sp|O22944|NTAQ1_ARATH ----> Protein N-terminal glutamine amidohydrolase

Intron 1 GTTTTTCCGT ... ATTGGAGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	100	0	2	0
A2	33.33	7	5	2
A3	77.78	2	6	8
A4	81.82	1	6	3
A5	50	7	3	11
A6	52.97	32	34	38.1
A7	54.07	31	34	39
A8	52.94	24	25	29
A9	47.83	24	22	22
A10	54.02	20	28	19

>TRINITY_DN97237_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GAGATCTTGTGCCCACAAAACCCGACCGTCTGTAATCGTACCTGTTTTCTTCGTTTCCATAAGGATTTTTTCCATTCAGAGAGCGATGGAGCGGAGGATCTATTTGTAGAAATTTAAAGTAAAACTAAGTTTGTTGGAATGATGTGATATGATACCATGGCTCTCTCATCTCGGGATATTCAGTCTGCATCTGCAAATGC
AAATGGGTCGTCATCTCCCGTTCAACTTGAGCGCTCCGACTTCACTTACACTTCTCAGTACTGGTACCTTTGTGGCATCAGAAGGCTGGTGAGGGGACTGAAGGACTGGTGATATGGGATTACCATGTAATCTGTGTTCAGAAAACCACAGGAAAGGATACCCAATTTCAGGTGTGGGATTTGGACACAGTGCTTCCATT
CCCTGTGCCATTACATCAATACATCACTGAAGCAATCCGGCCATCTTTGCCTTTGTATCGAAAGTTCCACAGATGGCACTGTGCATAATCTGGATGTGTTCATTTCGATGACTGAAGAAACTGTAAGCTCAAAATTGGAAGAAGCAACGGCTGATTTTTCACAGCTACAATATGGGGTTGTTGTAGATGAAAGCAAGTTA
GAAGAATTCTTTATTGAAGCTGTGTAAAAATCAACATGTGGTGTTCACGATTTCCATTTTAGGAGCTTTATATCATCATAATTTTTATTTTTCAAGTTTGTAGCCACATGAGAAACATAAGTGCTTGCTGCTGAGGAGACTGAAAAATAGTGTTCTGTATGGTTTCCTATTCCAATTGGTCAGGGCCGCCGCCCTCAATC
TTTAAGGATCCCATGTTCTGAAATAAAAAACGGAAAATAATACATTGCTTGCAAA

>TRINITY_DN97237_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGATCTTGTGCCCACAAAACCCGACCGTCTGTAATCGTACCTGTTTTCTTCGTTTCCATAAGGATTTTTTCCATTCAGAGAGCGATGGAGCGGAGGATCTATTTGTAGAAATTTAAAGTAAAACTAAGTTTGTTGGAATGATGTGATATGATACCATGGCTCTCTCATCTCGGGATATTCAGTCTGCATCTGCAAATGC
AAATGGGTCGTCATCTCCCGTTCAACTTGAGCGCTCCGACTTCACTTACACTTCTCAGTACTGGTACCTTTGTGGCATCAGAAGGCTGGTGAGGGGACTGAAGGACTGGTGATATGGGATTACCATGTAATCTGTGTTCAGAAAACCACAGGAAAGGATACCCAATTTCAGGTGTGGGATTTGGACACAGTGCTTCCATT
CCCTGTGCCATTACATCAATACATCACTGAAGCAATCCGGCCATCTTTGCCTTTGTATCGAAAGTTCCACAGgtttttccgtttaatacatgctccaattttcctccgctattttgcatctgatagaaggcacatgagaaatgcagaaggggaatggattgcacctcctcctccacataactgcattattggagaagATG
GCACTGTGCATAATCTGGATGTGTTCATTTCGATGACTGAAGAAACTGTAAGCTCAAAATTGGAAGAAGCAACGGCTGATTTTTCACAGCTACAATATGGGGTTGTTGTAGATGAAAGCAAGTTAGAAGAATTCTTTATTGAAGCTGTGTAAAAATCAACATGTGGTGTTCACGATTTCCATTTTAGGAGCTTTATATCA
TCATAATTTTTATTTTTCAAGTTTGTAGCCACATGAGAAACATAAGTGCTTGCTGCTGAGGAGACTGAAAAATAGTGTTCTGTATGGTTTCCTATTCCAATTGGTCAGGGCCGCCGCCCTCAATCTTTAAGGATCCCATGTTCTGAAATAAAAAACGGAAAATAATACATTGCTTGCAAA

