sp|C0SQ89|CMT3_ORYSJ ----> DNA (cytosine-5)-methyltransferase CMT3
Intron 1 GTAAGTTTTA ... GGATTACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.08 | 18 | 9 | 8 |
| A2 | 35.48 | 10 | 6 | 5 |
| A3 | 3.23 | 15 | 1 | 0 |
| A4 | 30 | 14 | 2 | 10 |
| A5 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A6 | 12.82 | 17 | 0 | 5 |
| A7 | 17.86 | 23 | 6 | 4 |
| A8 | 27.03 | 27 | 7 | 13 |
| A9 | 16.98 | 22 | 0 | 9 |
| A10 | 22.39 | 26 | 4 | 11 |
>TRINITY_DN41698_c0_g1_i6 from sample A7 / Example spliced isoformGCATTACCACGTTTGTCATGTCTATGTTACATTGAATTTGGCAAATTTTTTGGAGAGAAATGGGTGATTGAATTTCAGGGGTGCTAGCATTTTTTGTGTTTACTTTTTTTGAGGATGTTCCTAGTAGCATTAGAACATAGGTATTTTTGGATGAGGCTTTTTATTTGTTGTAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGC
TGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCATAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAAT
TTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGGAGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCA
CCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCCTTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATT
GTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGA
ACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCTCCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTG
TTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAGTAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAA
AGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGGTTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGC
ACAAGTAACGATGCATTACATATCCAAGTCACTGGAAGCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTTGGAACTGCTAGTATTTGGGCTTTTGTGAAGACTAGGGTTTTAAAAAACATACAGATAAAATACATACCAGAAATAAAATAATGTAGCACATACTATAACATAAATGAT
TTTAAACATAGATTTCAGTAGATACTAGAATTAATATAACTGATTTTGAATAGCTT
>TRINITY_DN41698_c0_g1_i2 from sample A7 / Example unspliced isoform:CCACCGTTGGATCCTCCAATCAGACGGCCTGCGGGAGGCCCTGACACCTGGACGGTTTCATTCGATTCCCTCCCAGCACAAGGAAGTCTCGGAAGCGGAAAAATTGCACAGAGACAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCC
GCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAA
TGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAG
AAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTC
TGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATG
GTCCTGACTATGTTGGAAGAATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTC
ATTCATGTCCCTGCATTGACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATAC
TACATCTAATGTCAGTTTGGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAA
CAGAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTT
GGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGG
TGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTC
TTGTGAAGATGCATTACCAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAA
ATGAATCGACCAAAGCTTCATAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTAT
TTTTGACCATAAGCCTTTGGAGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGgtaagttttaattttccaatttctttca
acattgaacaataagaatgaaaaggaatatgggagagcatcaacatcagctcaatgctgctattggtaacaactattttatcacttactcaaggagtatggaagagcatcatcatctcaatactgctattgctgacaactatttcatcacttactctttactttttgttatttcaagtgaataaaatggttttgtagaag
cttattgcaagtattcatcgaggtatagtgattatgattgtaacatacatggacaacgcacagtgttctctctaatactgtatatgtttgtggattaccagGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCCTTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCT
GAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCA
GTGTGGAAATTCTCCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTT
TGGTTTTGCATAGTAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTG
CATCATTTGTCGGTTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAGTAACGATGCATTACATATC
CAAGTCACTGGAAGCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTTGGAACTGCTAGTATTTGGGCTTTTGTGAAGACTAGGGTTTTAAAAAACATACAGATAAAATACATACCAGAAATAAAATAATGTAGCACATACTATAACATAAATGATTTTAAACATAGATTTCAGTAGATA
