sp|Q9FX53|TGT1_ARATH ----> Trihelix transcription factor GT-1


Intron 1 GTAACTTGCC ... TCTTTTGCAG

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>TRINITY_DN45553_c0_g1_i1 from sample A8 / Example spliced isoform
GGGAGATATTTGGCAGTCAGTGGTCTGAGAAGTGATGGGAATTGTAAAGCTAAGCACACAGACTAGTCCTCATCATCTTCTTCTGTGCATTTCATCCGTGCAAAGGTATTTGAATTGGCCATGGCGATAGGCGAATTTCAGTTAAATTCCTTAAAGGATCCGTGCATGGGTTTCGGCTTCCTTAATGGCGGCCAAATTTG
AAGCCAGGAAGATCCAGATTCTTGGCTCCAAAACCCCTCCAGAAGGAGGGTTTTACCGTTCATTTTGGTGCTCTTTAGGCTATGTGCCATTGAATTTCGTTTCTGCAGGTTTTGTTCTCATTAACCCTTAAAAAAAACCTACGCTTAAGCACGCCCTGGAGTCAGGGATTGCGAAGATTCTATGTATTTATTGGATAATC
ACAGGCAAATAGAGGAAGACGGAGAGGAGAGGGACATAATTATGGAGGTCGTGACAAACGGCTTGCAGCCGCCGACGATGCACTCGGCGGCTCAGCAGCAGCCGCAGATTATGTTGGCAGACAGCAGCGGGGAGGATCACGAGATCAAGGCCCCGAAAAAGAGGGCCGAGACGTGGGTTCAAGAGGAAATTAAAGCTCTC
ATTGCCTTGAGGCGCGAGATGGACAGCTTATTTAATACGTCCAAGTCGAACAAGCATCTCTGGGAGCAAATTTCGCTGAAAATGAGGGAACGGGGGTTTGATAGGTCGCCTACTATGTGCACCGATAAATGGCGGAACCTGTTGAAGGAGTACAAGAAGGTAAAGCATCAGGACCGGGGCAGCGGATCTGCGAAGATGTC
GTGTTATAAAGATTTGGAGGAATTACTGAGGGAGAGAGCCAAGAATGCAGCATACAAAACCCCTCCTGCCACAGCTGCTGCAAAGATGGACACTTACATCCATTTTTCGCCCAAAGGAGGTGGAAAGTCGTCACTCAATCTGGAACGCAGATTAGATCATGATGGACATCCTTTGGCAATAGCATCAGTTGATGCAGCCA
CTGCCAATGGTGTACCACCATGGAATTGGAGGGATGCCACTGCAAATGGTGATCATCACACATCTTATGGAGGAAAGGTGATTGTGGTCAAATGTGGAGAATTTACAAGGAGGATTGGTGTTGATGGTACAGCTGAAGCTATCAAAGAAGCTGTAAAATGTGCATTTGGATTGCGCACCAAGAGGGCCTTTTGGTTGGAA
GATGAAGACGGAGTTATACGTTGCCTTGACAGAGATATGCCCTTGGGGACATATATACTTCATTTGGATGATGGTTTGACTATCAAGGTCTGCACTTATAATGAGTCTGATCATCTGACGGGTGACACTGAAGAGAAGATCTTGTACACCGAAGAAGATCTTCGTGATTTTCTCACACGACGTGGTTGGTCTGGTTTGCA
AGAAGTTGGTGGATATAGAGTAATTGATTCTCTGGATGATCTTCGTCCCTTGGGTGTATATCAACGTGCAAGGCTGCTGGGGGAGTAGTTTTAACTGGTGGCTGTTTGTGCACACACTTAGCAGGGTATGCAGATGATCCACACACAAATCTAAACTTGCTTTGGAGACTGCAATGTAAGCCTATGCCTTCTGCATAAGA
