NA ----> NA

Intron 1 GTGGGCGTAC ... GTGAAGAAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.09	11	8	5
A2	39.13	14	13	5
A3	26.09	17	7	5
A4	31.58	13	7	5
A5	45.45	6	6	4
A6	35.23	131	92	50.5
A7	39.86	89	72	46
A8	41.59	99	74	67
A9	35.41	114	79	46
A10	36.46	61	47	23

>TRINITY_DN33163_c0_g1_i1 from sample A9 / Example spliced isoform

ACACCATTCAAATTGACTTATAAAACCCGTTTTTGAGACCACAAAAGTGAGTTATAAACTTCACATCGATCGAATTTGAACTTTCTATAATATTATTTTTAAAATGATATCGGTGTGAGATACAGAAGCCAAATATTTTGCAGTATAGGGTTGCTTATTGGAAAGAAAATAATATGGCGAGGAGTGTCAGCACCAAATTG
TTGGATTTTCTTGTATGCCCTCTCACCAAAGAGCCTTTAAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGT
GGAAGGCAAGACATAAGATTTGCTGCAGTCTTTGGTCATTATGGGACTATGTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACAT
TATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGT
CAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTGTTACATTATGAAGATAATTATGCTGGG

>TRINITY_DN33163_c0_g1_i3 from sample A9 / Example unspliced isoform:

CCCACTAAAATGCAATTTCTATTTCTACTATCAGTCTTACGGATTTTTAAGGATTATCAGGTTATGATCTTTATCTAATGGTATGATCTGCATAATTTGGGATGACCAACAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTC
GATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGgtgggcgtacactatgcatgcaactaaatttgtttatttacagatgtttacttatttaatgttattcatgtgaagaaagATTTGCTGCAGTCTTTGGTCATTATGGGACTAT
GTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTA
TATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTGTTACATTA
TGAAGATAATTATGCTGGG

Intron 2 GTAAAGCTTA ... TGCTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	81.67	2	5.8	12
A2	100	0	8	19
A3	84.97	2	14.7	8
A4	85.2	2	14.2	9
A5	100	0	1.8	1
A6	84.46	28	139.5	165
A7	83.53	18	62.7	120
A8	83.15	35	131.3	214.3
A9	80.67	33	108.5	167
A10	78.38	17	48.7	74.7

>TRINITY_DN33163_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoform

TCTTTGGTCATTATGGGACTATGTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGT
ATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTGTTACATTATGAAGATAATTATGCTGGG

>TRINITY_DN33163_c0_g1_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

ACACCATTCAAATTGACTTATAAAACCCGTTTTTGAGACCACAAAAGTGAGTTATAAACTTCACATCGATCGAATTTGAACTTTCTATAATATTATTTTTAAAATGATATCGGTGTGAGATACAGAAGCCAAATATTTTGCAGTATAGGGTTGCTTATTGGAAAGAAAATAATATGGCGAGGAGTGTCAGCACCAAATTG
TTGGATTTTCTTGTATGCCCTCTCACCAAAGAGCCTTTAAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGT
GGAAGGCAAGACATAAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGgtaaagcttacaagatactcttggttcaatagaaattgcatagttgtgtgtaatgttaagaacattatggaattgatattaaggctacgatcacttcagagctgaag
gcaagttatatcttcattctgcctcatgctgataaaatctttgctgttcagGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTG
TTACATTATGAAGATAATTATGCTGGG

Intron 3 GTGGGCGTAC ... TGTAATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	68.42	3	8	5
A2	54.29	8	13	6
A3	50	6	7	5
A4	50	6	7	5
A5	71.43	2	6	4
A6	49.43	89	92	82
A7	57.66	47	72	56
A8	53.55	72	74	92
A9	47.88	86	79	79
A10	52.32	36	47	32

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

CAAAAGTGAGTTATAAACTTCACATCGATCGAATTTGAACTTTCTATAATATTATTTTTAAAATGATATCGGTGTGAGATACAGAAGCCAAATATTTTGCAGTATAGGGTTGCTTATTGGAAAGAAAATAATATGGCGAGGAGTGTCAGCACCAAATTGTTGGATTTTCTTGTATGCCCTCTCACCAAAGAGCCTTTAAG
GTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAAT
CAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTT
TGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTGTTACATTATGAAGATAATTATGCTGGTATATGCTAACAATC
GCA

>TRINITY_DN33391_c0_g1_i3 from sample A8 / Example unspliced isoform:

TGAGAATTCATTTGCCCACTAAAATGCAATTTCTATTTCTACTATCAGTCTTACGGATTTTTAAGGATTATCAGGTTATGATCTTTATCTAATGGTATGATCTGCATAATTTGGGATGACCAACAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCAT
GTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGgtgggcgtacactatgcatgcaactaaatttgtttatttacagatgtttacttatttaatgttattcatgtgaagaaagatttgctgcagtctttggt
cattatgggactatgtaatgcagCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAG
CTGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATT
GGTCTGTTACATTATGAAGATAATTATGCTGGTATATGCTAACAATCGCA

Intron 4 GTGGGCGTAC ... TCATGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	38.89	11	8	6
A2	37.5	15	13	5
A3	23.81	16	7	3
A4	31.58	13	7	5
A5	45.45	6	6	4
A6	35.34	129	92	49
A7	41.1	86	72	48
A8	41.64	103	74	73
A9	35.82	112	79	46
A10	36.13	61	47	22

