NA ----> NA

Intron 1 GTAAGCCCTG ... ATGCATCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	15.89	180	56	12
A2	18.03	150	55	11
A3	17.62	159	48	20
A4	13.89	155	37	13
A5	13.95	74	17	7
A6	16.47	1547	442	168
A7	17.67	1165	355	145
A8	16.66	1163	312	153
A9	15.85	1351	360	149
A10	17.5	990	315	105

>TRINITY_DN105275_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

GTTTTTTTAATGATATTTGTTTAGATTGGAACGAGACATCGAACATCACGGTTTCTTTCTTGTTTTCACCTCTGGATTTTGCCATTTAAAATCATTGTTGACGAATATATGCTTTCTTTTTTTAACATATGACACCAATCTATCGATGTATATATCAACGCACAAACAATGACACTGAACTCTATGTCACCGAAAAGGCA
GCATATGGATTAACTCTTGGCGCCGGATCGTGCAGATAATCCCTTTTGCTATAACATTTTATCTGTCTTAGGATTTCAAATCCATGACATGTTTTGGTAAAATCATTTGCATATTAACGTACCGGCTTGGATCCGGATATAAATTTTGCCCTATTTAAAGCTTTTGGGTTTATGAAGAATCAGAACTGGACTAATTTGCT
CAGCAATCCGTAAGCAATGGCTAGAAATGCGCCAGGAATGCACTTTATCGGTTGCTGCTTGTTTGTCATAGTGCTATTTTACTGCATCTTTACAACTTCGGCTGGGAACTCTCCTCGTCCAATTACAGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCA
AGTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCTCTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGCTAGAGGAAGGGGAAGTAGATTATAAACGAGGGCGGGACTTCAAGTTCTGTATGCAGAGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGC
TCAGTTTTCCAATTTTTACTGGTAGTTGGGTTCTGTACCTTCTTATTTCCAGTATTTTCCTTTGTAGCAAAGCTAGCCTTGATTGATATTTGCCTTGTGCTCTAAATATTATCATTTGAGAATAAAATGTTGGTTTTCAAAATCCTGTTATGTGTTTATAACACTAATTGGTTTTGGGCAATGGCTGCCCCAAGAATGCC
AGGCAGATCTGCATATGCAATGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCAGTGTATATATGGATTGCTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATGTCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAAT

>TRINITY_DN105275_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTTTTTTTAATGATATTTGTTTAGATTGGAACGAGACATCGAACATCACGGTTTCTTTCTTGTTTTCACCTCTGGATTTTGCCATTTAAAATCATTGTTGACGAATATATGCTTTCTTTTTTTAACATATGACACCAATCTATCGATGTATATATCAACGCACAAACAATGACACTGAACTCTATGTCACCGAAAAGGCA
GCATATGGATTAACTCTTGGCGCCGGATCGTGCAGATAATCCCTTTTGCTATAACATTTTATCTGTCTTAGGATTTCAAATCCATGACATGTTTTGGTAAAATCATTTGCATATTAACGTACCGGCTTGGATCCGGATATAAATTTTGCCCTATTTAAAGCTTTTGGGTTTATGAAGAATCAGAACTGGACTAATTTGCT
CAGCAATCCGTAAGCAATGGCTAGAAATGCGCCAGGAATGCACTTTATCGGTTGCTGCTTGTTTGTCATAGTGCTATTTTACTGCATCTTTACAACTTCGGCTGGGAACTCTCCTCGTCCAATTACAGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCA
AGTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCTCTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGgtaagccctgttcgcagcttgaacaagtcatcttaggtgtatttttattgtagtggtttacatggctgagatgtattttttgaaatgagcagaatgaattgttttaataagttcgta
agtggatggtttgcatttgttgttcttattgcgtggaaggttaaatttgttgtttttggcaagttcatctgttttgttttggcttcctgcggtaagaaacattgctttgaaactatacaaagatcctgatctcttttgtattatgccaatagagaggatttagaaactgaagtatgtttactataaactttaaactctca
ctgaccggtgaaagcaaaagtgcgcaatgtccattactccgagtcgtcactagattattgcacaatgtgatctttgtatgggattttgttgtttttgaaatgtcgattttcatgcacttggcaattcacatgtcatccatttctgttattgattctaatattttaatgcatccagCTAGAGGAAGGGGAAGTAGATTATA
AACGAGGGCGGGACTTCAAGTTCTGTATGCAGAGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGCTCAGTTTTCCAATTTTTACTGGTAGTTGGGTTCTGTACCTTCTTATTTCCAGTATTTTCCTTTGTAGCAAAGCTAGCCTTGATTGATATTTGCCTTGTGCTCTAAATA
TTATCATTTGAGAATAAAATGTTGGTTTTCAAAATCCTGTTATGTGTTTATAACACTAATTGGTTTTGGGCAATGGCTGCCCCAAGAATGCCAGGCAGATCTGCATATGCAATGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCAGTGTATA
TATGGATTGCTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATGTCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAAT

Intron 2 GTAAAATCAT ... GCCGCTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	5.91	142	8.5	9
A2	10.83	144	9.6	18.1
A3	12.78	143	10.5	22
A4	7.99	143	8.6	12.9
A5	16.87	88	14.1	18.2
A6	11.1	1105	65.7	144.9
A7	10.47	784	51.4	95.9
A8	10.19	748	41.6	88.5
A9	9.47	1033	68.6	112.3
A10	12.49	774	50.8	116.7

>TRINITY_DN114309_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

CGAATATATGCTTTCTTTTTTTAATATATGACACGAATCTATCGATGTATATATCAACGCACAAACAATGACACTGAACTCTATGTCACCGAAAAGGCAGCATATGGATTAACTCTTGGCGCCGGATCGTGCAGATAATCCCTTTTGCTATAACATTTTATCTGTCTTAGGATTTCAAATCCATGACATGTTTTGGTAAA
ATCATTTGCATATTAACGTACCGGCTTGGATCCGGATATAAATTTTGCCCTATTTAAAGCTTTTGGGTTTATGAAGAATCAGAACTGGACTAATTTGCTCAGCAATCCGTAAGCAATGGCTAGAAATGCGCCAGGAATGCACTTTATCGGTTGCTGCTTGTTTGTCATAGTGCTATTTTACTGCATCTTTACAACTTCGG
CTGGGAACTCTCCTCGTCCAATTACAGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCAAGTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCTCTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGCTAGAGGAAGGGGAAGTA
GATTATAAACGAGGGCGGGACTTCAAGTTCTGTATGCAGAGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGCTCAGTTTTCCAATTTTTACTGGTAGTTGGGTTCTGTACCTTCTTATTTCCAGTATTTTCCTTTGTAGCAAAGCTAGCCTTGATTGATATTTGCCTTGTGCT
CTAAATATTATCATTTGAGAATAAAATGTTGGTTTTCAAAATCCTGTTATGTGTTTATAACACTAATTGGTTTTGGGCAATGGCTGCCCCAAGAATGCCAGGCAGATCTGCATATGCCTCGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCA
GTGTATATATGGATTGCTATACTCTTTATGATTAATGGCGGGT

>TRINITY_DN114309_c0_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:

GAACTCTCCTCGTCCAATTACAgtaaaatcatctccatcatcaatataccaccgctattttcgtacataaaccctaagccaagttagggtttcgcaggtctgatccatgtttaatggccgctgcagGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCAA
GTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCTCTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGGTAAGCCCTGTTCGCAGCTTGAACAAGTCATCTTAGGTGTATTTTTATTGTAGTGGTTTACATGGCTGAGATGTATTTTTTGAAATGAGCAGAATGAATTGTTTTAATAAGTTCGTAA
GTGGATGGTTTGCATTTGTTGTTCTTATTGCGTGGAAGGTTAAATTTGTTGTTTTTGGCAAGTTCATCTGTTTTGTTTTGGCTTCCTGCGGTAAGAAACATTGCTTTGAAACTATACAAAGATCCTGATCTCTTTTGTATTATGCCAATAGAGAGGATTTAGAAACTGAAGTATGTTTACTATAAACTTTAAACTCTCAC
TGACCGGTGAAAGCAAAAGTGCGCAATGTCCATTACTCCGAGTCGTCACTAGATTATTGCACAATGTGATCTTTGTATGGGATTTTGTTGTTTTTGAAATGTCGATTTTCATGCACTTGGCAATTCACATGTCATC

Intron 3 GTAGTTGGGT ... AGAATGCCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	66.52	52.9	125	85
A2	75.41	33.4	130	75
A3	67.47	45.6	93	96
A4	67.74	40	103	65
A5	61.54	30	58	38
A6	65.6	812.9	1613	1487.3
A7	65.55	593	1219	1037.9
A8	62.78	861.9	1340	1568.1
A9	63.99	790.1	1366	1442.3
A10	65.56	402	940	590.4

>TRINITY_DN107708_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TTTCACCTTAAGTGCCAAGCCTAAGAGATTTTTAATCTACCAAAATTGTCCGGAACCTGCCCCTGGCCTTTTTTTTGAAACATGTCATATGGACGCGGCAGAATACGGCGAGAATGGAACCCTGCAGCACCGTTGAATACGGACTCAACGACCTAAATGTGGTCTGTGGGGATGGCAATGCAAGTCTTCATCTATAGCCA
AAGAGAATTGTGCTCTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGCTAGAGGAAGGGGAAGTAGATTATAAACGAGGGCGGGACTTCAAGTTCTGTATGCAGAGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGCTCAGTTTTCCAATTTTTA
CTGGCAGATCTGCATATGCAATGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCAGTGTATATATGGATTGGTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATGTCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAATGG
C

