sp|P41099|RLA2_PARAR ----> Large ribosomal subunit protein P2

Intron 1 GTAATGGCGT ... CTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	26.74	311.3	60.3	106
A2	21.76	321.9	66.6	84
A3	25.91	392.1	79.6	128
A4	25.11	306.4	63.8	97
A5	22.57	245.9	50.7	68
A6	21.81	6104.7	1154.1	1601
A7	22.54	3877.6	710	1057
A8	23.71	4236.3	764.7	1229
A9	21.83	4021.4	726.3	1049
A10	23.89	2608.7	487.3	766

>TRINITY_DN109599_c0_g1_i2 from sample A3 / Example spliced isoform

TAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATTATAGAGGA
ACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATC
GAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGA
TGAGGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGGTGCTTACAATTTGCCTTCAAGAATTGGTCTCTTGTATCATGACTTGAAAAGAGTGAACTCAGCTCAAGGCAGATGGATCCAGGAAGGCTCAACTTTGGGCAATATGCAAACTTCAAGAGCCAAAGCAGTATTCCATTGCCTTTTTCTCTTTTAAAACAAAACTCGT
GAACTTGACAATGTTGTGATTTCCAATGCACTACTTAACCTTGCCAAAGCAAGTTTATTTGGGATCAGGTAGCAAGGAGAATTTGGAAACTGACAGTGTACACTCATTCCAAAACCCAAGATTTTCTAGTCCGTGGCAATTGTTGAAGCCACAGATTTGGAGTCTGGAAGAAATGCCTTGTGCAGAACAAGCTATGGATG
ATATACAATTAAAAATATTCTTTACATTTAAGAGCTGATGAAGCGAGACATGTCATTATCTGTTACAGGTTCACTTTGCAGTGTCTTTTCATTGGGTAGTTTAAGTGTATCATTGTCATCTTGCTGTCAACCAAGTACTGGAGTTTTGTCATCACATTTTCTAGCCACTAAATTCTTGACGTTCTCCCTTTCCCCGTCTC
CATTTTACTATCAAAGTTGCAATTAGAATTACCTTGGTCACATTCCCTTCAATTTTTTGAAAAAGATCTCGTATCTTTCTGTGGTCTGCATATATATTGCTTCAGCTCATCAATGAAAAGTCCTTGCTTTTTATCAAATATTGATATCTGGCAATTACTTGGTGACCCTTGCACAAAGTGAGATTCTTGCTTGTTTCATT
GTGTGGGTTATATGTTTAAATCGGACTTGTGAAACTGCTGATCAAGATTGCATTGTCACAATGGCCTGGGTTTTTCCAGATCTCTTAGGTCAAGGGCAGGCATTACTTCCACTTAAAGTTTGTTTCTTCATGAGATGCATTACAGGCCTGACCGGAGGAACTCATGGATTCTGAACTCATCTAGAATCCAAGTTCAGTGG
ATGCCCACTGCAAAGCCCGCAGCAATGTGAAGAATCAAATCATTTGCCACAAGACATTTTAACTGTGCTCAAAACCTCTGGTATGTTTGTGTCTTCTGGGCTTGTGCTGTATGCCCTTATCTCTCTTCATCACCGACTGCCATTGACAACTTACAAACCCTCAATTATGTTTATGGCCATATGTAAATGCTGTGAAATTG
GGGAAATTTG

