sp|Q9M3B2|WSD5_ARATH ----> Wax ester synthase/diacylglycerol acyltransferase 5
Intron 1 GTACGTTGCC ... AATCTCTAAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 40.25 | 72 | 40 | 54.4 |
| A2 | 31.03 | 91.7 | 37.2 | 43.5 |
| A3 | 23.66 | 85.8 | 24.6 | 26.6 |
| A4 | 26.26 | 72.6 | 19.1 | 30.2 |
| A5 | 37.65 | 70.4 | 46.7 | 34.4 |
| A6 | 18.47 | 133.8 | 25.1 | 33.9 |
| A7 | 20.67 | 119.5 | 33 | 27.8 |
| A8 | 28.41 | 72.1 | 24.3 | 31.7 |
| A9 | 24.04 | 181.7 | 37.8 | 75 |
| A10 | 25.18 | 113.4 | 36.8 | 38.1 |
>TRINITY_DN111847_c0_g1_i8 from sample A2 / Example spliced isoformATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGT
AGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGACCCCAAATTCCTACCAAGTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTT
GGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGA
GTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAG
>TRINITY_DN111847_c0_g1_i5 from sample A2 / Example unspliced isoform:TTTTGTTGAAATGCTTGTGTATTCCATGGTCTTGTGTTGGTTTGGTTTTTCATATATTACAGTTAGTTTAATCTGAAAGTAATGTTCTGCAGCATCATCAGCTCAGAGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGA
TCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGTCCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCT
GAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATC
ACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGACCCCAAATTCCTACCAAGTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCC
ACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAG
GCACAATTCTTCACgtacgttgcctctatttaatttctttaattttaatgatcgtacccatctatcgctatctcttttattttcatacacagctcagatttgtttgtttcgattattttacgaaatctctaagTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTT
GCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAG
Intron 2 GTGAGTATTA ... GTTGAACCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 13.53 | 131 | 14 | 27 |
| A2 | 16.46 | 132 | 30 | 22 |
| A3 | 18.45 | 84 | 18 | 20 |
| A4 | 10.92 | 106 | 12 | 14 |
| A5 | 14.97 | 71 | 15 | 10 |
| A6 | 16.22 | 384 | 80.6 | 68 |
| A7 | 15.43 | 326 | 62 | 57 |
| A8 | 15.65 | 291 | 61 | 47 |
| A9 | 18.42 | 412 | 76 | 110 |
| A10 | 14.72 | 223 | 44 | 33 |
>TRINITY_DN111847_c0_g1_i3 from sample A2 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCTGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGACCCCAAATTCCTACCAAGTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCACGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGACGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGA
TGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGG
GGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAACCAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTT
AGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCG
ATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCC
TGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGACTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCCTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCT
>TRINITY_DN111847_c0_g1_i7 from sample A2 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCTGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGACCCCAAATTCCTACCAAGTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTACACGTACGTTGCCTCTATTTAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTG
TTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTC
CCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAACCAAGGTATATTCCCTCCAACCTATATATTTGTTCACATGATATTGAATTTTCCGTCCACCTGAACAAAATTTGGA
ATGACAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTgtgagtattatctagtaatctttgtttgatttagtgtatatgtatttggatttgt
aaaggcgtattctgagttcatgaataaatgttgaaccagACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGT
CCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAA
TATCTTAATCTGGCAGACTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCCTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCT
Intron 3 GTATATTCCC ... GGAATGACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 20.13 | 90 | 23.7 | 22.7 |
| A2 | 23.23 | 124.5 | 36.2 | 37.7 |
| A3 | 17.17 | 90.9 | 31.8 | 18.8 |
| A4 | 9.48 | 95.5 | 17.8 | 10 |
| A5 | 20.61 | 72 | 26.2 | 18.7 |
| A6 | 19.26 | 311.8 | 59.2 | 74.4 |
| A7 | 24.8 | 244.7 | 42.8 | 80.7 |