CTAGAATTAATATAACTGATTTTGAATAGCTT
Intron 2 GTATGTATTT ... CTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 23.55 | 23.6 | 8.5 | 6.7 |
| A2 | 4.36 | 19.4 | 1.3 | 0.9 |
| A3 | 18 | 16 | 9.3 | 3 |
| A4 | 29.1 | 8.5 | 3.3 | 3.1 |
| A5 | 26.27 | 9.5 | 4 | 3.1 |
| A6 | 0 | 7.5 | 0.5 | 0 |
| A7 | 5.94 | 37.7 | 2.2 | 2.3 |
| A8 | 2.47 | 20.9 | 0.8 | 0.7 |
| A9 | 2.35 | 26.3 | 0 | 0.8 |
| A10 | 6.61 | 33.9 | 1.1 | 2.3 |
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTT
GGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTTCTTATTTTAT
CCAAGATATTTTCTCTATTGGGAATCAAATATCATATTTATGGTTCAGTTGGACACAATTGATGTTGTAATTTATTTGTCTTTAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGT
TACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAG
GAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACC
ACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGTTTGTCATGTCTATGTTACATTGTATTTGGCAAATTTTTTGGAGAGAAATGGGTGATTGAATTTCAGGGGTGCTAGCATTTTTTGTGTTTACTTTTTTT
GAGGATGTTCCTAGTAGCATTAGAACATAGGTATTTTTGGCTGAGGCTTTTTATTTGTTGTAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGG
TTTTCCTGTTAGTTGGGAG
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTC
GTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATgtatgtatttcatttttcacatatggcaccttgtttggttttcaggctttctttttccaataacatcttttgaatgttaactggtttaaatattctt
gttgccagacacaatatgtctagagtctactttacttgtttgaaaaccttgttgtagGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGTAATTACTTAAATTTGGCTGAAGAGTTTACCTTGTAGTATAGGATTTTCAACTTCAAAGAGGCCATTTTTTTTCT
TTTTTGTTTAAGAAGTTAAATATTCTGACTATTTTGTATGATGCTTAGGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTAT
ATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGG
Intron 3 GTTTGGAAAG ... GATTGACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 32.81 | 10 | 4.5 | 5.3 |
| A2 | 37.47 | 18 | 6.4 | 11.1 |
| A3 | 23.09 | 19 | 4.4 | 5.9 |
| A4 | 19.44 | 14 | 3.1 | 3.5 |
| A5 | 37.5 | 4 | 2.6 | 2.6 |
| A6 | 65.84 | 2 | 3 | 3.9 |
| A7 | 12.5 | 18 | 1.9 | 2.6 |
| A8 | 0 | 3 | 0.6 | 0 |
| A9 | 38.88 | 5 | 0.6 | 3.5 |
| A10 | 20.59 | 13 | 3.4 | 3.5 |
>TRINITY_DN105734_c0_g1_i9 from sample A2 / Example spliced isoformCAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCCGCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGC
AAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATT
TGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAAT
GAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTAT
TCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAAT
CAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCT
GATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTC
CCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAAC
ATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGC
TGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTCGTATTTATGGATATTGTTGATTATCT
AAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTC
CACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCATAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGG
ACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGGAGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGA
TAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGT
>TRINITY_DN105734_c0_g1_i13 from sample A2 / Example unspliced isoform:CAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCCGCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGC
AAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATT
TGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAAT
GAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTAT
TCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATgtttggaaaggggttttaagcaaacccaccatcttcaagaaggctttttcaacttggcatgctacatcaatggtggcttgcaacgattgaccagTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGA
ATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGAC
ACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGG
AGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCA
ACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGA
TGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTG
CCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTCGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAG
GCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCA
TAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGG
AGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGT
Intron 4 GTAATTACTT ... TGATGCTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 21.41 | 34 | 9.6 | 9 |
| A2 | 23.91 | 20 | 5.4 | 7.6 |
| A3 | 30.62 | 23 | 6.3 | 14 |
| A4 | 25.58 | 14 | 3.6 | 6 |
| A5 | 15.91 | 10 | 3.8 | 0 |
| A6 | 12.37 | 9 | 0.6 | 2 |
| A7 | 3.38 | 33 | 2.5 | 0 |
| A8 | 9.32 | 23 | 1.8 | 3 |
| A9 | 9.2 | 31 | 2.5 | 4 |
| A10 | 6.36 | 36 | 3.1 | 2 |
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTT
GGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTTCTTATTTTAT
CCAAGATATTTTCTCTATTGGGAATCAAATATCATATTTATGGTTCAGTTGGACACAATTGATGTTGTAATTTATTTGTCTTTAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGT
TACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAG
GAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACC
ACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGTTTGTCATGTCTATGTTACATTGTATTTGGCAAATTTTTTGGAGAGAAATGGGTGATTGAATTTCAGGGGTGCTAGCATTTTTTGTGTTTACTTTTTTT
GAGGATGTTCCTAGTAGCATTAGAACATAGGTATTTTTGGCTGAGGCTTTTTATTTGTTGTAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGG
TTTTCCTGTTAGTTGGGAG
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i1 from sample A1 / Example unspliced isoform:CCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTC
GTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGTATGTATTTCATTTTTCACATATGGCACCTTGTTTGGTTTTCAGGCTTTCTTTTTCCAATAACATCTTTTGAATGTTAACTGGTTTAAATATTCTT
GTTGCCAGACACAATATGTCTAGAGTCTACTTTACTTGTTTGAAAACCTTGTTGTAGGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTgtaattacttaaatttggctgaagagtttaccttgtagtataggattttcaacttcaaagaggccattttttttct
tttttgtttaagaagttaaatattctgactattttgtatgatgcttagGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTAT
ATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGG
Intron 5 GTTAGATTTA ... TGTTAAATAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.06 | 12.4 | 9 | 5 |
| A2 | 26.83 | 15 | 5 | 6 |
| A3 | 21.43 | 11 | 3 | 3 |
| A4 | 25.93 | 10 | 1 | 6 |
| A5 | 12 | 11 | 0 | 3 |
| A6 | 24.73 | 35 | 11 | 12 |
| A7 | 33.33 | 34 | 23 | 11 |
| A8 | 22.83 | 49 | 16 | 13 |
| A9 | 24.77 | 41 | 18 | 9 |
| A10 | 28 | 36 | 15 | 13 |
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i13 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACC
TGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAA
ACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCA
TCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAG
TTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGT
TTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAA
GGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTG
AAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGAT
TCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAG
TGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCA
AGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGTCAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCA
TAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGG
AGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCC
TTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGT
ACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCTCCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCT
GTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAGTAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAA
TTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGGTTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAA
TTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAGTAACGATGCATTACATATCCAAGTCACTGGAAGCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTT
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i12 from sample A1 / Example unspliced isoform:TATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACC
TGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAA
ACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCA
TCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAG
TTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGT
TTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAA
GGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTG
AAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGAT
TCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAG
TGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCA
AGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGTCAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCA
TAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGG
AGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCC
TTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGgttagatttatcccgttttgcctattgaca
tttggcagctgttgttatggaacttcaaggaatttgttgccctgcatattgtaataccataatttggtttgatgtcaccttctaacgtttgatgtctgttaaatagATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCT
CCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAG
TAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGG
TTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAGTAACGATGCATTACATATCCAAGTCACTGGAA
GCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTT
Intron 6 GTTCTTATTT ... TTGTCTTTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 48.84 | 11 | 8 | 13 |
| A2 | 25.93 | 10 | 4 | 3 |
| A3 | 23.81 | 16 | 7 | 3 |
| A4 | 26.32 | 7 | 4 | 1 |
| A5 | 27.27 | 4 | 2 | 1 |
| A6 | 20 | 2 | 1 | 0 |
| A7 | 17.24 | 12 | 5 | 0 |
| A8 | 0 | 1 | 0 | 0 |
| A9 | 20 | 12 | 6 | 0 |
| A10 | 26.67 | 11 | 8 | 0 |
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACC
TGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAA
ACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCA
TCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAG
TTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGT
TTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAA
GGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTG
AAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGAT
TCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAG
TGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCA
AGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGTCAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCA
TAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGG
AGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCC
TTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGGTTAGATTTATCCCGTTTTGCCTATTGACA
TTTGGCAGCTGTTGTTATGGAACTTCAAGGAATTTGTTGCCCTGCATATTGTAATACCATAATTTGGTTTGATGTCACCTTCTAACGTTTGATGTCTGTTAAATAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCT
CCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAG
TAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGG
TTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAGTAACGATGCATTACATATCCAAGTCACTGGAA
GCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTT
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i10 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTT
GGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGgttcttattttat
ccaagatattttctctattgggaatcaaatatcatatttatggttcagttggacacaattgatgttgtaatttatttgtctttagGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGT
TACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGTTTTTTAAGCTTGTTACTGCC
Intron 7 GTCCGAAATG ... TTGCTGAAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 57.14 | 6 | 11 | 5 |
| A2 | 57.14 | 9 | 10 | 14 |
| A3 | 56.52 | 10 | 16 | 10 |
| A4 | 66.67 | 4 | 7 | 9 |
| A5 | 50 | 4 | 4 | 4 |
| A6 | 60 | 1 | 2 | 1 |
| A7 | 66.67 | 5 | 12 | 8 |
| A8 | 100 | 0 | 1 | 1 |
| A9 | 52.94 | 12 | 12 | 15 |
| A10 | 40.91 | 13 | 11 | 7 |
>TRINITY_DN112465_c6_g2_i2 from sample A3 / Example spliced isoformGAAAAATTGCACAGAGACAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCCGCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAA
TTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGAGAAGGAAACCGGAAGC
CGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGG
ACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAA
GAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGC
TATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAA
CATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGC
CTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAAT
GGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGT
GAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTCGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAA
ATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGAT
GTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCATAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCT
ATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGGAGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAA
ACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCCTTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGT
ATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCTCCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACA
AATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAGTAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTT
TCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGGTTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCG
CTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAAAAA
>TRINITY_DN112465_c6_g2_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAAATTGCACAGAGACAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCCGCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAA
TTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGAGAAGGAAACCGGAAGC
CGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGG
ACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAA
GAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGC
TATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAA
CATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGC
CTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGgtccgaaatgaatcaactgaaaattttctgttgttgctgaaagAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGC
ATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGTTTTTTAAGCTTGTTACTGCCCCTCATGAATTCTTATATTTTA
TATGGGTTTATTCTACAAGAAGAGTTGTTAAATCTGTACCCAAATCTGTCATATGAATAACAATGGTCAAGTCTATTAAGCTTTTGCAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGTATGTATTTCATTTTTCACATATGGCACCTTGTTTGGTTTTCAGGCTTTCT
TTTTCCAATAACATCTTTTGAATGTTAACTGGTTTAAATATTCTTGTTGCCAGACACAATATGTCTAGAGTCTACTTTACTTGTTTGAAAACCTTGTTGTAGGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGTAATTACTTAAATTTGGCTGAAGAGTTTAC
CTTGTAGTATAGGATTTTCAACTTCAAAGAGGCCATTTTTTTTCTTTTTTGTTTAAGAAGTTAAATATTCTGACTATTTTGTATGATGCTTAGGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAAT
TGTCGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGG
Intron 8 GTTTGTCATG ... TTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 22.83 | 28 | 7 | 9.6 |
| A2 | 25 | 12 | 5 | 3 |
| A3 | 35.27 | 16 | 3 | 14.5 |
| A4 | 23.25 | 21 | 7 | 5.7 |
| A5 | 11.11 | 4 | 1 | 0 |
