sp|Q9LEX1|CLB_ARATH ----> Calcium-dependent lipid-binding protein

Intron 1 GTAAATTTAT ... AATTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.94	297	84	83
A2	14.95	256	37	53
A3	14.56	267	49	42
A4	13.58	245	26	51
A5	13.27	134	20	21
A6	17.63	285	62	60
A7	14.45	725	113	132
A8	16.15	423	69	94
A9	16.02	650	117	131
A10	15.89	638	99	142

>TRINITY_DN124082_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGACCTGGTCATGGCAGGACACACATAAATCGTCATTATTGGTGGTGTTATGGGACTGAAACGACCAGTAGAAGATATATAGATAGTTACCTACTCAGTCCTGTACCGATATTTACTCTATAATTCCTCTGCCAATTATACCCAAGAAGTGCAGGGTGTGAACTGTCAAGAGTTGTGACGTGGATAAATCCTGGCCCCT
AGATTGACTCTGCTGGAAGGGAGAAGTCAGAAGGAATTAGGAGGAGGAGGTGAAGTGGGTCTTTGTTTGTTTTGACTTCAGAATTCTTGCCATTGAGCATCATTGGTTAACTTAACTTACAGTTTGGTTTGGGGTTTATACTGTGAAATGGGGATTGTAAGATGTTGTGGTGGGCTCTTCTGATTGGACTTGTTTTTTTA
ACCCTGTGACTTAAGAATCCACGGAGACAGTACATCTGCATAACAGCAAAATCATTTGAGCCAGAACTGTCTCAACCTCTGTCTGCATTGGGTTAGAGATGGGGATGGGGTTAGCAGTTACACTAAGAGCTTAGCAGCCAGCCATTTCTTGTGGACACCATCATAAGTTTAAGAGCCCTGGACTTAAATCTGGAAGAGAT
TACTTGCTTGTTGCCGAATTCGGAGGCAAATAATTAGAGATATGGGGTTGATTTCAGGGATGGTGATCGGGTTGCTGGTGGGAGTTGCACTCATGGCAGCCATGAAGAAAGCAATGATGTACCGCAGCATCAAGCGTGTTGCCAAGGCTGTAGATATTGCAATTCTTGGAGATCTCGATAGAGATGACTTGAAAAAGCTA
TGTGCTGACAATTATCCAGAATGGATATCATTTCCAATGTTTGAGCAGGTGAAGTGGCTTAACAAACAATTGAGCAAAATGTGGCCTTTTGTTGCGGCTGCAGCTTCAATGGTCATTAAAGAGTCTGTGGAGCCACTTTTGGAACAGTATCGGCCTACAGGAATTTCTTCTTTAAAGTTCAGCAAACTTTTTCTTGGGAA
TGTAGCTCCAAAAATTGAAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGTCAAATCATAATGGATGTGGACTTACGTTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAATTAAAAGATCTCCAGGTTTACACTGTAGTGCGTGTGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCC
CTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAAAATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGCCTGGACTTTCAGATATGATTGATGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATACCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGAT
ACAAGTGAACTTGAGCTTAAACCACAAGGGCGACTTAAAGTGACAGTAGTAAGAGCAAATTCATTGAAAAACATGGAGATGATTGGAAAATCTGATCCATATGTTGTTTTATATGTTCGGGTTCTCTTTAAAGTGAAAACAAAAGTGGTTGACAACAATCTTAATCCTGAGTGGAATGAATCTTTTGACCTAGATGTTGA
GGATAAGGAGACTCAAGCACTTGTACTAGAGGTGTTTGATAAAGATGATGTTGGTGAAGATAAGAAACTTGGTGTAGTAAAATGTCCATTGGTTGATTTGGAACCAGAAAAATTGAAGGATCTTACACTGTCACTCTTGCCATCGCTTGACACACTTAAAGTGAGAGACAAGAAGAATAGGGGAACTATTGATATCAAGC
TCCATTATCATGAATATAACAAAGAGGAGCAGTTGGCAGCATTAGAAGAGGAAAAGAAAATATTGGATGCAAGGAAGACGCTTAAAGAGGCAGGTATTATTGGTAGCACAGTAGATGCTCTTGATGGAGCAGTTGGAGGAGCAGTATCACTAGTTGGATCTGGTGTGGGACTAGTGGGCACTGGTCTTGGAGCTGTTGGA
AGTGGAATAGGGAAGGCTAGCCGTTTCATGGGTAAAAATATTTCGAACCAATTTGGCCAATCTTCAAAGAGGAACAACAAGCCTTTACTAGAAAATGGCAATGCAAAGTAGCTCTTCCATTATTTTTGACTCATCCTCTTCTGTTGGGGTTGTCTTGCTATAAAACGTAATAGTCAACATACAATAGAAAAGTGTTTCTA
TGCAATCCTATCTTACGGTCATTCCCTCTGAACTACCAGTCGCATATCGATACAAGCACATTTCAAAGTAGCATGATCCTTACCAACAATTGGACCAGTGTACATCCTATATCTTGAGAGGATGGGTGTAAGATTTGTGTCTGTAATATTTAGCAATTTCTTATATTCTGCTTCTGCGTACTTTCTGAAGAATGTTCATT
TTCTTTAAACGACTGCGTTTACTATGTAAATCATTATTCATTCTTCAATAAAATGCCTTTATAATATTGGAGGTTGTTTAAAATTCCCAAAACAAAACGAAACCTTAGCTTCAGAGTATCGATGAATGATTGTTTTAGAATCCGTTT

