sp|Q6R2J8|SRF8_ARATH ----> Protein STRUBBELIG-RECEPTOR FAMILY 8

Intron 1 GTAAGTCTGG ... ATGTTTTCAG

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A1	23.99	103	21	44
A2	21.43	110	9	51
A3	22.79	105	25	37
A4	23.29	84	14	37
A5	14.75	52	4	14
A6	18.27	85	10	28
A7	20.21	231	27	90
A8	22.6	149	30	57
A9	17.26	187	26	52
A10	18.15	221	36	62

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
ATTGTCTGTATCAAAACCTGGTCCATAGGGTTTCACCGACATTCAGCAAAGAGGTTGGAAGCTACATAAACGGAACTGGAATATGGTTAGTTGAATATGTTTCGTTAAGTATTTGTGAATCCAATTTAAGATCCACCGGCTCAACTTTCAGCTTTTCAACGGCCCCATTTTTAAGCCAAATCGGCCCCTTCTTGAAGTAA
AACGGCACGGATTGACGTAAAATTCGCTCAGTTTTGAACTCTACACTTCCGCGGCCATGTTTTGAGCTCGGGGTGTAGAAGTTCTTGGCTTGGAAATCACAGAATATGTTGGTAGAATCAGGACCCATGGAATGGGACCCCGACGTTATTTAGCTTGCAATCTTTACATCCAATCTCTCGCATTGCGATTTTCATCATTC
TTTTTCGTTGCAGTGGACTCTACGAGACTCTGAAGTTGTTCTGTGGCAGTTGAGCGGTGAAATTGGTTGCTTCTAGCTTAAGGTGCGAGATTTTGGTCTGTATTTGAAAGCAAGAAGAGCATATAGATACATTGACACGATCTGCCAGAGTTTTTGTGCAAGAAGAAGCAGCGTAGCATAATGTGCCGGGCATTTTTATT
CGGAGGAGTAATTTCGTCGATAATAGAAAAGTTTGAAGGCGTTGTCTGAATTTTTAGGTGTAATGTCTTGAATATGGAGATTTTCTAAGACGGAAACGTTTAGCTTAGAGCTAGCTTTAACCGGAGGATCTTCGGGCTTGGAGACCTCTAAAGTTGGAGGACGATGGAGAGACCAAAGCTCGGGGGTTTGCTATTCATTG
CGACTGTTTTAGTTTTGTTTCTGGCGCCTGTGGACGGAGATACAGATCAACAAGATGTGTCTGCTCTGACAAACCTCTATACTAGTCTACAGTCTCCATCACAGCTTACAGGATGGACTTCCAGTGGAACTGATCCATGTGGTCAGGCATGGAAAGGAGTCTACTGCTCAGGATCTGCTGTAAAAGAAATGTAGTTAGCT
AACACTTAGCCCTTGTTTGATTAGTCTGTTGAAAGATTACTTGGTTATCATGGAAAGACAACTGATATTGTAATTCAATTGAAAACAATTGAATCTGATTGTTGATTTGACAGCAAACTTTCTGGGCTAGGACTGACAGGATCCTTGGGCTACCAGCTATCAAGCCTTTCTTCCTTGACGACTTTAGATCTGAGCAACAA
CAATATTCAAAACCCCATCCCCTACCAACTTCCTCCCAACATCACATACCTAAACCTTGCTGGCAATGTCCTCAGTGATGCACTACCTTACTCAATTTCAGGAATTACTTCACTCAGTTACTTGAATGTCAGTCATAATTCACTCTCAGGCCAAATCTCAGATGTCTTTGGAAAGCTTTTGAACCTATCCACTTTGGATC
TTTCCTTCAACAGTTTTGCGCAAGATCTTCCTTCAAGTTTCAGCTCACTCTCAAATCTCTCTACTCTGCATGTGCAGAATAATCAGCTGACTGGGCCTATTGATGTACTTGACAACCTTACTCTGACAGATCTGAATATTGAAAATAATCATTTTACTGGCTGGCTACCAGATGCTTTTCAGTCTAATCCAAAATTTAAA
ACTGGTGGTAATTCTTTTAGCACAGGCCCTGCTCCTCCTCCTCCACCTTATCATCCTCCTCCACCCTCTCACGTTCCTGTAAGTGGTCATAATGCGAGTAGAAGTCCACAACATAAGTCCCCAGGTTCAGAGAGTTCATCTGCTCATTCCAAGCACCAGAGCAGTGATAAAACTGGTCTTACTACTGGGGCAATAGCAGG
