sp|Q8W034|RNP1_ARATH ----> Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 1
Intron 1 GTAAGTGCTA ... GGTTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.4 | 207.3 | 32.6 | 68.4 |
| A2 | 18.71 | 146.9 | 34.9 | 24.4 |
| A3 | 16.55 | 166.5 | 34.4 | 41.6 |
| A4 | 18.74 | 141.4 | 34.4 | 19.5 |
| A5 | 18.94 | 81.4 | 19.4 | 18.6 |
| A6 | 13.75 | 398.1 | 66.8 | 93.6 |
| A7 | 13.33 | 471.5 | 76.4 | 132.4 |
| A8 | 15.5 | 456.9 | 86.9 | 116.1 |
| A9 | 15.09 | 476.3 | 87.9 | 95.4 |
| A10 | 10.61 | 373.4 | 46.3 | 92.1 |
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGC
TTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTA
TGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATG
CAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTA
TTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATT
TCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGA
CTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAGAGACACTTCAACTCCTGGGTGAGTCTCTAAGTCTGTCATCGCAATTATTTATTGCTTTATGTAGGGCATACCATTCGTGAGGTTTTTAGGGTTTCTATTAATTGGCTTGTCCTGCAATTTTTTGACAGAAAAATCTTCGTTGGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGGTATGCATTGCTTTTGTGTTCTTAGC
GTATAGCTGTCCCGATTTAGATTTCTATTTTTATTCTATGCTTGACATCGAAAGTGAGTTTTCAGTGGGGTTAAGTACTTTTCTGTGTTAGGGTTTTTATCAGGGTTTTATAGGTATAGGTTTGAATGTATGCCGACTGCTAGCAGGAAGCGCTTCCTGCATTAAGATTGTAGCGTACAGATTACGTGCCCTATTTGTCT
TCGAGAGTGTGGTTTCAAGAAAGTGATTAGTCAAGGGCCCTTGTGAAATAAGCTAGGATTTTGATGGGTGTACGCATTTGTGTTTTAAGCCTGTTGAAAGTGCACAGCCGTGGTGTGTTCTTTCTCTGGAGTGACGATCTTCATGGGTATTCGAGATTAGATAGTCTAGGGCTTTAATAGCATCGTTGGAGGATTTTAAT
GGGTATATTTTTGAATGCATCACAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGgtaagtgctag
ggtaactgccccttcagatattaggtttctgctggaaaattcaatggcttctttttctatgctctttatttattttcgtacagggtatacagatgggctgcttgtgtttttaccatgtggttctgagaatgtggagttttgggtttgacagGTGGAGGTCAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCT
CCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATG
TATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGT
Intron 2 GTATGTCTTC ... CTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.14 | 247 | 6 | 117 |
| A2 | 32.31 | 199 | 3 | 95 |
| A3 | 35.08 | 248 | 10 | 134 |
| A4 | 30.33 | 170 | 10 | 74 |
| A5 | 35.61 | 85 | 0 | 47 |
| A6 | 32.25 | 918 | 12 | 437 |
| A7 | 33 | 1194 | 2 | 588 |
| A8 | 34.71 | 1057 | 5 | 562 |
| A9 | 32.62 | 944 | 5 | 457 |
| A10 | 34.82 | 977 | 7 | 522 |
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTAAAGCCTTTTGCATTGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTC
CAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGA
GGCAACTTTGGGTCCTATGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTAC
CCGATATCATCCATATGCAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAA
GGACATTCAGAGGGGTATTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCC
TTTTGTTAACCGTTATTTCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTAT
GGGCTTGTTTGCTAGGACTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTAAAGCCTTTTGCATTgtatgtcttctagttcacacgggctacagtcttttttcaccttttttatttctgttatgtaacgtcttggtctagttatgtatttttgcaatactctgtctctggatatagttaatactaa
aatcccatggattcacttttggataaaattgtgctagtaggattgccctagtttgggagatatggttctgttagcaccatgatttgaaccataatttaggttaattttttgtcttgttgtagGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGG
CAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGC
TGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTATGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTG
CTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATGCAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTT
ATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTATTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTG
CTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATTTCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGA
GTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGACTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
