sp|Q0WVF8|MMS19_ARATH ----> MMS19 nucleotide excision repair protein homolog

Intron 1 GTCCATACTT ... CATAAATTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.09	39	21	11
A2	28.95	27	9	13
A3	28.77	26	6	15
A4	33.33	20	13	7
A5	25.71	13	7	2
A6	19.39	97.7	24	23
A7	37.37	51.7	34.7	27
A8	27.8	87	31	36
A9	18.89	88	21	20
A10	34.01	65	29	38

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACT
CTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTG
CTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGG
CTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACAT
TTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAA
ACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTT
AATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATC
TATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTTCTTGAGG
CAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAA
ATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTAC
TCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGAC
ATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTC
ACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCT
TCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGA
GAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACAT
ACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTG
CAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCC
TACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAG
TAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCT
AATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCATCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGT
ATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i19 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTCTTGTGAAGTGGGGCGCACCACTTTGGAGAGCGATTTGTGGAAAAAAGGGGAACATCATCATTCAGAGAGAGGGCAAACTTATTTGAGGGGCAAATCGCTGCTGTTCACTGCTGTCATTCACTTGAGGAAGGCTGTACAATTCAGCTGAGAGTATTTCATAGCATTTTCTAGTTGCCGAAGACACCACTCAGCCAAGT
CGTGACCCTGAGGGGCTGCTCTCTACCAAAAAGGAGGGCTGTAAGTTACTTCTGGGCTCTTCAGCTATCAGTGCACAAACTCAGCCATATCGTGGCACTCCAAGGTGTTATTAACTTATTTCATCTCAAAAAGGGCAGTTGTCACCTACAGTAATCTACAGGTCTGCAAATGTGCTTTAAATCTGATTTATTTTACCTCA
TTGTACTGCTGTAACAGTCACTAAATAAATGCTATACCTTCATTTTTGTACTGTGGTTATTTCTTGGCATTAAATACAATTAAAATACAGTTTATTGTGCCTATTCCTTGTTAATGTCGGCATGAATGAGATCTGAAAATTACTAAGAGGATCAGCAGTTAAGGGGATCTTATAAGAGTACTGTAGTGTAGCTGTTTGAC
AAAAGGTTTGAACCAAATTAAACAATAAATTCATCAGCAAACCTGTGAGGGGATATTACAAGGTCAGGGCCTTTCAAACTCTAGGAAGCACCTAATCTTTGCAGCTCTTGTTTGCCAGCATTGGCAAATGCTGTCTACTTTTTATTTTAACGTCTGCTTTTATTTCACTTGTAATATAAGTTATTATTATATTTGACAAA
GAAGTTTTCATCCTCCTTATTGGTTCACTGATCTCCATTAAATCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTACAATTCTGAGGAAGCTAATCCTAATGCTGTCATTCTGTTCTTTGA
TTTGTACAATTTAGGTTTCAGTTTCTAAAGGATTAACAAACCAGTGTTTCTTGTATCTGTCATATGTGTCGGGAAATGTTTGTTACTGTCCACATAAAATGTTGATTTGCTTGTGATAGTGTTCTGATGATACTGACGCAAATGTTTTAAGAAGTTTTATCTGGAAGTGATTTTTGTATACACATTAAAGGCTGTCACTG
ACATTTATTTCTGTTTAGGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAAT
TGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAG
CTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGG
ATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCAT
AAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGA
GTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGgtccatacttagaactttcctggatacccctacatcataaattagGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATG
ATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAG
CTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGT
AGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACAC
AAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAG
CTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATT
CAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCTAATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCA
TCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGTATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

Intron 2 GTGGGTTGTA ... ATTAAACCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.59	41	33	7
A2	42.86	20	15	1
A3	38.98	36	23	7
A4	37.21	27	16	7
A5	37.5	5	3	3
A6	37.5	5	3	1
A7	50	3	3	0
A8	50	1	1	0
A9	17.65	14	3	2
A10	21.05	15	4	6

>TRINITY_DN109852_c1_g1_i14 from sample A4 / Example spliced isoform

ACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGATTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCATCTCCATGGCGTCGTCCACA
TCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGAATCCTCCTGTTAGCAGAGAT
TCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGACATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTATTCAGTCTTACATGGAAAACC
TTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTT
CCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCT
TTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACGATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGG
CTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGTCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACT
GCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGA
GGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTT
TGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCAGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTG
ATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACT
TGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTG
CAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCA
AAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTT
GTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATG
TCTTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAA
TCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGA
TGAGAATAACGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATG
ATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAAATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGCATGTCAGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATG
CCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAA

>TRINITY_DN109852_c1_g1_i18 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGATTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCATCTCCATGGCGTCGTCCACA
TCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGAATCCTCCTGTTAGCAGAGAT
TCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGACATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTATTCAGTCTTACATGGAAAACC
TTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGgtgggttgtacatttgatgttcaaaagaataatatatatcattaaaccagTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTC
GCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATG
TCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACGATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTC
AGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGTCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAA
ATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGT
GCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATT
GACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCAT
TGAAGAAATTTAATGATTCAGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTC
TGTCAGGCATCTATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCA
GGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAG
ACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTG
GGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGC
GATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTCTTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGC
AGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAAC
AAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGAT
TTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAAATGTTTCTTTCAACTTATTTTCAC
ATACCAATTCAAAATGCATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCATTTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGT
TTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATA
CCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAA
CAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTCTAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAATGAAAATCAATTTTCTTTCCCCAAAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACA

Intron 3 GTATGTTTTT ... TTCAATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.59	27	7	7
A2	8.89	41	4	4
A3	9.76	37	8	0
A4	13.43	29	4	5
A5	12.73	24	7	0
A6	8.33	11	2	0
A7	4.17	23	2	0
A8	7.69	6	1	0
A9	4.48	32	3	0
A10	8.33	22	4	0

