sp|Q9M354|AGD6_ARATH ----> Probable ADP-ribosylation factor GTPase-activating protein AGD6

Intron 1 GTTCGGGAGG ... CAAATCTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.61	59	311	60
A2	81.47	48	275	61
A3	78.08	69.5	343	76
A4	80.74	39	215	34
A5	83.63	22.5	164	21
A6	84.87	117.5	780	364
A7	82.52	197	1204	387
A8	85.8	134.5	935	538
A9	83.61	151	985	336
A10	81.38	188.5	1146	295

>TRINITY_DN35385_c0_g1_i4 from sample A8 / Example spliced isoform

TTTTGTTATTTTTTAAATATTGTATTTGGATCAGGAGCTAAATTCCCAGTGTTTTCTATTCAATTTTCACTATCTGTTCAGGGGCTCGGTCGTTTGTCACTGGTTGCTGCATCGGCAGCACAGTCTGCTGCTAATGTGGTTCAAGCAAGTACCAAGGACATTAGCACTAAGGAGTTGGTGTTTTTTTGGAGAAATATTTT
TCCTTTGCTGGGAATGGATCCCTTATGCCTTGGTAGAAAGAGCTATCCTTTTGAGGTCAACTGGGATAGCTGTTATATGTTGAGAAGTGTGTAGTATAGTATGTACCCTAGGATCAAATCATATGGGAAATCATTTTTTTTAAGGTTGCTTGCTGTAGACAATATAATGTCAAAGATTCTGTAAGATGGCCCGAGTTTCC
GGTTGAAATAAATGCGATTTTTTTAAAAATTCCTTTCTTTTTCATGTGTCAGCATATGAACAAATGATTATTTCTGCTACAAATATAGAAAGCATATGAACAAATGATTATTTCTGCTACAAATATAGAAAGCATATGAACAAATGATTATTT