CAATGTACACTAATGATAAGAATATGAGTTTTCAATAGCTCACATGGTTTCTAGCACATTCAGGTGAGCATCCAGTTATAGACAGCTATAAAATTAAGATGGAGATTGTTCAGCACTGTACAGCATCCGCATGCTTATGTTACTTGCAGACTGAATGGAAGAGCATTTCTTTCCATGTAGGTTCTAGTGTACTATTATAG
GATTTCAACCAGGAAAGCATTTACAGGGATTTGAATGTGATGTTTCTGATTTGAGATGTAGCCATTATCTCATCTTCTCATATATATATTAATATGAGAAACCATGTGAGACAGTAAAATGAATTAGTTTTGGGAAGAGAGAAATTGAGAAGAGTAATTGGACTGCTTTTTCATTCTGCAGTTTATATACTGCATAAGGC
AATGGAACCTTAAGGGCAATAATAGGTGTATGGGATGCTGCACTTGCAACATTAGGATTATTTGCTAAATCCTCGCATTCTAGGGCAAGATTTCAGACTACTGTGAAGCTGTAAACTACTAAAATTACACAGCTTGAAAAACTATGAGAGCACAGTCAAACTTGTAATGTAATCTTCATTGTACTTGTTGAATGATATAT
ATTCTTAGTATAACCTCAATTTTGGTGAAAACGGTCGATAGTGTCAATCTTTCTATGGGAGAAGTGTTGAAGTCTTAGCTTTAAAAAAAATATTATAGAGGCAACTAAATCTTGGAATCATATATAATCCAGTTCAGAAAGGTTGTTACCACCACTACAAATATAGCTGACAAGTGACAACATTACAGGCCACGAGAGTA
TCATTTAGCTCCAATCAGTAACTAGAGTCTACATTCTATCTTTAATTCATCCTAACAATTATCTGGATCTTCTTTGAGACAATTGCAGGTAAGCATTTCCTTTTCATGTTTGGTTCCTTGAGCATCAACAGAGGCTAGTGCAGGATGATTCCTTAGATTTCAACTTCATTTTTTCTTCCATTTATGCAGCTTTTCTGTAA
CTTTTATTGCAGGCAACTTAATCTTTACTTATTATTACTCTTTCATTATATTCAAATAATTGAGTGAAGCTGACTGTTATGTCAATACTTTAGAACCTGTTCAGATCTTTTGTGCTTGAACACGTGAAAATAAATGTGGTAGGACTGTAAATGGCTTAAATATCGACTGTTTTCAATAAAATATTTGGTGCACTAATCCT
TATCTGTTAATAATGTATAGATTGTTGGAGCTTGTTTTGCTTTATTTGTATCTGGACGGAACTATTCTAGTTCAAAGAAC


>TRINITY_DN45553_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:
GGAAACAATTTTTCTTCTCAGCTACTTGAGCTACACCCAATTGACTAAAATTTTGGGCATTGGTGTCTGCCCGGGAAATACAATTCTTCCCACTCTCTATCCTGTAAGCGAGAATGAGAGCGCTGGTAACTTGCTTGCGCCACTCTAATATCCACAACAACAGCTTGCTACATGTACATACCCTACTGCCCTCTGGAATT
GAACCTGTGACCTTCAAGGAAAAAAACATGTTCTTAATCATTAGTCCCACTTGGGCTGTACAATAAAGTTCATTATTACTGCTCATATGACAAGTTAAATTGGAGAAACTTTGGTAAATTCATACAAGCAAAATTTATGCCTGGGCTTTGGATAGAGATAAAAACAGATAATTTTGACTGGCATGGTGAAATGCTCCTTT
GTTTTGCTATAGTTCTTATCCCAGGTGCATATCTCAATAAAAACAGAATCTAAGAATTTAATTCTCCTGTCCAGATGAAGCTGGTTATCATAATGTATGAAGCTTTGTCGAAGTTCTTAATATCAGAAGCTTATACAAAATGCAATAAGAGAGAGATATTAACTTGGCAGCTGAATGGAATAGATACATTCCAGTCTCGT