Intron 2 GTGAGCATGA ... CAAGCATCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	27.45	37	10	18
A2	37.19	38	21	24
A3	33.33	25	9	16
A4	27.5	29	15	7
A5	34.55	18	11	8
A6	30.62	307	107	164
A7	34.14	190	93	104
A8	31.96	313	122	172
A9	29.26	226	77	110
A10	32.2	120	55	59

>TRINITY_DN116855_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

CTTGGCAGTGGAGCTGACCTAATCTGATCCAAAATCAAATGAAAGTCTGGCTGGCAGATTGAGTCGTCGGGAACCGAGGTATGCAATGCAAGGGAATGGAAGATATTTCAAATTCCAAGAAAATATTGGTTCCGGCTGGATGGATGAATATAAATATGTCTGCGAGAGAAGGGCGTAGCGGTATATATATTATTATTACG
AAGTCGAATGGAAGAAGTTGAGATTGCTTTCCCAGGGGTACTATTCCTTTCCGCCCACTACCGTTGTGGGTTTTAAATGTCGAGGGACTATTTAGAGGCAGGCTCTCATGACCACCAAGAGAAGTCTATCACAACACTGTTTCATGCCCAAGTCTCTCCAAATTTGGTCCTCTTTCGAACGGATCCTCACAAAATTTGAG
TCGTTTAACAGGCGTCTCTATGTCGTATACCGTCAGATTTGAGCCCACAAAATAAATCTCAAGACTGAGCTCTTGCTAGGGTTTTACAGCCAGTTATCGGTCAAGGTCATTGGAGGGTCAACCCATGCTCTGGATTGAAGGTGGGCATGATGAGGATATGGCAGGGTTTTAGTTTATTTTTAATTTTAATTTTTTGAGTT
TTGCCGGTGTTTGGCAGCTATCATGCGGTCTGGTCTTTGGTCAGTCACAGGGAAACGCAGGTTGAAGGTCCGATTGAGATGGATAATGATAGTTAAGTAGAAACGAAACAAAGAGGGGGAATTCTGTTCAGAAATAGTGGTTTCGAAACAGGCCCTAATTTTAGAGTGGAAGAGGAAAAGCTGACCGCAGGAATACAGAT
TGATCGCCGAAAACGAACCGAGATTATTAGGGATTATTGACAGCAGCGTATCTGGTGTGAATTTGGGATATTTGGGTGAAAATCGGGGCTGGGATGGTAGATCGGGTAACGAGAGATGGTTGCACGATGAACGATGAATTCGGTAATAGACGTGAGTGTCTGCTGATGGATGATGAGTCCAGATGAGGGAGAGGGATGTT
TTCGTGGTTGCTAAAATTGGTGTCGGCGTGCTGGCGCCCAGTCCAGCAGTATGGCCGCATGGGCAGGGAGGAGGGGGAGGGGGCGAATCACAATGACGATCGTCTTCTGTGGCACAAAGACATTGGCCAGCACTCCTTGGGGGATTTCTCGATTGCCGTTGTCCAAGCCAATGCTTTGCAGGAGGATCAGAGCCAGGTGG