>TRINITY_DN124082_c0_g1_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:

AATGTAGCTCCAAAAATTGAAGGATTCTTCTCCAAGGGAAGAGTATTATCTAAATTCTTGTGACTCAGTTCAGGCATGATTTCAGTGGGAAGTAGCTGATGTTAACAGGATCCTTTGGTAAAATTTTGTTTATCTCAGCCTAACTCAAGTTTGTCTATGGTTGCAAAAGGAAAAATGTTAACAGAGAATTAACATCCTCG
AAAGATGAAATGGAATCTGTTCTATTTACTGTTAATGTTGATGTATACAGCCCCTTTTTCACCATTTCATATTTATCTATATTCATAGTGTTGCATATCATACTTGCTGTGTTTCCTAGGTATTAAATTTCTAAAATTTATGTAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGTCAAATCATAATGGATGTGGACTTACG
TTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAAgtaaatttatatgtgttttctctccttttaagattgcagcactactacaagtctacaaggaatctgaatttcactttcccaatttaatttcgattatagagcaagatgaaagttaacatttattgtgtgacttcat
cccagtttcagagaatttctgtgtcattgtcttaattttgcagTTAAAAGATCTCCAGGTTTACACTGTAGTGCGTGTGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCCCTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAAAATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGC
CTGGACTTTCAGATATGATTGAT

Intron 2 GCTGTAGATA ... GTTTGAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	79.23	94	452	265
A2	77.24	103	465	234
A3	76.62	92	403	200
A4	74.57	134	515	271
A5	72.84	55	181	114
A6	75.62	74	288	171
A7	79.38	169	849	452
A8	77.78	85	375	220
A9	76.8	174	693	459
A10	76.52	186	769	443