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACT
CTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTG
CTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGG
CTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACAT
TTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAA
ACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTT
AATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATC
TATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTTCTTGAGG
CAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAA
ATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTAC
TCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGAC
ATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTC
ACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCT
TCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGA
GAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACAT
ACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTG
CAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCC
TACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAG
TAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCT
AATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCATCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGT
ATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGACTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCA
TCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGA
ATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTAT
TCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAATATATATCATTAAACCAGGTTAACATCTGAAGAATTTATAATTCACGATATAAGTTATAACATACGCTTTAGTAATATATTTGTCCTGGTATGCCAGTTATATTCCGAATATC
TTCTGTTGTTTTCAGTACATGGTTTCATGGAACTAACATTTATTTTGACATAAATCAGATGTAGTTTGTCATTTGACTGATAAAGCTTGTAATGTTGTGAAGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGTATTTTCTTTCCCCTGATGATGAGGCTAATGCCAAGT
GTTTTATCTAGTTTAGCTTATTCATAATTCTAATATCCTTTTCATGGTTTACAAGCTAATTGATGGGATAGATATTAATATTTGGCATTTGTGTTTACTCTGATATTTAACAATTGAGTCGATGACATATTTGTTTTAATTCATCTGCATGCATTGGTATACTCTTTAAGTGACAAAAATTCGTCACAAATGGCAGGGTG
ATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCA
TTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGC
TATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAA
TATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCA
TTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTT
TGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACA
AGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTA
GCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTgtatgtttttctatttaactgccttaatagagttcttttttagatgtcatataatagttctttaatggatttatgtgtatatgacatataaatagttaaaatgccttttatgtcattgtttgtcatgcattactcaa
ctctctttccgtctttgacatttccacttccttttcaatacagATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTAGGTTGGCCTAATTGTTCTGAAGTTTGAACTTATAATTCTTCTTGACTGGTGATGTTATATTTGATAGTATC
CACTATCCAGCGGTCTCCCATTAGAGAGTTGCTGCTTTGACGAAGCTATTTTATCATGGACAATATCAACTTATCCAGCTATATTTGAAAAAATCCACTCACCCAACCTTGTTTTTACTCTATAAACTGTTTAAATGCCAGAACAGGGCTATGTATGTTGTCACTTGTGACTTGTCCATACTGTAAAAGAATAAAGAATA
AATTAGTATGCATGCCTTGACATACTAAATCAAATTTCATTTTCTAAAATGATGTAATTATCAGATTTGATTATCAGTCCGTGATTTCTGCAATTCTATTCGTAGAATTGTCTACTCAAAAGAGGAAGAATAGAGGGAGTGTCACTGGGCATCAATTTCCGTGAAGGGAAGAACTGAGTTCAAGAGATGGATTGGGGGAA
GGAATGGAGGGGAACACAGATGTGAAATGTAGGGACTCAAGTAAAGGATTTTTTTGTTAAATCTTACACCTGCAGGAGAGAAATAAACACAAGCATGCACACATAGATCAAAGACCAGATATAACGTGGAAACCCAAATTCAGGGAAACCGCAAGAATATATCTTCATTACTCTTGGCCAATCCAGCGAATTCTGGCCAC
TTGAGGTGCTTTACAGTGGAGACAATGGGCCTCTTGAATAAGTTTCTGTCACATGAATACCACGGAATAAAACTGCATGCCACTGCAAACCACCTACTGTATATTATTCATTGACTCAATCATTAACCTAACAATCCTCCCTTTAATCTTGACTCTGGATTAAAAAAACATATTCCCCTATAAGGTTACCCATGAATAAA
AAAACATATACCCCTATTACACCATACCCCCTCTTAATTCTATTCATATAGTCTATAACCAAATAATGGCCCACAACATTCAGCTAATGCATAGCCCACTCCAAGTGTTCACAACTTTCTACAAGTGATCAAATAAATCAGGGGTATGCATGCCAATCGGTCTTACAACAATATGCCCTTTACATAGGTAAATAGCTCCT
CTTCAAAAAGAGCTCCATCTTGAAGGCACTACCATGATGCATTTTCTATGACACTCCATGCATCACTTCACCAGGACACAACTTTTGAATGAACTAGGTAACCATCACCATCATGAAACTTCCTCCAGCAGTTAACAATCACATCACCTGTGATCCTGCTCTAAATATTGAGTTTCCAAAGTTGA