AATAGTGATTGCGGGCATATTAGCTGCTATTGCGACTGTCTTTGGAATCATTTTCTTTGCATGGAGGTCTCCTAAAAAAAGGCATGATGAAGAGAGGGCTAATGGTGGTGCATCTTCGAGTCCTCTTTCTGCTTTCATGGTTAAAGCCGCAGCACCAAAGGAGAGCTCAGAGCAGAAAATAAAGGTATCGCCTCCTGAGA
TCATGCTTAAGCCTCCTCCTTCAGAGCGCCACAAGACTAATGGTGACAGGGGATTTGAGAGGAAGTCTACCAGCAAAAGGGCTAAAAGCCCAATTACTGCAATAGCATATTCTATAGCAGATTTGCAGATGGCAACAAACAGCTTCAGTCAAGAAAATCTTATTGGTGAGGGTGCTCTTGGACGAGTTTACAAAGCTGAG
TTTTCTAATGGAAAGATTTTGGCAGTGAAAAAAATAGACAGCTCAACATTGTCTGTACAAACAGATGAAGACTTTCTTGATGCAGTTTCAAACATTTCACGTCTACGGCATGCGAATATCACTGAACTTGTGGGCTACTGTGTAGAGCATGGGCAGCGCCTTCTTGTTTATGACTATTTTGGCAATGGAACTCTCCATGA
TATCTTACATTTTCTAGATGATAGTGGAAAGAGATTGACCTGGAACTCTCGTGTGAGGATTGCACTGGGCACTGCTCGAGCTCTAGAGTATTTGCATGAAGTTTCTTCACCTCCCGTAGTACATAGAAATTTCAAATCAGCCAACATTTTGCTGGATGATGAACTCAACCCTCATCTTTCTGATTGTGGAATAGCAGCTC
TCAGTCCAAGCTCAGAACGTCAGGTTTCTACTCAGATGCTAGGTTCCTTTGGCTATAGTGCTCCTGAGTATGCCATGTCAGGCATCTATACGGTGAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGTGTGGTAATGTTAGAACTTCTCACAGGTCGAAAGCCCCTTGACAGTTCAAGGCCAAGGTCAGAACAGTCTTTAGTCAGGTGG
GCTACTCCTCAGCTTCATGATATTGATTCACTGGCAAAAATGGTTGATCAAGCATTGAAGGGCATTTATCCTGCGAAGTCTCTCTCAAGGTTTGCTGATATTATTGCCCTTTGTGTTCAGCCTGAGCCAGAATTTCGGCCTCCAATGTCTGAAGTGGTGCAAGCTTTGGTTCGCTTGATGCAACGGGCAAGCCTCAATAA
GAGAAGATCAAGTGATGAACCAGGAGCTTCTTACAGACAACTAGATCATGATCCTTCAGACTTATCCATTTGAAGACATAGCTTTGCTTGCTGAGAGATAGCTGCGCCTGGGTGTGATGGGATCATGTAATTTGTGCAATAACCCTGTACATCTGAGACTGAAGGATAATAAGGCTTGGGTGACCAGTTTTCTAAGTTTG
GAAATCAAAGGCTTGGGTAACAGTAACACCCTCATTGTTTTCATTATTGAAAGCTTACTAAAATTTTGTCATGGCAGGGCAGAGCTGAATCTCTTACTGTCAGATTGGGAAAAATCTATTTATATTCTACAATTTTCATATTTGCAGAAAAAAAGCACAGAATACAAGAATAGATTTTGTATCAAGTAGAGATAGTACCT
ACATATGAGTAATTGCTGCAGCATGTGTATCAAAATGGCCTATTCTGTCTGCTTGACAATATGTACTGAACTGGCAGGTTCAAAAACTAAAATGTTTATCACGTTCTTTTGCTTATCATGAACTGAGTTTATCAGCATTGTTCAGACAAATTGGATGCACTTTTAATAGTACTGGACCCACTTTTAAAAAATAACTTTCC
CGTGGCCACTTCTTGGCTTATAC

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i2 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
ATTGTCTGTATCAAAACCTGGTCCATAGGGTTTCACCGACATTCAGCAAAGAGGTTGGAAGCTACATAAACGGAACTGGAATATGGTTAGTTGAATATGTTTCGTTAAGTATTTGTGAATCCAATTTAAGATCCACCGGCTCAACTTTCAGCTTTTCAACGGCCCCATTTTTAAGCCAAATCGGCCCCTTCTTGAAGTAA
AACGGCACGGATTGACGTAAAATTCGCTCAGTTTTGAACTCTACACTTCCGCGGCCATGTTTTGAGCTCGGGGTGTAGAAGTTCTTGGCTTGGAAATCACAGAATATGTTGGTAGAATCAGGACCCATGGAATGGGACCCCGACGTTATTTAGCTTGCAATCTTTACATCCAATCTCTCGCATTGCGATTTTCATCATTC
