sp|A1A6K6|NSRA_ARATH ----> Nuclear speckle RNA-binding protein A
Intron 1 GTAATCTCAT ... TCTTTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.49 | 169.5 | 28.5 | 58 |
| A2 | 24.63 | 154 | 39 | 50.3 |
| A3 | 15.38 | 176 | 53 | 32 |
| A4 | 27.37 | 130 | 33.8 | 49 |
| A5 | 21.12 | 119.5 | 40.6 | 32 |
| A6 | 21.46 | 1171.2 | 216.4 | 320 |
| A7 | 17.86 | 833 | 206.5 | 181 |
| A8 | 20.35 | 591 | 104.2 | 151 |
| A9 | 20.23 | 690 | 158.6 | 175 |
| A10 | 18.3 | 692 | 177.3 | 155 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTTACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGCGCCCTCGCACTGAATACGGTAAGTTTCGACGCTTTCGTGTAATAGATTTTGTAGCAGTGTATCGGTATTTAGGGTTTAGGGTTTATTGTTACTTTTCAGGGTTTGATGGTTGTTTCTTTCATGAGTGCGGCCTACACAGCCTGTGCTCTCTGTGGTCTAATTGTATGGGATTTTATATGACGAGGGATCATACTG
CTTACCTTTTGTGAGAAATGTCTTTTTAGGGTTTGTCTGTTTAAGCTATCAGTCTTAGGGGTTTTTATATTTATGATTTCTTTATCCGGACTTTTGTAGCGTGTATTTAGATAGTCTTTCTCGTTATTTTAGTGGCTCTTTATAATACTGTCATCTTTTATCTATTTGACTGATCTATGGTTTTATTGAATTGAGGGAAG
CGAGATGCATCTCGAGGACCTATCAATGTTGCGTCGTGTTTGTCTGTGACATTGCATTGAATCTAGACTCTTGATACGGGTGCCTCGAATAAGGGTACTAGCACATGCCCATCCAAACATGAGAAACATTCAAACACGAATTTCTCATACTTGAATCATCACGATTCTTTGCAGAGCTGCAAGATGCATATCTTTTGTTC
CCACAAATTGCTAATTATTAAACATGTGGAAGTCACGATGAGAAGCATTACTCCTATGCAACCTTGAGGTGCATATTAGCCTGTTCTTAGATGAGTTTTGTACTGGTGTAGGGTTTCGTTCCTATAAAACTGTGGCATTCTGCGGGTATTTTTTTTCCTGTGGCAGGCAAGTTGGTTGCACATCAGGATGATCCCATGAT
CCCATTTGATATTATGTTTTGCTTTAGATTAGGGTTTCTTCTTCCCCAACTTATGCTCTGATATCATCGCCGTTTTTTAACCCATCAATGGTGGTTACTGGAGTACATCCTCTTGACTGATTTTGGTGTTTGTGACTGTTGGTTTGAGCTCATGGTAGTTGTATGTACACTCTGTTGCGCACAGGCTTAGTCTTATTAGT
AATGTTGTGGGATTTCCTTGCAATTTTGGTATTATCGATCTTGAACTTTGTTTAAAACTGAATATTGAGTTTTCGGTGGTACACATTTTTGCATGCCTTACATGCTTTTGATACTACGAGAAATATACATCCATTAATTTTGTTTGGGAAATTCGCTTGATTGCACCAGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCC
TGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGgtaatctcatggatcccgtacacgtatttagaaattctttcattatttatttagttgtttcagtaatgatgtttaatatactcaaatgacaata
ttactgacactaaaaaatcatatctttcacagCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGT
TTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTGTAAGTATACAAATTAA
CCAGAGTACTTTTTTAAATGAAATTATTCTGATGTTTCAGTGGTTGAATATGATGTGTCTATGCAAGCCTTTTTAGTTTGTATTAGTTTAATTGGAGAGGTTGACGATCTGAGTTGCATGTTCAGACTACACTCGTCATTCTTTATTTTACATTTTAATTTGGTCAATATTGCAATAGAGAGCTAATTACTTCTGAGATA
ATGTAACTGCAAAATATACAAAACATTACGTATTCTGAATTATGTCTCACTGTTATGTACTTATAATTACAGTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGTGCGCAACTAATCATTAGATCTAGTGTTGATGTTTTTCTACTGAA
GAGGATTGCTTGCATGTTATTCTTTGAGTATAGTTGGAAATGAAATGTTTGCGCACTCGCGGACCTTAAGTTGGTACTCAATGAATACTTCTAATGTTCCATGGCGATTTATTTCTGAAGTTACAACTATTTGTAGTTTGAGTTATATTTTGGGGAGGGGGATTAATATTTTTGGGTTAATGTTACTGAGAGTTATCAGG