Intron 4 GTGGGTTGTA ... TGTTGTGAAG

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A10	22.59	15	4	4.9

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i12 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGACTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCA
TCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGA
ATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCCTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTAT
TCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATGCCTATTCTGATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTTTGCGGGCATTCCATATTGTTG
AGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATC
CCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGA
TAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTG
GAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAA
GCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGG
AGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCGGCAAGGGCTT
TGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTGTATGTTTTTCTATTTAA
CTGCCTTAATAGAGTTCTTTTTTAGATGTCATATAATAGTTCTTTAATGGATTTATGTGTATATGACATATAAATAGTTAAAATGCCTTTTATGTCATTGTTTGTCATGCATTACTCAACTCTCTTTCCGTCTTTGACATTTCCACTTCCTTTTCAATACAGATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACT
TGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTAGGTTGGCCTAATTGTTCTGAAGTTTGAACTTATAATTCTTCTTGACTGGTGATGTTATATTTGATAGTATCCACTATCCAGCGGTCTCCCATTAGAGAGTTGCTGCTTTGACGAAGCTATTTTATCATGGACAATATCAACTTATCCAGCTA
TATTTGAAAAAATCCACTCACCCAACCTTGTTTTTACTCTATAAACTGTTTAAATGCCAGAACAGGGCTATGTATGTTGTCACTTGTGACTTGTCCATACTGTAAAAGAATAAAGAATAAATTAGTATGCATGCCTTGACATACTAAATCAAATTTCATTTTCTAAAATGATGTAATTATCAGATTTGATTATCAGTCCG
TGATTTCTGCAATTCTATTCGTAGAATTGTCTACTCAAAAGAGGAAGAATAGAGGGAGTGTCACTGGGCATCAATTTCCGTGAAGGGAAGAACTGAGTTCAAGAGATGGATTGGGGGAAGGAATGGAGGGGAACACAGATGTGAAATGTAGGGACTCAAGTAAAGGATTTTTTTGTTAAATCTTACACCTGCAGGAGAGA
AATAAACACAAGCATGCACACATAGATCAAAGACCAGATATAACGTGGAAACCCAAATTCAGGGAAACCGCAAGAATATATCTTCATTACTCTTGGCCAATCCAGCGAATTCTGGCCACTTGAGGTGCTTTACAGTGGAGACAATGGGCCTCTTGAATAAGTTTCTGTCACATGAATACCACGGAATAAAACTGCATGCC
ACTGCAAACCACCTACTGTATATTATTCATTGACTCAATCATTAACCTAACAATCCTCCCTTTAATCTTGACTCTGGATTAAAAAAACATATTCCCCTATAAGGTTACCCATGAATAAAAAAACATATACCCCTATTACACCATACCCCCTCTTAATTCTATTCATATAGTCTATAACCAAATAATGGCCCACAACATTC
AGCTAATGCATAGCCCACTCCAAGTGTTCACAACTTTCTACAAGTGATCAAATAAATCAGGGGTATGCATGCCAATCGGTCTTACAACAATATGCCCTTTACATAGGTAAATAGCTCCTCTTCAAAAAGAGCTCCATCTTGAAGGCACTACCATGATGCATTTTCTATGACACTCCATGCATCACTTCACCAGGACACAA
CTTTTGAATGAACTAGGTAACCATCACCATCATGAAACTTCCTCCAGCAGTTAACAATCACATCACCTGTGATCCTGCTCTAAATATTGAGTTTCCAAAGTTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGACTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCA
TCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGA
ATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTAT
TCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGgtgggttgtacatttgatgttcaaaagaataatatatatcattaaaccaggttaacatctgaagaatttataattcacgatataagttataacatacgctttagtaatatatttgtcctggtatgccagttatattccgaatatc
ttctgttgttttcagtacatggtttcatggaactaacatttattttgacataaatcagatgtagtttgtcatttgactgataaagcttgtaatgttgtgaagTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGTATTTTCTTTCCCCTGATGATGAGGCTAATGCCAAGT
GTTTTATCTAGTTTAGCTTATTCATAATTCTAATATCCTTTTCATGGTTTACAAGCTAATTGATGGGATAGATATTAATATTTGGCATTTGTGTTTACTCTGATATTTAACAATTGAGTCGATGACATATTTGTTTTAATTCATCTGCATGCATTGGTATACTCTTTAAGTGACAAAAATTCGTCACAAATGGCAGGGTG
ATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCA
TTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGC
TATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAA
TATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCA
TTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTT
TGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACA
AGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTA
GCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTGTATGTTTTTCTATTTAACTGCCTTAATAGAGTTCTTTTTTAGATGTCATATAATAGTTCTTTAATGGATTTATGTGTATATGACATATAAATAGTTAAAATGCCTTTTATGTCATTGTTTGTCATGCATTACTCAA
CTCTCTTTCCGTCTTTGACATTTCCACTTCCTTTTCAATACAGATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTAGGTTGGCCTAATTGTTCTGAAGTTTGAACTTATAATTCTTCTTGACTGGTGATGTTATATTTGATAGTATC
CACTATCCAGCGGTCTCCCATTAGAGAGTTGCTGCTTTGACGAAGCTATTTTATCATGGACAATATCAACTTATCCAGCTATATTTGAAAAAATCCACTCACCCAACCTTGTTTTTACTCTATAAACTGTTTAAATGCCAGAACAGGGCTATGTATGTTGTCACTTGTGACTTGTCCATACTGTAAAAGAATAAAGAATA
AATTAGTATGCATGCCTTGACATACTAAATCAAATTTCATTTTCTAAAATGATGTAATTATCAGATTTGATTATCAGTCCGTGATTTCTGCAATTCTATTCGTAGAATTGTCTACTCAAAAGAGGAAGAATAGAGGGAGTGTCACTGGGCATCAATTTCCGTGAAGGGAAGAACTGAGTTCAAGAGATGGATTGGGGGAA
GGAATGGAGGGGAACACAGATGTGAAATGTAGGGACTCAAGTAAAGGATTTTTTTGTTAAATCTTACACCTGCAGGAGAGAAATAAACACAAGCATGCACACATAGATCAAAGACCAGATATAACGTGGAAACCCAAATTCAGGGAAACCGCAAGAATATATCTTCATTACTCTTGGCCAATCCAGCGAATTCTGGCCAC
TTGAGGTGCTTTACAGTGGAGACAATGGGCCTCTTGAATAAGTTTCTGTCACATGAATACCACGGAATAAAACTGCATGCCACTGCAAACCACCTACTGTATATTATTCATTGACTCAATCATTAACCTAACAATCCTCCCTTTAATCTTGACTCTGGATTAAAAAAACATATTCCCCTATAAGGTTACCCATGAATAAA
AAAACATATACCCCTATTACACCATACCCCCTCTTAATTCTATTCATATAGTCTATAACCAAATAATGGCCCACAACATTCAGCTAATGCATAGCCCACTCCAAGTGTTCACAACTTTCTACAAGTGATCAAATAAATCAGGGGTATGCATGCCAATCGGTCTTACAACAATATGCCCTTTACATAGGTAAATAGCTCCT
CTTCAAAAAGAGCTCCATCTTGAAGGCACTACCATGATGCATTTTCTATGACACTCCATGCATCACTTCACCAGGACACAACTTTTGAATGAACTAGGTAACCATCACCATCATGAAACTTCCTCCAGCAGTTAACAATCACATCACCTGTGATCCTGCTCTAAATATTGAGTTTCCAAAGTTGA

Intron 5 GTGATATTTT ... TTTCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.38	11	7	2
A2	38.1	13	0	8
A3	37.5	15	0	9
A4	30	7	4	3
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A9	35.48	20	0	11
A10	33.33	38	0	19