>TRINITY_DN109599_c0_g1_i3 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATTATAGAGGA
ACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATC
GAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGA
TGAGgtaatggcgtggatcgatttttataacaatttgtaaactttattgtccagggtttcggttttatatcattgcaatatttcttaaagtatcagatgccagtgattatgtttctgcaagttttactgagaggtattaagcagtttggtttggagagacttacttttttgttgtctgtttgcagGATATGGGATTCAGT
TTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGGAGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGAGCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCAATGAAGAAAAACATAGTTTTGATTGAATGATATTCAATGGA
TATATTTTTTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATGGCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTTTTAGTGAATCCGTGAAGAGTTAACTTTTGAGAGGCCCATGA
GAATGCAATTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCTAAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTTTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCTCCACTTTTGATGTCTTTTTATTAGATTGCTCCTCTCCTATT
ACCGTTCTTATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTCTTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATATGCTACAAAAGTGTTAAGTTGCCAAATGTTTGTTGCTCTGGGTTTCAGCATTGCTTGCGATTTGGAGGATGAAGATTGTCTCTTGTGTGT
TATTTTAAATTCGAAGCATTATGGTCTCTGAAGCAACCCGGAAGACTTTAAATGATTTGGTTCCAGATAAGAAACATTTGAAAAAGATGGCTCATTGTCTGAATGTTGTGCTAGGAACCACGGTAGAATTAAAGTATTTGCTCTAGTAGTGCAAATCTCTAAACCAACTGCTTGAGCAGAAACAACTTCTCATTTTATTT
TTTATATATGAATGAGAAAAGTGATTGTAGGTCTAGTTGATGGGATTTCAACCAGTTCTGTATTTGAGAATCTTATATCTATTTTTTTAACAAAGGACACCTACATATACATATAGATTGTAGGTTTTTCATTAACTGCCACTATAACTGTGTCACATGGTGAATAAGTATTGAGCAAGTATTCATGGCATTTTATATTG
GCCGACTGGCTTAAAAAATGACCTTAGGCAATGGAGAAATGGGATTGGTTCTGTTCACAGATCTTAAAATCAAGGTTGAAATAGAGCGGAAAATCTCATCTTGAAGGGCAAGAGAGTCTGGAAGATCTGCTGTTCTTTCTGCATTGAGTTACAAAATATCTTTTTGGGGATGGAGATTGAATTCCAGTCTGTTCTATATT
TGAGAAGCTTACATGCACATTCTTATACAAAGGACATAGATATAACATATAACTTTCAGCATTTCATTATATTGGGACCATTCCACCCATGTTAATTGAGCACTTGTGAACAACCAATTTTATTGGCCCATCTGACGCTGCAACTAGATTAGTCTCTTTGGAAGTAGAGCAAATGTAGTACACAAGAGCAGAGTTCCCCA
ATGGTTCCACCTCATTTTGAGAGGCCCTTGTTGCAAGAATCCAATGGCCTTGTGGAAATTGAATTATTTCTTTTGATAGATCCTAAATGAAGTTGAAAAAGGCTGTAGGATCTCACCTTGAACTGCAATATTTACCGGTTTTAGTTTGGACAGTATGCAATGATATATCCTGGGAATTTTGCTTGCAATATAAATGTGTA
GTCTAGGATTTAGATGACCAGTCTATGAGAGCAGCTAATGGGTGTGTTGAAGCAAATTTATACATGCATGATGTCATCCTTACACATTGTACACTAATTTTGTAGTTTCACAAGGACCTTGGATTAGGATTTAAATATTTTGAGATTTTGTCCAAAAAGTACATGGGAGTTCCATGTGGACAATTCATTAGCATGTAAAA
ATGAGAAGGCTTTGAGTTGAAGGCAACTTATATTGTAATGCTTGCAATTATTGCTTTTTGTTAAAAATCAATCAAGTTGCAGTATTTCTTTGATTGCAATTTTTTCCATTTTCCTAGTTGGATTACTCTTGATGGGCTTCCGAGAATATGCTGTTCTAGAAAGTGTTTTACGCTC

Intron 2 GTACCCATTT ... TGTTTGACAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	7.47	570	76	46
A2	4.34	705	122	32
A3	7.66	856	130.2	71
A4	8.92	592	84.7	58
A5	9.35	533	92.5	55
A6	6.81	9740	1359.9	712
A7	6.48	6923	990.6	480
A8	8.01	5636	756.3	491
A9	6.88	7033	960.5	520
A10	6.69	5693	865.4	408