TATTGCAACCTATTTTATTAAGTTAAATACCTATTGATTGTGTCTTGTTATGCAGGAGGTGGAAAGTCGTCACTCAATCTGGAACGCAGATTAGATCATGATGGACATCCTTTGGCAATAGCATCAGTTGATGCAGCCACTGCCAATGGTGTACCACCATGGAATTGGAGGGATGCCACTGCAAATGgtaacttgcctgg
cctagtttatatatttgaagtttgattagaaatgttgtgttctcagccactcatcactaggcaaactttattgctcttgcataatataatctgaaaagttttcaccattggctgtgttgaattttgaaatattggtgtactttaaatcaagcaactggatttcacagacaattttttctgaaaagattaataatggttct
gctcaaagattttgattgcctccaaaccttttctagtataactagagtttgattgttgatatactaactggcataccttgtgaattgatgggaagtatccacttgaatatccttttttaatgaggtacttctttgcattaacaaattcttttgcagGTGATCATCACACATCTTATGGAGGAAAGGTGATTGTGGTCAAA
TGTGGAGAATTTACAAGGAGGATTGGTGTTGATGGTACAGCTGAAGCTATCAAAGAAGCTGTAAAATGTGCATTTGGATTGCGCACCAAGAGGGCCTTTTGGTTGGAAGATGAAGACGGAGTTATACGTTGCCTTGACAGAGATATGCCCTTGGGGACATATATACTTCATTTGGATGATGGTTTGACTATCAAGGTCTG
CACTTATAATGAGTCTGATCATCTGACGGGTGACACTGAAGAGAAGATCTTGTACACCGAAGAAGATCTTCGTGATTTTCTCACACGACGTGGTTGGTCTGGTTTGCAAGAAGTTGGTGGATATAGAGTAATTGATTCTCTGGATGATCTTCGTCCCTTGGGTGTATATCAACGTGCAAGGCTGCTGGGGGAGTAGTTTT
AACTGGTGGCTGTTTGTGCACACACTTAGCAGGGTATGCAGATGATCCACACACAAATCTAAACTTGCTTTGGAGACTGCAATGTAAGCCTATGCCTTCTGCATAAGACAATGTACACTAATGATAAGAATATGAGTTTTCAATAGCTCACATGGTTTCTAGCACATTCAGGTGAGCATCCAGTTATAGACAGCTATAAA
ATTAAGATGGAGATTGTTCAGCACTGTACAGCATCCGCATGCTTATGTTACTTGCAGACTGAATGGAAGAGCATTTCTTTCCATGTAGGTTCTAGTGTACTATTATAGGATTTCAACCAGGAAAGCATTTACAGGGATTTGAATGTGATGTTTCTGATTTGAGATGTAGCCATTATCTCATCTTCTCATATATATATTAA
TATGAGAAACCATGTGAGACAGTAAAATGAATTAGTTTTGGGAAGAGAGAAATTGAGAAGAGTAATTGGACTGCTTTTTCATTCTGCAGTTTATATACTGCATAAGGCAATGGAACCTTAAGGGCAATAATAGGTGTATGGGATGCTGCACTTGCAACATTAGGATTATTTGCTAAATCCTCGCATTCTAGGGCAAGATT
TCAGACTACTGTGAAGCTGTAAACTACTAAAATTACACAGCTTGAAAAACTATGAGAGCACAGTCAAACTTGTAATGTAATCTTCATTGTACTTGTTGAATGATATATATTCTTAGTATAACCTCAATTTTGGTGAAAACGGTCGATAGTGTCAATCTTTCTATGGGAGAAGTGTTGAAGTCTTAGCTTTAAAAAAAATA
