sp|Q9FUM1|EF1G_PRUAV ----> Elongation factor 1-gamma
Intron 1 GTGTGGGTTA ... GTCTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 1.54 | 320 | 0 | 5 |
| A2 | 2.09 | 281 | 0 | 6 |
| A3 | 1.91 | 257 | 0 | 5 |
| A4 | 1.67 | 235 | 0 | 4 |
| A5 | 1.55 | 127 | 0 | 2 |
| A6 | 1.07 | 743 | 0 | 8 |
| A7 | 0.79 | 876 | 0 | 7 |
| A8 | 0.8 | 745 | 2 | 6 |
| A9 | 0.8 | 748 | 2 | 6 |
| A10 | 0.3 | 671 | 0 | 2 |
>TRINITY_DN43865_c0_g1_i6 from sample A9 / Example spliced isoformTGAAGCCATTCAAGGCTGGGGTCTCGCATGTCCCCTCCACCCAGACACACTTTTATTCATCTCAATTCCCCCATTATGTACTCTTTAGTCTTCATCCTCACTCTTTAGTCTTCATCCTCACACCAGTAATTTCACGCATAAATTCATGGGGGAAATCTACATAAAGACTTTATATGCATCGGCTATCAATAAAAACGGCT
TTAAAGCACGCATTGCTGCAGAATACGCTGGTTTTGAACTCACCTTAGCTCCAAATTTTGAGGGGGGAGTGACAAATAAATCCCCTGAATTCCTTAAAATGAATCCTTTAGGAAAGTATCCGGTTTTGGAGACATCTGAGGGTACAGTTTTTGAAAGTAATGCCATTGCACGTCATGTTGCACGATTGAAGGGTGACAAT
ACCCTGTTTGGATCTTCACTAATTGATTATGCCCATGTTGAACAGTGGATAGATTTTTCTTCTTTAGAGATTGACATAAACATCATGGGGTGGTACTTTCCTCGATTTGGATATGGAGTGTACCTTCCACCGGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTCACATCTAGCTACAAA
CACCTACCTGGTTGGGCATTCCATAACATTGGCAGACATTATTGTGACATGCAACATGTATCAGGGTTTTACGAGATGCATGACAAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGACTATGGTTAATCAACCGAAATTCAAGAAGATTTTGGGTGAGGTTAAACAAGCAGATGCTGTTCCTCCAG
TTGTGCAAATTAATAAGAAGGCTCTTCAAGCTAAAGAACAAAAGCATAAGCCTAAAGAGGTCAAAAAAGAACCTGCAAAGCCTAAGGTGGAAGATCCTCCTGCAGCTGAGGAGGATGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCTCTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGATTGGAAGAGACTTTAC
TCAAACACAAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGGGTTCTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGAGTACAAATACAACGATGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGTTACAGGATTCTTGCAGCGTATGGATCTTGCACGGAAGTATGCTTTTGGAAAGATGCTTAT
CATTGGAAAAGAGGGCCCTTTTAAAGTCAAAGGATTATGGCTCTTCCGTGGGCCTGAAATCCCCAAGTTTGTCATGGATGAATGCTATGATATGGAATTGTATGAATGGACTAAGGTGGACATTAACGATGAAGCTCAGAGAGAACGTACAAATGCCATGATTGAAGATCAAGAGCCCTTTGAAGGTGAGCCTTTGTTGG
ATGCCAAATGTTTCAAGTGATGTATTCCCTTTTGAAGTTGCCTTTCAGAGATTGAGTCATATTATTTCTGGCACGAAACACTATATCTTGCTACAGTTGGCAACATTGCTTTGATTACTTTTGCTGTAACTTGAACACAGTTACTTCTACTACATTTCAAGGGTTTAGCAGTGAGGGTTTGATGTTAGTGTTAATGTAAA
GTTATCTACTATGTATACAATAACCTCACTTGTGGTGGTTTTAATACTTTTTTTTCAACATATTCTGTAATTTTTCATCCATCTGACATGCTAGTTTATGTTTTGTTTGAATACGACGCTCTTTTTAAAGATTCCACCTCAGAAATTGTCACATTTGGGTGTTGAAGAAGCATTTGGATCTGTTTCTCCTTTTATTTAAG
CATAATTGCAAGATGAACTATGTTTGCCAAATGCCCATATTTTGAGGAAACTGGCATTGTTTTTACTACTCACTTATATTAGTATCAATGCAATGATTTGGTTGGGTG