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i19 from sample A1 / Example spliced isoform

CTCTTGTGAAGTGGGGCGCACCACTTTGGAGAGCGATTTGTGGAAAAAAGGGGAACATCATCATTCAGAGAGAGGGCAAACTTATTTGAGGGGCAAATCGCTGCTGTTCACTGCTGTCATTCACTTGAGGAAGGCTGTACAATTCAGCTGAGAGTATTTCATAGCATTTTCTAGTTGCCGAAGACACCACTCAGCCAAGT
CGTGACCCTGAGGGGCTGCTCTCTACCAAAAAGGAGGGCTGTAAGTTACTTCTGGGCTCTTCAGCTATCAGTGCACAAACTCAGCCATATCGTGGCACTCCAAGGTGTTATTAACTTATTTCATCTCAAAAAGGGCAGTTGTCACCTACAGTAATCTACAGGTCTGCAAATGTGCTTTAAATCTGATTTATTTTACCTCA
TTGTACTGCTGTAACAGTCACTAAATAAATGCTATACCTTCATTTTTGTACTGTGGTTATTTCTTGGCATTAAATACAATTAAAATACAGTTTATTGTGCCTATTCCTTGTTAATGTCGGCATGAATGAGATCTGAAAATTACTAAGAGGATCAGCAGTTAAGGGGATCTTATAAGAGTACTGTAGTGTAGCTGTTTGAC
AAAAGGTTTGAACCAAATTAAACAATAAATTCATCAGCAAACCTGTGAGGGGATATTACAAGGTCAGGGCCTTTCAAACTCTAGGAAGCACCTAATCTTTGCAGCTCTTGTTTGCCAGCATTGGCAAATGCTGTCTACTTTTTATTTTAACGTCTGCTTTTATTTCACTTGTAATATAAGTTATTATTATATTTGACAAA
GAAGTTTTCATCCTCCTTATTGGTTCACTGATCTCCATTAAATCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTACAATTCTGAGGAAGCTAATCCTAATGCTGTCATTCTGTTCTTTGA
TTTGTACAATTTAGGTTTCAGTTTCTAAAGGATTAACAAACCAGTGTTTCTTGTATCTGTCATATGTGTCGGGAAATGTTTGTTACTGTCCACATAAAATGTTGATTTGCTTGTGATAGTGTTCTGATGATACTGACGCAAATGTTTTAAGAAGTTTTATCTGGAAGTGATTTTTGTATACACATTAAAGGCTGTCACTG
ACATTTATTTCTGTTTAGGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAAT
TGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAG
CTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGG
ATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCAT
AAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGA
GTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGTCCATACTTAGAACTTTCCTGGATACCCCTACATCATAAATTAGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATG
ATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAG
CTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGT
AGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACAC
AAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAG
CTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATT
CAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCTAATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCA
TCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGTATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGATGATATGGCAAACTTTAAGATTTTAGTCAGATATATCAACATCCTCATATCTATCAACTGGTTTAGTAGCTTTAGAGGAAGGTAAATGATTATTTGAACTTGATATCTTGGTTTCTTTTTTCTTTTTCTTGGCATATAACTTTCAGGTCCATACTTAGAACTTTCCTGGATACCCCTACATCATAAATTAGgtgata
ttttctttcatttatacaaaagaatataaaaaagattctgccatttgttagattccattttatctaggtcatctttatggcactcacatagactatgatatgatccatatgctaaggatagaaggtgaaatctaatcagtctcaattcatatgtttcttgcagGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTAT
CAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCT
GGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTC
CAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCA
TCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGG
CATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAAT
CATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCTAATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTAC
CATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCATCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGTATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

Intron 6 GTTAACATCT ... TGTTGTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	73.08	7	16	22
A2	81.82	1	5	4
A3	53.33	7	6	10
A4	61.11	7	9	13
A5	64.71	3	5	6
A6	66.67	1	0	4
A7	100	0	2	0
A8	-1	0	0	0
A9	20	2	0	1
A10	33.33	6	0	6

>TRINITY_DN109852_c1_g1_i15 from sample A4 / Example spliced isoform

ACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGATTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCATCTCCATGGCGTCGTCCACA
TCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGAATCCTCCTGTTAGCAGAGAT
TCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGACATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTATTCAGTCTTACATGGAAAACC
TTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAATATATATCATTAAACCAGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTC
GCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATG
TCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACGATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTC
AGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGTCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAA
ATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGT
GCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATT
GACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCAT
TGAAGAAATTTAATGATTCAGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTC
TGTCAGGCATCTATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCA
GGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAG
ACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTG
GGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGC
GATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTCTTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGC
AGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAAC
AAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGTCCATACTTAGAACTTTCCTGGATACCCCTACATCATAAATTAGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGC
ACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTT
TCTGTGCTAAAGCAAGTTCAAATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGCATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCATTTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGA
TCAACAAACTTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAG
GGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAAT
CCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTCTAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAATGAAAATCAATTTT
CTTTCCCCAAAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACA

>TRINITY_DN109852_c1_g1_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TAAAAGGCTAGTTCATGTAGGACAGTCACATTAATGTTGCTCTGGGGTGTTTTTTTTCACTGAGATATTCTACTTTATTTATTTTTGTTGGCATAAAAAATCTTTTGGGTTACACAAAACTTTCTAGCATTGCTGAAGTTAGAATTCATAAGCATCAACATGGCAAAGTATATGATCAAGGGATCATAATCTTCGTAAAA
TTTGTGTTTTTCTGATTACCATGTCATTGGTAGGCCATTCAGGTTTATTCTTCTATTCGGATCTAACATTGTTAAGAATTGCCTCATTTTTAGTTTACATGCAAGATTATCGATGCACTTACACCTGATTATTTTGAGATTCGTTTTATGTTTGCAGGAATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAA
ACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGACATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTATTCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCAC
AACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAATATATATCATTAAACCAGgttaacatctgaagaatttataattcacgatataagttataacatacgctttagtaatatatttgtcctggtatgccagttatattccgaatatcttctgttgttttcagtacatggtttcatggaactaacattt
attttgacataaatcagatgtagtttgtcatttgactgataaagcttgtaatgttgtgaagTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATGCCTATTCTGATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTTTGCGGGCATTCCATA
TTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGTATGTTGTATTCATTTTTGTAGATTGGAAATATTA
TTGTCAAATATTTGGTAGTTGCTTCATTTGTTGCCGAATGTGATCAAGGT

