sp|Q9CAD5|YODA_ARATH ----> Mitogen-activated protein kinase kinase kinase YODA

Intron 1 GTAAGTTCGT ... GCAACTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	36.26	29	13	20
A2	35.09	37	19	21
A3	16	21	0	8
A4	47.37	10	7	11
A5	35.38	21	4	19
A6	30.43	8	4	3
A7	14.75	26	4	5
A8	-1	0	0	0
A9	15.79	8	2	1
A10	13.89	31	4	6

>TRINITY_DN116777_c0_g1_i12 from sample A2 / Example spliced isoform

CCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTCTGGGAATAGGTCTGGGAGATTATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCGTCTTCTACATCTGTTTCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTT
GCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATGCAGGCCTTGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCACGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCAC
CCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATTCCAGTTAATGGACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCCGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCAT
TGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGGTGGAGATATGACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCC
CGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACCGCTTGCCTCTACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAG
GAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGTGGCAAAATGTGTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGAT
AGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAA
GCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTG
CTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTTCAGCTTCACAACTTTTAGAACACCCCTTTGTAAAAAATGCCGCACCATACGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAAGCTCTGAG
GTGTCGCTTTTGAGAAACAATGCTGATCGACCTATGGTAAGGTTCATATTTGGGTTGACACATGTTTTTTGGAGAATCTTACTGGCTTCAATTTCTCTTTACTGTGAACC

>TRINITY_DN116777_c0_g1_i2 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTCTGGGAATAGGTCTGGGAGATTATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCGTCTTCTACATCTGTTTCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTT
GCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATGCAGGCCTTGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCACGGAGGTTCTGGgtaagttcgttttttcctctggtcattttattcatattgtcatgcatcttacctttcttcagctctttgcttgtattcttgactctttagctgaagaaacattatgc
tctactatagtggtcattcgttggacaataacaaatatgtcttatcttgtcttatctactgtccataaggatgattgagatgaattttcagtgtgctatttttttgtttgtttgcactgacattttgctatgtgcaactgaagTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATAT
ACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATTCCAGTTAATGGACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTT
TCTGGGCCGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGGTGGAGATATGACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTT
CAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACCGCTTGCCTCTACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGC
AGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGTGGCAAAATGTGTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTC
TCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCAC
AGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATGTACTTTTCTTATGGCCCCTATACAGGGTTATCAGAACATAAAGCTGCGGAATAGTTCCTTTTAAACTATATAATTCCTATGTTGGTCTTTTTCTGTACTATGGTCACTATGTTCAGCTGAT
ATCATGTCAAAATAATTTTCTGTATGGAAGCTAAAGTAAAAGAAAAGAGGATGCGGAAAGGTTAATTGAAATAATATAGTTTGCAGAACATGAATGAAAAG

Intron 2 GTATGTAATG ... TTTTATACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	57.45	10	15	12
A2	25	6	2	2
A3	86.05	3	22	15
A4	47.83	6	8	3
A5	60	3	3	6
A6	2.44	20	1	0
A7	9.33	34	6	1
A8	12.5	28	7	1
A9	2.86	34	1	1
A10	3.12	31	2	0

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i10 from sample A1 / Example spliced isoform

CAGACCGATAACTTCCCACTACTGGGTGTCATAAAACCAAATTAGCAGGTTCATTCCTACTGGGTGTCATAAAACCAAAATAGCAGGTTCCTATTCCTATTCATCTTACGACTTAATAAGCGCACGTTGGTTTGATTCAATTACCCTCGCGCCCTTGTTATCACAACATGGCGGTGCGATGGGCAACTGGGGAAATCACC
GCAAAAGAATGAATAAAGCGCATGAGGGAGTGGAGATGCCGTAACGGTCACAGGCAGCGGATGGCAGCATAGTAGATAAGGGGACAATTGTGTGTATGGACACAACTCATATTTTCGCTACAAAAATGAAGTACACCCCATCAAAAGTGTAATCAGCCTTTTGCTTGCATTATATTTGTGTAAGGGAGACGGCTTCATGA
ATCTGTTGTGGGGTACATAGGTCACAGAATAATTGATAAAGAGTTGACAACCAATAAAGTTTATGCAGTTGAGGGTGGATACCTACTTATTCATGCCTACAAGCCTGCTCTAGTGTCTGTTCCTGAACACCAAAGTTGTTCATGGTAGCAAATGTGACACGAGGCATTGTATTTTCAGTATGGGATCAAATTCAGTAATA
TAGTTGACACTGAGGTGAGTTTCAATCTGGTAATACCACATCTCTTTTTTATTGTCAAGGTCCCACATCTCTTTTTTATTGTCAAGGTCCCACATCTCTTTTTTATTGTCAA

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i24 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TTTTTATTTACTTTTTTTTGTAACTTCACATTACATAACGTTACGTGACAATATCTCCCCCATACTGGGCTGTAGAACACCGTGCTACTCTTGGTGCAATAATATAGTTGAGATCCAAGTGAGTTTCTTCTGAAGTATTTAGGTTTGTTTTGAGTTATTTTGCGGCTTGCATTTGAGGATGTTGTGTATCTAGTTTATGC
AGTTGAGGGTGGATACCTACTTATTCATGCCTACAAGCCTGCTCTAGTGTCTGTTCCTGAACACCAAAGTTGTTCATGGTAGCAAATGTGACACGAGgtatgtaatgattctattattatttgactctatagtacaatgtcttttcttctttatatttttcttgacgcatcagttcattttatacagGCATTGTATTTTC
AGTATGGGATCAAATTCAGTAATATAGTTGACACTGAGGTGAGTTTCAATCTGGTAATACCACATCTCTTTTTTATTGTCAAGGTCCCACATCTCTTTTTTATTGTCAAGGTCCCACATCTCTTTTTTATTGTCAA

Intron 3 GTAAGCTTGT ... GCAACTGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	3.7	26	0	1
A2	9.09	30	1	3
A3	13.04	20	1	3
A4	0	10	0	0
A5	0	4	0	0
A6	0	5	0	0
A7	0	23	0	0
A8	0	1	0	0
A9	0	6	0	0
A10	0	27	0	0