>TRINITY_DN35385_c0_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GAAGTAGTGGGTTTTTGGTATAATGCTATGCATGGTGCTTCTCTATGATAATCTGTAAAAATCCGAGCAGTAGACTGCGGAGGCATTTTCTTCACTCCTCAGATCGGCGGTCTGGCGAATGCCCACCTCGCCATCTGGGGAGCTCTTGTTACCCAATTAGCCCCTTTCTAAAATTGCCCCTTCCTCTTCCTCGGATATTT
GAAGTGCCCAAGGGGGCGAGATCTGGAGATTAACAGCCAAAATGGCCGCAGCTAGGAGGCTCAGGGAACTCCAAGCACAGGTAGGAAACAAAACCTGTGTTGATTGTTCGCAGAAGAATCCCCAATGGGCTTCTGTGTCCTATGGCATCTTCTTTTGCTTGGAATGCTCGGGAAAACACAGGGGCTTGGGAGTCCACATA
AGCTTTGTGAGATCGGTAACAATGGATTCATGGTCGGAGATCCAGATCAAGAAGATGGAGGCAGGGGGCAATGAATCCTTCAATTCCTTCCTTGCTCAGTATGGAATTCTCAAGGAAACCGACATTGTTACCAAGTATAACACCAAGGCTGCAGGCATTTACAGGGAGAGGATTCAGGCCCTGGCGGAGGGAAGGCCATG
GACGGATCCTCCTGTAGTGAAAGAGACTGGTGGAAGGCCTCCATCAGGATATGTGAAGGAAGGCCACTTGAAAAGTGGAAGCCATGGTGGGTATTCTGGCTCTGGCTCTGGCTCTGGGTGGCAGGAATCGTCTGGATGGGACAATTGGGACAGGGAAGACAAATCAAGAGGAGGAGGTAATGATAATATCAGGAGAAATC
AATCTGCTCAGAGCTTTCGAGACAGCAACGGTGTGGGAGGCCCGGCCCGATCCCGATCTTCGGACAATATTTACAGCAGATCAGAATTGGAGGCCTCTGCTGCTAACAAGGAGGATTTCTTTGCTAGGAAGCAGGCAGAAAATGCGGGTAGGCCTGCTGGACTACCCCCATCTCAGGGTGGAAAGTATGTGGGATTTGGA
TCTACTGCCAGTCGGCCTCCTCCGTCCATGACTGCTCAGGGTGACGTTCTTAAGGATACTGTTTCTGTAGTCTCGCAGGGGCTCGGTCGTTTGTCACTGGTTGCTGCATCGGCAGCACAGTCTGCTGCTAATGTGGTTCAAGCAAGTACCAAGGACATTAGCACTAAGgttcgggagggaggatatgatcaaaaggtaaa
tgaaacagtctctgttgttgctgcaaagacaacagagattggttccaggacatggggaatcatgaagggagtcgtggccatggcctcccaaaaagttgaagcttatgcaaaagagggaggattgccttggaatgcaggagagtaccaacatcaaagtcccaatgttgtcacgaatgacacaaatggaggagactatcaag
aaatcagacgtgggagctcctccgatccttgggccaccagtaataattcgtctaagcactattctgatggctggggcagtggcaacagcagttttaaaggttgggatgattggggtgatagtcctaaatcagggattcggaatgattcatatacaaataagactgttagtcaggagtcagaaactggtgttgtaaaagga
tcaaaaggtgaaacagctggggcaggaagtgataattgggctggatgggatgatgttaaggatgatgacaaggatgacttttttggtggttcaggaggcagaaatgctgatcataatacccatggcaacaatgggaatgcaggttccttttggacagaggctggttttaaataaaacggcttggttgtgtctacaatttg
ctatcatattcaaatcttagGAGTTGGTGTTTTTTTGGAGAAATATTTTTCCTTTGCTGGGAATGGATCCCTTATGCCTTGGTAGAAAGAGCTATCCTTTTGAGGTCAACTGGGATAGCTGTTATATGTTGAGAAGTGTGTAGTATAGTATGTACCCTAGGATCAAATCATATGGGAAATCATTTTTTTTAAGGTTGCTT
GCTGTAGACAATATAATGTCAAAGATTCTGTAAGATGGCCCGAGTTTCCGGTTGAAATAAATGCGATTTTTTTAAAAATTCCTTTCTTTTTCATGTGTCAGCATATGAACAAATGATTATTTCTGCTACAAATATAGAAAGCATATGAACAAATGATTATTTCTGCTACAAATATAGAAAGCATATGAACAAATGATTAT
TT

Intron 2 GTCAGTAAGG ... ATCTGTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20.59	374	1	97
A2	21.32	299	2	81
A3	18.44	398	0	90
A4	23.2	288	2	87
A5	16.94	201	2	41
A6	18.31	879	0	197
A7	17.16	1270	0	263
A8	18.15	884	0	196
A9	17.6	1063	2	227
A10	18.63	1044	0	239