Intron 7 GTATTTTCTT ... CAAATGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	42.12	13.8	7	13
A2	33.33	4	3	1
A3	31.4	12.3	4	7
A4	18.52	24.3	3	8
A5	15.63	5.5	1	1
A6	0	3	0	0
A7	33.33	3	2	1
A8	-1	0	0	0
A9	10.41	9.5	0	2
A10	3.96	12.3	0	1

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGACTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCA
TCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGA
ATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCCTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTAT
TCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAATATATATCATTAAACCAGGTTAACATCTGAAGAATTTATAATTCACGATATAAGTTATAACATACGCTTTAGTAATATATTTGTCCTGGTATGCCAGTTATATTCCGAATATC
TTCTGTTGTTTTCAGTACATGGTTTCATGGAACTAACATTTATTTTGACATAAATCAGATGTAGTTTGTCATTTGACTGATAAAGCTTGTAATGTTGTGAAGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATGCCTATTCTGATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGA
CGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTTTGCGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTC
TTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATG
GCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAA
GGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACT
GCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGAT
TGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGT
TCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAG
TGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTGTATGTTTTTCTATTTAACTGCCTTAATAGAGTTCTTTTTTAGATGTCATATAATAGTTCTTTAATGGATTTATGTGTATATGACATATAAATAGTTAAAATGCCTTTTATGTCATTGTTTGTCATGCATTACTCAACTCTCTTTCCGTCTTTGACATTTCCACTTCCTTT
TCAATACAGATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTAGGTTGGCCTAATTGTTCTGAAGTTTGAACTTATAATTCTTCTTGACTGGTGATGTTATATTTGATAGTATCCACTATCCAGCGGTCTCCCATTAGAGAGTTGCTG
CTTTGACGAAGCTATTTTATCATGGACAATATCAACTTATCCAGCTATATTTGAAAAAATCCACTCACCCAACCTTGTTTTTACTCTATAAACTGTTTAAATGCCAGAACAGGGCTATGTATGTTGTCACTTGTGACTTGTCCATACTGTAAAAGAATAAAGAATAAATTAGTATGCATGCCTTGACATACTAAATCAAA
TTTCATTTTCTAAAATGATGTAATTATCAGATTTGATTATCAGTCCGTGATTTCTGCAATTCTATTCGTAGAATTGTCTACTCAAAAGAGGAAGAATAGAGGGAGTGTCACTGGGCATCAATTTCCGTGAAGGGAAGAACTGAGTTCAAGAGATGGATTGGGGGAAGGAATGGAGGGGAACACAGATGTGAAATGTAGGG
ACTCAAGTAAAGGATTTTTTTGTTAAATCTTACACCTGCAGGAGAGAAATAAACACAAGCATGCACACATAGATCAAAGACAAGATCTAACGTGGAAACCCAAATTCAGGGAAACCGCAAGAATATATCTTCATTACTCTTGGCCAATCCAGCGAATTCTGGCCACTTGAGGTGCTTTACAGTGGAGACAATGGGCCTCT
TGAATAAGTTTCTGTCACATGAATACCACGGAATAAAACTGCATGCCACTGCAAACCACCTACTGTATATTATTCATTGACTCAATCATTAACCTAACAATCCTCCCTTTAATCTTGACTCTGGATTAAAAAAACATATTCCCCTATAAGGTTACCCATGAATAAAAAAACATATACCCCTATTACACCATACCCCCTCT
TAATTCTATTCATATAGTCTATAACCAAATAATGGCCCACAACATTCAGCTAATGCATAGCCCACTCCAAGTGTTCACAACTTTCTACAAGTGATCAAATAAATCAGGGGTATGCATGCCAATCGGTCTTACAACAATATGCCCTTTACATAGGTAAATAGCTCCTCTTCAAAAAGAGCTCCATCTTGAAGGCACTACCA
TGATGCATTTTCTATGACACTCCATGCATCACTTCACCAGGACACAACTTTTGAATGAACTAGGTAACCATCACCATCATGAAACTTCCTCCAGCAGTTAACAATCACATCACCTGTGATCCTGCTCTAAATATTGAGTTTCCAAAGTTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGACTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAGGAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCA
TCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGCTGAAAGTCTTGATGCCATTGCTCGTCTTTTATATGGAGGTCAGCTGACCATACAAGTAGTGGTTTCAGACATGGAAATTTACTTGACAACGACAGATAATGTAGTTAGGGCCAGAGGA
ATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATCGGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTAT
TCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAATATATATCATTAAACCAGGTTAACATCTGAAGAATTTATAATTCACGATATAAGTTATAACATACGCTTTAGTAATATATTTGTCCTGGTATGCCAGTTATATTCCGAATATC
TTCTGTTGTTTTCAGTACATGGTTTCATGGAACTAACATTTATTTTGACATAAATCAGATGTAGTTTGTCATTTGACTGATAAAGCTTGTAATGTTGTGAAGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTCCTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGgtattttctttcccctgatgatgaggctaatgccaagt
gttttatctagtttagcttattcataattctaatatccttttcatggtttacaagctaattgatgggatagatattaatatttggcatttgtgtttactctgatatttaacaattgagtcgatgacatatttgttttaattcatctgcatgcattggtatactctttaagtgacaaaaattcgtcacaaatggcagGGTG
ATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCA
TTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGC
TATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAA
TATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCA
TTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTT
TGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACA
AGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTA
GCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTGTATGTTTTTCTATTTAACTGCCTTAATAGAGTTCTTTTTTAGATGTCATATAATAGTTCTTTAATGGATTTATGTGTATATGACATATAAATAGTTAAAATGCCTTTTATGTCATTGTTTGTCATGCATTACTCAA
CTCTCTTTCCGTCTTTGACATTTCCACTTCCTTTTCAATACAGATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTAGGTTGGCCTAATTGTTCTGAAGTTTGAACTTATAATTCTTCTTGACTGGTGATGTTATATTTGATAGTATC
CACTATCCAGCGGTCTCCCATTAGAGAGTTGCTGCTTTGACGAAGCTATTTTATCATGGACAATATCAACTTATCCAGCTATATTTGAAAAAATCCACTCACCCAACCTTGTTTTTACTCTATAAACTGTTTAAATGCCAGAACAGGGCTATGTATGTTGTCACTTGTGACTTGTCCATACTGTAAAAGAATAAAGAATA
AATTAGTATGCATGCCTTGACATACTAAATCAAATTTCATTTTCTAAAATGATGTAATTATCAGATTTGATTATCAGTCCGTGATTTCTGCAATTCTATTCGTAGAATTGTCTACTCAAAAGAGGAAGAATAGAGGGAGTGTCACTGGGCATCAATTTCCGTGAAGGGAAGAACTGAGTTCAAGAGATGGATTGGGGGAA
GGAATGGAGGGGAACACAGATGTGAAATGTAGGGACTCAAGTAAAGGATTTTTTTGTTAAATCTTACACCTGCAGGAGAGAAATAAACACAAGCATGCACACATAGATCAAAGACCAGATATAACGTGGAAACCCAAATTCAGGGAAACCGCAAGAATATATCTTCATTACTCTTGGCCAATCCAGCGAATTCTGGCCAC
TTGAGGTGCTTTACAGTGGAGACAATGGGCCTCTTGAATAAGTTTCTGTCACATGAATACCACGGAATAAAACTGCATGCCACTGCAAACCACCTACTGTATATTATTCATTGACTCAATCATTAACCTAACAATCCTCCCTTTAATCTTGACTCTGGATTAAAAAAACATATTCCCCTATAAGGTTACCCATGAATAAA
AAAACATATACCCCTATTACACCATACCCCCTCTTAATTCTATTCATATAGTCTATAACCAAATAATGGCCCACAACATTCAGCTAATGCATAGCCCACTCCAAGTGTTCACAACTTTCTACAAGTGATCAAATAAATCAGGGGTATGCATGCCAATCGGTCTTACAACAATATGCCCTTTACATAGGTAAATAGCTCCT
CTTCAAAAAGAGCTCCATCTTGAAGGCACTACCATGATGCATTTTCTATGACACTCCATGCATCACTTCACCAGGACACAACTTTTGAATGAACTAGGTAACCATCACCATCATGAAACTTCCTCCAGCAGTTAACAATCACATCACCTGTGATCCTGCTCTAAATATTGAGTTTCCAAAGTTGA