TTATAGAGGCAACTAAATCTTGGAATCATATATAATCCAGTTCAGAAAGGTTGTTACCACCACTACAAATATAGCTGACAAGTGACAACATTACAGGCCACGAGAGTATCATTTAGCTCCAATCAGTAACTAGAGTCTACATTCTATCTTTAATTCATCCTAACAATTATCTGGATCTTCTTTGAGACAATTGCAGGTAA
GCATTTCCTTTTCATGTTTGGTTCCTTGAGCATCAACAGAGGCTAGTGCAGGATGATTCCTTAGATTTCAACTTCATTTTTTCTTCCATTTATGCAGCTTTTCTGTAACTTTTATTGCAGGCAACTTAATCTTTACTTATTATTACTCTTTCATTATATTCAAATAATTGAGTGAAGCTGACTGTTATGTCAATACTTTA
GAACCTGTTCAGATCTTTTGTGCTTGAACACGTGAAAATAAATGTGGTAGGACTGTAAATGGCTTAAATATCGACTGTTTTCAATAAAATATTTGGTGCACTAATCCTTATCTGTTAATAATGTATAGATTGTTGGAGCTTGTTTTGCTTTATTTGTATCTGGACGGAACTATTCTAGTTCAAAGAAC



Intron 2 GTATGTTGGT ... GTAATCTTAG

SampleRetention score (%)Exon junction reads5'ss reads3'ss reads
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>TRINITY_DN113461_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoform
GCTGTACAATAAAGTTCATTATTACTGCTCATATGACAAGTTAAATTGGAGAAACTTTGGTAAATTCATACAAGCAAAATTTATGCCTGGGCTTTGGATAGAGATAAAAACAGATAATTTTGACTGGCATGGTGAAATGCTCCTTTGTTTTGCTATAGTTCTTATCCCAGGTGCATATCTCAATAAAAACAGAATCTAAG
AATTTAATTCTCCTGTCCAGATGAAGCTGGTTATCATAATGTATGAAGCTTTGTCGAAGTTCTTAATATCAGAAGCTTATACAAAATGCAATAAGAGAGAGATATTAACTTGGCAGCTGAATGGAATAGATACATTCCAGTCTCGTTATTGCAACCTATTTTATTAAGTTAAATACCTATTGATTGTGTCTTGTTATGCA
GGAGGTGGAAAGTCGTCACTCAATCTGGAACGCAGATTAGATCATGATGGACATCCTTTGGCAATAGCATCAGTTGATGCAGCCACTGCCAATGGTGTACCACCATGGAATTGGAGGGATGCCACTGCAAATGGTGATCATCACACATCTTATGGAGGAAAGGTGATTGTGGTCAAATGTGGAGAATTTACAAGGAGGAT
TGGTGTTGATGGTACAGCTGAAGCTATCAAAGAAGCTGTAAAATGTGCATTTGGATTGCGCACCAAGAGGGCCTTTTGGTTGGAAGATGAAGACGGAGTTATACGTTGCCTTGACAGAGATATGCCCTTGGGGACATATATACTTCATTTGGATGATGGTTTGACTATCAAGGTCTGCACTTATAATGAGTCTGATCATC
TGACGGGTGACACTGAAGAGAAGATCTTGTACACCGAAGAAGATCTTCGTGATTTTCTCACACGACGTGGTTGGTCTGGTTTGCAAGAAGTTGGTGGATATAGAGTAATTGATTCTCTGGATGATCTTCGTCCCTTGGGTGTATATCAACGTGCAAGGCTGCTGGGGGAGTAGTTTTAACTGGTGGCTGTTTGTGCACAC
ACTTAGCAGGGTATGCAGATGATCCACACACAAATCTAAACTTGCTTTGGAGACTGCAATGTAAGCCTATGCCTTCTGCATAAGACAATGTACACTAATGATAAGAATATGAGTTTTCAATAGCTCACATGGTTTCTAGCACATTCAGGTGAGCATCCAGTTATAGACAGCTATAAAATTAAGATGGAGATTGTTCAGCA