>TRINITY_DN114887_c0_g1_i1 from sample A1 / Example spliced isoform

CCCCTCATAGGCAGGAAATAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATC
TTTCGCACATTATAGAGGAACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGTTGGAGCGGA
TGGTGATGACGATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGG
TTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGGAGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGAGCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCA
ATGAAGAAAAACATAGTTTTGATTGAATGATATTCAATGGATATATTTTTTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATGGCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTT
TTAGTGAATCCGTGAAGAGTTAACTTTTGAGAGGCCCATGAGAATGCAATTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCTAAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTCTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCT
CCACTTTTGATGTCTTTTTATTAGATTGCTCCTCTCCTATTACTGTTCTTATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTCTTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATATGCTACAAAAGTGTTAAGTTGCCAAATGTTTGTTGCTCTGGGTTTTAGC
ATTGCTTGCGATTTGGAGGATGAAGATTGTCTCTTGTGTGTTATTTTAAATTCGAAGCATTATGGTCTCTGAAGCAACCCGGAAGACTTTAAATGATTTGGTTCCAGATAAGAAACATTTGAAAAAGATGGCTCATTGTCTGAATGTTGTGCTAGGAACCACGGTAGAATTAAAGTATTTGCTCTAGTAGTGCAAATCTC
TAAATCAACTGCTTGAGCAGAAACTTCTTATTTTATTTTTTATATATGAATTAGAAAAGTGATTGTAGGTCTAGTTGATGGGATTTCAACCAGTTCTGTATTTGAGAATCTTATATCTATTTTTTTTAAACAAAGGACACCTACATATACATATAGATTGTAGGTTTTTCACTAACTGCCACTATAACTGTGTCACATGG
TGAATAAGTATTGAGCAAGTATTCATGGCATTTTATATTGGCCGACTGGCTTAAAAAATGACCTTAGGCAATGGAGAAATGGGATTGGTTCTGTTCACAGATCTTAAAATCAAGGTTGAAATAGACCGGAAAATCTCATCTTGAAGGGCAAGAGAGTCTTGAAGATCTCCTGTTTTTTCTGCATTGAGTTACAAAATATC
TTTTTGTGGCTGGAGATTGAATTCCAGT

>TRINITY_DN114887_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:

CCCCTCATAGGCAGGAAATAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATC
TTTCGCACATTATAGAGGAACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGgtacccattt
ctatccttttcctcgtctaatagccacacgttttgttataattctccaaaaggatcttttgggcttctttaattataatggggttaggcttccggcctgtagactgccgaccttaggcctttgagggtcgtggtacattgggtgctggccttagggtttttgcgtatgtagtttcgatcttagggttttaaacgttttct
catttagactgctgatctcaggcttaaagggtctctgcgtctagattgctgatcttaggttttaagggtctctgcgtctagactgctgatatcaggttttaagggtctctgcgtttagactgccgatcttagggtgttaagggtttttccgtctagattgcggatcttggggttttaatgatttcgtcatgttgggtgtt
gatctgagggtttaaagggttttcgcattcataatgctggactctggagttttaaagattgcgacatgtagggtgctgatcatagtgttttcagggtttcccattcagactactgatcttggggttttaagtgtttgacagTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAA
GACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGGATATGGGATTCAGTTTGTTTGA
TTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGGAGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGAGCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCAATGAAGAAAAACATAGTTTTGATTGAATGATATTCAATGGATATATTTT
TTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATGGCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTTTTAGTGAATCCGTGAAGAGTTAACTTTTGAGAGGCCCATGAGAATGCAA
TTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCTAAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTCTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCTCCACTTTTGATGTCTTTTTATTAGATTGCTCCTCTCCTATTACTGTTCT
TATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTCTTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATATGCTACAAAAGTGTTAAGTTGCCAAATGTTTGTTGCTCTGGGTTTTAGCATTGCTTGCGATTTGGAGGATGAAGATTGTCTCTTGTGTGTTATTTTAA
ATTCGAAGCATTATGGTCTCTGAAGCAACCCGGAAGACTTTAAATGATTTGGTTCCAGATAAGAAACATTTGAAAAAGATGGCTCATTGTCTGAATGTTGTGCTAGGAACCACGGTAGAATTAAAGTATTTGCTCTAGTAGTGCAAATCTCTAAATCAACTGCTTGAGCAGAAACTTCTTATTTTATTTTTTATATATGA
ATTAGAAAAGTGATTGTAGGTCTAGTTGATGGGATTTCAACCAGTTCTGTATTTGAGAATCTTATATCTATTTTTTTTAAACAAAGGACACCTACATATACATATAGATTGTAGGTTTTTCACTAACTGCCACTATAACTGTGTCACATGGTGAATAAGTATTGAGCAAGTATTCATGGCATTTTATATTGGCCGACTGG
CTTAAAAAATGACCTTAGGCAATGGAGAAATGGGATTGGTTCTGTTCACAGATCTTAAAATCAAGGTTGAAATAGACCGGAAAATCTCATCTTGAAGGGCAAGAGAGTCTTGAAGATCTCCTGTTTTTTCTGCATTGAGTTACAAAATATCTTTTTGTGGCTGGAGATTGAATTCCAGT