>TRINITY_DN108911_c0_g1_i1 from sample A2 / Example spliced isoform

GTATAATGTAGAATTGTTCCCCGTCCTTAGAAGTAGTGGGTTTTTGGTATAATGCTATGCATGGTGCTTCTCTATGATAATCTGTAAAAATCCGAGCAGTAGACTGCGGAGGCATTTTCTTCACTCCTCAGATCGGCGGTCTGGCGAATGCCCACCTCGCCATCTGGGGAGCTCTTGTTACCCAATTAGCCCCTTTCTAA
AATTGCCCCTTCCTCTTCCTCGGATATTTGAAGTGCCCAAGGGGGCGAGATCTGGAGATTAACAGCCAAAATGGCCGCAGCTAGGAGGCTCAGGGAACTCCAAGCACAGGTAGGAAACAAAACCTGTGTTGATTGTTCGCAGAAGAATCCCCAATGGGCTTCTGTGTCCTATGGCATCTTCTTTTGCTTGGAATGCTCGG
GAAAACACAGGGGCTTGGGAGTCCACATAAGCTTTGTGAGATCGGTAACAATGGATTCATGGTCGGAGATCCAGATCAAGAAGATGGAGGCAGGGGGCAATGAATCCTTCAATTCCTTCCTTGCTCAGTATGGAATTCTCAAGGAAACCGACATTGTTACCAAGTATAACACCAAGGCTGCAGGCATTTACAGGGAGAGG
ATTCAGGCCCTGGCGGAGGGAAGGCCATGGACGGATCCTCCTGTAGTGAAAGAGACTGGTGGAAGGCCTCCATCAGGATATGTGAAGGAAGGCCACTTGAAAAGTGGAAGCCATGGTGGGTATTCTGGCTCTGGCTCTGGCTCTGGGTGGCAGGAATCGTCTGGATGGGACAATTGGGACAGGGAAGACAAATCAAGAGG
AGGAGGTAATGATAATATCAGGAGAAATCAATCTGCTCAGAGCTTTCGAGACAGCAACGGTGTGGGAGGCCCGGCCCGATCCCGATCTTCGGACAATATTTACAGCAGATCAGAATTGGAGGCCTCTGCTGCTAACAAGGAGGATTTCTTTGCTAGGAAGCAGGCAGAAAATGCGGGTAGGCCTGCTGGACTACCCCCAT
CTCAGGGTGGAAAGTATGTGGGATTTGGATCTACTGCCAGTCGGCCTCCTCCGTCCATGACTGCTCAGGGTGACGTTCTTAAGGATACTGTTTCTGTAGTCTCGCAGGGGCTCGGTCGTTTGTCACTGGTTGCTGCATCGGCAGCACAGTCTGCTGCTAATGTGGTTCAAGCAAGTACCAAGGACATTAGCACTAAGGTT
CGGGAGGGAGGATATGATCAAAAGGTAAATGAAACAGTCTCTGTTGTTGCTGCAAAGACAACAGAGATTGGTTCCAGGACATGGGGAATCATGAAGGGAGTCGTGGCCATGGCCTCCCAAAAAGTTGAAGCTTATGCAAAAGAGGGAGGATTGCCTTGGAATGCAGGAGAGTACCAACATCAAAGTCCCAATGTTGTCAC
GAATGACACAAATGGAGGAGACTATCAAGAAATCAGACGTGGGAGCTCCTCCGATCCTTGGGCCACCAGTAATAATTCGTCTAAGCACTATTCTGATGGCTGGGGCAGTGGCAACAGCAGTTTTAAAGGTTGGGATGATTGGGGTGATAGTCCTAAATCAGGGATTCGGAATGATTCATATACAAATAAGACTGTTAGTC
AGGAGCCAGAAACTGGTGTTGTAAAAGGATCAAAAGGTGAAACAGCTGGGGCAGGAAGTGATAATTGGGCTGGATGGGATGATGTTAAGGATGATGACAAGGATGACTTTTTTGGTGGTTCAGGAGGCAGAAATGCTGATCATAATACCCATGGCAACATTGGGAATGCAGGTTCCTTTTGGACAGAGGCTGGTTTTAAA
TAAAACGGCTTGGTTGTGTCTACAATTTGCTATCATATTCAAATCTTAGGTACTTTAGTGTAAAGTTTGGAGTAAATTTATTTATGGCTTTGCCCTTGTTAGTGCCTGATTATGGCTTCTACCTCTTCCTACTTCTGTTTCTGAGTTACCTACAACAATTGGTGGAGGGGAGGACCAAAAAAGAATCGAAGACATCCATT
CTTATATTTTTGGAAGCATAGCTTGTTTGCTTTATAATGACATGGTAGATATTGTAATATTGCAAATAAAAATATTCGATATTCATTTGATGTCATCTTTCAGCATCGTAAGAAGTCTGATATCTTATTATTGTTTTAAGTCCAATTTTTTGTATCTGTTTGATATGCAAGGTTTTTTATATTTGGTATCACTGTGTTTC
TTAATTTACATAATCTCAGAGATGGATGGTTGTTAATAAATTTTTGCTAAGCATGTAGGATAAATTCCAACAAAATTTATAGTCTTACTTACCTTGAGCCTTTTATTTTTATAATCCCCAGTAAAACACCATTTACCTATGAGGCCTGCTTCAGACAACTTTTAACATCATGCATTTCCG

