sp|Q9LY62|GMT1_ARATH ----> Glycosylinositol phosphorylceramide mannosyl transferase 1

Intron 1 GTAATGAAGG ... TATTATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	43.8	61	35	60
A2	50.06	21	13	29
A3	37.53	68.3	28	54
A4	49.25	27.3	22	31
A5	50.22	19.3	15	24
A6	37.66	2.7	0	3
A7	0	2	0	0
A8	100	0	0	1
A9	77.78	0.3	0	1
A10	72.22	1.7	1	1

>TRINITY_DN112418_c0_g1_i7 from sample A5 / Example spliced isoform

GTCATAACCTCCTTCTCTTCAATGCTCACAAATGAGGTCTTCATCCTTTCTTCATATTTGGAGCATGCATAAACTTAACGACTCAAAGGTTGGACGGAGTGCTGGGCATTAATTGGTGGTTGGACGGACCGTTGGGCGGGGACGGAGTGCTGGTTATTCATTATTTCCCTGGAGTATGAGGAGTTGATGTGACGTGATGC
TGTCCTTGGCTGTTCATGGACGCAGACCAGAGCTCGATTTTGTGTCTGCTCTTTTGATTTTGCGTTTTCTTTTGGTTGTTGCCTTTGTTTTTTTTGTGTGTTTCTGTTTTTTTTGGTTGTTATTAATTTTATTTGCATTGAGCATGGCCATGCTAATGTGTTGTTGTCTGGTGTTAGTTTTCCTCTGTGCTTTCATTTTA
TTTTTCTTCATCGTTTATGATTTTTGGGGTTTAATGGAGAGGAAATTAAGGCAATTTCGAATGGCCAAGGTGATGCTGATTTCACAGGTTTAATGGATGGGAAATTAAGGCAGTCCCGAATGGCCAACGTGATGTTGATTTCACAGGTTTAATGGATTTAGGTGATGCTGGTTTCACAGGTGCAGTGAAGTGGTGGGAAA
TGAAGACAGCTAACTGCCAGCTGATGCAGATTCCTCATATGCAGTGGATGCAGATTCCACATATGCAGCGGGCACAGGTGAAGTTTTGTTTTCGCGAGGAATGAAGACAGTGAACTACCAGCTGATGCAGATTCCACATATGCAGCCGGCACAGTATTGTTTTCGCGGGAAATGAAGACAGCAAACTGCCAGCCGGCACA
GGTGAAGGTGGAGGAGGAAAATATATTCTTAGTTTAATTTAATTCATTTTCTGCTGCATAATTATATAATGTGTGTTTTCCAAAATTAGATATCTATGTGTTAGAAGTGCAGAGCGTGAGCCCTTTGGTGCAAACCGATGTAGTTACTTTCATTTCTATTTTCATTTCAAAT

>TRINITY_DN112418_c0_g1_i11 from sample A5 / Example unspliced isoform:

TGATGTTGATTTCACAGGTTTAATGGATTTAGGTGATGCTGGTTTCACAGGTGCAGTGAAGgtaatgaaggtggaggagttgtattttttaatgcaaaatctatgtaacaattcttattatttagTGGTGGGAAATGAAGACAGCTAACTGCCAGCTGATGCAGATTCCTCATATGCAGTGGATGCAGATTCCACATATG
CAGCGGGCACAGGTGAAGTTTTGTTTTCGCGAGGAATGAAGACAGTGAACTACCAGCTGATGCAGATTCCACATATGCAGCCGGCACAGTATTGTTTTCGCGGGAAATGAAGACAGCAAACTGCCAGCCGGCACAGATTCCTACTCTTTCGTGCCAATCAAAAAACGGCCACGCGTGTGTACCTTTGCCGCCGCTTTACC
GGTAAAAATCTGCACGGTATTCATCCGTCCGCCGTCCAGTGGTCTCGTCCGTCGGAGATCAGCAGCCTTTCCGCCGTTCTGCTCTGCGGAGTTGATTTCTTCGGAGATTGCAGCGAGGAACAGAGTGTTTGAGAGCTACCATTTGCACCTGGAACTCACGCTCAGGGTTTCGGCGGAGGCTTCCTGCGCGGATGATCCTC
GTCTCTTTTCCTGAATTCTGGGATGAAAACCCAATGATTTTGGGATAAGCTCTGCCAAATTGAAATTAAGACGCCAGTTGATCTACCAAAGGAGTTCGTCTCATTACTGATTATATGAAGGAGTTCATCTCATTACTGATTATACATATGCCCAAGTCTTATCGTATCCATACAGGGACCTTCAAATGGAAAGAGTATGC
AGTGTTGATTAATACCTGGAGGCGGAATGAGCTTATGAAGCAATCCGTCGCGTTTGGATTGAAATTTAAAAGCCCTTACCTGCGCCAAATCGTCCAATTTTTAAACAGCTTCATTGATAAAGAAGCAACACCAGGCAGATTTGAAGGCACTAAAAA