| A6 | 7.27 | 9 | 0 | 1.5 |
| A7 | 18.35 | 21 | 7 | 2.5 |
| A8 | 2.56 | 19 | 1 | 0 |
| A9 | 14.29 | 18 | 6 | 0 |
| A10 | 10.53 | 17 | 2 | 2 |
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i12 from sample A1 / Example spliced isoformTATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAATTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACC
TGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGGGAAGGAAACCGGAAGCCGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAA
ACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGGACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCA
TCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAAGAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAG
TTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGCTATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGT
TTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAA
GGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTG
AAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGAT
TCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAG
TGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGCCA
AGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGGTTTTCCTGTTAGTTGGGAGTCAGCGTAATGCTGTTGCATATGATGAAATGAATCGACCAAAGCTTCA
TAAAGCAGTGGTACTAGGAGATGCAATTTCAGATCTTCCTCCAGTAAAAAATTCTGAAAAGAGGGAAGAGCAGCCGTACAATAGGTCCAGTCGGACAGAATTTCAACATTTCATGCGCCTATCAAGAGAAGCCTTGGAAGGGAAAAATTGCGTCGAAACCAAAAAGCGAAAGCAAAGTATTTTTGACCATAAGCCTTTGG
AGTTGAATGAAGACGACCTCGAACGCACCCTTAAAATCCCAAAAAGAAAGGGAGCGAACTTTAGGGACCTTGAAGGTGTGATTATTCGTCCTGATAATACTGTGGAACTAGATGTAGAAAACAGAGTTATGCTTGCTTCAGGAAAACCTTTGGTTCCTGATTATGCCATTAGATATGTGCATGGACGATCATTGAGGCCC
TTTGGAAGACTATGGTGGGATGAGATTGTTCCAACTGTTGTGACTCGAGCTGAGCCTCACAATCAGGTTATATTACACCCGGAACAGGATCGTGTGCTCACAATTCGAGAAAATGCCCGTATACAAGGGTTTCCTGATTATTATAAATTATCTGGTACCGTGAGAGAAAGGTTAGATTTATCCCGTTTTGCCTATTGACA
TTTGGCAGCTGTTGTTATGGAACTTCAAGGAATTTGTTGCCCTGCATATTGTAATACCATAATTTGGTTTGATGTCACCTTCTAACGTTTGATGTCTGTTAAATAGATACGTACAAGTTGGAAACGCAGTTGCTGTACCAGTTGCTAGAGTATTAGGCTATGAACTTGGGCTTGCAATTAAAAAGCAGTGTGGAAATTCT
CCAGTGACTGAACTACCCAAGGAGTTCCCTCGATGTCTCATGGCTGCTTGCAAACAAATCCCAGCAGTCATAGAAGATGATTAGCAGTTGTGAGCTTTTGGTAGAAGGCGAAGTCAAGGGTGTTCCATAATATGCTGTAATTTATTCACTCAGTCCAGGGGTGTTTGTTACCAGGTTTATTGGCTTTTGGTTTTGCATAG
TAAAAACACAAAACGCATATGCCAGATTTTCTGAAAGACAATTCAAATCTGATTTTTCTGTAGCTAAAGTAATATTTTTAGGTTTTGATGTCAGATTTAGGTGTAGATAAAAGGTGAATTATAATACTGATCAGAATTGGACGATGGGAACACTCCTGAGAAAAGCTTTCTTTAGTTAGGTTTCGTGCATCATTTGTCGG
TTAATTAAGATGGTCTTTAATGCTGGAACTGATCCTTTTAGAACAAACGAATTGCGCTTATTATCCTTTATCTCAGCTAGTAATTCTAGTGATAAAAGGGGCCTAAAAATTCTTAGACGTTTGACAATTACAAAAATTAATTATTTTACTCTGTTGTTTAAGCACAAGTAACGATGCATTACATATCCAAGTCACTGGAA
GCCTGGGTGTCGTAGTATGTCTGAATGTGAATCAGTTGCCAGAGCAGCAAATTTT
>TRINITY_DN129393_c3_g1_i7 from sample A1 / Example unspliced isoform:ACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAACATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTT
GGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGCCTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTTCTTATTTTAT
CCAAGATATTTTCTCTATTGGGAATCAAATATCATATTTATGGTTCAGTTGGACACAATTGATGTTGTAATTTATTTGTCTTTAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTACAGAACATCAGT
TACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGGGCTGTGAG
GAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTTGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACC
ACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGgtttgtcatgtctatgttacattgtatttggcaaattttttggagagaaatgggtgattgaatttcaggggtgctagcattttttgtgtttacttttttt
gaggatgttcctagtagcattagaacataggtatttttggctgaggctttttatttgttgtagGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGAAACTTCCACCCTATCCTCTACCAACACATGATGTTGTTGTAAGAGGTGG
TTTTCCTGTTAGTTGGGAG