Intron 3 GTGAGTCTCT ... TTTTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 2.79 | 244 | 2 | 7 |
| A2 | 1.07 | 185 | 1 | 2 |
| A3 | 2.72 | 179 | 0 | 5 |
| A4 | 1.22 | 243 | 1 | 3 |
| A5 | 0 | 75 | 0 | 0 |
| A6 | 0.26 | 387 | 0 | 1 |
| A7 | 0 | 500 | 0 | 0 |
| A8 | 0.6 | 331 | 0 | 2 |
| A9 | 0.2 | 497 | 0 | 1 |
| A10 | 0 | 438 | 0 | 0 |
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGC
TTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTA
TGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATG
CAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTA
TTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATT
TCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGA
CTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAGAGACACTTCAACTCCTGGgtgagtctctaagtctgtcatcgcaattatttattgctttatgtagggcataccattcgtgaggtttttagggtttctattaattggcttgtcctgcaattttttgacagAAAAATCTTCGTTGGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGGTATGCATTGCTTTTGTGTTCTTAGC
GTATAGCTGTCCCGATTTAGATTTCTATTTTTATTCTATGCTTGACATCGAAAGTGAGTTTTCAGTGGGGTTAAGTACTTTTCTGTGTTAGGGTTTTTATCAGGGTTTTATAGGTATAGGTTTGAATGTATGCCGACTGCTAGCAGGAAGCGCTTCCTGTATTAAGATTGTAGCGTACGGATTACATGCCCAATTTGTCT
TCGACAATGGTTAATGACTGTTCTCAATTTTCGCATATCTTATATATTAGAGTATAAAGGTGATCAAGGGATAATGGAGAAGGAATTTTATAGAAACATGGAATCAAAGGCCGTGTCAATGGCCTCTGCCGTTGCTGCTCTGAGCTCTAGAGATGCCCACATACTCTTAACAGAACTCGGATTTGGCATCGCTCCTGGTG
TTTTGCCTAAGCCCCTGTTTCCTCCACTTCAAGAAGACATCCGGTCTTTGGCTATGTCAGTGTTGAAAAGCTCAGACAAATGGAGGGAGGGAAGGAAGTATATTTCCTGCTGTGTCCGCCTTTCTCGAGAGAAAAATGCAGATCTGTTTGCTTCAATTATTGAGTCTCTTGGTGATTTTATGACAAAACAAGGCATTCTA
CCTTTTCTATGTGGAGGATCTCATGGAAATGGAGACTACGCAGAGGGTAAAGGACGCATTTCCAAA
Intron 4 GTATGCATTG ... GGTTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 34.7 | 127 | 46 | 89 |
| A2 | 34.15 | 54 | 21 | 35 |
| A3 | 36.03 | 87 | 43 | 55 |
| A4 | 33.68 | 63 | 37 | 27 |
| A5 | 26.72 | 48 | 10 | 25 |
| A6 | 33.56 | 194 | 68 | 128 |
| A7 | 32.31 | 288 | 98 | 177 |
| A8 | 33 | 204 | 39 | 162 |
| A9 | 33.81 | 230 | 100 | 135 |
| A10 | 31.17 | 223 | 73 | 129 |
>TRINITY_DN40719_c0_g1_i3 from sample A10 / Example spliced isoformATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGTTCGT
TTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTTGGTG
GTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGGTGGAGGTCAAAAGGACCATTCCAAGAGCGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCG
ATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGA
GGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTA
>TRINITY_DN40719_c0_g1_i1 from sample A10 / Example unspliced isoform:ATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGTTCGT
TTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTTGGTG
GTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGgtatgcattgcttttgtgttcttagcgtatagctgtcccgatttagatttctatttttattctatgcttgacatcgaaagtgagttttcagtggggttaagtacttttctgtgttagggtttttatcagggttttataggtataggtttgaatgtatgccgactgctagcaggaag
cgcttcctgcattaagattgtagcgtacagattacgtgccctatttgtcttcgagagtgtggtttcaagaaagtgattagtcaagggcccttgtgaaataagctaggattttgatgggtgtacgcatttgtgttttaagcctgttgaaagtgcacagccgtggtgtgttctttctctggagtgacgatcttcatgggtat
tcgagattagatagtctagggctttaatagcatcgttggaggattttaatgggtatatttttgaatgcatcacagcgactttcaccaactatttcagcaagtatggagagcttacatactcggtcataatgaaagaccgcgccacaggcaaccctaggggttttgggtttgtgacttatgctgatccctctgttgtagac
aaagtcattaaggataaacatgttgtagatgggaaaatggtaagtgctagggtaactgccccttcagatattaggtttctgctggaaaattcaatggcttctttttctatgctctttatttattttcgtacagggtatacagatgggctgcttgtgtttttaccatgtggttctgagaatgtggagttttgggtttgaca
gGTGGAGGTCAAAAGGACCATTCCAAGAGCGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAA
CCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCT
CCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTA
Intron 5 GTTTGTTCGC ... CTGTCTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.95 | 316.8 | 5.4 | 35 |
| A2 | 17.06 | 257.8 | 2 | 53 |