TTTTTCGTTGCAGTGGACTCTACGAGACTCTGAAGTTGTTCTGTGGCAGTTGAGCGGTGAAATTGGTTGCTTCTAGCTTAAGGTGCGAGATTTTGGTCTGTATTTGAAAGCAAGAAGAGCATATAGATACATTGACACGATCTGCCAGAGTTTTTGTGCAAGAAGAAGCAGCGTAGCATAATGTGCCGGGCATTTTTATT
CGGAGGAGTAATTTCGTCGATAATAGAAAAGTTTGAAGGCGTTGTCTGAATTTTTAGGTGTAATGTCTTGAATATGGAGATTTTCTAAGACGGAAACGTTTAGCTTAGAGCTAGCTTTAACCGGAGGATCTTCGGGCTTGGAGACCTCTAAAGTTGGAGGACGATGGAGAGACCAAAGCTCGGGGGTTTGCTATTCATTG
CGACTGTTTTAGTTTTGTTTCTGGCGCCTGTGGACGGAGATACAGATCAACAAGATGTGTCTGCTCTGACAAACCTCTATACTAGTCTACAGTCTCCATCACAGCTTACAGGATGGACTTCCAGTGGAACTGATCCATGTGGTCAGGCATGGAAAGGAGTCTACTGCTCAGGATCTGCTGTAAAAGAAATCAAACTTTCT
GGGCTAGGACTGACAGGATCCTTGGGCTACCAGCTATCAAGCCTTTCTTCCTTGACGACTTTAGATCTGAGCAACAACAATATTCAAAACCCCATCCCCTACCAACTTCCTCCCAACATCACATACCTAAACCTTGCTGGCAATGTCCTCAGTGATGCACTACCTTACTCAATTTCAGGAATTACTTCACTCAGTTACTT
AATGTATGCTATTGTGTGCAGGAATGTCAGTCATAATTCACTCTCAGGCCAAATCTCAGATGTCTTTGGAAAGCTTTCGAACCTATCCACTTTGGATCTTTCCTTCAACAGTTTTGCGCAAGATCTTCCTTCAAGTTTCAGCTCACTCTCAAATCTCTCTACTCTGCATGTGCAGAATAATCAGCTGACTGGGCCTATTG
ATGTACTTGACAACCTTACTCTGACAGATCTgtaagtctggtccatgttcatttgtgttgtttcagtggattaaatctgaatagcaacagttgttttcctgtgtgaaatgttttaagtttattataaaagcgaagcttcatctgctgatgttttcagGAATATTGAAAATAATCATTTTACTGGCTGGCTACCAGATGCT
TTTCAGTCTAATCCAAAATTTAAAACTGGTGGTAATTCTTTTAGCACAGGCCCTGCTCCTCCTCCTCCACCTTATCATCCTCCTCCACCCTCTCACGTTCCTGTAAGTGGTCATAATGCGAGTAGAAGTCCACAACATAAGTCCCCAGGTTCAGAGAGTTCATCTGCTCATTCCAAGCACCAGAGCAGTGATAAAACTGG
TCTTACTACTGGGGCAATAGCAGGAATAGTGATTGCGGGCATATTAGCTGCTATTGCGACTGTCTTTGGAATCATTTTCTTTGCATGGAGGTCTCCTAAAAAAAGGCATGATGAAGAGAGGGCTAATGGTGGTGCATCTTCGAGTCCTCTTTCTGCTTTCATGGTTAAAGCCGCAGCACCAAAGGAGAGCTCAGAGCAGA
AAATAAAGGTATCGCCTCCTGAGATCATGCTTAAGCCTCCTCCTTCAGAGCGCCACAAGACTAATGGTGACAGGGGATTTGAGAGGAAGTCTACCAGCAAAAGGGCTAAAAGCCCAATTACTGCAATAGCATATTCTATAGCAGATTTGCAGATGGCAACAAACAGCTTCAGTCAAGAAAATCTTATTGGTGAGGGTGCT
CTTGGACGAGTTTACAAAGCTGAGTTTTCTAATGGAAAGATTTTGGCAGTGAAAAAAAATAGACAGCTCAACATTGTCTGTACAAACAGATGAAGACTTTCTTGATGCAGTTTCAAACATTTCACGTCTACGGCATGCGAATATCACTGAACTTGTGGGCTACTGTGTAGAGCATGGGCAGCGCCTTCTTGTTTATGACT
ATTTTGGCAATGGAACTCTCCATGATATCTTACATTTTCTAGATGATAGTGGAAAGAGATTGACCTGGAACTCTCGTGTGAGGATTGCACTGGGCACTGCTCGAGCTCTAGAGTATTTGCATGAAGTTTCTTCACCTCCCGTAGTACATAGAAATTTCAAATCAGCCAACATTTTGCTGGATGATGAACTCAACCCTCAT