>TRINITY_DN106680_c0_g1_i1 from sample A5 / Example spliced isoform

CATGGGACTGAAACGACCAGTAGAAGATATATAGATAGTTACCTACTCAGTCCTGTACCGATATTTACTCTATAATTCCTCTGCCAATTATACCCAAGAAGTGCAGGGTGTGAACTGTTAAGAGTTGTGACGTGGATAAATCCTGGCCCCTAGATTGACTCTGCTGGAAGGGAGAAGTCAGAAGGAATTAGGAGGAGGAT
GTGAAGTGGGTCTTTGTTTGTTTTGACTTCAGAATTCTTGCCATTGAGCATCATTGGTTAACTTAACTTACAGTTTGGTTTGGGGGTTATACTGTGAAATGGGGATTGTAAGATGTTGTGGTGGGCTCTTCTGATTGGACTTGTTTTTTTAACCCTGTGACCTAAGAATCCACGGAGACAGTACATCTGCATAACAGCAA
AATCATTTGAGCCAGAACTGTCTCAACCTCTGTCTGCATTGGGTTAGAGATGGGGATGGGGTTAGCAGTTACACTAAGAGCTTAGCAGCCAGCCATTTCTTGTGGACACCATCATAAGTTTAAGAGCCCTGGACTTAAATCTGGAAGAGATTACTTGCTTGTTGCCGAATTCGGAGGCAAATAATTAGAGATATGGGGTT
GATTTCAGGGATGGTGATCGGGTTGCTGGTGGGAGTTGCACTCATGGCAGCCATGAAGAAAGCAATGATGTACCGCAGCATCAAGCGTGTTGCCAAGGTGAAGTGGCTTAACAAACAATTGAGCAAAATGTGGCCTTTTGTTGCGGCTGCAGCTTCAATGGTCATTAAAGAGTCTGTGGAGCCACTTTTGGAACAGTATC
GGCCTACAGGAATTTCTTCTTTAAAGTTCAGCAAACTTTTTCTTGGGAATGTAGCTCCAAAAATTGAAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGTCAAATCATAATGGATGTGGACTTACGTTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAATTAAAAGATCTC
CAGGTTTACACTGTAGTGCGTGTGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCCCTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAAAATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGCCTGGACTTTCAGATATGATTGATGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATACCCT
TCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGATACAAGTGAACTTGAGCTTAAACCACAAGGGCGACTTAAAGTGACAGTAGTAAGAGCAAATTCATTGAAAAACATGGAGATGATTGGAAAATCTGATCCATATGTTGTTTTATATGTTCGGGTTCTCTTTAAAGTGAAAACAAAAGTGGTTG
ACAACAATCTTAATCCTGAGTGGAATGAATCTTTTGACCTAGATGTTGAGGATAAGGAGACTCAAGCACTTGTACTAGAGGTGTTTGATAAAGATGATGTTGGTGAAGATAAGAAACTTGGTGTAGTAAAATGTCCATTGGTTGATTTGGAACCAGAAAAATTGAAGGATCTTACACTGTCACTCTTGCCATCGCTTGAC
ACACTTAAAGTGAGAGACAAGAAGAATAGGGGAACTATTGATATCAAGCTCCATTATCATGAATATAACAAAGAGGAGCAGTTGGCAGCATTAGAAGAGGAAAAGAAAATATTGGATGCAAGGAAGACGCTTAAAGAGGCAGGTATTATTGGTAGCACAGTAGATGCTCTTGATGGAGCAGTTGGAGGAGCAGTATCACT
AGTTGGATCTGGTGTGGGACTAGTGGGCACTGGTCTTGGAGCTGTTGGAAGTGGAATAGGGAAGGCTAGCCGTTTCATGGGTAAAAATATTTCGAACCAATTTGGCCAATCTTCAAAGAGGAACAACAAGCCTTTACTAGAAAATGGCAATGCAAAGTAGCTCTTCCATTATTTTTGACTCATCCTCTTCTGTTGGGGTT
GTCTTGCTATAAAACGTAATAGTCAACATACAATAGAAAAGTGTTTCTATGCAATCCTATCTTACGGTCATTCCCTCTGAACTACCAGTCGCATATCGATACAAGCACATTTCAAAGTAGCATGATCCTTACCAACAATTGGACCAGTGTACATCCTATATCTTGAGAGGATGGCTGTAAGATTTGTGTCTGTAATATTT
AGCAATTTCTTATATTCTGCTTCTGCGTACTTTCTGAAGAATGTTCATTTTCTTTAAACGACTGCGTTTACTATGTAAATCATTATTCATTCTTCAATAAAATGCCTTTATAATATTGGAGGTTGTTTAAAATTCCCAAAAC

>TRINITY_DN106680_c0_g1_i2 from sample A5 / Example unspliced isoform:

CATGGGACTGAAACGACCAGTAGAAGATATATAGATAGTTACCTACTCAGTCCTGTACCGATATTTACTCTATAATTCCTCTGCCAATTATACCCAAGAAGTGCAGGGTGTGAACTGTTAAGAGTTGTGACGTGGATAAATCCTGGCCCCTAGATTGACTCTGCTGGAAGGGAGAAGTCAGAAGGAATTAGGAGGAGGAT
GTGAAGTGGGTCTTTGTTTGTTTTGACTTCAGAATTCTTGCCATTGAGCATCATTGGTTAACTTAACTTACAGTTTGGTTTGGGGGTTATACTGTGAAATGGGGATTGTAAGATGTTGTGGTGGGCTCTTCTGATTGGACTTGTTTTTTTAACCCTGTGACCTAAGAATCCACGGAGACAGTACATCTGCATAACAGCAA
AATCATTTGAGCCAGAACTGTCTCAACCTCTGTCTGCATTGGGTTAGAGATGGGGATGGGGTTAGCAGTTACACTAAGAGCTTAGCAGCCAGCCATTTCTTGTGGACACCATCATAAGTTTAAGAGCCCTGGACTTAAATCTGGAAGAGATTACTTGCTTGTTGCCGAATTCGGAGGCAAATAATTAGAGATATGGGGTT
GATTTCAGGGATGGTGATCGGGTTGCTGGTGGGAGTTGCACTCATGGCAGCCATGAAGAAAGCAATGATGTACCGCAGCATCAAGCGTGTTGCCAAGgctgtagatattgcaattcttggagatctcgatagagatgacttgaaaaagctatgtgctgacaattatccagaatggatatcatttccaatgtttgagcagG
TGAAGTGGCTTAACAAACAATTGAGCAAAATGTGGCCTTTTGTTGCGGCTGCAGCTTCAATGGTCATTAAAGAGTCTGTGGAGCCACTTTTGGAACAGTATCGGCCTACAGGAATTTCTTCTTTAAAGTTCAGCAAACTTTTTCTTGGGAATGTAGCTCCAAAAATTGAAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGT
CAAATCATAATGGATGTGGACTTACGTTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAATTAAAAGATCTCCAGGTTTACACTGTAGTGCGTGTGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCCCTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAA
AATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGCCTGGACTTTCAGATATGATTGATGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATACCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGATACAAGTGAACTTGAGCTTAAACCACAAGGGCGACTTAAAGTGACAGTAG
TAAGAGCAAATTCATTGAAAAACATGGAGATGATTGGAAAATCTGATCCATATGTTGTTTTATATGTTCGGGTTCTCTTTAAAGTGAAAACAAAAGTGGTTGACAACAATCTTAATCCTGAGTGGAATGAATCTTTTGACCTAGATGTTGAGGATAAGGAGACTCAAGCACTTGTACTAGAGGTGTTTGATAAAGATGAT
GTTGGTGAAGATAAGAAACTTGGTGTAGTAAAATGTCCATTGGTTGATTTGGAACCAGAAAAATTGAAGGATCTTACACTGTCACTCTTGCCATCGCTTGACACACTTAAAGTGAGAGACAAGAAGAATAGGGGAACTATTGATATCAAGCTCCATTATCATGAATATAACAAAGAGGAGCAGTTGGCAGCATTAGAAGA
GGAAAAGAAAATATTGGATGCAAGGAAGACGCTTAAAGAGGCAGGTATTATTGGTAGCACAGTAGATGCTCTTGATGGAGCAGTTGGAGGAGCAGTATCACTAGTTGGATCTGGTGTGGGACTAGTGGGCACTGGTCTTGGAGCTGTTGGAAGTGGAATAGGGAAGGCTAGCCGTTTCATGGGTAAAAATATTTCGAACC
AATTTGGCCAATCTTCAAAGAGGAACAACAAGCCTTTACTAGAAAATGGCAATGCAAAGTAGCTCTTCCATTATTTTTGACTCATCCTCTTCTGTTGGGGTTGTCTTGCTATAAAACGTAATAGTCAACATACAATAGAAAAGTGTTTCTATGCAATCCTATCTTACGGTCATTCCCTCTGAACTACCAGTCGCATATCG
ATACAAGCACATTTCAAAGTAGCATGATCCTTACCAACAATTGGACCAGTGTACATCCTATATCTTGAGAGGATGGCTGTAAGATTTGTGTCTGTAATATTTAGCAATTTCTTATATTCTGCTTCTGCGTACTTTCTGAAGAATGTTCATTTTCTTTAAACGACTGCGTTTACTATGTAAATCATTATTCATTCTTCAAT
AAAATGCCTTTATAATATTGGAGGTTGTTTAAAATTCCCAAAAC

Intron 3 GTAAGTTTGA ... ATGTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.64	240	2	4
A2	0	212	0	0
A3	2.25	217	1	5
A4	3.11	156	0	5
A5	1.19	83	0	1
A6	0.8	247	0	2
A7	0.45	669	0	3
A8	0	468	0	0
A9	0	563	0	0
A10	0.55	540	0	3