GACCGATTTTGTCACTTTAATGATATTAGCATGATCTCAATAGAGCTGTGTCTAATCTAATTTTTGCAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCT
TTCTCAGGTAAGAATTAAATTGAAGGCCATAGTTTTAGAATCTTCTTTCATTTGTAATCACTCTCTACCTCTCTCTCTCAAGGGAGCATTATTTTCGTTCTCAACTAAACTATAAAAATTATAGCTTTAGTTGACATCAAGTTGACCTAGCCAGATTTTTCTGATTTACTATGCAATGTCACTCGTAAATCTGTTGTATA
AAGTTCAGATATATTATTTTATATATTCAATTTAATTTACTGAAATATGCTATTGCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTG
Intron 2 GTAAGTATAC ... ATAATTACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 17.98 | 159 | 35.3 | 16.8 |
| A2 | 10.79 | 112 | 13.7 | 19.2 |
| A3 | 18.96 | 119 | 28.4 | 7.4 |
| A4 | 15.54 | 107 | 20 | 9.5 |
| A5 | 11.91 | 96 | 13.1 | 4.8 |
| A6 | 11.5 | 1193 | 157.2 | 68.4 |
| A7 | 11.36 | 717 | 93 | 39.6 |
| A8 | 10.23 | 744 | 85.7 | 63.7 |
| A9 | 13.51 | 612 | 96.9 | 30.9 |
| A10 | 15.09 | 514 | 92.7 | 46.6 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTTACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGCGCCCTCGCACTGAATACGGTAAGTTTCGACGCTTTCGTGTAATAGATTTTGTAGCAGTGTATCGGTATTTAGGGTTTAGGGTTTATTGTTACTTTTCAGGGTTTGATGGTTGTTTCTTTCATGAGTGCGGCCTACACAGCCTGTGCTCTCTGTGGTCTAATTGTATGGGATTTTATATGACGAGGGATCATACTG
CTTACCTTTTGTGAGAAATGTCTTTTTAGGGTTTGTCTGTTTAAGCTATCAGTCTTAGGGGTTTTTATATTTATGATTTCTTTATCCGGACTTTTGTAGCGTGTATTTAGATAGTCTTTCTCGTTATTTTAGTGGCTCTTTATAATACTGTCATCTTTTATCTATTTGACTGATCTATGGTTTTATTGAATTGAGGGAAG
CGAGATGCATCTCGAGGACCTATCAATGTTGCGTCGTGTTTGTCTGTGACATTGCATTGAATCTAGACTCTTGATACGGGTGCCTCGAATAAGGGTACTAGCACATGCCCATCCAAACATGAGAAACATTCAAACACGAATTTCTCATACTTGAATCATCACGATTCTTTGCAGAGCTGCAAGATGCATATCTTTTGTTC
CCACAAATTGCTAATTATTAAACATGTGGAAGTCACGATGAGAAGCATTACTCCTATGCAACCTTGAGGTGCATATTAGCCTGTTCTTAGATGAGTTTTGTACTGGTGTAGGGTTTCGTTCCTATAAAACTGTGGCATTCTGCGGGTATTTTTTTTCCTGTGGCAGGCAAGTTGGTTGCACATCAGGATGATCCCATGAT
CCCATTTGATATTATGTTTTGCTTTAGATTAGGGTTTCTTCTTCCCCAACTTATGCTCTGATATCATCGCCGTTTTTTAACCCATCAATGGTGGTTACTGGAGTACATCCTCTTGACTGATTTTGGTGTTTGTGACTGTTGGTTTGAGCTCATGGTAGTTGTATGTACACTCTGTTGCGCACAGGCTTAGTCTTATTAGT
AATGTTGTGGGATTTCCTTGCAATTTTGGTATTATCGATCTTGAACTTTGTTTAAAACTGAATATTGAGTTTTCGGTGGTACACATTTTTGCATGCCTTACATGCTTTTGATACTACGAGAAATATACATCCATTAATTTTGTTTGGGAAATTCGCTTGATTGCACCAGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCC
TGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGGTAATCTCATGGATCCCGTACACGTATTTAGAAATTCTTTCATTATTTATTTAGTTGTTTCAGTAATGATGTTTAATATACTCAAATGACAATA
TTACTGACACTAAAAAATCATATCTTTCACAGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGT
TTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTgtaagtatacaaattaa
ccagagtacttttttaaatgaaattattctgatgtttcagtggttgaatatgatgtgtctatgcaagcctttttagtttgtattagtttaattggagaggttgacgatctgagttgcatgttcagactacactcgtcattctttattttacattttaatttggtcaatattgcaatagagagctaattacttctgagata
atgtaactgcaaaatatacaaaacattacgtattctgaattatgtctcactgttatgtacttataattacagTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGTGCGCAACTAATCATTAGATCTAGTGTTGATGTTTTTCTACTGAA