>TRINITY_DN36712_c0_g1_i5 from sample A6 / Example spliced isoform

CAAAAGTGAGTTATAAACTTCACATCGATCGAATTTGAACTTTCTATAATATTATTTTTAAAATGATATCGGTGTGAGATACAGAAGCCAAATATTTTGCAGTATAGGGTTGCTTATTGGAAAGAAAATAATATGGCGAGGAGTGTCAGCACCAAATTGTTGGATTTTCTTGTATGCCCTCTCACCAAAGAGCCTTTAAG
GTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGAAAGATTTGCTGCAGTCTTTGGTC
ATTATGGGACTATGTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGC
TGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTG
GTCTGTTACATTATGAAGATAATTATGCTGGTATATGCTAACAATTGCAAATGGATATTGTTGGTTATTTATTAAAAATGGAAAAACTAATTGTTTTCTTCCATGATACAGCTATTTGTTTATTAGTTACAAACTTACATCTATACAGAGGCAAGGTATGCTATTTGATATAAAGTTCCATGCAAGTCACAAACAAACTC
CCTTTTATTCTTTACATCATCAGAAGACACTCCACATGTTGAAAGAGTTTTATTTAGGTATGCTATTGCCCAAAGAATATCTGAATAATACATGCATGGATAAGGAACTGTTGACTTGGTGGTCAGCACCTTCTTCAGGACTTGACATGGTTTAACAGCCTCCAGTGGATCCGTTATGTCTGGCGGTTGTATCGGAAACT
AAC

>TRINITY_DN36712_c0_g1_i4 from sample A6 / Example unspliced isoform:

CTAAAATGCAATTTCTATTTCTACTATCAGTCTTACGGATTTTTAAGGATTATCAGGTTATGATCTTTATCTAATGGTATGATCTGCATAATTTGGGATGACCAACAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATG
GGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGgtgggcgtacactatgcatgcaactaaatttgtttatttacagatgtttacttatttaatgttattcatgtgaagAAAGATTTGCTGCAGTCTTTGGTCATTATGGGACTATGTAA
TGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTATATC
TTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGATATTGCCTTGTATTGGTCTGTTACATTATGAA
GATAATTATGCTGGTATATGCTAACAATTGCAAATGGATATTGTTGGTTATTTATTAAAAATGGAAAAACTAATTGTTTTCTTCCATGATACAGCTATTTGTTTATTAGTTACAAACTTACATCTATACAGAGGCAAGGTATGCTATTTGATATAAAGTTCCATGCAAGTCACAAACAAACTCCCTTTTATTCTTTACAT
CATCAGAAGACACTCCACATGTTGAAAGAGTTTTATTTAGGTATGCTATTGCCCAAAGAATATCTGAATAATACATGCATGGATAAGGAACTGTTGACTTGGTGGTCAGCACCTTCTTCAGGACTTGACATGGTTTAACAGCCTCCAGTGGATCCGTTATGTCTGGCGGTTGTATCGGAAACTAAC

Intron 5 GTGGGCGTAC ... TTTGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	37.14	11	8	5
A2	37.25	16	13	6
A3	26.09	17	7	5
A4	28.85	13	7	3.5
A5	45.45	6	6	4
A6	35.48	130	92	51
A7	41.14	88	72	51
A8	44.27	90	74	69
A9	37.13	105	79	45
A10	38.55	55	47	22

>TRINITY_DN92113_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

GGGGATGATGGAAAATGTAATCTTAGAGGGTTGCTTATTGGAAAGAAAATAATATGGCGAGGAGTGTCAGCACCAAATTGTTGGATTTTCTTGTATGCCCTCTCACCAAAGAGCCTTTAAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTA
GTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACCATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGTCTTTGGTCATTATGGGACTATGTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGTAACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAG
CACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGTTCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCT
TCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGAAA

>TRINITY_DN92113_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGATTTTTAAGGATTATCAGGTTATGATCTTTATCTAATGGTATGATCTGCATAATTTGGGATGACCAACAGGTTTTGCCCCAAGTCAAATGCTCTTATCAGTGATTCGCTCGGCATTTCTTATCCGGTTATTGATGGTATTCCATGTTTAGTGCCAGTCGATGGGCAACTGCTAAATACAAAAGATGCATCAGACACC
ATGTCTTCATCTGATGATGTAAATAGGATTGTGGAAGGCAAGACATAAGgtgggcgtacactatgcatgcaactaaatttgtttatttacagatgtttacttatttaatgttattcatgtgaagaaagatttgctgcagTCTTTGGTCATTATGGGACTATGTAATGCAGCAACAAGATGGTACAGAAAGCAATCAAAGT
AACTATTGTACCACTACACAATGGACTTGGGTGTTTTAATAGCACGGTAAAGCTTACAAGATACTCTTGGTTCAATAGAAATTGCATAGTTGTGTGTAATGTTAAGAACATTATGGAATTGATATTAAGGCTACGATCACTTCAGAGCTGAAGGCAAGTTATATCTTCATTCTGCCTCATGCTGATAAAATCTTTGCTGT
TCAGGACATGCCACTATTAATACATCGTAAAATCCTGTCTCTTCATGGTTAAATTGAATATCTGAAAGTTTTCTAACTGCCACTGAACCAAAATTGTATATTCTGGATTGTCAATCCACATTACATTTAGCGAAA