sp|Q9M2J9|BET11_ARATH ----> Bet1-like SNARE 1-1

Intron 1 GCAAGTGTCA ... TTTGAAGCAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	78.81	46	5	171
A2	79.22	69	3	249.8
A3	79.67	75.5	11	277.3
A4	81.63	51.5	1	212.3
A5	81.42	27.5	0	123.3
A6	80.54	551.5	38.5	2235.5
A7	78.51	420	20.5	1550.5
A8	78.5	304	17	1070.8
A9	78.71	554.5	25.5	1967.3
A10	80.06	348	16.5	1412.8

>TRINITY_DN36768_c0_g2_i4 from sample A9 / Example spliced isoform

ATTTTACCAGTGGGATGAATTGTAACGCTTCATCGAGTTTAAAGGAGTTGAAAATTGAAAAAAGCGAAGCAGAGGGAGGAAGCTTCACAACTAACGAAGAACAGTAAAGCATGAATTCTCGAAGGGATTATCGTACAAGTCGAAATGCATTGTTTGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCCTCATCTTTTGCC
ACCAATGAAATTGCTGAGCATGACAATGAGCATGCTGTTGACGGACTTCAGGATAGAGTTAGCATACTGAAGCGGTTGACAGCCGACATTCATGAGGAAGTTGATAGTCAAAACCGGTCATTAGATCGCATGGGCAACGATATGGATGCATCAAGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAAGAAAGTTTTTGA
AACAAAGTCAAGTCGAAACATGATTACATTGATCACATCCTTTGTGGTGCTGTTTCTTTTGATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCATGATGTAAATCTTGAGAATGTTTCCCTTGGTGAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCATATAGCAGTGGAGTAGATACACTTCATATGAAAAATGTGAATCTTCTACC
TCTAGGCAAGGTAATTGCAGAGCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCATCAATATCATCTGTAAAGGAGGTCTGTTGCTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTTTGATCTGCTTTTGCACAAAATCTATACTCTTGTAGCGAACACATTTCTGTATGTAATTAATATTTACGTCAATGGATCTCAAGCTTGTAT
TGGCAGCCTTTGTAACTGCCCATTTGATGTGGAGGTTGGTTGTGAAAATCTTTGTTTAATTGTTGTTTACAATGGATCTCCTTTTGAGTATTTTTAGATGGCTTTGTATTATAGGATCCAGGTTATGGATAAATGAATTGTTAGTGATGAAACACCTGAAGGGTGCAGTAGAAAAATGTGTAGTTCATACTTCAATAAAG
TGCAAAAATGATGAGCTGC

>TRINITY_DN36768_c0_g2_i2 from sample A9 / Example unspliced isoform:

AAGGAGTTGAAAATTGAAAAAAGgcaagtgtcaatcatacacttgttcctattccatcttccttcatccaacccaagataaaaacaatttgccataagatacgcatagacaaacgtcgggatcgggataattgatggacttgcttttgaattgatatcatttgaagcagCGAAGCAGAGGGAGGAAGCTTCACAACTAAC
GAAGAACAGTAAAGCATGAATTCTCGAAGTAAACTCAGGCTAGATCATGTGGGCACATAGAAGTGCCGGCTTCTTTCTTTATGTCATATGGACTAGCGATTTTCTTCATTGGTGGTTATGACTAATAGAGGGATTATCGTACAAGTCGAAATGCATTGTTTGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCCTCATCT
TTTGCCACCAATGAAATTGCTGAGCATGACAATGAGCATGCTGTTGACGGACTTCAGGATAGAGTTAGCATACTGAAGCGGTTGACAGCCGACATTCATGAGGAAGTTGATAGTCAAAACCGGTCATTAGATCGCATGGGCAACGATATGGATGCATCAAGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAAGAAAGT
TTTTGAAACAAAGTCAAGTCGAAACATGATTACATTGATCACATCCTTTGTGGTGCTGTTTCTTTTGATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCATGATGTAAATCTTGAGAATGTTTCCCTTGGTGAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCATATAGCAGTGGAGTAGATACACTTCATATGAAAAATGTGAATCT
TCTACCTCTAGGCAAGGTAATTGCAGAGCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCATCAATATCATCTGTAAAGGAGGTCTGTTGCTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTTTGATCTGCTTTTGCACAAAATCTATACTCTTGTAGCGAACACATTTCTGTATGTAATTAATATTTACGTCAATGGATCTCAAGC
TTGTATTGGCAGCCTTTGTAACTGCCCATTTGATGTGGAGGTTGGTTGTGAAAATCTTTGTTTAATTGTTGTTTACAATGGATCTCCTTTTGAGTATTTTTAGATGGCTTTGTATTATAGGATCCAGGTTATGGATAAATGAATTGTTAGTGATGAAACACCTGAAGGGTGCAGTAGAAAAATGTGTAGTTCATACTTCA
ATAAAGTGCAAAAATGATGAGCTGC