GAGGATTGCTTGCATGTTATTCTTTGAGTATAGTTGGAAATGAAATGTTTGCGCACTCGCGGACCTTAAGTTGGTACTCAATGAATACTTCTAATGTTCCATGGCGATTTATTTCTGAAGTTACAACTATTTGTAGTTTGAGTTATATTTTGGGGAGGGGGATTAATATTTTTGGGTTAATGTTACTGAGAGTTATCAGG
GACCGATTTTGTCACTTTAATGATATTAGCATGATCTCAATAGAGCTGTGTCTAATCTAATTTTTGCAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCT
TTCTCAGGTAAGAATTAAATTGAAGGCCATAGTTTTAGAATCTTCTTTCATTTGTAATCACTCTCTACCTCTCTCTCTCAAGGGAGCATTATTTTCGTTCTCAACTAAACTATAAAAATTATAGCTTTAGTTGACATCAAGTTGACCTAGCCAGATTTTTCTGATTTACTATGCAATGTCACTCGTAAATCTGTTGTATA
AAGTTCAGATATATTATTTTATATATTCAATTTAATTTACTGAAATATGCTATTGCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTG
Intron 3 GTAAGTTTCG ... CAACCTTGAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 15.92 | 264 | 77 | 23 |
| A2 | 13.24 | 249 | 56 | 20 |
| A3 | 15.53 | 340 | 89 | 36 |
| A4 | 16.38 | 171 | 51 | 16 |
| A5 | 19.12 | 203 | 74 | 22 |
| A6 | 14.99 | 1307 | 296 | 165 |
| A7 | 15.5 | 1066.5 | 238 | 153 |
| A8 | 15.15 | 591 | 133 | 78 |
| A9 | 14.95 | 825 | 190 | 100 |
| A10 | 15.88 | 890 | 212 | 124 |
>TRINITY_DN35786_c0_g1_i3 from sample A9 / Example spliced isoformCGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCAAAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTT
ACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATGCGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGA
GGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCA
TCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTC
TGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTG
CGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGG
AGGTTAAAGGATTGAATCAATTCTGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGTATTTGTGCACATCTAATATTGACATAT
TTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAATCATCTGGATCAATTTGATATTTACTTCGGC
>TRINITY_DN35786_c0_g1_i1 from sample A9 / Example unspliced isoform:CTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATGCGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGgtaagtttcgacgctttcgtgtaatagattttgtagcagtgtatcggtatttagg
gtttagggtttattgttacttttcagggtttgatggttgtttctttcatgagtgcggcctacacagcctgtgctctctgtggtctaattgtatgggattttatatgacgagggatcatactgcttaccttttgtgagaaatgtctttttagggtttgtctgtttaagctatcagtcttaggggtttttatatttatgatt
tctttatccggacttttgtagcgtgtatttagatagtctttctcgttattttagtggctctttataatactgtcatcttttatctatttgactgatctatggttttattgaattgagggaagcgagatgcatctcgaggacctatcaatgttgcgtcgtgtttgtctgtgacattgcattgaatctagactcttgatacg
ggtgcctcgaataagggtactagcacatgcccatccaaacatgagaaacattcaaacacgaatttctcatacttgaatcatcacgattctttgcagagctgcaagatgcatatcttttgttcccacaaattgctaattattaaacatgtggaagtcacgatgagaagcattactcctatgcaaccttgagATCTTTTGAC
ATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTA
GTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACT
CGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCT
GAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCTGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTT
TAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGTATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACA
GAAATATTTTGTTAGATCAATCATCTGGATCAATTTGATATTTACTTCGGC
Intron 4 GTAAGAATTA ... GCTATTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 10.17 | 156 | 41.3 | 17.8 |
| A2 | 10.84 | 124 | 24.2 | 15.2 |
| A3 | 16.27 | 154 | 38.3 | 30.2 |
| A4 | 8.76 | 93 | 19.8 | 9 |
| A5 | 10.98 | 87 | 10.5 | 10.8 |
| A6 | 14.64 | 1698 | 240.7 | 295.2 |
| A7 | 12.7 | 952 | 150.6 | 140.2 |
| A8 | 15.21 | 1263 | 168.3 | 229.8 |
| A9 | 13.53 | 853 | 160.9 | 135.2 |
| A10 | 10.23 | 689 | 146.6 | 79.2 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTTACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGCGCCCTCGCACTGAATACGGTAAGTTTCGACGCTTTCGTGTAATAGATTTTGTAGCAGTGTATCGGTATTTAGGGTTTAGGGTTTATTGTTACTTTTCAGGGTTTGATGGTTGTTTCTTTCATGAGTGCGGCCTACACAGCCTGTGCTCTCTGTGGTCTAATTGTATGGGATTTTATATGACGAGGGATCATACTG
CTTACCTTTTGTGAGAAATGTCTTTTTAGGGTTTGTCTGTTTAAGCTATCAGTCTTAGGGGTTTTTATATTTATGATTTCTTTATCCGGACTTTTGTAGCGTGTATTTAGATAGTCTTTCTCGTTATTTTAGTGGCTCTTTATAATACTGTCATCTTTTATCTATTTGACTGATCTATGGTTTTATTGAATTGAGGGAAG
CGAGATGCATCTCGAGGACCTATCAATGTTGCGTCGTGTTTGTCTGTGACATTGCATTGAATCTAGACTCTTGATACGGGTGCCTCGAATAAGGGTACTAGCACATGCCCATCCAAACATGAGAAACATTCAAACACGAATTTCTCATACTTGAATCATCACGATTCTTTGCAGAGCTGCAAGATGCATATCTTTTGTTC
CCACAAATTGCTAATTATTAAACATGTGGAAGTCACGATGAGAAGCATTACTCCTATGCAACCTTGAGGTGCATATTAGCCTGTTCTTAGATGAGTTTTGTACTGGTGTAGGGTTTCGTTCCTATAAAACTGTGGCATTCTGCGGGTATTTTTTTTCCTGTGGCAGGCAAGTTGGTTGCACATCAGGATGATCCCATGAT
CCCATTTGATATTATGTTTTGCTTTAGATTAGGGTTTCTTCTTCCCCAACTTATGCTCTGATATCATCGCCGTTTTTTAACCCATCAATGGTGGTTACTGGAGTACATCCTCTTGACTGATTTTGGTGTTTGTGACTGTTGGTTTGAGCTCATGGTAGTTGTATGTACACTCTGTTGCGCACAGGCTTAGTCTTATTAGT
AATGTTGTGGGATTTCCTTGCAATTTTGGTATTATCGATCTTGAACTTTGTTTAAAACTGAATATTGAGTTTTCGGTGGTACACATTTTTGCATGCCTTACATGCTTTTGATACTACGAGAAATATACATCCATTAATTTTGTTTGGGAAATTCGCTTGATTGCACCAGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCC
TGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGGTAATCTCATGGATCCCGTACACGTATTTAGAAATTCTTTCATTATTTATTTAGTTGTTTCAGTAATGATGTTTAATATACTCAAATGACAATA
TTACTGACACTAAAAAATCATATCTTTCACAGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGT
TTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTGTAAGTATACAAATTAA
CCAGAGTACTTTTTTAAATGAAATTATTCTGATGTTTCAGTGGTTGAATATGATGTGTCTATGCAAGCCTTTTTAGTTTGTATTAGTTTAATTGGAGAGGTTGACGATCTGAGTTGCATGTTCAGACTACACTCGTCATTCTTTATTTTACATTTTAATTTGGTCAATATTGCAATAGAGAGCTAATTACTTCTGAGATA
ATGTAACTGCAAAATATACAAAACATTACGTATTCTGAATTATGTCTCACTGTTATGTACTTATAATTACAGTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGTGCGCAACTAATCATTAGATCTAGTGTTGATGTTTTTCTACTGAA