| A3 | 15.65 | 269.6 | 3.6 | 50 |
| A4 | 18.61 | 231.8 | 5.4 | 53 |
| A5 | 18.31 | 107.2 | 1.2 | 24 |
| A6 | 20.52 | 673.8 | 4.4 | 174 |
| A7 | 21.59 | 864.6 | 11 | 238 |
| A8 | 18.05 | 685.6 | 7.8 | 151 |
| A9 | 22.29 | 728.8 | 5.6 | 209 |
| A10 | 21.87 | 686 | 6.2 | 192 |
>TRINITY_DN105629_c1_g5_i6 from sample A4 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGGTGGAGGTCAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAG
GTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGAT
GCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGAGGAGA
CTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTATGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCT
ATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATGCAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTT
AGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTATTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGA
AGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATTTCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATT
CATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGACTTTCGAGTTAAAGCC
>TRINITY_DN105629_c1_g5_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:TATAACTACATCACTTACAGAAGgtttgttcgctgccactttgtcaaatgccatcttaagccctttcaggttatcagccacagtgtcagcaagggagttgcttgcttgttgacaagctaacattttcttctgtctgcagATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGA
TCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTC
CTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGG
TATCGAGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTATGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGT
CCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATGCAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACA
TCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTATTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAAC
TTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATTTCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAAT
ATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGACTTTCGAGTTAAAGCC
Intron 6 GTAAAGCCTT ... CTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.52 | 289 | 51 | 117 |
| A2 | 23.15 | 245.8 | 53.1 | 95 |
| A3 | 25.75 | 307.3 | 79.1 | 134 |
| A4 | 21.38 | 193 | 31 | 74 |
| A5 | 23.88 | 102 | 17 | 47 |
| A6 | 22.68 | 1052.4 | 180.3 | 437 |
| A7 | 23.01 | 1397.1 | 247.2 | 588 |
| A8 | 23.58 | 1212.6 | 186.3 | 562 |
| A9 | 23.09 | 1127.6 | 220.1 | 457 |
| A10 | 24.33 | 1143 | 213 | 522 |
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGC
TTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTA
TGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATG
CAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTA
TTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATT
TCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGA
CTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:AAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGgtaaagccttttgcattgtatgtcttctagttcacacgggctacagtcttttttcaccttttttatttctgttatgtaacgtcttggtctagttatgtatttttgcaatactctgtctctggatatagttaatactaa
aatcccatggattcacttttggataaaattgtgctagtaggattgccctagtttgggagatatggttctgttagcaccatgatttgaaccataatttaggttaattttttgtcttgttgtagGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGG
CAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGCTTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGC
TGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTATGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTG
CTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATGCAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTT
ATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTATTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTG
CTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATTTCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGA
GTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGACTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
Intron 7 GTATGCATTG ... TGCATCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 14.12 | 231 | 38.8 | 43.3 |
| A2 | 8.74 | 186 | 18 | 34.1 |
| A3 | 15.24 | 195 | 36 | 33.3 |
| A4 | 12.15 | 216 | 30.6 | 30.6 |
| A5 | 10.66 | 65 | 8 | 10.1 |
| A6 | 11.15 | 422 | 54.6 | 74.3 |
| A7 | 12.12 | 551 | 78.6 | 101.9 |
| A8 | 8.31 | 342 | 31.6 | 63.3 |
| A9 | 13.07 | 521 | 81 | 80.7 |
| A10 | 11.07 | 461 | 59 | 76.3 |
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformAAATATTCCATGTTCACACTTGGATGTATACACACAGACAGAGATATTTGTGCATGCTGTTTGAAGGGTTTGACTTGAATATCTGTTTCTGTGGCCGCACGCGTTTCTTCTGAGTTCTGCGCTATATCTTTGCTGCGAACCAATTTTTCTGATTCGGGATTTGTGCAGTAGGGGTGCCACAAATAAGTCTGCCCTTCTGT
TCGTTTCCTTGAAGAAAGACTATCTATATCCATCGATGGCCGTGGAGCGTTCATCGAAGACAGAGGAAGTACGTCAATCGCCCTCTAATGGCGAAACCCAAAACGAAAAAGATGATAATCCCCAAGAAAATGATGACCCACAGGAGCAGAAGAACGACGCTGCTTCCAGAGACACTTCAACTCCTGGAAAAATCTTCGTT
GGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTGGAGGT
CAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCTCCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGA
GTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATGTATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGTGGAGATTAAGAAGGCTGAGCCGAAGAAGGCCTTGCCTGAGCCGAAAAAGGCCTTGCCTGAGCCTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATTCCTGGGATGGATGCGAGGCCTCCCTTTATTCCAGGTCCTCCCCGTGGC
TTCGGGGATGTTTATGGTGGATTAGGTGCTGGTGACTACAGTAGTTCTTATAGGCCAGGAGCTTATGGCAGTCGGGCAGGAGTTTATGGTGGATATGGAGGTGCTGACTATGGTAGTGCCTATGGAAGCTATGGTGGTGCTGGTCTAGGGGGGTATCGGGGAGACTCTGCTACTGGCTATGGAGGCAACTTTGGGTCCTA
TGGTGGCAGCTTTGGGGGCTATGGGAGTGGGCTGCTAGGTGGCCTTGGAGATGGTGTGGGTTTTGGTAGCTATGGTGGTAGTAGTAGTTATGGAGGCAGCTATGATTCTGGAATTGGTGGTGGCTATGGTGGAAGTGGTGCTTACGGGAGTGTCCCTGGAGGCTATGGTGGTAGTAGCAGTACCCGATATCATCCATATG
CAAGATAGAATAGGATTCGTCCATTGGTGAGTGAGTGTGTCCCGAGCGGTTTCCTAGTGCAGACAAGTGCCATTCTTAACCTGAAGACAGTACTAGACATTTGAGGCTTAATGGTGTTACAGTAATCAAAGATCCAATTTATTCTCTGAAACATCAAGTACTTTAGGGATTTTATTTCATTAAGGACATTCAGAGGGGTA
TTGCTTTTAATATGCTGAAAATTTCTATCTATTTTTGTAAAGGCATTGCACGCATCACTGGATAGACAGCTGATACTAGATTATTAGACATTTATATGATAGTATGGATTGGATGAAGTTTTTTTCTTCATTTGCATGTGCTGCTCTGTTAACTTTGAAATTGAAGTCTGAAATAGTATTGCCTTTTGTTAACCGTTATT
TCATTTCTAGCTTTTGCTGTAATTAGGTGAGGAAAACAATATTCCATTTTTGATAACTGTTACTTTTTGTAAATTAGGAAGATGCAATTTAGAAACAATTCCTCGGACCTGCTTATTTTTCACTCCATTGGAAGTTGTGAGTTTATACTTAATATCGCTAAATTCATTGGGTATTTTGTTTATGGGCTTGTTTGCTAGGA
CTTTCGAGTTAAAGCTAAAGTCGCTGTGCTAAAAATACTATTATAGTCTATTGGTGTTTATGCAATGTATTTTATAGTGTGGTGCTATTTATTACTTTTCTAGATATTATAGCAAAAGTTTCCGA
>TRINITY_DN113555_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:TCCAGAGACACTTCAACTCCTGGGTGAGTCTCTAAGTCTGTCATCGCAATTATTTATTGCTTTATGTAGGGCATACCATTCGTGAGGTTTTTAGGGTTTCTATTAATTGGCTTGTCCTGCAATTTTTTGACAGAAAAATCTTCGTTGGTGGTCTTTCGAGGGAAACGACCTCAGgtatgcattgcttttgtgttcttagc
gtatagctgtcccgatttagatttctatttttattctatgcttgacatcgaaagtgagttttcagtggggttaagtacttttctgtgttagggtttttatcagggttttataggtataggtttgaatgtatgccgactgctagcaggaagcgcttcctgcattaagattgtagcgtacagattacgtgccctatttgtct
tcgagagtgtggtttcaagaaagtgattagtcaagggcccttgtgaaataagctaggattttgatgggtgtacgcatttgtgttttaagcctgttgaaagtgcacagccgtggtgtgttctttctctggagtgacgatcttcatgggtattcgagattagatagtctagggctttaatagcatcgttggaggattttaat
gggtatatttttgaatgcatcacagCGACTTTCACCAACTATTTCAGCAAGTATGGAGAGCTTACATACTCGGTCATAATGAAAGACCGCGCCACAGGCAACCCTAGGGGTTTTGGGTTTGTGACTTATGCTGATCCCTCTGTTGTAGACAAAGTCATTAAGGATAAACATGTTGTAGATGGGAAAATGGTAAGTGCTAG
GGTAACTGCCCCTTCAGATATTAGGTTTCTGCTGGAAAATTCAATGGCTTCTTTTTCTATGCTCTTTATTTATTTTCGTACAGGGTATACAGATGGGCTGCTTGTGTTTTTACCATGTGGTTCTGAGAATGTGGAGTTTTGGGTTTGACAGGTGGAGGTCAAAAGGACCATTCCAAGAGGGAATGCTGCAACAGAAGGCT
CCAAAACAAGGAAATTTTTTGTGGGTGGTATAACTACATCACTTACAGAAGATGAGTTCAAGAATTACTTTTCGAAGTTTGGTAAGATTGTTGAGCATCAGATCATGCAAGATCATAGCACAGGTCGATCTCGGGGTTTTGGTTTTGTAACCTTTGAGAGTGACCAAGTTGTTGAAGAGATCTTAGCACATGGCAAAATG
TATGAGTTGGGTGGAAAGCAGGT