>TRINITY_DN43865_c0_g1_i9 from sample A9 / Example unspliced isoform:TTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGgtgtgggttaacttcatattaaacgtagtatgcatagtttttaaattctgagaaacggtgatctttggggtcttctacaaggaagagatttctacatttgtgttaatttccaaatatagcagtaatttcgttgcagaggaattgtttccacactaaaattttgcatatatccaatcat
ctgatgtcacattttatggtatgatattctgccacatggtacttgcagttgccttttgtgcccatttatcgtgatctctgtctgtgcagGGTTCTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGAGTACAAATACAACGATGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGT
Intron 2 GTGAGTTACC ... AATATTTCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 8.31 | 278.5 | 26.9 | 1.2 |
| A2 | 8.05 | 292 | 27.6 | 3.7 |
| A3 | 8.22 | 337.3 | 31.9 | 3.6 |
| A4 | 15.07 | 354 | 63.6 | 13.8 |
| A5 | 9.92 | 100.9 | 11.4 | 2.7 |
| A6 | 5.81 | 487.1 | 31.5 | 2 |
| A7 | 8.34 | 675.9 | 64.3 | 3.5 |
| A8 | 8.1 | 322.1 | 29 | 2.1 |
| A9 | 8.73 | 457.6 | 48 | 3.1 |
| A10 | 7.22 | 545.3 | 44 | 4.5 |
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i4 from sample A1 / Example spliced isoformCGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTGCAGTTTTTGAGAGTAATGCCATTGCACGTTATGGTGAGAATGGCGTTTCAAGTTTATTGTATGTTGTACTTATGTAATAAAGTGCATGTGTCATGGAATGGATGCCACTGACTCTTATCTCTTTGCAGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTG
ATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGATAGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATA
ACATTGGCAGACATTATTATGACATGCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCATGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGAC
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i9 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTGCAGTTTTTGAGAGTAATGCCATTGCACGTTATGGTGAGAATGGCGTTTCAAGTTTATTGTATGTTGTACTTATGTAATAAAGTGCATGTGTCATGGAATGGATGCCACTGACTCTTATCTCTTTGCAGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTG
ATTGTgtgagttaccctgtttggatcttcactgtttgtttttctgttttctgaaatattgacatattctcaaatgttaactggagaaggttcttttatgatattttgtcatttttgtgattcaccaaactaactacctggacgtattgtggaatatttcagGCCCATGTTGAACA
Intron 3 GTGAGAATGG ... CTCTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.94 | 226.5 | 25.6 | 47 |
| A2 | 10.04 | 253.3 | 23.5 | 30.2 |
| A3 | 10.51 | 264.6 | 19.5 | 34.7 |
| A4 | 10.9 | 293 | 21.6 | 37.4 |
| A5 | 9.48 | 94.1 | 5 | 10.8 |
| A6 | 7.7 | 401.8 | 14.8 | 39.6 |
| A7 | 8.29 | 557.2 | 33 | 54 |
| A8 | 7.19 | 270.8 | 17.5 | 21.5 |
| A9 | 7.61 | 412.6 | 25.8 | 37.1 |
| A10 | 8.19 | 459.6 | 21.3 | 46 |
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAATTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCACCGGTTTGCTGTAGGTAAGTCTGCTATCTTGGTATTGGGTTTCTTTTCTGGTTGTTTCTACCATTTCAGTTCTTCAATTTTGCATTCGAATGCA
