NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCCAGA ... AATCCCATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	55.56	4	5	1
A2	50	4	4	3
A3	50	8	8	0
A4	66.67	1	2	1
A5	50	4	4	0
A6	47.22	38	34	3
A7	45.45	36	30	4
A8	51.72	28	30	3
A9	50.79	31	32	1
A10	48.98	25	24	5

>TRINITY_DN31097_c0_g1_i2 from sample A6 / Example spliced isoform

AATGGAAAACCCTGTGGCATGATTCACATGATGGCATAAGGTTTTGGAGAAAACCTAACCGTGCAATGAAAGGCCACCTTACCATCGTTTAACTCACTTCATTTACGTTGTTTGTTGGAGGAGCCAACAGGCTCTCGTCATTTTCGGGGTTTTGAATGCCCTTGCACCTTCCAGGGTTTCGATGGTGTATCTCACAGCTT
GAATACGGGGGTTTGATTGCTATATGTAACTCTAGGGTTCGATGGTGAAACTCGAAGCTCAGCTCCAAGCATGAAGCCCTAATCAGAAGCTTGTTGCTTGTATTCGTGTTATGTGTCAGGGTATCCCTATGACAACACTTAAGGCCGTAGAGAGTGGGTGCTTACTCTTATTAAAATAATAATGGACTTATGGCCCTGGT
AAGCCTCGGGAAGACCTGGAACGTTTTCAAATCAAACTCTGTGCTATTCTGTGTTTTCATGGTGATGTTTTGGCATTGATGCCAGTTCTGTAAATTTTGCAATGGAGAAATACCATCATACATTTGATTTCTCCGTTTATACTATTAAGAGTTTTAAGCCGTATGGCATACTTGTAAAATTTTAGAGGGTTTTCATACCC
CAGGGCCATGACTCTTATAAATCTCTGTTTTGGTTATAAAATGAAATAAAAACTTATATGTGTTCGCTA

>TRINITY_DN31097_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATGGAAAACCCTGTGGCATGATTCACATGATGGCATAAGGTTTTGGAGAAAACCTAACCGTGCAATGAAAGGCCACCTTACCATCGTTTAACTCACTTCATTTACGTTGTTTGTTGGAGGAGCCAACAGGCTCTCGTCATTTTCGGGGTTTTGAATGCCCTTGCACCTTCCAGGGTTTCGATGGTGTATCTCACAGCTT
GAATACGGGGGTTTGATTGCTATATGTAACTCTAGGGTTCGATGGTGAAACTCGAAGCTCAGCTCCAAGCATGAAGCCCTAATCAGAAGgtaagccagaacaaatgattttgacagagtttaaataacctacattatttcttttagcactgcaatttaatcccatagCTTGTTGCTTGTATTCGTGTTATGTGTCAGGGT
ATCCCTATGACAACACTTAAGGCCGTAGAGAGTGGGTGCTTACTCTTATTAAAATAATAATGGACTTATGGCCCTGGTAAGCCTCGGGAAGACCTGGAACGTTTTCAAATCAAACTCTGTGCTATTCTGTGTTTTCATGGTGATGTTTTGGCATTGATGCCAGTTCTGTAAATTTTGCAATGGAGAAATACCATCATACA
TTTGATTTCTCCGTTTATACTATTAAGAGTTTTAAGCCGTATGGCATACTTGTAAAATTTTAGAGGGTTTTCATACCCCAGGGCCATGACTCTTATAAATCTCTGTTTTGGTTATAAAATGAAATAAAAACTTATATGTGTTCGCTA

Intron 2 GTAAGCCAGA ... TATGTGTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25	18	5	7
A2	39.13	7	4	5
A3	15.25	25	8	1
A4	11.63	19	2	3
A5	22.22	7	4	0
A6	16.63	173	34	35
A7	21.9	82	30	16
A8	21.86	84	30	17
A9	21.16	95	32	19
A10	19.35	75	24	12

>TRINITY_DN31097_c0_g1_i3 from sample A6 / Example spliced isoform

AATGGAAAACCCTGTGGCATGATTCACATGATGGCATAAGGTTTTGGAGAAAACCTAACCGTGCAATGAAAGGCCACCTTACCATCGTTTAACTCACTTCATTTACGTTGTTTGTTGGAGGAGCCAACAGGCTCTCGTCATTTTCGGGGTTTTGAATGCCCTTGCACCTTCCAGGGTTTCGATGGTGTATCTCACAGCTT
GAATACGGGGGTTTGATTGCTATATGTAACTCTAGGGTTCGATGGTGAAACTCGAAGCTCAGCTCCAAGCATGAAGCCCTAATCAGAAGGGTATCCCTATGACAACACTTAAGGCCGTAGAGAGTGGGTGCTTACTCTTATTAAAATAATAATGGACTTATGGCCCTGGTAAGCCTCGGGAAGACCTGGAACGTTTTCAA
ATCAAACTCTGTGCTATTCTGTGTTTTCATGGTGATGTTTTGGCATTGATGCCAGTTCTGTAAATTTTGCAATGGAGAAATACCATCATACATTTGATTTCTCCGTTTATACTATTAAGAGTTTTAAGCCGTATGGCATACTTGTAAAATTTTAGAGGGTTTTCATACCCCAGGGCCATGACTCTTATAAATCTCTGTTT
TGGTTATAAAATGAAATAAAAACTTATATGTGTTCGCTA

>TRINITY_DN31097_c0_g1_i1 from sample A6 / Example unspliced isoform:

AATGGAAAACCCTGTGGCATGATTCACATGATGGCATAAGGTTTTGGAGAAAACCTAACCGTGCAATGAAAGGCCACCTTACCATCGTTTAACTCACTTCATTTACGTTGTTTGTTGGAGGAGCCAACAGGCTCTCGTCATTTTCGGGGTTTTGAATGCCCTTGCACCTTCCAGGGTTTCGATGGTGTATCTCACAGCTT
GAATACGGGGGTTTGATTGCTATATGTAACTCTAGGGTTCGATGGTGAAACTCGAAGCTCAGCTCCAAGCATGAAGCCCTAATCAGAAGgtaagccagaacaaatgattttgacagagtttaaataacctacattatttcttttagcactgcaatttaatcccatagcttgttgcttgtattcgtgttatgtgtcagGGT
ATCCCTATGACAACACTTAAGGCCGTAGAGAGTGGGTGCTTACTCTTATTAAAATAATAATGGACTTATGGCCCTGGTAAGCCTCGGGAAGACCTGGAACGTTTTCAAATCAAACTCTGTGCTATTCTGTGTTTTCATGGTGATGTTTTGGCATTGATGCCAGTTCTGTAAATTTTGCAATGGAGAAATACCATCATACA
TTTGATTTCTCCGTTTATACTATTAAGAGTTTTAAGCCGTATGGCATACTTGTAAAATTTTAGAGGGTTTTCATACCCCAGGGCCATGACTCTTATAAATCTCTGTTTTGGTTATAAAATGAAATAAAAACTTATATGTGTTCGCTA