CTTTCTGATTGTGGAATAGCAGCTCTCAGTCCAAGCTCAGAACGTCAGGTTTCTACTCAGATGCTAGGTTCCTTTGGCTATAGTGCTCCTGAGTATGCCATGTCAGGCATCTATACGGTGAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGTGTGGTAATGTTAGAACTTCTCACAGGTCGAAAGCCCCTTGACAGTTCAAGGCCAAG
GTCAGAACAGTCTTTAGTCAGGTGGGCTACTCCTCAGCTTCATGATATTGATTCACTGGCAAAAATGGTTGATCAAGCATTGAAGGGCATTTATCCTGCGAAGTCTCTCTCAAGGTTTGCTGATATTATTGCCCTTTGTGTTCAGCCTGAGCCAGAATTTCGGCCTCCAATGTCTGAAGTGGTGCAAGCTTTGGTTCGCT
TGATGCAACGGGCAAGCCTCAATAAGAGAAGATCAAGTGATGAACCAGGAGCTTCTTACAGACAACTAGATCATGATCCTTCAGACTTATCCATTTGAAGACATAGCTTTGCTTGCTGAGAGATAGCTGCGCCTGGGTGTGATGGGATCATGTAATTTGTGCAATAACCCTGTACATCTGAGACTGAAGGATAATAAGGC
TTGGGTGACCAGTTTTCTAAGTTTGGAAATCAAAGGCTTGGGTAACAGTAACACCCTCATTGTTTTCATTATTGAAAGCTTACTAAAATTTTGTCATGGCAGGGCAGAGCTGAATCTCTTACTGTCAGATTGGGAAAAATCTATTTATATTCTACAATTTTCATATTTGCAGAAAAAAAGCACAGAATACAAGAATAGAT
TTTGTATCAAGTAGAGATAGTACCTACATATGAGTAATTGCTGCAGCATGTGTATCAAAATGGCCTATTCTGTCTGCTTGACAATATGTACTGAACTGGCAGGTTCAAAAACTAAAATGTTTATCACGTTCTTTTGCTTATCATGAACTGAGTTTATCAGCATTGTTCAGACAAATTGGATGCACTTTTAATAGTACTGG
ACCCACTTTTAAAAAATAACTTTCCCGTGGCCACTTCTTGGCTTATAC

Intron 2 GTAAGATCTC ... GACTTGGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	19.21	328	0	78
A2	24.83	215	2	71
A3	20.77	225	1	59
A4	18.6	175	1	40
A5	16.5	86	0	17
A6	20.45	533	0	137
A7	20.82	833	1	219
A8	19.97	1058	0	264
A9	19.52	808	0	196
A10	20.84	623	1	164

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
ATTGTCTGTATCAAAACCTGGTCCATAGGGTTTCACCGACATTCAGCAAAGAGGTTGGAAGCTACATAAACGGAACTGGAATATGGTTAGTTGAATATGTTTCGTTAAGTATTTGTGAATCCAATTTAAGATCCACCGGCTCAACTTTCAGCTTTTCAACGGCCCCATTTTTAAGCCAAATCGGCCCCTTCTTGAAGTAA
AACGGCACGGATTGACGTAAAATTCGCTCAGTTTTGAACTCTACACTTCCGCGGCCATGTTTTGAGCTCGGGGTGTAGAAGTTCTTGGCTTGGAAATCACAGAATATGTTGGTAGAATCAGGACCCATGGAATGGGACCCCGACGTTATTTAGCTTGCAATCTTTACATCCAATCTCTCGCATTGCGATTTTCATCATTC
TTTTTCGTTGCAGTGGACTCTACGAGACTCTGAAGTTGTTCTGTGGCAGTTGAGCGGTGAAATTGGTTGCTTCTAGCTTAAGGTGCGAGATTTTGGTCTGTATTTGAAAGCAAGAAGAGCATATAGATACATTGACACGATCTGCCAGAGTTTTTGTGCAAGAAGAAGCAGCGTAGCATAATGTGCCGGGCATTTTTATT
CGGAGGAGTAATTTCGTCGATAATAGAAAAGTTTGAAGGCGTTGTCTGAATTTTTAGGTGTAATGTCTTGAATATGGAGATTTTCTAAGACGGAAACGTTTAGCTTAGAGCTAGCTTTAACCGGAGGATCTTCGGGCTTGGAGACCTCTAAAGTTGGAGGACGATGGAGAGACCAAAGCTCGGGGGTTTGCTATTCATTG