TCTGTTTTTTTTATTTACTCGTATTCTGAGGCTCGTTTTGATTGAAACATCCTTAATGCACACGGGTCATTCGTTCTGAGATGGGTTCTTTTCGAAACATTCTCATTACGCATGGGTCATTTGTTTTGAGGCGGGATTGTGGAACAAGCCCATGAAAGTTACTGTGTAGCTTTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAA
TTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCACCGGTTTGCTGTAGGTTGATTACCAAGTGTTAGTTGTGTTGCATACACCTGGAGTGGTCTCCACTTTCTTTAAGCTTCCCATGGCGTCTTTGTGTTCTGTTTGTGCTGGGTTATTGACTAGG
GCTAGAGGCTAAAAAGCCCCAGTGTTCGATCACTATAGGTCTTTATAGTTACCTTTGAAACTTGAGAATGGTGTGTTCTGTTGGCATTACAATCGGTTTCTGAAACCATGGCACTGACTTTACATGCAGGGAATGGCAATAAAAATGCCTTCAAAGCACTGATTGCTGCAGAGTATGTGGGTGTAAAAATTGGCTTAGCT
CCAAATTTTGAGATGGGGGTGACAAATAAATCCCCTGAATTTCTTAACATGAATCCTATAGGCAAGGTTCCGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTACAGTTTTTGAAAGTAATGCCATTGCACGTTATGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTGATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGAT
AGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATAACATTGGCAGACATTATTATGACAT
GCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCATGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGACAATGGCTAATCAACCTAAAGTCAAGAAGATTTTGGGTGAGGTTAAACAAGCAGATGCTATTCCTCCAGTTGTGCAAACTAATAAGAAGGCCGCTCATGCTAAAGAACAAAAGCAAAAG
CCTAAAGAGGAGGTCAAAAGAAAAGAACCCGCAAAGCCTAAGGTGGAAGAACCTCCAGCAGCAGAGGAGGAAGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCTCTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGACTGGAAGAGACTTTATTCAAACACAAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGGGTT
CTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGAATACAAATACAATGAAGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGTCACAGGATTCTTGCAGCGGATGGATCTTGCACGCAAGTATGCTTTTGGAAAGATGCTTATCATTGGAGAAAATGGCCCTTTTAAAGTCAAGGGATTATGGCTCT
TTCGTGGGCCAGAAATCCCCAAGTTTGTTATGGATGAATGCTACGATATGGAGTTGTATGAATGGACCAAGGTGGACATCAATGACGAGGCGCAGAGAGAGCGTGTAAATACCATGATTGAAGATCAAGAGCCCTTCGAGGGTGAGCCCTTGTTGGATGCTAAATGTTTCAAGTGATATATATTCCCTTATATTGTTCCC
TTGAATGTCGGTTTTGAAGGTTCGGTTTTGTTTAGAAATATCTTGTTTTTGTCTTCGTGTTTCATCCACAATTTATGCAGAGAAGCCTTTAATGTAACTCTGTTTTGTTGAGGAGCCTTTAATGTAACTCTGTTTTGTTGAGGTTGCCATTCAGAGATAGTCATATTTTTTTCTATCATGAAACACAGTATTATCTTGCT
ACAGTTGTGGCATTATCTTGATTACTTTTGCTTTATCCTGGAAACAATTATTTTTACATTGCAAGGGTTTAGCAATGAGGGGTTTGATGTTAGTGTTAATGTAACGTTATCTAGTATACAATAACTTCACCAGTGGTGGATTTAATACAGCTTTTTAAAATATATTTTGTAATTTTTCATTTATTTGACATGCTGTTTTA
TGTTTTGTTAGAATATTACTATTTTTTTGGGGGTAGAATACGATGCTTTGTTTGGATGTTTTACTTAAGAAACATCATATTTGGGTGTTAAAAAACATTTGGACTCCATACATTCCAGTACGGAGTAGATGTTGTCATGTAACCTGGCTATCGTTGATGTAGCAGTTATAACCCATTGAGAAGTTATAACCTGGCTATCG