Intron 2 GTTACGTACA ... TTTGACGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.29	5	0	9
A2	47.06	18	2	16
A3	60	4	1	6
A4	50	6	3	6
A5	75	1	0	3
A6	43.69	58	0	45
A7	55.36	25	0	31
A8	44.74	21	2	17
A9	49.43	44	0	43
A10	54.05	17	1	20

>TRINITY_DN38812_c0_g1_i12 from sample A8 / Example spliced isoform

GCTTAAACAGAATTATCTGTGCAAAAGAAGAAAAAGGGATCTTAGAATTTAGCTCGTCTTTATGTGCCTCGAGATTAGAAAAATCGTTTGATATTTGATCAGCTTTATTGAATTATTATCAGCGGCCTAATTGAATGCTGTTTTTCATGGGAATCGTGATCAATCTGTAAGCTGCGGTCATGGGCCGAGCAATTACGCAT
CAGAATCTGAGGGATTATCGTATGAGTCGAAATGCGTTGTTGGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCCTCATCTTTTCCCACCCATGAGATTTCTGAGAATGACAATGAGTATGCTGTTAATGGACTTCAGGACAGAGTTAGCATACTGAAACGGTTGACAGCTGACATTCACGAGGAAGTTGATAGTCAAAA
CTGGTCATTGGATCGCATGGGAAATGACATGGATGCATCGCGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAAGAGAGTTTCTGAAACGAAGTCAAGTAGAAACATGATTAAATTGATCATATCCTTTGTGTTGCTGTTTCTTTTTATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCAGAATGTAAATCTCGAGGATGT
TTCCCTTGTTGGATAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCTTATTGCAGTGGAGTAGATATACTTAGTATGAAAACTGTGCATCTTCTGCCTCCAGGCAATGTAATTGCAGATCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCAGCAATATCATATGTAAATGAGATCTGGTGGTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTT
TAGTCTGCTTTTGCACAAAATCTGTACTCTTGGAGCGGACACATTTCTGTTTGTGATTAATATTTACATCAATGGATCTCAAGCTTGTATTGACAGCCTTTGTAACTGCCCGTTTGATGTGGGGCTTGGTTGAAAAAATCTATGCTTAGTTAGTCCTCTATTGTTTTTTTTTCTAAAACTGAAAGGATCTTTTTCTATTA
AAAATGAGCTGCAGCCTCGCCATCCAGCATGCTAATACGAAATGGGGAGCAGGGTATTGTCATGCTTATCCAAAAAGAGTAAAGAAAGTAATCTGCTCTTCTTCCTGACTTATCTAGCTTACTGATGGTGCTTCTAAAACTTCCTATCCGC