Intron 9 GTGTTTTTTA ... GCTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 4.35 | 22 | 2 | 0 |
| A2 | 3.23 | 15 | 1 | 0 |
| A3 | 27.27 | 20 | 9 | 6 |
| A4 | 29.41 | 12 | 8 | 2 |
| A5 | 50 | 6 | 6 | 6 |
| A6 | 5.26 | 9 | 1 | 0 |
| A7 | 3.7 | 26 | 1 | 1 |
| A8 | 0 | 13 | 0 | 0 |
| A9 | 6.12 | 23 | 3 | 0 |
| A10 | 1.89 | 26 | 1 | 0 |
>TRINITY_DN112465_c6_g2_i13 from sample A3 / Example spliced isoformTTCTTATTTTATCCAAGATATTTTCTCTATTGGGAATCAAATATCATATTTATGGTTCAGTTGGACACAATTGATGTTGTAATTTATTTGTCTTTAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCTAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGCATCAAATGCTA
CAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTA
ATGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAATTGTCGTATTTATGGATATTGTTGA
TTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGGTTTGTCATGTCTATGTTACATTGTATTTGGCAAATTTTTTGGAGAGAAATGGGTGATTGAATTTCAGGGGTGCTAGCATTTTTTGTG
TTTACTTTTTTTGAGGATGTTCCTAGTAGCATTAGAACATAGGTATTTTTGGCTGAGGCTTTTTATTTGTTGTAGGCCAAGCTTGGTTTGATGGTTGCTGGCTGCTATGGGTTACCTCAGTTTCGGATGCGAGCATTTTTGTGGGGTGCTTCCCCACTGGAGGTAACTATAAATTCATTAAATGTTTCTTGTCTTTCTCT
>TRINITY_DN112465_c6_g2_i11 from sample A3 / Example unspliced isoform:GAAAAATTGCACAGAGACAGCGAATGAAATCGTAAAGCGGGTGGTCACATGGCAGAGAGGAGTGGTTAAACGGGTATCAGAGATTCAGCATATAGTCTCCTCCGCGCTTTCGTTTCTTTCTGCGAAATATAGCGCTGGCCTTGGGGTTTTGTCTATACGAACTTCAAGGATAACGGATGCACGGCTTTAGCAGGGAAAAA
TTCTGCGTTATTTGAGCAAATTTCTGTGTTCTTTGAGCAAGTTTCTTTGCTCTTTAAGCTGCATTTGCATTTGGAAGGAATAATTTGTGAGATTCCGGAAAAATGAGGACTCGTGGCTCTTTTTACCTGGCCGCAGTCAGCAGCAGGACCAGAGGTGCCCCTGACCGTAAGGTCAGGGCCGAGAGAAGGAAACCGGAAGC
CGAAGAAATCATTGATTTGGATGAATCTGATTCCGAAAATAGAATTAGCAAGAAGCGGAGCAGAGAAGATGAGAAGAAGAAAACGAAAGAAGATGAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGGGCTCCAATGAAACTGTAACTGTAAAGGTAAATGGACTTGGAAATGACTCTAAAGCGGCCAAAGTCCAAGTAAATGTCGTAAAGG
ACTCCAAGCCGAGTAATGAGAATGTGAATTCACCTGATTCGAGGAAGAAACGTCTGAGGAAGACGTCCGGTTGCCGTTTAGCCGGAGATCCCTTCGACAAGTCTGAAGCGATGCGTAGATGGCCTCATCGCTACCCTTCCGAGGAGAGGGATCAAGCTCGAAGGAAGGCTAAAATTTCAACTCATGAGAACAGAGATGAA
GAAGATAAAGTTCTTATTCAGGCTGTTGCTCATTATCCAATGTCAAATGTTGATGGAGATATTTATGAACTTGGGGATTGTGTTCATATTAATTCTGATAATGGTCCTGACTATGTTGGAAGAATAGTTGAATTCTTCGAGGGCGTTGATGGAAATTGTTGGTTTACAGCTCAATGGTTTTATCGTCCCGGGGACACGGC
TATAGGGCAAGGTGAATCAAGAGAACATGATAAAAAGCGAGTATTCTTTTCAACAATGAAGGACGATAATTTGTTGGAATGCATAGGATTGAAAGTGAATGTCATTCATGTCCCTGCATTGACACGTTTTGAGTCTAAAGTAAAATCCATCCCACGTTGTGATTACTACTATGACATGGGTTATGATATTTCTTTTACAA
CATTTTATAATCTTCCTGATGAGAAGGCAGGTGTTGAAACATCCAGTAGTGACTCTGCATCAACGGTTTCGAGTGACGATCCATCAAATTTATTACTTAATACTACATCTAATGTCAGTTTGGAGAAGGGAAGCACAATTATTGAGCCAGAGCTAAGCTTACTTGATTTATACTCAGGTTGTGGAGCCATGTCAACGGGC
CTGTGTTTGGGCACTTCCCTATCAGGAGTAAAACTTGTCACGAGATGGGCAGTGGACCTAAACCAGCCTGCATGTGACAGCTTGAAATACAATCACCCAGAAACAGAGGTCCGAAATGAATCAACTGAAAATTTTCTGTTGTTGCTGAAAGAATGGGAAAAGCTATGCAAGAAGTATGTTGATTCTGGGGATTATGTAGC
ATCAAATGCTACAGAACATCAGTTACATGATGACTCCAATAATGGTGATAGTCAGAGTGATTCTGAGTTTGGTGATGATGAATATGAGGTGGAAGAATTAGTTGGCATTCGTTGGGGTACAGATGATTCTGGAAAAAGTGGTCTTCAATTCAAGgtgttttttaagcttgttactgcccctcatgaattcttatatttta
tatgggtttattctacaagaagagttgttaaatctgtacccaaatctgtcatatgaataacaatggtcaagtctattaagcttttgcagGTGCACTGGAAAGGATATGGAGAAGATGAGGATACATGGGAGACGTATGATAGTGTAATGTATGTATTTCATTTTTCACATATGGCACCTTGTTTGGTTTTCAGGCTTTCT
TTTTCCAATAACATCTTTTGAATGTTAACTGGTTTAAATATTCTTGTTGCCAGACACAATATGTCTAGAGTCTACTTTACTTGTTTGAAAACCTTGTTGTAGGGGCTGTGAGGAACTGCTAAAGGATTTTGTGAACCTTGGAAGAAGAAGGAGAATTCTACCACTACCTGTAATTACTTAAATTTGGCTGAAGAGTTTAC
CTTGTAGTATAGGATTTTCAACTTCAAAGAGGCCATTTTTTTTCTTTTTTGTTTAAGAAGTTAAATATTCTGACTATTTTGTATGATGCTTAGGGCGATGTTGATGTTATTTGTGGTGGCCCACCTTGTCAAGGTGCCAGTGGTTTCAATCGGTTTCGGAATGTCGATGCTCCTCTAGATGATCCTCGAAACCATCAAAT
TGTCGTATTTATGGATATTGTTGATTATCTAAGACCACGGTTTATATTGATGGAAAATGTAGTGGATATACTGAAATTTGCCGGGGGTTTGTTAGGGCGATATGCCTTGAGTCGTCTTGTGAAGATGCATTACCAGG