>TRINITY_DN114912_c0_g1_i3 from sample A3 / Example spliced isoform

GTGCGTTGAAAGTTAATGTGGTTAGCTGGACCTGGTCATGGGCAGGACACACATAAATCGTCATTATTGGTGGTGTCATGGGACTGAAACGACCAGTAGAAGATATATAGATAGTTACCTACTCAGTCCTGTACCGATATTTACTCTATAATTCCTCTGCCAATTATACCCAAGAAGTGCAGGGTGTGAACTGTCAAGAG
TTGTGACGTGGATAAATCCTGCCCCCTAGATTGACTCTGCTGGAAGGGAGAAGTCAGAAGGAATTAGGAGGAGGAGGTGAAGTGGGTCTTTGTTTGTTTTGACTTCAGAATTCTTGCCATTGAGCATCATTGGTTAACTTAACTTACAGTTTGGTTTGGGGGTTATACTGTGAAATGGGGATTGTAAGATGTTGTGGTGG
GCTCTTCTGATTGGACTTGTTTTTTTAACCCTGTGACCTAAGAATCCACGGAGACAGTACATCTGCATAACAGCAAAATCATTTGAGCCAGAACTGTCTCAACCTCTGTCTGCATTGGGTTAGAGATGGGGATGGGGTTAGCAGTTACACTAAGAGCTTAGCAGCCAGCCATTTCTTGTGGACACCATCATAAGTTTAAG
AGCCCTGGACTTAAATCTGGAAGAGATTACTTGCTTGTTGCCGAATTCGGAGGCAAATAATTAGAGATATGGGGTTGATTTCAGGGATGGTGATCGGGTTGCTGGTGGGAGTTGCACTCATGGCAGCCATGAAGAAAGCAATGATGTACCGCAGCATCAAGCGTGTTGCCAAGGCTGTAGATATTGCAATTCTTGGAGAT
CTCGATAGAGATGACTTGAAAAAGCTATGTGCTGACAATTATCCAGAATGGATATCATTTCCAATGTTTGAGCAGGTGAAGTGGCTTAACAAACAATTGAGCAAAATGTGGCCTTTTGTTGCGGCTGCAGCTTCAATGGTCATTAAAGAGTCTGTGGAGCCACTTTTGGAACAGTATCGGCCTACAGGAATTTCTTCTTT
AAAGTTCAGCAAACTTTTTCTTGGGAATGTAGCTCCAAAAATTGAAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGTCAAATCATAATGGATGTGGACTTACGTTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAATTAAAAGATCTCCAGGTTTACACTGTAGTGCGTG
TGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCCCTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAAAATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGCCTGGACTTTCAGATATGATTGATGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATACCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTT
GTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGATACAAGTGAACTTGAGCTTAAACCACAAGGGCGACTTAAAGTGACAGTAGTAAGAGCAAATTCATTGAAAAACATGGAGATGATTGGAAAATCTGATCCATATGTTGTTTTATATGTTCGGGTTCTCTTTAAAGTGAAAACAAAAGTGGTTGACAACAATCTTAATCCTGAGTG
GAATGAATCTTTTGACCTAGATGTTGAGGATAAGGAGACTCAAGCACTTGTACTAGAGGTGTTTGATAAAGATGATGTTGGTGAAGATAAGAAACTTGGTGTAGTAAAATGTCCATTGGTTGACTTGGAACCAGAAAAATTGAAGGATCTTACACTGTCACTCTTGCCATCGCTTGACACACTTAAAGTGAGAGACAAGA
AGAATAGGGGAACTATTGATATCAAGCTCCATTATCATGAATATAACAAAGAGGAGCAGTTGGCAGCATTAGAAGAGGAAAAGAAAATATTGGATGCAAGGAAGACGCTTAAAGAGGCAGGTATTATTGGTAGCACAGTAGATGCTCTTGATGGAGCAGTTGGAGGAGCAGTATCACTAGTTGGATCTGGTGTGGGACTA
GTGGGCACTGGTCTTGGAGCTGTTGGAAGTGGAATAGGGAAGGCTAGCCGTTTCATGGGTAAAAATATTTCGAACCAATTTGGCCAATCTTCAAAGAGGAACAACAAGCCTTTACTAGAAAATGGCAATGCAAAGTAGCTCTTCCATTATTTTTGACTCATCCTCTTCTGTTGGGGTTGTCTTGCTATAAAACGTAATAG
TCAACATACAATAGAAAAGTGTTTCTATGCAATCCTATCTTACGGTCATTCCCTCTGAACTACCAGTCGCATATCGATACTAGCACATTTCAAAGTGGCATGATCCTTACCAACAATTGGACCAGTGTACATCCTATATCTTGAGAGGATGGGTGTAAGATTTGTGTCTGTAATATTTAGCAATTTCTTATATTCTGCTT
CTGCGTACTTTCTGAAGAATGTTCATTTTCTTTAAAC