>TRINITY_DN119895_c0_g1_i17 from sample A3 / Example spliced isoform

GTACAGCTTAATTAGTCCCTGTTGGTATTTCCTAACTTGCATTAGAAACCATTGGGTTAGTAGGTTTTTAGGTCAGCAATATGCCATCATGGTGGAGGAAATCTTCTAAAGAAGTGAAAAAGAAGAGAAGTAAAGATAACTTACTCGATGCTTTGCATTTCCGAAAATTGAAGTTCTCATCAGAAGAAAAGGGAAGCTTC
AAATCTTCAGGAGTGTCTAGGCGATGCAGTCTTGATACAGTTTCAGAGAATGGTTTGGGACCTAGGACAGACTATACATCACCTTCACCTTCTACCTGTGTATCACGTTCTCAGAGTTTTGCTGAAAGGCCACATGGGCAACCACTTCCCCGGTCACTGGGTTGTACCAGATCTGTGATCAGTTTGTCTCAACCTTCTGT
GAATAGGTCTGGGAGATCATCTCCTTGTTTGCCACTTCCTTCACCTGATCAAGTATTGAACAGGCTGGATATTGCAGATGTAGATGGAAGCTTATCACCTACATATGTTTCAAGTGTGAGCTCTGTAGGTAGTGACGAACCTTCCGATTTGCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTACAAGCATCCTGATGCAT
CCCTGGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGCTATGGAGGTTCCAGTGTAATGCATGCAGGGCAATCCCCCAAGCTTAGCAGGAAAAGTTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTATCCAGCCATCATTATATTTCGTCTTCACCTAAAAGAGGATTCTTTAATACAGAGGTTTTGACACATCTGCAAATACGA
GTTAATGGAGCACTAGGGAGTGCGCCAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTTTGAGCAATCTCCGAATAGTGCCTTTTGGGCAACAAAATCTTATCCTGAGGCAACTTTGGTTGGTTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCAGGCCACAATTCAGGCCATAATTCCATGGGTGG
AGATATGGTTGGGCAACTGTTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGTCCAAGAATGACAAGTGGTCCAAACTCAAGAGTACAGAGTGGGGCAGTTACACCCTTGCACCCTCGAGCTAGTGGAACAGGTCCTGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGGGGAAACGCCCCTGTCACCCCT
TGCCTCTACCACCATTGTCTATTTCTAATTCATTACCCCATGTGATGTCCTGTTCAGCATCTGGTACATCATCTGCAGTACCCCGGAGTCCTGGAAGGGCAGACAATTCTCCAAGCTCTGGATCTTGCTGGAAGAAGGGAAAATTGCTTGGAAGGGGTACATTTGGACATGTTTATGCTGGCCTTAACAGTGAAAGTGGA
AAAATGTGTGCAATGAAGGAAGTTACACTGCTTGCCGATGATCCAAAGTCAAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTCGTCTTAAGCATAAAAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAATGATTGATGATAAGCTCTATATTTACCTGGAATATGTGTCTGGTGGGTCTATACACAAACT
ACTTCAAGAGTATGGCCAATTTGGAGAGCCAGTTATTCGCAGCTATACACGACAGATCCTTGCAGGATTGGCATATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATTAAAGGAGCTAACATGCTAGTAGATCCCAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATTACTGCACACTCTTGCCCTT
TGTCATTCAAAGGAAGTCCATATTGGATGGCTCCCGAGGTCATCAAGAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGACATTTGGAGTCTTGGCTGTACAGTTCTAGAGATGGCTACCACAAAGCCACCGTGGAGTCAGTATGAGGGGGTTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGAC
TTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTTCAGCTTCACAACTTTTAGAACACCCCTTTGTAAAAAATGCCGCACCATACGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAAGCTCTGAGGTGTCGCTTTTGAGAAACAATGCTGATCGACCTATGGATGTCACACAAGG
TGCTGGACACATGAGAAATCTTTCATCTCTTGATATAGATCACACAGCAAGACAGTCGAAGGGAAAGTTTGCTTATCAATCATCAAGTGAGCTTTCCAATGTACAAAAGAAAGAATCTTTGCCAGTATATCTGTCAGGAAGTCCATTAATGCAGCCACGGTCTCCACATCATAAAAGCGGCATGATGTCTCCTTCTCCTA
TATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGCTCTTCAACACCTTTGACTGAAGCTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAAACAGTCCACATACACAGATGAAAGTTTTGGAAACTTGCCC

>TRINITY_DN119895_c0_g1_i8 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GCTGATGGCTATGGAGGTTCCAGgtaagcttgttgttctcctttggtcatctattaactttgttatgaatctcatctttcttcagctccaatcatattcttgactttgtagctgaagattattatgctgtactgtttaaaaggataattaagatgaattctctatgggctattgttttatgtttgcactgacattttttc
tatatgcaactgaagTGTAATGCATGCAGGGCAATCCCCCAAGCTTAGCAGGAAAAGTTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCT

Intron 4 GTTTGTTGCT ... ATGCTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.09	17	1	11
A2	10	18	0	4
A3	28.36	24	11	8
A4	24.32	14	6	3
A5	8.33	11	1	1
A6	14.29	12	0	4
A7	7.32	19	0	3
A8	17.65	14	4	2
A9	10	27	0	6
A10	10.53	17	2	2

>TRINITY_DN119895_c0_g1_i6 from sample A3 / Example spliced isoform

GTACAGCTTAATTAGTCCCTGTTGGTATTTCCTAACTTGCATTAGAAACCATTGGGTTAGTAGGTTTTTAGGTCAGCAATATGCCATCATGGTGGAGGAAATCTTCTAAAGAAGTGAAAAAGAAGAGAAGTAAAGATAACTTACTCGATGCTTTGCATTTCCGAAAATTGAAGTTCTCATCAGAAGAAAAGGGAAGCTTC
AAATCTTCAGGAGTGTCTAGGCGATGCAGTCTTGATACAGTTTCAGAGAATGGTTTGGGACCTAGGACAGACTATACATCACCTTCACCTTCTACCTGTGTATCACGTTCTCAGAGTTTTGCTGAAAGGCCACATGGGCAACCGCTTCCCCTGCCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTC
TGGGAATAGGTCTGGGAGATTATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCATCTTCTACATCTGTTTCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTTGCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATG
CAGGCCTTGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCATGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATT
CCAGTTAATGGACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCTGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGG
TGGAGATATGACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACC
GCTTGCCTCTACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGT
GGCAAAATGTGTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAA
ACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCC
TTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCT
GACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACA
AGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTC
CTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGAT
ATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGGATGGTGAAATTCAAAGACAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCGGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAA
ACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTT
TCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATTAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTT
ACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGA
CAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTAG

>TRINITY_DN119895_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

GTACAGCTTAATTAGTCCCTGTTGGTATTTCCTAACTTGCATTAGAAACCATTGGGTTAGTAGGTTTTTAGGTCAGCAATATGCCATCATGGTGGAGGAAATCTTCTAAAGAAGTGAAAAAGAAGAGAAGTAAAGATAACTTACTCGATGCTTTGCATTTCCGAAAATTGAAGTTCTCATCAGAAGAAAAGGGAAGCTTC
AAATCTTCAGGAGTGTCTAGGCGATGCAGTCTTGATACAGTTTCAGAGAATGGTTTGGGACCTAGGACAGACTATACATCACCTTCACCTTCTACCTGTGTATCACGTTCTCAGAGTTTTGCTGAAAGGCCACATGGGCAACCGCTTCCCCTGCCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTC
TGGGAATAGGTCTGGGAGATTATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCATCTTCTACATCTGTTTCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTTGCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATG
CAGGCCTTGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCATGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATT
CCAGTTAATGGACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCTGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGG
TGGAGATATGACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACC
GCTTGCCTCTACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGT
GGCAAAATGTGTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAA
ACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCC
TTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCT
GACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACA
AGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGgtttgttgctgtttcttggcatattaattggtttgtgtatttacttgttttcaagtcagcatctacattgcatttggcaattagggtgtcaatgtgaaaggcatactttg
ttttgggaataatttccaaactttaactatttatgcttgcagTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGG

Intron 5 GTACAAAATG ... TTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	20	20	1	5
A2	5.88	16	1	1
A3	16.67	10	0	2
A4	25	15	1	5
A5	0	7	0	0
A6	13.33	13	0	2
A7	13.89	31	0	5
A8	15.91	37	0	7
A9	11.54	23	0	3
A10	11.54	23	0	3

>TRINITY_DN44039_c1_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

GATGAAAAAACCGTTGTCTCATTTCGTTGAACCACCTGAGCATCTCTTTTTTGTATTTTTATGTTACGCAGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCAGCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATA
TCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTT
TGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGG
ATGGTGAAATTCAAAGACAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCCGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCAT
CAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTTCTTATA
AAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTG
TCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTTATTGAT
AATTTACCTCAAGGGAAGTCTTAAATTCTATGACGACATGGTTTTCGGGTTACTTAAAAAAAAATAAAAATAAATTCTTTTAAATTTTTGTCGGCTGCCAGAGCTATTTTCTAATGCACAAGGTCGGTAATGTTTTGAGCTAAATTGTTTATATGGCTTGCATATGTCAAATAATCAAACTCTTGTAAGATTTTTAATTT
TAAGTATTTTCGAATTTTAGTCTTTCC

>TRINITY_DN44039_c1_g1_i2 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GTGGCCACGACTACCACTGAAGgtacaaaatgttaagcagttattatttcttctttttgcactggaattccagacctcccggttatgtttgagatcagtctgccgggtctatcctattaatgagctaatcctttgttttcagGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATT
GGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATA
TATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGG
CTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTTATTGATAATTTACCTCAA
GGGAAGTCTTAAATTCTATGACGACATGGTTTTCGGGTTACTTAAAAAAAAATAAAAATAAATTCTTTTAAATTTTTGTCGGCTGCCAGAGCTATTTTCTAATGCACAAGGTCGGTAATGTTTTGAGCTAAATTGTTTATATGGCTTGCATATGTCAAATAATCAAACTCTTGTAAGATTTTTAATTTTAAGTATTTTCG
AATTTTAGTCTTTCC

Intron 6 GTATGCAATT ... GTGCATGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	25.71	26	10	8
A2	38.89	22	5	23
A3	33.33	17	8	9
A4	43.33	17	12	14
A5	20	6	2	1
A6	31.37	35	7	25
A7	23.08	25	3	12
A8	22.67	29	2	15
A9	29.67	32	4	23
A10	21.88	25	2	12

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i9 from sample A1 / Example spliced isoform