Intron 3 GTAATGGCGT ... CTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.4	387.5	105	106
A2	20.39	390.5	116	84
A3	21.6	484.5	139	128
A4	21.69	375.5	111	97
A5	20.8	295	87	68
A6	19.77	7424.5	2058	1601
A7	19.66	4736.5	1262	1057
A8	19.89	5217.5	1362	1229
A9	19.24	4923	1297	1049
A10	20.3	3200.5	864	766

>TRINITY_DN116075_c2_g2_i3 from sample A2 / Example spliced isoform

TGGGAAATAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATT
ATAGAGGAACAAAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGTTGGAGCGGATGGTGATGACG
ATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAG
GAGTCTGATGAGGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGGAGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGACCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCAATGAAGAAAAACAT
AGTTTTGATTGAATGATATTCAATGGATATATTTTTTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATGGCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTTTTAGTGAATCCGTG
AAGAGTTAACTTTTGATAGGCCCATGAGAATGCAATTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCTAAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTTTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCTCCACTTTTGATGTC
TTTTTATTAGATTGCTCCTCTCCTATTACTGTTCTTATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTCTTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATATGCTACAAAAGTGTTAAGTTGCCAAATGTTTGTTGCTCTGGGTTTTAGCATTGCTTGCGATTT
GGAGGATGAAGATTGTCTCTTGTGTGTTATTTTAAATTCGAAGCATTATGGTCTCTGAAGCAACCCGGAAGACTTTAAATGATTTGGTTCCAGATAAGAAACATTTGAAAAAGATGGCTCATTGTCTGAATGTTGTGCTAGGAACCACGGTAGAATTAAAGTATTTGCTCTAGTAGTGCAAATCTCTAAATCAACTGCTT
GAGCAGAAACTTCTTATTTTATTTTTTATATATGAATTAGAAAAGTGATTGTAGGTCTAGTTGATGGGATTTCAACCAGTTCTGTATTTGAGAATCTTATATCTATTTTTTTAACAAAGGACACCTACATATACATATAGATTGTAGGTTTTTCATTAACTGCCACTATAACTGTGTCACATGGTGAATAAGTATTGAGC
AAGTATTCATGGCATTTTATATTGGCCGACTGGCTTAAAAAATGACCTTAGGCAATGGAGAAATGGGATTGGTTCTGTTCACAGATCTTAAAATCAAGGTTGAAATAGACCGGAAAATCTCATCTTGAAGGGCAAGAGAGTCTTGAAGATCTCCTGTTTTTTTCTGCATTGAGTTGCAAAATATCTTTTTGTGGCTGGAG
ATTGAATTCCAGTCAGTTCTATATTTGAGAAGCTTACATGCACATTCTTATACAAAGGACATAGATATAACATATAACTTTCAGCATTTCATTATATTGGGACCATTCCACCCATGTTAATTGAGCACTTGTGAACAACCAATTTTATTGGCCCATCTGACGCTGCAACTAGATTAGTCTCT