CGACTGTTTTAGTTTTGTTTCTGGCGCCTGTGGACGGAGATACAGATCAACAAGATGTGTCTGCTCTGACAAACCTCTATACTAGTCTACAGTCTCCATCACAGCTTACAGGATGGACTTCCAGTGGAACTGATCCATGTGGTCAGGCATGGAAAGGAGTCTACTGCTCAGGATCTGCTGTAAAAGAAATGTAGTTAGCT
AACACTTAGCCCTTGTTTGATTAGTCTGTTGAAAGATTACTTGGTTATCATGGAAAGACAACTGATATTGTAATTCAATTGAAAACAATTGAATCTGATTGTTGATTTGACAGCAAACTTTCTGGGCTAGGACTGACAGGATCCTTGGGCTACCAGCTATCAAGCCTTTCTTCCTTGACGACTTTAGATCTGAGCAACAA
CAATATTCAAAACCCCATCCCCTACCAACTTCCTCCCAACATCACATACCTAAACCTTGCTGGCAATGTCCTCAGTGATGCACTACCTTACTCAATTTCAGGAATTACTTCACTCAGTTACTTGAATGTCAGTCATAATTCACTCTCAGGCCAAATCTCAGATGTCTTTGGAAAGCTTTTGAACCTATCCACTTTGGATC
TTTCCTTCAACAGTTTTGCGCAAGATCTTCCTTCAAGTTTCAGCTCACTCTCAAATCTCTCTACTCTGCATGTGCAGAATAATCAGCTGACTGGGCCTATTGATGTACTTGACAACCTTACTCTGACAGATCTGAATATTGAAAATAATCATTTTACTGGCTGGCTACCAGATGCTTTTCAGTCTAATCCAAAATTTAAA
ACTGGTGGTAATTCTTTTAGCACAGGCCCTGCTCCTCCTCCTCCACCTTATCATCCTCCTCCACCCTCTCACGTTCCTGTAAGTGGTCATAATGCGAGTAGAAGTCCACAACATAAGTCCCCAGGTTCAGAGAGTTCATCTGCTCATTCCAAGCACCAGAGCAGTGATAAAACTGGTCTTACTACTGGGGCAATAGCAGG
AATAGTGATTGCGGGCATATTAGCTGCTATTGCGACTGTCTTTGGAATCATTTTCTTTGCATGGAGGTCTCCTAAAAAAAGGCATGATGAAGAGAGGGCTAATGGTGGTGCATCTTCGAGTCCTCTTTCTGCTTTCATGGTTAAAGCCGCAGCACCAAAGGAGAGCTCAGAGCAGAAAATAAAGGTATCGCCTCCTGAGA
TCATGCTTAAGCCTCCTCCTTCAGAGCGCCACAAGACTAATGGTGACAGGGGATTTGAGAGGAAGTCTACCAGCAAAAGGGCTAAAAGCCCAATTACTGCAATAGCATATTCTATAGCAGATTTGCAGATGGCAACAAACAGCTTCAGTCAAGAAAATCTTATTGGTGAGGGTGCTCTTGGACGAGTTTACAAAGCTGAG
TTTTCTAATGGAAAGATTTTGGCAGTGAAAAAAATAGACAGCTCAACATTGTCTGTACAAACAGATGAAGACTTTCTTGATGCAGTTTCAAACATTTCACGTCTACGGCATGCGAATATCACTGAACTTGTGGGCTACTGTGTAGAGCATGGGCAGCGCCTTCTTGTTTATGACTATTTTGGCAATGGAACTCTCCATGA
TATCTTACATTTTCTAGATGATAGTGGAAAGAGATTGACCTGGAACTCTCGTGTGAGGATTGCACTGGGCACTGCTCGAGCTCTAGAGTATTTGCATGAAGTTTCTTCACCTCCCGTAGTACATAGAAATTTCAAATCAGCCAACATTTTGCTGGATGATGAACTCAACCCTCATCTTTCTGATTGTGGAATAGCAGCTC
TCAGTCCAAGCTCAGAACGTCAGGTTTCTACTCAGATGCTAGGTTCCTTTGGCTATAGTGCTCCTGAGTATGCCATGTCAGGCATCTATACGGTGAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGTGTGGTAATGTTAGAACTTCTCACAGGTCGAAAGCCCCTTGACAGTTCAAGGCCAAGGTCAGAACAGTCTTTAGTCAGGTGG
GCTACTCCTCAGCTTCATGATATTGATTCACTGGCAAAAATGGTTGATCAAGCATTGAAGGGCATTTATCCTGCGAAGTCTCTCTCAAGGTTTGCTGATATTATTGCCCTTTGTGTTCAGCCTGAGCCAGAATTTCGGCCTCCAATGTCTGAAGTGGTGCAAGCTTTGGTTCGCTTGATGCAACGGGCAAGCCTCAATAA