ATATATTCATATTTCTTGTTGGATGTATATCATTCAGATCTCTATTCTTCACGTCTGTCTGTATTTGTCTCGAGGTATTTTGGGTATTTTTTGCCATGGATTTTCTTCTTTAACAGAGGCTTTGCTGGTATGTTTGTCTGCTTCCGTTCGTTCATTTTTCTTTTCATTTGTTTGTTTTGGGTGTTGTATGTTATATGGTT
TTGCAGGTTTTTTCATTTTCTTGTATGTTTTTGGGATCCACTTTCTCTGCATGCATGCATTCCTTTTCTTCCCTGCCTGGTTTGGTATTTTTTGGGTACCTGGTCCACCTCAGAGTTATATTACAAGTTCAAATGTTGACAATACAGAGCTGGACTTCTCTACGTCTTGGGAATCATGTTTGATTACTGATACAACATAT
TAACATTGGGATTGATTTTTTCATTAAGAGGCTTATTTGGTGGTAATTTTGATGGAGGTGTATCGTGTTTCACTAAAACACATTTCCTTAGTATCCTGGCAAGGATTTCTGGGAATCTCAATTGAGGGGACAATTGTGTGTATGGACACAACTCATATTTTCGCTACAAAAATGAAGTACACCCCATCAAAAGTGTAATC
AGCCTTTTGCTTGCATTATATTTGTGTAAGGGAGACGGCTTCATGAATCTGGTGAGTGTCCAAAACACCATTTGAAGTAAAATTATGAATGAGTATTATTTTCATTTATTTTCTTTTCTACTTTGACGAGTACTATGGTACAATAAGCATATAACGGGTAGTTATCATTTGATATATTATGGGTATAGTTCATCTACATG
TTTGTTTCATCATGTAGATGAATCATCTCTGATGTATTTAGTTATTAGTTTTAGGATTTGTTCTGTATTTGTATAAAGAAAAAGATATCAATAGGACAAGGGTATTGATTTGTTATTGTGAAAATAAATTAATCTGTACCTTTTTCCTTGGCATTAGAATTTTGTTATTTTATTTTAGGAAAACTCTTAAGGGATATGAC
AAGTCATAATCACTGTTATTAATTTGATAATAGGGTTTTTATGCATTGGAATTGGTTGTAATATTTCAATCCAAAGAGTTTCTAAATATGCATTGAGTTTATTCTACCCCAAGCTATAAATACAAATGAATACCTGTTGTTTTAGTGCTTGTTTTAGTCTTTTTGATGTACTTTTTGTATTCTGCAGTTTCTCTACGTGC
TTTTGTTTTTGTCAGTTTCTTTGTGGTATTCAAGACTGTGGAGGAATCCTAGAGCGATGCTTTATTGTATTAAAGAATATGTACATTTTCCATATCTTTTGATAATACAAGTTCACAATTTGTAGATTCCAGAGCTGGATGTATAGAGATTTTGATAGTGTTTTGATGTATTAATTTCTTTTGTATTTAATTGTTTGTTT
TTATGTACATTCATTACGAGGTTTCAATTATATTTAGTTTGAAAATTTGGTGCAAGTTCGATGTTTCCATAAGCAAAGCTTTGTTTATCAAAGATAGAGCTCTGTCCATATGCACCCCAGCCCATTAGTTGAATATGGCTTTTCCGATTTTGGTAGTGTTTTTGTGTATCGATTTCTTTTTTTATTTTGTTGTTTGTTTC
TATATATTCATGACAGCGTATTTCCATGGATAGCTTACCCATATCAATTTGCAGGTATTTCTACATTTTATCGCTATCCCGTTACTTGTTTATTTTCTAAATCTCCTCTAAAGATGCTATAACAGGGCATTTGTTTGTTTTCAGTATTTTAGAAGAATCTATGCTTTATAGTATAGTCTCTTTCAGCTTCTCAATATGGG
ATGCACACTTAGTCTCAAAGCTATTGTCCTACTTTTAGTGTGTTTAGGTTTTAATTGTTGGTTTGAATCTTGGGTGTATCATTGATATTTAGTTGAATGAAGTGTTTTTTATCCAATACTTTATTTTTGTATATCTGTATCAAAATCTCTCAAGGGCAATAAAGGCTCATTGTTTCATTTTGATAGATGTTTTTATTTTT
ATGTGGTGAATGTTATTCATGTATGCTGTACTAAATAAGGGTGACAATCCAAGCTCTATAATGTAATTGTAGTAGTAATGGGTGGGATATATTCTCTTTATTTTTCATATTTTAGATTTATTATTTTTTTCTGATGTATTGGGTATTTTCAATATATTGTCTAATGTGATCTTATTCATCTTCTAGGTATCATCACATTA
GTTCATCTTTTAGGTCTTATAATTAGTTCCAATGGGTTTTGGGCCTTGGCTGATTTGAATAATAATTGCTTGTTCTTCACTTTTGAATGCATATTCTTCGATTATATTTGTATGAGAGAGGAGTTTATTAATCTGGTTCAGGTGTGTCCAAAAACCCGATTGAAGTAAAATTCTGACTAATAACATTTCTACCGTGGTAA
GTAACAAGCGATATCCTATGTACAAGTGTTACTTCCCTTCAAAGCCTTTATGGGAACTAAAGTACAATAGTCTGAGTAAATTATTATTTGAGATTTTGTTGTGTTATGGGTATAATTCATCCACATGTTTGTTTCATGTTGTAAATTAGTCAGTTCTGGTTTATTTTTGTTGTTATTGGTTTGAGGCTTTGTCGTGTGCC
CGTAGATGTTTTCACTGATAAGTATTTTATTGAAATCTAATATTTGAATGGCTAGAGGATTTGATTTGTTATATTGAAAATATATTAATTTTTATCTTTTATTTTGTTATTAGAATTCTGTTGTTTTATTTAAGAAACTCTTAATGGGGATATGGTGGGAAATAGTCACCCTATTGCTTGGCGGTGGGATATGGTGGGAA
ATAGCCACTCTATTGCTTGGTGGTGGTTTTATAGGGATTTTATGAATAGAAATTGGTGGAAGTTTTTTATTACAAAGAGTTTCTAAATACACTTAGTCCTGTTCCTTTCATTCCCATATTTTCCGCATTCCCAGAATTTCATTACATTGACGATGCCCTTATCACCATATCTTTATGTATAAGTGCTACTTACATTTAGA
TTCTTTTTTTCTTTGATCGAGCTAAAATACAATAGACTTATGATAAATTCTTATTTGAGATTTTTCTATGTTCCTTTCATGCTGTCATGCTG