>TRINITY_DN116075_c2_g2_i1 from sample A2 / Example unspliced isoform:

TGGGAAATAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATT
ATAGAGGAACAAAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGTTGGAGCGGATGGTGATGACG
ATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAG
GAGTCTGATGAGgtaatggcgtggatcgatttttataacaatttgtaaactttattgtccagggtttcgggtttatatcattgcaatatttcttaaagtatcagatgccagtgattatgtttctgcaagtttttctgatgaggtaatggcgtggatcgatttttataacaatttgtaaactttattgtccagggtttcgg
gtttatatcattgcaatatttcttaaagtatcagatgccagtgattatgtttctgcaagttttactgagaggtattaagcagtttggtttggagagacttacttttttgttgtctgtttgcagGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGG
AGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGACCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCAATGAAGAAAAACATAGTTTTGATTGAATGATATTCAATGGATATATTTTTTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATG
GCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTTTTAGTGAATCCGTGAAGAGTTAACTTTTGATAGGCCCATGAGAATGCAATTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCT
AAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTTTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCTCCACTTTTGATGTCTTTTTATTAGATTGCTCCTCTCCTATTACTGTTCTTATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTC
TTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATATGCTACAAAAGTGTTAAGTTGCCAAATGTTTGTTGCTCTGGGTTTTAGCATTGCTTGCGATTTGGAGGATGAAGATTGTCTCTTGTGTGTTATTTTAAATTCGAAGCATTATGGTCTCTGAAGCAACCCGGAAGACTTTAAATGATTTGGTT
CCAGATAAGAAACATTTGAAAAAGATGGCTCATTGTCTGAATGTTGTGCTAGGAACCACGGTAGAATTAAAGTATTTGCTCTAGTAGTGCAAATCTCTAAATCAACTGCTTGAGCAGAAACTTCTTATTTTATTTTTTATATATGAATTAGAAAAGTGATTGTAGGTCTAGTTGATGGGATTTCAACCAGTTCTGTATTT
GAGAATCTTATATCTATTTTTTTAACAAAGGACACCTACATATACATATAGATTGTAGGTTTTTCATTAACTGCCACTATAACTGTGTCACATGGTGAATAAGTATTGAGCAAGTATTCATGGCATTTTATATTGGCCGACTGGCTTAAAAAATGACCTTAGGCAATGGAGAAATGGGATTGGTTCTGTTCACAGATCTT
AAAATCAAGGTTGAAATAGACCGGAAAATCTCATCTTGAAGGGCAAGAGAGTCTTGAAGATCTCCTGTTTTTTTCTGCATTGAGTTGCAAAATATCTTTTTGTGGCTGGAGATTGAATTCCAGTCAGTTCTATATTTGAGAAGCTTACATGCACATTCTTATACAAAGGACATAGATATAACATATAACTTTCAGCATTT
CATTATATTGGGACCATTCCACCCATGTTAATTGAGCACTTGTGAACAACCAATTTTATTGGCCCATCTGACGCTGCAACTAGATTAGTCTCT

Intron 4 GTACCCATTT ... GTGTTTTCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	44.44	135	108	18
A2	45.67	207	174	21
A3	43.62	243	188	10
A4	45.32	146	121	19
A5	44.56	163	131	17
A6	43.78	2521	1963	38
A7	44.08	1814	1430	28
A8	43.49	1419	1092	23
A9	43.4	1809	1387	18
A10	43.81	1603	1250	12

>TRINITY_DN109599_c0_g1_i4 from sample A3 / Example spliced isoform

TAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATTATAGAGGA
ACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGGGTTTCCCATTCAGACTACTGATCTTGGG
GTTTTAAGTGTTTGACAGTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAGCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCG
CCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGG

>TRINITY_DN109599_c0_g1_i1 from sample A3 / Example unspliced isoform:

TAGGAAACAGAAATAGCGACAATACCTATATTTGGTGTGTAATATCTTGATACGAACTTTCATTTTAAAAGAAGTCATTGCATAAAGTGGTTAACTAAACCCTAGTTGCCTAAACCCTGGGCGTAGCGTAGTGCGTTCTAGGGTTTTGTTATATGACTAGGGTTTCGTAATTGGTCATATCTTTCGCACATTATAGAGGA
ACAGAGTGGAACGTTAGCTCTGCATTGGTTGTGCTTGCACTTGTGGAGTGGAGTGAAGAAAGCAGCGGAACCAGAGGGCGAGGATGAAGGTTGTGGCGGCCTACCTGCTTGCTGTACTGGGGGGCAATACCAGTCCCTCTACAGACGACATCAAATCCATTCTCGGCTCAGgtacccatttctatccttttcttcgtcta
atagtcacacgttttgttataattatccataaggatcttttgggcttctttaattataatggggttaggcttctggcctgtagactgccgaccttaggcctttgagggtcgtggtacattgggtgctggccttagggtttttgcgtatgtagtttcgatcttagggttttaaacgttttctcatttagactgctgatctc
aggcataaagggtctctgcgtctagatttctgatcttaggttttaagggtctctgcgtctagactgctgatatcaggttttaagggtctctgcgtttagactgccgatcttagggtgttaagggtttttccgtctagattgcggatcttggggttttaatgatttcgtcatgttgggtgttgatctgagggtttaaaggg
ttttcgcattcataatgctggactctggagttttaaagattgcgacatgtagggtgctgatcatagtgttttcagGGTTTCCCATTCAGACTACTGATCTTGGGGTTTTAAGTGTTTGACAGTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATAG
CGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGG

Intron 5 GTAATGGCGT ... CTGTTTGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	29.16	270.5	0	106
A2	23.48	287.5	5	84
A3	28.29	342	5	128
A4	27.44	267.5	4	97
A5	23.88	224	0	68
A6	23.62	5421	1	1601
A7	24.41	3438	4	1057
A8	25.82	3716.8	2	1229
A9	23.71	3556.8	1	1050
A10	25.9	2301.8	3	766