GAGAAGATCAAGTGATGAACCAGGAGCTTCTTACAGACAACTAGATCATGATCCTTCAGACTTATCCATTTGAAGACATAGCTTTGCTTGCTGAGAGATAGCTGCGCCTGGGTGTGATGGGATCATGTAATTTGTGCAATAACCCTGTACATCTGAGACTGAAGGATAATAAGGCTTGGGTGACCAGTTTTCTAAGTTTG
GAAATCAAAGGCTTGGGTAACAGTAACACCCTCATTGTTTTCATTATTGAAAGCTTACTAAAATTTTGTCATGGCAGGGCAGAGCTGAATCTCTTACTGTCAGATTGGGAAAAATCTATTTATATTCTACAATTTTCATATTTGCAGAAAAAAAGCACAGAATACAAGAATAGATTTTGTATCAAGTAGAGATAGTACCT
ACATATGAGTAATTGCTGCAGCATGTGTATCAAAATGGCCTATTCTGTCTGCTTGACAATATGTACTGAACTGGCAGGTTCAAAAACTAAAATGTTTATCACGTTCTTTTGCTTATCATGAACTGAGTTTATCAGCATTGTTCAGACAAATTGGATGCACTTTTAATAGTACTGGACCCACTTTTAAAAAATAACTTTCC
CGTGGCCACTTCTTGGCTTATAC

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

ATATTATTGCCCTTTGTGTTCAGgtaagatctccatttttaagtagaagctgttaagtttacagcctagaacagaagttccactttgagcatttaggattaatgcacataaacaacaaacagttaattttcacaatcaatcatttgacttggcagCCTGAGCCAGAATTTCGGCCTCCAATGTCTGAAGTGGTGCAAGCT
TTGGTTCGCTTGATGCAACGGGCAAGCCTCAATAAGAGAAGATCAAGTGATGAACCAGGAGCTTCTTACAGACAACTAGATCATGATCCTTCAGACTTATCCATTTGAAGACATAGCTTTGCTTGCTGAGAGATAGCTGCGCCTGGGTGTGATGGGATCATGTAATTTGTGCAATAACCCTGTACATCTGAGACTGAAGG
ATAATAAGGCTTGGGTGACCAGTTTTCTAAGTTTGGAAATCAAAGGCTTGGGTAACAGTAACACCCTCATTGTTTTCATTATTGAAAGCTTACTAAAATTTTGTCATGGCAGGGCAGAGCTGAATCTCTTACTGTCAGATTGGGAAAAATCTATTTATATTCTACAATTTTCATATTTGCAGAAAAAAAGCACAGAATAC
AAGAATAGATTTTGTATCAAGTAGAGATAGTACCTACATATGAGTAATTGCTGCAGCATGTGTATCAAAATGGCCTATTCTGTCTGCTTGACAATATGTACTGAACTGGCAGGTTCAAAAACTAAAATGTTTATCACGTTCTTTTGCTTATCATGAACTGAGTTTATCAGCATTGTTCAGACAAATTGGATGCACTTTTA
ATAGTACTGGACCCACTTTTAAAAAATAACTTTCCCGTGGCCACTTCTTGGCTTATAC

Intron 3 GTGAGAAGTC ... TGTGATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	11.88	172.5	0	23
A2	9.1	93.8	0	9
A3	14.19	181	0	29
A4	6.53	131.3	0	9
A5	18.99	88	1	20
A6	14.7	89.5	0	15
A7	8.09	234.5	0	20
A8	11.97	127.3	0	17
A9	7.42	222.5	0	17
A10	9.45	248	0	25

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i7 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
ATTGTCTGTATCAAAACCTGGTCCATAGGGTTTCACCGACATTCAGCAAAGAGGTTGGAAGCTACATAAACGGAACTGGAATATGGTTAGTTGAATATGTTTCGTTAAGTATTTGTGAATCCAATTTAAGATCCACCGGCTCAACTTTCAGCTTTTCAACGGCCCCATTTTTAAGCCAAATCGGCCCCTTCTTGAAGTAA
AACGGCACGGATTGACGTAAAATTCGCTCAGTTTTGAACTCTACACTTCCGCGGCCATGTTTTGAGCTCGGGGTGTAGAAGTTCTTGGCTTGGAAATCACAGAATATGTTGGTAGAATCAGGACCCATGGAATGGGACCCCGACGTTATTTAGCTTGCAATCTTTACATCCAATCTCTCGCATTGCGATTTTCATCATTC