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ATATATTCATATTTCTTGTTGGATGTATATCATTCAGATCTCTATTCTTCACGTCTGTCTGTATTTGTCTCGAGGTATTTTGGGTATTTTTTGCCATGGATTTTCTTCTTTAACAGAGGCTTTGCTGGTATGTTTGTCTGCTTCCGTTCGTTCATTTTTCTTTTCATTTGTTTGTTTTGGGTGTTGTATGTTATATGGTT
TTGCAGGTTTTTTCATTTTCTTGTATGTTTTTGGGATCCACTTTCTCTGCATGCATGCATTCCTTTTCTTCCCTGCCTGGTTTGGTATTTTTTGGGTACCTGGTCCACCTCAGAGTTATATTACAAGTTCAAATGTTGACAATACAGAGCTGGACTTCTCTACGTCTTGGGAATCATGTTTGATTACTGATACAACATAT
TAACATTGGGATTGATTTTTTCATTAAGAGGCTTATTTGGTGGTAATTTTGATGGAGGTGTATCGTGTTTCACTAAAACACATTTCCTTAGTATCCTGGCAAGGATTTCTGGGAATCTCAATTGAGgtatgcaattattgtattagtaatggaagggatatttcctctttattttcatatgtgagaattctccttttatt
tggttaatttatgggatatctttataaatcataatgtgatgattttcagcttttgtgtatatagtatagaatttataattagtttcaatgagtattcttcacttttgaaggtctattgtaaataataatggtttcctgaggctgctcactaatttctggtcttagcctgagcctggttggtctggagctcgatactagcc
gcaaggataaatgttttcatgacaacacgagattttagggtatatctatatatatatgattttcaattatctgattgatgtgcatgcagGGGACAATTGTGTGTATGGACACAACTCATATTTTCGCTACAAAAATGAAGTACACCCCATCAAAAGTGTAATCAGCCTTTTGCTTGCATTATATTTGTGTAAGGGAGACG
GCTTCATGAATCTGGTGAGTGTCCAAAACACCATTTGAAGTAAAATTATGAATGAGTATTATTTTCATTTATTTTCTTTTCTACTTTGACGAGTACTATGGTACAATAAGCATATAACGGGTAGTTATCATTTGATATATTATGGGTATAGTTCATCTACATGTTTGTTTCATCATGTAGATGAATCATCTCTGATGTAT
TTAGTTATTAGTTTTAGGATTTGTTCTGTATTTGTATAAAGAAAAAGATATCAATAGGACAAGGGTATTGATTTGTTATTGTGAAAATAAATTAATCTGTACCTTTTTCCTTGGCATTAGAATTTTGTTATTTTATTTTAGGAAAACTCTTAAGGGATATGACAAGTCATAATCACTGTTATTAATTTGATAATAGGGTT
TTTATGCATTGGAATTGGTTGTAATATTTCAATCCAAAGAGTTTCTAAATATGCATTGAGTTTATTCTACCCCAAGCTATAAATACAAATGAATACCTGTTGTTTTAGTGCTTGTTTTAGTCTTTTTGATGTACTTTTTGTATTCTGCAGTTTCTCTACGTGCTTTTGTTTTTGTCAGTTTCTTTGTGGTATTCAAGACT
GTGGAGGAATCCTAGAGCGATGCTTTATTGTATTAAAGAATATGTACATTTTCCATATCTTTTGATAATACAAGTTCACAATTTGTAGATTCCAGAGCTGGATGTATAGAGATTTTGATAGTGTTTTGATGTATTAATTTCTTTTGTATTTAATTGTTTGTTTTTATGTACATTCATTACGAGGTTTCAATTATATTTAG
TTTGAAAATTTGGTGCAAGTTCGATGTTTCCATAAGCAAAGCTTTGTTTATCAAAGATAGAGCTCTGTCCATATGCACCCCAGCCCATTAGTTGAATATGGCTTTTCCGATTTTGGTAGTGTTTTTGTGTATCGATTTCTTTTTTTATTTTGTTGTTTGTTTCTATATATTCATGACAGCGTATTTCCATGGATAGCTTA
CCCATATCAATTTGCAGGTATTTCTACATTTTATCGCTATCCCGTTACTTGTTTATTTTCTAAATCTCCTCTAAAGATGCTATAACAGGGCATTTGTTTGTTTTCAGTATTTTAGAAGAATCTATGCTTTATAGTATAGTCTCTTTCAGCTTCTCAATATGGGATGCACACTTAGTCTCAAAGCTATTGTCCTACTTTTA
GTGTGTTTAGGTTTTAATTGTTGGTTTGAATCTTGGGTGTATCATTGATATTTAGTTGAATGAAGTGTTTTTTATCCAATACTTTATTTTTGTATATCTGTATCAAAATCTCTCAAGGGCAATAAAGGCTCATTGTTTCATTTTGATAGATGTTTTTATTTTTATGTGGTGAATGTTATTCATGTATGCTGTACTAAATA
AGGGTGACAATCCAAGCTCTATAATGTAATTGTAGTAGTAATGGGTGGGATATATTCTCTTTATTTTTCATATTTTAGATTTATTATTTTTTTCTGATGTATTGGGTATTTTCAATATATTGTCTAATGTGATCTTATTCATCTTCTAGGTATCATCACATTAGTTCATCTTTTAGGTCTTATAATTAGTTCCAATGGGT
TTTGGGCCTTGGCTGATTTGAATAATAATTGCTTGTTCTTCACTTTTGAATGCATATTCTTCGATTATATTTGTATGAGAGAGGAGTTTATTAATCTGGTTCAGGTGTGTCCAAAAACCCGATTGAAGTAAAATTCTGACTAATAACATTTCTACCGTGGTAAGTAACAAGCGATATCCTATGTACAAGTGTTACTTCCC
TTCAAAGCCTTTATGGGAACTAAAGTACAATAGTCTGAGTAAATTATTATTTGAGATTTTGTTGTGTTATGGGTATAATTCATCCACATGTTTGTTTCATGTTGTAAATTAGTCAGTTCTGGTTTATTTTTGTTGTTATTGGTTTGAGGCTTTGTCGTGTGCCCGTAGATGTTTTCACTGATAAGTATTTTATTGAAATC
TAATATTTGAATGGCTAGAGGATTTGATTTGTTATATTGAAAATATATTAATTTTTATCTTTTATTTTGTTATTAGAATTCTGTTGTTTTATTTAAGAAACTCTTAATGGGGATATGGTGGGAAATAGTCACCCTATTGCTTGGCGGTGGGATATGGTGGGAAATAGCCACTCTATTGCTTGGTGGTGGTTTTATAGGGA
TTTTATGAATAGAAATTGGTGGAAGTTTTTTATTACAAAGAGTTTCTAAATACACTTAGTCCTGTTCCTTTCATTCCCATATTTTCCGCATTCCCAGAATTTCATTACATTGACGATGCCCTTATCACCATATCTTTATGTATAAGTGCTACTTACATTTAGATTCTTTTTTTCTTTGATCGAGCTAAAATACAATAGAC
TTATGATAAATTCTTATTTGAGATTTTTCTATGTTCCTTTCATGCTGTCATGCTG

Intron 7 GTAAGCCACT ... AAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.89	11.9	5	1.3
A2	13.12	6.7	1	1.1
A3	23.46	17	5.1	1.1
A4	57.37	13.5	18.1	5
A5	4.25	25.6	1	1.1
A6	39.26	3.4	2.1	1.1
A7	0	11.1	0	0.2
A8	13.17	7.3	1	0.4
A9	17.49	9.6	2	0.2
A10	20.74	7.7	2	0.1