Intron 8 GCTGAAAGTC ... AGGGCCAGAG

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A6	56.03	3.6	6	3
A7	69.26	5.6	13	12
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A9	75.62	3.6	11	11
A10	59.32	10.2	13	14

>TRINITY_DN121795_c0_g1_i15 from sample A3 / Example spliced isoform

ACCAACTCAAGCTATACCATTAACCCTCGATTAAACCCTATGTTACCCAAATACATATACTGGACTATGCATTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGATTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAG
GAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCATCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGGAATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCT
AGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGTAAGTTGCATATGCCATTCTTTTTCTTTATATGTGTTGTGTATATAACTTCATGGATGGAAATTTTCTGTTGATGTATGAAAAAAATCAAGCATGTCATTATTACTAACACAAATGAATGTTTGGAATAAGAACTTAGCTTCCCTCGTGA
TACCCGGAAATGTGGATGAAATGAGTGACCTTAGCCAAACAATTTTCAGAGGAAATGGCAACTTAAGCTGCAAAGTTCCTCTAAAGAATAACGGATAAGATGAGATCATTTGTCCCTTGCGTCAGGCAAGTGACATGCCTGTTTCTTTAGGACATATGATTGTTCCTTGCCCAAGCAAGAGCGTGAGGTAAAGAAATAAC
TTTAATAATGAGACTCTCTTAAACTATAGGTTGTCACCCTATATCTGAGTCCCAATTATTTAATCAAGAAACTGATGAATCACTTGCATCCACG