| A8 | 22.32 | 231 | 51.6 | 66.4 |
| A9 | 22.54 | 353 | 74.4 | 102.7 |
| A10 | 21.71 | 205 | 30.2 | 56.8 |
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAGTCAGTGTCCCTTACCATTTTTTTTTGTTGAAATGCTTGTGTGTTCCATGGTCTTGTGTTGGTTTGGTTTTTCATATATTACAGTTAGTTTAATCTGAAAGTAATGTTCTGATATGCTTTTTTGTTGCAGATAAGGGATAG
GCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAG
CCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTT
TTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCA
CGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATT
TAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTGTTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATAC
GCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGG
CCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAG
CTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATAT
AAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAAT
GGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i4 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATTTAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTG
TTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGGTAAACCTATTTTATATTTCACAGATCAAGAGGGTTAGAGCTGATATATACCTG
GTAATTATTTGTTTGGCTACTGCTCACAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTT
TTCTTGGCCACATCCTTGGCAGCTAAGgtatattccttccaacctatatatttgttcacatgatattgaattttccgtccacctgaacaaaatttggaatgacagTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAA
TCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGG
TGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAA
TAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
Intron 4 GTACGTTGCC ... GCGAAAACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 37.64 | 90 | 42.6 | 65.1 |
| A2 | 31.72 | 96.3 | 40 | 49 |
| A3 | 21.67 | 110.3 | 28.6 | 32 |
| A4 | 25.64 | 96.2 | 22.6 | 43.1 |
| A5 | 32.88 | 99.4 | 50.9 | 45.9 |
| A6 | 18.57 | 175 | 28.1 | 52.1 |
| A7 | 20.46 | 155 | 36.3 | 43.7 |
| A8 | 26.9 | 93.8 | 26.5 | 42.2 |
| A9 | 23.82 | 224.7 | 42.9 | 97.3 |
| A10 | 23.85 | 138.8 | 39.6 | 47 |
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i7 from sample A1 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAGTCAGTGTCCCTTACCATTTTTTTTTGTTGAAATGCTTGTGTGTTCCATGGTCTTGTGTTGGTTTGGTTTTTCATATATTACAGTTAGTTTAATCTGAAAGTAATGTTCTGATATGCTTTTTTGTTGCAGATAAGGGATAG
GCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAG
CCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTT
TTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGC
AGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGT
TTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAGCTAAG
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i16 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCACGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGA
TGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACgtacgttgcctctatttaatttctttaattttaatgatcgtacccatctatcgctatctcttttattttcatacacagctcagatttgtttgtttcgattattttacgaaatctctaagttccagcgaaaacagCCAGAAATACCG
ACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATAC
TGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACAT
TATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATA
TATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCT
GGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
Intron 5 GTACGTTGCC ... TAAGTTCCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 41.06 | 74.4 | 43 | 58.6 |
| A2 | 32.26 | 91.4 | 40.4 | 45.4 |
| A3 | 22.06 | 103 | 29.2 | 28 |
| A4 | 25 | 82.6 | 23 | 30.6 |
| A5 | 34.8 | 86.4 | 51.4 | 39 |
| A6 | 17.96 | 153.2 | 29 | 36.6 |
| A7 | 19.81 | 139 | 36.6 | 30.8 |
| A8 | 27.57 | 86.4 | 26.8 | 38 |
| A9 | 23.45 | 207.6 | 43.8 | 81.4 |
| A10 | 23.61 | 132.4 | 40.2 | 40.8 |
>TRINITY_DN104042_c0_g1_i1 from sample A4 / Example spliced isoformAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCA
AAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTG
AAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAACCAA
GTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGG
AGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAG
GAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTG
AATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCATTAATGTCCTCATTGCATTAAGTATTTTACCAAATTTACATTATAATAACAATCTTGG
>TRINITY_DN104042_c0_g1_i2 from sample A4 / Example unspliced isoform:AAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCA
AAAAGGCTGTGAATGGGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACgtacgttgcctctatttaatttctttaattttaatgatcgtacccatctatcgctatctcttttattttcatacacagctcagatttgtttgtttcgattattttacgaa
atctctaagttccagCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGGTAAACCTATTTTATATTTCACAGATCAAGAGGGTTAGAGCTGATATATACCTGGTAATTATTTGTTTGGCT
ACTGCTCACAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTG
GCAACCAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATT
GGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAA
ACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCA
TTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCATTAATGTCCTCATTGCATTAAGTATTTTACCAAATTTACATTATAATAACAATCTTGG
Intron 6 GTAAACCTAT ... CTGCTCACAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 29.32 | 112.6 | 43.4 | 50 |
| A2 | 31.52 | 102.8 | 35.5 | 59 |
| A3 | 27.99 | 97.2 | 24.5 | 51 |
| A4 | 32.16 | 88.6 | 40 | 44 |
| A5 | 33.86 | 82.7 | 30.7 | 54 |
| A6 | 22.08 | 179.4 | 19.7 | 82 |
| A7 | 22.53 | 174.7 | 23.6 | 78 |
| A8 | 28.55 | 119.6 | 30.6 | 65 |
| A9 | 24.76 | 245.3 | 52.5 | 109 |
| A10 | 19.46 | 139.5 | 13.4 | 54 |
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i15 from sample A1 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAGTCAGTGTCCCTTACCATTTTTTTTTGTTGAAATGCTTGTGTGTTCCATGGTCTTGTGTTGGTTTGGTTTTTCATATATTACAGTTAGTTTAATCTGAAAGTAATGTTCTGATATGCTTTTTTGTTGCAGATAAGGGATAG
GCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAG
CCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTT
TTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCA
CGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATT
TAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTGTTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATAC
GCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGG
CCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAG
CTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATAT
AAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAAT
GGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i2 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCACGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGA
TGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATTTAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTGTTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCG
ACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGgtaaacctattttatatttcacagatcaagagggttagagctgatatatacctggtaattatttgtttggctactgctcacagAATCTTGATAGCAATATGAAAAATC
CAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTA
AGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCT
TTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACC
GACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAG
TCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
Intron 7 GTCAGTGTCC ... TTTGTTGCAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 36.07 | 70 | 48 | 31 |
| A2 | 29.25 | 104 | 31 | 55 |
| A3 | 45.59 | 37 | 28 | 34 |
| A4 | 36.28 | 36 | 25 | 16 |
| A5 | 33.77 | 51 | 20 | 32 |
| A6 | 22.58 | 36 | 14 | 7 |
| A7 | 22.45 | 57 | 17 | 16 |
| A8 | 23.48 | 31 | 13 | 6 |
| A9 | 31.17 | 85 | 40 | 37 |
| A10 | 24.44 | 51 | 11 | 22 |
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i2 from sample A1 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAATAAGGGATAGGCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCT
CCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAGCCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTC
CAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTTTTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGG
TGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCACGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGA
TGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATTTAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTGTTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCG
ACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATACGCGGCCATCTCATGTGCTGAAGGTAAACCTATTTTATATTTCACAGATCAAGAGGGTTAGAGCTGATATATACCTGGTAATTATTTGTTTGGCTACTGCTCACAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATC
CAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGGCCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTA
AGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAGCTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCT
TTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATATAAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACC
GACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAATGGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAG
TCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
TCTCTACGGAAGCATCTTAAACACTGTGCCTTGAAGCTACTATATAACAAGGAAGCTTTGCAAGAATTGGATCAAGGGACGCTGATTCATCAAACCCTAATCCAAAAGATCGAGTACTTCCACTACACGATGAGAAATACTGATGAGACGAGCAATGGTTTCGATAATGGCCGCAACATGCTGCAGCATCATCAGCTCAG
AGAGATTGTTGTCAAGAAAATAGCTGGCGAGGAAGGCAGTTTAAACTACTTGTCTATACCCAAGGAGAAGCCTAAGCTACCAAATGAAAAACGATCATATGAAGAACCACTGAGTCCAGTCGCTTGCCTGACCACTGGGAGGATATTGCATAGTTATATCTTTACCATTGTGGGATTTAAGAAATATATTGACGTTGTGT
CCTTCAAAATATCACTTCAAAATACTCTAGCGCAGCACCAGAGATTTTCGAGCATTTTAgtcagtgtcccttaccatttttttttgttgaaatgcttgtgtgttccatggtcttgtgttggtttggtttttcatatattacagttagtttaatctgaaagtaatgttctgatatgcttttttgttgcagATAAGGGATAG
GCACAATCGTTTGAAGTGGTCTCTGAGAGAGCTAGAGATAAATGACCATGTGATTGTTCCCTTCCTTGATCCTTCCTTTACAAGGAATCCAGACTTTGTGAATGAATACACAGCTTCTCTTGCAACTGCTCCTCCATTGAATCCATCCAGACCCTTGTGGGAAGTCCATGTCTTGAATGCAAGTTCAGTAGATGCAGCAG
CCAGCCTTGTATTCAGAGTCCATCACTCTCTAGGAGATTGTGTGTCTATGTTGTCTCTTATTGTTAACTCCACACGCAAAGCCTCTGATCCCAAATTCCTACCAACTATTCCCGAAAATAACAAGCTGTCCAGAGAAAAAGAAATATCAAGCACTCTTCGTATTGTTTACAGTTGGCTTGCAGCTTTTTGGTTAACATTT
TTAATTTTGTTCGATTATATTGCCACTGTTTTCTGGAAAAAAGATGTCAATCCATTGAAAGCAGACGCTGCCAAGACAGCAATTTGTTGTAGTAACTCAAAGCGCCTGGCTCACGTTACGCTCGATATGGTGGATATATTCTCGGTCAAAAAGGCTGTGAATGGGGTAGGTGAAACATACAAATTTATTTCATATTTGCA
CGCAAACTCCTAGATTTTGTCGTTTTATAAATTATTATTACAAGTCTGTGTTCTGATGAGACAGGATAAGCAGATACAGACACTGATGTGTTAAACATTCATTTGTTGTAGACTGTGAATGATGTTATGATGGGAGTCATTTCTGCAGGATTTGTGCGTTATTTTAGTAGGCACAATTCTTCACGTACGTTGCCTCTATT
TAATTTCTTTAATTTTAATGATCGTACCCATCTATCGCTATCTCTTTTATTTTCATACACAGCTCAGATTTGTTTGTTTCGATTATTTTACGAAATCTCTAAGTTCCAGCGAAAACAGCCAGAAATACCGACGGAACTGCAGATCATAAATATTGTCTTCCATCAAACTTGCGTGCTAGGGCACTCGTTGCAGTTAATAC
GCGGCCATCTCATGTGCTGAAGAATCTTGATAGCAATATGAAAAATCCAACGCAAGTATTGTGGGGTAACAAATTAGGGTTTTGGCTATTCCCGTTACCGATGGTTCAGTACGAAGATCCACTGGAATACTGTAGAGCGACAACAAATACTTCGAGGATTAAAAAGTTTTCTTTCGAGGGTTCCTTATCATTTTTCTTGG
CCACATCCTTGGCAGCTAAGTTGGTGGAGTACATAGCCAACAAGTTAAGCACAAGCACAACGTTAGGTTTCTCGAACGTGATTGGGCCGGCAGAGGAAATTGAATTCTGTGACAATCACGTTACTCACATTATTCCCACCGCATACGTAAACCATGCTACGATAGTTATGCATTTCATAAGCTACGGTGGGAAGGGGAAG
CTCGTAGCATTGGTCTCGGAGGACGTGGTTCCAGACCCCCAGCAGCTTTGCTCAGATTGTGCCGATGCACTGCAACGAATGAAAGAAGCTGCCCATAAATAGTTATGTCCTGCGGTGGTCCAGGGCTATATATCTTTATGTAAATGAATATATGCTTTTTGGTAGCATAGTATAGTGTAGCCTGTAGATGTTTGGGATAT
AAGTAGGGCAAACAGAAAGGAATGTGCATGGAACGCCGGAACTCACCGACATCCACAGTCAGCCTGTAACATGGCCAGCGTACTCAATAAATATCTGTCACGACACCTACCTCAATAAATATCTTAATCTGGCAGAGTGGCCAGTGGCACTGTTCTTAGTTCTGCGTGGTGAAGCATATAAATTAATGTTGTTCTTAAAT
GGTTCTGGGCATTGAACTGAATTGATTTGGTACTTATGGCTTGCAAGTCAAAAATTCACTGTCAGTTTGAGTTACTTCGCCC
Intron 8 GTAGGTGAAA ... TTTGTTGTAG
| Sample | Retention score (%) | Exon junction reads | 5'ss reads | 3'ss reads |
| A1 | 31.57 | 78.2 | 52.2 | 19.7 |
| A2 | 29.32 | 102.7 | 54 | 30 |
| A3 | 21.43 | 77.1 | 27 | 14.3 |
| A4 | 27.04 | 103.4 | 53 | 22.7 |
| A5 | 30.52 | 79.2 | 40 | 29.3 |
| A6 | 23.54 | 90.6 | 29.9 | 23.5 |
| A7 | 28.9 | 90.2 | 35 | 37.1 |
| A8 | 38.45 | 63.6 | 49 | 29.8 |
| A9 | 23.1 | 125.6 | 46 | 26 |
| A10 | 23.6 | 87.5 | 21 | 30.5 |
>TRINITY_DN115614_c0_g1_i4 from sample A1 / Example spliced isoformTGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
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>TRINITY_DN115614_c0_g1_i15 from sample A1 / Example unspliced isoform:TGTTAAAACCGCAGGCTGTCCAAAACTACTAAATCTGTAATCTCTACCCCCATCTCAAAACCTAGGCCATCCAAAAATTCTTTGCGTATTGCAAATTAATGCAATTTCTGCGTCTCGATCCTTTAAAAGGACCTCTGCGTCTCGATCGAAATGAAAAGATTATGTATGAAAATTGCACGCTGGTCCATCGGTCCACGAGC
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