>TRINITY_DN38812_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTTAAACAGAATTATCTGTGCAAAAGAAGAAAAAGGGATCTTAGAATTTAGCTCGTCTTTATGTGCCTCGAGATTAGAAAAATCGTTTGATATTTGATCAGCTTTATTGAATTATTATCAGCGGCCTAATTGAATGCTGTTTTTCATGGGAATCGTGATCAATCTgttacgtacaaggtttaagattggatttctgtat
ttttttcgtaaaaaattaactgctatcttcgcacatctgtctaaaggtagtttcgtagcctattttctcagtccaggccggcattagttctagtcactagtctgtttaaagctaactgggtaataaaaacatttgaaccttccagagtattctagcctcggtgggaaagctgaaacgctcgttctatgtgatggttcact
ggctttgagttagaaaatttccgtattttataagtgtcaaggtcttgctgcttcgtactgaattcgcttcgtcaattttaatttgacgaagGTAAGCTGCGGTCATGGGCCGAGCAATTACGCATCAGAATCTGAGGGATTATCGTATGAGTCGAAATGCGTTGTTGGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCC
TCATCTTTTCCCACCCATGAGATTTCTGAGAATGACAATGAGTATGCTGTTAATGGACTTCAGGACAGAGTTAGCATACTGAAACGGTTGACAGCTGACATTCACGAGGAAGTTGATAGTCAAAACTGGTCATTGGATCGCATGGGAAATGACATGGATGCATCGCGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAA
GAGAGTTTCTGAAACGAAGTCAAGTAGAAACATGATTAAATTGATCATATCCTTTGTGTTGCTGTTTCTTTTTATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCAGAATGTAAATCTCGAGGATGTTTCCCTTGTTGGATAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCTTATTGCAGTGGAGTAGATATACTTAGTATGAAAAC
TGTGCATCTTCTGCCTCCAGGCAATGTAATTGCAGATCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCAGCAATATCATATGTAAATGAGATCTGGTGGTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTTTAGTCTGCTTTTGCACAAAATCTGTACTCTTGGAGCGGACACATTTCTGTTTGTGATTAATATTTACATCAATGG
ATCTCAAGCTTGTATTGACAGCCTTTGTAACTGCCCGTTTGATGTGGGGCTTGGTTGAAAAAATCTATGCTTAGTTAGTCCTCTATTGTTTTTTTTTCTAAAACTGAAAGGATCTTTTTCTATTAAAAATGAGCTGCAGCCTCGCCATCCAGCATGCTAATACGAAATGGGGAGCAGGGTATTGTCATGCTTATCCAAAA
AGAGTAAAGAAAGTAATCTGCTCTTCTTCCTGACTTATCTAGCTTACTGATGGTGCTTCTAAAACTTCCTATCCGC

Intron 3 GTATTTAAAT ... GATGTTATAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	21.21	211.2	30.5	49.9
A2	16.12	204.6	53.1	25.1
A3	11.81	192.2	45.9	17.6
A4	20.07	168.1	46.1	26.4
A5	18.66	90.3	23.5	14.2
A6	20.23	1996.3	330.9	436.5
A7	19.21	1353.3	279.7	255
A8	20.03	1234.5	236.8	259.2
A9	18.18	1615.5	336.4	277.2
A10	17.55	1188.3	268.4	185

>TRINITY_DN98552_c12_g1_i6 from sample A4 / Example spliced isoform

GAATTGTAACGCTTCATCGAGTTTAAAGGAGTTGAAAATTGAAAAAAGGCAAGTGTCAATCATACACTTGTTCCTATTCCATCTTCCTTCATCCAACCCAAGATAAAAACAATTTGCCATAAGATACGCATAGACAAACGTCGGGATCGGGATAATTGATGGACTTGCTTTTGAATTGATATCATTTGAAGCAGCGAAGC
AGAGGGAGGAAGCTTCACAACTAACGAAGAACAGTAAAGCATGAATTCTCGAAGGGATTATCGTACAAGTCGAAATGCATTGTTTGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCCTCATCTTTTGCCACCAATGAAATTGCTGAGCATGACAATGAGCATGCTGTTGACGGACTTCAGGATAGAGTTAGCATACTGA
AGCGGTTGACAGCCGACATTCATGAGGAAGTTGATAGTCAAAACCGGTCATTAGATCGCATGGGCAACGATATGGATGCATCAAGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAAGAAAGTTTTTGAAACAAAGTCAAGTCGAAACATGATTACATTGATCACATCCTTTGTGGTGCTGTTTCTTTTGATATATTAC
TTGACAAAGTAATGATATTGCATGATGTAAATCTTGAGAATGTTTCCCTTGGTGAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCATATAGCAGTGGAGTAGATACACTTCATATGAAAAATGTGAATCTTCTACCTCTAGGCAAGGTAATTGCAGAGCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCATCAATATCATCTGTAAAGGAGGTCT
GTTGCTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTTTGATCTGCTTTTGCACAAAATCTATACTCTTGTAGCGAACACATTTCTGTATGTAATTAATATTTACGTCAATGGATCTCAAGCTTGTATTGGCAGCCTTTGTAACTGCCCATTTGATGTGGAGGTTGGTTGTGAAAATCTTTGTTTAATTGTTGTTTAC
AATGGATCTCCTTTTGAGTATTTTTAGATGGCTTTGTATTATAGGATCCAGGTTATGGATAAATGAATTGTTAGTGATGAAACACCTGAAGGGTGCAGTAGAAAAATGTGTAGTTCATACTTCAATAAAGTGCAAAAATGATGAGCTGCTTTGTTTTTATGTTTTCCCTCTTGTTAATATAGTGCCCAGATTTTTGTAAG
CAGG