CTGTACAGCATCCGCATGCTTATGTTACTTGCAGACTGAATGGAAGAGCATTTCTTTCCATGTAGGTTCTAGTGTACTATTATAGGATTTCAACCAGGAAAGCATTTACAGGGATTTGAATGTGATGTTTCTGATTTGAGATGTAGCCATTATCTCATCTTCTCATATATATATTAATATGAGAAACCATGTGAGACAGT
AAAATGAATTAGTTTTGGGAAGAGAGAAATTGAGAAGAGTAATTGGACTGCTTTTTCATTCTGCAGTTTATATACTGCATAAGGCAATGGAACCTTAAGGGCAATAATAGGTGTATGGGATGCTGCACTTGCAACATTAGGATTATTTGCTAAATCCTCGCATTCTAGGGCAAGATTTCAGACTACTGTGAAGCTGTAAA
CTACTAAAATTACACAGCTTGAAAAACTATGAGAGCACAGTCAAACTTGTAATGTAATCTTCATTGTACTTGTTGAATGATATATATTCTTAGTATAACCTCAAATTTGGTGAAAACGGTCGATAGTGTCAATCTTTCTATGGGAGAAGTGTTGAAGTCTTAGCTTTAAAAAAAATATTATAGAGGCAACTAAATCTTGG
AATCATATATAATCCAGTTCAGAAAGGTTGTTACCACCACTACAAATATAGCTGACAAGTGACAACATTACAGGCCACGAGAGTATCATTTAGCTCCAATCAGTAACTAGAGTCTACATTCTATCTTTAATTCATCCTAACAATTATCTGGATCTTCTTTGAGACAATTGCAGGTAAGCATTTCCTTTTCATGTTTGGTT
CCTTGAGCATCAACAGAGGCTAGTGCAGGATGATTCCTTAGATTTCAACTTCATTTTTTCTTCCATTTATGCAGCTTTTCTGTAACTTTTATTGCAG


>TRINITY_DN113461_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:
GGGAGATATTTGGCAGTCAGTGGTCTGAGAAGTGATGGGAATTGTAAAGCTAAGCACACAGACTAGTCCTCATCATCTTCTTCTGTGCATTTCATCCGTGCAAAGGTATTTGAATTGGCCATGGCGATAGGCGAATTTCAGTTAAATTCCTTAAAGGATCCGTGCATGGGTTTCGGCTTCCTTAATGGCGGCCAAATTTG
AAGCCAGGAAGATCCAGATTCTTGGCTCCAAAACCCCTCCAGAAGGAGGGTTTTACCGTTCATTTTGGTGCTCTTTAGGCTATGTGCCATTGAATTTCGTTTCTGCAGGTTTTGTTCTCATTAACCCTTAAAAAAAACCTACGCTTAAGCACGCCCTGGAGTCAGGGATTGCGAAGATTCTATGTATTTATTGGATAATC
ACAGGCAAATAGAGGAAGACGGAGAGGAGAGGGACATAATTATGGAGGTCGTGACAAACGGCTTGCAGCCGCCGACGATGCACTCGGCGGCTCAGCAGCAGCCGCAGATTATGTTGGCAGACAGCAGCGGGGAGGATCACGAGATCAAGGCCCCGAAAAAGAGGGCCGAGACGTGGGTTCAAGAGGAAATTAAAGCTCTC
ATTGCCTTGAGGCGCGAGATGGACAGCTTATTTAATACGTCCAAGTCGAACAAGCATCTCTGGGAGCAAATTTCGCTGAAAATGAGGGAACGGGGGTTTGATAGGTCGCCTACTATGTGCACCGATAAATGGCGGAACCTGTTGAAGGAGTACAAGAAGGTAAAGCATCAGGACCGGGGCAGCGGATCTGCGAAGATGTC