>TRINITY_DN114912_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TGGACTTTCAGATATGATTGATgtaagtttgatgatatactttgagttctttcataattatctgctgcagcactgaccatacaagttggactatctgcaaaggaaaatgttttgtaaaaagcttttcaaatctgttgaaaagactgagaggctattatttattcatgtttctagGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGA
TACCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGATACAAGGTGTGTTTGACTTGTGACTTTTCTGAAGTCCTATTAGCTGTCATATTGCTCTTTCTCTCTTTCCATATATATGTGTGTTGAAAAAATGCGACTTGTATTATTCCTAGGATCAATAACATTATACCATAAGAAGCATTGGT
TAGTTATCCACCATCCAAGATTGTACCCTCTCCCAAAACATGTCTGCCTTAGCACCAAACGCAAGAGATGCTTGCAAAATATAATTTCATCCTTGGTAAAAATTTGACAACTAGTTTAGCTTTGAAAACAGATATTCTCTTCAACAGAAAGTAACATCATCCTCATTGAAGATGGCCCTGCATCATCTTCTCCAGACAAG
ATAAGT

Intron 4 GTAAGTTTGA ... CTGTTTCTAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	1.69	233.7	2	4
A2	0	200.7	0	0
A3	2.41	204.3	0	5
A4	3.35	146	0	5
A5	1.26	79	0	1
A6	0.84	236.3	0	2
A7	0.47	644.7	0	3
A8	0	453.7	0	0
A9	0	542	0	0
A10	0.57	522.3	0	3