Intron 2 GTAAGGACGG ... TCTTATTTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	60.8	59	116	67
A2	65.81	20	46	31
A3	51.65	66	87	54
A4	64.86	26	57	39
A5	59.57	19	33	23
A6	33.33	2	2	0
A7	71.43	2	6	4
A8	100	0	2	1
A9	-1	0	0	0
A10	100	0	1	1

>TRINITY_DN112418_c0_g1_i10 from sample A5 / Example spliced isoform

GTCGCCGACATCTTCTTCATTCATTGCAGGTTGGACGGAGTGCTGGGCATTGATTGGAGGTTGGACGGACCGTTGGGCGGGGACGGAGTGCTGGTTATTCATTAATTCCCTGGAGCGCTGGTATGAGGAGTTGATGTGACGTGATGCTGTCCTTGGCTGTTCATGGACGCAGACCAGAGCTCGATTTTGTGTCTGCTCTT
TTGATTTTGCGTTTTCTTTTGGTTGTTGCCTTTGTTTTTTTGTGTGTTTCTGTTTTTTTTGGTTGTTATTAATTTTATTTGCATTGAGCATGGCCATGCTAATGTGTTGTTTAGTTTTTCCTCTGTGCTTTCATTTTATTTTTCTTCATCGTTTATGATTTTTGGGGTTTAATGGAGGGGAAATTAAGGCAATTTCGAAT
GGCCAAGGTGATGCTGATTTCACAGGTTTAATGGATGGGAAATTAAGGCAGTCCCGAATGGTCAACGTGATGTTGATTTCACAGGTTTAATGGATTTAGGTGATGCTGGTTTCACAGGTGCAGTGAAGTGGTGGGAAATGAAGACAGCTAACTGCCAGCTGATGCAGATTCCTCATATGCAGTGGATGCAGATTCCACAT
ATGCAGCGGGCACAGGTGAAGGTGAATGAGAATATATGCTTTATTCAATTTAATTTAATTCATTTTCTGCTGCATAAT

>TRINITY_DN112418_c0_g1_i20 from sample A5 / Example unspliced isoform:

GTCGCCGACATCTTCTTCATTCATTGCAGGTTGGACGGAGTGCTGGGCATTGATTGGAGGTTGGACGAACCGTTGGGCGGGGACGGAGTGCTGGTTATTCATTAATTCCCTGGAGCGCTGGTATGAGGAGTTGATGTGACGTGATGCTGTCCTTGGCTGTTCATGGACGCAGACCAGAGCTCGATTTTGTGTCTGCTCTT
TTGATTTTGCGTTTTCTTTTGGTTGTTGCCTTTGTTTTTTTGTGTGTTTCTGTTTTTTTTGGTTGTTATTAATTTTATTTGCATTGAGCATGGCCATGCTAATGTGTTGTTTAGTTTTTCCTCTGTGCTTTCATTTTATTTTTCTTCATCGTTTATGATTTTTGGGGTTTAATGGAGGGGAAATTAAGGCAATTTCGAAT
GGCCAAGGTGATGCTGATTTCACAGGTTTAATGGATGGGAAATTAAGGCAGTCCCGAATGGTCAACGTGATGTTGATTTCACAGGTTTAATGGATTTAGGTGATGCTGGTTTCACAGGTGCAGTGAAGgtaaggacggtggaggagctgcattttttaatgcaaaatctatgtaacaattcttattatctcttatttagT
GGTGGGAAATGAAGACAGCTAACTAGCCAGCTGATGCAGATTCATCATATGCAGTGGATGCAGATTCCGCATATGCAGCTGGCAAAGTTTTGTTTTCGCGGGAAATGAAGACCGCAAACTTCCAGCTGATGCAGATTCCACATATGCAGCCGGCACAGTATTGTTTTCGCGGGAAATGAAGACAGCAAACTGCCCGCTGA
TGCAGATTCCACATATGCAGCCGGCACAGATTCCTACTCTTTCGTGCCAATCAAAAAACGGCCATGCGTGTGTACCTTTGCCTCCGCTTTACCGATAAAAATCTGCACGGTATTCATCCGTCCGCCGTCCGCAGCCTTTCCGCCGTTCTGCTCTGCGGAGTTGATTTCTTCGGAGATTGCAGCGAGGAACAGAGTGTTTG
AGAGCTACCATTTGCACCTGGAACTCACGCTGAGGGTTTCGGTGGAGGCTTCTTTGCGCGGATGATCCTCGTCTCTTTTGCTGAATTCTGGGATGAAGATCCAATGATTTTGGGATAAGCTTTGCCAAATTGAAATTAAGACGCCAGTTGATCTACCAAAGGAGTTCGTCTCATTACTGATTATATGAAGGAGTTCATCT
CATTACTGATTATACATATGCCCAAGTTTATCGTATCCATACAGGGACCTTCAAATGGAAAGAGTATGCAGTGTTGATTAATACCTGGAGGCGGAATGAGCTTATGAAGCAATCTGTCGCCCACTATGCAGGTTGTAGCAATGTTGATGCCATACATGTTGTTTGGATTGAAATTTAAAAGCCCC