TTGATGTGGTCTCATGTATATCGAAAAGCGAATTCGGTTGTGGATGGCTTATCCAAGCAAGCTGTTGGTCCCATGGATGGCATGCTTCACTCTTTGTGGAAATCGTGGATAATAGGGTTGTGGACGAGGGAACCTATAAGGCGTTCGTTGCTTCGATGCTGTGCTTTCTCTTCGGAATGTCATTTCCTCTATATTCTGAT
CTGTAGGAGTTTAACTCTGGTTTTGGTCCTCGGTGGCTCTTATCCACTCTATGAACTTCGCTCTCTATGCTTAGTATATTTTCAGCTTATCGACTTCTGGAATAATGTTGATTTGATCCAGCTGATGATGCGGTGTAACTTTGATTTTATCTTAAAATATTAAAATATCAAGTTATGTGTTTTTCTTCTGAAAATAAAAT
AAAA
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:CGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTGCAGTTTTTGAGAGTAATGCCATTGCACGTTATGgtgagaatggcgtttcaagtttattgtatgttgtacttatgtaataaagtgcatgtgtcatggaatggatgccactgactcttatctctttgcagTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTG
ATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGATAGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATA
ACATTGGCAGACATTATTATGACATGCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCATGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGAC
Intron 4 GTCTGTTTTT ... GGCATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 11.03 | 240.8 | 36.8 | 26.7 |
| A2 | 12.15 | 243 | 40.7 | 31.4 |
| A3 | 16.01 | 307.3 | 60.8 | 62.9 |
| A4 | 12.63 | 315 | 53.2 | 43.2 |
| A5 | 16.77 | 101 | 20.3 | 22.6 |
| A6 | 11.56 | 435.9 | 60.8 | 61.8 |
| A7 | 9.58 | 692 | 88.8 | 72.3 |
| A8 | 12.77 | 330.8 | 53.8 | 47.9 |
| A9 | 9.71 | 457.6 | 63.8 | 42.9 |
| A10 | 10.93 | 569 | 77.9 | 70 |
>TRINITY_DN48134_c1_g1_i16 from sample A7 / Example spliced isoformGGGTTTTGTAGGGCAATCCGGGCAGCAAATCAACCGTCAGGATCTGGAGATGAGCATGGAAAATCTGCCCGGTAAAGACCAGGCAGCCTCCTATTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAATTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCA
CCGGTTTGCTGTAGGTTGATTACCAAGTGTTAGTTGTGTTGCATACACCTGGAGTGGTCTCCACGGCATTACAATCGGTTTCTGAAACCATGGCACTGACTTTACATGCAGGGAATGGCAATAAAAATGCCTTCAAAGCACTGATTGCTGCAGAGTATGTGGGTGTAAAAATTGGCTTAGCTCCAAATTTTGAGATGGGT
TTGACAAATAAATCCCCTGAATTTCTTAACATGAATCCTATAGGCAAGGTATGCTAGATTATTATTCTGTTATTTGGTCAGGATATGTGGGCCATTGATACTTGCCTGTGTTCCTTTTACCATATGTTAGATTTATTTACATATTTTCTCACTGGGTTTGACAGGTTCCGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTACAGTTTTT
GAAAGTAATGCCATTGCACGTTATGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTGATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGATAGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGGCAGAGGAGGCCACCATTGC
TGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATAACATTGGCAGACATTATTATGACATGCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCATGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGACAATGGCTAATCAACCTAAAG
TCAAGAAGATTTTGGGTGAGGTTAAACAAGCAGATGCTATTCCTCCAGTTGTGCAAACTAATAAGAAGGCCGCTCATGCTAAAGAACAAAAGCAAAAGCCTAAAGAGGAGGTCAAAAGAAAAGAACCCGCAAAGCCTAAGGTGGAAGAACCTCCAGCAGCAGAGGAGGAAGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCT
CTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGACTGGAAGAGACTTTACTCAAACACAAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGGGTTCTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGAATACAAATACAATGAAGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGTCACAGG
ATTCTTGCAGCGGATGGATCTTGCACGCAAGTATGCTTTTGGAAAGATGCTTATCATTGGAGAAAATGGCCCTTTTAAAGTCAAGGGATTATGGCTCTTTCGTGGGCCAGAAATCCCCAAGTTTGTTATGGATGAATGCTACGATATGGAGTTGTATGAATGGACCAAGGTGGACATCAATGACGAGGCGCAGAGAGAGC
GTGTAAATACCATGATTGAAGATCAAGAGCCCTTCGAGGGTGAGCCCTTGTTGGATGCTAAATGTTTCAAGTGATATATATTCCCTTATATTGTTCCCTTGAATGTCGGTTTTGAAGGTTCGGTTTTGTTTAGAAATATCTTGTTTTTGTCTTCGTGTTTCATCCACAATTTATGCAGAGAAGCCTTTAATGTAACTCTG
TTTTGTTGAGGAGCCTTTAATGTAACTCTGTTTTGTTGAGGTTGCCATTCAGAGATAGTCATATTTTTTTCTATCATGAAACACAGTATTATCTTGCTACAGTTGTGGCATTATCTTGATTACTTTTGCTTTATCCTGGAAACAATTATTTTTACATTGCAAGGGTTTAGCAATGAGGGGTTTGATGTTAGTGTTAATGT
AACGTTATCTAGTATACAATAACTTCACCAGTGGTGGATTTAATACAGCTTTTTAAAATATATTTTGTAATTTTTCATTTATTTGACATGCT
>TRINITY_DN48134_c1_g1_i9 from sample A7 / Example unspliced isoform:GGGTTTTGTAGGGCAATCCGGGCAGCAAATCAACCGTCAGGATCTGGAGATGAGCATGGAAAATCTGCCCGGTAAAGACCAGGCAGCCTCCTATTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAATTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCA
CCGGTTTGCTGTAGGTTGATTACCAAGTGTTAGTTGTGTTGCATACACCTGGAGTGGTCTCCACGGCATTACAATCGGTTTCTGAAACCATGGCACTGACTTTACATGCAGGGAATGGCAATAAAAATGCCTTCAAAGCACTGATTGCTGCAGAGTATGTGGGTGTAAAAATTGGCTTAGCTCCAAATTTTGAGATGGGG
GTGACAAATAAATCCCCTGAATTTCTTAACATGAATCCTATAGGCAAGGTTCCGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTACAGTTTTTGAAAGTAATGCCATTGCACGTTATGGTGAGAATGGCGTTTCAAGTTTATTGTATGTTGTACTTATGTAATAAAGTGCATGTGTCATGGAATGGATGCCACTGACTCTTATCTCTTT
GCAGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTGATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGATAGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGgtctgttttttactcctaaatcatttcatgccaaaattatt
attttggttgttagcagaagtcattgaacaactgtaatgtttggcattgcagGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATAACATTGGCAGACATTATTATGACATGCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCA
TGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGACAATGGCTAATCAACCTAAAGTCAAGAAGATTTTGGGTGAGGTTAAACAAGCAGATGCTATTCCTCCAGTTGTGCAAACTAATAAGAAGGCCGCTCATGCTAAAGAACAAAAGCAAAAGCCTAAAGAGGAGGTCAAAAGAAAAGAACCC