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CTGCCAATGGTGTACCACCATGGAATTGGAGGGATGCCACTGCAAATGGTGATCATCACACATCTTATGGAGGAAAGGTGATTGTGGTCAAATGTGGAGAATTTACAAGGAGGATTGGTGTTGATGGTACAGCTGAAGCTATCAAAGAAGCTGTAAAATGTGCATTTGGATTGCGCACCAAGAGGGCCTTTTGGTTGGAA
GATGAAGACGGAGTTATACGTTGCCTTGACAGAGATATGCCCTTGGGGACATATATACTTCATTTGGATGATGgtatgttggtcaatcaagatagtacattcctgttcactcaaaattctattcattttgaaatcactcatttgtttgaggtcttgttctatcttcgctctttatccacgttgcatgcatatatagataa
gcgctctctaccatctctagtaagattaaaagtattttagtattaaattctgatgtttccgttctctgagagttgcattttgttgcaactgtaatcttagGTTTGACTATCAAGGTCTGCACTTATAATGAGTCTGATCATCTGACGGGTGACACTGAAGAGAAGATCTTGTACACCGAAGAAGATCTTCGTGATTTTCT
CACACGACGTGGTTGGTCTGGTTTGCAAGAAGTTGGTGGATATAGAGTAATTGATTCTCTGGATGATCTTCGTCCCTTGGGTGTATATCAACGTGCAAGGCTGCTGGGGGAGTAGTTTTAACTGGTGGCTGTTTGTGCACACACTTAGCAGGGTATGCAGATGATCCACACACAAATCTAAACTTGCTTTGGAGACTGCA
ATGTAAGCCTATGCCTTCTGCATAAGACAATGTACACTAATGATAAGAATATGAGTTTTCAATAGCTCACATGGTTTCTAGCACATTCAGGTGAGCATCCAGTTATAGACAGCTATAAAATTAAGATGGAGATTGTTCAGCACTGTACAGCATCCGCATGCTTATGTTACTTGCAGACTGAATGGAAGAGCATTTCTTTC
CATGTAGGTTCTAGTGTACTATTATAGGATTTCAACCAGGAAAGCATTTACAGGGATTTGAATGTGATGTTTCTGATTTGAGATGTAGCCATTATCTCATCTTCTCATATATATATTAATATGAGAAACCATGTGAGACAGTAAAATGAATTAGTTTTGGGAAGAGAGAAATTGAGAAGAGTAATTGGACTGCTTTTTCA
TTCTGCAGTTTATATACTGCATAAGGCAATGGAACCTTAAGGGCAATAATAGGTGTATGGGATGCTGCACTTGCAACATTAGGATTATTTGCTAAATCCTCGCATTCTAGGGCAAGATTTCAGACTACTGTGAAGCTGTAAACTACTAAAATTACACAGCTTGAAAAACTATGAGAGCACAGTCAAACTTGTAATGTAAT
CTTCATTGTACTTGTTGAATGATATATATTCTTAGTATAACCTCAAATTTGGTGAAAACGGTCGATAGTGTCAATCTTTCTATGGGAGAAGTGTTGAAGTCTTAGCTTTAAAAAAAATATTATAGAGGCAACTAAATCTTGGAATCATATATAATCCAGTTCAGAAAGGTTGTTACCACCACTACAAATATAGCTGACAA
GTGACAACATTACAGGCCACGAGAGTATCATTTAGCTCCAATCAGTAACTAGAGTCTACATTCTATCTTTAATTCATCCTAACAATTATCTGGATCTTCTTTGAGACAATTGCAGGTAAGCATTTCCTTTTCATGTTTGGTTCCTTGAGCATCAACAGAGGCTAGTGCAGGATGATTCCTTAGATTTCAACTTCATTTTT
TCTTCCATTTATGCAGCTTTTCTGTAACTTTTATTGCAG