>TRINITY_DN98552_c12_g1_i4 from sample A4 / Example unspliced isoform:

ATAGCAATAATTAGAATGCAGGGGCATTTATGGAGATAGAGATAGAGATAGAGGGTGCATGCATGCTCATCCTCGATTTAGTTCTAGTTTAGATTATTTTTATCTTTCGCAGTTTAGTTCTATTTCTGAGTTTGCTTTAGTTAGTAGGTACATGCATAGTTAGTTAGGGTGATTTGTATGTAGAACATTTCCAATAATAG
ATGGGGTGCAGGTCCCTAGAAGAGAGAAATGCACGCATGCATACTTGCACTCTCCTCTAGTGGGTGCACCTTCTTAGGAATAGTTTTTTCATGCAGGGTGAAGGTGCTAATTCCAAGGCCAGGAATAGATCCAGGGTTTAGGTTTATTTCATTGAAGGTGCTGTTGTACATGTCCACGTTCATTGTACCTTCTTGTCTAT
AAAGGAGAAGGCAGCGGTATAAATTTTAATTCATTCTGTTTTTCAGAGTAGAATCAGTGGGTGAATGGTAGAGTTTGAAGCTCCCAGTGTTTTTCCTGTTTTCAAGAGTAATAACCAGTAATGTGATTTAAGTTTCAGATCTGTGTGCTTTCTATTACTTTCTTCAGTGGGATGTGTTTCAGTATTTAGTAGATTTCAGA
TTACAGTTTTGATAGAGATTTCAGTTACCTGTTTTTTTAGGTAGGTTAGAAATCAGACTAGGATTGTTACCATGTGCTGAAGAATTTCAACAAGTCTTTGTAAGATCCATGGGAATAATTATTATGAATTAAATTTGTTGATACAAATACTATGCAAACTGCAAGAAAACTGTTGTTGAATTTGGTCACATTTGAAGCAA
ATATTTACATTAACTAGCAAGATATGTCTACAATTTTAAGAAGTTTGCAATTTTCCCTCTTTAAAAGATTGGAGAATATTGCAATGTTCACAATAGCTGGTCATTCTAATATATTTTGACTTCTTTTTGTCCAGTTGACAGCCGACATTCATGAGGAAGTTGATAGTCAAAACCGGTCATTAGATCGCATGgtatttaaa
tttttttattgctatcttatccacgagatattctgctttcagaaagaagtatatctgtcccttttggagatcagtatttgtcaagggttttatgtctcacatgttgaaattttgattagcaattgactggaaagtaattatcgatgttatagGGCAACGATATGGATGCATCAAGAGGGATACTATCTGGAACCATGGAT
CGATTTAAGAAAGTCAGTATTTGTGTATCTGCTCATTTTTAATGTTTAGTTCAA

Intron 4 GTTTAAGATT ... TTTGACGAAG

Sample	Retention score (%)	Exon junction reads	5'ss reads	3'ss reads
A1	64.29	5	0	9
A2	47.06	18	2	16
A3	66.67	3	0	6
A4	50	6	3	6
A5	75	1	0	3
A6	43.27	59	0	45
A7	55.36	25	0	31
A8	44.74	21	2	17
A9	49.43	44	2	43
A10	52.63	18	1	20