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoform

TGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATC
CAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGT
GAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGC
CACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGGTAAGTTTCATATTTGGGTTTACACTTGGATGTTTTTTAGAGAATCTAGTGGCTTCAGTTTCTCCTTACTCTGCCCCAGTTCATATTTTGAGTGCCC

>TRINITY_DN116706_c0_g1_i6 from sample A1 / Example unspliced isoform:

TGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATC
CAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGT
GAGTATGAGGGGgtaagccactggatgatgtatctttcttaggatttcaaggaaaatcagatattgtttctggaatatttggtgttgaagcttgtgtcattgcaagcaaatttagtcttaatgctttctctttggatcttaacattttcttggtattaggtacattttcatttttcagattgataataatttaaaatttc
agATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGT
GATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCC
ATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGC
CATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGGATGGTGAAATTCAAAGGCAGTATGGGGGT
CAAGTTGCTTTAGCGGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAAT
AATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTC
ACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACG
ATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTTATTGATAATTTACCTCAAGGGAAGTCTTAAATTCT
ATGACGACATGGTTTTCGGGTTACTTAAAAAAAAATAAAAATAAATTCTTTTAAATTTTTGTCGGCTGCCAGAGCTATTTTCTAATGCACAAGGTCGGTAATGTTTTGAGCTAAATTGTTTATATGGCTTGCATATGTCAAATAATCAAACTCATGTAAGATTTTTAATTTTAAGTATTTTCGAATTTTAGTCTTTCCCC
AAATAAAATATCTTCATTTCTA

Intron 8 GTGCAACTGA ... AATATTACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	34.25	40.3	21	4.3
A2	42.89	26.7	20	6.7
A3	35.71	27	15	10
A4	23.12	30.6	9	6.4
A5	27.27	24	9	4
A6	15.56	11.1	2	1.8
A7	23.79	32.1	10	1.3
A8	14.81	11.9	2	2.2
A9	18.17	27.1	6	1.3
A10	27.88	15.6	6	1.9

>TRINITY_DN116777_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoform

CTGCAGGTGTCACATTGAACTGTGAATTTGATGTTTTTACCTTTTAGGACCTTGCAGGTGGTCTCAGATGTATTTAACAAATATTATTATCTATATCAATATTGATAGATTGTTTCTTGGCACCTGACAGTCCCATTGACCTACTTTTTGGTCATTTGTTGGACATTACTAAAATTATCTTATCTTATCTTATCTACTTG
CCTTTGACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGAT
TGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTG
GCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGC
AGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGT
TTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTC
CAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAA
TGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGGATGGTGAAATTCAAAGGCAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCGGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAA
GGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCT
CTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATTAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTAT
TTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGG

>TRINITY_DN116777_c0_g1_i10 from sample A2 / Example unspliced isoform:

CGTCTTAAGCATAAAAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGT

GCACAGgtgcaactgatctggttttgatgctagtcaatcatagtagattttatgtcaaaacaagtttatttgccaaagtattgcatgcttctctgggtggattggtaatcaatgttttcgctgcagttgtggcttactagatattgtcactgtttttcactcttcatcatgatttgtaatattacagGGACATCAAAGGA
GCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTAC
CACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCAT
ATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATA
TCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTT
TGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGG
ATGGTGAAATTCAAAGGCAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCGGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCAT
CAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATTAAGTTCTTATA
AAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTG
TCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGG

Intron 9 GTAAGCCACT ... AAAATTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.41	12	5	1
A2	12.5	7	1	1
A3	22.73	17	5	1
A4	58.34	12.9	18	5
A5	6.12	28	1.9	0
A6	40	3	2	1
A7	0	12	0	0
A8	11.11	8	1	0
A9	16.67	10	2	0
A10	33.33	8	4	0

>TRINITY_DN108654_c1_g2_i7 from sample A4 / Example spliced isoform

TTGGCACCTGACAGTCCCATTGACCTACTTTTTGGTCATTTGTTGGACATTACTAAAATTATCTTATCTTATCTTATCTACTTGCCTTTGACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTG
GGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACT
GCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCT
TCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTA
TGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCACCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATG
ATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGA
TTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGGATGGTGAAATTCAAAGACAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCCGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCA
GGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTG
TTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGA
TAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTA
CAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTTATTGAAATTTAAAAGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATAT
AATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGGTAAGCCACTGGATGATGTATCTTTCTTAGGATTTCAAGGAAAATCAGATATTGTTTCTGGAATATTTGGTGTTGAAGCTTGTGTCATTGCAAGCAAATTTAGTTTTAATGCTTTC
TCTTTGGATCTTAACATTTTCTTGGTATTAGGTACATTTTCATTTTTCAGATTGATAATAATTTAAAATTTCAGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTT

>TRINITY_DN108654_c1_g2_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:

TGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCATGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATTCCAGTTAATG
GACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCCGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGGTGGAGATATG
ACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACCGCTTGCCTCT
ACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGTGGCAAAATGT
GTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAA
GAGTATGGCCAGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATT
CAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTT
CAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGATCACTGCACACTCCTGCCTT
CTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGgtaagccactggatgatgtatctattcttaggatttcaaggaaaatcagatat
tgtttctggaatatttggtgttgaagcttgtgtcattgcaagcaaatttagttttaatgctttctctttggatcttaacattttcttggtattaggtacattttcatttttcagattgataataatttaaaatttcagATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTT

Intron 10 GTATGGAATA ... GCATGAGAAG

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>TRINITY_DN44182_c0_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