>TRINITY_DN124082_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

TGGACCTGGTCATGGCAGGACACACATAAATCGTCATTATTGGTGGTGTTATGGGACTGAAACGACCAGTAGAAGATATATAGATAGTTACCTACTCAGTCCTGTACCGATATTTACTCTATAATTCCTCTGCCAATTATACCCAAGAAGTGCAGGGTGTGAACTGTCAAGAGTTGTGACGTGGATAAATCCTGGCCCCT
AGATTGACTCTGCTGGAAGGGAGAAGTCAGAAGGAATTAGGAGGAGGAGGTGAAGTGGGTCTTTGTTTGTTTTGACTTCAGAATTCTTGCCATTGAGCATCATTGGTTAACTTAACTTACAGTTTGGTTTGGGGTTTATACTGTGAAATGGGGATTGTAAGATGTTGTGGTGGGCTCTTCTGATTGGACTTGTTTTTTTA
ACCCTGTGACTTAAGAATCCACGGAGACAGTACATCTGCATAACAGCAAAATCATTTGAGCCAGAACTGTCTCAACCTCTGTCTGCATTGGGTTAGAGATGGGGATGGGGTTAGCAGTTACACTAAGAGCTTAGCAGCCAGCCATTTCTTGTGGACACCATCATAAGTTTAAGAGCCCTGGACTTAAATCTGGAAGAGAT
TACTTGCTTGTTGCCGAATTCGGAGGCAAATAATTAGAGATATGGGGTTGATTTCAGGGATGGTGATCGGGTTGCTGGTGGGAGTTGCACTCATGGCAGCCATGAAGAAAGCAATGATGTACCGCAGCATCAAGCGTGTTGCCAAGGCTGTAGATATTGCAATTCTTGGAGATCTCGATAGAGATGACTTGAAAAAGCTA
TGTGCTGACAATTATCCAGAATGGATATCATTTCCAATGTTTGAGCAGGTGAAGTGGCTTAACAAACAATTGAGCAAAATGTGGCCTTTTGTTGCGGCTGCAGCTTCAATGGTCATTAAAGAGTCTGTGGAGCCACTTTTGGAACAGTATCGGCCTACAGGAATTTCTTCTTTAAAGTTCAGCAAACTTTTTCTTGGGAA
TGTAGCTCCAAAAATTGAAGGGATACGAATCCAGAGCTTGAAAAAGGGTCAAATCATAATGGATGTGGACTTACGTTGGGGTGGTGATCCCAGTATAATCCTTGCAGTTCAAACACTCGGTCCTACTTTACCTATACAATTAAAAGATCTCCAGGTTTACACTGTAGTGCGTGTGATCTTTCAACTTGCTGAAAATATCC
CTTGCATTTCTGCTGTTGTGGTTGCACTTCTTTCTGAGCCTAAGCCTAAAATTGACTACACATTAAAAGCAATTGGAGGGAGCTTAACAGCTATGCCTGGACTTTCAGATATGATTGATGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATACCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGAT
ACAAGTGAACTTGAGCTTAAACCACAAGGGCGACTTAAAGTGACAGTAGTAAGAGCAAATTCATTGAAAAACATGGAGATGATTGGAAAATCTGATCCATATGTTGTTTTATATGTTCGGGTTCTCTTTAAAGTGAAAACAAAAGTGGTTGACAACAATCTTAATCCTGAGTGGAATGAATCTTTTGACCTAGATGTTGA
GGATAAGGAGACTCAAGCACTTGTACTAGAGGTGTTTGATAAAGATGATGTTGGTGAAGATAAGAAACTTGGTGTAGTAAAATGTCCATTGGTTGATTTGGAACCAGAAAAATTGAAGGATCTTACACTGTCACTCTTGCCATCGCTTGACACACTTAAAGTGAGAGACAAGAAGAATAGGGGAACTATTGATATCAAGC
TCCATTATCATGAATATAACAAAGAGGAGCAGTTGGCAGCATTAGAAGAGGAAAAGAAAATATTGGATGCAAGGAAGACGCTTAAAGAGGCAGGTATTATTGGTAGCACAGTAGATGCTCTTGATGGAGCAGTTGGAGGAGCAGTATCACTAGTTGGATCTGGTGTGGGACTAGTGGGCACTGGTCTTGGAGCTGTTGGA
AGTGGAATAGGGAAGGCTAGCCGTTTCATGGGTAAAAATATTTCGAACCAATTTGGCCAATCTTCAAAGAGGAACAACAAGCCTTTACTAGAAAATGGCAATGCAAAGTAGCTCTTCCATTATTTTTGACTCATCCTCTTCTGTTGGGGTTGTCTTGCTATAAAACGTAATAGTCAACATACAATAGAAAAGTGTTTCTA
TGCAATCCTATCTTACGGTCATTCCCTCTGAACTACCAGTCGCATATCGATACAAGCACATTTCAAAGTAGCATGATCCTTACCAACAATTGGACCAGTGTACATCCTATATCTTGAGAGGATGGGTGTAAGATTTGTGTCTGTAATATTTAGCAATTTCTTATATTCTGCTTCTGCGTACTTTCTGAAGAATGTTCATT
TTCTTTAAACGACTGCGTTTACTATGTAAATCATTATTCATTCTTCAATAAAATGCCTTTATAATATTGGAGGTTGTTTAAAATTCCCAAAACAAAACGAAACCTTAGCTTCAGAGTATCGATGAATGATTGTTTTAGAATCCGTTT

>TRINITY_DN124082_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:

ACTTTCAGATATGATTGATgtaagtttgatgatatactttgagttctttcataattatctgctgcagcactgaccatacaagttggactatctgcaaaaggaaaatgttttgtaaaaagcttttcaaatctgttgaaaagactgagaggctattatttattcctgtttctagGACACAGTGGAGTCAATTGTGTCAGATA
CCCTTCAGTGGCCTCACCGAATTGTTGTTCCGATTGGAGGAGTACCTGTTGATACAAGGTGTGTTTGACTTGTGACTTTTCTGAAGTCCTATTAGCTGTCATATTGCTCTTTCTCTCTTTCCATATATATGTGTG