AGACCGGCCCTCGTGGAACGTTCGTTGGAATCTACGATGGCCACGGAGGCCCCGAAACATCGCGCTTCATCAGTGATCACCTGTTCTTGCATCTTATGAGGTTTGCATGGGAAGAAGGATGTATGTCAGATGAGGTCCTTAGGAGGGCTATTATTGCCACTGAGGAGGGGTTTCTTGCACACGTGACTAGGTCATTTCAG
ACGACACCACTGATTGCAGCAGTTGGTTCATGCTGCTTAGTTGGAGTTATATGGGGTGAAAAACTATATGTTGCCAATGTTGGGGACTCTCGGGCAGTAATGGGAAGCATAGCAAGGTCTAGTAATAAAATAACAGCAGAGCAGTTGACAAATGATCATAATGCTAGTGTAGAGGAGGTCAGACAGGAGCTGAAAGCTCT
TCATCCGGACGATTCCCGAATTGTAGTTCTTAGACATGGGGTCTGGCGCGTCAAAGGCATTATTCAGGTTTCAAGGTCCATTGGGGATGTGTATCTGAAGAGGCCAGAGTTCAAACTTAACCCCGCTTACACACGATTTCAGCTTTCAGAGCCACTTCACAGGGCTGTTTTAACAGCAGAACCGTCACTTTACTCTTTGA
CTATCAATCCTCAAGACAAATTTTTAATCTTTGCATCCGATGGTCTTTGGGAGCATCTTACTAATCAGCGAGCTGTAGAGATAGTGTATAACTATCCACGGGCGGGAATAGCAAGGAGACTTATTAGAGCAGCTCTACAAGAGGCAGCTAGAAAACGAGAAGTGCGGTATTCTGATCTTAAGAAGATTGAACGAGGAATC
AGGCGTCACTTTCACGATGATATAAGTGTTGTTGTCATCTTCTTAGACCATGAGTTGCTCGGCAAGAATTCAAACACTGTCCCATTATCAGTAAAAGGAGGTGTTGATTTGATTGATCATTCAGACTTCTCTGTCTTAGATGGACTCGGGACAAATTACAATGCTGCAGCCTGAACTGTTGGTTTTCGTTTTCTGCGTCA
GGGTTTCGTTTTCTTTCTTTACATGCTTTGATGAAAACGGAGTATTCAGTAAGCTTTGTTTTGGTCCAACATAGACTAATGTTGATGGATTCATTCTTATGCCTTTTCCAAGGCCAATGTTAACTGCTGGTAGCTTGTATTTTTTCAGCGAACAATTGGTCTATCTTCCAGTTTTTTAACTCGTCAAAAGATCATATTTT
TTCAAAAGGACATTGTCTTCTTACCTTTTACATATGTTTATCATAAGATTTTAGTATATTTGGTGCATCTTTCGTGATTCTATGGCCTCTTCTGCCTTGTGTGCCAATGGGAATTTTGAAAGATGAATCTTGAAATGTGTGGATCACGATGATAATGCATACTTCTAAGAGGCAAACATTCTGTTGGATCAAATTTGCTT
TACCTCTGTATTCTATTTTAATTTGTGGCTATGGAAAAGGGACGTGATGCCCCACGTTGACCACTATAATACTATAATTTTTGTTGTAGTGATGAATCCCCCAAAACTGTCTTTCAATCTCTATACTTGCAGTGTTGAGGACTGTGTTCTCCAAGATCAGTATGTAATATTAATTAACTCATGGTTTAATTAATTAATTA
ATTACAATTATACTACATTATGTTAATGACGGTTGGGATTATATTACTGTGTTTGCATCTTGACATAATGAGTTATGAACTTATGGGTTTAATGTATTAATATATTATTCTGTTTG

