0
A7	0	2	0	0
A8	58.33	1.3	2	0
A9	-1	0	0	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i10 from sample A3 / Example spliced isoform

TGCCAACTCTTCTTGATCATTCACTCATTAAATGCATTTGACGTGAATTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTC
ACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAGGGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCT
GGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTATTGGTTTCATAGTTTTTTTTGAACTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGA
TTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTTAGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTGGATTCAGTGCAGTGCAGGCAAAGGGTGACCAGGA
GGAAGGTTGGAAGAGCACCAAGGAAGCTAGTGAAATATCTTTGTGCGAGACTATAGTAGAGTGCAGAGTCAAAGGCAAAGGAAGATGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGGGTTGATGCAAATT
TGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATTTTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGA
GGAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTCAGAAGCAAAGCTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCATGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTTTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTG
TGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCTATGGCTCTATTTTTTTTTTAGTTGTGAGCATGGCCATGTTAATTTGTGTATTGTTATTTTGTTTTTCTTGCGTTCCTTATCTCTTCTTTTTGTTATTTTTGTTCATATTTTTT

>TRINITY_DN109442_c2_g1_i5 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TTCTCATAATATTTTATGTTTTTTACTTTTCTATTTTTGGTGTGCAGGGTGTTCTTGTTTAGCCATGGATGCTTTATGAGGCTGTAGAGCAAAGTCTGCCTAATCTTAGGCCAAATACGTTTTCATTTTTTTTTGCAATTGTTGGAGgtatcttttgttattgctgttattttccccttttccctggttcttaatttttt
gcatttgtgagcatgggcattctaatttgtgtttttttaatgtgtgccttctgatctttttatttttattttcatttttgttcatgtgtttttttgggtttagGGTTGATGCAAATTTGATAGGTGTAGTGGGAAAATATGGAGGTAAGGAATTTTACTCATTTGTTACTACATAATTATAGGGTTTCGTGTTTGTTTTA
ATTGAATTCATATTTTGCTTCAAAATTATATCATGTGTGATTGTTTAAATTTAGATGTAATGCAGGTCAATGGAAGTGGAGTAGTGCTAATGAAATTACCAAATATGTTTGTGTGAGAGATATGGGGCACCATAGCAAAACCATAGGCAAAGGCAGAGGGAGGTAGGTAAATCAAGCAGGGCGTAAGGTTGGTGCAGATT
TTAAAGGTGCATTCGATGAAGGCAAAGGGTGAGGAGGAGGAGGTATGTATGGTTCCATGTATGCCTGTTTAATTTTGATGCATCTTCTATTATGTGTGATTTATTGAGTGCAATGTAATGCAGGTAAAGGAAGGTGGAGGAGCATTGAAGAAGCTAGTGAAATATATTTTTGTGTGAGAGACTATGTAGAGTCAAAGTTA
GAAGCAAAGCTAGAGGTAAAGGAAGATGTGAGCTATCTTTTGGTTGTAGAGGATGTCCTTATTTGGCCGTGGATGCTTTTTGAGGTTGCAGAGTAGAGTCTTTGCCTATTGGTTGTTTCAATTTGTTTTCTTTTTGTTATTCCTATTGTTTTTTGTGATTGTTGGTTGTATCTTTTGTTTTTGTTTTCTTTCCCACTTCT
ATGGCTCTATTTTTTTTTT

Intron 10 GTATGGTTGG ... TTTATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	24.05	30	5	14
A2	21.21	13	3	4
A3	22.39	26	7	8
A4	18.52	11	3	2
A5	39.39	10	10	3
A6	33.33	1	0	1
A7	33.33	1	1	0
A8	23.08	5	1	2
A9	11.11	4	1	0
A10	-1	0	0	0

>TRINITY_DN89190_c0_g1_i2 from sample A5 / Example spliced isoform

TTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTCACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAG
GGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCTGGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTA
TTGGTTTCATAGTTTTTTTTGACCTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGATTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGGCGGCCTT
AGCAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTATGTATAGTTTAATGTTATATAATTATATAATTTTCTTTTTTAATTTAGAGTGGAAGAGGGTGTCTTCTTTTTGTGCAAAAA
CCATGTAATTATCCTTATTTTCAATTGTTTTCCTACCTCTTTATGTTTTTTGGGTTTGTGTATTTTTGGTCTTTACATAAAATGTACATTTCTATCCTAGGGTTTTTGGTCTTTGTTATATATATATATATTTTCTAGAAAAGAAGAGCATATCGTACATTTCTATATAAGATTCTACCTAGGGTTTTTGGTCTTTGTTT
TATATATAT

>TRINITY_DN89190_c0_g1_i1 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TTTTGGACGGAAGGGGAAATGTGATGTGATGGAAGAAGAGCAGGTGTCCATGGATGCAGAGCAGGTGTCCTCGGTTTGCTTTCATGTGGTGTCCTCTTCTGGTGGCTTTGTTTGGCCTTGGACGAAGGGCCAACAGAGTTCGATTTTGATTTCACAGTGGATGTGATGTGACTGTGGACTTGGTTGGCCATGGACGAAAG
GGGCAGCGCTTGATTTTGTGTATGTTGTGTTTTTCTATGTTTCCGCCATTTTATTTTTTGGTGTTTCTGTTTCTCTGATTGTTATATACAGCAATTTGAGCATGGCCATGCTAATTTCTGGTTTGATATGTTGTTTGTTTGGTTTGGTATGCTGGCTTGTCTTTTCTGTTGGCTTTCTTTTTCTTCTTTCCTGTTATTTA
TTGGTTTCATAGTTTTTTTTGACCTTGGGTTTAATGGGTCATTTGCTTTCATAGATTTTTGACCTTTGGATTTAATGGGTATTCTGCTTTCATAGGTTTTTTTTTGGGTTTTGGTGTAATGGATAGAAAATTAAGGCAGGCCAGGTAATCAGATTTCACAGGTGCAGGGCGCAGGCGAATACTAGAGAAACGgtatggtt
gggtttaatttatgtcattttttttatagaaatgataatgcgattttgttttaaaattttgagcgaagaaaggcgatggagttgtgcaaaaccatatcctcacttcaaactctattaatctatttcctctttacctatttagtctttatgatttatgtctctctctaacatattttataatttattacagGCGGCCTTAG
CAGCCCATCGGATGCAGATTTTACAGGTGTAGGGGAGCAAGGGAGGGCGAAGGAGAAGGTTTATGGACTCATTTCTGCTACAGTGGGTGCATCCATGCAAAGGTCAACGAGAAGGTATGTATAGTTTAATGTTATATAATTATATAATTTTCTTTTTTAATTTAGAGTGGAAGAGGGTGTCTTCTTTTTGTGCAAAAACC
ATGTAATTATCCTTATTTTCAATTGTTTTCCTACCTCTTTATGTTTTTTGGGTTTGTGTATTTTTGGTCTTTACATAAAATGTACATTTCTATCCTAGGGTTTTTGGTCTTTGTTATATATATATATATTTTCTAGAAAAGAAGAGCATATCGTACATTTCTATATAAGATTCTACCTAGGGTTTTTGGTCTTTGTTTTA
TATATAT