>TRINITY_DN46291_c5_g4_i1 from sample A7 / Example spliced isoform

AATAGTCACACGTTTTGTTATAATTATCCATAAGGATCTTTTGGGCTTCTTTAATTATAATGGGGTTAGGCTTCTGGCCTGTAGACTGCCGACCTTAGGCCTTTGAGGGTCGTGGTACATTGGGTGCTGGCCTTAGGGTTTTTGCGTATGTAGTTTCGATCTTAGGGTTTTAAACGTTTTCTCATTTAGACTGCTGATCT
CAGGCATAAAGGGTCTCTGCGTCTAGATTTCTGATCTTAGGTTTTAAGGGTCTCTGCGTCTAGACTGCTGATATCAGGTTTTAAGGGTCTCTGCGTTTAGACTGCCGATCTTAGGGTGTTAAGGGTTTTTCCGTCTAGATTGCGGATCTTGGGGTTTTAATGATTTCGTCATGTTGGGTGTTGATCTGAGGGTTTAAAGG
GTTTTCGCATTCATAATGCTGGACTCTGGAGTTTTAAAGATTGCGACATGTAGGGTGCTGATCATAGTGTTTTCAGGGTTTCCCATTCAGACTACTGATCTTGGGGTTTTAAGTGTTTGACAGTTGGAGCGGATGGTGATGACGATAAAATCGAATTTCTGTTGAGTCAGCTTGAAGGCAAAGACATAACAGAAGTGATA
GCGTCGGGAAGGGAGAAATTTGCTTCGGTCCCTTCAGGTGGAGGGGTGGCCGTAGCGGTTTCCGGCGGCGGCGGCGGCGGAGCTCCTGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGAGGCTAAGAAAGAAGAGAAGGTTGAAGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATC
ACCCAGATGGGTGCTTACAATTTGCCTTCAAGAATTGGTCTCTTGTATCATGACTTGAAAAGAGTGAACTCAGCTCAAGGCAGATGGATCCAGGAAGGCTCAACTTTGGGCAATATGCAAACTTCAAGAGCCAAAGCAGTATTCCATTGCCTTTTTCTCTTTTAAAACAAAACTCGTGAACTTGACAATGTTGTGATTTC
CAATGCACTACTTAACCTTGCCAAAGCAAGTTTATTTGGGATCAGGTAGCAAGGAGAATTTGGAAACTGACAGTGTACATTAATTCCAAAACCCAAGATTTTCTAGTCCGTGGCAATTGTTGAAGCTACAGATTTGGAGTCTGGAAGAAATGCCTTGTGCAGAACAAGCTATGGATGATATACATACAATTAAAAATATT
CTTTACATTTAAGAGCTGATGAAGCGAGACATGTCATTATCCGTTACAGGTTCACTTTGCAGTGTCTTTTCATTGGGTAGTTTAAGTGTATCATTGTCATCTTGCTGTCAACCAAGTACTGGAGTTTTGTCATCACATTTTGTAGCCACTAAATTCTTGACGTTCTCCCTTTCCCCGTCTCCATTTTACTATCAAAGTTG
CAATTAGAATTACCTTGGTCACATTCCCTTCAATTTTTTGAAAAAGATCTCGTATCTTTCTGGTGGTCTAACTATATATTGCTTCAGCTCATCAATGAAAAGTCCTTGCTTTTTATCAAATATTGATATCTGGCAATTACTTGGTGACCCTTGCACAAAGTGAGATTCTTGCTTGTTTCATTGTGTGGGTTATATGTTTA
AATCGGAC

>TRINITY_DN46291_c5_g4_i4 from sample A7 / Example unspliced isoform:

AGAAAAGGAGGAGTCTGATGAGgtaatggcgtggatcgatttttataacaatttgtaaactttattgtccagggtttcggttttatatcattgcaatatttcttaaagtatcagatgccagtgattatgtttctgcaagttttactgagaggtattaagcagtttggtttggagagacttactttttttgttgtctgttt
gcagGATATGGGATTCAGTTTGTTTGATTAAGGTGGTGAAGCCGTATCACCCAGATGGTACCATTATTTTGTTGTAGGAGGAGACTTAGTTTAGTTTAATTTATTTCCGTTGTTTGTAATACAAATTTGTTGGCATTGGGACCCAGCAACTGAGATATATTCATGACTTATATCGGCAATGAAGAAAAACATAGTTTTGA
TTGAATGATATTCAATGGATATATTTTTTGGCTAATTGAGCATCATTTTTCAATGAAGATTGGTGTAGTTTTAAATGAATGGCATGGAAATCAATGTCGCTAGGAATTGTATCTATTTTATCATTTTGTATGCCTTTTGTAATAGTAATAATGCAGTTTTGTTTGTGTATTGTTAGTTTTAGTGAATCCGTGAAGAGTTA
ACTTTTGATAGGCCCATGAGAATGCAATTGCGTTTTCCTTTTCCTCCATTTCATTATCCAGATTGGAATCAGAATTACTCTAAACTGGTTTTAGTGTTTCTTCATCACATTACTTGGTTATGGAAGTGTTTTTAAAGGAAATTACTGATTTTCTCAATCCTTAGCAATGCATGTAGCTCCACTTTTGATGTCTTTTTATT
AGATTGCTCCTCTCCTATTACTGTTCTTATGCTCCAATGCATGTTAACAGTGCCCTGTGATTTGTTGGAACATTCCTCGTCTTCAAGAGGATGAAAATGGTCTCATTAACCTAGGTCTGATACATTATAT