TTTTTCGTTGCAGTGGACTCTACGAGACTCTGAAGTTGTTCTGTGGCAGTTGAGCGGTGAAATTGGTTGCTTCTAGCTTAAGGTGCGAGATTTTGGTCTGTATTTGAAAGCAAGAAGAGCATATAGATACATTGACACGATCTGCCAGAGTTTTTGTGCAAGAAGAAGCAGCGTAGCATAATGTGCCGGGCATTTTTATT
CGGAGGAGTAATTTCGTCGATAATAGAAAAGTTTGAAGGCGTTGTCTGAATTTTTAGGTGTAATGTCTTGAATATGGAGATTTTCTAAGACGGAAACGTTTAGCTTAGAGCTAGCTTTAACCGGAGGATCTTCGGGCTTGGAGACCTCTAAAGTTGGAGGACGATGGAGAGACCAAAGCTCGGGGGTTTGCTATTCATTG
CGACTGTTTTAGTTTTGTTTCTGGCGCCTGTGGACGGAGATACAGATCAACAAGATGTGTCTGCTCTGACAAACCTCTATACTAGTCTACAGTCTCCATCACAGCTTACAGGATGGACTTCCAGTGGAACTGATCCATGTGGTCAGGCATGGAAAGGAGTCTACTGCTCAGGATCTGCTGTAAAAGAAATGTAGTTAGCT
AACACTTAGCCCTTGTTTGATTAGTCTGTTGAAAGATTACTTGGTTATCATGGAAAGACAACTGATATTGTAATTCAATTGAAAACAATTGAATCTGATTGTTGATTTGACAGCAAACTTTCTGGGCTAGGACTGACAGGATCCTTGGGCTACCAGCTATCAAGCCTTTCTTCCTTGACGACTTTAGATCTGAGCAACAA
CAATATTCAAAACCCCATCCCCTACCAACTTCCTCCCAACATCACATACCTAAACCTTGCTGGCAATGTCCTCAGTGATGCACTACCTTACTCAATTTCAGGAATTACTTCACTCAGTTACTTGAATGTCAGTCATAATTCACTCTCAGGCCAAATCTCAGATGTCTTTGGAAAGCTTTTGAACCTATCCACTTTGGATC
TTTCCTTCAACAGTTTTGCGCAAGATCTTCCTTCAAGTTTCAGCTCACTCTCAAATCTCTCTACTCTGCATGTGCAGAATAATCAGCTGACTGGGCCTATTGATGTACTTGACAACCTTACTCTGACAGATCTGAATATTGAAAATAATCATTTTACTGGCTGGCTACCAGATGCTTTTCAGTCTAATCCAAAATTTAAA
ACTGGTGGTAATTCTTTTAGCACAGGCCCTGCTCCTCCTCCTCCACCTTATCATCCTCCTCCACCCTCTCACGTTCCTGTAAGTGGTCATAATGCGAGTAGAAGTCCACAACATAAGTCCCCAGGTTCAGAGAGTTCATCTGCTCATTCCAAGCACCAGAGCAGTGATAAAACTGGTCTTACTACTGGGGCAATAGCAGG
AATAGTGATTGCGGGCATATTAGCTGCTATTGCGACTGTCTTTGGAATCATTTTCTTTGCATGGAGGTCTCCTAAAAAAAGGCATGATGAAGAGAGGGCTAATGGTGGTGCATCTTCGAGTCCTCTTTCTGCTTTCATGGTTAAAGCCGCAGCACCAAAGGAGAGCTCAGAGCAGAAAATAAAGGTATCGCCTCCTGAGA
TCATGCTTAAGCCTCCTCCTTCAGAGCGCCACAAGACTAATGGTGACAGGGGATTTGAGAGGAAGTCTACCAGCAAAAGGGCTAAAAGCCCAATTACTGCAATAGCATATTCTATAGCAGATTTGCAGATGGCAACAAACAGCTTCAGTCAAGAAAATCTTATTGGTGAGGGTGCTCTTGGACGAGTTTACAAAGCTGAG
TTTTCTAATGGAAAGATTTTGGCAGTGAAAAAAATAGACAGCTCAACATTGTCTGTACAAACAGATGAAGACTTTCTTGATGCAGTTTCAAACATTTCACGTCTACGGCATGCGAATATCACTGAACTTGTGGGCTACTGTGTAGAGCATGGGCAGCGCCTTCTTGTTTATGACTATTTTGGCAATGGAACTCTCCATGA
TATCTTACATTTTCTAGATGATAGTGGAAAGAGATTGACCTGGAACTCTCGTGTGAGGATTGCACTGGGCACTGCTCGAGCTCTAGAGTATTTGCATGAAGTTTCTTCACCTCCCGTAGTACATAGAAATTTCAAATCAGCCAACATTTTGCTGGATGATGAACTCAACCCTCATCTTTCTGATTGTGGAATAGCAGCTC