>TRINITY_DN121795_c0_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ACCAACTCAAGCTATACCATTAACCCTCGATTAAACCCTATGTTACCCAAATACATATACTGGACTATGCATTAAAATTGAATGAAGCCCAACAGTAGTATTATTAAGAACCCTGGCTTTCGTTTCTACTTCGAAGACTTTCATAGTTTTCACCGATTGGCAAAGCTCTTTACTGCATTGTCTCTATACGCGGAGCCGAG
GAATTATTTTATTTTATTATTAACCTTGTATTGTCGAGGATCATTTGCTGGGACAGCGAGAGCATTAATCATCTCCATGGCGTCGTCCACATCTTCATGGATTCCACTTCTCGAAACTTTTGTTAATCCTGATAATCCACCAGAGCAACAGgctgaaagtcttgatgccattgctcgtcttttatatggaggtcagctga
ccatacaagtagtggtttcagacatggaaatttacttgacaacgacagataatgtagttagggccagagGAATCCTCCTGTTAGCAGAGATTCTTTCTCGTCTCAAGACAAAACCTCTAGAAGACAGCTCTCTTCATAGCTTGGCATTTTTTTTTACATCAAGACTTGCAGATTGGCCAGCTTTGCGAGGAGCAGTAATC
GGTTGTTTGGCTCTTCTTAAAAGGAAGAGCAATGTAGGCTTGGTCTCAAGTGGGGATGCAAAGAAGCTTATTCAGTCTTACATGGAAAACCTTCAAGTTCAAGCTTTAGCACAACAAGACCGTATGGTGGGTTGTACATTTGATGTTCAAAAGAATAAAATATATCATTAAACCAGGTTAACATCTGAAGAATTTATAAT
TCACGATATAAGTTATAACATACGCTTTAGTAATATATTTGTCCTGGTATGCCAGTTATATTCCGAATATCTTCTGTTGTTTTCAGTACATGGTTTCATGGAACTAACATTTATTTTGACATAAATCAGATGTAGTTTGTCATTTGACTGATAAAGCTTGTAATGTTGTGAAGTTATGCCTTGAGCTTTTGGAGTGCCTC
CTTGATTCCTATTCTAATGCAGTTTCATCACTGGGTGATGATCTTGTTTATGGAGTTTGTGCAGCAATTGACGAGGAGAAAGATCCTCGCTGCCTTATACGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTA
CTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACTCTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACGATTG
CATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTGCTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGTCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTA
CTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGGCTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCAATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGA
TGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACATTTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGACTTTGCAACCACATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTT
TGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAAACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTA
TTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTTAATGATTCAGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTT
GAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATCTATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTG
TCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAA
AGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCAGATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAA
GGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATTAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACAC
GGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTCTTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCA
GGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGC
TCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGTCCATACTTAGAACTTTCCTGGATACCCCTACATCATAAATTAGGAAGGG
CCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTC
CGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGCATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGAT
CATTTTCAGCCCATAAATTTCATTTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATA
CAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTAT
TATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGT
GGAAGGTCTAGTGTCC

Intron 9 GTACAATTCT ... TTCTGTTAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	28.57	30	4.5	12
A2	16.67	35	4.5	7
A3	30.88	29.1	3.8	13
A4	16.87	38	3.1	7.7
A5	27.27	16	2.7	6
A6	19.23	21	0.2	5
A7	21.62	29	1.3	8
A8	6.25	15	2.5	1
A9	6.45	29	1.3	2
A10	21.88	25	1.8	7

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i5 from sample A1 / Example spliced isoform

CGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACT
CTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTG
CTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGG
CTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACAT
TTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAA
ACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTT
AATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATC
TATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGGTTCTTGAGG
CAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTTCCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAA
ATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCAGGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTAC
TCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACATTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGAC
ATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGATTCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTC
ACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAAAGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCT
TCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCAGTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGA
GAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGGGCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACAT
ACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCAGAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTG
CAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATCCTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCC
TACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCATATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAG
TAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCATAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCT
AATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCATATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCATCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGT
ATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA

>TRINITY_DN133709_c0_g2_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CGGGCATTCCATATTGTTGAGTTGTTAGTAAAGCTATTTCCTGATGCAGAGGGACCTTTAGCAAGCTGTGCAGAGGATCTTTTTGACATTATAAGCCGTTACTTCCCAATTTCATTCAATCCTCCTCCAAATGACTCATTGGGCATAACAAGAGAAGATCTTTCAAAAGCTCTTCTGGGAGCTTTCATGTCATCTCCACT
CTTTGCTCCATTTTCCATCCCTTTGCTCCTAGAAAAGCTTTCATCAAGCCTACGTATGGCAAAGGTCGATTCGCTGAAATATCTAGGGAAGTGCACTATTGCATATGGTGTGGATGCTGTTTCAAGTCACATTACAGCTATTTGGGACTCTTTGAAGAATGAAATTTTAATGGCTGCAAGTCCTCTTTCAGATACTGTTG
CTAGTGATGGGTGGGCGGATAATGAGGTGGTAGAAGAGGCTTTAACTTGTCTGACAGAGTGTGTTTTGGCATGCCATAAAGGAAAGGATACTGGAGTGCTACTTGAGCTATTACTTCAAGATGAGAAGTTGGATGGAATATTTAGGTTTGTCAAAACTGATGTGAGAACAAAGGTGATTCCTTCAAAAAATGAGTTAGGG
CTTCAAGTCCAAGCACTTGGAAGGTTGCTATCAGCTACTGCAAAATCTTCCCATGCTTCTTGTTTTATTGTGTCTCAAAGATTCTTGCCACTACTTCTAGATGCTATGGGAGTTCCTTTGGATCAAGGACCTGGTCCATTGTTTGTCTCAAATGACGAGAGTGTGGTTAACTGCTTTGTGACAGTTGGTGCACTTTACAT
TTGTGATCAGATTGTTCAAGCAAACAGAATATTGGCTGAGGGATTGGCTTTGCAACCGCATGTGATATTGGATCCTAGTTTAGGAAGTTCTTCATTGTCTTTGCTTCGGCATTTAGCGAATCCATTAACAATTGCTTTTGCGTCTGCCATTCCAACACACAACGGAAGTGATTGCCAGAAATCATTATTGACAACTAAAA
ACGAGGTCATGCAATTGGGAGTGGCTGGGTTGCAGGCTTTGGCTTCATTTCCAGGATCCTTTTCACCTCTCACTGAAGAGCAATACAAGAAAATCTTATTATTTTTAATGTCTGTTCTATTAAAAAGGCATGAGCACAAGTTCTTATGGGAGCAGGCTCTTGGGGCACTGGTTCGGATTGGCATCTCATTGAAGAAATTT
AATGATTCGGCAAGGGCTTTGGTTTTTGTGGATGTAGTGATTGCAAAGCTTCTTTCTCAGTTGTCAACTCATGAGCTTTCACTGCCAATATTGTTGAATTTGAAAGCCATCACATCTATATGCTGTTCAAGCTCTGTAGCAGTAACTCATGTTCTCCATGGCTTTCGGCAAGTGATATCTGGATTCTTCTGTCAGGCATC
TATCAAAAGTGAAGGAGAATGTGAGAAATCCAGGGAACTTGTGACGTGTGTTTTAGAATGCCTTTCTAGTGAAGTGCTTCCCAGGTGCAAAAGTATGGGTGTCAATGACGAGGACATAGTGTCATTATCTCTTGATATTTGGAGTTCTGTGCAAGAAATTTCAGCATGTAATGTTTACCCTCCTAGGCAGgtacaattct
gaggaagctaatcctaatgctgtcattctgttctttgatttgtacaatttaggtttcagtttctaaaggattaacaaaccagtgtttcttgtatctgtcatatgtgtcgggaaatgtttgttactgtccacataaaatgttgatttgcttgtgatagtgttctgatgatactgacgcaaatgttttaagaagttttatct
ggaagtgatttttgtatacacattaaaggctgtcactgacatttatttctgtttagGTTCTTGAGGCAACTATGGCAGTTATGCGACTGTCAGTTCAATACTGTGCAGAGGAACTGCAGAAGGCAGTATTAGTAAAAGCTCTCGACATACTTCCAATAAGGGTTCAAAGCTTGTCTAATGGCACATCAGTTGCTTCTGTT
CCACATCAAGGTATTGGGAATGCTTCTTTTAACTCAATTGATAGTCCTAACCAAGACGAATGGAAAATTGCTCTCTTTGCCTCGGTTGTTGTATCACTTCGGCCAAAGATTGTCCTCCATAACAATAAGCAAATATTAGAAATGTTCATCAGTACACTGCTTGGCAAGGGAGATATTACGATCAAGGAAGCGGCGACTCA
GGCTTTGGGTTCTATGATCAACAAATGTCCAGTTGAAGCTGATTATGCCACACTGGGCGTTCTTACTCTAGATCAAGCTATCCATTCAGTTTTAGAAGAGGGTTTGTTAAAAGTTGTTGGCAATCATGTGCCACAGAACCCACCAGAAATGACTAACAAGGATACACGGAGTGTCAAGCTAGGAGACATTCATAATGACA
TTGGAGTGCAGATCCAAGCAGTGACTGCAGTGGCATGGATAGGAAAAGGCTTAGCGATGAGAGGACATAGCAAAATTTCAGATGTTGCAATGCTACTTTTGAATGTATTGCGATCAAGTAGTTCTATCTGTGCCATGTCATCTCAAAATGATAGTTTAGCACAAGCAGGGGTTGATGGAATAGGTATCATTATGAAAGAT
TCCAAAACTTCTCTCAACAAAGACTGTCATGCATGCATAAGGCCTCTTTATAAGCAGCGCTTTTTCACCAGCATGATTCCAATTCTGGTTTTTGCTATAAGAGAATCTGGGGCTTCGTCTTCAAGAAATTTGCTGTATTGTGCTCTCGCGCATTTAATTTCTGAAGCTCCTCATATTGCGCTTCTGGCTGAATCTGAAAA
AGTTAGTCCATATATCTTGGAGGGGATATCAGTATTGAGTAATGACCCTGTGAACAAAGGTCATCTTCAGTCATTTTTGTTGGCTTTGTCTGGAATTATCATGGATGAGAATAACGGTCCATACTTAGAACTTTCCTGGATACCCCTACATCATAAATTAGGAAGGGCCCTTGTTTTAGAACATGTATCAACCATTATCA
GTCGTTTAGTTGTGGTTATCAACTACCCCTATTCAATGATTGTTCGAGAGACAGCACTGCAATGCCTTGGAGCCATGGTAGCCTTGCCTTACACTCGGATTTTTCCAATGAGAACACAGGTGTTGAAAGCAGTATCAAAGGCTTTGGATGATAGGAAAAGATCAGTCCGCAAGGAGGCTGCAAGGTGCCATCATGTCTGG
GCTTCTATTGCATCAAGATCATCAGTTTATTGAAGCAGCTGAAAGCTTGGTTTTTTGACTTTTTTCTGTGCTAAAGCAAGTTCAGATGTTTCTTTCAACTTATTTTCACATACCAATTCAAAATGAATGTCAGTTTGTCTGGTTAGGAACGGGCTAGCATCTATGATCATTTTCAGCCCATAAATTTCAATTGCAGTCCA
GAAAAACGAGGATTGAAACTACAAAGACATTGTACTGTAGTGGAATAATGAATATACTGCAAGATCAACAAACTTGTTCAATGATGCGTCATTGTGAGAAAGGATTGTTTGCAATGGATTCCTTCAACGACAGTTATGATGTGCAGAAGTGATGTGAGCAACATATACAGAACAAGTCAATATCCTGCTAAGGCATCATC
CTCTTAGATTGGTTCAGTAAAGGCGATCCTTTCAACACAAAATGGTTTCTGGGCTGACAGTAGGGCAGCCCACTTTTTCTGGGTTCTCCCTAGTCCTGGTTTGCCATACCCTACAGTTCTGTAGGTTAAAATTGTGGAATTTTGTCTTATATAAAACCATTCTTTATTATATTCAATATGCTTCTAAAAGTTTTTTGGCA
TATGATTTAGTGCTATCAGAGCAGCATGCTGAGTCGAGCTTTCTCACATAAATATCTCAGAATCCAATGGTTAATGGAGCTTTGCAATTTATAATAGGCTTTTGGAAACAGTAATGACATTAAAGATATGTTGCTAGTAATATTATTAAAAATAATATATTTATTGTGGAAGGTATAGTGTCTTAAAAACATTATAATCA
TAAGCCCTTGTCAATGCATATCTTCATTCATTTTTATTCAATTACCAAACGAAAATCAATTTTCTTCCCCCCCAAAAATTAACTTTCCTTCTTTGACATCTTTCCATAGCTAATATGCTTGATAGATGTTCTTTCGGGGAAGAACATCTGTATGTTAAAAACTAAGATGTAATGAGTAGATTCTGTAACTGGTTGTACCA
TATTTACTGTTACCGAGGCTTGCCGTGTGGAGTGATCATCCATACACAAAGCATATGATTTCTACATTTAGTTGGTGACATGTTTTGGGTTGTTTGTATTCCCTAATCAGTATTGAGTATCTTATATTTTAATCAAACTGTCATGGACTGA