>TRINITY_DN108911_c0_g1_i3 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TCAGGGTGACGTTCTTAAGGATAATGTTTCTGTAGTCTCGCAGgtcagtaaggcaaaaacacactactatttttttaatgttcttttccttttttaaaagtattaggtgaatgagtttttgttttcctgttcaaagacctgtggggagctattagtcctaatttcactctaacaaagtaaattcacatcaacatgtaggg
ttggactctaaaagatttgaactttgcacctgcaccttcaaacacgagaggcttaactaaccattcatgggataatcccctaggaagaacacacactggtgggataggagtattgtgttcatgactgatagcttgcacccatgtaactgaatgaatttgtagctgcttcagttacatataatccgataactggttatcaa
caagtgaagatattctattgcttcaagacttaaaatttgactcttgatgatctgctcatgggaattcagtgttttgatatttctattgcctgaaagttagattatagaggaaaagtatgttataaacattttctgtcatcattgtcctattgtaccagatctggatcgttgtgattggcacatagaaatactaaggtttc
tttatggataattactggctgttagtggattatgatccattttctacatttgtttcttaggtttctctccaagtaattgactacgtgcatgttattactccgacagagactaactatttgattgtccaacctagcactctttagacgttaggctttcccagagtcattttccaagttccagcacatatttgcgaatgtgt
tttattattttgttattttttaaatattgtatttggatcaggagctaaattcccagtgttttctattcaattttcactatctgttcagGGGCTCGGTCGTTTGTCACTGGTTGCTGCATCGGCAGCACAGTCTGCTGCTAATGTGGTTCAAGCAAGTACCAAGGACATTAGCACTAAGGTTCGGGAGGGAGGATATGATC
AAAAGGTAAATGAAACAGTCTCTGTTGTTGCTGCAAAGACAACAGAGATTGGTTCCAGGACATGGGGAATCATGAAGGGAGTCGTGGCCATGGCCTCCCAAAAAGTTGAAGCTTATGCAAAAGAGGGAGGATTGCCTTGGAATGCAGGAGAGTACCAACATCAAAGTCCCAATGTTGTCACGAATGACACAAATGGAGGA
GACTATCAAGAAATCAGACGTGGGAGCTCCTCCGATCCTTGGGCCACCAGTAATAATTCGTCTAAGCACTATTCTGATGGCTGGGGCAGTGGCAACAGCAGTTTTAAAGGTTGGGATGATTGGGGTGATAGTCCTAAATCAGGGATTCGGAATGATTCATATACAAATAAGACTGTTAGTCAGGAGCCAGAAACTGGTGT
TGTAAAAGGATCAAAAGGTGAAACAGCTGGGGCAGGAAGTGATAATTGGGCTGGATGGGATGATGTTAAGGATGATGACAAGGATGACTTTTTTGGTGGTTCAGGAGGCAGAAATGCTGATCATAATACCCATGGCAACATTGGGAATGCAGGTTCCTTTTGGACAGAGGCTGGTTTTAAATAAAACGGCTTGGTTGTGT
CTACAATTTGCTATCATATTCAAATCTTAGGTACTTTAGTGTAAAGTTTGGAGTAAATTTATTTATGGCTTTGCCCTTGTTAGTGCCTGATTATGGCTTCTACCTCTTCCTACTTCTGTTTCTGAGTTACCTACAACAATTGGTGGAGGGGAGGACCAAAAAAGAATCGAAGACATCCATTCTTATATTTTTGGAAGCAT
AGCTTGTTTGCTTTATAATGACATGGTAGATATTGTAATATTGCAAATAAAAATATTCGATATTCATTTGATGTCATCTTTCAGCATCGTAAGAAGTCTGATATCTTATTATTGTTTTAAGTCCAATTTTTTGTATCTGTTTGATATGCAAGGTTTTTTATATTTGGTATCACTGTGTTTCTTAATTTACATAATCTCAG
AGATGGATGGTTGTTAATAAATTTTTGCTAAGCATGTAGGATAAATTCCAACAAAATTTATAGTCTTACTTACCTTGAGCCTTTTATTTTTATAATCCCCAGTAAAACACCATTTACCTATGAGGCCTGCTTCAGACAACTTTTAACATCATGCATTTCCG