GAGGATTGCTTGCATGTTATTCTTTGAGTATAGTTGGAAATGAAATGTTTGCGCACTCGCGGACCTTAAGTTGGTACTCAATGAATACTTCTAATGTTCCATGGCGATTTATTTCTGAAGTTACAACTATTTGTAGTTTGAGTTATATTTTGGGGAGGGGGATTAATATTTTTGGGTTAATGTTACTGAGAGTTATCAGG
GACCGATTTTGTCACTTTAATGATATTAGCATGATCTCAATAGAGCTGTGTCTAATCTAATTTTTGCAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCT
TTCTCAGgtaagaattaaattgaaggccatagttttagaatcttctttcatttgtaatcactctctacctctctctctcaagggagcattattttcgttctcaactaaactataaaaattatagctttagttgacatcaagttgacctagccagatttttctgatttactatgcaatgtcactcgtaaatctgttgtata
aagttcagatatattattttatatattcaatttaatttactgaaatatgctattgcagATGGTTTGGATTGCCGGTTG
Intron 5 GTAAGCTGTC ... GTGTGCGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 53.49 | 10 | 11 | 12 |
| A2 | 57.14 | 6 | 6 | 10 |
| A3 | 75.44 | 7 | 26 | 17 |
| A4 | 43.59 | 22 | 14 | 20 |
| A5 | 51.85 | 13 | 11 | 17 |
| A6 | 48.05 | 40 | 31 | 43 |
| A7 | 43.7 | 38 | 23 | 36 |
| A8 | 36.75 | 37 | 23 | 20 |
| A9 | 45.32 | 38 | 26 | 37 |
| A10 | 51.52 | 32 | 30 | 38 |
>TRINITY_DN106126_c1_g3_i5 from sample A4 / Example spliced isoformCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCAAAATAGCTATGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTT
TGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATGCGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGGTAAGTTTCGACGCTTTCGTGTAATAGA
TTTTGTAGCAGTGTATCGGTATTTAGGGTTTAGGGTTTATTGTTACTTTTCAGGGTTTGATGGTTGTTTCTTTCATGAGTGCGGCCTACACAGCCTGTGCTCTCTGTGGTCTAATTGTATGGGATTTTATATGACGAGGGATCATACTGCTTACCTTTTGTGAGAAATGTCTTTTTAGGGTTTGTCTGTTTAAGCTATCA
GTCTTAGGGGTTTTTATATTTATGATTTCTTTATCCGGACTTTTGTAGCGTGTATTTAGATAGGCTTTCTCGTTATTTTAGTGGCTCTTTATAATACTGTCATCTTTTATCTATTTGACTGATCTATGGTTTTATTGAATTGAGGGAAGCGAGATGCATCTCGAGGACCTATCAATGTTGCGTCGTGTTTGTCTGTGACA
TTGCATTGAATCTAGACTCTTGATACGGGTGCCTCGAATAAGGGTACTAGCACATGCCCATCCAAACATGAGAAACATTCAAACACGAATTTCTCATACTTGAATCATCACGATTCTTTGCAGAGCTGCAAGATGCATATCTTTTGTTCCCACAAATTGCTAATTATTAAACATGTGGAAGTCACGATGAGAAGCATTAC
TCCTATGCAACCTTGAGGTGCATATTAGCCTGTTCTTAGATGAGTTTTGTACTGGCG
>TRINITY_DN106126_c1_g3_i1 from sample A4 / Example unspliced isoform:CGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCAAAATAGCTATgtaagctgtccacccttacgtttttctatga
tactagttttccattcttcttataaaaaaagtgtgcgcagGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATGCGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCT
GCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAG
TGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTC
CACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATG
GAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTG
AATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGTATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATAT
CGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGT
Intron 6 GTGCGCAACT ... ATTTTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 16.83 | 168 | 8.4 | 34 |
| A2 | 14.17 | 123 | 5.4 | 20.3 |
| A3 | 23.75 | 122 | 0.9 | 38 |
| A4 | 17.04 | 112 | 0 | 23 |
| A5 | 12.24 | 86 | 2 | 12 |
| A6 | 19.43 | 1368 | 6.5 | 330 |
| A7 | 22.46 | 808 | 8.7 | 234 |
| A8 | 21.78 | 887 | 16.5 | 247 |
| A9 | 21.48 | 702 | 10.5 | 192 |
| A10 | 25.6 | 523 | 11 | 180 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTTACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGCGCCCTCGCACTGAATACGGTAAGTTTCGACGCTTTCGTGTAATAGATTTTGTAGCAGTGTATCGGTATTTAGGGTTTAGGGTTTATTGTTACTTTTCAGGGTTTGATGGTTGTTTCTTTCATGAGTGCGGCCTACACAGCCTGTGCTCTCTGTGGTCTAATTGTATGGGATTTTATATGACGAGGGATCATACTG
CTTACCTTTTGTGAGAAATGTCTTTTTAGGGTTTGTCTGTTTAAGCTATCAGTCTTAGGGGTTTTTATATTTATGATTTCTTTATCCGGACTTTTGTAGCGTGTATTTAGATAGTCTTTCTCGTTATTTTAGTGGCTCTTTATAATACTGTCATCTTTTATCTATTTGACTGATCTATGGTTTTATTGAATTGAGGGAAG
CGAGATGCATCTCGAGGACCTATCAATGTTGCGTCGTGTTTGTCTGTGACATTGCATTGAATCTAGACTCTTGATACGGGTGCCTCGAATAAGGGTACTAGCACATGCCCATCCAAACATGAGAAACATTCAAACACGAATTTCTCATACTTGAATCATCACGATTCTTTGCAGAGCTGCAAGATGCATATCTTTTGTTC
CCACAAATTGCTAATTATTAAACATGTGGAAGTCACGATGAGAAGCATTACTCCTATGCAACCTTGAGGTGCATATTAGCCTGTTCTTAGATGAGTTTTGTACTGGTGTAGGGTTTCGTTCCTATAAAACTGTGGCATTCTGCGGGTATTTTTTTTCCTGTGGCAGGCAAGTTGGTTGCACATCAGGATGATCCCATGAT
CCCATTTGATATTATGTTTTGCTTTAGATTAGGGTTTCTTCTTCCCCAACTTATGCTCTGATATCATCGCCGTTTTTTAACCCATCAATGGTGGTTACTGGAGTACATCCTCTTGACTGATTTTGGTGTTTGTGACTGTTGGTTTGAGCTCATGGTAGTTGTATGTACACTCTGTTGCGCACAGGCTTAGTCTTATTAGT
AATGTTGTGGGATTTCCTTGCAATTTTGGTATTATCGATCTTGAACTTTGTTTAAAACTGAATATTGAGTTTTCGGTGGTACACATTTTTGCATGCCTTACATGCTTTTGATACTACGAGAAATATACATCCATTAATTTTGTTTGGGAAATTCGCTTGATTGCACCAGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCC
TGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGGTAATCTCATGGATCCCGTACACGTATTTAGAAATTCTTTCATTATTTATTTAGTTGTTTCAGTAATGATGTTTAATATACTCAAATGACAATA
TTACTGACACTAAAAAATCATATCTTTCACAGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGT
TTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTGTAAGTATACAAATTAA
CCAGAGTACTTTTTTAAATGAAATTATTCTGATGTTTCAGTGGTTGAATATGATGTGTCTATGCAAGCCTTTTTAGTTTGTATTAGTTTAATTGGAGAGGTTGACGATCTGAGTTGCATGTTCAGACTACACTCGTCATTCTTTATTTTACATTTTAATTTGGTCAATATTGCAATAGAGAGCTAATTACTTCTGAGATA
ATGTAACTGCAAAATATACAAAACATTACGTATTCTGAATTATGTCTCACTGTTATGTACTTATAATTACAGTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGgtgcgcaactaatcattagatctagtgttgatgtttttctactgaa
gaggattgcttgcatgttattctttgagtatagttggaaatgaaatgtttgcgcactcgcggaccttaagttggtactcaatgaatacttctaatgttccatggcgatttatttctgaagttacaactatttgtagtttgagttatattttggggagggggattaatatttttgggttaatgttactgagagttatcagg
gaccgattttgtcactttaatgatattagcatgatctcaatagagctgtgtctaatctaatttttgcagGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCT
TTCTCAGGTAAGAATTAAATTGAAGGCCATAGTTTTAGAATCTTCTTTCATTTGTAATCACTCTCTACCTCTCTCTCTCAAGGGAGCATTATTTTCGTTCTCAACTAAACTATAAAAATTATAGCTTTAGTTGACATCAAGTTGACCTAGCCAGATTTTTCTGATTTACTATGCAATGTCACTCGTAAATCTGTTGTATA
AAGTTCAGATATATTATTTTATATATTCAATTTAATTTACTGAAATATGCTATTGCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTG
Intron 7 GTAAGCTGTC ... TGTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 25.17 | 220 | 11 | 74 |
| A2 | 25.32 | 233 | 6 | 79 |
| A3 | 22.48 | 300 | 26 | 87 |
| A4 | 25.32 | 233 | 14 | 79 |
| A5 | 27.75 | 164 | 11 | 63 |
| A6 | 22.19 | 1273 | 31 | 363 |
| A7 | 25.35 | 1110 | 23 | 377 |
| A8 | 21.42 | 653 | 23 | 178 |
| A9 | 22.42 | 827 | 26 | 239 |
| A10 | 24.77 | 981 | 30 | 323 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i3 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATGCGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCC
GAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTT
TTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGT
TGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGG
GAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTGGATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGA
GATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGTATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:GGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATgtaagctgtccacccttacgtttttctatgatactagttttccattcttcttataaaaaaagtgtgcgcaggatttgtctgtatttttgctctcagtgattttgctggctttttcggggtgtgttgcagCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
Intron 8 GTAAGTTTCG ... ATTGCACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 9.59 | 264 | 38.5 | 28 |
| A2 | 7.43 | 249 | 29.5 | 20 |
| A3 | 10.05 | 340 | 46 | 38 |
| A4 | 7.07 | 171 | 26 | 13 |
| A5 | 11.35 | 203 | 37 | 26 |
| A6 | 10.48 | 1307 | 148 | 153 |
| A7 | 11.96 | 1066.8 | 119 | 145 |
| A8 | 10.73 | 591 | 67.5 | 71 |
| A9 | 10.23 | 825 | 95 | 94 |
| A10 | 12.06 | 890 | 106.5 | 122 |
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformGGTACACACACACGATTTTGAATTTTACGGAGATGATCACTCGGGGTGGTTAGTGTGACCCGAGAGTTAACGAGTGAAGTTAAATATGGGTGGAGGAGGCGTACTTCAATAATTTTCCTTTGGATGTGGAACCAGTGGGATAATACAATAAGCGGGGTTTAGGGTTTTAGGTGCCGACGGTACCTTCATTCGGGACCGCA
AAATAGCTATGTAAGCTGTCCACCCTTACGTTTTTCTATGATACTAGTTTTCCATTCTTCTTATAAAAAAAGTGTGCGCAGGATTTGTCTGTATTTTTGCTCTCAGTGATTTTGCTGGCTTTTTCGGGGTGTGTTGCAGCTAGTTTTAGAGTGGCAAACGGTTCGGTGTTTATTTGGTAGGAAGAAAACAATGGGTGATG
CGTATTGGAGCAGATTCGCAGCTGAGAGGGACGGCCGCTCTGCGGCTCTTGCCTCTGCAGCCAAGCGCCCTCGCACTGAATACGATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCCTGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTAT
GATCGCTATGTTCGAAATGGGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGTTTCAAAGATAG
CCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCT
TTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGCTATAAGTTTGATGAAAATGAGAGAGAATCACCTAGTCTGAAGTTGCAATTTGCACGTTTTCCTGGTCCAAGGGGAGGTGGGTCATCCTTTGGACGTGATCGCGATGACCATCGTCGACGTTAATTTTCTTTCTCAGATGGTTTG
GATTGCCGGTTGGTAGGGCAATTTCGGAGGTTAAAGGATTGAATCAATTCCGTGGATCATACACATCCTAGTAATACCGTAACGGTCTTTAGTTTAGATAAATGGCATCAGCCAGTGTATTGCAGATGAGATTTTATAATTTAGGGATAATATTGTTTTATGCTTCGAGAACTAGCGGCAGAATCCTTTGGGTCAACAGT
ATTTGTGCACATCTAATATTGACATATTTTGTTGGATATATCGTCTGGATCAATTTGATATTCACTTCGATTTTTAGAATAAGCAATGCGTACAGAAATATTTTGTTAGATCAAAAA
>TRINITY_DN111981_c0_g1_i5 from sample A1 / Example unspliced isoform:CAAGCGCCCTCGCACTGAATACGgtaagtttcgacgctttcgtgtaatagattttgtagcagtgtatcggtatttagggtttagggtttattgttacttttcagggtttgatggttgtttctttcatgagtgcggcctacacagcctgtgctctctgtggtctaattgtatgggattttatatgacgagggatcatactg
cttaccttttgtgagaaatgtctttttagggtttgtctgtttaagctatcagtcttaggggtttttatatttatgatttctttatccggacttttgtagcgtgtatttagatagtctttctcgttattttagtggctctttataatactgtcatcttttatctatttgactgatctatggttttattgaattgagggaag
cgagatgcatctcgaggacctatcaatgttgcgtcgtgtttgtctgtgacattgcattgaatctagactcttgatacgggtgcctcgaataagggtactagcacatgcccatccaaacatgagaaacattcaaacacgaatttctcatacttgaatcatcacgattctttgcagagctgcaagatgcatatcttttgttc
ccacaaattgctaattattaaacatgtggaagtcacgatgagaagcattactcctatgcaaccttgaggtgcatattagcctgttcttagatgagttttgtactggtgtagggtttcgttcctataaaactgtggcattctgcgggtattttttttcctgtggcaggcaagttggttgcacatcaggatgatcccatgat
cccatttgatattatgttttgctttagattagggtttcttcttccccaacttatgctctgatatcatcgccgttttttaacccatcaatggtggttactggagtacatcctcttgactgattttggtgtttgtgactgttggtttgagctcatggtagttgtatgtacactctgttgcgcacaggcttagtcttattagt
aatgttgtgggatttccttgcaattttggtattatcgatcttgaactttgtttaaaactgaatattgagttttcggtggtacacatttttgcatgccttacatgcttttgatactacgagaaatatacatccattaattttgtttgggaaattcgcttgattgcaccagATCTTTTGACATCTGGAGGCCGTGACGTGCC
TGGTTATCTTCCCCGAGAAGACCCTCGACTTGAAGACAGAAGTCGACGCTTATTGAGGGAGACGGATCCTCTTGGGCCTGCTTATGATCGCTATGTTCGAAATGGGGTAATCTCATGGATCCCGTACACGTATTTAGAAATTCTTTCATTATTTATTTAGTTGTTTCAGTAATGATGTTTAATATACTCAAATGACAATA
TTACTGACACTAAAAAATCATATCTTTCACAGCTTCCATCATATCCTTCAAGTGGCTTAAATGCAGGTGACCTTGGTGGTCTAGGAATGGGACTGGGTAGGTCTAGTGGTTTAGCTGGTTCACCCTTGGATGATCAAGTTTTAAGGGGACGTAGATTGAGTATGGATACAGGCCTTGGGGGAAAAGGCCAAGGCTTGGGT
TTCAAAGATAGCCAGCTCAGAGATCCCTTAAGGAGGTCTGATGATCATCTTCCACCAGATGCGTCCAACACTCTCTTTGTTGAAGGTCTTCCAACTAGTTGCACTCGCAGAGAAGCAGCTCACATATTTCGCCCTTTTGTTGGTTTCAAGGAAGTTAGGCTTGTCAATAAGGAAGCCAGAATTGTAAGTATACAAATTAA
CCAGAGTACTTTTTTAAATGAAATTATTCTGATGTTTCAGTGGTTGAATATGATGTGTCTATGCAAGCCTTTTTAGTTTGTATTAGTTTAATTGGAGAGGTTGACGATCTGAGTTGCATGTTCAGACTACACTCGTCATTCTTTATTTTACATTTTAATTTGGTCAATATTGCAATAGAGAGCTAATTACTTCTGAGATA
ATGTAACTGCAAAATATACAAAACATTACGTATTCTGAATTATGTCTCACTGTTATGTACTTATAATTACAGTCTGGAGGAGAGCCTCTTGTTCTTTGCTTTGTTGACTTTGCTAACCCAAACTGTGCGGCAACTGCAATGGAAGCTCTCCAAGGTGCGCAACTAATCATTAGATCTAGTGTTGATGTTTTTCTACTGAA
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