>TRINITY_DN116855_c0_g1_i11 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CTTGGCAGTGGAGCTGACCTAATCTGATCCAAAATCAAATGAAAGTCTGGCTGGCAGATTGAGTCGTCGGGAACCGAGGTATGCAATGCAAGGGAATGGAAGATATTTCAAATTCCAAGAAAATATTGGTTCCGGCTGGATGGATGAATATAAATATGTCTGCGAGAGAAGGGCGTAGCGGTATATATATTATTATTACG
AAGTCGAATGGAAGAAGTTGAGATTGCTTTCCCAGGGGTACTATTCCTTTCCGCCCACTACCGTTGTGGGTTTTAAATGTCGAGGGACTATTTAGAGGCAGGCTCTCATGACCACCAAGAGAAGTCTATCACAACACTGTTTCATGCCCAAGTCTCTCCAAATTTGGTCCTCTTTCGAACGGATCCTCACAAAATTTGAG
TCGTTTAACAGGCGTCTCTATGTCGTATACCGTCAGATTTGAGCCCACAAAATAAATCTCAAGACTGAGCTCTTGCTAGGGTTTTACAGCCAGTTATCGGTCAAGGTCATTGGAGGGTCAACCCATGCTCTGGATTGAAGGTGGGCATGATGAGGATATGGCAGGGTTTTAGTTTATTTTTAATTTTAATTTTTTGAGTT
TTGCCGGTGTTTGGCAGCTATCATGCGGTCTGGTCTTTGGTCAGTCACAGGGAAACGCAGGTTGAAGGTCCGATTGAGATGGATAATGATAGTTAAGTAGAAACGAAACAAAGAGGGGGAATTCTGTTCAGAAATAGTGGTTTCGAAACAGGCCCTAATTTTAGAGTGGAAGAGGAAAAGCTGACCGCAGGAATACAGAT
TGATCGCCGAAAACGAACCGAGATTATTAGGGATTATTGACAGCAGCGTATCTGGTGTGAATTTGGGATATTTGGGTGAAAATCGGGGCTGGGATGGTAGATCGGGTAACGAGAGATGGTTGCACGATGAACGATGAATTCGGTAATAGACGTGAGTGTCTGCTGATGGATGATGAGTCCAGATGAGGGAGAGGGATGTT
TTCGTGGTTGCTAAAATTGGTGTCGGCGTGCTGGCGCCCAGTCCAGCAGTATGGCCGCATGGGCAGGGAGGAGGGGGAGGGGGCGAATCACAATGACGATCGTCTTCTGTGGCACAAAGACATTGGCCAGCACTCCTTGGGGGATTTCTCGATTGCCGTTGTCCAAGCCAATGCTTTGCAGGAGGATCAGAGCCAGGTGG
AGACCGGCCCTCGTGGAACGTTCGTTGGAATCTACGATGGCCACGGAGGCCCCGAAACATCGCGCTTCATCAGTGATCACCTGTTCTTGCATCTTATGAGGTTTGCATGGGAAGAAGGATGTATGTCAGATGAGGTCCTTAGGAGGGCTATTATTGCCACTGAGGAGGGGTTTCTTGCACACGTGACTAGGTCATTTCAG
ACGACACCACTGATTGCAGCAGTTGGTTCATGCTGCTTAGTTGGAGTTATATGGGGTGAAAAACTATATGTTGCCAATGTTGGGGACTCTCGGGCAGTAATGGGAAGCATAGCAAGGTCTAGTAATAAAATAACAGCAGAGCAGTTGACAAATGATCATAATGCTAGTGTAGAGGAGGTCAGACAGGAGCTGAAAGCTCT
TCATCCGGACGATTCCCGAATTGTAGTTCTTAGACATGGGGTCTGGCGCGTCAAAGGCATTATTCAGGTTTCAAGGTCCATTGGGGATGTGTATCTGAAGAGGCCAGAGTTCAAACTTAACCCCGCTTACACACGATTTCAGCTTTCAGAGCCACTTCACAGGGCTGTTTTAACAGCAGAACCGTCACTTTACTCTTTGA
CTATCAATCCTCAAGACAAATTTTTAATCTTTGCATCCGATGGTCTTTGGGAGCATCTTACTAATCAGCGAGCTGTAGAGATAGTGTATAACTATCCACGGGCGGGAATAGCAAGGAGACTTATTAGAGCAGCTCTACAAGAGGCAGCTAGAAAACGAGAAGTGCGGTATTCTGATCTTAAGAAGATTGAACGAGGAATC
AGGCGTCACTTTCACGATGATATAAGTGTTGTTGTCATCTTCTTAGACCATGAGTTGCTCGGCAAGAATTCAAACACTGTCCCATTATCAGTAAAAGGAGGTGTTGATTTGATTGATCATTCAGACTTCTCTGTCTTAGATGGACTCGGGACAAATTACAATGCTGCAGCCTGAACTGTTGgtgagcatgatttgtctta
gctttcttgttgtactcgtgctgattgattagatttcagtcatctttctttttgctttttagtttgcacttcctctttagtatgccccctgttttggttctgaatttgtgaacttggcaagcatcagGTTTTCGTTTTCTGCGTCAGGGTTTCGTTTTCTTTCTTTACATGCTTTGATGAAAACGGAGTATTCAGTAAGC
TTTGTTTTGGTCCAACATAGACTAATGTTGATGGATTCATTCTTATGCCTTTTCCAAGGCCAATGTTAACTGCTGGTAGCTTGTATTTTTTCAGCGAACAATTGGTCTATCTTCCAGTTTTTTAACTCGTCAAAAGATCATATTTTTTCAAAAGGACATTGTCTTCTTACCTTTTACATATGTTTATCATAAGATTTTAG
TATATTTGGTGCATCTTTCGTGATTCTATGGCCTCTTCTGCCTTGTGTGCCAATGGGAATTTTGAAAGATGAATCTTGAAATGTGTGGATCACGATGATAATGCATACTTCTAAGAGGCAAACATTCTGTTGGATCAAATTTGCTTTACCTCTGTATTCTATTTTAATTTGTGGCTATGGAAAAGGGACGTGATGCCCCA
CGTTGACCACTATAATACTATAATTTTTGTTGTAGTGATGAATCCCCCAAAACTGTCTTTCAATCTCTATACTTGCAGTGTTGAGGACTGTGTTCTCCAAGATCAGTATGTAATATTAATTAACTCATGGTTTAATTAATTAATTAATTACAATTATACTACATTATGTTAATGACGGTTGGGATTATATTACTGTGTTT
GCATCTTGACATAATGAGTTATGAACTTATGGGTTTAATGTATTAATATATTATTCTGTTTG