>TRINITY_DN38812_c0_g1_i6 from sample A8 / Example spliced isoform

GCTTAAACAGAATTATCTGTGCAAAAGAAGAAAAAGGGATCTTAGAATTTAGCTCGTCTTTATGTGCCTCGAGATTAGAAAAATCGTTTGATATTTGATCAGCTTTATTGAATTATTATCAGCGGCCTAATTGAATGCTGTTTTTCATGGGAATCGTGATCAATCTGTTACGTACAAGGTAAGCTGCGGTCATGGGCCGA
GCAATTACGCATCAGAATCTGAGGGATTATCGTATGAGTCGAAATGCGTTGTTGGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCCTCATCTTTTCCCACCCATGAGATTTCTGAGAATGACAATGAGTATGCTGTTAATGGACTTCAGGACAGAGTTAGCATACTGAAACGGTTGACAGCTGACATTCACGAGGAAGT
TGATAGTCAAAACTGGTCATTGGATCGCATGGGAAATGACATGGATGCATCGCGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAAGAGAGTTTCTGAAACGAAGTCAAGTAGAAACATGATTAAATTGATCATATCCTTTGTGTTGCTGTTTCTTTTTATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCAGAATGTAAA
TCTCGAGGATGTTTCCCTTGTTGGATAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCTTATTGCAGTGGAGTAGATATACTTAGTATGAAAACTGTGCATCTTCTGCCTCCAGGCAATGTAATTGCAGATCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCAGCAATATCATATGTAAATGAGATCTGGTGGTATTTGATATGTTGGAGCAAGTT
GTGAGAATGCTTTAGTCTGCTTTTGCACAAAATCTGTACTCTTGGAGCGGACACATTTCTGTTTGTGATTAATATTTACATCAATGGATCTCAAGCTTGTATTGACAGCCTTTGTAACTGCCCGTTTGATGTGGGGCTTGGTTGAAAAAATCTATGCTTAGTTAGTCCTCTATTGTTTTTTTTTCTAAAACTGAAAGGAT
CTTTTTCTATTAAAAATGAGCTGCAGCCTCGCCATCCAGCATGCTAATACGAAATGGGGAGCAGGGTATTGTCATGCTTATCCAAAAAGAGTAAAGAAAGTAATCTGCTCTTCTTCCTGACTTATCTAGCTTACTGATGGTGCTTCTAAAACTTCCTATCCGC

>TRINITY_DN38812_c0_g1_i9 from sample A8 / Example unspliced isoform:

GCTTAAACAGAATTATCTGTGCAAAAGAAGAAAAAGGGATCTTAGAATTTAGCTCGTCTTTATGTGCCTCGAGATTAGAAAAATCGTTTGATATTTGATCAGCTTTATTGAATTATTATCAGCGGCCTAATTGAATGCTGTTTTTCATGGGAATCGTGATCAATCTGTTACGTACAAGgtttaagattggatttctgtat
ttttttcgtaaaaaattaactgctatcttcgcacatctgtctaaaggtagtttcgtagcctattttctcagtccaggccggcattagttctagtcactagtctgtttaaagctaactgggtaataaaaacatttgaaccttccagagtattctagcctcggtgggaaagctgaaacgctcgttctatgtgatggttcact
ggctttgagttagaaaatttccgtattttataagtgtcaaggtcttgctgcttcgtactgaattcgcttcgtcaattttaatttgacgaagGTAAGCTGCGGTCATGGGCCGAGCAATTACGCATCAGAATCTGAGGGATTATCGTATGAGTCGAAATGCGTTGTTGGATGGAATAGAAGAGGGTGGGCTTAGAGCATCC
TCATCTTTTCCCACCCATGAGATTTCTGAGAATGACAATGAGTATGCTGTTAATGGACTTCAGGACAGAGTTAGCATACTGAAACGGTTGACAGCTGACATTCACGAGGAAGTTGATAGTCAAAACTGGTCATTGGATCGCATGGGAAATGACATGGATGCATCGCGAGGGATACTATCTGGAACCATGGATCGATTTAA
GAGAGTTTCTGAAACGAAGTCAAGTAGAAACATGATTAAATTGATCATATCCTTTGTGTTGCTGTTTCTTTTTATATATTACTTGACAAAGTAATGATATTGCAGAATGTAAATCTCGAGGATGTTTCCCTTGTTGGATAAACTGTCATGTATTTGTTGCTATCTTATTGCAGTGGAGTAGATATACTTAGTATGAAAAC
TGTGCATCTTCTGCCTCCAGGCAATGTAATTGCAGATCTTGCATGTTTTCTTAGCAATCAGCAATATCATATGTAAATGAGATCTGGTGGTATTTGATATGTTGGAGCAAGTTGTGAGAATGCTTTAGTCTGCTTTTGCACAAAATCTGTACTCTTGGAGCGGACACATTTCTGTTTGTGATTAATATTTACATCAATGG
ATCTCAAGCTTGTATTGACAGCCTTTGTAACTGCCCGTTTGATGTGGGGCTTGGTTGAAAAAATCTATGCTTAGTTAGTCCTCTATTGTTTTTTTTTCTAAAACTGAAAGGATCTTTTTCTATTAAAAATGAGCTGCAGCCTCGCCATCCAGCATGCTAATACGAAATGGGGAGCAGGGTATTGTCATGCTTATCCAAAA
AGAGTAAAGAAAGTAATCTGCTCTTCTTCCTGACTTATCTAGCTTACTGATGGTGCTTCTAAAACTTCCTATCCGC