GCAAAGCCTAAGGTGGAAGAACCTCCAGCAGCAGAGGAGGAAGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCTCTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGATTGGAAGAGACTTTATTCAAACACGAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGGGTTTTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTC
CTTGTGGTTCTGTGAGTACAAATACAACGATGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGT
Intron 5 GTGCGGGTTA ... GATTGTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 3.2 | 322 | 33.3 | 10.7 |
| A2 | 1.61 | 282 | 35 | 4.7 |
| A3 | 1.66 | 255 | 23.3 | 4.3 |
| A4 | 2.87 | 235.7 | 20.3 | 7 |
| A5 | 2.03 | 126.7 | 16.7 | 2.7 |
| A6 | 0.89 | 741 | 64 | 6.7 |
| A7 | 1.09 | 879 | 93.7 | 9.7 |
| A8 | 0.97 | 743 | 78.3 | 7.3 |
| A9 | 0.53 | 749 | 71.3 | 4 |
| A10 | 0.68 | 677 | 65 | 4.7 |
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i6 from sample A1 / Example spliced isoformTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAATTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCACCGGTTTGCTGTAGGTAAGTCTGCTATCTTGGTATTGGGTTTCTTTTCTGGTTGTTTCTACCATTTCAGTTCTTCAATTTTGCATTCGAATGCA
TCTGTTTTTTTTATTTACTCGTATTCTGAGGCTCGTTTTGATTGAAACATCCTTAATGCACACGGGTCATTCGTTCTGAGATGGGTTCTTTTCGAAACATTCTCATTACGCATGGGTCATTTGTTTTGAGGCGGGATTGTGGAACAAGCCCATGAAAGTTACTGTGTAGCTTTGCTTTTATATTGGCGAGTGGCTATTAA
TTCAAATAAGAAGCTTTCGGCTTTCTACATTTGTGAAAGAGGGAGGCGCTTCTGCCATAGAACAGCAAACGATTTTCACCGGTTTGCTGTAGGTTGATTACCAAGTGTTAGTTGTGTTGCATACACCTGGAGTGGTCTCCACTTTCTTTAAGCTTCCCATGGCGTCTTTGTGTTCTGTTTGTGCTGGGTTATTGACTAGG
GCTAGAGGCTAAAAAGCCCCAGTGTTCGATCACTATAGGTCTTTATAGTTACCTTTGAAACTTGAGAATGGTGTGTTCTGTTGGCATTACAATCGGTTTCTGAAACCATGGCACTGACTTTACATGCAGGGAATGGCAATAAAAATGCCTTCAAAGCACTGATTGCTGCAGAGTATGTGGGTGTAAAAATTGGCTTAGCT
CCAAATTTTGAGATGGGGGTGACAAATAAATCCCCTGAATTTCTTAACATGAATCCTATAGGCAAGGTTCCGGTTTTGGAGACACCTGAGGGTACAGTTTTTGAAAGTAATGCCATTGCACGTTATGTTGCACGATTGAAGGGTGATAATACCCTGTTTGGATCTTCACTGATTGATTGTGCCCATGTTGAACAGTGGAT
AGATTTTTCTTCCTTAGAGATTGATATAAACATCACACGGTGGTACTTTCCTCGATTAGGATATGGATTGTACCTCCCACTGGCAGAGGAGGCCACCATTGCTGGCCTCAAGAGAGGTTTAGTTGCATTGAATTTACATTTGGCTACAAACACTTACCTGGTTGGTCATTCCATAACATTGGCAGACATTATTATGACAT
GCAACTTGTATCTGGGTTTTGCGAGATGCATGACGAAAGATTTCACTAAAGAGTTTCCTCATGTTGAGCGGTACTTTTGGACAATGGCTAATCAACCTAAAGTCAAGAAGATTTTGGGTGAGGTTAAACAAGCAGATGCTATTCCTCCAGTTGTGCAAACTAATAAGAAGGCCGCTCATGCTAAAGAACAAAAGCAAAAG
CCTAAAGAGGAGGTCAAAAGAAAAGAACCCGCAAAGCCTAAGGTGGAAGAACCTCCAGCAGCAGAGGAGGAAGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCTCTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGACTGGAAGAGACTTTATTCAAACACAAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGGGTT
CTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGAATACAAATACAATGAAGAGAACACAGTTTCATTTGTCACATTGAACAAAGTCACAGGATTCTTGCAGCGGATGGATCTTGCACGCAAGTATGCTTTTGGAAAGATGCTTATCATTGGAGAAAATGGCCCTTTTAAAGTCAAGGGATTATGGCTCT
TTCGTGGGCCAGAAATCCCCAAGTTTGTTATGGATGAATGCTACGATATGGAGTTGTATGAATGGACCAAGGTGGACATCAATGACGAGGCGCAGAGAGAGCGTGTAAATACCATGATTGAAGATCAAGAGCCCTTCGAGGGTGAGCCCTTGTTGGATGCTAAATGTTTCAAGTGATATATATTCCCTTATATTGTTCCC
TTGAATGTCGGTTTTGAAGGTTCGGTTTTGTTTAGAAATATCTTGTTTTTGTCTTCGTGTTTCATCCACAATTTATGCAGAGAAGCCTTTAATGTAACTCTGTTTTGTTGAGGAGCCTTTAATGTAACTCTGTTTTGTTGAGGTTGCCATTCAGAGATAGTCATATTTTTTTCTATCATGAAACACAGTATTATCTTGCT
ACAGTTGTGGCATTATCTTGATTACTTTTGCTTTATCCTGGAAACAATTATTTTTACATTGCAAGGGTTTAGCAATGAGGGGTTTGATGTTAGTGTTAATGTAACGTTATCTAGTATACAATAACTTCACCAGTGGTGGATTTAATACAGCTTTTTAAAATATATTTTGTAATTTTTCATTTATTTGACATGCTGTTTTA
TGTTTTGTTAGAATATTACTATTTTTTTGGGGGTAGAATACGATGCTTTGTTTGGATGTTTTACTTAAGAAACATCATATTTGGGTGTTAAAAAACATTTGGACTCCATACATTCCAGTACGGAGTAGATGTTGTCATGTAACCTGGCTATCGTTGATGTAGCAGTTATAACCCATTGAGAAGTTATAACCTGGCTATCG
TTGATGTGGTCTCATGTATATCGAAAAGCGAATTCGGTTGTGGATGGCTTATCCAAGCAAGCTGTTGGTCCCATGGATGGCATGCTTCACTCTTTGTGGAAATCGTGGATAATAGGGTTGTGGACGAGGGAACCTATAAGGCGTTCGTTGCTTCGATGCTGTGCTTTCTCTTCGGAATGTCATTTCCTCTATATTCTGAT
CTGTAGGAGTTTAACTCTGGTTTTGGTCCTCGGTGGCTCTTATCCACTCTATGAACTTCGCTCTCTATGCTTAGTATATTTTCAGCTTATCGACTTCTGGAATAATGTTGATTTGATCCAGCTGATGATGCGGTGTAACTTTGATTTTATCTTAAAATATTAAAATATCAAGTTATGTGTTTTTCTTCTGAAAATAAAAT
AAAA
>TRINITY_DN125016_c1_g2_i3 from sample A1 / Example unspliced isoform:ATTCCTCCAGTTGTGCAAACTAATAAGAAGGCCGCTCATGCTAAAGAACAAAAGCAAAAGCCTAAAGAGGAGGTCAAAAGAAAAGAACCCGCAAAGCCTAAGGTGGAAGAACCTCCAGCAGCAGAGGAGGAAGAGGCCCCCAAGCCAAAGCCAAAAAATTCTCTTGATCTTCTGCCACCCAGTAAAATGATTCTTGATGA
CTGGAAGAGACTTTATTCAAACACAAAGACTAATTTTCGAGAGGTTGCTATTAAAGgtgcgggttaacttcatattaaaatccagtttacgtagtgtttatatactgagaaaaggtggttgtcacattttatggtatggtattctgctacatcgtacttgccttttgtgctcatttatcctatctctgattgtgcagGGT
TCTGGGATATGTATGATCCAGAAGGATATTCCTTGTGGTTCTGTGA
Intron 6 GTATGCTAGA ... GGTTTGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 6.35 | 211.4 | 32.6 | 15.1 |
| A2 | 4.13 | 243.9 | 17 | 11.7 |
| A3 | 2.47 | 237.7 | 26.8 | 6.8 |
| A4 | 6.18 | 263.1 | 35.8 | 18.8 |
| A5 | 4.37 | 106.3 | 16 | 5.1 |
| A6 | 3.15 | 305.4 | 32.6 | 11.4 |
| A7 | 3.72 | 471.2 | 41.5 | 20.3 |
| A8 | 3.44 | 235.1 | 19.1 | 9.3 |
| A9 | 3.68 | 377.6 | 34.9 | 16.8 |
| A10 | 2.67 | 394.5 | 34.2 | 12 |
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