>TRINITY_DN107708_c0_g1_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

GAGACATCGAACATCACGGTTTCTTTCTTGTTTTCACCTCTGGATTTTGCCATTTAAAATCATTGTTGACGAATATATGCTTTCTTTTTTTAATATATGACACGAATCTATCGATGTATATATCAACGCACAAACAATGACACTGAACTCTATGTCACCGAAAAGGCAGCATATGGATTAACTCTTGGCGCCGGATCGTG
CAGATAATCCCTTTTGCTATAACATTTTATCTGTCTTAGGATTTCAAATCCATGACATGTTTTGGTAAAATCATTTGCATATTAACGTACCGGCTTGGATCCGGATATAAATTTTGCCCTATTTAAAGCTTTTGGGTTTATGAAGAATCAGAACTGGACTAATTTGCTCAGCAATCCGTAAGCAATGGCTAGAAATGCGC
CAGGAATGCACTTTATCGGTTGCTGCTTGTTTGTCATAGTGCTATTTTACTGCATCTTTACAACTTCGGCTGGGAACTCTCCTCGTCCAATTACAGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCAAGTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCT
CTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGCTAGAGGAAGGGGAAGTAGATTATAAACGAGGGCGGGACTTCAAGTTCTGTATGCAGAGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGCTCAGTTTTCCAATTTTTACTGgtagttgggtt
ctgtaccttcttatttccagtattttcctttgtagcaaagctagccttgattgatatttgccttgtgctctaaatattatcatttgagaataaaatgttggttttcaaaatcctgttatgtgtttataacactaattggttttgggcaatggctgccccaagaatgccagGCAGATCTGCATATGCAATGACGGAAAGAT
TTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCAGTGTATATATGGATTGGTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATGTCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAATGGC

Intron 4 GTTGGGTTCT ... CTGCCCCAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	80.83	23	100	94
A2	85.09	17	119	75
A3	85	15	69	101
A4	83.52	15	83	69
A5	79.66	12	49	45
A6	76.36	442	1324	1531
A7	79.01	269	977	1048
A8	72.36	501	1064	1559
A9	73.53	470	1131	1480
A10	80.89	161	759	604

>TRINITY_DN39957_c4_g1_i8 from sample A6 / Example spliced isoform

CAGTTTTCCAATTTTTACTGGTAAATGCCAGGCAGATCTGCATATGCCTCGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTACTGTGATATCAGTGTATATATGGATTGCTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATG
TCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAATGGCA

>TRINITY_DN39957_c4_g1_i9 from sample A6 / Example unspliced isoform:

GAGACATCGAACATCACGGTTTCTTTCTTGTTTTCACCTCTGGATTTTGCCATTTAAAATCATTGTTGACGAATATATGCTTTCTTTTTTTAACATATGACACCAATCTATCGATGTATATATCAACGCACAAACAATGACACTGAACTCTATGTCACCGAAAAGGCAGCATATGGATTAACTCTTGGCGCCGGATCGTG
CAGATAATCCCTTTTGCTATAACATTTTATCTGTCTTAGGATTTCAAATCCATGACATGTTTTGGTAAAATCATTTGCATATTAACGTACCGGCTTGGATCCGGATATAAATTTTGCCCTATTTAAAGCTTTTGGGTTTATGAAGAATCAGAACTGGACTAATTTGCTCAGCAATCCGTAAGCAATGGCTAGAAATGCGC
CAGGAATGCACTTTATCGGTTGCTGCTTGTTTGTCATAGTGCTATTTTACTGCATCTTTACAACTTCGGCTGGGAACTCTCCTCGTCCAATTACAGATCAGGAAATTCGCGACAAAAAGAGCACATGCTACGAAGATATTGAGAATGGTCTGTGGGGATGGCAATGCAAGTCTTCATCTATAGCCAAAGAGAATTGTGCT
CTTAGATGCCTCAATTCCGTTTGCTATGAGCACATTTACGGAGATGATCCGGTTATCCATGGGTGAGACCATTGATGGTGTCCAAGGGACATTTGAATGATGATGGAGCTCAGTTTTCCAATTTTTACTGGTAgttgggttctgtaccttcttatttccagtattttcctttgtagcaaagctagccttgattgatattt
gccttgtgctctaaatattatcatttgagaataaaatgttggttttcaaaatcctgttatgtgtttataacactaattggttttgggcaatggctgccccaagAATGCCAGGCAGATCTGCATATGCCTCGACGGAAAGATTTTCCTTTGCAAAGCTTATAGGTATATGATTAAAATACTTGGGATGTTCTTTCTGTTAC
TGTGATATCAGTGTATATATGGATTGCTATACTCTTTATGATTAATGGCGGTATTCTATTTCATTTGACTGGATGTAATGTCCCTTATTAGGAATTTTATTAAAATGGCA