TCAGTCCAAGCTCAGAACGTCAGGTTTCTACTCAGATGCTAGGTTCCTTTGGCTATAGTGCTCCTGAGTATGCCATGTCAGGCATCTATACGGTGAAGAGTGATGTATACAGTTTTGGTGTGGTAATGTTAGAACTTCTCACAGGTCGAAAGCCCCTTGACAGTTCAAGGCCAAGGTCAGAACAGTCTTTAGTCAGGTGG
GCTACTCCTCAGCTTCATGATATTGATTCACTGGCAAAAATGGTTGATCAAGCATTGAAGGGCATTTATCCTGCGAAGTCTCTCTCAAGGTTTGCTGATATTATTGCCCTTTGTGTTCAGCCTGAGCCAGAATTTCGGCCTCCAATGTCTGAAGTGGTGCAAGCTTTGGTTCGCTTGATGCAACGGGCAAGCCTCAATAA
GAGAAGATCAAGTGATGAACCAGGAGCTTCTTACAGACAACTAGATCATGATCCTTCAGACTTATCCATTTGAAGACATAGCTTTGCTTGCTGAGAGATAGCTGCGCCTGGGTGTGATGGGATCATGTAATTTGTGCAATAACCCTGTACATCTGAGACTGAAGGATAATAAGGCTTGGGTGACCAGTTTTCTAAGTTTG
GAAATCAAAGGCTTGGGTAACAGTAACACCCTCATTGTTTTCATTATTGAAAGCTTACTAAAATTTTGTCATGGCAGGGCAGAGCTGAATCTCTTACTGTCAGATTGGGAAAAATCTATTTATATTCTACAATTTTCATATTTGCAGAAAAAAAGCACAGAATACAAGAATAGATTTTGTATCAAGTAGAGATAGTACCT
ACATATGAGTAATTGCTGCAGCATGTGTATCAAAATGGCCTATTCTGTCTGCTTGACAATATGTACTGAACTGGCAGGTTCAAAAACTAAAATGTTTATCACGTTCTTTTGCTTATCATGAACTGAGTTTATCAGCATTGTTCAGACAAATTGGATGCACTTTTAATAGTACTGGACCCACTTTTAAAAAATAACTTTCC
CGTGGCCACTTCTTGGCTTATAC

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i6 from sample A3 / Example unspliced isoform:

AGCCTTTCTTCCTTGACGACTTTgtgagaagtctctctatatttaattcaaatctcatttgatgttaatgaaggcctaaatgcacatatctgaagtcatctagagttgtacccttcttttcatacgttagtgttttgtgatacagAGATCTGAGCAACAACAATATTCAAAACCCCATCCCCTACCAACTTCCTCCCAAC
ATCACATACCTAAACCTTGCTGGCAATGTCCTCAGTGATGCACTACCTTACTCAATTTCAGGAATTACTTCACTCAGTTACTT

Intron 4 GTAGTTAACT ... GATTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	18.61	199	24.3	45.5
A2	8.91	179	23.7	17.5
A3	15.61	273	32.3	50.5
A4	16.72	199.3	29	40
A5	15.63	108	13.7	20
A6	14.91	117	15.7	20.5
A7	16.6	382	45.3	76
A8	16.58	161	18.3	32
A9	15.33	323	30.3	58.5
A10	19.18	335	30.7	79.5

>TRINITY_DN118635_c1_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
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>TRINITY_DN118635_c1_g1_i7 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCAGATTGCCGTGGCAAATAAAATCTCCAAAATAATGAATGGAAAATAAAAACAACACGCACATCAATGTTAAAGTCGAGTAGTGCCACTGCTACGCCTGTCAATCTGCCACAAAAATATTTACTCTAAACGGGAAAAATATAAAAATATATACTGAACTATACTGGTTTCCTAGAACAGCGCGAAGAATAGCCGTACTA
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