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CGGCTCTTTACGGAATGGTTGCGGCCGGTGGCGGCGGAGGCCCTGGCCATCTTTGGTTGAGGAAATGTAGCTGTAGCAGTGCCGGTGGTCTTCCTTGTTGCTGTTTGGCTGCGAGATTAATGCTGACCGTGGCTTCTTATCTCAAGTTTGCTGTCCTTCACCCCTTGTGACGTCGGGTTCGGTGCACTGTCGTTGCTTCG
AAGTCGAGTCCTTCAAATCCGAGGTTCCTTTATTTTTCACAACTCCTCCGTGATTACTCAAAGTTTTGTTTAATGGAAGGAAACTGACTGGATCAACTTCAGTATTTGTTCATCTACTTGAGTTCTTCATTTGTGAGACCATGATATAAGATTGGTTCTTTCCTAAAGAGAAGAAACACTTGTATTTTGATACATTCTAG
CCAACAAAAGTTCAATGCATTCAATGAATTTGTATCTTTAATATGATTTCAAGTTCTATAGCATCTTCAAGTTGCAGATGTAATTTGCTTTGGACAGGATTGAGACTTCTGTATTGAGGGTGATACTATGTGAAGGGTGTCCTTGGATATACATCAAATTTAAAGCTGCAATGGTGTGTGCAGCTTAATCAAGCCCAGTT
GGTATAGTCTAACTTGCATTAGAAACTATTGGCTTAGTAGTTTTTCAGACTGCCAATATGCCGTCATGGTGGAGGAAGTCAACTTCTAAAGAAGTAAAGAAGAAGGGAAGTAAAGATAACTTACTTGATGCTCTGCATATCCGAAAATTGAAATTCTTATCAGAAGAAAAGGGAAGCTTCCAATCTTCAGGAGCATCCAG
GCGATGCAGTCTTGATACAGCTTCAGAGAATGGTTCTGGACCTAGAACAGACTCAGCATCACCTTCGCCTTCTGCCCATGTAGCACGTTCTCAGAGTTTTGCTGAAAGGCCACATGGGCAACCGCTTCCCCTGCCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTCTGGGAATAGGTCTGGGAGAT
TATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCATCTTCTACATCTGTTTCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTTGCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATGCAGGCCTTGCTGGTAGAGTG
ATTGCTGATGGGCACGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCCTGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATTCCAGTTAATGGACTACTAGG
GAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCTGCAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGGTGGAGATATGACTGGGCAAC
CATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGGGCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACCGCTTGCCTCTACCACCCTTG
CTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCCGCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGTGGCAAAATGTGTGCGATGAA
GGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATAAGAACATAGTGCAGTACTATGGGAGTGAAACGATTGATGATAGGCTCTATATTTATCTGGAATATGTTTCTGGTGGGTCTATACACAAACTACTTCAAGAGTATGGCC
AGTTTGGAGAACCAATTATTCGCAGCTATACACGACAGATTCTTGCGGGATTGGCGTATTTGCATGGCAAAAGTACTGTGCACAGGGACATCAAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGT
CCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGATGGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGG
TAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTGCACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGA
AACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCAGCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAGAACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTT
AACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGAAGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGC
AGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCGATAGGGATGGTGAAATTCAAAGACAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCCGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTA
GACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAGGAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGT
ACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTTCTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGG
TAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATATAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAA
GAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTTATTGATAATTTACCTCAAGGGAAGTCTTAAATTCTACGACGACATGGTTTTCGGGTTACTTAAAAAAAAATAAAAATAAATTCTTTTAAATTTTTGTCGGCTGCCAGA
GCTATTTTCTAATGCACAAGGTCGGTAATGTTTTGAGCTAA

>TRINITY_DN44182_c0_g2_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:

TGAAAAACCGAAAAAGCTTTTGGTTGGAGTTCCCATGGCGGCGTCGGGGTGATATAGCTAAGAAGAATAATAATTGAAAGgtatggaatatttttcgccgtcacaaaccctcgatttcagagcaggtagaagctctcgtattttgctgttaaaattctgttctttcatttattattgagcatgagaagTACCGAGGCTTT
CAAGGGTTCGAAGAAGTCAAATTTCGAAGGAGAATAACGGGAACATCGTTCTTTCGAGTCAGCGGGGTTCGAACCTGGGCGGGGACGGGGGTTTGATCGGCCGGCGGTCGGCTCTTTACGGAATGGTTGCGGCCGGTGGCGGCGGAGGCCCTGGCCATCTTTGGTTGAGGAAATGTAGCTGTAGCAGTGCCGGTGGTCTT
CCTTGTTGCTGTTTGGCTGCGAGATTAATGCTGACCGTGGCTTCTTATCTCAAGTTTGCTGTCCTTCACCCCTTGTGACGTCGGGTTCGGTGCACTGTCGTTGCTTCGAAGTCGAGTCCTTCAAATCCGAGGTTCCTTTATTTTTCACAACTCCTCCGTGATTACTCAAAGTTTTGTTTAATGGAAGGAAACTGACTGGA
TCAACTTCAGTATTTGTTCATCTACTTGAGTTCTTCATTTGTGAGACCATGATATAAGATTGGTTCTTTCCTAAAGAGAAGAAACACTTGTATTTTGATACATTCTAGCCAACAAAAGTTCAATGCATTCAATGAATTTGTATCTTTAATATGATTTCAAGTTCTATAGCATCTTCAAGTTGCAGATGTAATTTGCTTTG
GACAGGATTGAGACTTCTGTATTGAGGGTGATACTATGTGAAGGGTGTCCTTGGATATACATCAAATTTAAAGCTGCAATGGTGTGTGCAGCTTAATCAAGCCCAGTTGGTATAGTCTAACTTGCATTAGAAACTATTGGCTTAGTAGTTTTTCAGACTGCCAATATGCCGTCATGGTGGAGGAAGTCAACTTCTAAAGA
AGTAAAGAAGAAGGGAAGTAAAGATAACTTACTTGATGCTCTGCATATCCGAAAATTGAAATTCTTATCAGAAGAAAAGGGAAGCTTCCAATCTTCAGGAGCATCCAGGCGATGCAGTCTTGATACAGCTTCAGAGAATGGTTCTGGACCTAGAACAGACTCAGCATCACCTTCGCCTTCTGCCCATGTAGCACGTTCTC
AGAGTTTTGCTGAAAGGCCACATGGGCAACCGCTTCCCCTGCCATCAGCACTGGGTCGTGCAGAAGGGTTCAGTTTGACTCAACCTTCTGGGAATAGGTCTGGGAGATTATCTCCTTCTTTACCACTTCCTTCACCTGATCAGGTACTGAGCAGGTTGGATATTGCAGATGTAGATGGAGGCTCATCTTCTACATCTGTT
TCATGTGTGAGCTCTGTAAGTAGTGATGAAACTGCAGATTTGCAGCAGGACAATGGGCCAGGGCATGCTAATTATAAGCATTCTGATGCAGGCCTTGCTGGTAGAGTGATTGCTGATGGGCACGGAGGTTCTGGTGTGATGCATGCAGGGCAATCTCCCAAGGTTAGTAGGAAATATTCAAAACAGGATATACTGAGGCC
TGGTAGTCCTCTTGCCAGCCATCATAATCTTTCATCTTCACCCAAAGGAGGATTCTTTAATACAGAGGCTCCGGCACATCTGCAAATTCCAGTTAATGGACTACTAGGGAATGTGCTAGACAGTTCCATGTCTAGTCCTTCAAGAAGTCCAATGAGGGTTTATGGTTCTGAGCAATCTCCCAACAGTGCTTTCTGGGCTG
CAAAATCCTATCCCGAGTTAGCTTTCTTTGGCTCAGGCCATTGTTCAAGTCCTGGTTCGGGTCACAATTCGGGCCCTAATTCCATGGGTGGAGATATGACTGGGCAACCATTTTGGCAGCAGAGCAGAGGTAGCCCAGAATGTTCTCCCATTCCTAGCCCAAGAATGACAAGCGGTCCGAGCTCAAGAGTTCAGAGTGGG
GCAGTTACACCTTTGCATCCTCGAGCTAGTGGAACAGCTCCCGAATCTCCAACTAGCTGGCCAGAAGAGAGAAAACACCCTGGCCACCGCTTGCCTCTACCACCCTTGCTTATTTCTAATTCATCACCTTATGCTATGTCCTGTTCAGCATCTGCTATGTCGTCGGCAGTACCCCGGAGTCCTGGCAGGGCAGACAATCC
GCCAAGTCCTGGAGCTCGTTGGAAGAAGGGAAAATTGCTAGGAAGGGGGACGTTTGGACATGTTTATGCTGGTCTTAACAGTGAAAGTGGCAAAATGTGTGCGATGAAGGAAGTTACACTGTTTGCTGATGATCCAAAGTCGAAGGAAAGTGTAAAGCAGTTAGCACAGGAAATAGCCTTGCTTAGTTCTCTCAGGCATA
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AAAGGAGCCAACATGCTGGTGGATCCAAATGGTCAAGTAAAGCTGGCAGACTTTGGCATGGCTAAACATATCACTGCACACTCCTGCCTTCTGTCATTCAGAGGAAGTCCATATTGGATGGCCCCTGAGGTTATCAAAAATTCAAATGGATATAATCTGGCTGTGGATATTTGGAGCCTAGGCTGCACAGTTCTGGAGAT
GGCTACCACAAAGCCACCATGGAGTGAGTATGAGGGGATTGCTGCAATGTTCAAAATTGGGAATAGTAAGGAGCTTCCCACAATTCCTGACTTCCTTTCAGAAGATGGTAAGGAATTTGTGAGGCTTTGTTTGCAACGCAACCCAGCAAATCGTCCTGCAGCTGCGCAACTTTTAGAACACCCTTTTGTAAAAGATGCTG
CACCATATGTAAAATTGGATGTTGCCACACAAGGTGATGAGATGTTGTCTTTGCCAAGTAATGCTGATCGATCTATGAATGTCACACAAGGTGTTGGACATCTGAGGAAACTTTCTTCGCTTGATATAGACTATGCAGCAACACAGTCAAGGGCAAAGTTTCCCTTTCAATCGTCAAGTGAGCATTCCAATTTACAGAAG
AACATATCTTTGCCAGTATCTCCATCAGGAAGTCCATTAATGCGGCCACGATCTCCACATCATAGAAACGGCATGATGTCTCCTTCTCCTATATCAACCCCACTTGTTAACTCTGGTTGTTCGACTCCTCTGACTGGAGGTCATGGTGCCATCCCATTCCAAGTAAATGGAGCTCTGAGACAGTCTACATATGCGGATGA
AGGTTTTGGAAACTTGCCAAGATCACCTAATGGGCCATGTATTAATGGGTCATGTTTGAATGGTCTTTATCATGATTGCCGACAAGATATTTACCTTGGAACACAGGCAGTCTATACTCCAGAAGGCTCCCCTAGACTGCGAGATCAAATAGCAACAAATGGTGATATTCTAGGGAAAGCATTTGGCAGAATGACATGCG
ATAGGGATGGTGAAATTCAAAGACAGTATGGGGGTCAAGTTGCTTTAGCCGAACATGTGTCACAGCAGCTTCTCAGGATTCCATCCAAACTTCCTGTAGTTGATTTTAGACCCGTTTCTCCAATGATTGGTCGTGCAAGTGGCCACGACTACCACTGAAGGCAGTTTTGCTTTAGCTTAATCCGGCAAAGCATGACCAAG
GAGCATCAGTGGCTGATTGGGATCATTTGTAGAATAATTGTTGAACTGAAATTGTGAAATAATTGGGAATAATTGTTGAAGATTTGTTTCTGAGCTGACCTTATCAGTACACTATTGTTGTATTTTAGATTGGGATGGGTGCTTTGACAATTTGATCCTCTTTACCATAATGAAGGAGCGTATCTACATCGCATGAAGTT
CTTATAAAAGTTTTAATATATGTGACCGGCGAGTCACTAATTATTTTGTAATCATTGTACCAACAATGCAAGAGATAAAAAAATTGTTACTCGAGGTTGTGTATGTGGTAAAAATGGAGGTTACTTGACGAGGCAACTTTTCTTATATTAGCCATTTATTTTCTTGTGGCCACTATTAAGAAGAGCTTGGAGCCGAAATA
TAGTTGTCCAAAGTTTGGCTGCCACCAGTTGCACGATTAATAGAGTGTTGGCTGGGCCTTTGTTAGTTACAAGTACAACCATATCCGACAGATTTGCTAGATGTTGAAGAATAATGTATGAAATCCAACGTTCTAACAAGTTTTATACAGTGGACAATTAAGAGGATAATGGCTGCCTAAAAACTCATTTATTTTAATTT
ATTGATAATTTACCTCAAGGGAAGTCTTAAATTCTACGACGACATGGTTTTCGGGTTACTTAAAAAAAAATAAAAATAAATTCTTTTAAATTTTTGTCGGCTGCCAGAGCTATTTTCTAATGCACAAGGTCGGTAATGTTTTGAGCTAA